小扩增子基因分型方法在检测XRCC1 Arg194Trp多态性分析中的应用

目的 应用小扩增子基因分型方法检测正常人宫颈癌易感基因XRCC1 Arg194Trp位点多态性改变.方法 提取10例健康人外周血基因组DNA;PCR扩增XRCC1 基因 Arg194Trp位点,扩增产物进行小扩增子基因分型分析.并应用测序方法对分析结果进行验证.结果 HRM检测结果分别显示3种基因型:XRCC1 Arg194Arg(C/C)、XRCC1 Arg194Trp(C/T)和XRCC1 Trp194Trp(T/T).测序结果与小扩增子基因分型方法分析结果完全一致.结论 应用小扩增子基因分型方法可以对XRCC1 Arg194Trp进行准确分型.     

小扩增子基因分型方法在检测XRCC1 Arg194Trp多态性分析中的应用

目的 应用小扩增子基因分型方法检测正常人宫颈癌易感基因XRCC1 Arg194Trp位点多态性改变.方法 提取10例健康人外周血基因组DNA;PCR扩增XRCC1 基因 Arg194Trp位点,扩增产物进行小扩增子基因分型分析.并应用测序方法对分析结果进行验证.结果 HRM检测结果分别显示3种基因型:XRCC1 Arg194Arg(C/C)、XRCC1 Arg194Trp(C/T)和XRCC1 Trp194Trp(T/T).测序结果与小扩增子基因分型方法分析结果完全一致.结论 应用小扩增子基因分型方法可以对XRCC1 Arg194Trp进行准确分型.     

配对盒4基因Arg121Trg多态性与2型糖尿病的相关性

目的 探讨配对盒4(Pax4)基因Arg121Trg多态性(rs114202595)与云南省昆明地区2型糖尿病的相关性.方法 根据口服75 g葡萄糖耐量试验(OGzTT)将1 076例云南省昆明地区人群分为2型糖尿病组(T2DM)、糖耐量减低组(IGT)和健康对照组(NGT),应用高分辨率熔解曲线分析方法(HRM)检测Pax4基因Arg121Trg基因型,观察3组人群中基因型和等位基因的分布情况,同时分析T2DM人群中不同基因型相关临床变量的差异性.结果 1)Pax4基因Arg121 Trg GG基因型(Arg/Arg)及A等位基因(Trg121)在T2DM组中的频率分别为0.909和0.047,在IGT组中为0.935和0.035,在NGT组中为0.939和0.03.2)T2DM组Arg121Trg 多态性GA+ AA基因型(Arg/Trg+ Trg/Trg)人群胰岛素使用率显著高于GG基因型(Arg/Arg)人群(P=0.001),而其他临床变量在T2DM组中两种基因型人群间比较均无明显差异.结论 Pax4基因Arg121Trg多态性A等位基因可能是云南省昆明地区2型糖尿患者群胰岛β功能进展性紊乱的一个分子标记.     

HRM技术在瘦素基因启动子多态性与肝硬化发生相互关系研究中的应用

目的: 探讨PCR-高分辨率熔解曲线分析(HRM)技术筛选和分析肝硬化患者瘦素基因启动子C2549和G2548位点突变的可能性,同时研究突变基因型与肝硬化患者生理生化指标之间的关系。方法: 采用PCR-HRM新型技术,同时对比传统方法PCR-限制性片段长度多态性分析(RFLP),对对照组(n=100)和肝硬化组(n=100)瘦素基因启动子C2549和G2548位点突变进行分析,同时检测生理生化指标。结果: (1)PCR-HRMA技术能够有效、高通量、准确地实现对瘦素基因启动子多态性的检测; (2)肝硬化患者瘦素基因启动子主要突变位点在C2549,而G2548位点没有发现突变;(3)肝硬化组中瘦素、游离瘦素指数(FLI)、空腹胰岛素(FINS)和胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)高于对照组,胰岛素敏感指数(ISI)及可溶性瘦素受体(sOB-R)低于对照组,除瘦素外,均有显著差异(P<0.05);FLI与FINS和HOMA-IR呈正相关(r=0.45、r=0.53,均P<0.05),与ISI呈负相关(r=-0.34,P<0.05);(4)肝硬化患者C2549杂合型占优势,肝硬化纯合型和杂合型突变个体中 HOMI-IR、瘦素、sOB-R及FLI均高于野生型,除瘦素及sOB-R外均有显著差异(P< 0.05)。结论: PCR-HRM能准确及高通量地实现对瘦素基因启动子多态性进行分析,并验证了A位点基因频率的增高可能和肝硬化发生有关;肝硬化患者存在高胰岛素血症及胰岛素抵抗,瘦素可能与肝硬化患者胰岛素抵抗发生有关。     

高分辨率熔解曲线小扩增子法结合混样法在线粒体13928G〉C突变分析中的应用

目的探讨高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）技术在线粒体13928G〉C突变分析中应用的可行性。方法在PCR前,体系中加入饱和染料、高温寡核苷酸内参（96℃）、低温寡核苷酸内参（60℃）和与待测样本等体积的已知基因型为GG的模板进行混样扩增,运用HRM技术对定量DNA的PCR产物进行基因分型,并从中随机抽取20例进行测序验证。结果930例样本中野生型GG占728例,突变型CC占202例;DNA定量有助于HRM分析时对分型结果的判断;同时联合运用高、低温内参比只用一种内参分型效果好;随机抽取的20例样本的测序结果与HRM分型结果相一致。结论运用高分辨率熔解曲线小扩增子法结合混样法可对线粒体基因组13928G〉C突变进行准确分型。     

应用高分辨熔解曲线技术检测先天性巨结肠症患儿RET基因单核苷酸多态性

目的研究山西汉族人群先天性巨结肠症(Hirschsprung’s disease,HSCR)患者RET基因A45A,L125L,G691S的基因多态性的基因型和等位基因频率,探讨其基因多态性与HSCR发病的关系。方法应用高分辨率熔解曲线技术(High Resolution Melt,HRM)以及产物测序,序列比对的方法,对山西省80例散发性先天性巨结肠症患儿和80例健康儿童进行RET基因A45A,V125V,G691S位点分析。结果 A45A位点存在多态性,病例组突变型A和野生型G等位基因频率为84.37%和15.63%;对照组中突变型A和野生型G等位基因频率为47.50%和52.50%。与对照组相比两组间等位基因差异显著(χ2=48.43,P<0.05)。风险等位基因为A等位基因,OR=5.97,95%可信区间为3.609～9.874。G691S病例组突变型A和野生型G等位基因的频率为8.12%和91.88%;在对照组突变型A和野生型G等位基因频率为5.62%和94.38%,两组比较差异无明显差异(χ2=0.7810,P>0.05)。V125V可能不存在基因多态性。结论在山西汉族人群中,RET基因A45A多态性与先天性巨结肠症显著相关,未发现G691S与HSCR存在相关性,V125V可能不存在基因多态性。     

高分辨熔解曲线分析技术及其在遗传学中的应用

高分辨熔解曲线分析（High Resolution Melting,HRM）技术是建立在熔解曲线分析的基础上,通过一种新的饱和荧光染料,以及专业的高分辨率仪器,应用于突变筛查、基因分型等的遗传学分析新方法。这种技术因其简单、准确、快速、高通量、低成本,对样本无污染等优点而受到普遍关注。本文对HRM技术及其应用进行综述。     

parC检测在解脲支原体基因分型中的临床应用

目的 根据parC基因序列差异建立一种解脲支原体基因分型方法,以实现其两个生物型Uu(Ureaplasma urealyticum)和Up(Ureaplasma parvum)的快速鉴定,便于临床常规应用.方法 依据解脲支原体14个血清型标准株parC基因序列,设计可区分Uu和Up的特异性引物与和探针;通过检测serovarl和serovat4标准株、50份解脲支原体临床分离株(Uu 12株,Up38株),7种阴道常见分离菌以鉴定该方法的特异性;留取70例性病门诊非淋球菌性泌尿生殖道炎症患者和71例妇科正常体检者的标本,分别进行解脲支原体培养和基因分型鉴定,以比较两种方法的敏感性,并应用统计学分析Uu、Up在性病和正常人群中分布的差异.结果 应用parC基因分型法成功将serovar1标准株、serovat4标准株、Uu和Up临床分离株鉴别,Uu、Up两生物群之间以及7种阴道常见菌均未出现非特异性扩增;基因分型方法的敏感性显著高于培养法(P＜0.05);在70例性病门诊患者中,Uu和Up的检出率分别为8.57％和61.40％,两者混合感染为24.30％;在71例妇科体检人群中Uu和Up检出率分别为7.04％和67.60％,两者混合感染为8.45％,性病门诊病人中解脲支原体感染率显著高于体检人群(P＜0.05),Uu和Up单纯感染在两群体中的分布差异无统计学意义(P＞0.05),而混合感染在性病门诊病人中显著增加(P＜0.05).结论 解脲支原体在性病患者中的感染率显著高于健康体检者,且混合感染在性病患者中明显增加,而Uu和Up单纯感染在两人群中分布差异无统计学意义,因此解脲支原体的致病可能与其不同基因型的混合感染有关.     

基因芯片技术在乙型肝炎病毒基因分型检测中的应用探讨

目的：探讨利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断方法的可能性。方法：查阅国际上主要的乙型肝炎病毒(HBV)基因分型诊断标准和现行技术，通过将基因芯片技术与目前用于HBV基因分型的技术方法进行对比，探讨利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断方法的可能性。结果：HBV的基因分型，既可通过全基因序列比对，也可通过片段基因序列比对，片段基因序列比对是实际工作中HBV基因分型的主要方法，现有报道的技术主要为型特异引物(SSP)PCR扩增法和PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法。基因芯片技术具有高敏感、高通量和能够平行检测DNA类型等特点，技术类型属于PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法。尚未见有应用基因芯片技术进行HBV基因分型检测的报道。结论：借鉴现有的PCR扩增型特异探针（SSO)杂交法，如微板核酸杂交一ELISA显色技术，理论上利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断的方法是完全可能的，并且具有高效、快速和廉价等特点。     

国产HLA-DRB基因分型检测芯片应用体会

目前,国内HLA基因分型大多采用聚合酶反应一序列特异引物技术(PCR-SSP)或序列特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSO）,使用的试剂也大都是进口。国产HLA试剂的开发,将大大降低移植配型技术的成本,给患者带来福音。我们应用上海博星基因芯片有限责任公司研制的国产HLA-DRB基因分型检测芯片,对临床移植配型的患者进行HLA-DRB基因分型。     

Role of GSTP1 Ile105Val and XRCC1 Arg194Trp,Arg280His and Arg399Gln gene polymorphisms in the clinical outcome of advanced non-small cell lung cancer

We conducted a study to investigate the association between the clinical outcome and GSTP1 Ile105Val and XRCC1 Arg194Trp, Arg280His and Arg399Gln gene polymorphisms in advanced NSCLC patients with cisplatin-based chemotherapy. Between January 2010 and December 2012, a total of 206 patients with advanced NSCLC were histopathologically confirmed were included into analysis. By logistic regression analysis, individuals carrying the AG and GG genotypes of GSTP1 Ile105Val were associated with better response to chemotherapy when compared with the AA genotype, and the adjusted Ors (95% CI) were 2.06 (1.10-3.86) and 4.89 (1.52-18.33), respectively. The TT genotype of XRCC1 Arg194Trp was correlated with better response to chemotherapy compared to the CC genotype, and the adjusted OR (95% CI) was 3.23 (1.20-9.30). By Cox Hazard Proportional Model, the GG genotype of GSTP1 Ile105Val and the TT genotype of XRCC1 Arg194Trp were found to be associated with lower risk of death from all causes when compared with the wide-type genotype, and the adjusted HRs (95% CI) were 0.05 (0.01-0.18) and 0.20 (0.07-0.62), respectively. Moreover, individuals carrying both the G/A+G/G genotype of GSTP1 Ile105Val and the G/A+A/A of XRCC1 Arg194Trp were associated with heavy greater CR+PR response to chemotherapy (OR=2.98, 95% CI=1.39-6.42), and also correlated with longer overall survival of advanced NSCLC (HR=0.19, 95% CI=0.05-0.61). In conclusion, we found that the GSTP1 Ile105Val and XRCC1 Arg194Trp were associated with better response to chemotherapy and longer survival of advanced NSCLC, compared to the wide-type genotype.     

BER gene polymorphisms (OGG1 Ser326Cys and XRCC1 Arg194Trp) and modulation of DNA damage due to pesticides exposure

The susceptibility of individuals to the genotoxic effect of pesticides can be modulated by genetic variations in the xenobiotic detoxification and DNA repair processes. This study evaluates if the two BER polymorphisms (XRCC1Arg194Trp and OGG1Ser326Cys) or the combined genotypes of these polymorphisms with PON1Gln192Arg could modify individual susceptibility to pesticide exposure in vineyard workers, as measured by micronucleus formation and DNA damage induction in peripheral leukocytes. The study population comprised 108 agricultural workers exposed to pesticides and 65 nonexposed. Our results demonstrate that individuals with the variant allele (OGG1Cys) showed higher DNA damage, detected by the comet assay, in relation to individuals carrying the wild‐type OGG1Ser allele. Considering the combined influence of metabolizing PON1 and the DNA repair OGG1 genes, we observed significantly higher DNA damage in the comet assay in the exposed group when a less efficient OGG1Cys allele was acting independently of the PON1 genotype, reinforcing the importance of the OGG1 repair enzyme in the response to DNA damage by pesticide exposure. The association of the PONGln/Gln genotype with higher MN frequency suggests that the PON1 genotype is a major determinant of genotoxic risk in individuals exposed to pesticides. Analysis of the compared effect of XRCC1 and PON1 genotypes in the exposed group suggested that, among the poorly metabolizing PON1Gln/Gln individuals, the XRCC1Arg/Trp genotype has a protective effect with respect to MN formation. These results indicate that enhanced XRCC1 function may provide some protection from the enhanced genotoxic risk associated with inefficient xenobiotic detoxification in the studied population. Environ. Mol. Mutagen. 52:20–27, 2011. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.     

gyrA和parE基因检测在脲原体基因分型中的应用

目的 研究gyrA和parE基因检测在脲原体基因分型中的作用.方法 脲原体培养与药敏分析用Mycoplasma IST检测试剂盒;在脲原体培养阳性者中选取对喹诺酬耐药标本60份,PCR扩增gyrA和parE基因,扩增产物经测序分析后与基因库中的脲原体各血清型进行比对.结果 gyrA扩增片段在血清型1、3、6、14之间核苷酸序列相似性为100%,在血清型2,4、5、7～13之间核苷酸序列相似性100%,两组之间核苷酸序列相似性91%.parE扩增片段在血清型1、3、6、14之间的核苷酸序列相似性为98%～99%;pare扩增片段在血清犁2、5、7、8、11之间核苷酸序列相似性100%,在血清型4、12、13之间核苷酸序列相似性100%,两组之间核苷酸序列相似性为90%.60份标本中微小脲原体(Ureaplasma parvum,Up)占68.3%(41/60),解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum,Uu)占21.7%(13/60),两型混合感染占10%(6/60).在Up中,血清型3占48.8%(20/41).结论 gyrA检测可把脲原体分为微小脲原体和解脲脲原体两个基因型,parE检测可把微小脲原体分为4个亚型,分别与血清型1、3、6、14完全一致,其中血清型3感染最常见.     

心冲击图信号中呼吸成分的时频检测方法研究

根据心冲击图(BCG)信号中呼吸成分对心动周期成分具有调制作用的事实,提出一种适用于坐姿BCG监测系统的呼吸成分时频检测方法。该方法先采用变频复解调(VFCDM)算法对BCG信号进行解调,得到不同中心频率的解调输出,再通过时频分析手段估计各个频段的瞬时频率及其幅值信息,最后实现呼吸成分时域波形的重建。为了验证算法的可行性和准确性,应用小波分析方法进行定性对比实验,并同步采集鼻热敏呼吸信号进行定量统计。实验结果表明,本文所提方法可以从BCG信号中较为准确地检测呼吸率成分,为多生理参数的无感觉同步监测做了有益的尝试。     

A simple method for detection of viral satellite RNAs in small plant tissue samples

A procedure is described that allows extraction and can estimate the total amount of single-stranded and double-stranded viral satellite RNAs and viral RNA present in a minimal amount of infected plant tissue, and is capable of distinguishing different cucumber mosaic viral and nepoviral satellites by polyacrylamide gel electrophoresis under semi-denaturing or fully-denaturing conditions.     

Simple and reliable method for detection and genotyping of hepatitis C virus RNA in dried blood spots stored at room temperature

We describe a simple, sensitive, and reproducible method for using whole blood collected onto filter paper (dried blood spots) for detection and genotyping of hepatitis C virus RNA that can be useful in large field studies, particularly in settings where collection, preparation, storage, and shipment of samples at controlled temperature can be difficult.