SELDI-TOF-MS技术检测心绞痛患者血浆蛋白指纹图谱的研究

目的： 采用表面增强激光解析/电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术检测心绞痛患者血浆蛋白质指纹图谱,从中筛选出特异的分子标志物。方法: 应用SELDI-TOF-MS技术及金属离子螯合（IMAC-3）蛋白质芯片对20例心绞痛患者和29例正常对照者血浆样本进行检测,借助生物信息学工具（非线性的支持向量机,SVM）提出心绞痛的诊断模型,并运用留一交叉验证法来评估该模型的判别效能。结果: 用SELDI-TOF-MS技术筛选出由3个有显著差异的蛋白质峰［质荷比（m/z）分别为2 667.3、5 914.0和6 890.5］组合构建的诊断模型,可将20例心绞痛患者和29例正常人全部正确分组,诊断特异性和灵敏度均为100%。结论: SELDI-TOF-MS技术在心绞痛的诊断中具有较高灵敏度和特异性,发现的蛋白质峰可能在心绞痛的发病中起一定作用,血浆中分子标志物的发现有助于心绞痛的早期诊断。     

SELDI-TOF-MS技术在口腔黏膜癌前病变和口腔鳞癌的唾液诊断模型中的应用

目的:分析唾液中蛋白质组对口腔鳞癌患者的动态变化的意义,对口腔鳞癌和癌前病变的相关诊断模型的建立进行初步探索。方法:按标准提取唾液标本,采用SELDI-TOF-MS技术,对17例口腔鳞癌患者、7例区域性转移患者、8例白斑患者和15例健康志愿者的唾液蛋白质指纹图谱进行比较,并采用整合性生物信息学方法建立诊断模型。结果:得到唾液诊断模型Ⅰ,为原发性口腔鳞癌患者与正常人的诊断模型:质荷比分别为5797、2902、3883和4951的4个蛋白质峰。其中5797、2902和3883在原发性口腔鳞癌患者唾液中低表达。4951在原发性口腔鳞癌患者唾液中高表达。敏感性为93.33%,特异性为88.24%,总准确率为90.63%。唾液诊断模型Ⅱ,为OSCC区域性转移患者与正常人的诊断模型:质荷比分别为5446、4934、4968、3296、4800和2901的6个蛋白质峰。其中5446、4934和3296在口腔鳞癌区域性转移患者唾液中高表达。4968、4800和2901在口腔鳞癌区域性转移患者唾液中低表达,敏感性为100.00%,特异性为85.71%,总准确率为95.45%。唾液诊断模型Ⅲ,为白斑患者与正常人的诊断模型:质荷比分别为9515、2230、2238、5694和2646的5个蛋白质峰。其中9515和5694在白斑患者唾液中高表达。2230、2238和2646在白斑患者唾液中低表达,敏感性为93.33%,特异性为85.71%,总准确率为86.96%。结论:结合SELDI-TOF-MS和生物信息学方法,唾液对肿瘤的诊断意义将进一步发挥其价值。本研究根据口腔粘膜上皮癌前病变、癌变、转移的唾液蛋白质组的变化,初步建立了3个早期诊断模型。     

帕金森病相关血清蛋白质标志物的筛选及鉴定

 目的：探讨并初步鉴定帕金森病患者血清中相关蛋白质作为特异标志物的可能性。方法：应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)结合纳米磁珠技术检测44例帕金森病和60例健康对照的血清标本,应用生物信息学方法筛选差异蛋白峰,经高效液相色谱（HPLC）分离出差异蛋白,酶解后进行液质联用串联质谱（LC-MS/MS）分析,利用Xcalibur的程序组件BioWorks 3.2完成蛋白质序列数据库鉴定分析。结果：经SELDI-TOF-MS结合纳米磁珠技术筛选出质荷比m/z位于8 937的蛋白质在帕金森病中高表达(帕金森病组表达强度为27.47±16.58,正常组表达强度为5.01±3.47),有显著差异(P<0.01);6 636和8 697的蛋白质在帕金森病中低表达(帕金森病组表达强度为5.43±2.66和20.22±9.57,正常组表达强度为18.85±7.56和51.13±26.22), 有显著差异(P<0.01)。联合上述3种潜在蛋白质标志物,可区分帕金森病组和对照组,其中帕金森病患者检出率为90.0%(27/30),健康者检出率为92.5%（37/40）。对m/z为6 636、8 697和8 937的标志物进行鉴定,结果分别为载脂蛋白C-I、载脂蛋白 C-III 和补体成分3a。结论：鉴定出的载脂蛋白 C-I、载脂蛋白C-III和补体成分3a在帕金森病的诊断中具有一定价值,值得进一步研究和探讨。     

应用蛋白质谱建立活动性肺结核病的血清诊断模型

目的 应用蛋白质谱技术研究活动性肺结核病患者的血清诊断标志物,建立诊断模型早期诊断活动性肺结核.方法 应用表面加强激光解吸-电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)和蛋白芯片技术检测264例活动性肺结核患者、其他呼吸疾病患者和正常人血清;应用Ciphergen蛋白芯片3.1.1软件比较、分析血清蛋白峰,找出差异蛋白;应用Biomarker Pattern 5.0软件建立活动性肺结核的诊断模型.结果 129例活动性肺结核血清和135例对照血清蛋白指纹图谱比较,有50个差异蛋白峰(P<0.01).以69例其他呼吸疾病血清和66例健康人血清为对照,选择5个蛋白峰(4360、3311、8160、5723、15173 m/z)建立诊断模型1,该模型诊断活动性肺结核的灵敏度为82.95%,特异性为89.63%,准确率为86.36%.以69例其他呼吸疾病血清为对照,选择3个蛋白峰(5643、4486、4360 m/z)建立诊断模型2,该模型诊断活动性肺结核的灵敏度为96.9%,特异性为97.8%,准确率为97.3%.结论 应用蛋白质谱技术分析肺结核病患者血清可能建立一种新的结核病早期诊断方法 .     

蛋白质指纹图谱技术在实验诊断与临床医学中的研究进展

蛋白质指纹图谱技术是近五年发展起来的实验室诊断新技术,它具有操作较简便、多样本检测、检测快速、灵敏性和特异性高等优点,是实验室诊断技术革命性的进展。蛋白质指纹图谱技术在医学领域中,主要用于多种疾病,如肿瘤的早期检测,对肿瘤早期检测的敏感性和特异性均在80%左右。以蛋白质指纹图谱技术为基础的免疫组质谱检测是在一个抗体组上同时捕获多个生物标志,并对捕获的变异或修饰的生物标志进行质谱精确分析。蛋白质指纹图谱技术及免疫组质谱检测技术特别对评估传统肿瘤标记物阴性的恶性肿瘤有意义。而且具有在分子或基因水平早期诊断的特点。蛋白质指纹图谱技术是一项发展前景非常好的诊断技术,具有广阔的临床应用前景。     

MALDI-TOF MS技术在生物芯片检测中的应用

基质辅助激光解吸附电离/飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS)是近年来出现的一种精确分子量测定和结构分析的新型平台。以其高灵敏性、高准确度、分析速度快、测量范围宽、分辨率强、样品用量少等优点被广泛应用于检测多肽、蛋白质、核酸、多糖等生物大分子的分子质量和纯度、了解分子间相互作用及翻译后修饰、进行蛋白质和寡核苷酸测序以及高分子聚合物的分子质量分布等。     

运用蛋白指纹图谱技术筛选类风湿关节炎患者血清特异性标志物

目的: 用纳米磁珠与基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术检测类风湿关节炎(RA)患者血清蛋白质组,筛选候选蛋白标志物并建立诊断模型,初步探讨所建立的诊断模型在RA早期诊断中的临床意义。方法: 采用弱阳离子(WCX)纳米磁性微球捕获60例RA患者、35例骨性关节炎(OA)患者和36名健康体检者血清中的蛋白质。所获蛋白经PBSⅡ-C蛋白质芯片阅读仪绘制蛋白指纹图谱。这些蛋白指纹图谱经Ciphergen ProteinChip和Biomarker Wizard软件分析之后,再用Biomarker Patterns 软件进行识别,最终筛选出RA的特异性蛋白标志物,并优化组合建立诊断模型。结果: 在RA患者和对照组之间共找到33个差异蛋白峰(P<0.05)。其中质荷比(m/z)为15 715.5D、7 771.4D、8 959.4D、8 469.8D和8 710.8D的蛋白峰用于建立RA诊断模型。经双盲实验验证,该模型对RA诊断的敏感性为86.7%,特异性为90.0%。结论: 采用WCX纳米磁性微球联用MALDI-TOF-MS技术可检出RA患者血清中的特异性蛋白标志物,并建立敏感性和特异性均较高的RA诊断模型。     

蛋白质组学的相关技术研究进展

目前,生物学研究已进入后基因组时代,一个以＂蛋白质组＂为研究重点的生命科学新时代已悄然到来.近年来,蛋白质组技术发展迅速,激光捕获微切割、蛋白质芯片、同位素包被亲和标记等新技术,促进了蛋白质组学的发展.综述了近年蛋白质组学相关新技术的进展及其应用情况.     

卵巢癌早期诊断方法的研究进展

基因芯片与SELDI-TOF蛋白质芯片技术在卵巢癌早期诊断中得到了广泛应用，但SELDI-TOF蛋白质芯片技术存在的内在缺陷（测试结果的不精确性以及数据分析技术的不成熟性）。改进卵巢癌早期诊断的研究策略有：(1)把基因芯片技术和SELDI-TOF蛋白质芯片技术结合起来进行卵巢癌早期诊断研究；(2)采用MALDI-TOF技术来实现血清蛋白质谱的测试；(3)开发更有效的数据挖掘算法。     

霍乱弧菌O1群有毒株和无毒株的蛋白质谱特征分析

目的 利用双向电泳和质谱鉴定技术探讨环境和人体中霍乱弧菌蛋白表达的差异.方法 利用适当的裂解液处理霍乱弧菌,提取全菌蛋白;采用pH梯度等电聚焦对全菌蛋白进行双向电泳;考马斯亮蓝染色后获得双向电泳图谱,并利用ImageMaster 2D Elite 5.0图像分析软件进行分析,所得的数据采用SPSS15.0进行统计分析,找出差异蛋白;在此基础上,胰蛋白酶消化这些特殊差异蛋白,并进行质谱(MALDI-TOF-MS)分析.结果 获得1032±22个蛋白斑点,蛋白主要集中在等电点(PI)4.00～7.20之间,重复胶的匹配点数为1025±24,匹配率为96.30%;发现了有明显差异的21个蛋白点,并用质谱鉴定了其中4种蛋白.结论 获得了环境和人体中霍乱弧菌蛋白的差异表达蛋白.     

Identification of a proteomic biomarker associated with invasive ST1, serotype VI Group B Streptococcus by MALDI-TOF MS

Background

Group B Streptococcus (GBS) is an important invasive pathogen in neonates, pregnant women and the elderly. Serotype VI GBS, which has been rarely reported globally, has emerged as a significant pathogen in Asia. However, traditional serologic latex agglutination (LA) methods may fail to type isolates that lack of or low expression of CPS.

Identification of Nocardia species from clinical isolates using MALDI-TOF mass spectrometry

The identification of Nocardia isolates still represents a challenge for matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) despite its acceptance for most bacterial and fungal isolates. In this study we evaluate the identification of Nocardia isolates using direct spotting and an updated database.Overall, 82 Nocardia isolates belonging to 13 species were identified by DNA sequence analysis of the 16S rRNA and secA1 genes. Nine of these well-characterized isolates from 6 Nocardia species were used to create an in-house library. The remaining 73 isolates were directly spotted on the target plate and on-plate protein extraction was performed. The protein spectra obtained were analyzed by MALDI-TOF MS using the BDAL database (Bruker Daltonics) updated with 6,903 MSPs or the combination of this commercial database and our in-house library.As a result, the use of the commercial database alone and in combination with the in-house library yielded 94.5% and 95.9% of correct species-level identifications, respectively, No isolate was misidentified at the genus level with either database. Besides, the use of the in-house library allowed the species-level identification of a N. otitidiscaviarum isolate that could only be identified at the genus-level with a score value <1.6 using the commercial database.In conclusion, the implementation of the direct spotting method and the in-house database provided a high rate of correct species assignment of Nocardia isolates despite the low number of isolates added. Further addition of well-characterized Nocardia isolates may ensure the rapid, accurate and inexpensive identification of most isolates encountered in the routine of the microbiology laboratory.     

乳腺癌组织学分级及预后因素分析

目的探讨乳腺癌组织学分级与预后的关系。方法参照ＢｌｏｏｍＲｉｃｈａｒｄｓｏｎ和Ｅｌｓｔｏｎ的方法，对有５年以上随访资料的４７６例浸润性导管癌按腺管形成、核的多形性和核分裂相计数进行组织学分级。结果在浸润性导管癌中，Ⅰ级（７２例）、Ⅱ级（２１６例）和Ⅲ级（１８８例）的５年生存率分别为８１９％（５９例）、６３４％（１３７例）和４９５％（９３例），３级之间差异分别有显著性意义（Ｐ＜０．０１）。结论在非特殊型浸润性导管癌中，组织学分级同临床分期一样，是一个较好的预后指标     

失血性休克大鼠血浆蛋白质的差异分析

目的 应用蛋白质双向凝胶电泳(two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, 2-DE) 技术分析在急性重度失血性休克(acute severe hemorrhagic shock, ASHS)条件下大鼠血浆蛋白质组表达的差异.方法 16 只雄性 Wistar大鼠随机分成对照组(sham hemorrhage shock, SHS)和ASHS模型组,每组8只.采用股动脉放血的方法制备模型,在规定时间内处死大鼠并收集血浆,去除血浆中的高丰度蛋白后进行 2-DE,运用 Image Master 2D Platinum v 5.0 凝胶图像分析软件对 2-DE 凝胶图像进行差异表达分析,有意义的差异蛋白质点用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱进行肽质量指纹图谱分析,借助Swiss-prot 数据库进行蛋白质搜索和鉴定.结果 SHS 组和 ASHS 组肝脏的 2-DE 图谱分别平均识别到(570.0±0.9)和(578.0±1.4)个蛋白质点,SHS 组和 ASHS 组肝脏间平均匹配率达 83.6 %～86.2 %,共发现 8 个差异有意义的蛋白质点,鉴定出了白蛋白、甲状腺激素结合蛋白-D 链蛋白和信号素-3D 前体等 3 种蛋白质.结论 以 2-DE 技术得到重复性和分辨率都较好的 2-DE 图谱,并初步鉴定急性重度失血性休克后大鼠血浆去除高丰度蛋白后的差异表达蛋白质,为深入研究失血性休克的生理病理机制及寻找失血性休克预防和治疗的生物标志物提供了依据.     

Polo-like kinase isoforms in breast cancer: expression patterns and prognostic implications

Polo-like kinase (PLK) family members are known to be functionally involved in mitotic signaling and in cytoskeletal reorganization in both normal and malignant cells. In this study, expression of PLK1 and PLK3 was determined immunohistochemically in tissue specimens of 135 breast carcinomas, and expression was correlated with clinicopathological parameters and patient prognosis. Strong PLK isoform overexpression was observed in 42.2% (PLK1) and 47.4% (PLK3) of breast carcinomas when compared with non-transformed breast tissue. A positive correlation of PLK isoform expression with tumor grade, vascular invasion, erbB2/HER-2 expression and markers of proliferative activity was evident. Additionally, an inverse correlation of PLK isoform expression and estrogen receptor status was observed. Overexpression of PLK3 but not of PLK1 was significantly linked to reduced median overall (P<0.001) and relapse-free (P=0.021) survival time. PLK3 expression remained an independent prognostic factor for overall (RR=3.2, P=0.002) and relapse-free (RR=2.9, P=0.049) survival in multivariate survival analysis. These results suggest PLK3 as a novel independent prognostic marker in breast cancer and hint toward a role for PLK isoform overexpression in disease progression. Therefore, in vivo inhibition of PLK family members might represent a rewarding approach in the development of new anticancer drugs for this tumor entity.     

基底细胞样型乳腺癌的临床病理特点和预后意义

目的 探讨中国乳腺癌人群中基底细胞样型乳腺癌(BLBC)的流行病学、临床病理特征和预后意义.方法 采用组织芯片、免疫组织化学和形态学分析等方法将1311例浸润性乳腺癌组织标本分为腺腔A型、腺腔B型、BLBC型、HER2型和不表达型,并分析BLBC的流行病学、临床病理特点.获得随访资料523例,随访2-132个月,平均65.8个月.结果 BLBC发病率17.0%(223/1311),HER2型和不表达型的发病年龄均显著低于腺腔A型,肿瘤直径显著高于腺腔A型.组织结构上,BLBC多为组织学3级,较HER2型和腺腔A型更多见瘤细胞弥漫片状分布和带状分布于坏死周围的特点;多见大块地图状坏死和中央瘢痕、推进性边缘、肿瘤内淋巴细胞浸润和高核分裂指数;细胞形态上,合体细胞和基底样细胞、鳞状细胞化生和梭形细胞化生多见于BLBC.BLBC的复发率显著高于腺腔A型和HER2型,淋巴结转移率显著低于HER2型和不表达型;其他ER阴性乳腺癌(HER2型、不表达型)之无病生存率和总生存率均显著低于腺腔A型;Cox多因素风险模型分析显示基底细胞样标记不是乳腺癌独立预后因素.结论 BLBC在中国乳腺癌人群中的发病率与大多数国外文献报道相似.该亚型乳腺癌既具有不同于非BLBC的、独特的临床病理特点,也具有与其他ER阴性乳腺癌相同的临床病理特点;其形态学上的诸多特征虽不十分特异,但可作为诊断线索提示病理医师结合免疫组织化学等检查做出正确诊断.与腺腔A型相比,BLBC与其他ER阴性乳腺癌具有较差的预后.