4种DNA条形码在黄毛鼠种类鉴定中的比较

目的 比较CO Ⅰ、Cytb、16S rRNA、D-loop四个DNA条形码对黄毛鼠鼠种的鉴定效果.方法 将大榭港区捕获的1只黄毛鼠样本HX41,提取基因组DNA,使用特异性引物对线粒体CO Ⅰ、Cytb、16S rRNA、D-loop基因进行扩增并对扩增产物进行测序.将测序结果与GenBank中的相似鼠种DNA构建分子进化树进行同源性分析.结果 以CO Ⅰ、Cytb、D-loop基因所构建分子进化树中,黄毛鼠均能独立形成分支,且HX41均处于黄毛鼠分支上.HX41的CO Ⅰ基因序列与黄毛鼠HN158株遗传距离最为接近,值为0.0034;Cytb基因序列与黄胸鼠HN99株遗传距离最为接近,值为0.0355,但HN99鼠种数据存在错误;D-loop基因序列与黄毛鼠HN105株遗传距离最为接近,值为0.0439.由于现有GenBank中缺少黄毛鼠16S rRNA基因序列,无法构建进化树.结论 对鼠种进行分子鉴定时,有必要根据GenBank数据库的完整性和准确性选择合适的DNA条形码.     

DNA条形码技术在兰州中川机场鼠类鉴定中的应用

目的调查兰州中川机场及其附近地区鼠类的组成,并利用DNA条形码技术对鼠种进行鉴定。方法 2015年1月—2017年7月,在中川机场及其附近地区采用笼夜法采集鼠类,提取鼠肾DNA,用PCR方法扩增线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因并测序,测序结果在DNA条形码专用数据库BOLD中进行比对,确定鼠种。利用Mega 6.0构建分子进化树。对于形态学和COⅠ基因鉴定结果不一致的样本,进一步通过细胞色素b(Cytb)基因进行分子鉴定。结果 118份样品均能扩增出特异性COⅠ基因片段,115份样本的分子鉴定结果与形态学结果基本一致,3份样本形态学鉴定结果与分子鉴定有差异,经Cytb基因序列比对及形态学反复鉴定,确定初步形态学鉴定结果有误,采用分子鉴定结果。结论 DNA条形码技术可以对鼠类进行有效鉴定,是对形态学鉴定的有力补充,为口岸病媒生物的快速识别和鉴定提供了科学依据。     

DNA条形码技术在贵州茂兰鼠类鉴定中的应用

目的探讨基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对鼠类进行准确的鉴定。方法以贵州茂兰地区的3个常见鼠种21个鼠类标本为研究对象,提取基因组DNA,扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因片段并测序,将测序结果进行BLAST比对,基于双参数模型计算鼠种种间和种内遗传距离,构建分子发育系统。结果 DNA条形码检测技术可用于该地区鼠种的鉴定,并能纠正现场形态学鉴定的失误。结论研究结果表明DNA条形码技术是一种有效可靠、易于操作的鼠类鉴定方法,能纠正形态学鉴定中的错误。     

DNA条形码技术在河北省鼠疫疫源地鼠种鉴定中的应用

目的以河北省鼠疫疫源地常见鼠为对象,探讨DNA条形码技术在鼠类鉴定方面的可行性。方法2012年在河北省鼠疫疫源地内采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作剥制标本,提取基因组DNA,用通用引物PCR法扩增线粒体COⅠ基因,并测序。将测序结果与GenBank中其他鼠类物种的DNA条形码进行BLAST比对,并构建分子进化树。结果87份样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带,其中85份样本所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果一致,2份样本结果有差异,经反复鉴定头骨及形态标本,发现为现场鉴定错误。结论DNA条形码技术能够对鼠类进行有效的物种鉴定,同时还可以探讨啮齿动物属、种分类单元的系统发育问题。     

DNA条形码技术在河北省坝上地区夜行鼠鉴定中的应用

目的以河北省坝上地区捕获的夜行鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠类鉴定。方法在河北省坝上地区采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作标本,提取DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,并测序。将测序结果与Gen Bank中其他鼠类的DNA条码进行Blast比对,并构建分子进化树。结果 36份样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带,所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果有所不同,经头骨鉴定,进化树结果正确无误,更正形态学鉴定结果。其中2只夜行鼠未能在Gen Bank中找到同源性较高的鼠类基因,且头骨受到严重损坏,暂无法确定鼠种。结论 DNA条形码技术能够对鼠类进行有效的物种鉴定。     

新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱形态学及分子生物学鉴定

目的 对新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱进行形态学和分子生物学鉴定.方法 在新疆边境地区的伊宁县随机采集畜牧体表寄生蜱324只,进行形态学初步筛选,从中选取6只形态差异较大的图兰扇头蜱,进行线粒体16S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (CO Ⅰ)基因序列扩增、测序,并与GenBank登录的图兰扇头蜱参考序列进行遗传进化分析.结果 形态学鉴定采集的伊宁县蜱类皆为图兰扇头蜱,两段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16SrRNA基因为73.8％,CO Ⅰ基因为70.34％),在变异程度上16S rRNA基因较CO Ⅰ基因明显保守.结论 首次应用形态学、16S rRNA和CO Ⅰ基因测序分析表明新疆伊宁县采集蜱皆为图兰扇头蜱,并证明图兰扇头蜱具有生物多样性.     

基于COⅠ基因的媒介蝇类快速分子鉴定研究

目的 为解决蝇类形态学鉴定的不足,建立基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因的DNA条形码技术对蝇类进行分子鉴定。方法 选取烟台口岸常见的16只蝇类作为研究对象,形态学鉴定后,取蝇的单后足代表微量组织,提取总DNA。依据资料,选取COⅠ国际通用引物LCO1490：5′-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3′,HCO2198：5′-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3′,建立PCR体系,完善PCR程序,有效扩增蝇类的COⅠ基因。纯化PCR产物后进行序列测定和比对。此外,应用Mega5.05软件分别用最大似然法、邻接法、最大简约法分析系统发育,构建系统发育树比较进化关系。结果 16只蝇类COⅠ基因扩增片段长度为690 bp,其中A＋T平均含量高达68.53%。序列比对结果及系统进化关系显示,16只蝇类COⅠ基因的分子鉴定与形态学鉴定结果一致。结论 应用DNA条形码技术可成功扩增蝇类的COⅠ基因,其分子鉴定与形态学鉴定结果完全一致,尤其适用于微量组织样本的鉴定。     

利用DNA条形码技术鉴定陕西口岸输入性鼠类

目的利用DNA条形码技术鉴定在入境航空器中截获的1只鼠类。方法提取截获鼠类的肝脏DNA,通过PCR方法扩增细胞色素C氧化酶亚基I(cytochromecoxidase I,CO I)基因并测序。将测序结果进行比对分析,从而鉴定物种。结果成功扩增到该鼠类样本的CO I基因,通过序列对比和系统进化分析,显示该鼠序列与黄胸鼠同源性为100%,鉴定为黄胸鼠。结论 DNA条形码技术在啮齿动物鉴定中应用良好,是一种简单、快速、高效的鼠类鉴定方法 。     

DNA条形码技术在1例社鼠鉴定中的应用

目的以捕获的未知鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠种鉴定,验证该方法在啮齿动物鉴定的可行性。方法以动物线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)作为目标基因,PCR扩增、测序。测序结果在美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上运用基于局部比对算法的搜索工具(BLAST)程序进行序列同源性比较和分析,检验其结果是否与该动物的外部形态和头骨标本鉴定结果相同。结果样本线粒体COI基因与基因库(GenBank)中编号为KJ152220.1的社鼠(Niviventer confucianus)同源性为99.01%,再结合形态学鉴定结果,可以确定该未知鼠种为社鼠,DNA条形码鉴定结果与形态学鉴定结果相一致。结论 DNA条形码技术可作为形态学鉴定的辅助方法,能用于鼠类标本的分类鉴定。     

三峡库区沿江口岸鼠类及其分子鉴定特征研究

目的以三峡库区沿江口岸捕获的鼠类为研究对象,应用DNA条形码技术进行鼠类鉴定,分析各种鼠类的分子鉴定特征。方法在三峡库区沿江口岸采集鼠类标本,并保存整只鼠体,制作标本用于形态学鉴定,采集肝脏或肌肉组织,提取DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,并测序。将测序结果与Gen Bank中其他鼠类的DNA条码进行Blast比对,并构建分子进化树。结果共捕获4种61只鼠类,其中42份样本通过PCR扩增获得特异性COⅠ基因条带,所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果一致,但不同口岸鼠类在分子进化水平存在一定差异。结论分子鉴定技术能够应用于对三峡库区口岸鼠类进行有效的物种鉴定。     

福建省部分疑难鼠的DNA条形码鉴定

目的应用DNA条形码技术对疑难鼠进行种类鉴定。方法以2021年省内捕获的6只未知和疑难鼠样本为研究对象,选取鼠类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)作为目的基因,经PCR扩增,测序分析后进行同源性比较、NJ法建树等分析,进行分子生物学鉴定。结果 6只疑难鼠样本的COI序列均可在在美国国立生物技术信息中心(NCBI)中找到高度相似的序列,结合遗传距离分析和分子进化树,认为6只未知鼠样本分别为卡氏小鼠、东亚屋顶鼠和白化的黄胸鼠。结论对于数量稀少、外形特征非典型或缺损的鼠类样本,DNA条形码技术是一种高效的鉴定方法,是形态学鉴定方法的一种有益的补充。     

广东省青毛鼠的DNA条形码鉴定

目的利用DNA条形码技术对未知鼠种样本进行种类鉴定。方法以2016年在广东省阳春市捕获的2只鼠样本为研究对象,提取其基因组DNA,采用通用引物Bat L5310和R6036R扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因片段并进行测序,将测序结果在美国国立生物技术信息中心(NCBI)中进行BLAST比对,采用邻接法构建分子系统发育树,基于双参数模型计算遗传距离。结果 2只鼠样本的DNA条形码序列一致,为同一种鼠,与NCBI中青毛鼠的序列相似度高达99%,且与青毛鼠(JN105108.1)的遗传距离为0.004 6,低于种内遗传距离1%的阈值,因此确认未知鼠为青毛鼠。结论 DNA条形码技术是一种高效、快捷的鼠类鉴定方法,可弥补形态学鉴定缺陷。     

国境口岸首次截获贪食睡鼠的分子鉴定及核酸序列分析

目的利用分子鉴定技术,对辽宁大窑湾口岸截获的1只鼠样本(从来自塞尔维亚的原木的集装箱中采集)进行种类鉴定。方法提取已风干鼠样本的基因组DNA,采用动物线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)的通用引物(COⅠ-1和COⅠ-2),进行靶DNA扩增并进行核酸序列分析。结果截获鼠样本的DNA条形码序列与Gen Bank中贪食睡鼠(Glis glis)的序列相似性最高为100%,鉴定为贪食睡鼠。为国境口岸首次截获该鼠种。结论加强出入境交通工具及集装箱鼠类监测工作,保障国境口岸的卫生安全。     

基于Cytb基因序列对入境集装箱中截获的疑似鼠样本的种类鉴定简

目的根据线粒体Cytb基因部分序列,对从入境集装箱中截获的疑似鼠样本进行鉴定种类。方法提取样本中的DNA,采用PCR方法进行线粒体Cytb基因扩增,对目的片段测序,通过blast比对进行同源性比对。从Genbank获取宁波口岸常见8个鼠种24个样本的Cytb基因序列作为参照,利用生物信息学软件Mega5.0进行系统进化分析。结果样本DXR1110与小家鼠同源性最高,DXR1203与褐家鼠同源性最高,系统进化树显示不同鼠种间形成独立分支。结论Cytb基因分析是进行鼠种鉴定的有效手段。     

甘肃省新记录鼠种-索氏仓鼠的分子鉴定

目的通过扩增线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因,鉴定在兰州中川国际机场鼠类调查中新发现的鼠类。方法将新发现的6只鼠类,采集肝脏组织,提取DNA,用PCR方法扩增COⅠ和Cytb基因并测序;通过遗传距离和系统进化分析鉴定鼠种。结果 6个样本成功扩增出COⅠ和Cytb基因序列分析显示,样本序列与索氏仓鼠同源性最高,均大于99%;在系统进化树中与索氏仓鼠聚在同一分支,从而确定该样本为索氏仓鼠。结论兰州中川国际机场口岸鼠类调查中新发现的鼠种为索氏仓鼠(Cricetulus sokolovi),是甘肃省首次发现。     

基于Cytb基因序列对入境集装箱中截获的疑似鼠样本的种类鉴定

目的根据线粒体Cytb基因部分序列,对从入境集装箱中截获的疑似鼠样本进行鉴定种类。方法提取样本中的DNA,采用PCR方法进行线粒体Cytb基因扩增,对目的片段测序,通过blast比对进行同源性比对。从Genbank获取宁波口岸常见8个鼠种24个样本的Cytb基因序列作为参照,利用生物信息学软件Mega5.0进行系统进化分析。结果样本DXR1110与小家鼠同源性最高,DXR1203与褐家鼠同源性最高,系统进化树显示不同鼠种间形成独立分支。结论Cytb基因分析是进行鼠种鉴定的有效手段。     

DNA条形码技术用于进口货物中肩突硬蜱的鉴定

目的利用DNA条形码技术对入境货物中截获未知种类的蜱进行种属鉴定。方法抽取蜱DNA,用特异性扩增线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(COⅠ)基因片段,并测序。利用NCBI进行BLAST比对。结果蜱样本COⅠ基因序列与肩突硬蜱(Ixodes scapularisSay,1821)COⅠ基因匹配度达100%。形态学上,该蜱符合肩突硬蜱的形态学特征。该蜱种在我国尚无检出报道。结论该蜱为肩突硬蜱。这是国内首次报道从进口货物中截获肩突硬蜱。     

DNA条形码技术用于进口货物中肩突硬蜱的鉴定简

目的利用DNA条形码技术对入境货物中截获未知种类的蜱进行种属鉴定。方法抽取蜱DNA,用特异性扩增线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基（COⅠ）基因片段,并测序。利用NCBI进行BLAST比对。结果蜱样本COⅠ基因序列与肩突硬蜱（Ixodes scapularisSay,1821）COⅠ基因匹配度达100%。形态学上,该蜱符合肩突硬蜱的形态学特征。该蜱种在我国尚无检出报道。结论该蜱为肩突硬蜱。这是国内首次报道从进口货物中截获肩突硬蜱。     

DNA条形码技术鉴定浙江省常见鼠形动物研究

目的利用DNA条形码技术鉴定浙江省常见鼠形动物。方法在浙江省嘉善县、龙游县、云和县和宁海县捕获野外鼠形动物,取鼠耳标本提取DNA,采用通用引物PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基I (COI)基因测序。将测序获得序列与Gen Bank中的序列进行Blast序列同源性比对,采用邻接法构建分子进化树鉴定鼠形动物,并与传统形态学方法鉴定结果进行比较。结果共扩增出22份COI标本,其中18份标本构建的进化树与传统形态学鉴定结果一致;3份标本的鉴定结果存在差异,臭鼩鼱(Suncus murinus)重新鉴定为大麝鼩(Crocidura lasiura),幼年黄毛鼠(Rattus losea)、幼年黄胸鼠(Rattus tanezumi)重新鉴定为幼年褐家鼠(Rattus rattus);1份形态学鉴定为幼年东方田鼠(Microtus fortis)的标本(编号:NH-1)在Gen Bank中同源性较低,有待进一步鉴定。结论 DNA条形码技术能有效更正传统形态学鉴定可能造成的错误,两种方法联合可提高鼠型动物鉴定的准确性。     

河南口岸截获未知蝇种细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因分析

目的应用DNA条形码技术对河南口岸截获的1只形态不完整的未知蝇类进行鉴定。方法利用以细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)为目的基因的DNA条形码技术,对该未知蝇类基因组DNA进行扩增、序列比对和分析。结果通过DNA条形码鉴定和序列比对,该未知蝇类的DNA条形码序列与BOLD中绯颜裸金蝇的序列同源性高达100%,确认该蝇种为绯颜裸金蝇。结论 DNA条形码技术弥补了传统形态学鉴定的局限性,在国境口岸医学媒介生物鉴定中有广阔的应用前景。