湖北地区季节性H1N1流感病毒HA基因特性分析

目的调查分析湖北地区季节性H1N1流感病毒血凝素(HA)的基因特性。方法收集2000年以来临床样品中分离鉴定的H1N1流感病毒毒株,运用RT-PCR扩增病毒HA基因,对扩增片段进行序列测定和分析。结果 H1N1流感病毒HA基因与同期世界卫生组织推荐的疫苗株相应基因的同源性为95.8%～99.6%,分离株HA基因中潜在的抗原性位点和糖基化位点与2000～2008年的疫苗株基本相同,但与2009年疫苗株有一定差异。HA基因进化分析表明在不同年份分离出的流感毒株呈现出不同的亲缘关系。结论湖北地区2000～2008年分离的季节性H1N1流感毒株与世界卫生组织同期推荐的疫苗毒株的HA核苷酸序列有高度同源性,HA基因重要抗原位点的氨基酸没有改变,但与2009年疫苗株有所不同,序列同源性和进化关系表明历年疫苗株可以给人群提供一定程度的保护。     

2009-2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒基因变异分析

目的了解2009～2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）的基因变异情况。方法选取2009～2013年哨点医院分离的新甲型H1N1流感病毒,进行HA和NA核苷酸序列测定,用Bioedit和MEGA version4．0分析软件进行基因种系进化特性分析。结果无锡地区2009～2013年种型H1N1流感病毒HA基因序列的同源性为98．9％～99．5％;氨基酸序列分析显示,无锡地区分离株第203位与国内、国际代表株比较发生氨基酸替换：S→T;第83位和321位与国内代表株相同,而与国际代表株不同,分别为S→P、V→I。NA基因序列与国内、国际代表株同源性为99．2％～99．8％;第87位和349位与国内代表株相同,而与国际代表株不同,分别为R→Q、D→G。结论通过对HA和NA基因序列的比对分析,2009-2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒流行株基因序列与国内、国际代表株高度同源。表明该地区近期不会发生新甲型H1N1流感大流行。     

甲型流感病毒株H1N1(09pdm)的分离及HA和NA基因分析北大核心CSCD

目的对成都某部人感染甲型流感病毒进行分离鉴定和基因突变分析。方法采集甲型流感患者咽拭子标本,通过MDCK细胞分离病毒毒株;采用免疫荧光法鉴定其感染细胞能力,采用基因分型特异性引物鉴定病毒亚型,PCR扩增血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)后测序,与NCBI数据库在线比对并利用MEGA软件构建系统发育进化树,分析突变位点。结果从甲型流感患者咽拭子标本中分离出1株流感病毒,经型特异性引物PCR鉴定为H1N1(09pdm)亚型,该毒株在37℃时对细胞致病力较强。免疫荧光检测到分离毒株感染细胞内甲型流感病毒核蛋白(NP)高表达,甲型流感病毒NP蛋白在细胞核和细胞质中均有大量分布。利用反转录PCR和测序获得该毒株HA和NA全长基因序列。在线比对及系统发育树分析显示,该毒株HA和NA序列与2017-2018流感季其他国家流行株同源性均>99%。对HA氨基酸突变位点进行分析,其序列的155位点存在组氨酸-酪氨酸(H-Y)点突变,该点突变也发生Influenza A/Hawaii/24/2018(H1N1)(MH245873)、Influenza A/North Carolina/19/2018(H1N1)(MH245873)和In-fluenza A/Missouri/51/2017(H1N1)(MH083792)毒株上。NA氨基酸序列与近期流行的毒株均相同。结论本起流感病毒株H1N1(09pdm)的HA、NA基因序列与同期其他国家流行株高度相似,但在HA氨基酸序列的155位点存在一个组氨酸-酪氨酸的点突变,其意义尚不清楚。     

2017-2019年呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒基因特征分析

目的 了解呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒遗传进化特征及抗原位点、糖基化位点和耐药位点的变异情况,为流感防控提供科学依据。方法 采集2017-2019年呼和浩特市3家哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本进行核酸检测,阳性样本通过MDCK细胞和鸡胚进行病毒分离。随机抽取15株甲型A(H1N1)pdm09流感毒株进行基因测序分析。采用MEGA7.0.14软件、DNASTAR7.0.1软件和NetNGlyc1.0软件进行基因进化树分析、核苷酸同源性分析和糖基化位点分析。结果 呼和浩特市2017-2019年15株甲型A(H1N1)pdm09分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018和A/Michigan/45/2015共同属于6B.1分支。各年度分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.004、0.011和0.013。相较于疫苗株A/California/07/2009和A/Michigan/45/2015,2017年起甲型A(H1N1)pdm09病毒抗原位点变异较大,但与疫苗株A/Brisbane/02/2018相比并未发生抗原漂移现...     

甲型H1N1与季节性H1N1流感病毒血凝素基因比较分析

目的分析泰安市2008～2009年度季节性流感与2009年度甲型H1N1流感病原学检测结果 ,比较季节性H1N1与甲型H1N1血凝素基因变异情况。方法选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过RealtimePCR进行病毒检测,用MDCK细胞进行病毒分离,通过RT-PCR扩增血凝素HA1片段的基因并测序,利用生物信息学进行序列分析。结果 2008～2009年共检测鼻咽拭子标本283份,分离出流感病毒33株,分离阳性率为11.67%,其中季节性H1N1亚型31株。2009年5月1日～12月31日,检测鼻咽拭子标本996份,流感核酸检测阳性417份,阳性率为41.86%,其中甲型H1N1337份,季节性H1N1亚型1份。6株季节性H1N1病毒均在多个氨基酸位点上发生变异,与疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)比较,有11个位点发生了突变,其中5个位点位于抗原决定簇上;测序成功的6株甲型H1N1病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区。结论 2008～2009年度季节性H1N1为优势株,甲流暴发后,甲型H1N1成为绝对优势毒株。季节性H1N1分离株有多处氨基酸替换,抗原决定簇B区变异频繁;甲型H1N1病毒分离株的基因有变异,但关键位点第222位仍为D(天冬氨酸),与疫苗株相比抗原决定簇的关键位点变化不大。     

2018-2019年克拉玛依市新甲型H1N1流感病毒NA基因分析

目的 分析新疆克拉玛依市新甲型H1N1流感病毒NA基因特征及变异情况.方法 采集2018年1月-2019年12月哨点医院流感样病例咽拭子,经MDCK细胞完成流感病毒分离后,随机抽取26株分离株测定其NA基因序列,并与疫苗株进行序列比对和分析.结果 与疫苗株A/Michigan/45/2015 NA基因核苷酸相比,2018年分离株与其同源性为98.56％～99.28％,2019年分离株与其同源性为98.35％～98.71％;26株分离株与同期国内其他地区代表株和疫苗株A/Michigan/45/2015在同一进化分支;分离株T180699较疫苗株A/Michigan/45/2015少1个糖基化位点(42～44位),分离株T190041发生了I223V位点变异.结论 相对于疫苗株A/Michigan/45/2015,2018-2019年克拉玛依市新甲型H1N1流感病毒NA基因抗原决定簇、糖基化位点和耐药相关位点已有改变;应继续加强流感监测,密切关注其基因变异情况.     

甲型H1N1流感病毒基因特征及耐药性研究

目的研究甲型H1N1流感病毒的基因特征和变化规律,为流感疫苗评价提供依据。方法选取2009年6月-2013年4月本院分离出的15株甲型H1N1病毒分离株,提取病毒RNA进行反转录。采用PCR方法扩增15株甲型H1N1流感病毒HA和NA全基因并进行测序分析。利用软件Bioedit和MEGA软件对序列进行拼接,绘制种系发生树,采用邻位相临法构建进化树。结果 15株甲型H1N1流感病毒均为低致病性病毒,对神经氨酸酶抑制剂敏感,对金刚烷胺类呈耐药性。实验毒株HA基因序列与国内和国外毒株同源性为99.1%~99.7%。该地区流感毒株抗原变异程度较大,其中毒株HA发生14个氨基酸点位改变,分别为:A215E,D127E,E235K,E374K,G170E,H138R,L161I,I321V,L191I,P83S,R45K,S185T,S203T和V234I。其中第83位和第321位与国内代表株相同,但是与国外代表株不同。NA发生15个氨基酸点位改变,分别为A20V,N44S,V83M,V106I,E128G,H144Y,I188T,V241I,S247N,N248D,S334N,N369K,N449K,D451G和G454S。其中所有毒株均发生V106I和S247N的变化。结论通过对HA和NA基因序列对比分析,该地区流感疫苗对当地居民有保护作用,但是毒株与疫苗株间发生相对抗原漂移,需要进一步观察毒株变异情况。     

福建省2009年甲型H1N1流感病毒NA基因特征及对达菲的耐药性

目的监测福建省甲型H1N1流感病毒NA基因的变化以及对达菲的耐药情况,为临床诊疗和疾病控制提供参考依据。方法从福建省流感监测网络中随机选取23株甲型H1N1流感病毒,经病毒核酸提取和一步法RT-PCR扩增,获得NA基因片段,双向测定核苷酸序列,分析NA基因序列和重要氨基酸位点特征。结果 23株甲型H1N1流感病毒NA片段基因与A/California/07/2009(H1N1)代表株的核苷酸序列进行比较,同源性高达98.1%以上;23株毒株NA蛋白第275位氨基酸均为组氨酸。结论随机选取的23株甲型H1N1流感病毒NA基因片段保持高度同源并且对达菲仍然敏感。随着国内外达菲耐药株的不断出现,应加强耐药性监测,为制定应对甲型H1N1流感流行措施提供参考。     

2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况.方法 从2009年广东省新型甲型H1N1流感患者中分离到病毒毒株共69株,提取病毒总RNA,RT-PCR扩增NA基因,并测序分析;同时从美国国立生物技术信息中心基因库检索获得 52株不同年代、不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒同源性较高,为87.1%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守;具有8个糖基化位点,其中5个位点有不同程度的氨基酸替换,但与2001年禽H5N1毒株的糖基化位点的氨基酸相同.结论 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒高度同源,与NA抑制剂的特异性结合位点未发生变化.     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09 流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1) pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据.方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNAST...     

Role of specific hemagglutinin amino acids in the immunogenicity and protection of H5N1 influenza virus vaccines

If H5N1 influenza viruses become transmissible among humans, vaccination will offer the most effective option to limit their spread. Two human vaccine candidates recently generated by reverse genetics are based on antigenically different hemagglutinin (HA) glycoproteins derived from the A/HK/213/03 (H5N1) and A/Vietnam/1203/04 (H5N1) viruses. Their HA1 amino acid sequences differ at 10 positions, one of which (N154) introduces a potential glycosylation site in A/Vietnam/1203/04 (H5N1). To assess the impact of five amino acids in the putative antigenic sites on immunogenicity and immune protection, we generated a series of whole-virus vaccines that differed only in one or two HA amino acids. Sera from ferrets vaccinated with these inactivated preparations had high virus neutralization titers, but their hemagglutination inhibition (HI) titers were usually low. Interestingly, a recombinant virus in which the HA amino acid S223 (characteristic of 2004 viruses) was converted to N223 (as in A/HK/213/03) resulted in higher HI titers. This observation indicates that specific HA residues, such as N223, increase the sensitivity of the HI assay by altering receptor specificity and/or antibody-antigen binding. Ferrets vaccinated with mutant vaccine viruses were protected against lethal challenge with wild-type A/Vietnam/1203/04 virus. Our results suggest that inclusion of the N223 residue in the HA glycoproteins of diagnostic reference viruses may facilitate the evaluation of vaccine efficacy in humans.     

H5N1禽流感病毒抗原基因的体外转录及RNA标准品构建

目的 通过基因克隆和体外转录,获得H5N1禽流感病毒血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白M(M)基因的RNA片段,为病原学检测提供阳性定量标准品.方法　设计H5N1禽流感病毒的HA、NA及M基因全长开放阅读框的克隆引物,提取H5N1禽流感病毒总RNA,用RT-PCR获得相应片段,分别连接至Pgem-T easy...     

H1N1 influenza A virus induced atrioventricular block

We report a case of an 18-year-old female who presented with respiratory failure secondary to H1N1 infection, and who subsequently developed high-degree atrioventricular (AV) block. The conduction abnormalities persisted over 2 weeks following complete resolution of respiratory symptoms. A permanent pacemaker was implanted for safety and subsequent pacemaker follow-up suggested reversibility of the conduction abnormality. This case highlights the potential impact of the H1N1 influenza virus on the cardiac conduction system.     

2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及NA基因遗传特性分析

目的 分析2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及神经氨酸酶(Neuramini dase,NA)基因的遗传特性,为H3N2亚型流感病毒的防控提供科学依据。方法 采集2017—2019年贵州省13家国家级流感监测哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本,进行荧光定量PCR的检测,以自然年度为监测周期进行统计分析。H3N2亚型核酸阳性的标本进行狗肾胚细胞(MDCK)分离病毒,收集培养液提取病毒RNA,进行RT-PCR特异性NA基因扩增,扩增产物纯化后进行测序,用MAGE7.0软件和Clustal W2软件进行同源性、遗传进化和耐药位点分析。结果 2017-2019年,贵州省采集ILI咽拭子标本分别为15 553、15 164和15 348份,H3N2亚型阳性率分别为5.12%(797/15 553)、0.80%(122/15 164)和7.67%(1 177/15 348),呈交替流行趋势;高峰期主要出现在1-3月和10-12月。2017-2019年H3N2亚型NA基因核苷酸同源性为97.5%~100%,在进化树上主要分成2个分支,所有毒株NA基因关键位点均未发生突变。结论 贵州省H3N2亚型流感病毒呈年度周期性流行,多发于冬春季节,为更好防控流感,应及时掌握流行趋势,需加强监测并及时分析病毒基因特征变异情况。     

2019年广州市甲型H1N1流感病毒全基因组序列的遗传特征分析

目的 对甲型H1N1流感病毒进行基因组全序列遗传特征分析,为流感的科学防控提供新数据.方法 选取7株2019年广州市甲型H1N1流感病毒进行全基因组序列测定,分析其遗传特征.结果 7株病毒的核苷酸同源性最高为PB2基因(98.8％～99.9％),最低为NA基因(97.3％～99.2％).总体上,不同月份的H1N1流感分...