miR-363靶基因预测及生物信息学分析

目的:初步明确hsa-miR-363潜在的生物学功能?方法:首先通过miRbase?UCSC等在线数据库对hsa-miR-363的碱基序列?基因位点及序列保守性进行分析;其次选择miranda?miRDB?PicTar及TargetScan四个在线数据库预测hsa-miR-363的靶基因并取交集,筛选后的靶基因用于后续分析;最后通过基因GO功能注释?富集分析和KEGG信号转导通路富集分析,初步阐明hsa-miR-363靶基因参与调控的细胞功能与信号通路?结果:根据生物信息学分析的结果显示,hsa-miR-363的功能较广泛,其多个潜在靶基因均参与子宫内膜异位症发生?发展过程中的多个生物学进程?结论:hsa-miR-363很可能与子宫内膜异位症的发病机制密切相关,并有可能为临床的靶向治疗提供潜在的新靶点?     

miR-223和HLA-B27在强直性脊柱炎患者外周血中的表达分析

目的:检测miR-223和HLA-B27在强直性脊柱炎(AS)患者外周血中的表达,探讨其与AS的相关性。方法:将收集的AS患者80例设为AS组;将64例健康者设为对照组。采用RT-PCR检测两组研究对象外周血中miR-223的表达;采用流式细胞术检测HLA-B27的表达,并进行相关分析。结果:AS组患者外周血中的miR-223、HLA-B27的表达显著高于对照组;不同疾病期miR-223、HLA-B27的表达存在差异(P<0.05)。miR-223和HLA-B27呈显著正相关性(r=0.939)。ROC分析显示miR-223曲线下面积为0.960。结论:AS患者外周血miR-223、HLA-B27高表达,与其疾病活动度相关,两者之间呈正相关性。外周血中miR-223的表达水平可以作为AS患者诊断的参考指标。     

MicroRNA-21相关靶基因的研究进展

MicroRNA （miRNA）是一类新近发现的非编码小分子RN A ,广泛表达于机体的各个组织和器官,主要通过与相关靶基因结合在转录后水平负性调控约60％的人类基因［1］。其中,miRNA‐21在心脑血管、肝脏、肺脏、肾脏等多种疾病中异常表达,明确其所调控的靶基因对阐明miRNA‐21的功能及在各种生命过程和疾病发生机制中的作用非常关键。目前鉴定靶基因最直接的方法是利用荧光定量PCR及Western blot方法分别检测转染或敲低miRNA后细胞中mRNA水平及蛋白水平的变化,从而确定miRNA与靶基因的对应关系。这种方法可以大大提高准确率,但最终确定靶基因,还需要鉴定miR‐NA的靶位点。本文就目前国内外关于 miRNA‐21靶基因的研究进展作一综述。     

miRNA-497与miRNA-195基因簇在宫颈癌组织中的表达及预测靶基因的生物信息学分析

目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月～2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析。通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO（gene ontology）功能富集分析及信号转导通路富集分析。结果芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调（均P〈0.05）。real-time RT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关（r=0.983,P〈0.05）。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能（P〈0.01）;KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路（P〈0.05）。结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。     

miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达及其靶基因预测的生物信息学分析

目的探讨miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-340在膀胱尿路上皮癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法采用miRNA芯片技术检测膀胱尿路上皮癌及正常膀胱黏膜组织中miRNA表达谱,用实时定量PCR法进行验证,挑选具有显著表达差异的miR-340为进一步研究对象,利用生物信息学方法,对miR-340的靶基因进行预测,并对其靶基因进行基因本体（GO）功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析。结果miRNA表达谱芯片、实时定量PCR法均提示miR-340在膀胱尿路上皮癌中较癌旁正常膀胱组织中表达明显降低。miR-340预测靶基因集合功能富集于细胞黏附（celladhesion）、生物黏附（biologicaladhesion）和细胞间黏附（cell-celladhesion）等,KEGG通路分析涉及癌通路（pathwaysincancer）和细胞周期通路（pathwaysincellcycle）等。结论miR-340在膀胱尿路上皮癌中呈低表达,miR-340预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。     

miR-9在宫颈癌组织中的表达及其靶基因的预测和生物信息学分析

目的：探讨宫颈癌组织中miR-9表达,并对靶基因进行预测及生物信息学分析,为深入研究miR-9的调控机制及生物学功能提供理论依据。方法应用miRNAs芯片检测宫颈癌组织及正常宫颈组织中miRNAs表达,利用生物学软件对其中上调较明显的miR-9进行靶基因预测,同时利用基因芯片技术筛选转染miR-9后宫颈癌Hela细胞中差异表达的基因,将两者预测靶基因的交集作为miR-9的靶基因进行GO富集分析和生物通路富集分析。结果与正常宫颈组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为上调,10个miRNAs表达为下调,其中上调较明显的是miR-21和miR-9,下调较明显的是miR-376a和miR-218。芯片所示的miR-9调控的下调基因与软件预测的靶基因交集中共有148个基因,miR-9的预测靶基因富集在细胞内的生物学调控、合成和代谢等生物学过程以及转录调控和蛋白结合等分子功能上,其信号通路富集于调节肌动蛋白细胞骨架、脂质代谢和细胞黏附通路。结论 miR-9在宫颈癌组织中高表达,miR-9预测的靶基因富集于多个生物学功能和生物学过程及与肿瘤相关的信号通路。     

子痫前期相关miR-23b-5p靶基因的预测及生物信息学分析

目的 预测并对子痫前期相关miR-23b-5p的候选靶基因进行生物信息学分析,为miR-23b-5p的机制研究及其靶基因的实验验证提供理论基础.方法 在公共基因芯片数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中选择子痫前期胎盘脐血miRNA差异表达的数据集GSE119799,选择表达显著下调的miR-...     

miR-223在CXCR4~+Lewis肺癌细胞中的显著低表达及其靶基因预测

目的 分析miR-146a、miR-206、miR-223、let-7c-1等细胞分化相关miRNAs,在小鼠Lewis肺癌细胞株(theLewis lung cancer cell lines,LLC)CXCR4~+与CXCR4~-亚群间的差异表达.方法 免疫磁珠分选CXCR4~+和CXCR4~-LLC细胞,Trizol法抽提细胞总RNA,实时荧光定量PCR(TaqMan探针)检测miRNAs表达,对表达差异最为显著的miRNAs进行潜在靶基因预测,应用免疫组化方法 初步分析具有研究价值的关键分子在两个不同亚群小鼠种植瘤组织中的表达情况,并通过BLAST对其3'非翻译端(untranslated region,UTR)进行直向同源基因序列比对分析.结果 CXCR4~+与CXCR4~-LLC比较,各检测mirna表达均较低,其中以miR-223差异最为显著(Fold Change=8.26),通过软件分析预测,miR-223与IGFIR、IGFBP5、Pik3cb、ELK-1和E2F1等基因均具有可能靶位点,免疫组化检测发现CXCR4~+亚群种植瘤组织IGFIR表达显著高于CXCR4~-亚群,IGF1R 3'UTR的238～244 nt和688～695 nt两个结合位点具有高度的进化保守性.结论 miR-223在CXCR4~+LLC中显著低表达,可能与肺腺癌细胞IGFIR信号通路调控有关.     

miRNA-140-5p在人骨髓间充质干细胞成脂分化中的表达及其靶基因的预测

目的 筛选出人骨髓间充质干细胞(hMSCs)成脂分化中具有潜在价值的miRNA及其靶基因,为人类成骨细胞与脂肪细胞分化平衡调控机制的深入研究提供有力实验依据.方法 收集hMSCs成脂分化过程中的0、7、14、21 d的细胞样品,应用miRNA芯片和转录组测序(mRNA-seq)技术,分析4个点细胞中miRNA和mRNA的表达水平,并将miRNA与mRNA的表达趋势进行关联分析,聚焦具有研究价值的miRNA与mRNA相互调控关系,同时,采用TargetScan、PicTar和miRanda等数据库进行靶基因的预测.结果 发现miR-140-5p在成脂分化中表达量呈逐渐下降的趋势,而白血病抑制因子受体(LIFR)表达量呈逐渐升高趋势,二者呈现负调控的对应关系.同时经3个靶基因数据库预测,LIFR为miR-140-5p共有的靶基因.结论 miRNA-140-5p可能与人骨髓间充质干细胞的成脂分化密切相关,且通过调控其靶基因LIFR的表达而参与成脂分化.     

miR-101在维吾尔族妇女子宫颈癌中的表达及其与COX-2的关系

目的研究miR-101与其靶基因环氧合酶-2(Cyclooxygenase,COX-2)在维吾尔族妇女慢性宫颈炎、宫颈上皮内瘤样病变Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ(CINⅠ、Ⅱ、Ⅲ)及子宫颈癌组织中的表达,以探讨miR-101及其与COX-2的关系。方法应用锁定核苷酸原位杂交技术(LNA-ISH)检测维吾尔族妇女慢性宫颈炎、CINⅠ～Ⅲ和子宫颈癌组织中miR-101的表达情况;应用免疫组化Envision两步法检测COX-2在维吾尔族妇女慢性宫颈炎,宫颈上皮内瘤样病变Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ及子宫颈癌组织中的表达情况,并进行相关性分析。结果 miR-101在慢性宫颈炎、CINⅠ～Ⅲ及子宫颈癌中的表达率分别为80%、72%、48%、24%和8%,差异具有统计学意义(χ2=37.828,P=0.000)。慢性宫颈炎组织中未见COX-2阳性表达;CINⅠ、Ⅱ、Ⅲ以及子宫颈癌组织中COX-2阳性表达率分别为12%、36%、60%、84%,差异具有统计学意义(χ2=28.846,P<0.05)。miR-101与其靶基因COX-2呈负相关性(R=-0.997,P=0.000)。结论 miR-101与其靶基因COX-2可能与子宫颈癌的发病机制有关。     

脓毒症患者血浆miR-223表达水平及其临床意义

目的：探讨脓毒症患者血浆miR-223表达水平及其诊断价值。方法选取克拉玛依市中心医院2013年3月至2016年2月收治的脓毒症患者31例(病例组)和同期健康查体者33例(对照组)为研究对象,分别采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)法和免疫比浊法检测两组患者血浆miR-223和C反应蛋白(CRP)表达水平,并应用受试者工作特征曲线(ROC曲线)计算miR-223和CRP诊断脓毒症的价值。结果病例组患者的血浆miR-223和CRP表达水平分别为(19.56±5.78)×10-4copy和(48.61±12.88) mg/L,对照组分别为(12.22±4.75)×10-4copy和(8.63±3.21) mg/L,病例组患者的miR-223和CRP均明显著高于对照组,差异均有显著统计学意义(P<0.01);血浆miR-223、CRP及两者联合诊断脓毒症的敏感性分别为83.3%、60.9%和80.6%,特异性分别为71.9%、53.1%和81.3%,ROC曲线下面积AUC分别为0.82,0.67和0.90。结论脓毒症患者血浆微小miR-223和CRP均显著升高,可作为脓毒症诊断的生物学参考指标。     

非瓣膜性心房颤动患者血miR-29b、miR-150、miR-223表达与心功能的相关性

目的探究非瓣膜性心房颤动(NVAF)患者血miR-29b、miR-150、miR-223表达及其与心功能的相关性。方法选取NVAF患者102例为观察组,另选同期窦性心律患者60例为对照组。分析两组血miR-29b、miR-150、miR-223表达水平,及其与左心房内径(LAD)、左心室舒张期末内径(LVEDD)、左心室射血分数(LVEF)、NVAF的关系,ROC曲线评价其表达对NVAF的诊断价值。比较联合诊断阳性与阴性患者随访6个月终点事件发生率。结果NVAF患者miR-29b、miR-150表达下调,miR-223表达上调,且其表达与LAD、LVEDD、LVEF相关。miR-29b、miR-150、miR-223表达均为NVAF发病的影响因素(P＜0.05);miR-29b、miR-150、miR-223三者联合诊断AUC值最大,具有良好诊断效能,联合诊断阳性患者随访6个月终点事件发生率高于阴性患者(P＜0.05)。结论NVAF患者miR-29b、miR-150表达下调,miR-223表达上调,且其表达与心功能有关,可作为临床诊断的潜在标志物,在疾病早期诊断、预后预测方面值得推广与应用。     

实时定量PCR检测miR-373*、miR-200c在乳腺癌干细胞中的表达及其靶基因预测

目的分析miR-373*、miR-200c在乳腺癌干细胞(breast cancer stem cells,BCSCs)和MCF-7乳腺癌细胞株中的差异表达。方法 Trizol法分别抽提乳腺癌干细胞和MCF-7细胞总RNA,实时定量PCR检测miRNAs表达,对表达差异显著的miRNAs进行潜在靶基因预测。结果 miR-373*在乳腺癌干细胞中较MCF-7细胞高表达(6.684±0.548),而miR-200c在乳腺癌干细胞中较MCF-7细胞低表达(0.345±0.031)。通过软件分析预测,miR-373*与TP53INP2、CASP8、EIF4A1、EEF1A1等基因均具有可能靶位点,miR-200c与TCF2、TDE2、SYVN1、PDCD10、RAP2C等基因均具有可能靶位点。结论 miR-373*在乳腺癌干细胞中高表达,可能是一个潜在的癌基因。miR-200c在乳腺癌干细胞中低表达,可能是一个潜在的抑癌基因。     

湖南狂犬病毒P基因和M基因分子遗传特征

目的了解湖南省狂犬病毒的分子流行病学特征以及其与疫苗株的差异。方法对4株湖南狂犬病病毒P和M基因同时进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。结果同源性分析表明，4株湖南街毒P和M基因核苷酸同源性分别为97．3％-99．4％和98．4％-99．8％；与其它I型狂犬病病毒和疫苗株核苷酸同源性比较，P基因分别为78．4％-90．2％和81．8％-86．8％；M基因的分别为81．8％-92．1％和84．7％-90．6％。4株野毒P和M基因氨基酸同源性分别为98．0％-99．3％和98．5％-99．0％。结论4株病毒P基因和M基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与我国现用的人用及兽用疫苗株存在一定差异。进化关系表明，4株病毒均为基因I型狂犬病毒；与我国宁夏分离株最近；与其它I型毒株分离自菲律宾和泰国等东南亚的毒株亲缘关系较近；而与翼手目的毒株关系最远。     

基于PPI网络预测和验证结直肠癌相关Hub基因

目的:通过PPI网络分析确定CRC相关Hub基因,为CRC靶向治疗提供一定参考。方法:从OpenTargets数据库获得CRC相关基因,使用Metascape对基因集进行富集分析,确定基因集富集术语。采用STRING数据库及CytoScape构建PPI网络,采用MCODE寻找PPI网络中的功能模块（子网）。根据功能模块中节点的网络属性确定Hub基因,通过文献法和GEPIA数据库对Hub基因进行验证。结果:共得到CXCL8、ERBB2、CYCS 3个Hub基因,它们均与CRC的发生和发展有一定关系,。它们均在CRC组织与正常组织中存在差异表达,并与CRC患者的总体生存时间相关。结论:基于PPI的网络分析可准确预测CRC相关Hub基因和为CRC靶向治疗提供参考。