原发性干燥综合征差异基因及潜在治疗药物的生物信息分析

目的 利用基因表达谱筛选与原发性干燥综合征（pSS）相关基因和潜在小分子治疗药物。方法 在GEO数据库获取并分析3个pSS相关基因表达谱,获得差异表达基因,并对差异基因进行GO与KEGG富集分析,通过蛋白互作网络（PPI）筛选pSS的hub基因并验证。最后,利用Cmap数据库预测pSS的潜在治疗药物,并结合药物靶点和药物途径探讨潜在药物在pSS治疗中的作用。结果 共鉴定出90个pSS相关差异基因,其中79个上调基因, 11个下调基因,它们主要参与NOD样受体信号通路、甲型流感和细胞因子 细胞因子受体相互作用通路。此外,通过筛选、验证,鉴定出19个hub基因（STAT1、MX1、ISG15、IFIH1、GBP1、IFIT1、XAF1、RSAD2、IFIT2、SAMD9L、TRIM22、IFIT3、IFI44L、HERC5、IFIT5、IFI44、IFI6、RTP4和ISG20）,多个是干扰素诱导基因。干扰素可能在pSS发病中起重要作用。最后,通过CMAP数据库筛选出氟替卡松、氯唑西林等15种候选药物,并对其作用通路与靶点分析。结论 本研究通过对pSS hub基因和候选药物的筛选,可以进一步了解pSS的发病机制,为pSS的进一步研究提供线索。     

基于生物信息学探索弥漫大B细胞淋巴瘤的分子机制

目的:从分子水平探索弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的发病机制,筛选潜在的可用于DLBCL的诊断、治疗或患者预后判断的分子靶标。方法:使用GEO公共数据库以"弥漫大B细胞淋巴瘤"为关键词进行检索,筛选出有正常对照的数据集,下载后使用R语言进行芯片质量控制,使用"limma"包进行差异表达分析。对于差异表达基因中的显著上调基因,使用DAVID数据库进行GO功能分析和KEGG信号通路分析,使用GEPIA数据库进行预后相关分析。结果:检索到的GSE56315中包含55例DLBCL患者活检标本和33例正常扁桃体组织B细胞的基因表达谱数据。差异分析得到2 001个差异表达基因,包括1 079个显著上调基因, 922个显著下调基因。上调基因涉及425个GO条目,其中FDR 0.05的31个,涉及17条信号通路。生存分析发现了12个上调基因的表达水平与总体生存率显著相关。结论:通过对弥漫大B细胞淋巴瘤基因表达谱数据的深入挖掘和分析,为进一步研究该病的分子机制,寻找治疗靶点和预后指标提供了重要依据。     

结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤的基因表达谱分析

目的:应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究鼻型NK/T细胞淋巴瘤基因表达谱的变化.方法:应用包括人类全基因组47 000个转录本的Affymetrix U133plus 2.0 Array基因表达谱芯片,检测3例鼻型NK/T细胞淋巴瘤组织,3例正常鼻黏膜组织的基因表达谱,并对差异基因进行基因功能和路径分析.结果:基因芯片筛选出大量差异表达的基因,显著上调的基因数有912个,下调的基因数有1 174个,一些参与重要细胞功能的基因路径中的多种基因呈现明显的差异表达,包括细胞因子-细胞因子相互作用、自然杀伤细胞介导细胞毒作用、Jak-STAT信号转达通路等.结论:鼻型NK/T细胞淋巴瘤基因表达谱与正常对照组织间存在明显差异,一些基因及其涉及的基因路径的表达失调可能与疾病发病机制相关.     

基于GEO数据库分析黄褐斑基因表达的差异性

目的 探讨基于GEO数据库分析黄褐斑基因表达的差异性,并对差异表达基因调控的功能通路进行分析。方法 将2021年4月作为时间截点,基于GEO数据库筛选黄褐斑相关基因表达谱,选择“chloasma”为筛选条件,“human”为物种类型。使用GEO2R对黄褐斑差异基因表达情况进行分析,并对通路富集情况做KEGG分析。使用蛋白间相互作用(PPI)找出关键基因及蛋白靶标,分析差异基因表达情况。结果 根据GEO数据库共筛选出差异基因34个,其中上调基因16个、下调基因18个。KEGG显示黄褐斑有13条显著差异性富集信号通路(P<0.05),主要与黑色素生成、多种信号通路、Gap连接等有关。GO功能分析显示前30个显著富集条目中,生物过程包括酶联受体蛋白信号通路、膜受体酪氨酸激酶信号通路等,细胞组分包括核内腔、核仁、细胞器内腔等,分子功能包括结合酶、依赖DNA的转录正调节等。STRING分析显示,在PPI网络中提取包含2 453种基因的核心网络中排名前5的基因为TYRP1、GDF15、MITF、NRF2和Beclin1,以上5个基因是黄褐斑患者表达的最关键基因,与黄褐斑的发病有关。结论 TY...     

基于网络药理学探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法利用TCMSP筛选定喘汤药物的有效活性成分,并通过GeneCards等数据库进行检索获得支气管哮喘相关的疾病靶点。采用DAVID v.6.8数据库进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果经数据库分析,定喘汤与支气管哮喘的共同靶基因为286个。GO-BP功能分析结果显示,共同基因主要作用于正向调控RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录、血管生成、ERK1和ERK2级联反应等,负向调控凋亡过程等。KEGG富集分析结果显示,共同靶点可以与哮喘相关的T细胞受体信号通路、FcεRI信号通路、B细胞受体信号通路等多条信号通路发挥作用。通过与常用西药相关蛋白比较发现,定喘汤可发挥β2受体激动剂和吸入皮质激素的作用。结论定喘汤从多成分、多靶点、多通路的角度治疗支气管哮喘的作用机制对后续深入研究具有重要意义。     

新发和完全缓解的重型再生障碍性贫血间microRNA差异表达谱（英文）

检测miRNA在新发与完全缓解SAA患者中的表达差异及预测其靶基因。方法:用miRNA芯片方法检测初发和完全缓解(CR)SAA患者骨髓单个核细胞中miRNA表达谱。结果:完全缓解SAA患者与初发SAA患者相比,上调miRNA为35个,下调miRNA为37个。此外,通过预测差异表达的miRNA靶点发现,其靶点与T细胞受体信号通路和细胞黏附分子相关。结论:某些miRNA可能与SAA患者发病机制相关。     

基于芯片数据的肺动脉高压特征基因分析

目的分析肺动脉高压(PAH)肺组织来源的表达谱基因芯片数据,研究差异表达基因。方法检索基因表达谱汇编数据库中GSE15197数据。用非监督性聚类、监督性分类、主成分分析的方法得到可以将PAH肺组织样本与正常对照区分开的显著差异的特征基因。用基因功能注释分析和蛋白间关联分析方法描述PAH特征基因的功能及涉及的相关信号通路。结果与正常对照相比,PAH肺组织表达显著差异特征基因有167个,功能上主要涉及蛋白的乙酰化、磷酸化等生物学术语,且存在着相互关联作用。结论 PAH差异表达特征基因及其功能注释不仅为深入研究疾病发生发展机制提供重要线索,也为有效诊断和治疗疾病提供必要理论基础。     

皮肌炎差异表达基因鉴定及治疗药物预测

目的 探讨皮肌炎(DM)可能的发病机制、潜在治疗靶点及药物。方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载符合筛选标准的健康人群和DM患者的芯片信息。利用R语言相关软件包筛选差异表达基因(DEGs);分析DEGs的基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集情况。利用STRING在线数据库及Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并筛选出关键基因加以验证。基于CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润情况,分析核心基因表达量与免疫细胞丰度的相关性。利用DREIMT在线分析工具和Coremine Medical数据库预测潜在治疗DM疾病的药物。结果 与健康人群相比,DM患者肌肉组织中上调的DEGs为402个,下调的DEGs为150个,皮肤组织中上调的DEGs为686个,下调的DEGs为284个,肌肉和皮肤共有的DEGs为170个。GO、KEGG富集分析结果显示,上述DEGs主要富集于固有免疫应答、对病毒的防御反应、细胞质、细胞质膜等条目,富集于新型冠状病毒感染疾病、甲型流感、麻疹、丙型肝炎等通路。共筛选出10个核心基因,分别为STAT1、MX1、IFIT3、OAS2、I...     

冠状动脉疾病差异基因富集和加权基因共表达网络分析

目的采用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析探讨冠状动脉疾病的差异表达基因,挖掘与冠状动脉疾病发病相关的关键基因。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合数据库下载GSE71226数据集,筛选冠状动脉疾病差异基因并进行富集分析;对差异基因进行基因集富集分析,筛选冠状动脉疾病差异表达基因相关的微小RNA(miRNAs)并构建调控网络;根据基因的相关性,构建基因共表达模块,并计算模块基因与临床信息的相关性;选取与临床表型显著相关的模块,构建蛋白质互作网络并筛选核心基因。结果经筛选,共获取冠状动脉疾病差异表达基因130个,富集于Hippo、流体剪切力与动脉粥样硬化、一磷酸腺苷依赖的蛋白激酶(AMPK)、Wnt、核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)样受体和白细胞介素17等信号通路上。富集分析显示,miR-503-3p、miR-3674、miR-5088-5p、miR-4486等miRNAs与冠状动脉疾病关系密切。根据基因表达的相关性,获取10个共表达模块,其中洋红色模块与冠状动脉疾病发病显著相关。经拓扑分析,BMP4和C3在网络中处于核心地位。结论冠状动脉疾病发病过程中基因表达存在显著差异,其病理过程涉及多靶点、多通路,可能受到多个miRNAs调控。BMP4和C3可能是冠状动脉疾病发病的关键基因。     

表达谱芯片与DNA甲基化芯片综合分析探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标

目的综合分析表达谱芯片与DNA甲基化芯片,探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标与潜在治疗靶点。方法在GEO公共数据库下载编号为GSE64634的表达谱芯片数据以及编号为GSE52068的DNA甲基化芯片数据;利用R语言的相关工具包对表达谱芯片进行差异表达分析,对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析;利用DAVID数据库对筛选出的差异表达基因进行基因功能分析和信号通路分析;利用实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR进一步验证生物信息学分析的结果。结果表达谱芯片分析获得筛选出2 327个差异表达基因,其中1 777个基因表达下调,550个基因表达上调;DNA甲基化芯片分析获得2 321个差异甲基化位点,其中2 228个低甲基化位点,93个高甲基化位点;对表达谱芯片和DNA甲基化芯片进行综合分析,找到4个表达水平升高且甲基化修饰水平降低的基因,并利用定量PCR、表达谱芯片和DNA甲基化芯片成功验证该结果。结论综合分析表达谱芯片和DNA甲基化芯片,筛选出4个与鼻咽癌发生、发展相关的分子靶标和潜在的治疗靶点。     

严重型再生障碍性贫血患者骨髓和外周血HLA—DR＋T细胞的变化…

目的：进一步阐明免疫紊乱在严重型再生障碍性贫血（ＳＡＡ）发病中的作用。方法：对１３例初诊ＳＡＡ、７例抗淋巴细胞球蛋白（ＡＬＧ）治疗后恢复期ＳＡＡ（ｒＳＡＡ）患者骨髓和外周血及对照组（包抱９名骨髓对照和１１名外周血对照）的ＨＬＡ＝ＤＲＴ细胞进行工对部分患者和对照组刺激外周务去单核细胞的单个核培养上清液（ＰＨＡ－ＬＹＣＭdisplay status     

严重型再生障碍性贫血患者骨髓和外周血 HLA-DR~ T 细胞的变化及其淋巴细胞造血抑制活性的研究

目的：进一步阐明免疫紊乱在严重型再生障碍性贫血（ＳＡＡ）发病中的作用。方法：对１３例初诊ＳＡＡ、７例抗淋巴细胞球蛋白（ＡＬＧ）治疗后恢复期ＳＡＡ（ｒＳＡＡ）患者骨髓和外周血及对照组（包括９名骨髓对照和１１名外周血对照）的ＨＬＡ－ＤＲ＋Ｔ细胞进行检测，并对部分患者和对照组刺激的外周血去单核细胞的单个核细胞培养上清液（ＰＨＡ－ＬＹＣＭｓ）的造血活性进行检测。结果：初诊ＳＡＡ患者骨髓及外周血ＨＬＡ－ＤＲ＋Ｔ细胞显著高于对照组（Ｐ＜０．００１）；ＡＬＧ治疗后ｒＳＡＡ患者骨髓和外周血ＨＬＡ－ＤＲ＋Ｔ细胞较初诊ＳＡＡ下降，但仍高于对照组（Ｐ＜０．００１）；ＳＡＡ患者骨髓内ＨＬＡ－ＤＲ＋Ｔ细胞显著高于外周血（Ｐ＜０．００１）；与对照组比较，初诊的ＳＡＡ患者外周血ＰＨＡ－ＬＹＣＭｓ对正常骨髓ＢＦＵ－Ｅ和ＣＦＵ－ＧＭ具有显著的抑制作用（Ｐ＜０．００１），而ＡＬＧ治疗后ｒＳＡＡ患者ＰＨＡ－ＬＹＣＭｓ对正常骨髓ＢＦＵ－Ｅ和ＣＦＵ－ＧＭ的抑制作用明显减弱。结论：ＨＬＡ－ＤＲ＋Ｔ细胞在ＳＡＡ的发病中可能发挥重要的作用。     

Identification of potential pathogenic genes for severe aplastic anemia by whole‐exome sequencing

BackgroundSevere aplastic anemia (SAA) is a syndrome of severe bone marrow failure due to hyperfunction of CD8+ T cells. While, the genetic background of SAA is still unknown. In this study, we tried to explore the possible genetic variants in CD8+ T cells of SAA patients.MethodsWe performed whole‐exome sequencing (WES) in CD8+ T cells of 4 SAA patients and 7 normal controls. The mutations that existed in SAA but not in NCs were identified as candidate genes. Then, we compared them with genes in the enriched KEGG pathway of differently expressed genes (DEGs) from previous RNA‐seq. After analyzing the types of mutations, we identified possible pathogenic genes and validated them by RT‐PCR. Finally, we compared them with the autoimmune disease‐related genes in DisGeNET database to select the most possible pathogenic genes.ResultsWe found 95 candidate mutant genes in which, 4 possible pathogenic genes were identified: PRSS1, KCNJ18, PRSS2, and DGKK. RT‐PCR results showed that compared with NCs, PRSS1 and KCNJ18 mRNA expression was significantly increased in SAA patients (p < 0.05), PRSS2 was also increased in SAA patients but without statistical difference, and DGKK gene could not be detected by RT‐PCR in SAA patients. In addition, PRSS1 was associated with autoimmune diseases from the DisGeNET database.ConclusionThe mutations of PRSS1, KCNJ18, PRSS2, and DGKK, especially PRSS1 in CD8+T cells, may be involved in the immune pathogenesis of SAA.     

骨髓间充质干细胞上调再生障碍性贫血患者CD4~+ CD25~+ Foxp3~+调节性T细胞的临床研究

目的:初步探讨再生障碍性贫血(AA)患者外周血CD4+CD25+Foxp3+调节性T细胞(Treg)的表达及临床意义;探讨临床使用异体骨髓间充质干细胞(MSC)治疗对CD4+CD25+Foxp3+Treg表达的影响。方法:(1)流式细胞仪检测13例重型再生障碍性贫血(SAA),17例慢性再生障碍性贫血(CAA)及10例健康对照者外周血CD4+CD25+Foxp3+Treg表达;(2)检测7例AA患者MSC治疗前后外周血CD4+CD25+Foxp3+Treg表达。结果:(1)AA患者外周血CD4+CD25+Foxp3+Treg表达明显低于健康对照者(P<0.01);(2)SAA患者CD4+CD25+Foxp3+Treg表达较CAA者低(P<0.05);(3)MSC治疗后AA患者外周血CD4+CD25+Foxp3+Treg表达升高(P<0.05)。结论:(1)AA患者存在外周血CD4+CD25+Foxp3+Treg表达减低,其表达异常可能参与AA的发病;(2)CD4+CD25+Foxp3+Treg表达在SAA患者更低,提示其表达水平可能可以作为判断AA病情轻重的指标;(3)MSC治疗可上调AA患者CD4+CD25+Foxp3+Treg表达,为MSC纠正AA患者的免疫异常提供了临床依据。     

重型再生障碍性贫血的研究进展

重型再生障碍性贫血（SAA）是由多种病因导致的骨髓造血功能衰竭,以造血干细胞损伤、造血微环境异常及免疫功能紊乱导致严重的贫血、感染、出血为临床表现的重度骨髓衰竭性疾病。SAA 发病机制复杂,至今尚未完全明了。随着医疗水平的提高,人们对于 SAA 的认识已从宏观微观有了质的飞跃。目前对 SAA 病因的研究热点主要集中在 T 细胞亚群的异常、负性调控因子水平的改变、细胞凋亡等,现就这些方面的研究进行综述。      

获得性重型再生障碍性贫血患者穿孔素基因突变检测

本研究旨在探讨穿孔素(perforin)基因PRF1突变是否为获得性重型再生障碍性贫血(SAA)发病的遗传易感性基础。用聚合酶链反应(PCR)方法扩增31例SAA患者及15名正常对照者外周血单个核细胞基因组DNAPRF1外显子2(exon2)及外显子3(exon3);用双脱氧终止法测序,与GenBank报道序列核对寻找突变位点;发现突变序列克隆入M13噬菌体载体中,对所得2条染色体相应序列分别测序,以确定不同突变在染色体上的分布。结果表明:在SAA患者,发现了2处基因突变即822位C>T纯合子突变(无义突变)及907位G>A杂合子突变(Met303Val);rs885822单核苷酸多态性(SNP)位点分布病例组与对照组比较有统计学差异(p<0.05)。结论:穿孔素基因突变可能是部分SAA患者的遗传易感因素。     

T淋巴细胞内mTOR/S6途径在难治/复发再生障碍性贫血发病机制中的作用

目的 研究难治/复发再生障碍性贫血(AA)患者骨髓T淋巴细胞内雷帕霉素靶蛋白(mTOR)/核糖体蛋白S6途径活化情况,以及mTOR抑制剂雷帕霉素(RAPA)和CD28抗原阻断剂CTLA-4免疫球蛋白(CTLA-41g)对此途径的影响.方法 采集13例难治/复发AA、8例初治重型AA(SAA)以及1O例缺铁性贫血(IDA)患者(对照组)的骨髓标本,加入RAPA和CTLA-41g进行孵育,用流式细胞术检测加药前后每组患者CD3+T淋巴细胞胞质内磷酸化mTOR(p-mTOR)、磷酸化S6(P-S6)和干扰素-γ(IFN-γ)的表达水平,并分析其与疾病的关系.结果 ①难治/复发AA组患者骨髓CD3+T细胞胞内p-mTOR、P-S6及IFN-γ的表达水平较对照组显著升高(P值均＜0.01).②初治SAA患者p-mTOR和p-S6的表达水平低于难治/复发AA组(P值均＜0.01),而与对照组比较差异无统计学意义(P值均＞0.05);初治组IFN-γ的表达水平明显高于对照组(P值均＜0.01).③RAPA和CTLA-41g作用后,难治/复发AA患者p-mTOR、p-S6及IFN-γ的表达水平较用药前明显下降(P值均＜0.01).结论 CD3+T淋巴细胞内mTOR/S6途径在难治/复发AA患者中活化.RAPA和CTLA-41g均可抑制难洽/复发AA患者体内mTOR/S6途径,并下调IFN-γ.CD28/mTOR/S6和IFN-γ途径参与难治/复发AA的免疫发病机制,并且对RAPA和CTLA-41g敏感,以CD28、mTOR为治疗靶点,临床应用RAPA和CTLA-4Ig治疗此类AA患者值得探索.     

52例儿童特发性再生障碍性贫血的淋巴细胞免疫异常分析

本研究评价儿童特发性再生障碍性贫血（IAA）发病时淋巴细胞免疫异常的特点，以探讨儿童特发性再生障碍性贫血的免疫发病机制。应用流式细胞术检测患者发病时外周血中淋巴细胞表型、Th1／Th2和Tc1／Tc2水平，以及CD25^＋及CD4^＋CD25^＋T细胞的水平，并与正常儿童对照组的比较。结果表明：重型再生障碍性贫血（SAA）组40例，轻型再生障碍性贫血（MAA）组12例。SAA组和MAA组患者的CD3^＋CD8^＋水平较正常对照组显著增高（P〈0．05）；MAA组CD3^＋和CD3^＋CD4^＋T细胞水平均明显低于SAA组（P〈0．05）．与正常对照组比较无显著差异．SAA组和MAA组CD3^-CD19^＋水平与正常对照组比较无明显差异。SAA组和MAA组CD3^-CD56^＋水平明显低于正常对照组（P〈0．05）：与正常对照组比较SAA组和MAA组Th1和Tc1水平明显增高（P〈0．05），Th1／Th2和Tc1／Tc2比值也明显增高（P〈0．05）；SAA组伴Th2增高；SAA组Th1和Tc1水平、Th1／Th2和Tc1／Tc2比值明显高于MAA组（P〈0．05）．SAA组、MAA组CD25^＋T细胞表达较正常对照组均显著增高（P〈0．05）。SAA组、MAA组CD4^＋CD25^＋T细胞表达水平和CD4^＋CD25^＋／CD4^＋比值均无明显差异。结论：儿童特发性再生障碍性贫血发病时淋巴细胞免疫异常，Th1／Th2、Tc1／Tc2极化平衡向Th1、Tc1偏移，并且与疾病严重程度相关，以及CD25^＋T细胞表达增高，均提示淋巴细胞免疫异常在儿童特发性再生障碍性贫血患者的发病中起着重要的作用．     

再生障碍性贫血患者T淋巴细胞早期激活及可溶性肿瘤坏死因子受体的研究

目的研究再生障碍性贫血 (再障 )患者外周血CD4 、CD8 T淋巴细胞早期激活标志CD6 9的表达及血清、骨髓中可溶性肿瘤坏死因子受体 1和 2 (sTNF R1和sTNF R2 )的水平及其意义。方法将外周血在 2 0 μg ml植物血凝素 (PHA)条件下进行全血细胞培养 ,于 0h和 4h分别用双色免疫荧光标记流式细胞术对CD4 、CD8 T淋巴细胞CD6 9的表达进行分析。用ELISA法检测血清和骨髓中sTNF R1和sTNF R2的水平。结果PHA刺激前重型再障 (SAA)患者CD4 、CD8 细胞CD6 9的表达率增高 [分别为 (8.96± 7.2 3) %和 (10 .6 7± 7.5 8) % ],慢性再障 (CAA)患者CD8 细胞CD6 9的表达率增高[(7.36± 5 .4 9) % ];PHA刺激后再障患者CD4 、CD8 细胞表达CD6 9明显增强 [SAA为 (71.73±11 91) %和 (6 1.74± 13.4 4 ) % ;CAA为 (5 9.35± 10 .15 ) %和 (4 8.78± 8.2 5 ) % ],CD4 细胞CD6 9的表达率高于CD8 细胞。SAA患者两种sTNF R水平均明显升高 [sTNF R1血清为 (12 5 8.5 8± 385 .6 9)ng L ,骨髓为 (16 5 0 .6 0± 6 6 5 .0 1)ng L ;sTNF R2血清为 (12 5 7.10± 2 95 .4 9)ng L ,骨髓为 (2 0 73.5 7± 5 6 1.17)ng L]。CAA患者骨髓两种sTNF R水平升高 [sTNF R1为 (10 94 .2 1± 2 91.93)ng L ,sTNF R2为 (15 0 2 .4 8±385 .5