24个群体11个Y-STR基因座单倍型遗传关系的聚类分析

目的 选择具有高度遗传多态性与稳定性的11个Y-STR基因座,从父系遗传角度探讨24个群体的分子遗传学关系.方法 应用PowerPlex(R)Y System荧光标记复合扩增系统检测204名回族、280名锡伯族、203名满族、215名重庆土家族无关男性个体血样,用ABI310遗传分析仪进行基因分型,计算等位基因和单倍型频率,并结合已公开发表的国内外其他20个群体相同基因座的单倍型数据,计算各群体间的遗传距离Rst,进行聚类分析,并采用Neighbor-Joining法重建系统发生树.结果 不同群体特定Y-STR的单倍型频率和遗传距离存在差异;聚类分析与系统发生树结果一致,12个汉族群体主要分为南北两类,云南和四川汉族与北方汉族遗传距离较近(0.002 3、0.000 6);沈阳回族群体自成一类,其他少数民族彼此独立分支,其中朝鲜族与韩国、日本遗传距离较近(0.013 3、0.041 3).结论 24个群体之间存在一定的基因交流,个别少数民族相对独立;研究特定Y-STR单倍型数据的遗传距离对了解各群体的起源、迁移以及相互关系有重要的意义.     

辽宁回族、锡伯族群体11个Y染色体短串联重复序列基因座遗传多态性及遗传关系的分析

目的 调查辽宁地区回族、锡伯族群体11个Y染色体短串联重复序列(Y-chromosomal shorttandem repeat,Y-STR)基因座及单倍型的遗传多态性,探讨其群体遗传学及法医学应用价值.方法 应用Powerplex Y System荧光标记复合扩增系统检测204名回族、280名锡伯族无关男性个体血样的11个Y-STR基因座,用AB1310遗传分析仪进行基因分型,计算等位基因和单倍型频率,并结合已公开发表的国内其他15个群体相应基因座的遗传学资料,分析其遗传距离和聚类关系.结果 回族个体中共检出187种单倍型,单倍型频率多样性0.9990,基因多样性(gene diversity,GD)值在0.4783(DYS437)-0.9679(DYS385a/b);锡伯族个体中共检出237种单倍型,单倍型频率多样性0.9984,基因多样性GD值在0.3618(DYS391)-0.9686(DYS385a/b)之间.遗传距离分析结果显示,回族和锡伯族的遗传距离最小(0.0257),与彝族遗传距离最大(0.1046);锡伯族与朝鲜族遗传距离最大(0.0978).聚类分析与系统发生树结果一致,17个群体大致分为3类.结论 11个Y-SIR基因座在回族、锡伯族群体中具有较好的遗传多态性,适用于该地区的法医学应用.与其他民族群体Y-SIR单倍型数据的研究对了解他们的起源、迁移以及相互关系有重要意义.     

兰州汉族等26个群体Y-STR基因座遗传的关系

目的探讨兰州汉族等26个人群Y-STR基因座遗传关系。方法研究得到500名无关兰州汉族个体的Y-STR基因座基因频率,同时收集其他25个人群相同Y-STR基因座基因频率,应用亲缘系数比较分析这26个人群间的遗传距离并绘制系统树。结果汉族人群中以北京汉族、山西汉族、内蒙古汉族和与兰州汉族的遗传关系最接近;少数民族人群中以内蒙古蒙古族与兰州汉族的遗传关系最接近;马来西亚马来人和马来西亚印度人与其他人群遗传关系最远而单独列支。结论利用Y-STR基因座的等位基因频率研究不同人群之间的遗传距离,结果与其他分子人类学结论接近或吻合,表明不同人群之间的遗传关系与地域、起源和进化的关系密切。     

广西3个少数民族17个Y-STR位点的遗传多态性

目的　研究广西侗、苗、壮3个少数民族17个Y-STR基因座的多态信息及其在法医学应用价值。方法　少数民族口腔拭子用磁珠法提取DNA后用Yfiler复合扩增试剂盒扩增,3100XL型遗传分析仪进行基因分型。计算基因频率,多样性和遗传距离。结果　获得3个少数民族309名男性17个Y-STR基因座的等位基因频率分布资料,3个少数民族单倍型共观察到275种。单倍型多样性：侗族为0.9972,苗族为0.9966,壮族为0.9964;遗传距离中苗族跟侗族的遗传距离最近。结论　由17个Y-STR位点组成的单倍型多样性在种族鉴别,父权鉴定和群体遗传学等方面有很高的应用价值。     

土家族和回族人群27个Y-STR基因座的遗传多态性及与其他13个民族的聚类分析

目的调查研究湖北土家族和甘肃回族人群的27个Y-STR基因座的遗传多态性和其他13个群体间的遗传关系,探讨其法医学和群体遗传学研究的应用价值。方法用STRtyper-27Y复合扩增体系分别对391名湖北土家族和377名甘肃回族无血缘关系的男性个体的27个Y-STR基因座进行扩增,应用3500XL遗传分析仪进行基因分型,采用Mega6.0和SPSS19.0软件进行群体间的AMOVA分析、聚类分析和多维标度分析。结果湖北土家族和甘肃回族人群的27个Y-STR基因座的基因多态性普遍较高,共检出383和368个单倍型,单倍型多态性在0.256 9(DYS438)～0.937 6(DYF387S1)和0.460 5(DYS391)～0.967 2(DYS385ab),适合应用于法医学个体识别和亲权鉴定;15个群体间存在差异,遗传距离在0.000 2～0.222 2,群体间聚类分析和多维度分析结果与民族起源和迁徙史基本相一致。结论湖北土家族和甘肃回族人群的27个Y-STR基因座的基因多态性普遍较高,适合应用于法医学个体识别和亲权鉴定中。     

重庆土家族11个Y染色体短串联重复序列多态性及与16个群体遗传关系的分析

目的 调查重庆土家族群体11个Y染色体短串联重复序列(Y-chromosomal short tandem re-peat,Y-STR)基因座的多态性分布,探讨其群体遗传学及法医学应用价值.方法 应用PowerPlex Y System荧光标记复合扩增系统检测215名土家族无关男性个体的11个Y-SIR基因座,用ABI310遗传分析仪进行基因分型,计算等位基因和单倍型频率,并与国内其他16个群体相应基因座的分布进行比较,分析其遗传距离和聚类关系.结果 土家族个体中共检出195种单倍型,单倍型频率多样性0.9942,基因多样性值0.3757(DYS391)～0.9170(DYS385a/b);从遗传距离分析发现,土家族和藏族的遗传距离最小(0.02467),与朝鲜族的遗传距离最大(0.25350).结论 11个Y-STR基因座在土家族群体中具有较好的遗传多态性,适用于当地区法医学的个体识别和亲权鉴定.与其他民族群体遗传多样性的研究对了解土家族的起源、迁移以及相互关系有重要意义.     

潮汕地区汉族人群20个Y染色体短串联重复序列基因座复合扩增及遗传多态性

目的获得20个Y染色体短串联重复序列（Yshort tandemrepeats,Y-STR）基因座及其单倍型在潮汕地区汉族人群中的遗传多态性分布情况,评估其法医学应用价值。方法通过建立3组Y-STR荧光标记复合扩增系统（MultiplexⅠ：DYS434,Y-GATA-A10,DYS438,DYS439,DYS531,DYS557,DYS448,DYS456,DYS444;MultiplexⅡ：DYS458,DYS460,DYS443,DYS447,DYS446,DYS709;MultiplexⅢ：DYS622,DYS635,Y-GATA-H4,DYS520,DYS630）,对潮汕地区汉族158名无关男性个体进行20个STR基因座的复合扩增,用ABI310基因分析仪对扩增产物进行检测,统计20个Y-STR基因座的群体遗传学参数。结果3组复合扩增系统均可成功进行分型,基因多样性（gene diversity,GD）值最低为0.2506（DYS434）,最高为0.8034（DYS447）;20个Y-STR基因座共同构成的单倍型157种,其中156种为唯一的,单倍型多样性为0.999998。另对30个父性家系调查显示：同一家系成员20个Y-STR基因座单倍型一致,未观察到基因突变。结论20个Y-STR基因座具有丰富的遗传多态性,父系遗传稳定,建立的3组Y-STR荧光标记复合扩增系统分型可靠,可用于法医学个体识别和亲权鉴定。     

潮汕地区汉族人群9个新Y染色体短串联重复序列基因座的序列分析及遗传多态性

[摘要] 目的 分析9个新Y染色体短串联重复序列（Y short tandem repeats，Y-STR）基因座的序列结构，及其在潮汕地区汉族人群中的遗传多态性分布，评价其法医学应用价值。方法 应用PCR反应，对潮汕地区汉族159名无关男性个体的血样进行基因分型，采用直接计数法计算9个Y-STR基因座的等位基因频率和单倍型频率。结果 9个Y-STR基因座（DYS522、DYS549、DYS556、DYS565、DYS568、DYS570、DYS594、DYS593、DYS588）均为单拷贝，并分别检测出7、5、5、4、6、9、4、4、8个等位基因，基因变异度（gene diversity，GD）在0.1434-0.7994间；共检出136种单倍型；累计单倍型GD值为0.997。另对30个2代父子家系调查显示：同一家系成员9个Y-STR基因座单倍型一致，未观察到基因突变。结论 9个Y-STR 基因座具有较高的鉴别效能，适合作为法医学应用的遗传标记。     

中国南方汉族群体九个短片段长度Y-STR基因座的遗传多态性及其法医学应用

目的研究中国南方汉族群体中，扩增产物片段长度在180bp以下的9个Y染色体的短串联重复（Y-short tandem repeal，Y-STR）基因座的遗传多态性，并用于法医学鉴定。方法采用PCR复合扩增和基因测序仪荧光检测方法，检测213个无关男性个体，调查南方汉族的9个Y-SIR基因座的等位基因频率和单倍型频率，并对84对真父子和36对非父子的亲子鉴定样本进行检测。结果213个无关男性个体中，DYS426基因座检出3个等位基因，DYS393、DYS460、DYS391和DYS389 Ⅰ基因座均检出了5个等位基因，DYS456基因座检出6个等位基因，H4和DYS388基因座检出7个等位基因，DYS458基因座检出8个等位基因。除DYS426基因座的基因多样性（gene diversity，GD）值（0．1489）较低外，其余8个基因座的GD值介于0．5064～0．9133。9个Y-SIR基因座的单倍型共有178种，其中154种单倍型仅出现1次，单倍型多样性达0．9983。在84对真父子中，未观察到基因座突变。检测36对非父子，有2个Y-STR基因座排除的案例有2例（5．56％）；有3个和3个以上的Y-STR基因座可以排除父子关系的案例为33例（91．67％）；9个Y-SIR基因座不能排除父子关系的有1例。结论9个Y-SIR基因座具有丰富的遗传多态性，该短片段长度Y-STR基因复合荧光扩增系统可用于法医学个体识别和亲子鉴定。     

中国朝鲜族六个Y染色体短串联重复基因座遗传多态性的研究

目的 检测吉林延边地区朝鲜族人群6个Y染色体短串联重复(Y-short tandem repeat,Y-STR)基因座DYS441、DYS442、DYS443、DYS444、DYS445和DYS446的遗传多态性,以获取相应的遗传多态性数据.方法 应用PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染法对205名延边地区朝鲜族男性个体的6个Y-STR基因座进行检测和分析.结果 在6个基因位点中,分别检出了8、7、7、5、6和9个等位基因,基因多样性分布为0.5302～0.7897.共发现151种单倍型,单倍型基因多样性为0.9938.结论 6个Y-STR基因座在延边地区朝鲜族群体中均呈现较强的遗传多态性,因此是较为理想的遗传标记系统,在父系遗传关系确定和中国朝鲜族起源研究等方面具有较高的应用价值.     

中国毛南族和仫佬族群体STR的遗传差异性分析

目的研究中国毛南族和仫佬族6个短串联重复序列基因座（STR）：D2S1338、D8S1179、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11的遗传多态性以及他们与其他5个少数民族群体的遗传进化关系，丰富这两个群体的遗传学数据库。方法采用聚合酶链反应一短串联重复序列（PCR-STR）技术及ABI3100测序仪，研究中国毛南族（200例）和仫佬族（183例）无关个体6个STR位点的基因频率的分布特点。结果毛南族和仫佬族的6个STR位点分别共检出61和65种等位基因，其频率分布在0．0025，0．3200和0．0027～0．2842之间；共检出216和218种基因型．其频率分布在0．0050～0．1500和0．0055～0．1585之间；两者的平均H〉0．8，PIC〉0．8；累积DP达0．99999998，累积EP达0．9983以上。遗传距离和进化树结果显示：毛南族与仫佬族关系最近，彝族与水族关系最远；7个民族在进化树上被分为2类，彝族自成一类，其余6个民族聚为一类。结论毛南族和仫佬族的6个STR基因座具有高度遗传多态性的特点，实用价值较高，故以上数据可用于人类群体遗传学、法医学个体识别和亲子鉴定等研究；广西7个民族STR的遗传差异性与他们的历史文化和地理分布基本一致。     

Pinghua population as an exception of Han Chinese’s coherent genetic structure

The Han Chinese is the largest single ethnic group in the world, consisting of ten Chinese branches. With the exception of the Pinghua branch, the genetic structure of this group has been studied extensively, and Y chromosome and mitochondrial (mt)DNA data have demonstrated a coherent genetic structure of all Han Chinese. It is therefore believed that the Pinghua branch, being members of an old branch of the Han Chinese, despite being scattered in and around Guangxi Province where members of the Daic and Hmong-Mien are more prevalent than Han Chinese, is no exception. We have studied 470 individual samples (including 195 males) from Pinghua populations and other ethnic groups (Zhuang, Kam, Mulam, Laka, and Mien) from six areas (Hezhou, Fuchuan, Luocheng, Jinxiu, Sanjiang, and Wuxuan) in the north of the Guangxi Zhuang Autonomous Region of China. Both mtDNA and the Y chromosomes were typed in these samples. High frequencies of the Y chromosome haplogroups O2a* and O*, which always present at a high frequency among the populations of the southern minorities, were found in Pinghua populations. Only Pinghua populations in Luocheng and Jinxiu maintain the Han frequent haplogroup O3a5a. mtDNA lineages B4a, B5a, M*, F1a, M7b1, and N* were found in Pinghua populations, exhibiting a pattern similar to the neighboring indigenous populations, especially the Daic populations. Cluster analyses (dendrograms, principal component analyses, and networks) of Pinghua populations, the other Han branches, and other ethnic groups in East Asia indicated that Pinghua populations are much closer to the southern minorities than to the other Han branches. Admixture analyses confirmed this result. In conclusion, we argue that Pinghua populations did not descend from Han Chinese, but from southern minorities. The ancestral populations of Pinghua people were assimilated by the Han Chinese in terms of language, culture, and self-identification and, consequently, the Pinghua people became an exceptional branch of Han Chinese’s coherent genetic structure. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:) contains supplementary material, which is available to authorized users. Rui-Jing Gan and Shang-Ling Pan contributed equally to this work. Website: Y chromosome haplogroup nomenclature of International Society of Genetic Genealogy:     

两个Y染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性

目的调查DYS508、DYS516两个Y染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性在成都汉族群体中的分布。方法用PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型；构建等位基因分型标准物；对所有等位基因测序，按照国际法医遗传学会原则命名等位基因。结果获得DYS508、DYS516基因座等位基因个数分别为6、6；基因变异度分别为0．7242、0．7931；单倍型变异度、个人识别能力和非父排除率均为0．9397。结论DYS508、DYS516这两个Y染色体短串联重复序列均具有较好的遗传多态性，可用于法医学的混合斑分析和父系亲属间的亲权关系鉴定。     

潮汕地区汉族人群12个Y短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的调查潮汕地区汉族人群12个Y染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性。方法应用PowerPlex^TM Y荧光标记复合扩增系统，对潮汕地区121名无关男性个体血样进行12个Y染色体短串联重复序列基因座的复合扩增，用ABIPRISM 3100遗传分析仪对扩增产物进行检测分析。结果DYS19、DYS437、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ、DYS438、DYS439、DYS393、DYS391、DYS390、DYS392基因座检出4—7个基因型，DYS385检出35个等位基因组，各基因座遗传多样性（gene diversity，GD值）分布在0．4445—0．9525之间，DYS385基因座最高。结论上述12个Y染色体短串联重复序列基因座构成的单倍型在潮汕人群中具有较高的遗传多态性，适用于法医个体识别和亲权鉴定、遗传学及人类学的相关研究。     

Distributions of HLA class I alleles and haplotypes in Northern Han Chinese

Human leukocyte antigen (HLA) class I allelic genotypes were determined in 105 unrelated Han ethnic individuals inhabiting the northern China area. A total of 19 HLA-A alleles, 49 HLA-B alleles and 24 HLA-Cw alleles were detected. Through the analyses of two and three loci haplotypes of HLA-A, HLA-B, and HLA-C loci, 11 HLA-A-B-Cw haplotypes, 19 HLA-A-B haplotypes, 18 HLA-A-Cw haplotypes, and 24 HLA-B-Cw haplotypes with the frequencies of higher than 0.01 were revealed. The Nei's genetic distance (GD) was estimated, and the NJ dendrogram showed that Northern Han had a higher GD to Southern Han (0.233) than those to the Korean (0.138) or other Northern ethnic groups, suggesting that Northern Han had more mixed blood with the ethnic groups originally in Northeast Asia. Our results provide useful information on the further study of evolution and relationships of Chinese ethnic groups and disease association in terms of HLA class I genes.     

宁夏回族群体12个Y染色体短串联重复序列基因座多态性研究

目的获得12个Y染色体短串联重复序列(Ychromosome short tandem repeat,Y-STR)位点(DYS19、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS385a、DYS385b、DYS437、DYS438、DYS439)在宁夏回族群体的多态性分布。方法应用PowerPlex○RY荧光标记复合扩增试剂盒,对宁夏回族群体150名无关健康男性个体基因组DNA进行复合扩增,用ABI377测序仪对扩增产物进行检测,统计12个Y-STRs位点群体遗传学参数。结果12个基因座共检测出75个等位基因,频率分布在0.0067～0.7067之间,基因多样性(gene diversity,GD)分布在0.4446～0.8877之间。在150名无关个体中,共有148种不同的单倍型,其中只有两种单倍型分别为两名个体共有,12个Y-STRs位点联合构成的单倍型多样性为0.9864。结论12个Y-STRs基因座在宁夏回族群体具有较强的个体识别能力,可应用于群体遗传学及法医学研究。