基于网络药理学探讨化聚消积方治疗糖尿病肾病的作用机制

目的对化聚消积方进行网络药理学研究,探讨其改善糖尿病肾病可能的作用机制。方法利用GeneCards和TCMSP数据库选取糖尿病肾病及化聚消积方的共同作用靶点,并找出其对应的化合物成分,使用R语言和Cytoscape软性找出并核心靶点并构建网络,利用STRING数据库构建靶点相互作用网络,再分别采用GO和KEGG数据库进行基因功能和信号通路分析。结果筛选得到有效化合物41个,涉及作用靶点105个。核心化合物有槲皮素、山奈酚和花生四烯酸等,核心靶点有IL6、AKT1、VEGFA等。GO分析BP模块显示存在2008条富集结果(P0.05),MF模块存在143条富集结果(P0.05)。KEGG显示共存在154条通路(P0.05),包括AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等。结论化聚消积方对糖尿病肾病的治疗作用是多靶点、多层次的,AGE-RAGE信号通路可能是该方发挥作用最重要的信号通路。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取黄芪中含有的活性成分及成分所对应的靶点,通过GeneCards数据库挖掘糖尿病肾病疾病靶点,结合化合物及疾病靶点,构建成分-靶点网络图,并针对靶点进行基因本体(GO)富集分析及KEGG通路富集分析。结果:黄芪中含有24个活性成分,对应糖尿病肾病110个靶点,可通过AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路等调控糖尿病肾病增殖、凋亡、炎症等过程。结论:网络药理学研究表明黄芪可通过多种通路途经发挥作用,可为今后开展黄芪治疗糖尿病肾病相关实验验证提供依据。     

益肾养髓方治疗脊髓损伤作用机制的网络药理学研究＊

目的 本研究主要通过网络药理学的技术和方法，探讨益肾养髓方治疗脊髓损伤的关键靶点及其作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、中药综合数据库搜集益肾养髓方中所有药物的化学成分，筛选其有效活性成分并预测其作用靶点。通过GeneCards、OMIM等数据库提取脊髓损伤疾病相关基因。随后获取药物与疾病的共同作用靶点，并将其上传至在线STRING11.0数据库构建蛋白质相互作用网络图，并对关键蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共获得益肾养髓方化学成分1071个，有效活性成分139个，药物靶点217个，脊髓损伤疾病相关靶点1524个，药物与疾病共同靶点118个。根据PPI蛋白互作网络的结果得出，益肾养髓方治疗SCI疾病的关键靶点为STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL6、RELA等。GO功能富集分析主要提示与细胞因子受体结合、细胞因子活性、转录因子活性等相关。KEGG通路富集分析主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等。结论 本研究从整体层面初步预测了益肾养髓方治疗脊髓损伤相关疾病的作用靶点与信号通路，为更深层次的研究提供了思路和方向。     

基于系统药理学研究黄芪-熟地黄治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：基于系统药理学分析黄芪-熟地黄药对治疗糖尿病肾病的作用机制。方法：在中药系统药理学一体化分析数据库（TCMSP）中分别查询黄芪-熟地黄药对中所包含的有效化学成分;利用PubChem数据库查找黄芪-熟地黄中所筛化合物的结构式以及该化合物的SMILES,再通过Swiss Target Prediction、DrugBank数据库预测其靶点;通过DisGeNET、GeneCards数据库挖掘并筛选与糖尿病肾病相关性评分高的作用靶点,并构建“黄芪-熟地黄”所作用的蛋白/基因之间相互作用网络图、化合物与靶点相互作用的网络图以及药物-靶点-通路网络图;通过David数据库对“黄芪-熟地黄”药对作用靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。结果：经过TCMSP数据库药物代谢动力学筛选得到“黄芪-熟地黄”药对活性成分20个,活性成分靶点651个;作用于糖尿病肾病的靶点139个;通过GO分析得到50个生物学过程、33个细胞组成和35个分子功能;经KEGG分析得到30条信号通路包括肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）信号通路、血管内皮...     

复方丹参滴丸治疗糖尿病心肌病的网络药理学作用研究

目的 运用网络药理学方法探讨复方丹参滴丸治疗糖尿病心肌病(DCM)的潜在作用机制。方法 通过检索TCMSP数据库平台获取复方丹参滴丸活性成分,查询对应靶基因;运用OMIM和GeneCards数据库查找DCM的疾病靶点,构建药物有效成分与疾病靶点的交集Venn图。利用Cytoscape 3.7.2软件构建核心靶点网络图;在DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 筛选获得药物有效成分73个,药-病交集靶点102个,其中IL-6、VEGFA、TNF、TP53等可能是治疗机制核心靶点。富集分析获得GO条目147条,主要包括NO生物合成过程的正调节、质膜、酶结合等生物过程。KEGG通路95条,主要涉及TNF信号途径、癌症信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论 从分子层面分析得到复方丹参滴丸治疗DCM具有多成分、多靶点、多通路的特点,为临床应用提供了一定的理论依据。     

基于转录组学与网络药理学探讨补中益气丸治疗慢性阻塞性肺疾病的机制

目的探索补中益气丸治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的分子机制。方法在TCMSP中获取补中益气丸活性成分及靶点;以GEO数据库为主,OMIM数据库为辅获取疾病靶点,使用R软件映射出药物-疾病共同靶点。通过Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-共同靶点-疾病网络图,以及基于共同靶点的PPI网络拓扑分析图。使用R软件对共同靶点进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并利用KEGG通路富集分析结果构建通路-靶点网络图。最后对活性成分及靶点进行分子对接验证。结果共获得163个补中益气丸活性成分及225个可用于后续分析的靶点,1313个COPD靶点,映射得出药物-疾病共同靶点20个。分析得出补中益气丸治疗COPD主要有槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分;涉及δ-阿片受体1(OPRD1)、白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素10(IL-10)、表皮生长因子受体(EGFR)、窖蛋白1(CAV1)、热休克蛋白B1(HSPB1)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8(CASP8)等作用靶点。GO分析提示主要与氧化应激反应相关;KEGG分析提示主要与肿瘤坏死因子、Toll样受体、低氧诱导因子-1、叉头盒O、Janus激酶-转录激活因子等信号通路有关。最后,分子对接结果证实了活性成分与靶点具有较好的结合能力。结论补中益气丸治疗COPD的分子机制可能是以抗炎与抗氧化应激为核心,兼顾调节免疫、低氧耐受、气道黏液高分泌与保护血管内皮细胞多方面。     

桂枝茯苓丸“异病同治”甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤网络药理学机制研究

目的采用网络药理学及分子对接方法探究桂枝茯苓丸治疗足厥阴肝经疾病甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库检索桂枝茯苓丸组方药物的化学成分并获取靶点,通过GeneCards、OMIM数据库查询疾病相关靶点,获得二者交集靶点基因。采用Cytoscape3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络,利用R语言对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,运用PyMOL软件进行分子对接。结果共筛选出桂枝茯苓丸活性成分116个,对应有效靶点1109个,与3种疾病的交集靶点79个。对交集靶点富集分析发现,桂枝茯苓丸治疗甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的共同关键通路为AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。根据KEGG通路富集分析结果确定7个核心靶点(TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH)。结论桂枝茯苓丸可能通过调控AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路,作用于TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH等靶点,发挥活血、化瘀、消癥功效,可为桂枝茯苓丸“异病同治”机制研究提供参考。     

基于网络药理学的白芍-柴胡药对治疗肝细胞癌作用机制探析

目的探究白芍-柴胡药对治疗肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的有效活性化合物及其靶点的作用机制。方法本研究通过TCMSP数据库筛选出白芍-柴胡药对中的化合物以及相关靶点蛋白,并运用Uniprot数据库和Genecard数据库查询与靶点蛋白相对应的人类基因名称,进行标准化处理;通过Genecards数据库挖掘肝细胞癌疾病靶点,将其与中药靶点蛋白映射;将映射出的药对治疗HCC的有效靶点导入Cytoscape 3.2.1构建网络图,并运用CTD数据库进行GO富集和KEGG通路富集。结果获得白芍-柴胡药对治疗HCC的共22个成分和170个有效靶点;获得16条GO生物过程和7条相关信号通路,涉及代谢通路(Metabolic pathways)、Ras通路(Ras signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等。结论白芍-柴胡药对活性靶点主要通过代谢通路、Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路调控肝癌细胞过程及其代谢来发挥治疗作用,为后续实验提供了思路与依据。     

寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学研究

目的:探讨寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学特征。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、GeneCards数据库获得寿胎丸活性成分及疾病靶点,利用Venn在线工具筛选二者交集基因,依托STRING数据库,采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图和靶点间蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建活性成分-靶点-关键通路网络图来展示寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的相关作用机制。结果:筛选出寿胎丸活性成分21个,成分靶点591个及疾病靶点2 438个,主要化合物有槲皮素、赖氨酸等。获得交集基因共67个,寿胎丸可能通过过氧化氢酶(CAT)、表皮生长因子(EGF)等靶点发挥作用,GO分析结果显示,其生物过程主要是药物反应,细胞组分主要是血红素结合反应,分子功能主要集中在线粒体基质。主要涉及的相关信号通路有缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路,磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路。结论:寿胎丸的多种活性成分可能作用于CAT、EGF等相关靶点,通过HIF-1、PI3K/AKT等主要信号通路,多靶点、多通路的发挥治疗早发性卵巢功能不全的作用。     

基于网络药理学探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点,利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点,利用R语言取得药物与疾病的共同靶点,通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病靶点网络,利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,通过DAVID进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6对核心靶点和核心成分进行对接验证。结果:共筛选出四逆散活性成分144个,有效作用靶点223个,药物疾病共同靶点152个。PPI网络发现AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等可能是四逆散治疗功能性消化不良的关键靶点。GO功能富集发现了795个GO条目,KEGG通路富集分析共筛选出作用通路127条,主要富集基因数量较大的通路有PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等。分子对接验证显示核心靶点和核心成分有较强的结合活性。结论:四逆散中的有效成分主要通过AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等靶点调节多条信号通路从而发挥治疗功能性消化不良的作用。     

真武汤治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的：通过网络药理学方法探讨经方真武汤治疗糖尿病肾病(DKD)的核心作用靶标基因以及潜在通路机制，旨在指导临床用药同时为更深入的实验研究提供依据。方法：通过TCMSP数据库检索真武汤所含药物的有效成分、潜在作用靶点，在Genecards、OMIM、DisGeNET数据库筛选与糖尿病肾病有关的疾病靶点，借助Cytoscape3.7.2绘制并构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化交互网络。利用STRING平台绘制关键靶点PPI网络，在David数据库里针对关键靶点蛋白开展GO基因功能、KEGG信号通路富集分析。结果：检索查筛出真武汤中有效活性成分59个、潜在靶点108个，其中涉及DKD的关键靶点47个，从蛋白互作网络中分析发现TNF、ATK1、JUN、RELA、IL6、MAPK8、CASP8、NOS2可能是真武汤治疗糖尿病肾病的核心靶点。GO富集分析得到180个条目，主要涉及细胞增殖、代谢、凋亡及脂肪细胞因子、葡萄糖稳态等。KEGG信号通路富集分析得到94条信号通路，主要涉及TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。结论：本研究初步验证真武汤治疗糖尿病肾病的作用机制涉及多成分、多靶点、多信号通路，给予真武汤的临床应用及更深层次对糖尿病肾病的研究以一定理论依据。     

基于网络药理学探讨四君子汤治疗结直肠癌靶点及通路研究

目的:通过网络药理学方法预测四君子汤治疗结直肠癌潜在的作用靶点及信号通路。方法:利用TCMSP获得四君子汤的化学成分及作用靶点,结合Swiss Target Prediction网站进行靶标垂钓;通过TTD、OMIM、Drugbank和GeneCards数据库收集结直肠癌相关靶点。运用Venn图取药物和疾病交集靶点,并...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制

目的:运用网络药理学筛选玉屏风散治疗支气管哮喘的作用靶标及信号通路,为临床治疗提供有力依据。方法:利用TCMSP筛选中药活性成分和有效成分靶点信息。利用Uniprot数据库和Excel找出有效成分靶点信息基因名。在Gene Cards、OMIM、Drugbank数据库搜集疾病相关靶标,采用Venny软件对中药靶点基因与疾病靶点基因取交集,得到Venny交集图。将各个中药靶点基因共同输入Cytoscape软件,得到中药-靶标调控网络。通过String软件构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络。将中药-疾病共同靶点基因进行GO和KEGG功能富集分析,采用Cytoscape软件做出共同靶点通路。结果:筛选得到玉屏风散治疗支气管哮喘的主要活性成分17个,中药-疾病共同靶点基因114个,推断其作用机制可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等相关,并且可能起到关键作用。结论:基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制,有利于临床治疗。     

基于网络药理学探讨缓衰方对慢性肾脏病心肾保护作用的机制

目的：探讨缓衰方对慢性肾脏病（CKD）心肾保护作用的机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索缓衰方中5味中药的有效活性成分并获得相应的预测靶点;通过GEO数据库、GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索与CKD和心血管疾病（CVD）相关的靶点,并对药物靶点和疾病靶点进行映射取交集作为缓衰方对CKD患者心肾保护作用的关键靶点。基于String数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,并通过拓扑分析得到缓衰方对CKD患者心肾保护作用的核心靶点,基于autodock软件对缓衰方的活性成分和核心靶点作分子对接,分析成分和靶点的结合能力。并对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共得到缓衰方有效活性成分105种,预测靶点135个,得到CKD疾病相关靶点1 436个,CVD疾病相关靶点744个。共得到缓衰方对CKD心肾保护作用的关键靶点53个,拓扑分析得到核心靶点18个,分子对接结果显示缓衰方的11个活性成分和10个核心靶点平均最低结合能为-6.58 kcal/mol,其中豆甾醇、槲皮素与PTGS2靶点蛋白结合能最高。共得到对氧含量的反应、细胞对药物的反应、循环系统中的血管过程等1 275个GO富集结果和低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等76条KEGG信号通路。结论：缓衰方通过多成分、多靶点、多信号通路途径实现对CKD的心肾保护作用。     

基于网络药理学探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的：运用网络药理学的研究方法探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三子养亲汤中药物的化学成分、作用靶标进行检索与筛选;利用GeneCards数据库对COPD的相关靶标进行检索与筛选;取药物与疾病的交集靶点,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建多层次网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并对其进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：筛选后得出22个三子养亲汤有效成分和231个作用靶点。COPD相关基因中Relevance score大于3的基因有5 737个,药物与疾病的共有靶点有115个。PPI网络分析得出,三子养亲汤治疗COPD与AKT1、MAPK1、IL6、JUN、CASP3等基因有关。GO功能富集分析和KEGG通路富集分析得到GO条目170个、KEGG通路162条。KEGG通路富集分析得出三子养亲汤治疗COPD主要通过包括Lipid and atherosclerosis和PI3K-AKT signaling pathway等通路进行调控。结论：本研究从网络药理学的方向,系统地阐述了三子养亲汤通过药物的多成分、多靶点特点对慢性阻塞性肺疾病产生作用机制,为三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的进一步研究提供了基础。     

基于网络药理学的中药复方知柏地黄丸治疗代谢综合征的机制研究

目的:应用网络药理学的研究方法挖掘中药复方知柏地黄丸治疗代谢综合征的物质基础及其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索中药复方知柏地黄丸中八味中药的主要活性成分,并进行靶点预测。通过OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索代谢综合征的相关靶点,将中药靶点与疾病靶点取交集得到共同作用靶点。应用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件对其进行拓扑学分析筛选出核心靶点。最后,基于Metascape软件并进行GO-BP生物功能富集和KEGG通路分析。结果:经数据库分析中药复方知柏地黄丸中含有活性化合物74个,作用靶点906个,其中290个为与代谢综合征共有靶点;通过对共有靶点的拓扑分析,筛选出核心靶点78个,GO-BP生物功能富集以及KEGG通路分析发现,其可通过循环系统、G蛋白偶联受体信号通路、脂多糖调节、调控血压、脂质代谢调节等多种生物学功能以及血管内皮生长因子信号通路、钙信号通路、ErbB信号通路等多条代谢通路发挥其治疗作用。结论:中药复方知柏地黄丸可通过过氧化物酶体增殖激活受体(PPAR)、转录激活因子-3(STAT3)、磷脂酰肌醇激酶(PIK3)等靶点经过循环系统、G蛋白偶联受体信号通路、与环状核苷酸第二信使偶联以及VEGF信号通路、钙信号通路、ErbB信号通路等代谢通路发挥治疗代谢综合征的作用,为其临床和基础研究提供新的科学依据。     

基于网络药理学研究巴戟天抗抑郁的分子作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨巴戟天治疗抑郁症的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP数据库)筛选出巴戟天的活性成分和对应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM等数据库筛选出抑郁症的潜在靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-疾病-靶点的可视化网络;以STRING数据库对关建靶点构建蛋白互作网络分析;最后进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从巴戟天中筛选出有效成分20个,得到可作用于抑郁症的靶点22个。GO分析富集得到65个生物学功能,KEGG通路分析富集得到48条信号通路。结论巴戟天通过多靶点、多通路发挥对抑郁症的治疗作用,其作用机制可能与胆碱能突触、神经活性配体-受体相互作用、甲状腺激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等相关。