丙型肝炎基因型定量检测及分型检测方法的研究进展

丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)是一种RNA病毒,可以引发各种慢性肝病,其中包括肝硬化和肝细胞癌.全球每年HCV感染的患者数呈上升趋势,他已成为人类亟待解决的公共卫生难题.HCV可以分为6种主要的基因型以及70多种亚型,不同的基因型对抗病毒治疗的效果不同.如果在治疗前能通过准确灵敏的检测手段确定HCV的基因型,将会对临床治疗有重要的意义.本文对HCV基因型全球分布、临床表症与治疗、分型依据以及基因型与定量关系进行了概述,并重点阐述HCV基因分型的检测技术.     

昆明地区丙型肝炎基因型分析

HCV是造成慢性肝炎、肝硬化及肝癌的重要原因之一。现研究已知HCV基因组高度的变异性是HCV持续感染及严重预后的重要因素,且HCV基因型与感染途径、临床病情及抗病毒治疗、疫苗制备等有明显的相互关系。根据HCV基因的遗传差异性可将HCV分为不同的基因型和亚型。根据HCV基因型可以明确病毒的种系发育和传播来源,了解不同基因型和亚型的地理分布,可能与HCV治疗的疗程及效果相关。因此,针对当地流行的HCV基因型进行检测鉴定,具有重要的临床意义。本研究即以型特异性探针杂交法对176例HCV感染者进行HCV基因型研究,以探讨昆明地区HCV感染基因型流行特征。     

云南省丙型肝炎病毒基因的分型

HCV基因型有地区差异，不同基因型与疾病进展，肝癌发生及IFN疗效有关，对散发性丙型肝炎的传播途径和疫苗研制等有重要意义。为了解云南省丙型肝炎患者HCV的基因型分布，采用邱国华等报道的HCV非编码区ABC程序酶切分型法对云南省不同人群128份HCV RNA阳性血清进行HCV基因分型研究，现报道如下。     

丙型肝炎病毒与其合并人类免疫缺陷病毒感染者的病毒基因型差异

HCV与HIV具有相似的传播途径,都可以通过使用污染的血制品、注射用具、性接触及母婴传播,因此,HIV与HCV混合感染较常见.HIV感染改变HCV的自然病程,加速肝纤维化、肝硬化及肝细胞癌的进程已达成共识;HCV基因型对肝病的进程和预后亦起到重要作用.那么HCV基因型的分布在HⅣ/HCV混合感染与HCV单纯感染之间是否存在差异?各自的感染途径有何不同?值得我们作进一步的探讨.我们对昆明市第三人民医院收治的昆明地区85例HCV感染住院患者采用PCR等分子生物学方法研究了HIV/HCV感染与HCV单纯感染患者HCV基因型分布的差异.     

丙型肝炎病毒基因型与抗病毒治疗

丙型肝炎是一种主要经血液传播、由丙型肝炎病毒(HCV)感染引起的肝脏急慢性炎症性疾病,可向肝硬化和原发性肝癌发展。HCV基因分型与病情进展和干扰素治疗应答有一定的相关性。本文就慢性丙型肝炎的流行状况、HCV的基本分子生物学特性和HCV基因型与抗病毒治疗的关系研究进展作一综述。     

贵州地区HCV感染者基因型分布特征

目的 探讨贵州地区丙型肝炎患者HCV基因型分布特征,为HCV感染的防控和个体化治疗提供临床依据。方法 选取2011年9月-2018年10月贵阳市公共卫生救治中心1211例HCV RNA阳性的丙型肝炎患者,采用PCR直接测序法,与GenBank中已知的HCV序列进行对比,获得HCV基因型及亚型,并分析其分布与性别、年龄、民族、地区、感染途径等因素的关系。计数资料组间比较采用χ2检验或Fisher确切概率法。结果 1211例HCV感染者共检出4种基因型和11种基因亚型,其中以1b型(26.84%)、3b型(27.17%)和6a型(24.28%)为主。不同HCV基因型在男女感染者中分布差异有统计学意义(χ2=15.428,P=0.009),其中男性以3b型为主(29.34%),女性以1b型为主(32.21%)。不同HCV基因型分布在各年龄组中差异有统计学意义(χ2=67.439,P<0.001),≤18岁组与≥60岁组以1b型为主(分别为66.67%、58.93%),而19~39岁组以3b型(28.93%)、6型(29.29%)为主,40~59岁组以1b型(29.54%)、3b型(27.33%)和6型(24.28%)为主。各种感染途径的HCV基因型分布差异有统计学意义(χ2=153.916,P<0.001),感染方式以静脉药瘾为主(57.97%),其次是性接触和有创美容(均为8.42%);经静脉药瘾、有创美容感染HCV者均以3b型为主(分别为31.48%、32.35%),性接触感染者多为HCV 6型(36.27%)。不同民族、贵州地区间HCV基因型分布差异均无统计学意义(P值均>0.05)。结论 贵州地区HCV基因型分布呈多样性,3b、1b、6a型为主要流行株,存在HCV 6型中的多种少见基因亚型,且在不同的年龄、性别、感染途径方面HCV基因型分布存在差异。     

中国东北丙型肝炎病毒感染基因特征及人群易感性分析

采用微板核酸杂交-ELISA法及基因芯片技术对5 79例HCV感染者的HCV基因型以及30例HCV感染者以及30例健康人HLA -DRB1等位基因分布情况进行分析,探讨中国东北丙型肝炎病毒(HCV)感染基因型特征及丙型肝炎病毒感染的人群易感性。5. 79例患者中Ⅳ/ 2b型HCV感染率最高,为5 1 .12 % ;约34 .72 %的HCV感染者ALT持续正常;Ⅱ/ 1b型和混合型HCV感染在ALT反复升高组中的感染率明显高于ALT持续正常组(P <0 .0 5 )。Ⅰ型和Ⅲ型HCV合并HBV感染的发生率较高,混合型HCV合并HBV感染的发生率较低,与单独感染比较差异显著(P <0 .0 5 ) ;混合型HCV感染主要见于有2次或2次以上输血史者。HLA -DRB1 0 4和DRB1 13在HCV感染者中的出现频率较高,与健康对照组相比差异显著(P <0. 0 5 )。因此,中国东北地区HCV感染以Ⅳ/ 2b型为主,约34 72 %的HCV感染者不表现出肝炎的症状,可能成为重要的传染源。Ⅱ/ 1b型和混合型HCV感染更容易导致肝细胞损伤。Ⅰ/ 1a型和Ⅲ/ 2a型HCV可能更易于同HBV共存,两种或两种以上基因型共存的HCV则不易于同HBV合并感染。反复接受血液或血制品可能是出现混合型HCV感染的主要原因。HLA -DRB1 0 4和DRB1 13等位基因可能与HCV的人群易感性有关。     

中国西南地区丙型肝炎病毒6a亚型病毒株的传播速率

目的 探讨HCV 6a病毒株进入中国后在中国西南部地区的播散速率.方法 收集西南医院感染病专科医院2004年1月-2009年9月存留的HCV 6型感染患者血清,采用逆转录巢式PCR方法获取患者血清HCV CE1区序列,绘制系统进化树进行HCV亚型鉴定;用BEAST v1.6.1软件绘制时间系统进化树.结果 本研究获取的HCV 6a病毒株共祖起源于1968年左右,至少存在4个主要的流行株,在静脉吸毒和非静脉吸毒患者人群中均已分离到起源较早的流行株.理论倍增曲线显示,1997年以后HCV 6a病毒传播速率加快,2007年以后加速明显.结论 HCV 6a病毒株在中国西南部地区播散迅速,在未来有可能成为本地区主要的HCV亚型,并有由静脉吸毒人群向非静脉吸毒人群传播的趋势.

Abstract：

Objective To estimate the velocity of HCV subtype 6a transmission in Southwest China. Methods The HCV CE1 region from 61 patients infected with HCV genotype 6 were amplificated by RTPCR and sequenced. The subtypes were identified, and the period of HCV 6a strains originated in southwest china was estimated by using molecular clock phylogenetic analysis. The velocity of HCV subtype 6a transmission in southwest China was estimated by BEAST v 1.6.1 and Tracer vl.5 software theoretically. Reslut Most of HCV 6a strains distributed in Southwest China orgined around the year 1968 and at last 4 epidemic strains existed. The earlier orgined strains could be isolated both in intravenous drug users (IDU) and non-IDU patients. After 1997, the HCV 6a strains transmission in southwest China accelerated and the trend intensified in 2007. Conclusion HCV 6a strains spread fastly both in IDU and non-IDU patients, which might be the main HCV subtype distributed in Southwest China in the future.     

丙型肝炎的流行病学

全球丙型肝炎流行率平均为3.0%,每年新发HCV感染300万-400万例,估计已有1.3-1.7亿慢性HCV感染者。2006年我国大陆地区血清流行病学调查显示,1-59岁人群抗-HCV流行率为0.43%,表明在全球范围内属HCV低流行区。由此推算,我国目前HCV感染者约为560万。我国最主要的HCV基因型为1b（66%）,其次为2a（14%）。HCV最主要的传播方式包括经输血和血制品传播、经破损的皮肤和黏膜暴露、与感染者性交及高危性行为等。过去献血员中HCV感染率较高,是造成HCV流行的主要原因。随着全球多数国家积极开展对献血员的筛查,目前该人群中HCV感染率迅速下降,与一般人群HCV感染率相近,而吸毒和高危性行为人群中HCV感染率显著高于一般人群,是目前HCV流行的重要传染源。     

HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型分析*

目的 使用二代测序技术检测广州地区人类免疫缺陷病毒（HIV）/丙型肝炎病毒（HCV）混合感染者和HCV感染者HCV基因型,了解本地区HCV基因型的流行特点。方法 在233例HCV感染者中,包括95例HIV/HCV混合感染者和138例HCV感染者,使用Illumina Miseq平台PE300模式对HCV Core和NS5B片段进行测序,采用生物信息学分析确定HCV基因型,对测序结果提示混合基因型感染的样本,使用NS5A基因型特异引物进行验证。结果 HIV/HCV混合感染者静脉吸毒感染构成比显著高于HCV感染者（77.7%对19.6% P<0.001）,HCV感染者输血感染的构成比显著高于HIV/HCV混合感染者（48.6%对3.2% P<0.001）;HIV/HCV混合感染者HCV Core基因片段平均数据量为（15456±6689） reads,HCV感染者为（14323±5321） reads,两组无显著差异（P>0.05）;HIV/HCV混合感染者HCV NS5B基因片段平均数据量为（16432±3467） reads,HCV感染者为（17611±5632） reads,也无显著差异（P>0.05）;本组228例（97.9%）HCV感染者为单一HCV基因型感染,HIV/HCV混合感染者HCV 6a型和3b型感染率显著高于HCV感染者（分别为47.4%对26.8%,P=0.001和13.7%对3.6%,P=0.005）,HCV 1b型感染率显著低于HCV感染者（20.0%对59.4%,P<0.001）;在233例入组的HCV感染者中,发现5例（2.1%）为混合基因型感染,其中4例为HIV/HCV混合感染者,1例为HCV感染者。结论 广州地区HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型构成比存在差异,其临床意义还需要探讨。     

乌鲁木齐地区丙型肝炎患者的病毒基因分型研究

为了探讨乌鲁木齐地区HCV感染的基因型，作者用引物特异性PCR法对采自该地区的83例HCVRNA阳性的丙肝患者血清进行检测。结果：59例（71％）为Ⅱ型（1b），16例（19％）为Ⅲ型（2a），8例（10％）为Ⅱ／Ⅲ型HCV混合感染，表明HCVⅢ型是本地区的HCV优势株。     

儿童丙型肝炎

近年来静脉药物滥用、通过污染的针头和母婴传播等已成为丙型肝炎病毒（HCV）传播的重要方式。HCV准种多态性的增加与成人抗病毒治疗反应欠佳有关,而且也可能与儿童自然感染史有关,但临床上HCV准种的检查并非常规项目。HCV可分为6个主要基因型。HCV基因型1、2在全球最常见,但病毒基因型的分布与地域因素存在联系。在美国,成人感染中HCV1、2和3基因型分别占到70％、15％和10％。尽管对HCV基因型在儿童感染中的地域性分布知之甚少,但总体与成人报道结果基本一致。     

不同基因型慢性丙型肝炎患者血清HCV-RNA与载脂蛋白B的关系

目的研究慢性丙型肝炎基因1型和非基因1型患者血清HCV—RNA水平和血清载脂蛋白B（ApoB）的关系。方法临床确诊为慢性丙型肝炎的53例患者，采用干扰素联合利巴韦林抗病毒治疗至少24周，Simmonds酶切分型方法进行HCV基因分型，荧光定量聚合酶链反应法（FQ—PCR）定量检测HCV—RNA，全自动生化分析仪检测血清载脂蛋白B，对不同基因型患者血清HCV-RNA水平和载脂蛋白B的关系进行研究分析。结果基因1型和非基因1型慢性丙型肝炎患者的血清HCV-RNA及载脂蛋白B水平差异无统计学意义（P〉0．05）；基因1型患者血清载脂蛋白B水平与HCV—RNA载量无明显相关（P〉0．05）；非基因1型患者血清载脂蛋白B水平随着HCV-RNA载量的降低呈升高趋势（P〈0．05）。结论不同基因型HCV对干扰素产生不同的应答反应，感染HCV基因1型的患者对干扰素治疗应答率显著低于基因2型和3型。不同基因型HCV感染者血清载脂蛋白B无显著差异，血清ApoB水平在非基因1型患者与干扰素抗HCV应答密切相关。     

沈阳地区650例慢性丙型肝炎病毒感染者的病毒基因型分析

HCV感染呈全球分布,不同基因型和亚型的地理分布,可能与抗HCV治疗的疗程及效果相关.本研究以核酸序列分析法对650例患者进行HCV基因型检测分析,以探讨沈阳地区感染人群中HCV的基因型特征. 一、资料与方法     

用套式PCR分析我国不同地区的HCV基因型

目的:了解我国不同地区HCV基因型分布的特点.方法:根据不同基因型丙型肝炎病毒(HCV)核心区基因序列,合成一条通用引物和四条型特异性引物用于套式PCR扩增反应,所得不同长度的扩增产物分别对应于HCVⅠ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ基因型,用此方法对采自北京、上海、天津、山西、西藏和新疆共455份丙型肝炎病毒阳性血清进行了基因型分析.结果:在我国HCV基因型分布以Ⅱ型(66.2%)为主,其次为Ⅲ型(20.2%),并有一些混合型(11.4%)及少量Ⅰ型(2.2%).结论:除新疆地区HCV混合型(43.1%)较多外,其它地区HCV基因型分布差别不大.     

丙型肝炎病毒载量与基因型和抗病毒疗效的关系研究

目的探讨丙型肝炎患者血清HCV RNA载量与基因型的关系及其对抗病毒治疗疗效的影响。方法113例慢性丙型肝炎患者接受聚乙二醇干扰素联合利巴韦林抗病毒治疗。采用实时荧光定量PCR法检测血清HCV RNA载量,应用CE1区测序遗传树比对分析法检测HCV基因型。结果 113例患者分别感染1b、2a、3a、3b和6a共5种基因亚型,其HCV RNA载量（lgcopies/ml）分别为6.6973±1.19245、6.0824±1.68603、6.8393±1.03400、6.5533±1.29577和7.1503±1.16115,经单因素方差分析无明显统计学差异（P=0.166）;治疗前高血清HCV RNA载量者（≥107copies/ml）与低HCV RNA载量者（〈107copies/ml）完成治疗后获得SVR的比例,无论在所有患者（76.4%对75.9%,P=0.950）,还是在HCV1型（66.7%对60.0%,P=0.641）或非1型感染者（82.4%对87.9%,P=0.526）中均无统计学差异。结论治疗前血清HCV RNA载量与HCV基因型无关,血清HCV RNA载量对聚乙二醇干扰素联合利巴韦林抗病毒的疗效无明显影响。     

丙型肝炎病毒合并乙型肝炎病毒感染的基因型特点及临床特征分析

探讨不同基因型丙型肝炎病毒(H C V)与乙型肝炎病毒(HBV)混合感染的临床致病特点以及不同HCV基因型在HBV、HCV混合感染中的发生率,以期为HBV、HCV混合感染者的病情转归预测及病毒性肝炎的正确诊断及合理治疗提供理论依据。 一、材料与方法 1.研究对象:HCV、HBV混合感染者171例,经病毒血清标志物检测为血清抗HCV和HBV血清标志物1项或1项以上阳性。HCV单独感染者295例,病毒血清标志物检测为抗-     

丙型、乙型肝炎混合感染者病毒基因型与临床特征分析

探讨丙型、乙型肝炎病毒混合感染的基因型特点及临床特征。采用ELISA法进行病毒血清标志物检测 ,采用PCR -微板核酸杂交 -ELISA法进行HBV -DNA定量及HCV -RNA基因分型检测。丙型、乙型肝炎病毒混合感染者HCV -RNA及HBV -DNA阳性率 (72 5 1%和 30 4 1% )分别低于丙型、乙型肝炎病毒单独感染者 (85 4 2 %和 6 0 72 % ) ,Ⅰ / 1a型和Ⅲ / 2a型HCV与HBV混合感染较同类基因型HCV单独感染明显增加 ,Ⅱ / 1b型丙型肝炎病毒合并乙型肝炎病毒感染者血清转氨酶及总胆红素水平最高 ,白蛋白和胆碱酯酶水平最低 ,尽管HCV、HBV混合感染的临床症状可能更为严重 ,但在病毒学上两者的确存在着相互抑制作用     

温州地区62例HCV感染者的基因型特征研究

目的：探讨温州地区丙型肝炎病毒（HCV）感染者的HCV的基因型特征。方法：采用RT巢式-PCR法,对62例HCV-IgG阳性者进行HCV-RNA的检测及基因分型。结果：62例研究者中,HCV基因型1b单阳性率为35．48％,基因型2a单阳性率为3．23％,1b和2a双阳性率为61．29％,1b总阳性率为96．77％,2a总阳性率为50％。结论：温州地区HCV的基因型以1b型占优势,并且基因型1b和2a混合感染率较高。     

Mix-infections with different genotypes of HCV and with HCV plus other hepatitis viruses in patients with hepatitis C in China

AIM: Clinical therapy and prognosis in HCV infections are not good, and mix-infections with different HCV genotypes or quasispecies and mix-infections with HCV plus other hepatitis viruses are important concerns worldwide. The present report describes the sequence diversity and genotying of the 5‘NCR of HCV isolates from hepatitis patients mix-infected with different HCV genotypes or variants, and the conditions of mix-infections with HCV plus other hepatitis viruses, providing important diagnostic and prognostic information for more effective treatment of HCV infections.METHODS: The 5‘ non-coding region (5‘NCR) of HCV was isolated from the patients sera and sequenced, and sequence variability and genotypes of HCV were defined by nucleotide sequence alignment and phylogenetic analysis, and the patients mix-infected with HCV plus other hepatitis viruses were analyzed. The conditions and clinical significance of mix-infections with HCV plus other hepatitis viruses were further studied.RESULTS: Twenty-four out of 43 patients with chronic hepatitis C were defined as mix-infected with different genotypes of HCV. Among these 24 patients, 9 were mixinfected with genotype 1 and 3, 7 with different variants of genotype 1, 2 with different variants of genotype 2, 6with different variants of genotype 3. No patients were found mix-infected with genotype 1 and 2 or with genotype 2 and 3. The clinical virological analysis of 60 patients mixinfected with HCV plus other hepatitis viruses showed that 45.0% of the patients were mix-infected with HCV plus HAV, 61.7% with HCV plus HBV, 6.7% with HCV plus HDV/HBV, 8.4% with HCV plus HEV, 3.3% with HCV plus HGV. Infections with HCV plus other hepatitis viruses may exacerbate the pathological lesion of the liver.CONCLUSION: The findings in the present study imply that mix-infections with different HCV genotypes and mixinfections with HCV plus other hepatitis viruses werer elatively high in Yunnan, China, providing important diagnostic and prognostic information for more effective treatment of HCV infections.