汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析

目的 测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒84FLi株的全M片段基因序列，了解其分子基础。方法 采用反转录－聚合酶链反应（RT－PCR），分节段扩增M基因片段的cDNA，直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果 84FLi株的全M基因序列组成为：M片段基因共由3616个核苷酸组成，四种核苷酸的比例分别为A30．92％，C18．03％，G21．18％，T29．87％。GC含量为39．21％，AT含量为60．79％，最大开放读码框为41－3448，共编码1135个氨基酸。核苷酸序列同源性分析表明84FLi株与HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性，其中与中国株的同源性较高，与HV114株的同源性为85．5％。与HTNV的国际标准毒株76－118的核苷酸同源性分别为84．0％，氨基酸的同源性为96．0％。结论 84FLi株属于汉滩型病毒，并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高。     

肾综合征出血热患者流产胎儿分离毒株84FLi的全基因序列分析

目的：克隆和测定汉滩病毒疫苗生产株84FLi的全基因组序列,了解其分子基础。方法：采用逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）,分节段扩增84FLi株L、M和S基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果：84FLi株L、M、S3个片段的全基因组序列为6533,3616和1688个核苷酸,分别编码2151,1135,429个氨基酸。A、C、G、T4种核苷酸分别为3830,2050,2510和3447个,GC含量为38．52％,AT含量为61．48％。序列同源性分析表明84FLi株与分离自广州的RG9株和分离自安徽的Chen4株高度同源。S片段核苷酸的同源性99．6％。与HTNV的国际标准毒株76－118的3个片段核苷酸同源性分别为83．7％、84．0％和87．2％,氨基酸同源性分别为97．5％、96．0％和97．9％。结论：84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高,与中国株Chen4株和RG9株属于同一亚型。     

汉滩病毒西安分离株84FLi M片段的克隆

目的:克隆汉滩病毒84FLi株M片段的cDNA. 方法:提取病毒总RNA,反转录为cDNA模板,用高保真的Taq酶扩增出G1和G2两个糖蛋白编码的基因片段:84M2.0(1～2058)和84M1.6(1964～3616). 将这两个片段分别与T载体-pMD18-T连接,转化感受态大肠杆菌后获得两个分别为G1和G2编码的克隆pMD84M2.0和pMD84M1.6. 再利用酶切连接的方法获得M片段全序列的cDNA克隆. 结果:获得两个分别为G1和G2糖蛋白序列编码的克隆,进而酶切组装为含有M片段全序列的cDNA克隆. 结论:获得了84FLi株M片段全序列的cDNA克隆.     

江苏省2009—2013年汉坦病毒分离株全基因序列测定及分析

目的:从分子水平分析2009—2013年江苏省分离汉坦病毒(Hantavirus,HV)的型别及变化,为疾病的预防控制提供实验依据?方法:采集2009—2013年江苏省肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)急性期患者血清及监测点鼠肺标本?采用胶体金法检测血清样本中汉坦病毒的IgM?IgG抗体,采用免疫荧光检测鼠肺样本中汉坦病毒抗原,并用VERO E6细胞分离病毒,RT-PCR检测标本培养物中病毒M片段以鉴定HV病毒,采用高通量测序技术对分离株进行全基因组测序,MEGA6.0软件对其进行序列比对和进化分析?结果:分离到的11株病毒与陕西分离株LR1?四川分离株S85-46以及汉坦病毒原型株76-118遗传距离最为接近,属于汉滩(Hantean,HTN)型病毒?分离株与2002年分离的江苏(A9?HTN型)株以及浙江株?安徽株处于不同的进化分支上,表明遗传关系较远?结论:江苏的汉坦病毒优势株发生了变化,而且发生了宿主转换?目前疫苗仍具有保护效力,但需加强监测?     

汉坦病毒西安分离株基因组全序列测定及分析

目的：测定分离自西安地区黑线姬鼠携带的的汉滩病毒毒株XAAal0091712全基因组序列,对各片段进行进化分析。方法：设计各片段引物,采用反转录-聚合酶链反应,分节段扩增各基因片段,直接用PCR产物或克隆入pMDl8-T载体后进行测序分析。结果：汉坦病毒毒株XAAal0091712全基因组由11845个碱基构成,其中A为3800（3l-99％）,C为2085（17．55％）,G为2551（21．47％）,T为3444（28．99％）;分s、M、L3个片段,各片段进化分析显示其与汉滩病毒贵州分离株高度同源。结论：该毒株属汉滩型病毒,与我国贵州地区汉坦病毒同源性较高,分型属于S2／M9／L4。     

广州地区呼吸道合胞病毒分离株G蛋白基因序列分析

目的：探讨广州地区呼吸道合胞病毒(RSV)G蛋白基因变异的生物学意义，为研究广州地区BSV感染特点及RSV疫苗提供依据。方法：用PT—PCR的方法从广州地区呼吸道合胞病毒分离株98159株的细胞培养物中扩增出编码其表面蛋白G的基因片段，克隆至pGEM—T载体中并进行序列测定。结果：序列测定结果与A亚型原型株A2抹、1990年中国北京地区分离株B79G蛋白的核苷酸序列比较核苷酸同源率分别为92．7％及98．4％；由核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源率分别为88.3％及97．0％。一些重要的免疫反应位点发生了变异。结论：RSVG蛋白抗原结构变异大，在研制疫苗时应注意选用株的地区性。     

深圳市新分离两株基孔肯雅热病毒的分子遗传学分析

目的 对2010～2012年深圳市报告的两起输入性基孔肯雅热病原体进行分子遗传学分析.方法 利用C6/36细胞从病人血清中分离基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV),对分离得到的CHIKV进行全基因组测序和构建系统发生树,结合流行病学资料对其分子遗传特征进行分析.结果 成功分离得到两株CHIKV,分别命名为SZ_20101028和SZ 20120702,SZ_20101028全基因组长为12377bp,SZ_20120823全基因组长为11893bp;构建系统发生树分析,结果表明,SZ_20101028是印度洋亚型,ECSA型的后裔.SZ_20120702为Asian亚型.结论 SZ_20101028与最近10年来在印度洋岛屿爆发流行新亚型且与2010年由输入性引发起东莞疫情爆发的毒株亲源性最高,为99％;而SZ_20120702为Asian亚型,不是近年来爆发流行株.     

广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株E基因序列分析

目的测定广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株的E基因序列并进行分析。方法收集广州市2006年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发生树,进行生物信息学分析。结果59份标本中38份病毒分离培养阳性,获得广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株GZ2006/1707的E基因序列,其同源性与东南亚缅甸、泰国、柬埔寨等地的流行株接近,但与广州市2002年Ⅰ型登革病毒流行株GZ2002/281较远。结论广州市2006年流行的登革病毒属输入性,但与2002年流行的登革病毒有不同的输入源。     

佛山市登革2型病毒流行株结构基因序列测定及分析

目的对我国登革2型病毒1993年广东省佛山市流行株GD06/93结构蛋白基因进行序列测定及分析,追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系,为研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定。结果GD06/93株结构基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸。与其它登革2型病毒株TSV01、Taiwan-1008DHF、NGC、44、ThD2_0038_74、ThNH81/93、gd08/98、04、Cuba165/97及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为97%、96%、95%、95%、95%、94%、94%、92%、92%、91%。结论GD06/93病毒株的结构基因序列与已发表的其它登革2型病毒株同源性很高。在比较的6株登革2型病毒株中,GD06/93株与同期在澳大利亚流行的TSV01株同源性最高。     

湖南省20株狂犬病毒株与疫苗株N基因序列分析

目的 分析湖南省狂犬病毒株与疫苗株的N基因序列及遗传进化关系,从基因角度解决疫苗的选择问题,为狂犬病的防治提供科学依据.方法 采用KT-PCK法从市售家犬脑组织标本内获得N基因并进行测序,采用DNAStar软件包中的MegAlign软件,将所得结果与国内外发表的代表性疫苗株相应基因进行核苷酸、氨基酸序列同源性比对分析,并以Neighbor-Joining法构建系统发生树.结果 湖南省20株狂犬病毒与国内外13株疫苗代表的株核苷酸同源性在85.3%～94.2%(中位数88.6%).相应地,N基因编码的氨基酸序列同源性为95.4%～99.6%(中位数99.2%).其中,与中国疫苗株CTN、SRV-9,国外疫苗株CVS、RBE3-15、SADB19-1st及HEP-Fllury株的氨基酸序列同源性范围在99.2%～99.6%,并以与CTN疫苗株同源性中位数最高(90%).系统发生分为两大群.湖南省20株研究毒株与中国人用CTN株具有很高的亲缘性,构成第一群.其余的疫苗毒株构成第二基因群.结论 湖南省狂犬病毒株与中国人用疫苗株CTN同源性最高、亲缘关系最近,因此在湖南省使用CTN疫苗株效果可能较好.     

河南省1例柬埔寨输入登革热病例的病原分子分型与全基因序列分析

目的鉴定河南省1例来自柬埔寨的登革热输入性病例的登革病毒(dengue virus,DENV)血清型和基因型及其序列特征和传播来源。方法患者血液标本来源于2019年国家疾病监测系统网络直报的登革热疑似病例。样品经快速检测DENV NS1抗原和IgM/IgG抗体,再提取血清中核酸,应用荧光RT-PCR法进行DENV血清型鉴定,同时用Vero和BHK-21细胞对血清标本进行病毒分离培养,阳性培养物扩增全基因组序列,进行序列系统进化分析。结果该病例实验室确诊为DENV 1型感染,并从血清标本中分离到病毒株,测序后拼接成全长10670 nt的全基因组序列,经系统进化分析,该病毒株属于DENV 1型基因Ⅰ型,与东南亚流行株具有较高同源性和较近亲缘关系。结论2019年河南省来自柬埔寨的输入性病例的病原体为DENV 1型基因I型,此为近年来东南亚输入我国的常见血清型和基因型。     

河北省肾综合征出血热主要流行区鼠携带汉坦病毒基因序列分析

目的了解河北省肾综合征出血热（haemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS）主要流行区汉坦病毒主要流行株的基因型及其变异情况。方法收集2012年河北省东北部地区捕获的啮齿动物,均为褐家鼠,取鼠肺组织,用间接免疫荧光法（indirect immunofluorescence assay,IFA）检测,抗原阳性的标本进行汉坦病毒（Hantavirus,HV）M部分片段扩增并测序,与该地区以往序列及其他部分标准株进行系统发生树及同源性分析。结果收集164份鼠肺标本,经IFA检测26份阳性,挑选9份有代表意义的标本进行逆转录巢式PCR扩增,9份鼠肺标本经RT-PCR检测均为汉城（SEO）型HV,病毒间变异不大,同源性达95.2%~100.0%。以往测序株与新测序株比较同源性为99.0%~100.0%。系统发生树分析结果表明9份标本均为SEO型HV,且为S3亚型。结论河北省HFRS主要流行区HV以SEO型为主,亚型为S3亚型。同型HV基因相对保守,具有区域稳定性特征。     

汉坦病毒S基因0.7 kb片段真核载体的构建、表达及基因免疫

目的 在本室前期工作的基础上,进一步进行汉坦病毒S基因0．7kb片段的真核表达及基因免疫的研究。方法 构建汉坦病毒76－118株S基因5'端700bp片段的真核表达载体pcDNA3.1-S0.7,脂质体转染COS－7细胞,免疫荧光检测表达结果;用该质粒免疫BALB／c小鼠,并用免疫荧光法及ELISA法检测免疫的体液免疫应答效果。结果 免疫荧光检测结果表明,目的基因在COS－7细胞中获得瞬时表达;用pcDNA3.1-S0.7基因免疫小鼠可引起抗汉坦病毒核蛋白（NP）特异性的抗体应答。结论 汉坦病毒S基因0．7kb片段可刺激机体产生特异的抗汉坦病毒体液免疫应答。为进一步进行细胞免疫反应的检测及基因疫苗的研究提供实验基础。     

TT病毒在老年人非甲-庚型肝炎中的检测及序列分析研究

目的：研究分析老年人TT病毒（TTV）感染情况和基因序列变化。方法：用聚合酶链反应（PCR）对98例老年人非甲-庚型肝炎患进行血清TTVDNA检测，并对其中2例进行TTVDNA部分基因核苷酸序列测定。结果：98例非甲-庚型肝炎中43例（43.9％）TTVDNA阳性，对其中2株TTV部分基因克隆测序后，与日本株相比，其核苷酸序列的同源性为98％。结论：本研究提示TTV存在非血源性的感染途径，TTV感染可能是老年人非甲-庚型肝炎的病因之一。     

版纳微型猪近交系SRY基因编码区序列克隆及生物信息学分析

目的获得版纳微型猪近交系(BMI)SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究。方法以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、Bi-oEdit、ClustalX、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹等15个物种相应SRY编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ和ME法对其编码区氨基酸序列构建了分子系统进化树。结果 BMI猪SRY基因编码区序列长711 bp,编码236个氨基酸,GenBank登录号为GU991615。BMI猪与鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹的SRY基因编码区核苷酸序列相似性分别为83.7%、82.8%、78.4%、78.0%、76.9%、73.3%、73.1%、73.0%、72.9%、72.7%、72.7%、72.2%、71.6%、71.3%、70.8%,相应的氨基酸序列相似性分别为72.8%、54.5%、67.3%、64.5%、61.5%、61.9%、59.5%、61.4%、62.0%、59...