多重荧光RT-PCR同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒方法的建立

目的建立可同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的双重荧光RT-PCR快速检测方法,并应用于临床标本的检测。方法使用针对GI型和GⅡ型诺如病毒各亚型代表株保守序列设计的特异性引物和TaqMan探针,通过调整引物、探针浓度优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系。对该方法的灵敏度、特异性、稳定性进行评估,并对临床粪便标本进行检测,与已有的单重荧光RT-PCR方法进行比较。结果实验结果表明,该检测方法特异性强,对GⅠ型、GⅡ型诺如病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、甲型肝炎病毒进行检测,均无交叉反应;对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达1pg/mL和10pg/mL,并且重复性好;对101份临床标本分别用已有的单重荧光RT-PCR和本文建立的多重荧光RT-PCR进行检测,结果显示本文建立的多重荧光RT-PCR方法对GⅠ型诺如病毒的检测能力优于前者。结论本研究建立的多重荧光RT-PCR方法能同时对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒进行快速检测,并且灵敏度高,特异性好,可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速检测。     

多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色技术检测病毒性脑炎脑膜炎病原体

目的建立一种病毒性脑炎脑膜炎病原体多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测方法。方法针对几种重要的脑炎脑膜炎病毒(东方马脑炎病毒、西方马脑炎病毒、流行性乙型脑炎病毒、西尼罗病毒和尼帕病毒)保守区基因设计引物,进行多重PCR反应、核酸侵入反应及纳米金显色反应,对多种脑炎脑膜炎病毒同时进行检测,以森林脑炎病毒、圣路易脑炎病毒、基孔肯雅病毒和登革病毒4种病原核酸评价其检测特异性,以体外转录的病毒RNA或扩增的PCR片段评价其检测敏感性,并对流行性乙型脑炎患者临床标本进行检测。结果成功建立了一种脑炎脑膜炎病毒多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测技术。建立的检测方法可特异的检测目的病原体,且与森林脑炎病毒、圣路易脑炎病毒、基孔肯雅病毒和登革病毒无交叉反应。该方法对不同靶标的检测灵敏度均为103拷贝/μL,临床标本检测结果均为阳性。结论建立的脑炎脑膜炎病毒多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色技术的检测方法,具有较高的检测特异性及灵敏度,检测通量高,肉眼即可观察结果,在传染病病原体检测方面具有广阔的应用前景。     

三种检测乙型肝炎病毒YMDD自然变异方法的比较

目的筛选一种特异性及灵敏性较高的检测乙型肝炎病毒YMDD自然变异的方法。方法通过分子克隆的方法,构建YMDD、YVDD及YIDD三种质粒;通过检测不同比例混合的质粒,比较PCR产物直接测序法、单探针特异性荧光PCR技术及引物特异性荧光PCR技术三种检测方法。结果经酶切鉴定及直接测序鉴定,显示三种质粒构建成功;当待测模板占总模板的比例大于20%时,直接测序法才能准确检测;当突变株占总毒株的比例占50/51时,单探针特异性荧光PCR法才能判定该样品为YMDD变异型;当突变株占总毒株的比例高于1/11时,引物特异性荧光PCR技术非特异结合的影响可忽略,具有很好的特异性,同时具有较高的灵敏性,检测突变株占总毒株的最低比例可达到1/11。结论引物特异性荧光PCR技术特异性及灵敏性较高,适合用于乙型肝炎病毒YMDD自然突变株的检测。     

应用Taq Man荧光定量RT-PCR快速检测肠道病毒的研究

目的建立一种快速、灵敏、特异的荧光定量RT-PCR检测肠道病毒的方法。方法根据GenBank中肠道病毒5′UTR序列,应用生物软件在保守区设计与筛选特异引物和TaqMan探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性和重复性。并通过对急性临床样本的检测,评价该方法的实际应用价值。结果该方法对肠道病毒包括脊髓灰质炎病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型及柯萨奇病毒和埃可病毒等的检测有高度特异性,甲肝病毒、乙脑病毒、登革病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒、诺如病毒等均呈阴性。该方法的检测下限达10-1TCID50/100μl。12份急性结膜炎病例结膜拭子标本中7份肠道病毒核酸阳性,普通RT-PCR方法5份阳性。结论TaqMan荧光定量RT-PCR方法快速、敏感、特异,适于肠道病毒的快速检测。     

基于逆转录-酶促重组等温扩增原理的西尼罗病毒基因检测方法的建立

目的 建立一种可用于检测西尼罗病毒特异性基因片段的逆转录-酶促重组等温扩增(RT-ERA)方法。方法 以西尼罗病毒NS5基因的高度保守序列作为靶序列，根据ERA反应原理设计、合成引物及荧光探针，建立荧光RT-ERA反应体系。分别以不同拷贝数(10~4、10~3、10~2、10、1拷贝/μl)的含120 bp靶基因片段的重组质粒及不同浓度(10、1、10^-1、10^-2、10^-3 ng/μl)西尼罗病毒RNA为模板进行荧光RT-ERA法扩增，评价该方法的敏感度；分别以森林脑炎病毒、基孔肯雅病毒、Ⅰ型登革病毒、西尼罗病毒、乙型脑炎病毒、黄热病毒和甲型流感病毒H2N1的RNA为模板进行荧光RT-ERA法检测，评价该方法的特异性。结果 建立的荧光RT-ERA法可在39℃、20 min内特异性扩增西尼罗病毒RNA。敏感度检测结果显示，以重组质粒为模板，荧光RT-ERA法最低可检出的质粒拷贝数为1拷贝/μl；以RNA为模板，荧光RT-ERA法最低可检测浓度为10^-3 ng/μl。特异性检测结果显示，以森林脑炎病毒...     

PCR和实时荧光PCR法检测华支睾吸虫的比较研究

目的 利用PCR技术建立快速、灵敏、特异的检测华支睾吸虫的方法,并比较PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的灵敏性和特异性,探讨其在华支睾吸虫检测中的应用价值.方法 根据华支睾吸虫的特异性基因序列,设计了PCR引物及实时荧光PCR的特异性引物和探针,分别进行灵敏性和特异性实验.结果 设计的引物能够扩增华支睾吸虫DNA,而且探针的特异性很高.实时荧光PCR对华支睾吸虫的检测阈值为3 fg/μl,灵敏度比PCR高两个数量级.结论 PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的灵敏性和特异性均很高,操作简便,为华支睾吸虫的检测提供了有效的技术手段和方法.     

实时荧光定量PCR检测GI型诺瓦克样病毒方法的建立

目的建立临床粪便中GI型诺瓦克样病毒的实时荧光定量PCR检测方法。方法针对诺瓦克样病毒GI型保守序列,用序列比对软件设计特异性引物与探针,建立诺瓦克样病毒实时荧光定量PCR检测方法。并用常规RT-PCR和本文建立的实时荧光定量PCR对137份临床腹泻标本进行检测。结果该方法对诺瓦克样病毒检测准确,重复性好,标准曲线的线性范围为102～107拷贝,相关系数为0.9991。并且对临床标本的检出率显著高于普通RT-PCR。结论本研究建立的实时荧光定量PCR方法可用于检测临床腹泻粪便标本中的GI型诺瓦克样病毒,从而有效预防和控制该病毒的传染。     

基于微流控核酸等温扩增的 登革病毒现场快速检测技术研究

[摘要]?目的?结合环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification, LAMP）和微流控芯片技术，建立一种适合现场快速检测登革病毒的方法。方法?利用RT-LAMP，针对登革病毒基因组中3’非编码区中特异性序列进行扩增，建立基于微流控芯片技术的LAMP检测方法，优化检测体系，并对该方法的灵敏性和特异性进行评估。结果?基于LAMP 和微流控芯片技术的登革病毒检测方法，通过对病毒模板进行扩增，发现与其他病毒无交叉反应，特异性良好；同时，结果显示该方法对登革病毒检测灵敏性可达61.2 pg/μl，与实时荧光定量PCR仪所达到的检测灵敏性一致。结论?基于LAMP和微流控芯片技术的登革病毒检测方法具有操作简单、快速、对设备要求低等优势,并且灵敏性、特异性均较好，是一种便于开展现场快速检测的方法。     

检测基孔肯雅病毒SYBR Green I real-time PCR方法的建立及应用

目的建立一种基孔肯雅病毒的快速诊断方法。方法采用基孔肯雅病毒E1基因的重组质粒作为阳性标准品。优化反应条件,建立针对基孔肯雅病毒的SYBR Green I real-time PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果建立的SYBR Green I real-time PCR检测方法的Ct值与阳性标准品在6.94×10~0～6.94×10~8 copies/μl范围内呈良好的线性关系,相关性为0.997,斜率为-3.571;其检测下限为0.694 copies/μl,且对ZIKV、DENV和JEV等均无特异性扩增;所有稀释倍数的标准品在84.0℃出现特异性熔解峰;组内和组间变异系数均小于2%。采用该方法对93份蚊虫样品进行检测,基孔肯雅病毒核酸阳性率为2.15%,普通PCR核酸阳性率为1.07%。结论成功建立了针对基孔肯雅病毒E1基因的SYBR Green I real-time PCR检测方法。该方法灵敏、特异,可用于基孔肯雅病毒感染的快速诊断。     

PCR和实时荧光PCR方法检测华支睾吸虫

目的利用PCR技术建立快速、灵敏、特异的检测华支睾吸虫的方法，比较PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的灵敏性和特异性，探讨其在华支睾吸虫检测中的应用。方法根据华支睾吸虫的特异性基因序列，设计了PCR引物及实时荧光PCR的特异性引物和探针，分别进行灵敏性和特异性试验。结果设计的引物能够扩增华支睾吸虫，而且探针的特异性很高。实时荧光PCR对华支睾吸虫的最低检测浓度为3fg/ul，实时荧光PCR的灵敏性比常规PCR高2个数量级。结论PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的准确性和特异性均高，操作简便，为华支睾吸虫感染的诊治和预防提供有效的技术手段和方法依据。     

TaqMan MGB探针实时聚合酶链反应检测登革病毒

目的建立一种敏感、特异、重复性好的登革病毒(DengueVirus,DV)鉴定方法。方法根据DV3’端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqManMGB探针。利用1998~2004年收集的26份登革热病人临床血清标本,15例乙脑病人血清,DV4个血清型标准毒株及23株1978~1997年DV地方流行株和相关西尼罗病毒、日本脑炎病毒、麻疹病毒、基孔肯亚病毒等毒株,同时用克隆了1型DV基因组3’端非编码区序列片段的质粒DNA作为阳性对照,检测所建立方法的特异性、敏感性。结果所建立方法的最低检测限约为每反应5个基因拷贝。用该方法检测4个血清型DV标准毒株、23株DV地方流行株和26例分离到DV的阳性血清标本,检出率为100%;用该方法检测15例乙脑病人血清、10例麻疹病人血清和西尼罗病毒、日本脑炎病毒、麻疹病毒、基孔肯亚病毒,结果均为阴性。结论新建的TaqManMGB探针检测DV方法是实验室早期诊断登革热较理想的方法。     

一种汉滩病毒和汉城病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立一种汉滩病毒(Hantaan virus,HTNV)和汉城病毒(Seoul virus,SEOV)双重实时定量荧光RT-PCR检测方法。方法 根据HTNV和SEOV S基因设计引物和探针、优化反应条件,建立2种汉坦病毒的双重实时荧光定量RT-PCR方法。以甲型流感病毒、登革热病毒、新布尼亚病毒、寨卡病毒、新冠病毒阳性核酸为模板验证方法的特异性,将建立的方法与巢氏RT-PCR比较,确定方法对临床样本的适用性。结果 建立了一种HTNV和SEOV 双重实时定量荧光RT-PCR检测方法,该方法对2种型别病毒的最低检测限均为10 copies/μL,不同浓度标准品Ct值批内和批间差异均小于2%。与登革热病毒、新布尼亚病毒、寨卡病毒、新型冠状病毒、甲型流感病毒均无交叉反应。对10份肾综合征出血热急性期血清样本进行检测,结果9份为HTNV、1份为SEOV,与巢式RT-PCR方法结果一致。结论 建立的双重实时荧光定量RT-PCR方法可以快速对HTNV和SEOV 进行分型和定量检测,适用于肾综合征出血热临床早期诊断。     

Taq Man荧光定量RT-PCR快速检测甲3型流感病毒

目的建立一种特异、灵敏、快速的荧光定量RTPCR方法用于检测甲3型流感病毒核酸。方法根据GenBank登录的流感毒株序列,应用生物学软件进行序列比对,在甲3型流感病毒血凝素(HA)基因的保守区设计引物和TaqMan探针、并进行筛选。对荧光RT-PCR反应条件进行优化,检测该方法的特异性和灵敏度。并对疑似流感含漱液标本进行检测。结果该方法对甲3型流感病毒的检测有高度的特异性,对甲1型、乙型、禽流感病毒H5、SARS病毒及其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测的灵敏度达0.01TCID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测流感病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3h左右。结论本研究建立的TaqMan荧光定量RTPCR是一种快速检测甲3型流感病毒特异、敏感的新方法。     

狂犬病病毒荧光定量RT—PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立狂犬病病毒快速检测法。方法根据狂犬病病毒核蛋白基因的保守序列分别设计两对引物及其相应的TaqMan探针。构建pMD-N重组质粒,建立荧光定量RT-PCR绝对定量标准品,并对反应体系进行优化,建立绝对定量的标准曲线。利用10倍稀释法检验方法的灵敏度并与普通RT-PCR法进行比较;作重复性和特异性检验后进行临床标本的检测。结果构建了绝对定量的参照质粒,标准曲线相关系数为0.998。狂犬病病毒荧光定量RT-PCR检测反应的灵敏度为10个TCID_(50);5种非狂犬病病原体检测均为阴性。结论建立的狂犬病病毒的荧光定量RT- PCR检测方法快速、特异性强、灵敏度高、稳定性好,可以应用于临床样品的检测。     

病人血清中登革病毒的分离与鉴定

目的应用细胞分离法从登革热病人急性期血清中分离登革热病毒并应用免疫荧光法证实病毒的血清型。C6/36细胞长成单层后接种急性期血清,以5~7天为一代,观察细胞病变;感染后的细胞使用型特异性抗体进行免疫荧光实验证实其血清型。在10份急性期病人血清中,有6份标本成功分离出登革热I型病毒,其结果和RT-PCR等实验方法的结果一致,分离率为60%。     

尼帕病毒巢式RT-PCR方法的建立和初步应用

目的 建立灵敏、特异的检测尼帕病毒的巢式RT-PCR方法。方法 根据GenBank公布的尼帕病毒N基因序列,设计2对特异性引物(外引物和内引物),建立巢式RT-PCR方法,优化反应体系,测定特异性和灵敏度,并进行临床样品的检测。结果 该方法扩增的片段序列与源序列同源性均为100%。特异性试验结果表明本试验设计的内外侧引物不能从新城疫病毒、牛瘟病毒和日本乙型脑炎病毒中扩增出条带。敏感性试验结果表明,该方法最低能检测出的标准模板RNA浓度为39 fg/μL。100份临床样品检测结果全部为阴性。结论 初步建立了快速、灵敏、特异的检测尼帕病毒 N基因的巢式RT-PCR方法,可用于动物疫病监测和检验检疫等领域。     

口蹄疫病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立

摘要：为了快速高效的检测所有血清型口蹄疫病毒（FMDV）,根据FMDV聚合酶3D基因序列比对结果,设计特异性引物和MGB探针,通过反应条件的优化,建立了一步法荧光定量RT-PCR检测方法,并进行了特异性、敏感性、重复性试验。结果表明,该方法能特异性检测A型、O型、Asia I型FMDV,而对猪瘟、猪蓝耳病、猪圆环病毒、猪细小病毒、猪狂犬病毒、猪乙型脑炎等病原检测结果均为阴性;检测质粒的敏感性可达83.4copies/μL,检测病毒RNA的敏感性可达7.1fg/μL,比多重RT-PCR敏感性高10倍;对4份样品进行5次批内和批间重复检测,检测结果变异系数均小于2%。该方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于口蹄疫临床样品诊断、流行病学调查和畜产品安全监测。     

Multiplex real-time RT-PCR for detecting chikungunya virus and dengue virus

ObjectiveTo develop diagnostic test for detection chikungunya virus (CHIKV and Dengue virus (DENV) infection.MethodsWe have performed a rapid, accurate laboratory confirmative method to simultaneously detect, quantify and differentiate CHIKV and DENV infection by single-step multiplex real-time RT-PCR.ResultsThe assay's sensitivity was 97.65%, specificity was 92.59% and accuracy was 95.82% when compared to conventional RT-PCR. Additionally, there was no cross-reaction between CHIKV, DENV, Japanese encephalitis virus, hepatitis C, hepatitis A or hepatitis E virus.ConclusionsThis rapid and reliable assay provides a means for simultaneous early diagnosis of CHIKV and DENV in a single-step reaction.