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相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 218 毫秒
1.
目的基于网络药理学及生物信息学探讨养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库、GEO数据库、OMIM数据库等获取养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的活性成分及潜在靶点;应用R语言绘制GEO数据集相关热图, 使用Cytoscape 3.8.2软件构建"中药-活性成分-潜在靶点"网络, 并采用CytoNCA插件进行PPI网络拓扑分析;使用Metascape网站对潜在靶点进行GO及KEGG富集分析;采用AutoDock Vina 1.5.6软件将活性成分与潜在核心靶点进行分子对接。结果筛选得到养血清脑颗粒活性成分135个及治疗血管性痴呆的潜在靶点186个。GO功能富集分析显示, 主要涉及蛋白激酶结合、转录因子结合等生物功能;KEGG通路富集分析结果主要富集于PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路等;分子对接结果显示, 养血清脑颗粒主要活性成分与潜在作用靶点有良好的结合活性。结论养血清脑颗粒治疗血管性痴呆具有靶点多、通路广的特点, 可通过抑制神经细胞凋亡、减轻炎性反应等机制发挥治疗作用。  相似文献   

2.
目的:利用网络药理学探索龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库挖掘龙胆泻肝汤的有效成分和作用靶点,利用CTD数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病的交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,运用Cytoscape 3.7.2构建“疾病-药物-靶点-基因”四维网络,借助DAVID数据库对靶点进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最终使用Auto Dock进行分子对接验证。结果:从龙胆泻肝汤中筛选出有效成分195个、作用靶点328个,其中与特应性皮炎疾病密切相关的靶点79个。经筛选,GO功能富集分析得到条目295个,KEGG通路富集分析得到信号通路86条。分子对接结果显示复方活性成分与核心靶点结合程度较好。结论:龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎主要通过槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性化合物作用于白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)、前列素内环氧化物合成酶2(Prostaglandin-endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、丝裂原激活蛋白激酶(Mito...  相似文献   

3.
目的运用网络药理学和分子对接技术预测降糖消渴颗粒治疗糖尿病的作用靶点和信号通路, 分析可能的作用机制。方法通过ETCM数据库筛选降糖消渴颗粒的活性成分及作用靶点;检索DisGeNET、GeneCards数据库获得糖尿病靶点, 绘制韦恩图取交集靶点;利用STRING数据库进行基因转换和网络相互作用分析;采用Cytoscape 3.6.0构建PPI网络;运用分子对接技术进行验证;通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果共筛选出降糖消渴颗粒128个活性成分, 对应靶点607个。糖尿病相关靶点1 240个, 核心靶点53个。分子对接提示, 活性成分和核心靶点有良好的结合能力。GO功能分析得出46个功能条目, KEGG分析得出15条通路。结论降糖消渴颗粒通过多成分、多靶点参与多种生物过程, 包括影响脂质代谢和动脉粥样硬化、AD、AMPK信号通路、Apelin信号通路、胰高血糖素信号通路, 调节葡萄糖稳态。  相似文献   

4.
目的:利用网络药理学和分子对接技术研究分析五达颗粒治疗胃肠动力障碍(Gastrointestinal motility disorder,GMD)的分子机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集五达颗粒有效成分及其作用靶点,GeneCards与OMIM数据库收集胃肠动力障碍相关靶点,Cytoscape软件构建“成分-靶点”网络,STRING数据库构建靶点蛋白PPI网络,所获关键靶点行GO生物功能注释及KEGG通路分析,五达颗粒核心活性成分及胃肠动力障碍关键靶点用AutoDockTools软件行分子对接。结果:“成分-靶点”网络显示五达颗粒核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚;PPI网络显示JUN、IL-6及FOS等蛋白作用显著;GO功能富集为信号转导、炎症反应及免疫反应等;KEGG通路富集在TNF及IL-17等信号通路;分子对接结果显示核心活性成分与关键靶点均有较好的结合活性。结论:五达颗粒治疗GMD的作用机制可能是槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚作用于JUN、IL-6及FOS以调节信号转导、炎症反应及免疫反应。  相似文献   

5.
目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点,通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点,构建活性成分-靶点网络;利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析,构建PPI网络以筛选重要靶点;运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络;进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等,PPI网络中关键交集靶点61个,核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条,分子功能76条,生物过程1 413条;KEGG通路富集分析得到258条,主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知,汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...  相似文献   

6.
目的 应用网络药理学方法探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症的作用机制,为临床应用玄参-麦冬药对提供依据。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)收集玄参、麦冬的化学成分,结合TCMSP、SwissADME数据库及文献筛选活性成分,利用Swiss TargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM、GeneCards、DrugBank数据库获取焦虑症的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;利用STRING数据库建立活性成分-疾病共同靶点蛋白相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape3.8软件对PPI网络进行MCODE聚类分析,得出关键靶点;利用DAVID6.8数据库对活性成分-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析,通过活性成分-靶点-通路网络筛选核心活性成分,用分子对接模拟核心活性成分与关键靶点的结合强度。结果 共筛选出玄参-麦冬药对37个活性成分,潜在靶点471个,焦虑症相关靶点753个,活性成分-疾病共同靶点42个,对其PPI网络进行MCODE聚类分析得到4种类簇,筛选出关键靶点14个。GO和KEGG富集分析显...  相似文献   

7.
张红娜  邹佳楠  李昆  翟真真  翟静 《中草药》2020,51(12):3234-3245
目的运用网络药理学预测和分子生物学验证探讨半枝莲抗胰腺癌的活性成分及其作用机制。方法通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选半枝莲的活性成分和相关潜在靶点;应用毒性与基因比较数据库(CTD)、治疗靶点数据库(TTD)、药物基因组学知识库(PharmGKB)建立胰腺肿瘤靶点数据库;基于半枝莲潜在靶点与胰腺肿瘤靶点的匹配结果,构建PPI网络,拓扑分析筛选核心靶点;基于核心靶点的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析建立半枝莲抗胰腺癌的信号通路图;采用Westernblotting验证半枝莲中核心成分木犀草素对胰腺癌细胞PANC-1中P53、Bax和Bcl-2关键靶点的调控作用。结果共筛选出28种活性成分,包括槲皮素、木犀草素、汉黄芩素等;91个半枝莲作用靶点,经拓扑筛选获得24个核心靶点,涉及TP53、AKT1、JUN、VEGF等。GO功能富集分析显示,半枝莲作用靶点共涉及到73条生物学过程,KEGG通路富集筛选出18条信号通路参与胰腺癌的治疗,主要是通过NF-κB、p53、PI3K-Akt和VEGF信号通路来调节肿瘤炎性微环境、细胞周期阻滞、促细胞凋亡以及抗血管生成。分子生物学实验发现半枝莲中木犀草素可调节p53信号通路中关键靶点促进胰腺癌细胞的凋亡,证明了本研究中网络药理学分析结果的可靠性。结论初步证实了半枝莲具有多成分-多靶点-多途径协同作用的特点以及治疗胰腺肿瘤的潜在分子机制,为进一步探索其作用机制及临床应用奠定基础。  相似文献   

8.
目的:基于网络药理学预测桃仁-红花治疗葡萄胎(HM)的分子作用机制。方法:以网络药理学方法为基础,依托中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选桃仁-红花的活性成分及作用靶点;借助Gene Cards、OMIM、Drug Bank、Pharm GKB等数据库筛选葡萄胎的疾病靶标,绘制Venn图,构建药对-疾病"活性成分-作用靶点"网络图,绘制蛋白互作网络(PPI),完成GO和KEGG富集分析,进一步用分子对接来验证和筛选靶点。结果:研究共筛选得到槲皮素、木犀草素等8个活性成分,分别作用于AKT1、TP53、EGFR等39个相关靶点; GO富集分析显示桃仁-红花的活性成分主要涉及凝血、改善血流动力学、调控细胞凋亡和细胞增殖、抗炎等生物学过程。KEGG富集通路HM有显著作用的有MAPK信号通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化信号通路等;分子对接进一步验证了槲皮素与AKT1的相关性。结论:桃仁-红花药对包括槲皮素、木犀草素等8个活性成分,其治疗葡萄胎主要通过多靶点多通路起作用,为后续临床治疗葡萄胎提供了新的思路。  相似文献   

9.
目的采用网络药理学方法探讨生脉饮"异病同治"糖尿病和心力衰竭的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库收集生脉饮组方药物的所有化学成分,通过UniProt数据库获取药物作用靶点,通过DisGeNET和GeneCards数据库筛选与糖尿病和心力衰竭相关的靶点,将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后,分别构建生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的化合物-靶点相互作用网络图;利用String平台绘制蛋白相互作用(PPI)网络,找出关键基因靶点;分别使用DAVID数据库和Cytoscape3.6.1对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并分析PPI网络数据。结果共筛选出生脉饮50个活性成分和3754个潜在作用靶点,糖尿病、心力衰竭相关靶点分别为218、317个,生脉饮治疗糖尿病、心力衰竭作用核心靶点分别为109、196个;经KEGG通路富集分析,分别筛选出生脉饮对糖尿病和心力衰竭具有作用的通路,根据度值对PPI网络数据分析选取生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的主要药效靶点各10个。结论生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭具有多成分、多靶点、整体调节的作用特点,可为其活性成分研究和实验研究提供依据。  相似文献   

10.
《中成药》2020,(10)
目的基于网络药理学的方法,探讨三物白散治疗胃癌的作用机制。方法分别利用TCMSP、 BATMAN-TCM数据库结合文献筛选,获得三物白散的活性成分及相关靶点;利用Cytoscape构建成分-靶点网络图;利用GEO、Genecards、OMIM数据库获得胃癌相关靶点;在线分析工具制作韦恩图获得三物白散作用于胃癌的靶基因;利用String网站构建靶基因的PPI网络;利用R软件获得PPI网络中的关键基因。将三物白散中主要活性成分与PPI中的关键靶基因进行分子对接。利用Metascape在线工具对靶基因进行GO(基因本体论富集)、KEGG(通路富集)分析、蛋白互作网络构建及模块分析。结果筛选得到三物白散的活性成分46个,相关靶点387个,作用于胃癌的靶点289个,基因富集分析结果涉及激素水平调节、血液循环的正调节、脂质代谢调节等过程,涉及通路包括癌症通路、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路、cAMP信号通路、细胞凋亡、HIF-1信号通路、TNF信号通路等。结论三物白散可能通过调节缺氧、炎症与代谢相关因子、通路,改善肿瘤微环境,从而发挥治疗胃癌作用。  相似文献   

11.
目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。  相似文献   

12.
目的:运用网络药理学及分子对接方法探讨益智清心方(YZQXF)对阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的作用靶点,构建活性成分-靶点-通路网络并分析其作用信号通路,探讨其对AD的防治作用及可能的分子机制。方法:根据YZQXF药味组成,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索各药材的有效化学成分及各成分相应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank数据库搜索AD相关靶点,同时将药物靶点及疾病靶点数据进行比对,获得交集靶点,上传STRING 11.5数据库对其进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并找到核心靶点;通过Cytoscape 3.7.1构建YZQXF治疗AD的活性成分-作用靶点-通路网络;借助BioConductor软件的R语言包对作用靶点进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后将核心基因分别与关键靶标进行分子对接,验证YZQXF关键成分与核心靶点的作用特征。结果:YZQXF中共有43个化学成分作用于2871个AD相关靶点,共存在129个化学成分-靶点相互作用关系。YZQXF治疗AD的关键成分包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、四氢小檗碱、豆甾醇、原阿片碱、杨梅酮、氧代小檗碱、巴马汀、马卡因、小檗碱,核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、Myc、Fos、MAPK14、Jun、核转录因子-κB p65(RELA)、蛋白激酶B1(Akt1)、MAPK8、白细胞介素-1β(IL-1B)、肿瘤蛋白p53(TP53)。GO富集得到2359个生物过程条目,主要涉及对脂多糖的反应、对细菌来源的分子反应等生物过程,膜筏、膜微域等细胞组分及G蛋白偶联受体活性、神经递质受体活性等分子功能。KEGG通路富集得到168个通路,主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化(fluid shear stress and atherosclerosis)、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)等。分子对接结果显示,YZQXF中的关键活性成分与治疗AD的核心靶点有较好的结合性。结论:YZQXF可通过多种活性成分、多个关键靶点及多种作用途径治疗AD。  相似文献   

13.
目的:通过网络药理学方法预测四君子汤治疗结直肠癌潜在的作用靶点及信号通路。方法:利用TCMSP获得四君子汤的化学成分及作用靶点,结合Swiss Target Prediction网站进行靶标垂钓;通过TTD、OMIM、Drugbank和GeneCards数据库收集结直肠癌相关靶点。运用Venn图取药物和疾病交集靶点,并...  相似文献   

14.
目的:通过网络药理学方法探讨加味过敏煎治疗荨麻疹的作用机制。方法:检索中药系统药理学平台(TCMSP)选取加味过敏煎君药中的有效元素和作用靶点;通过检索人类基因信息数据库选取荨麻疹的疾病靶点;应用R语言筛选药物与疾病共同靶点,应用Cytoscape软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病互作网络;运用STRING平台构建蛋白质间相互作用网络(PPI),并将结果进行可视化展示;使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果:包含了45个化合物和相应靶点409个,并得到61个疾病相关作用靶点。富集分析得到84个GO功能条目和126条KEGG信号通路。结论:加味过敏煎作用于荨麻疹的PPI网络中IL-6、AKT1、VEGFA等靶点起着关键作用,这些靶点主要涉及细胞因子受体结合、细胞因子及受体配体活性等生物学过程,并主要富集在AGE-RAGE、PI3K/Akt等多条信号通路上,发挥抗炎和免疫调节等作用,这可能是加味过敏煎治疗荨麻疹的关键作用机制。  相似文献   

15.
目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制.方法:以"石菖蒲"为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络.利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个...  相似文献   

16.
目的:基于系统药理学,探讨复方血藤颗粒的药效作用以及配伍机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicines Systems Pharmacology Platform,TCMSP)数据库检索获得复方血藤颗粒中3个药物的化学成分、作用靶点,构建“化合物-靶点”网络,进行网络拓扑学分析,确定网络关键节点或关键模块,利用DVAID数据库进行GO富集分析、基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的通路富集分析,分析其基因集合的主要功能,多层次、多角度探讨复方血藤颗粒的作用机制。结果:“化合物-靶点”网络包含30种活性成分,相应靶标94个。GO富集主要在细胞增殖的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控等方面,KEGG通路主要富集磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3-Kinases,PI3K)/蛋白质丝氨酸苏氨酸激酶(Protein-serine-threonine Kinase,AKT)信号通路、缺氧诱导因子-1(Hypoxia-inducible Factor,HIF-1)信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路等。结论:本研究结果初步验证了复方血藤颗粒的基本药理作用及其制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。  相似文献   

17.
目的:研究基于网络药理学探讨甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药分子机制生物信息学分析工具库(BATMAN-TCM)及文献搜索获取甘草、小麦、大枣的活性成分及作用靶点,从GeneCards数据库获得抑郁症靶点,获得药物疾病交集靶点,通过String在线平台数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件进行可视化及拓扑学分析筛选核心基因,应用DAVID数据库完成基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析。结果:共筛出中药活性成分94个,有效靶点49个,药物疾病交集靶点48个。PPI网络发现ALB、CASP3、VEGFA、MYC、CCND1、ESR1、CTNNB1、AR等可能是关键靶点。GO功能富集分析得到181个生物过程,主要涉及雌激素反应、胆碱能突触传递等。KEGG通路富集分析发现46个通路,主要集中在癌症相关通路、甲状腺激素信号通路、PI3K/AKT信号通路、Wnt信号通路等。结论:本研究为甘麦大枣汤的药效物质基础的进一步研究提供了理论基础,同时为其在抗抑郁方面的应用提供了参考依据。  相似文献   

18.
目的利用网络药理学技术对丹参酮ⅡA(TanⅡA)治疗增生性瘢痕(HS)进行生物分子网络分析,预测其作用靶点及机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Genecards数据库收集整合TanⅡA相关靶点数据,经Genecards数据库和DisCeNET数据库收集筛选HS靶点数据;采用Cytoscaβe 3.6.1软件构建TanⅡA治疗HS的"成分-靶点"网络、"疾病-靶点"网络以及"成分-靶点-疾病"网络;利用STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值和介数筛选出关键靶蛋白;利用BINGO和MCODE插件对潜在靶点进行Gene Ontology(GO)生物过程富集和聚类分析;利用R软件3.5.3版中的clusterProfiler 3.8程序包对靶点进行KEGG信号通路富集分析。结果共筛选出56个潜在作用靶点,发现其中IL-6、VEGFA、TNF、TGF-β1、AKT1、TP53、EGFR等19个关键靶点;GO生物进程分析共包含1 085条富集结果,聚类分析后得到蛋白激酶级联反应、毛囊发育、内环境稳态等40个子簇;KEGG信号通路富集主要涉及TNF、PI3K-Akt、MAPK等137条信号通路。结论 TanⅡA可能通过多靶点、多途径对HS发挥治疗作用,可为丹参治疗HS提供候选靶标和候选药物。  相似文献   

19.
目的:基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选人参、黄芪活性成分和靶基因。使用人类基因数据库(Gene Cards)获得肺癌相关基因。使用Cytoscape构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。使用STRING下载蛋白与蛋白相互作用(PPI)数据,利用插件Centi Scape筛选PPI核心基因。使用R软件进行关键靶基因基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共筛选17个人参,16个黄芪活性成分,50个人参,95个黄芪治疗肺癌的靶基因,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。筛选出38个PPI核心基因。GO功能富集显示人参-黄芪生物学过程和功能集中在核受体功能、转录相关功能、泛素化、细胞凋亡等。KEGG通路富集显示,人参-黄芪治疗肺癌主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路。结论:通过构建"药物-成分-靶点-疾病"网络,从多成分、多靶点、多通路阐释人参-黄芪作为对药治疗肺癌的作用机制,为后续深入研究提供一定参考。  相似文献   

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