硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3对肿瘤患者生存预后的影响

目的 探讨硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3(TXNRD3)在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响。方法 利用基因型-组织表达研究项目数据库、癌症细胞系百科全书数据库和癌症基因组图谱数据库,从硒蛋白基因TXNRD3出发,探讨其在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响,探讨TXNRD3与肿瘤微环境中的免疫细胞及免疫浸润的相关性,以及与免疫新抗原、免疫检查点、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性等的相关性,根据TXNRD3基因表达水平将人类肿瘤样本分为高、低表达组,并且对其进行生物功能和信号通路的富集分析。结果 多个数据库的差异分析结果显示TXNRD3在15种肿瘤中高表达。生存分析显示TXNRD3与胰腺癌患者预后不良显著相关。此外,TXNRD3的表达水平与肿瘤免疫浸润相关,也与免疫新抗原、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性相关。TXNRD3影响DNA错配修复基因的表达。通过基因集富集分析显示TXNRD3参与调节许多涉及肿瘤代谢和肿瘤免疫的信号通路。结论 TXNRD3在肿瘤中广泛表达,TXNRD3对多种肿瘤的生存预后和治疗具有临床价值,揭示了TXNRD3在肿瘤靶向治疗中的潜力,表明TXNRD3在多种肿瘤中是一种很有前景的肿瘤预测生物标志物。     

泛癌中CCL18的差异表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性分析

目的 旨在通过多数据库的分析来揭示CCL18在33种癌症类型中的表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性。方法 通过GTEx数据库、CCLE数据库、TCGA数据库综合分析CCL18在泛癌中的表达模式。单因素Cox回归用于分析CCL18在泛癌中的生存和预后。通过TIMER2.0数据库分析CCL18与免疫微环境的关系。分析了CCL18与免疫检查点基因表达谱、DNA错配修复基因(MMRs)和甲基转移酶编码基因的关系。Spearman用于分析CCL18表达水平与肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)的关系。结果 在本研究中，发现CCL18在大多数癌症中异常过表达。CCL18与肿瘤患者的年龄、性别、肿瘤分期和免疫亚型等临床参数密切相关。单因素回归分析表明CCL18表达与患者在ACC、DLBC、LAML、UVM、CESC和LGG中的不良预后密切相关。在大多数癌症中，CCL18的表达与28种免疫细胞亚型、免疫相关通路、肿瘤微环境呈正相关。CCL18与主要组织相容性复合体、免疫激活剂、免疫抑制剂、趋化因子和趋化因子受体相关基因共表达。此外，CCL18与许多癌症中的肿瘤新抗原、肿瘤突变负荷、微卫星...     

CD276在泛癌中的免疫表达及预后

目的 探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法 采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达，采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响，进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性，采用基因集富集分析（GSEA） CD276的生物学功能，最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果 肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异（P <0.05）。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论 全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物，可将其作为新的免疫调节靶点，用于开发新的免疫治疗靶向药物，为肿瘤治疗提供新思路。     

Siglec-15是食管癌免疫治疗的一种新的潜在靶点

目的 明确食管癌组织中Siglec-15表达与免疫细胞浸润及PD-L1表达的关系，评估Siglec-15作为食管癌免疫治疗新靶点的价值。方法 使用癌症基因组图谱(TCGA)、产生有效治疗的应用研究(TARGET)和基因型-组织表达(GTEx)数据库，通过Pearson相关性分析明确Siglec-15转录水平与食管癌免疫细胞浸润、肿瘤突变负荷水平、微卫星不稳定性状态和免疫检查点基因表达之间的相关性。收集129例临床食管癌肿瘤组织样本，免疫组织化学染色法检测食管癌组织中PD-L1及Siglec-15表达，根据PD-L1染色的综合阳性分数(CPS)分为高PD-L1组与低PD-L1组，采用t检验比较Siglec-15在高PD-L1组与低PD-L1组肿瘤组织中的表达差异。结果 Siglec-15在食管癌等22种癌症的肿瘤组织中高表达(P<0.05)。食管癌组织中Siglec-15表达与免疫细胞浸润显著相关，Siglec-15高表达的肿瘤组织中CD4⁺T细胞及CD8⁺T细胞浸润减少(P<0.05)。Siglec-15表达水平与3种癌症(肉瘤、...     

基于TCGA数据库分析富含丝氨酸/精氨酸剪接因子家族在不同癌症中的表达及其预后意义

目的揭示不同类型癌症中富含丝氨酸/精氨酸剪接因子(SRSF)的整体表达及其对预后的作用。方法从癌症基因组图谱数据库(TCGA)中下载患者SRSF表达和临床信息,分析33种癌症类型中SRSF基因家族的表达差异及预后价值。利用R语言分析SRSF基因表达、突变及其相关细胞信号通路。结果 SRSF在多种癌症中异常表达,并与G2/M检查点、DNA修复、IL-2/STAT5信号转导、缺氧和KRAS多种信号转导通路以及免疫细胞浸润密切相关。SRSF的异常表达与癌症患者的预后显著相关。结论SRSF基因异常表达可以预测癌症的预后,其可能作为癌症潜在标志物。     

CPEB4的表达与肿瘤临床病理特征和预后关系的生物信息学分析

目的 探讨CPEB4基因在肿瘤中是否为一种肿瘤标志物并评估CPEB4在泛癌中的预后状况、临床相关性分析及肿瘤微环境之间的关系。方法 在线检索PubMed、中国知网、维普和万方数据库中存在CPEB4关于人体肿瘤表达的相关文献,纳入并汇总相关肿瘤细胞中表达情况的研究,对符合标准的文献提取出相应的临床数据并进行Meta分析。提取癌症基因组图谱（TCGA）数据库中的样本信息进行泛癌分析并拓展CPEB4高低表达组对不同肿瘤患者的临床相关性研究、预后程度与免疫之间的关系。结果 荟萃分析结果显示CPEB4为晚期肾透明细胞癌、非小细胞肺癌、神经胶质瘤、结直肠腺癌、胃腺癌患者的不良预后因子;对泛癌差异分析结果统计,CPEB4在肿瘤中为两极化因子,针对泛癌中CPEB4表达与肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫细胞相关性与其他免疫相关基因之间的关系并进行GSEA通路富集分析,验证并拓展荟萃分析的结果。结论 CPEB4作为泛癌中的矛盾因子,可作为肿瘤患者病情的检测指标及预后的重要参考因素。     

PDLIM2对前列腺癌预后影响的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术分析PDLIM2对前列腺癌（PCa）预后的影响，并深度挖掘其基因功能。方法利用UCSCXena数据库下载癌症基因组图谱PCa数据，分析并验证PCa组织与癌旁正常组织中PDLIM2表达差异，比较PDLIM高、低表达组患者总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。利用LinkedOmics数据库对PDLIM2共表达基因进行基因本体富集分析，利用相关数据库基因模块分析PDLIM2与肿瘤免疫细胞浸润程度、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫检查点（ICP）基因表达及肿瘤干性评分的相关性。结果与癌旁正常组织相比，PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平较低（P＜0.05），而PDLIM2启动子区域甲基化水平较高（P＜0.05）；且PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与Gleason评分、分子分型均有关（均P＜0.05）。生存分析显示，PDLIM2高表达者PFS明显短于PDLIM2低表达者（P＜0.05）；而PDLIM2高、低表达者OS比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。PDLIM2mRNA表达与TSPAN4、LGALS1、GAS6、GYPC、LYL1等12198个基因均呈正相关（均P＜0.05），与SMARCC1、HOOK1、ZNF24、DNAJC16、FOXA1等7852个基因均呈负相关（均P＜0.05）。与PDLIM2相关的基因主要富集在胶原代谢过程、整合素介导的信号通路、体液免疫反应、白细胞迁移、IFN-γ产生、急性炎症反应、血管生成等生物学过程。PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与肿瘤免疫细胞浸润程度、TMB、MSI、38个ICP基因表达及肿瘤干性评分均呈正相关（均P＜0.05）。结论PDLIM2可能成为评估PCa预后的生物学标志物和肿瘤免疫治疗的新靶点。     

ncRNA介导的EphB4上调与低级别胶质瘤不良预后及肿瘤免疫浸润的相关性

目的 探讨促红细胞生成素生成人肝细胞受体B4(erythropoietin-producing human hepatocellular receptors B4,EphB4)在低级别胶质瘤(lower-grade glioma,LGG)组织中的表达、其上游靶点以及与患者预后及肿瘤免疫浸润的相关性,分析其作为治疗靶点的潜在作用。方法 首先应用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库胶质瘤数据分析EphB4在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异,并用基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析EphB4对不同癌症生存期的影响。用R语言和starBase数据库分析EphB4可能上游调节非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA)。用肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库进行EphB4表达与肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞生物学标志物和免疫检查点相关性分析。结果 UBA6-AS1/hsa-miR-346轴是最有潜力影响LGG中EphB4表达的上游ncRNA相关通路。同时,EphB4水平与LGG肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞生物学标志物、免疫检查点表达均呈显著正相关。结论 ncRNA介导的EphB4上调与LGG的不良预后和肿瘤免疫浸润相关。     

基于多组学分析血红素加氧酶1在肿瘤预后中的作用

目的 分析血红素加氧酶1(HMOX1)在泛癌中的表达及其在肿瘤预后中的作用。方法 采用肿瘤免疫数据库TIMER2.0和GEPIA2工具分析HMOX1在各癌症中的表达，探讨不同癌症中HMOX1表达与癌症相关纤维细胞浸润水平的关系；采用GEPIA2数据库分析不同癌症中HMOX1表达与癌症总生存期和无病生存期的关系；采用STRING和GEPIA2数据库得到HMOX1的相关蛋白互作网络图。结果 HMOX1在癌症中的发病机制与炎症反应、细胞黏附有关，大多数基因编码定位在质膜上，并发挥三磷酸鸟苷结合和蛋白结合的分子功能。HMOX1在多种癌症中高表达，并且与肿瘤患者预后存在相关性；HMOX1的表达与膀胱尿路上皮癌、结肠癌、头颈鳞状细胞癌、脑低级别胶质瘤、胰腺癌、胃癌、睾丸生殖细胞癌等癌症相关成纤维细胞浸润水平呈正相关。结论 HMOX1的表达与多种癌症临床预后、免疫浸润等存在相关性，通过泛癌分析，有助于从临床肿瘤样本角度阐述HMOX1在肿瘤发生中的作用。     

PHF19在肺腺癌中的表达及对免疫微环境的影响

目的：探讨PHD锌指蛋白19(PHF19)在肺腺癌中的表达水平、临床预后、遗传改变、甲基化值、生物学功能和免疫调节作用。方法：基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库肺腺癌的RNA队列数据，通过TIMER数据库、UALCAN数据库分析PHF19在肺腺癌和正常组织之间的表达差异及其表达水平与患者预后之间的关系，cBioPortal数据库、TIMER数据库分析PHF19在肺腺癌中的基因突变情况，UALCAN数据库分析PHF19在肺腺癌中的启动子甲基化水平，LinkedOmics数据库、KEGG数据库进行PHF19共表达基因的富集分析，TIMER数据库探索PHF19在肺腺癌中的表达与免疫浸润水平的相关性。结果：PHF19在肺腺癌组织中的表达上调，其高表达与肺腺癌患者的临床病理分期、淋巴结转移和总生存期缩短显著相关，0.9%的患者出现遗传变异，扩增和错义突变是最常见的突变，TP53突变可导致PHF19高表达，PHF19的启动子甲基化水平在肺腺癌中显著降低，PHF19的功能集中于细胞有丝分裂过程和细胞周期，PHF19表达水平与肿瘤免疫细胞浸润和免疫检查点表达呈显著相关。结论：PHF19可作为肺腺癌预...     

ATP柠檬酸裂合酶在肝细胞癌组织中的表达及临床意义

目的 探究ATP柠檬酸裂合酶(ACLY)在肝细胞癌(HCC)发生发展中的作用及其对HCC免疫微环境的影响。方法 采用美国阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析网站和肿瘤基因表达谱交互分析数据库在线检索ACLY在癌症基因组图谱数据库收录的不同肿瘤中的表达情况和预后改变，选取HCC为疾病模型，分析ACLY在基因表达数据库HCC标本中的表达情况，并采集HCC患者临床标本在mRNA、蛋白水平进行表达验证；同时在细胞水平敲减ACLY,并利用转录组测序分析差异表达基因，进行细胞增殖实验等功能验证；探讨ACLY与肿瘤微环境中免疫细胞及免疫浸润的相关性，以及与免疫新抗原、免疫检查点基因的相关性。结果 ACLY基因在包括HCC在内的多种实体瘤中高表达(P均<0.05),且ACLY高表达与HCC的总体存活率具有显著相关性(P=0.005)。ACLY的高表达可影响包括肿瘤相关成纤维细胞在内的多种免疫细胞的数量以及脂代谢基因的表达(P均<0.05)。结论 ACLY与HCC的发生发展及脂代谢异常密切相关，并对HCC的免疫微环境造成一定程度的影响。     

基于TCGA数据库的肺腺癌G2/M检查点基因预后模型的建立与应用

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库建立肺腺癌(LUAD)的G2/M检查点相关基因风险预后模型。方法 通过TCGA数据库获取并整合了LUAD基因表达数据及临床数据，根据Reactome定义的G2/M检查点相关基因集筛选出影响预后的G2/M检查点相关基因，通过单因素和多因素COX分析建立风险预后模型，对模型高、低风险组进行生物学标志基因集和KEGG通路富集的差异分析并进行免疫相关性分析。结果 预后模型由7个基因组成，该模型生存预测性能的AUC值为0.726。高风险组的总体生存率明显低于低风险组(P<0.05)。细胞增殖的相关通路在高风险组中富集。风险评分的增高与多种免疫细胞的浸润比例存在一定相关性(P<0.05)。结论 由7个基因组成的风险预测模型可作为独立预测因子来有效预测LUAD的预后。     

Raf激酶家族在泛癌中的表达、预后及功能研究

目的 探讨泛癌中Raf激酶家族成员表达对患者预后及肿瘤微环境的影响。方法 从TCGA数据库下载泛癌的基因组、转录组及临床数据。分析泛癌中Raf激酶家族的表达水平,在细胞系及组织中验证,并探讨Raf激酶家族基因的表达与肿瘤基质、免疫评分、RNA干性评分(RNAss)、DNA干性评分(DNAss)、微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)及药物敏感性的相关性。结果 多种肿瘤中,A-Raf、B-Raf、Raf-1癌细胞系和癌组织中的表达与正常细胞系、癌旁组织有差异,Raf激酶家族成员表达水平与患者的预后、肿瘤基质、免疫评分、RNAss、DNAss、MSI及TMB呈显著相关。Raf激酶家族基因的表达水平与某些药物的敏感性有关。结论 Raf激酶家族成员在多种肿瘤进展中起重要作用。     

泛癌分析长链非编码RNA MIR22HG的表达特征

目的 泛癌分析长链非编码RNA（lncRNA）MIR22HG的表达及其与临床特征的关系。方法 R语言分析癌症基因组图谱（TCGA）中MIR22HG在不同肿瘤组织中的表达及其与临床分期、淋巴结转移、肿瘤突变负荷（TMB）及微卫星不稳定（MSI）的关系;应用TIMER比较MIR22HG表达与免疫浸润的关系;使用cBioPortal分析MIR22HG的突变频率及其与预后的关系;使用GDSC在线数据库分析MIR22HG与化疗药物敏感性的关系。利用GEO数据库肝癌数据集和12对肝癌标本验证MIR22HG在肝癌中的表达及其与索拉非尼治疗反应的关系;分析MIR22HG表达与索拉非尼治疗预后的关系;在肝癌细胞株HCC-LM3中过表达MIR22HG（NC组,MIR22HG过表达组）,在肝癌细胞株MHCC-97H中敲除MIR22HG（NC组,sh-MIR22HG组）,采用CCK-8检测肝癌细胞中MIR22HG对索拉非尼IC50的影响。结果 MIR22HG在大多数肿瘤中低表达（P<0.05）,且多数肿瘤中MIR22HG基因存在缺失突变,其突变与肿瘤不良预后相关（P<0.05）。MIR22HG的表达水平与多种肿瘤的临床分期及淋巴结转移相关（P<0.05）。在多种肿瘤中MIR22HG的表达水平与TBM、MSI、免疫评分、免疫检查点相关基因表达及化疗药的药物敏感性显著相关（P<0.05）。6种常见免疫细胞中,中性粒细胞浸润水平与MIR22HG的表达水平相关性最强,尤其在乳腺癌、直肠癌及肾乳头状细胞癌中明显。多个数据集的分析结果验证MIR22HG在肝癌中低表达,且其低表达与肝癌进展相关（P<0.05）。MIR22HG低表达的患者经索拉非尼治疗后预后较好（HR=2.94, P=0.075）,其低表达能有效预测肝癌患者索拉非尼治疗效果（AUC=0.8095）。过表达MIR22HG能降低肝癌细胞对索拉非尼的敏感性（IC50 NC vs IC50 MIR22HG=7.731 vs 15.61）;而敲除MIR22HG的表达则能增加肝癌细胞对索拉非尼的敏感性（IC50 NC vs IC50sh-MIR22HG=7.986 vs 5.085）。结论 MIR22HG的表达与多种肿瘤的分期、有否淋巴结转移、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定、免疫细胞浸润及化疗药物敏感性相关。     

免疫检查点相关基因预测结肠癌患者预后及其免疫状态

目的 免疫检查点基因是调控结肠癌患者免疫应答的关键机制,并对结肠癌患者的预后、治疗具有潜在的临床应用价值,然而目前尚无基于免疫检查点基因的预后模型来预测结肠癌患者的预后和免疫状态。方法 从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)公共数据库获取并整理结肠癌患者的基因表达谱数据及其对应的临床信息,鉴定差异表达的免疫检查点基因。采用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox回归分析构建免疫检查点基因相关的TCGA结肠癌患者预后模型。应用GEO结肠癌患者队列(GSE143985)进行验证。KaplanMeier曲线和受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线用于评估模型预测准确性。Spearman相关性分析观察预后模型与免疫细胞浸润情况。单因素和多因素回归分析免疫检查点风险基因及临床指标,并基于多因素回归结果构建临床列线图。结果 在正常和结...     

基于WGCNA联合LASSO筛选宫颈癌预后枢纽基因

目的 运用生物信息学方法筛选宫颈癌预后相关的分子标志物,为宫颈癌的预后预测提供依据。方法 从GEO、TCGA和GTEx数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应的临床数据。在GSE9750和GSE52903数据集中,通过WGCNA和LASSO两种方法联合筛选宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选与预后相关的枢纽基因。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中比较预后相关的枢纽基因在宫颈癌和正常宫颈组织中的表达情况,并在HPA数据库中验证其蛋白水平的表达。利用ssGSEA分析宫颈癌肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)中免疫细胞浸润情况,探究预后相关的枢纽基因与免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达的相关性。结果 WGCNA和LASSO两种方法共筛选出7个宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选得到3个预后相关的枢纽基因MCM2、APOD和RAD54L。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中,与正常宫颈组织比较,MCM2和RAD54L在宫颈癌组织中表达上调,而APOD则表达下调,与HPA数据库中免疫组化结果基本一致。3个预后相关的枢纽基因与免疫细胞和免疫检查点的表达有相关性。结论MCM2、APOD和RAD54L基因可能是与宫颈癌预后相关的分子标志物,与TME中免疫浸润相关。     

泛癌中SLC7A7表达的预后意义及其与免疫微环境的关系

SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷贝数变化和突变的频率.使用MANTIS评估TCGA队列中的微卫星不稳定性.CIBERSORT算法用于估计浸润免疫细胞类型和免疫评分的相对分数.进行Kaplan–Meier生存曲线分析以评估泛癌的预后价值,SLC7A7在多种癌症中异常表达.在子宫内膜癌中SLC7A7突变频率最高.通过分析肿瘤微环境中SLC7A7表达与免疫细胞浸润之间的关系,发现对于不同的癌症,SLC7A7表达与浸润肿瘤的免疫细胞之间的相关性有所不同.发现24种癌症类型中SLC7A7的高表达与M1型巨噬细胞浸润相关.最后,泛癌生存分析表明,SLC7A7高表达在肾上腺皮质癌(ACC),肾嫌色细胞癌(KICH),胶质瘤(LGG),肝癌(LIHC),胰腺癌(PAAD),胸腺癌(THYM)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)预后较差.SLC7A7低表达在肉瘤(SARC),皮肤黑色素瘤(SKCM)中预后较差.这些发现表明,SLC7A7在肿瘤免疫微环境中起着重要作用,并且已确定SLC7A7在某些类型的癌症中具有预后价值.因此,SLC7A7是癌症免疫疗法和有效的预后生物标志物的潜在目标.     

SQRDL在人类肿瘤中的综合泛癌分析

目的 ：探究硫化物-醌氧化还原酶(sulfide-quinone oxidoreductase, SQRDL)在不同肿瘤中的致癌作用。方法：(1)根据癌症基因组图谱和基因表达综合数据库等多个数据库从基因表达、生存预后、遗传变异、免疫浸润、SQRDL相关基因富集5个方面分析SQRDL在33种肿瘤中的潜在致癌作用。(2)采用免疫组织化学法验证乳腺癌及癌旁组织中SQRDL的表达差异。结果：SQRDL在乳腺癌及子宫内膜癌等肿瘤中高表达。在以胰腺腺癌为代表的肿瘤中,SQRDL的表达与肿瘤病理分期间存在显著相关性。SQRDL的高表达显著缩短了脑低级别胶质瘤的总生存时间,而间皮瘤的总生存时间及直肠腺癌的无疾病生存时间却与SQRDL低表达相关。皮肤黑色素瘤中SQRDL突变率最高。结肠癌和子宫内膜癌SQRDL的S343位点磷酸化水平较高。SQRDL的表达与弥漫性大B细胞淋巴瘤、睾丸癌以及嗜铬细胞瘤和副神经节瘤癌症相关成纤维细胞的浸润水平相关。SQRDL主要参与细胞凋亡以及生物合成代谢过程。结论：SQRDL可能在这些肿瘤中充当肿瘤启动子,且可能是癌症预后的潜在标志物。     

USP39在肝细胞癌中的表达及其与预后、免疫浸润的相关性分析

目的探究去泛素化酶USP39在肝细胞癌(Liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及其与预后、免疫浸润的关系,并预测其生物学功能。方法从癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas, TCGA)数据库和国际癌症基因组协会(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)数据库获取原始数据,采用表达差异分析、临床相关性分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析USP39在评估肝细胞癌患者预后中的作用。采用ICGC对USP39在TCGA-LIHC中的表达及生存分析进行验证。应用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis, GSEA)软件预测USP39可能参与的分子通路,并分析USP39与潜在靶基因的相关性。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource, TIMER)数据库分析USP39与肝细胞癌免疫浸润的关系。结果 USP39在肝细胞癌组织中显著高表达(均FDR<0.05),USP39表达...     

基于生物信息数据研究肿瘤突变负荷在结肠癌中的临床意义

目的研究肿瘤突变负荷(TMB)在结肠癌患者中的临床意义。方法通过癌症基因组图谱获取结肠癌的体细胞突变数据、基因表达数据及相关临床数据,计算结肠癌患者的TMB值并分析TMB与总生存率的关系,对高、低TMB组基因表达数据进行基因富集分析,应用Wilcoxon秩和检验分析高TMB组与低TMB组浸润性免疫细胞占比及免疫检查点分子表达差异。结果高TMB组患者总生存率明显低于低TMB组(χ^(2)=5.351,P=0.021)。基因富集分析提示,高TMB组在许多免疫相关通路明显富集。高TMB组CD8^(+)T细胞、CD4^(+)记忆性T细胞、自然杀伤细胞及M1巨噬细胞水平高于低TMB组(Z/P=-2.151/0.032、-1.988/0.047、-3.090/0.002、-2.783/0.005),调节性T细胞、MO巨噬细胞浸润程度低于低TMB组(Z/P=2.494/0.012、2.114/0.035)。高TMB组免疫检查点分子表达显著高于低TMB组(P<0.01)。结论高TMB的结肠癌患者预后较差,并且TMB明显影响浸润性免疫细胞及免疫检查点分子的表达。