基于网络药理学的雷公藤肾毒性机制探讨

目的:通过建立雷公藤活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨雷公藤肾毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和毒性与基因比较数据库(CTD)筛选出雷公藤有毒候选化合物。用有机小分子生物活性数据Pub Chem数据库,将所有的候选化合物都转化为标准的Canonical SMILES格式,将SMILES格式文件导入Swiss Target Prediction平台,进行靶点预测,将TCMSP中相应化合物的靶点作为补充,用uniprot将蛋白转换为对应的基因名称,与从人类基因组注释数据库(Gene Cards)中寻找到的肾脏相关基因蛋白进行比对,筛选出重合的蛋白作为雷公藤潜在的肾脏毒性靶点。采用Cytoscape软件构建雷公藤毒性候选成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,用DAVID生物信息资源对靶点生物功能及涉及的通路进行分析,最后用Glide软件对关键蛋白与雷公藤毒性候选成分的结合进行验证。结果:雷公藤中筛选得到30种有毒候选成分,涉及209个肾脏毒性作用靶点,网络分析结果表明雷公藤可通过氨基酸代谢、磷脂代谢、儿茶酚胺类物质代谢,抑制肾脏有机阴离子转运体Oatl,Oat2,Oat3的功能,以及诱导凋亡,并参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路,JAK/STAT信号通路,血管内皮生长因子(VEGF)信号通路,Toll样受体信号通路,ERBB信号通路,FcεRI信号通路,过氧化物酶体增殖剂激活受体(PPAR)信号通路等对肾脏产生毒性。结论:利用中药多成分-多靶点-多通路的特点,探究了雷公藤肾脏毒性作用机制,为进一步开展雷公藤肾脏毒性作用机制研究提供了新思路和新方法。     

基于网络药理学探讨鸦胆子对肺癌的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨鸦胆子对肺癌的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库（TCMSP）提取鸦胆子的有效成分及其相关作用靶点;检索GeneCards和OMIM数据库提取肺癌疾病靶点;采用STRING数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape构建化合物-靶点网络以及化合物-靶点-生物过程-通路网络,DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果：检索TCMSP得到并通过OB值和DL值筛选得到有效成分15中,有效靶点44个。检索GeneCards数据库和OMIM数据库得到疾病靶点21 729个,将化合物靶点与疾病靶点相映射得到交集靶点39个。将结果导入Cytoscape软件,构建“化合物-靶点”网络;再构建“药物-化合物-靶点-疾病”网络。将关键靶点导入STRING数据库,构建蛋白互作网络,其中度值较高且处于较核心位置的靶点有CASP3、CCND1、EGFR、IL6、AR等。再对39个关键靶点进行富集分析,结果显示鸦胆子治疗肺癌的关键靶点共富集为7个生物过程聚类,涉及58个条目,经过筛选剩余9个生物过程。对鸦胆子治疗肺癌的39个关键靶点进行通路富集,结果显示共有7个富集的通路聚类,涉及62个条目,经过筛选剩余12条通路。结论：鸦胆子治疗肺癌的临床疗效确切,基于数据库的机制分析也证实它不仅可以治疗小细胞肺癌,同时也可以作用于非小细胞肺癌。     

基于网络药理学和实验验证探讨路氏润燥汤治疗干燥综合征的分子机制＊

目的 通过网络药理学探索路氏润燥汤治疗干燥综合征的可能作用机制，并通过动物实验进行验证。方法 通过TCMSP数据库检索收集路氏润燥汤方中各药物生物信息，通过Genecard数据库检索收集干燥综合征的靶标蛋白，将药物和疾病的靶点信息进行交集，获得交集信息。将信息导入STRING平台获得PPI网络图，将筛选的得到的药物成分与靶点信息通过Cytospace软件构建“成分-靶点”网络图，利用DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过动物实验对网络药理学预测出的通路信息进行验证。结果 路氏润燥汤主要通过影响肿瘤坏死因子、细胞因子，肿瘤坏死因子信号通路、IL-17信号通路等信号通路来治疗干燥综合征。结论 路氏润燥汤是通过多靶点、多通路来治疗干燥综合征，网络药理学可以对路氏润燥汤进行较为全面的预测，有助于临床实验研究。     

基于网络药理学探讨四磨汤治疗慢传输型便秘的作用机制研究

目的:运用网络药理学方法探讨四磨汤治疗慢传输型便秘(STC)的机制及作用靶点.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及TCMID数据库检索四磨汤四味药物所有的有效化合物成分及筛选对应作用靶点,借助GeneCards数据库、DisGeNET数据库查找STC的疾病靶点,使用Venny 2.1.0在线软件作图...     

基于网络药理学探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的机制研究

目的 通过网络药理学研究探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制.方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台对黄芪、藿香、金银花的中药活性化合物进行检索、筛选.使用GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎疾病有关靶点,使用Cytoscape软件构建化合物—作用靶点网络关系图,应用STRING数据库...     

基于网络药理学探讨化痰祛瘀汤治疗缺血性中风的潜在作用机制

目的:基于网络药理学研究方法,探讨化痰祛瘀汤治疗缺血性中风的潜在作用机制.方法:运用TCMSP和相关文献记载检索筛选化痰祛瘀汤的主要活性化合物及相关作用靶点,通过Uniprot数据库获取作用靶点的标准名称,通过Gene-Cards数据库获取疾病的相关靶标,通过STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建与...     

基于细胞类型特异性网络的雷公藤治疗类风湿性关节炎作用机制解析

目的：基于细胞类型特异性网络研究雷公藤治疗类风湿性关节炎（RA）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集雷公藤的化学成分;通过Similarity Ensemble Approach数据库检索雷公藤有效成分的靶点;通过TTD数据库检索RA相关靶点;融合生化反应数据和细胞的基因表达数据,构建B淋巴细胞类型特异性网络;并基于实体语法系统对此网络进行定性推理,解析雷公藤治疗RA的作用机制。结果：发现雷公藤的9个有效成分通过18个靶点作用于21个RA相关靶点,通过调节B淋巴细胞转录因子活性、胞外信号传递、细胞活化发挥治疗RA作用;提取其中1个子网络进行分析发现,雷公藤的有效成分白桦脂酸通过抑制酪氨酸蛋白磷酸酶非受体1型（PTPN1）而抑制了RA疾病相关靶点酪氨酸蛋白激酶（SYK）的活化,从而调节RA的疾病状态。结论：雷公藤通过多种机制起到系统治疗RA的作用。     

基于网络药理学的雷公藤干预IgAN潜在靶点预测及作用机制分析＊

目的 基于网络药理学的理念，运用网络分析的技术，拟探讨雷公藤干预IgAN（immunoglobulin Anephropathy）的潜在靶点预测及其作用机制。方法 利用TCMSP平台收集雷公藤的重要活性成分及潜在相关靶点信息，分别从 GeneCards数据库、OMIM数据库中获取与IgAN相关联的靶点；采用STRING平台构建PPI作用网络，使用Cytoscape 3.7.0对药物-活性成分-潜在靶点-疾病网络进行构建；通过DAVID数据库对相关疾病-药物靶点基因进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通路分析。结果 检索出雷公藤成分共144个，筛选获得重要活性成分共29个；收集到潜在作用靶点基因122个。检索出IgAN相关靶点333个，基因功能GO富集分析及KEGG代谢通路富集结果显示，雷公藤中的9个有效成分干预26个疾病靶点，通过对20个生物过程、12个分子功能、13个细胞成分产生作用。得到通路共50条，通过可视化分析，取靠前的30条通路，其中6条通路可能与IgAN发生及发展密切相关。结论 该研究基于网络药理学方法，表明了雷公藤中药多成分、多靶点、多功能、多通路干预IgAN的作用，为后续临床及研究开展相应工作提供了较为可观的信息和理论依据。     

基于网络药理学探讨黄柏治疗湿疹的作用机制

目的：运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在Gene Cards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络图;将湿疹与黄柏对应靶点共同导入Venny 2.1.0生成交集靶点,通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,最后利用Metascape数据库进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因及基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：通过筛选得到槲皮素（Quercetin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）等黄柏的关键化合物共25个,潜在靶点200个;通过3个疾病数据库检索共获得湿疹的相关靶点1 364个,导入Venny 2.1.0生成了54个交集靶点。富集分析结果显示：黄柏治疗湿疹主要涉及脂多糖反应（respone to lipopolysaccharide）、白细胞黏附调节（regulation of leukocyte cell-cell adh...     

基于网络药理学和分子对接探讨四逆散干预肠易激综合征作用机制

目的:应用网络药理学及分子对接探讨四逆散从缓解消化道症状及精神神经症状方面综合干预肠易激综合征的分子作用机制。方法:检索TCMSP数据库获取四逆散的主要活性成分及其靶点,GeneCards数据库及疗效药靶数据库(TTD)获取肠易激综合征的靶基因,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络并筛选出...     

基于网络药理学探讨甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制

目的：研究基于网络药理学探讨甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子机制生物信息学分析工具库（BATMAN-TCM）及文献搜索获取甘草、小麦、大枣的活性成分及作用靶点,从GeneCards数据库获得抑郁症靶点,获得药物疾病交集靶点,通过String在线平台数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并利用Cytoscape软件进行可视化及拓扑学分析筛选核心基因,应用DAVID数据库完成基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集分析。结果：共筛出中药活性成分94个,有效靶点49个,药物疾病交集靶点48个。PPI网络发现ALB、CASP3、VEGFA、MYC、CCND1、ESR1、CTNNB1、AR等可能是关键靶点。GO功能富集分析得到181个生物过程,主要涉及雌激素反应、胆碱能突触传递等。KEGG通路富集分析发现46个通路,主要集中在癌症相关通路、甲状腺激素信号通路、PI3K/AKT信号通路、Wnt信号通路等。结论：本研究为甘麦大枣汤的药效物质基础的进一步研究提供了理论基础,同时为其在抗抑郁方面的应用提供了参考依据。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学探讨脑出血方治疗脑出血的作用机制

目的应用网络药理学方法探讨脑出血方对脑出血的作用机制。方法借助中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和BATMAN-TCM数据库检索并收集水蛭、虻虫、大黄、蒲黄、三七、石菖蒲、瓜蒌和龟板的所有化学成分,并以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18为标准,筛选出活性化学成分。通过OMIM、Gene Cards等数据库筛选脑出血相关基因的靶标。借助String在线数据库构建靶点蛋白互作网络;利用DAVID数据库进行基因功能GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果共获得脑出血方活性化学成分48个,预测靶点705个,脑出血基因靶点3605个,交集靶点341个。PPI网络涉及292个蛋白质节点,核心靶点主要有MAPK1、AKT1、JUN、TNF、RELA、CXCL8、IL6、MAPK8、BDKRB2、PRKCA等。GO功能富集分析得到GO条目342个(P<0.05),其中生物过程条目700个,分子功能(CC)条目77个,细胞组成(MF)条目145个。KEGG通路富集筛选得到脑出血相关信号通路14条(P<0.05),主要涉及HIF-1信号通路、cAMP信号通路、MAPK信号通路等。结论通过构建“药物-成分-靶点”网络,初步验证并预测了脑出血方从多成分、多靶点、多途径发挥治疗作用,为未来进一步临床研究提供参考和依据。     

基于网络药理学探讨徐长卿-紫草-地肤子治疗湿疹的作用机制

目的 通过网络药理学探讨徐长卿-紫草-地肤子治疗湿疹的有效成分及作用机制.方法 首先,利用TCMSP平台检索徐长卿、紫草、地肤子的化学成分和作用靶点,在DrugBank、OMIM、GeneCards和TTD四个数据库筛选出治疗湿疹的靶标;其次,通过Uniprot数据库对靶点进行基因注释,利用Venny 2.1在线工具获...     

丹参酮ⅡA治疗增生性瘢痕的网络药理学研究

目的利用网络药理学技术对丹参酮ⅡA(TanⅡA)治疗增生性瘢痕(HS)进行生物分子网络分析,预测其作用靶点及机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Genecards数据库收集整合TanⅡA相关靶点数据,经Genecards数据库和DisCeNET数据库收集筛选HS靶点数据;采用Cytoscaβe 3.6.1软件构建TanⅡA治疗HS的"成分-靶点"网络、"疾病-靶点"网络以及"成分-靶点-疾病"网络;利用STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值和介数筛选出关键靶蛋白;利用BINGO和MCODE插件对潜在靶点进行Gene Ontology(GO)生物过程富集和聚类分析;利用R软件3.5.3版中的clusterProfiler 3.8程序包对靶点进行KEGG信号通路富集分析。结果共筛选出56个潜在作用靶点,发现其中IL-6、VEGFA、TNF、TGF-β1、AKT1、TP53、EGFR等19个关键靶点;GO生物进程分析共包含1 085条富集结果,聚类分析后得到蛋白激酶级联反应、毛囊发育、内环境稳态等40个子簇;KEGG信号通路富集主要涉及TNF、PI3K-Akt、MAPK等137条信号通路。结论 TanⅡA可能通过多靶点、多途径对HS发挥治疗作用,可为丹参治疗HS提供候选靶标和候选药物。     

真武汤治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的：通过网络药理学方法探讨经方真武汤治疗糖尿病肾病(DKD)的核心作用靶标基因以及潜在通路机制，旨在指导临床用药同时为更深入的实验研究提供依据。方法：通过TCMSP数据库检索真武汤所含药物的有效成分、潜在作用靶点，在Genecards、OMIM、DisGeNET数据库筛选与糖尿病肾病有关的疾病靶点，借助Cytoscape3.7.2绘制并构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化交互网络。利用STRING平台绘制关键靶点PPI网络，在David数据库里针对关键靶点蛋白开展GO基因功能、KEGG信号通路富集分析。结果：检索查筛出真武汤中有效活性成分59个、潜在靶点108个，其中涉及DKD的关键靶点47个，从蛋白互作网络中分析发现TNF、ATK1、JUN、RELA、IL6、MAPK8、CASP8、NOS2可能是真武汤治疗糖尿病肾病的核心靶点。GO富集分析得到180个条目，主要涉及细胞增殖、代谢、凋亡及脂肪细胞因子、葡萄糖稳态等。KEGG信号通路富集分析得到94条信号通路，主要涉及TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。结论：本研究初步验证真武汤治疗糖尿病肾病的作用机制涉及多成分、多靶点、多信号通路，给予真武汤的临床应用及更深层次对糖尿病肾病的研究以一定理论依据。     

生脉饮“异病同治”糖尿病和心力衰竭的网络药理学作用机制研究

目的采用网络药理学方法探讨生脉饮"异病同治"糖尿病和心力衰竭的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库收集生脉饮组方药物的所有化学成分,通过UniProt数据库获取药物作用靶点,通过DisGeNET和GeneCards数据库筛选与糖尿病和心力衰竭相关的靶点,将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后,分别构建生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的化合物-靶点相互作用网络图;利用String平台绘制蛋白相互作用(PPI)网络,找出关键基因靶点;分别使用DAVID数据库和Cytoscape3.6.1对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并分析PPI网络数据。结果共筛选出生脉饮50个活性成分和3754个潜在作用靶点,糖尿病、心力衰竭相关靶点分别为218、317个,生脉饮治疗糖尿病、心力衰竭作用核心靶点分别为109、196个;经KEGG通路富集分析,分别筛选出生脉饮对糖尿病和心力衰竭具有作用的通路,根据度值对PPI网络数据分析选取生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的主要药效靶点各10个。结论生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭具有多成分、多靶点、整体调节的作用特点,可为其活性成分研究和实验研究提供依据。     

基于网络药理学探讨胡芦巴丸化裁方治疗糖尿病肾病的作用机制

目的利用网络药理学方法探讨胡芦巴丸化裁方治疗糖尿病肾病的作用机制。方法利用TCMSP数据库和BATMAN-TCM数据库筛选得到胡芦巴丸化裁方的有效成分及相关作用靶点,并运用UniProt数据库和SwissTargetPrediction数据库对靶点信息进行矫正和补充;使用GeneCards数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库获得糖尿病肾病的疾病相关靶点;利用在线作图工具Jvenn获得胡芦巴丸化裁方与糖尿病肾病的共同靶点;运用String11.0构建蛋白相互作用(PPI)网络,对网络图中的关键靶蛋白进行筛选和分析;运用cytoscape3.8.0构建"药物—成分—疾病—靶点"网络图,并对主要活性成分进行分析;利用DAVID 6.8数据库对胡芦巴丸化裁方和糖尿病肾病共同靶点进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,对共同靶点的生物过程及主要代谢通路进行讨论。结果经过筛选去重得到胡芦巴丸化裁方的有效活性成分55个,药物作用靶点538个,糖尿病肾病疾病靶点6971个;利用Jvenn取交集得到药物—疾病共同靶点413个;GO富集分析显示这些靶点涉及对药物的反应、对缺氧的反应、炎症反应、信号转导等生物学过程,KEGG富集分析显示共同靶点所富集的通路包括PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、钙离子信号通路、TNF信号通路等。结论胡芦巴丸化裁方对于DKD的治疗具有多成分、多靶点、多通路的特点,有可能是通过胰岛素(INS)、蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、白介素-6(IL-6)等核心靶点对PI3K-Akt信号通路、钙离子信号通路、TNF信号通路等进行调控从而发挥治疗作用。