实时荧光定量RT-PCR与ELISA检测孕妇血清风疹病毒的比较分析

目的应用TaqMan实时荧光定量RT-PCR技术定量检测孕妇血清标本中风疹病毒RNA,并与ELISA法比较其敏感度与特异度,为孕妇早期风疹病毒检测提供迅速准确的方法。方法收集126例已确诊风疹病毒阳性孕妇血清标本与107例女性健康查体者血清标本,同时进行实时荧光定量RT-PCR核酸检测与风疹病毒ELISA法IgM抗体检测,比较两种方法的敏感度与特异度。结果以细胞培养法为金标准,实时荧光定量RT-PCR法敏感度为92.9%,特异度为98.1%。ELISA IgM抗体法的敏感度和特异度分别为97.6%,86.9%。两种方法的敏感度无显著性差异（p〉0.05）,实时荧光定量RT-PCR法的特异度明显高于ELISA IgM抗体法（p〈0.01）。结论实时荧光定量RT-PCR简便快捷、敏感性高、特异性高、定量准确,在临床风疹病毒基因检测中具有很大的应用潜力。     

登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒(DV)及DV病毒的RNA拷贝数.方法 利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系.检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性.结果 该方法检测灵敏度可达1×103 copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为O.792.结论 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DV RNA载量.     

实时荧光定量PCR标准品的制备及应用

目的探讨并建立快速而准确用于实时荧光定量PCR标准品的方法.方法通过培养细胞,提取总RNA并逆转录为cDNA后做PCR,电泳,胶回收,T-A克隆,测序后,大量提取质粒,送公司定量.结果获得了预期希望的质粒.结论该方法能大量制备质粒标准品,在实验中取得较满意的效果.     

TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法检测SIV/SHIV病毒RNA拷贝数方法的建立

目的建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒的RNA拷贝数。方法利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对本室SIV/SHIV病毒RNA定量外标准品RS的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果该方法检测灵敏度可达4.60×101copies/μL,特异性及重复性良好,对同一样品进行16次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为0.066。结论TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒RNA载量。     

实时荧光定量TaqMan-PCR检测小鼠多瘤病毒方法的建立

目的 建立一种快速、特异、敏感的小鼠多瘤病毒 (murine polyomavirus, MPyV)荧光定量 TaqMan PCR检测方法, 用于MPyV核酸的检测。 方法 根据GenBank中小鼠多瘤病毒基因组序列设计了一对特异性引物及TaqMan探针, 扩增长度为69 bp的片段, 通过优化反应体系和反应条件, 对构建的重组质粒标准品进行检测, 并绘制标准曲线, 进行特异性、敏感性和重复性试验。最后用建立的方法对人工感染MPyV的肺脏、脾脏和粪便, 及86 份小鼠临床样本进行检测, 验证在临床应用中的效果。 结果 所建立的检测方法特异性强, 只能在小鼠多瘤病毒DNA中检出荧光信号, 检测灵敏度达到100拷贝, 批内和批间重复性好, 检测结果变异系数(CV)均小于1.13%, 人工感染MPyV小鼠的肺脏、脾脏和粪便均为阳性, 对86份临床样本进行检测, 有3份样本呈阳性(阳性率为3.5%)。 结论 建立的MPyV荧光定量TaqMan-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好, 适合用于MPyV临床诊断、日常监测和流行病学调查。     

Satb2基因实时荧光定量聚合酶链反应标准品的制备及应用研究

目的:制备用于Satb2基因实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)的标准品。方法:提取胚胎上颌突组织总RNA,行逆转录反应获得第一链的cDNA,再通过PCR回收获得预期Satb2基因片段;通过T-A克隆将该片段插入pGMT质粒载体;大量提取质粒,定量后进行标准曲线的制作和实时荧光定量PCR。结果:重组质粒经PCR扩增及序列测定表明,pGMT/Satb2基因已成功克隆。结论:所构建的pGMT/Satb2基因实时荧光定量PCR检测标准品应用Taqman荧光探针技术建立的标准曲线线性关系好,灵敏度和特异性高,准确可靠,此法可作为实时荧光定量PCR检测Satb2基因的标准方法。     

实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）法与细胞培养法检测流行性感冒病毒的比较

目的：比较实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法与细胞培养法检测流行性感冒病毒的差异。方法采用实时荧光定量RT-PCR及经典的狗肾传代细胞病毒分离2种方法,同时对流感监测点送检的80份疑似流感标本检测流感病毒。结果细胞培养病毒分离的阳性数为26份,实时荧光定量RT-PCR的阳性数为36份,χ2=8.1, P<0.005。结论通过该实验,验证了实时荧光定量RT-PCR的确快速敏感,适用于实验室快速诊断。     

实时定量RT-PCR检测博尔纳病病毒方法的建立

目的 建立检测博尔纳病病毒(BDV)RNA的实时定量RT-PCR(real-time RT-PCR)方法.方法 设计BDV-p40基因特异性引物和探针,优化反应条件;并以已知的BDV-p40基因扩增产物的克隆为标准品,建立标准曲线;然后对已知BDV RNA进行实时定量RT-PCR的特异性和敏感性检测.结果 建立了特异检测BDV RNA的实时定量RT-PCR技术,并且可以检测到感染细胞中1个拷贝以上BDV RNA.结论 本技术可以直接用于BDV感染的检测和定量分析.     

HCV-RNA实时荧光定量的临床价值

目的评价实时荧光定量聚合酶链反应(RFQ-RT-PCR)检测丙型肝炎病毒(HCV-RNA)在临床中的应用价值。方法用RFQ-RT-PCR检测325例肝炎病人标本,并同时采用ELISA检测抗-HCV,了解样本中HCV-RNA含量与抗-HCV的相关性。结果325份标本中有15例HCV-RNA含量高于1000拷贝/ml,18例抗-HCV阳性。经统计分析,两者有明显的相关性。结论RFQ-RT-PCR技术检测HCV-RNA特异性强,灵敏度高,具有良好的应用价值。     

实时荧光定量RT-PCR检测肝细胞肝癌中B-myb的表达及其临床意义

目的 建立B-myb mRNA表达量检测的实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)系统,检测肝细胞肝癌(HCC)中B-myb的表达并分析其临床意义.方法 用实时荧光定量聚合酶链反应技术检测70例HCC患者癌组织、癌旁肝组织及18例正常肝组织中B-myb mRNA的表达情况.结果 B-myb mRNA在肝癌组织(0.0375±0.0168)及癌旁肝组织(0.0353±0.0128)中的表达水平明显高于在正常肝组织(0.0265±0.0099)中的表达水平(P＜0.05),而在肝癌组织及癌旁肝组织中的表达水平差异无统计学意义(P＞0.05).B-myb在人肝癌组织中的表达与临床分期、肝外转移及术后复发明显有关,而与门静脉癌栓、肿瘤个数、肿瘤直径、血清AFP水平及分化程度无明显关系.结论 该方法克服了传统PCR只能定性检测而不能定量检测的缺点,为研究B-myb在HCC中的表达提供了定量方法.B-myb可能与肝癌的发生、发展有关.     

乙型脑炎病毒TaqMan逆转录聚合酶链反应检测方法的建立

目的采用TaqMan技术，研究建立实时荧光逆转录聚合酶链反应技术（RT—PCR）检测乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis，JEV）的效果。方法根据JEV非结构蛋白基因NS3基因序列（GenBank序列号，U15763），结合生物学软件序列比对分析，设计1对特异性引物和TaqMan寡核苷酸探针，优化荧光RT～PCR反应条件后，以模板梯度稀释法及相关毒株对比扩增检验测定方法的敏感度和特异性。结果引物和探针最佳浓度均为0．20uM，复性温度为55℃。方法至少检测出1 copy／止病毒RNA，与流感、麻疹、腮腺炎、风疹、水痘等病毒均无交叉反应。从病毒核酸提取至完成检测仅需3hr左右。结论所建立的JEV病毒TaqMan荧光RT—PCR方法敏感特异，有助于JEV感染的实验室早期快速诊断。     

大鼠疑似泰勒氏病毒荧光定量检测方法的建立

目的 建立一种能在临床上快速、准确地检测大鼠疑似泰勒氏病毒（Theiler''s-like virus of rats,TLV）的方法,采用TaqMan探针荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）技术,特异性针对TLV病毒核酸进行检测。方法 通过基因合成序列作为质粒标准品的模板,同时选择特异性的序列在3622~3729 nt处,设计一对引物和TaqMan性探针,优化反应体系及条件,进行qPCR扩增,从而建立TLV TaqMan探针qPCR方法,并对其灵敏度、稳定性和特异性进行评价。结果 建立的TLV qPCR检测方法,标准曲线线性关系良好,R²值可达到0.99,灵敏性最低能够检测到10个拷贝数/μL,对比普通PCR方法,高出其100倍;对其他常见大鼠病毒均无非特异反应;重复性良好,批内和批间变异系数均小于1%。结论 利用TaqMan探针建立快速检测TLV的荧光定量PCR方法,该方法具有操作简便、灵敏度高、特异性好等特点。     

TaqMan real-time fluorescent quantitative RT-PCR in detection of macrophage in-flammatory protein-2γ mRNA in myocarditis murine

Objective: To study the role of macrophage inflammatory protein (MIP)-2γ in myocarditis pathogenesis in BALB/c mice. Methods: The relationship, between the progression of Coxsarckie virus B3 ( CVB3 ) viral myocarditis and experimental autoimmune myocarditis and MIP-2γ mRNA expression in mouse was studied by TaqMan real-timefluorescent quantitative RT-PCR. Results: MIP-2γ mRNA expression rose on 3 to 5 d after CVB3 infection, reachedpeak on 7 d, and returned to normal level until 14 d, which corresponded well with the disease course. The MIP-2γ/mRNA expression level rose significantly on the day 18 d after immunization with porcine cardiac myosin, which wasconsistent with pathological examination. Conclusion: MIP-2γ/may be involved in the pathogenesis of myocarditis.     

扎伊尔型、苏丹型埃博拉病毒TaqMan探针实时定量PCR核酸检测方法的建立

目的建立针对扎伊尔型(ZEBOV)及苏丹型埃博拉病毒(SEBOV)特异、灵敏和快速的Taq Man探针实时定量PCR核酸检测方法。方法选用世界卫生组织(WHO)参比实验室所使用的引物和探针序列,建立针对扎伊尔型及苏丹型埃博拉病毒的NP基因序列保守区的Taq Man探针实时定量PCR核酸检测方法,验证检测方法的灵敏性、特异性和稳定性,并与常规PCR检测方法进行比较。结果所建立的实时定量PCR方法可用于ZEBOV及SEBOV的特异性检测,较传统PCR方法反应快捷、灵敏,分别可达:ZEBOV 34拷贝/反应、SEBOV 24拷贝/反应;具有良好的特异性、稳定性和可重复性。结论建立了ZEBOV及SEBOV Taq Man探针实时定量PCR核酸检测方法,该方法可有望用于埃博拉病毒(EBOV)的实验室、临床及现场核酸检测。     

Allglo探针与TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测猴免疫缺陷病毒的比较

目的比较Allglo 探针和TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测SIV 的灵敏度下限和重复性。方法把SIV 标准品进行梯 度稀释成6 个浓度,每个浓度同时提取12 个标本进行批内差异分析,每个标本提取12 次进行批间差异分析之后进行逆转录 并用TaqMan探针和Allglo 探针进行定量PCR检测。批内差异分析者每个标本同时进行逆转录和上机检测,批间差异分析 者分12 次进行逆转录和检测,对这两种探针的PCR结果利用ABI7300 定量PCR仪所携带的软件和相关的统计学方法进行 分析。结果TaqMan 探针和Allglo 探针法检测SIV 标准品的灵敏度下限均为50 copies/mL。重复性结果显示：批内结果差 异分析显示Allglo 探针法最大变异系数为0.63%,最小变异系数为0.33%,TaqMan 探针法最大变异系数为1.33%,最小变异 系数为0.2%;批间结果差异分析显示Allglo 探针法最大变异系数为1.77%,最小变异系数为0.95%,TaqMan探针法最大变异 系数为1.86%,最小变异系数为1.03%。结论在荧光定量RT-PCR 法检测猴免疫缺陷病毒中,Allglo 探针法可能优于 TaqMan探针法。     

定量实时RT-PCR检测非霍奇金淋巴瘤端粒结合因子2 mRNA的表达

目的:建立定量实时RT-PCR,研究非霍奇金淋巴瘤(NHL)患者肿瘤组织端粒结合因子2(TRF2)mRNA表达.方法:用RT-PCR扩增目标基因cDNA,电泳后切胶、纯化作为标准品,建立待测基因标准曲线;用实时RT-PCR测定32例NHL和8例反应性淋巴结炎患者淋巴组织TRF2的表达.结果:实时RT-PCR标准曲线中,模板cDNA含量和扩增时产生的荧光信号相关系数为0.996.实时RT-PCR终点产物凝胶电泳的基因条带灰度值和模板cDNA含量的相关系数为0.779(P＜0.05).在NHL患者中,滤泡型淋巴瘤、套细胞淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤TRF2 mRNA表达量分别为(22.943±9.424)amol、(23.181±5.983)amol和(18.339±7.910)amol,与良性反应性淋巴结炎组织[(21.796±4.800 )amol]相比无显著性差异(P>0.05).但Burkitt淋巴瘤TRF2 mRNA表达量为(33.170±12.841)amol,显著高于良性反应性淋巴结炎组织和其他类型恶性淋巴瘤(P＜0.05).结论:定量实时RT-PCR能精确测定目标基因mRNA表达.在NHL中,Burkitt淋巴瘤TRF2 mRNA表达量明显高于滤泡型淋巴瘤、套细胞性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤.     

Nested real-time quantitative polymerase chain reaction assay

Background  Successful treatment of hepatitis B can be achieved only if the template for hepatitis B virus (HBV) DNA replication, the covalently closed circular HBV DNA (cccDNA) can be completely cleared. To date, detecting cccDNA remains clinically challenging. The purpose of this study was to develop a nested real-time quantitative polymerase chain reaction (PCR) assay for detecting HBV cccDNA in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and bone marrow mononuclear cells (MMNCs).

Methods  Based on the structural differences between HBV cccDNA and HBV relaxed circular DNA (rcDNA), two pairs of primers were synthesized as well as a downstream TaqMan probe. Blood and bone marrow samples were collected from hepatitis B patients and healthy controls. To remove rcDNA, samples were incubated with mung bean nuclease and the resultant purified HBV cccDNA was then amplified by nested real-time fluorescence quantitative PCR. The cccDNA levels were calculated using a positive standard.

Results  The nested real-time fluorescence quantitative PCR method for HBV cccDNA was successful, with a linear range of 3.0×10² copies/ml to 3.9×l0⁸ copies/ml. Of the 25 PBMC samples and 7 MMNC samples obtained from chronic hepatitis B or liver cirrhosis patients, 3 MMNC samples and 9 PBMC samples were positive for HBV cccDNA, while all of the 21 PBMC samples from healthy controls were negative.

Conclusion  The nested real-time fluorescence quantitative PCR may be used as an important tool for detecting cccDNA in hepatitis B patients.