藏药麻花秦艽防治细胞因子风暴活性成分与作用机制的网络药理学研究

目的 应用网络药理学方法对藏药麻花秦艽防治细胞因子风暴的主要活性成分及可能作用机制进行预测分析.方法 通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)及人类基因(GeneCards)数据库收集麻花秦艽的活性化合物和与细胞因子风暴相关靶点;应用Cytoscape 3.6.1软件构建麻花秦艽活性成分-细胞因子风暴靶点调控网络...     

基于网络药理学的青蒿-川芎配伍治疗脑型疟作用分析

目的 基于网络药理学的方法探讨青蒿、川芎组合抗脑型疟配伍用药的合理性及其作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SymMap检索青蒿、川芎的所有化学成分并筛选作用靶点,构建成分靶点的蛋白质-蛋白质的相互作用（PPI）网络。通过GeneCards,DisGeNET数据库收集脑疟相关靶基因。将药物靶点和疾病靶点进行映射筛选出共同靶点,并对关键靶点进行蛋白互作网络分析,基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,进一步采用经典的实验性脑型疟小鼠模型检测生存曲线,原虫血症水平,存活率,实验性脑型疟（ECM）昏迷及行为学评分,并采用RayBio^?细胞因子抗体阵列检测组织中细胞因子的表达水平,进行实验验证。结果 筛选后得到青蒿、川芎配伍后的有效活性成分23个,药物靶点179个,药物靶点与脑型疟疾病靶点映射获得共有靶点100个。GO功能分析确定了59个条目（P<0.05）,涉及细胞因子活性、生长因子活性、免疫反应等方面。KEGG通路分析发现相关信号通路51条。实验验证结果表明,青蒿、川芎代表性成分配伍组合对ECM小鼠生存状态、昏迷及行为学评分等临床体征有明显改善作用。检测小鼠相关细胞因子的表达水平,发现与模型组相比,配伍用药组合中γ-干扰素（IFN-γ）,白细胞介素-10（IL-10）,IL-4,IL-1β的表达水平明显升高（P<0.05）,与网络药理学预测ECM疾病与药物重合核心靶标相符。结论 该研究通过网络药理学的筛选和体内实验验证,证实了青蒿、川芎配伍组合治疗脑型疟的协同增效作用,为进一步的机制研究指明了方向,为脑型疟临床干预提供了新的可能。     

基于网络药理学的家蚕抗2型糖尿病分子机制研究※

目的 通过网络药理学技术探讨家蚕活性成分改善2型糖尿病的分子机制。方法 通过检索中国知网（CNKI）和国际性综合生物医学信息书目数据库（Medline）构建家蚕的功效成分数据集，运用网络药理学技术筛选家蚕活性成分靶点和疾病靶点，并且对核心靶点进行京都基因和基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）富集分析。结果 家蚕抗2型糖尿病功效成分对应核心靶点30个，涉及63条相关信号通路，其中显著富集在癌症通路、ErbB信号通路、HIF-1信号通路、胰岛素抵抗、FoxO信号通路、非酒精性脂肪肝（NAFLD）等信号通路。结论 家蚕活性成分抗2型糖尿病的作用机制可能与炎症、氧化应激、脂肪肝、癌症发生等相关信号通路的调节有关。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS结合网络药理学及分子对接研究益母草水提物治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的] 本研究利用超高压液相色谱串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-Q-TOF-MS/MS）技术结合网络药理学及分子对接的方法,探究益母草水提物抗动脉粥样硬化的物质基础与分子机制。[方法] 首先依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征与鉴定益母草水提物主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,并与在GeneCards数据库、OMIM数据库和DisGeNET数据库中获取的动脉粥样硬化相关靶点交集获得核心靶点。其次通过String数据库构建蛋白互作网络,导入Cytoscape3.7.1软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析。通过DAVID数据库对靶点基因进行GO功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后通过AutoDockTools将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。[结果] 本研究获得益母草水提物治疗动脉粥样硬化的可能相关活性成分7个,潜在作用靶点259个。益母草水提物活性成分可能通过调控白细胞介素（IL）-6、肿瘤坏死因子（TNF）、IL-1β、血管内皮生长因子A（VEGFA）和c-myc等核心靶点及磷脂酰肌醇3激酶蛋白激酶B（PI3K/Akt）、TNF、低氧诱导因子-1（HIF-1）等信号通路达到抗动脉粥样硬化的作用。[结论] 本研究基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术,通过网络药理学方法发现益母草抗动脉粥样硬化可能是通过多靶点、多成分起作用,为进一步开展相关实验提供依据。     

基于网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用机制＊

目的 利用网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用靶点及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID数据库，以OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18为条件筛选石榴健胃丸中的活性成分和作用靶点。基于GeneCards和DisGeNet数据库获取胃肠炎相关靶点，蛋白质相互作用网络通过String数据库构建。成分-靶点-疾病网络的构建用cytoscape 软件，并将获得的靶点用DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析。结果 从石榴健胃丸中筛选出有效成分96个和366个潜在靶点，其中有44个治疗胃肠炎的关键靶点。KEGG通路分析筛选得到63条信号通路（P < 0.05），GO功能富集分析得到GO条目数133个（P < 0.05）。在药物-成分-靶点-疾病网络中，显示槲皮素、红花醌甙、杨梅素、β-石竹烯、豆蔻明等成分发挥着重要作用。结论 石榴健胃丸治疗胃肠炎疾病的机理可能是通过细胞因子-受体相互作用通路、TNF信号通路和JAK-STAT信号通路等作用于TNF、IL-6、IL-1β-和IL-10等靶点，从而发挥抗炎和免疫调节等作用。     

芪苓温肾消囊方化学成分及其治疗多囊卵巢综合征的作用机制分析

目的 系统分析芪苓温肾消囊方（QLWS）方的化学成分,探讨该方治疗多囊卵巢综合征（PCOS）的关键活性成分及作用机制。方法 结合对照品比对和文献及数据库,采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱法（UPLC-Q-TOF/MS^E）对QLWS方化学成分进行系统分析与鉴定。采用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）及SwissADME平台筛选活性成分并进行网络药理学分析。通过SwissTargetPrediction、GeneCards、疾病相关基因与突变位点数据库（DisGeNET）、DrugBank等数据库获取该方治疗PCOS的潜在成分及靶点。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络筛选核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。运用MOE 2019进行分子对接。结果 从QLWS方中鉴定成分90个,经筛选得到32个活性成分和45个核心靶点。GO功能富集分析共得到429个条目,KEGG通路富集分析共得到110个条目,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、雌激素信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等。分子对接结果显示QLWS方中的关键活性成分淫羊藿苷、丹酚酸A/B/C、汉黄芩素、木兰花碱等可能通过调节促分裂原活化的蛋白激酶1（MAPK1）、表皮生长因子受体（EGFR）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）等靶点发挥治疗PCOS的作用。结论 该研究基于液质联用技术及网络药理学技术初步预测了QLWS方中多个活性成分通过作用于多靶点、多通路治疗PCOS,为阐明全方的药效物质基础及作用机制研究提供思路与参考。     

基于网络药理学探讨清咳平喘颗粒治疗急慢性支气管炎合并慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的 通过网络药理学的方法探讨清咳平喘颗粒治疗急慢性支气管炎合并慢性阻塞性肺疾病的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）对清咳平喘颗粒进行活性成分筛选以及作用靶点预测，运用Cytoscape 3.8构建药物成分-靶点网络；检索GeneCards，在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）以及DrugBank数据库获取疾病靶点；将靶点名输入到UniProt数据库进行标准化处理；通过韦恩图，得到清咳平喘颗粒治疗二病靶点；使用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；使用MetaScape数据平台进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；构建清咳平喘颗粒治疗急慢性支气管炎合并慢性阻塞性肺疾病活性成分-共同靶点-信号通路网络。并通过文献确认相关靶点的准确性。结果 共获得清咳平喘颗粒165个活性成分，374个相关靶点，疾病相关靶点512个，药物疾病共同靶点130个，其中核心治疗靶点14个。对14个核心靶点进行分析，其中GO富集分析共得生物过程390条，细胞组成9个，分子功能23个；KEGG通路分析共得到22条信号通路。结论 清咳平喘颗粒可能是通过调节血管内皮生长因子受体2（KDR），转化生长因子-β₁（TGF-β₁），基质金属蛋白酶组织抑制因子-1（TIMP-1），细胞质膜微囊蛋白1（CAV1），低氧诱导因子-1α（HIF-1α），白细胞介素-2（IL-2）等靶点，在体内主要与细胞质内的调控因子的合成与转运有关，参与传递的细胞因子主要通过控制细胞增殖凋亡等功能来改善病情。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接的痰热清干预耐药铜绿假单胞菌致呼吸系统感染作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探究痰热清干预耐药铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa,PA）所致呼吸系统感染性疾病的作用机制,为其进一步深入研究及合理应用提供参考。方法 依前期临床回顾性分析结果选取痰热清为研究药物,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissADME数据库及文献检索筛选获取痰热清各味中药的活性成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM数据库挖掘PA相关呼吸系统疾病靶点,参考用药指南选取PA临床用药并预测其作用靶点;通过STRING平台构建药物-疾病共有靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Metascape平台分析共有靶点涉及的生物过程和信号通路,采用Cytoscape 3.8.0软件构建痰热清干预耐药PA感染的成分-疾病-靶点网络及成分-靶点-通路网络;筛选主要作用靶点和活性成分,采用分子对接初步验证结合作用。结果 筛选得到痰热清中所含5味中药潜在活性成分共107个,预测作用靶点共746个,PA相关呼吸系统疾病及临床用药靶点共959个,韦恩图分析获取成分和疾病共有靶点213个;最终预测核心靶点主要为表皮生长因子受体（EGFR）、原癌基因酪氨酸受体激酶（SRC）、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶亚基（PIK3CA）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、MAPK、趋化因子等信号通路;分子对接表明预测结果的可靠性。结论 痰热清组方配伍合理,具多成分、多靶点、多通路的特点,主要通过抑制PI3K-Akt和EGFR-MAPK信号通路,抑制耐药PA在呼吸道过度黏附、产生黏液并分泌炎性因子和内毒素,从而缓解呼吸系统疾病。     

基于网络药理学及实验验证初步探讨麦门冬汤治疗肺纤维化的作用机制＊

目的 运用网络药理学的方法来研讨麦门冬汤治疗肺纤维化（Pulmonary fibrosis，PF）的作用机制。方法 利用数据库分别筛选麦门冬汤各药材的活性成分及对应的靶点，并获得肺纤维化相关的治疗靶点，提取成分与疾病的交集靶点；构建“成分-靶点-通路”网络，对靶点进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集和GO（Gene Ontology）生物功能分析，进一步对度值评分较高的分子及靶点进行分子对接分析，评估成分与靶点的结合活性。结果 筛选得到麦门冬汤有145个活性成分，疾病与活性成分共有靶点704个，网络分析结果显示麦门冬汤活性成分涉及血管内皮生长因子、信号转导与转录激活因子3、半胱氨酸蛋白酶3、酪氨酸受体激酶SRC等相关的50个蛋白靶点，药物可通过影响多种细胞分化及生物酶活性来调节AGE-RAGE信号通路、癌症信号通路及人类巨细胞病毒感染等信号通路从而发挥治疗肺纤维化的作用，分子对接结果显示β-谷甾醇、豆甾醇、山奈酚、原阿片碱、白桦脂酸、槲皮素化合物与靶点AKT1、GAPDH、STAT3、MAPK3有较低的结合能，表明以上小分子具有潜在的抑制肺纤维化活性；体外实验表明麦门冬汤可促进MRC-5人胚肺成纤维细胞中AKT1、p-AKT蛋白表达，下调VEGF蛋白。结论 麦门冬汤治疗肺纤维化的作用具有多成分-多靶点-多途径的特点，该研究可为麦门冬汤的现代化研究提供新的研究思路和方向。