逆向进化：SARS CoV非自然起源之关键

我们已从临床、流行病学和分子进化之反常等几个方面阐明了（SARS CoV的非自然起源。本文将全面深入描述SARS CoV系统发育中发生的逆向进化这一关键过程。逆向进化定义为“再获得祖先状态”,常发生在生存景观或环境的,受化使生物不适应甚至无法生存时。SARS CoV的逆向进化主要表现：①2003～2004年广州爆发SARS CoV与2002～2003年流行早期病毒之亲缘较晚期更近以及流行中SARS CoV阳性选择压逐渐下降;②在不同宿主不同流行阶段,均可发现SARS CoV受体结合位点重要氨基酸（尤其487、479二位）和SARS CoV ORF8特征性29-nt的逆向进化;③2003～2004年广州爆发病例的SARS CoV中ORF 1a基因nt.6295突变,导致SUD出现一个终止密码子,使其基因发生回复变化,不能适应人类宿主。由于SARS CoV：①离祖先病毒株仅约4年多时问,敞无法在人类亲缘关系很近的动物体内做适应试验;②迅即进入人类全新之环境,易保持祖先的永久遗传变异;③流行中阳性选择压不断降低,为逆向进化创造条件。故进人人群一年后毒力和传播力明显下降,不久即在人类和自然界消失,这是其最佳归宿。所以,其起源、进化和消失过程假设如下：蝠株（亲代3）→基因改造株1（亲代2）→基因改造株2（亲代1）→2002～2003年狸株→2002～2003年人株→2003～2004年狸株→2003～2004年人株→？→？→消失。因事关人类健康,再次吁请卫生部正式向WHO申请组织专家委员会,实证自然界和人群中已尤SARS CoV,并予宣布。     

现在自然界和人群中已不存在非典病毒

非典(SARS)流行至今已近10年,虽被进行了全面广泛深入的研究,但其起源和贮存宿主仍不明确。我们发现SARS的流行自然史和迄今世界上的传染病均不相符,其原因是非典病毒(SARS CoV)经"非寻常进化"方式,很可能是"非自然"方式进入人群。对几乎所有的SARS CoV基因变异、进化、跨种传播等既往研究,我们进行重新审视并综合分析,发现以往研究多从微观和一个侧面思考问题,而本文则从全新之视角,结合流行病学和生物进化理论,首次阐明:SARS CoV经历了逆向进化;自然界根本不存在SARS CoV的直接祖先和贮存宿主,故其流行后即从人群和动物界消失。因此建议卫生部正式向WHO等有关国际机构申请组织专家委员会,实证自然界和人群中已无SARS CoV,并予宣布。     

新型冠状病毒SARS-CoV-2亟待阐明的若干关键科学问题

2019年底爆发的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)至今在全球已造成超过8万人感染、2700多人死亡(截至2020年2月25日)。虽然SARS CoV 2与2003年爆发的SARS CoV同属冠状病毒科、β冠状病毒属且相似性较高，全基因组同源性约79%，但是两者在病程、致死率等方面存在诸多差异。到目前为止，SARS CoV 2的宿主（包括自然宿主和中间宿主）、传播途径、毒力变异等方面还亟待阐明。本文将对上述存在的若干科学问题进行简要阐述。     

禽流感H5N1病毒感染BALB/c小鼠后多器官病变初探

2003年1月2日,广东省首次报告急性严重呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome SARS)病例。经回顾性调查,追溯最早的病例于2002年11月16日发病(1),此后,该病在全球多个国家和地区发生流行。此次流行一直延续到2003年7月份,在2003年共有39个国家和地区报告8454例,并有908例死亡。在2003年12月16日,广州郊区一名32岁摄影记者又出现SARS感染,在2003年底至2004年1月,共有4例发病,但未引起流行。到2004年3月23日,再出现一例确诊SARS的病例,她是一位在北京实验室工作的研究生,此后共有9人受感染及发病,持续到5月初。在2003年4月16日,…     

海南省SARS流行影响因素与血清流行病学调查研究

目的调查确定海南省SARS的发生情况以及探讨环境因素对SARS流行的影响。方法建立发热病例监测系统，收集发热病人的有关信息；回顾性调查2001～2002年海南省非典型肺炎的流行病学特征；采用EIA法检测SARS病毒感染高危人群1只G抗体；收集海南省近几年的气象、环境资料，分析环境因素对流行的影响。结果海南省2003年4月～2004年4月报告发热病例442 792例，其中SARS医学观察病例78例，无死亡病例，经综合诊断后全部排除SARS。2001～2002年全省22家综合医院共诊断非典型肺炎病例508例，无死亡病例，病例呈高度散发，其流行病学特征与SARS特征完全不同。采集海南省5个不同居住环境中的SARS病毒感染高危人群、普通人群和流动人群及2003年SARS医学观察人群共1451份血清标本，进行SARS病毒IgG抗体检测，结果均为阴性。结论海南省2003年前后未曾发生过SAPS病例，这可能与海南省优良的生态环境、高质量的空气和强度较大的日照等自然因素有关。     

江门市某医院职工SARS血清流行病学调查

目的了解江门市定点收治SARS患者的某医院职工SARS血清流行病学情况。方法分别在流行终止后半年和1年半采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测医院职工血清SARS冠状病毒抗体IgG。结果半年后的检测结果中，临床确诊病例组阳性率为82．6％，疑似及医学观察病例组5．9％，SARS病区医务人员组和其余人员组均为阴性，临床确诊病例组与其它组之间阳性率的差异有显著性（P〈0．01）；1年半后临床确诊病例组阳性率为73．9％，其他各组SARS—CoV抗体IgG阳性率无明显变化。结论临床确诊病例血清SARS—CoV抗体IgG阳性率较高，1年半后仍有89．47％检出SARS—CoV抗体。     

Bat SARS coronavirus HKU3-1病毒株基因组及蛋白质的生物信息学分析

目的比较中国菊头蝠SARS冠状病毒(Bat SARS coronavirus)与人类及果子狸体内分离出来的SARS-Cov,分析它们是否存在一定的相似性。方法本文分析了Bat SARS coronavirus与已知冠状病毒Human SARS-CoV和civet SARS-CoV的系统进化关系,绘制了Bat SARS coronavirusHKU3-1的全基因序列图,同时预测了S蛋白和N蛋白的三维模型。结果对Bat SARS coronavirus HKU3-1的序列分析表明中国菊头蝠SARS-CoV与人和果子狸SARS-CoV非常相近。系统进化分析法显示Bat-SARS-CoV与SARS-CoV形成一个不同的群,称为group 2b CoV,与已知的group 2 CoV存在一定的距离。结论Bat SARS coronavirus HKU3-1不太可能是从人SARS-CoV传播过来的。另外,Bat SARS coronavirus与civet SARS-CoV可能具有共同的祖先,使得中国菊头蝠SARS病毒株同样具有感染人体的危险。     

SARS流行期间西安市区无偿献血者的成分及结构分析

1 临床资料 自2003年初起在全球29个国家和地区发现有传染性非典型肺炎(SARS)病例，截止2003-05-20的统计，全世界SARS病例共计7919例，死亡662例．我国的广州、香港和北京于3—4月份期间严重流行，4月下旬起在西安有散发病例出现．SARS的流行蔓延，全国多个地区或城市发生临床急救用血告急．根据已有的防止SARS的经验和做法，西安各大院校及部分单位实行了封闭式的管理，     

SARS冠状病毒N蛋白在免疫荧光诊断技术中的应用

目的 应用基因工程技术,在昆虫细胞中表达SARS—CoV N基因,产生无感染性的核蛋白,作为诊断抗原,用于检测血清中SAILS特异性抗体。方法 从一例输入性SARS病人血清中提取病毒RNA,通过RT-PCR方法扩增SAILS—CoV N基因,将它插入昆虫杆状病毒,构建重组昆虫杆状病毒,转染sf 9昆虫细胞,经丙酮固定,制成SARS特异性诊断抗原,建立检测病人血清抗SARS-CoV抗体的免疫荧光试验(immunofluorescence assay,IFA)。结果 此抗原仅与SARS阳性病人血清起反应,而与正常人及其他发热病人血清不起反应。经双盲试验,与空斑减少中和试验(plaque reduction neutralization test,PRNT)阳性的2003年SAILS病人血清的符合率为97．8％;检测2004年广东新发4例SAILS病人进展期血清均阳性,发病后第6天即可检出抗体1：40阳性,至第9天,升至1：640.结论 此法用于检测病人血清中SARS抗体,具有特异性强、敏感性高,试剂制备简单、安全,不需P3实验室,为诊断与研究SAILS提供新的途径和手段。     

SARS冠状病毒的生物学性状及实验室检测方法研究进展

严重急性呼吸道综合征(Severe Acute Respritory Syndrome,SARS,即非典型肺炎 ) 在全球二十多个国家和地区爆发,是进入新世纪以来的一次危胁人类健康的重大灾害. 在各国医学专家的共同努力下,很快将引起SARS的病原体锁定为变异的冠状病毒--SARS冠状病毒 (SARS Coronavirus, SARS CoV )这是一种全新的病毒,充分认识其生物学特性对于我们防治和攻克SARS有十分重要的意义.本文介绍了最近国内外对SARS CoV生物学性状和实验室检测方面的研究现状及进展,希望为SARS的防治和研究提供参考.     

SARS病人特异性抗体的检测及其与T细胞亚群计数和激素治疗的相关性

目的：了解SARS病人抗SARS—CoV的检出与病程、T淋巴细胞亚群数值变化及激素治疗间的关系。方法：用ELISA和流式细胞术分别检测SARS病人系列血清标本的抗SARS—CoV和血液T淋巴细胞亚群的绝对值，并进行动态观察。结果：大多数SARS病人的抗SARS—CoV，需在发病10d后的系列血清可检出，其不随T淋巴细胞亚群计数的减少，和激素治疗而转为阴性或明显降低。结论：SARS病人抗SARS—CoV的检出与病程有关，但与T淋巴细胞亚群数值的变化和激素治疗均无显著相关。     

RT-PCR结合GeneScan检测SARS病毒的高灵敏度技术的建立及应用

目的建立高度敏感的检测SARS病毒(SARS—CoV)RNA的技术，提高SARS病毒检出率。方法用RT—PCR技术扩增SARS—CoV 138bp片段并荧光标记后，用ABI-310毛细管电泳仪和GeneScan软件对扩增产物进行分析，并以峰高的方式给出产物的相对产量，参考空白对照和阴性对照的峰高定出本批实验检测基线。高于基线为SARS病毒阳性。结果检测了来自20例SARS患的67份标本，与常规的琼脂糖凝胶电泳法的结果(23／67)相比，GeneScan法(38／67)检测SARS—CoV的灵敏度提高22．4％。全部20例患的1-5种标本中都有1种、2种甚至3种、4种检出为阳性。病程1-22天的患均能检出阳性。结论ABI-310仪检测SARS—CoV的灵敏度较高，有助于早期诊断。     

SARS病情的动态变化

此前曾认为,导致此次SARS全球流行的元凶——SARS冠状病毒(SARS— CoV)是一种已知的人的冠状病毒的突变,从而获得了新的致病力;或是一种动物 冠状病毒的突变具有了感染人的能力;或是两种人类冠状病毒或人与动物冠状病 毒的重组。 然而,2003年5月15日新英格兰医学杂志(N ENGL J MED)于网上发表 了Katnryn V.Holmes撰写的题目为“SARS相关的冠状病”的研究文章,对SARS 患者血中病毒抗体进行了检测及研究。研究结果显示,这个抗体与已知的任何一种抗体均不同,提示SARS—CoV对人类是一个全新的病毒。 SARS—CoV的核苷酸序列已被科学家们测定出来,人们发现它的基因组成与已知的冠状病毒的序列完全不同。SARS—CoV的基因组序列不包括编码HE的基因,也没有从其他病毒或宿主细胞获得的大的基因片段。因此,人们推测SARS—CoV既不是已知病毒的突变,也不是已知病毒的基因重组。它是一个全新的冠状病毒,有可能寄生于其他动物,在某种条件下获得了感染人的能力。只有在SARS疫情最初暴发的区域检测野生及家养动物的血清才能鉴别它的最初宿主。比较来自SARS患者和自然宿主的病毒间的差异,有可能揭示病毒如何变迁转而感染人类。当病毒以人类为宿主后,是否还具有感染其初宿主的能力?若病毒丧失了这个能力,人类彻底清除这个病     

新型冠状病毒肺炎的研究进展

自2019年12月起,中国湖北省暴发了一系列原因不明的肺炎病例,科学家分离出一种新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS CoV 2）,这种病毒感染已经在中国和全球多个国家流行,引起了全球关注。这是继严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS CoV）后发现的第三种冠状病毒,目前诸多学者对其进行大量的研究,本文对SARS CoV 2的病原学、流行病学特点、临床表现、影像学检查、实验室检查、诊断及治疗等进行综述。     

应当重视SARS散发病例的发现和研究——SARS防治战略的一点刍议

2003年上半年SARS爆发流行,给我国的社会和经济 造成了重大的影响。我们付出了代价,当然也促进了公共卫 生措施的进步和相关领域学术上的发展。当前都在警惕 SARS新一轮流行的再来,都在思考如何主动的作好防治和 深入的研究。在这里,我们提出有关SARS散发病例的问 题,应当如何     

应当重视SARS散发病例的发现和研究--SARS防治战略的一点刍议

2003年上半年SARS爆发流行，给我国的社会和经济造成了重大的影响。我们付出了代价，当然也促进了公共卫生措施的进步和相关领域学术上的发展。当前都在警惕SARS新一轮流行的再来，都在思考如何主动的作好防治和深入的研究。在这里，我们提出有关SARS散发病例的问题，应当如何去认识它，它与爆发和群发有什么关系，它本身对人类又有多大危害。     

2004年宁波大学流感爆发病毒株的血凝素基因分析

目的了解宁波地区流行性感冒(流感)病毒株的变异情况。方法采集2004年5月宁波大学流感爆发期间病人的含漱液进行病毒分离、鉴定，并对其中1株病毒的血凝素重链区进行了核苷酸和氨基酸序列分析。结果在9份样品中共分离到流感病毒3株，经血清学试验鉴定为甲3型。与2002年宁波市流感病毒流行株的核苷酸同源性为98．2％-98．3％，氨基酸同源性为96．7％-97．3％；与2003年流行株的核苷酸同源性为98．7％，氨基酸同源性为97．6％；与参考株A／Sydney／05／1997的核苷酸同源性为95．9％，氨基酸同源性为92．7％；与参考株A／Wuhan／359／1995的核苷酸同源性为94．6％，氨基酸同源性为91．2％。结论2004年宁波大学流感爆发的病毒为甲3型。其HA1区序列更接近2003年流行毒株，与A／Sydney／05／1997毒株的同源性要高于A／Wuhan／359／1995。该爆发流行的毒株可能是在宁波以前流行毒株的基础上进化而来的。     

SARS冠状病毒可能编码蛋白质的三级结构预测

在本研究组稍早的工作中[1],我们已经基于基因组序列和蛋白质初步分析,完成了SARS冠状病毒(SARS Coronavirus, SARS CoV)所有推测蛋白质(putative protein)的二级结构分析 .     

山西33例SARS病人接触感染追踪

有关严重急性呼吸综合征(SARS)的病因和流行病学资料目前还很有限。探讨SARS传染源和传播途径对控制本病的持续流行有重要的意义。为此,我们对山西某医院收治的33例临床诊断为严重急性呼吸综合征(SARS)病人的接触感染情况进行了追踪分析。一、材料与方法 1.一般资料:病例来自2003年3月31日～5月2日山西某医院的住院病人。33例患者均为按卫生部推荐的诊断标准临床诊断为SARS病人,其中5人经治疗已痊愈出院,4人抢     

SARS患者病原学诊断及病毒传播规律研究

目的探讨血清抗SARS—CoV特异性LgG、IgM；外周血单核细胞、漱口液以及粪便SARS—CoV特异性套式RT-PCR检测SARS—COV RNA在SARS确诊中的意义，并通过研究其系列标本，进一步探讨SARS—CoV特异性IgG、IgM出现规律及病毒传播规律。方法临床诊断SARS患者28例，1周采集2次血清、大便及漱口液系列标本。ELISA测定血清抗SARS—CoV特异性IgG、IsM，套式RT—PCR检测外周血单核细胞、漱口液以及粪便SARS—CoV RNA。结果血清SARS—COV—IgM阳性率为50％(14／28)；SARS—COV—IgG阳性率为78．6％(22／2s)。早期(-10天)IgG可出现；4周阳性率最高；IgG出现晚(11天-)，2—3周阳性率最高；持续时间短(11天-)，4周后大部分患者阴转。PBMC SARS—COVRNA阳性率为32．1％(9／28)，病程10—14天阳性率最高；漱口液SARS—COVRNA阳性率为57．1％(16／28)，大便SARS—COVRNA阳性率为60．7％(17／28)；病程2—3周阳性率最高。85．7％(24／2．8)可确诊SARS；14．3％不能确诊SARS。结论SARS诊断必须加入病原学诊断标准，而且必须结合特异性抗体、外周血单核细胞、漱口液以及大便SARS—CoVRNA检测，综合判断。由于SARS患者特异性抗体出现晚等特点。因此，SARS特异性抗体不能作为早期诊断。SARS患者病程2—3周传染性可能最强，而早期(10天内)传染性可能弱。