人cubilin蛋白与其配体白蛋白结合特定结构域的预测

目的 同源模建cub8功能域的三维模型,并以计算机辅助的分子对接方法预测cub8功能域与白蛋白的候选结合氨基酸残基.方法 采用insightⅡ工作站对cub8蛋白进行同源模建,对cub8蛋白和白蛋白进行分子对接,寻找白蛋白和cub8的候选结合氨基酸残基.结果 cub8蛋白三维结构为两个反平行的β片层结构,中间以β转角相连.cub8蛋白片段与白蛋白通过正负电势的吸引完成受体与配体的结合.Asp59-Tyr60-Leu61-Glu62-Leu-Tyr64和Arg72-Tyr73肽段可能是cubilin与白蛋白结合的关键氨基酸残基.结论 利用计算机辅助的分子对接技术,获得cub8和白蛋白相互作用的两个候选结合域,为进一步研究cubilin与白蛋白相互作用奠定基础.     

ALCHEMY2000—新一代化学模拟及分析工具

Alchemy2000是美国tripos公司开发的用于生命科学与有机高分子设计与模拟的功能强大的应用软件。国外分子设计工具大多运行在高档的图形工作站上，随着微机应用研究领域的开拓，Alchemy2000是少有的几个可在微机平台上使用的应用系统。本文就Alchemy2000的强大功能及应用情况作一扼要介绍。期望本文能为那些从事化学、药物分子设计与模拟，蛋白质分子设计与模拟的科技工作者提供一定的参考信息。     

多肽分子自组装研究进展

多肽分子自组装是生物体中广泛存在的一种现象。通过自组装，多肽分子可结合成具有不同功能的蛋白质分子。一种有生物功能的蛋白质分子，其特定空间结构的形成实际上就是其组成氨基酸分子中各基团组装的结果.因此，多肽分子自组装可在分子水平上进行精巧的设计，从而控制组装体的形状和结构，这在生物活性肽类药物以及生物医学材料的研制方面有着巨大的潜力。近年来，多肽分子自组装进展迅速，在模拟天然生物分子的功能、药物载体以及合成多肽药物等方面得到应用。本文仅就肽自组装系统的研究进展进行简要评述。     

蛋白质结构预测综述

蛋白质结构预测对于从分子层面理解蛋白质的生物功能具有重要意义。本研究从同源建模、自由建模等经典方法 以及深度学习这几个方面来阐述蛋白质结构预测方面的进展。已知结构蛋白质模板数量的增加、序列比对等算法对信息 提取能力的提升以及片段拼接技术的应用使得同源建模在预测蛋白结构的能力大大提升。域分割和片段分割技术及并 行计算策略的应用使得自由建模方法在预测远程氨基酸接触能力不断提升。深度学习技术与以上经典方法的结合提升 了蛋白结构预测的准确性和速度，但是对于没有同源性蛋白结构的预测，仍然存在巨大的挑战。     

特异性抗肝癌单链抗体HscFv 4-16的分子模建

目的： 模建特异性抗肝癌单链抗体HscFv 4-16的三维结构，为高亲和力的抗肝癌单链抗体的人源化设计提供结构信息。方法: 采用同源模建技术，在SGI图形工作站上，通过Accelrys公司Insight Ⅱ软件包的Homology模建分子结构，用Discover进行分子力学和动力学优化，最后用Prostat验证模拟结构的合理性。结果： HscFv 4-16结构6个CDR襻位于Fv段的N端，形成一个与抗原结合的口袋，口袋深15.6。用Prostat 验证，模建的三维结构的81.3％的Φ和Ψ分布于Ramachandran图的核心区域，模板1NQB的为83.2％。结论： 成功模建特异性抗肝癌单链抗体HscFv 4-16的三维结构，模拟结构合理可靠。     

蛋白质与蛋白质相互作用的研究进展

通过研究蛋白质与蛋白质的相互作用,人们能更好地注释蛋白质的功能,解码生命现象,特别是在新药物的设计上具有极大的实用价值,这是后基因组研究的重要任务之一。蛋白质结构的剖析、计算机分子模拟技术的发展和分子生物学技术更新为研究蛋白质间相互作用创造了各种有利条件。     

生物信息学在蛋白质结构与功能预测中的应用

生物信息学是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科相互渗透而高度交叉形成的一门新兴前沿学科。随着人类基因组计划的完成,应用生物信息学技术预测蛋白质结构与功能将成为后基因组时代的一项重要任务。本文介绍了主要的蛋白质结构和序列数据库资源,在此基础上提出了一种高效的整合方法,并简述蛋白质结构与功能预测的基本方法、进展及其改进,展望了蛋白质预测技术的前景。     

轮状病毒结构蛋白VP7 HLA-A2.1限制性CTL表位的初步鉴定

目的 预测并初步鉴定轮状病毒Wa株结构蛋白VP7 HLA—A2．1限制性CTL表位。方法 用BIMAS软件预测VP7 HLA—A2．1限制性CTL表位;分子模拟技术对分值最高的4条肽进行分子模建;最后测定候选肽与HLA-A2．1分子的亲和力及结合稳定性。结果 结合BIMAS及分子模拟的预测结果,选择4条肽QLYCDYNLV（132—140）、LLNYILKSV（18—26）、VLMKYDQSL（140—148）及VNWKKWWQV（287—295）作为候选表位肽;4条肽与HLA—A2．1结合的荧光系数（FI）值分别为2．58、3．83、3．19及0．82,肽-HLA-A2．1复合物半数解离时间（DC50）分别为2-4、6-8、8及2h。结论 QLYCDYNLV（132—140）、LLNYILKSV（18—26）及VLMKYDQSL（140—148）为潜在的HLA-A2．1限制性CTL表位。     

荧光分子成像的探针技术及其应用

近几年,随着生物和基因技术的发展,荧光探针的获取手段越来越丰富.荧光探针的发展使得荧光分子成像技术及其应用备受关注.借助于荧光探针,可以对目标分子、蛋白质、基因等特异性成像,从而实现分子、蛋白、基因等的精确定位与分析,进一步实现疾病的早期诊断与治疗.主要对荧光分子成像技术中用到的荧光探针技术以及在生物医学领域的应用进行概述.     

骨质疏松症蛋白质相互作用网络的构建和分子复合物通路预测

背景：在蛋白质相互作用网络的基础上研究骨质疏松症,可以更深入全面了解其发生发展机制。 目的：建立基于骨质疏松症遗传相关基因的蛋白质相互作用网络,对其中所含分子复合物涉及的生物学通路进行预测。 方法：筛选在线人类孟德尔遗传数据库中的骨质疏松症遗传相关基因,应用Cytoscape软件和插件Agilent Literature Search,进行文本挖掘并建立骨质疏松症的蛋白质相互作用网络;应用插件Clusterviz,发现网络中的可能包含的分子复合物;基于DAVID,富集分子复合物的生物学通路。 结果与结论：人类孟德尔遗传数据库中骨质疏松遗传相关基因有177个。骨质疏松症的蛋白质相互作用网络包含863个节点(蛋白质)、2 925条边(相互作用关系),可能包含4个分子复合物。其中分子复合物3涉及免疫细胞表面分子及其相互黏附、细胞因子与其受体的结合、造血和止血功能等生物学通路;分子复合物4与糖尿病的发生有一定关系。