miR-658和miR-492的差异表达与宫颈鳞状细胞癌盆腔淋巴结转移的关系

目的 寻找宫颈鳞癌盆腔淋巴结转移相关的microRNAs。方法 采用Affymetrix miRNA 4.0 芯片筛查宫颈鳞癌淋巴结转移组（n=8）和未转移组患者（n=16）癌组织中差异表达的microRNAs;并选择表达差异较大的2种microRNAs,采用实时定量RT-PCR法进行验证。结果 miRNA芯片筛查出两组间有5个microRNA存在差异表达,分别为miR-5585-3p、miR-6735-5p、miR-8073、miR-658和miR-492。且淋巴结转移组均为表达上调,其中以miR-658和miR-492的上调倍数最大,分别为4.24和5.43。实时定量RT-PCR检测miR-658和miR-492组间差异与miRNA芯片筛查结果基本一致。结 论 miR-658和miR-492表达上调可能与宫颈鳞癌盆腔淋巴结转移有关。     

miR-218在子宫颈癌组织中的表达及预测的靶基因的生物信息学分析

目的 探讨miR-218在子宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-218在子宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础.方法 利用miRNA芯片技术检测3份子宫颈癌组织及3份正常子宫颈组织中miRNA表达谱,用实时定量聚合酶链反应（PCR）法在55例子宫颈组织中进行验证.通过生物信息学预测miR-218的靶基因,并对其靶基因进行基因本体（G0）功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析.结果 芯片结果显示子宫颈癌组织中有15个miRNA表达上调（＞2倍）,10个miRNA表达下调（＜0.5倍）,其中miR-218下调最明显.miR-218预测靶基因集合功能富集于生物学调控、蛋白代谢、细胞迁移和黏附、细胞分化等生物学过程,以及蛋白结合、连接酶活性等分子功能上;KEGG通路分析涉及癌通道、黏附连接、胰岛素信号通路、凋亡等信号转导通路及前列腺癌、急性和慢性髓系白血病等疾病通路.结论 miR-218在子宫颈癌组织中呈低表达,miR-218预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中.     

微小RNA-181a、320a及其靶基因TGF-β1在食管鳞癌中的表达

目的：检测人食管鳞癌组织中miR-181a、320a及TGF-β1的表达情况,研究其在食管鳞癌发生中的作用。方法：收集食管鳞癌及癌旁正常组织各3例,抽取总RNA,利用miRNA芯片技术检测miRNA的表达;采用实时定量反转录一聚合酶链反应(qRT-PCR)方法验证miRNA芯片结果的可靠性。采用软件和数据库对差异表达miRNA调控的靶基因进行初步分析。收集食管鳞癌及对照正常组织各22例,采用实时定量反转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)方法检测miR-181a、320a和TGF-β1mRNA。结果：miRNA芯片结果显示,共有22种miRNA在食管鳞癌中差异表达（p<0.05）,其中6种显著上调,16种显著下调;qRT-PCR证实miR-320a表达下降,miR-181a表达上升,差异均有统计学意义（P﹤0.05）,与芯片结果一致; TGF-β1mRNA在食管鳞癌中表达较对照正常组织稍升高,但差异无显著性。结论：miR-181a、miR-320a可能参与食管鳞癌的发生发展过程。     

卵巢上皮癌差异表达microRNAs的筛选研究

目的:利用microRNA微阵列芯片技术筛选卵巢上皮癌及癌旁组织中差异表达的microRNAs,发现与卵巢上皮癌相关的microRNAs,为进一步阐明卵巢上皮癌发生发展的分子机制提出依据。方法:选取2010年6月至2011年6月在陕西省肿瘤医院妇瘤中心行手术治疗的8例卵巢上皮癌及对应癌旁组织,提取组织总RNA,采用microRNA芯片杂交技术检测卵巢上皮癌及对应癌旁组织中microRNAs表达水平,经统计分析寻找可能的差异表达的microRNAs,应用实时定量PCR方法验证芯片结果。利用microRNA靶基因预测数据库检索得到差异表达microRNAs与肿瘤相关的靶基因。结果:结合芯片与实时定量PCR结果,筛选获得miR-146a、miR-200c、miR-221和miR-429在卵巢上皮癌中显著性上调,miR-34b显著性下调,靶基因预测分析获得一系列肿瘤相关的靶基因。结论:结合芯片技术与实时定量PCR技术筛选获得卵巢上皮癌差异表达的microRNAs。     

黄曲霉毒素B1诱导的恶性转化肝细胞miRNA表达谱的变化

目的：检测黄曲霉毒素B1（aflatoxin B1,AFB1）诱导的恶性转化肝L02细胞（L02T）的miRNA表达谱,寻找差异表达的miRNA。方法：以含有AFB1的培养液多次间歇性染毒L02细胞获得转化细胞L02T,通过miRNA芯片技术检测和分析对照L02和转化L02T细胞的miRNA表达谱;用实时荧光定量PCR方法对芯片结果加以验证;采用TargetScan软件预测miRNA可能调控的靶基因。结果：获得2组细胞856个miRNA的表达谱,在25个表达差异显著的miRNA中,15个表达上调,10个表达下调;用定量RT-PCR对芯片结果中表达差异的miR-320a、miR-638和miR-98进行验证,并对其中上调显著的miR-638进行生物信息学分析,预测到4个与肝癌相关的潜在靶基因。结论：在AFB1诱导的恶性转化肝L02细胞中筛查出25个表达差异显著的miRNA,差异表达的miRNA可能在细胞恶性转化过程中起重要作用。     

结肠癌组织和癌旁组织miRNA表达谱研究

目的探讨结肠癌癌组织和癌旁组织中miRNA的表达差异,寻找潜在的结肠癌特异表达谱。方法miRNA表达芯片检测手术切除未发生转移的原位结肠癌组织和癌旁组织标本中miRNA表达水平,并采用Real-time PCR对差异表达的miRNA进行验证。结果miRNA表达芯片分析发现肿瘤细胞中24种miRNA表达下调,27种表达上调。miR-145、miR-143在癌组织中表达显著下调,miR-451在癌组织中表达显著上调,并被Real-time PCR方法进一步证实。结论结肠癌癌组织和癌旁组织中miRNA的表达存在差异,miR-145、miR-143在结肠癌组织中表达下调,miR-451表达上调,结肠癌组织具有特异miRNA表达谱,可作为结肠癌潜在诊断芯片进行开发。     

结直肠癌肝转移特定基因miRNA芯片甄别

目的:筛选结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肝转移miRNA对应的特定基因。方法:收集10例CRC患者肿瘤组织标本,其中同时伴肝转移者5例,无远处器官转移5例。应用miRNA芯片方法对两组样本的miRNA表达差异情况进行研究,并通过实时定量RT-PCR对miRNA的芯片表达差异进行验证,再利用软件预测靶基因。结果:总RNA提取的质量分析显示,每份样品总RNA的A260/A280为2.11～2.15。电泳结果显示,每份样品的总RNA均有清晰的28S和18S条带,RNA完好无降解,质量符合miRNA芯片的质量要求。肝转移组较非转移组筛选出6种CRC表达失调的miRNA,其中上调的为miR-224、miR-1236和miR-622,下调的为miR-155、miR-342-5p和miR-363,miR-224的差异信号值最高(>500)。芯片实验显示,hsa-miR-224在肝转移组呈现显著性上调,P=0.038 2;而hsa-miR-155在肝转移组却呈现显著性下调,P=0.043 2。miR-224的表达倍数在肝转移CRC组织中较非转移组表达上调(Fold change=2.47),P=0.016 6。结论:可调控CRC肝转移的特定基因miR-224的筛选,可作为早期诊断治疗的新手段。     

直肠腺癌组织中microRNA差异表达谱分析

目的 研究直肠癌及正常直肠黏膜中微小RNA（miRNA）表达谱差异,寻找并验证具有差异表达的miRNA。方法 提取3例直肠癌患者的癌组织及其对应远端正常直肠黏膜中的miRNA,采用微阵列芯片分析,获得直肠癌 miRNA表达谱。另取 15例直肠癌患者手术切除标本的癌组织及正常黏膜组织,采用实时定量RT-PCR法对其中具有表达差异的 hsa-miR-187*和hsa-miR-224进行进一步验证。结果 共筛选出70个直肠癌相关的差异表达miRNA,其中33个表达上调,37个表达下调。其中肿瘤/正常倍数小于0.5的有22个,肿瘤/正常倍数大于4的有17个。在另外15对验证样本中证实hsamiR-187*在直肠癌中表达下调（P<0.001）,hsa-miR-224表达上调（P<0.001）。结论 直肠癌和正常直肠黏膜相比有其特异的miRNA表达谱, miRNA在直肠癌的发生中可能起到重要作用。     

新疆南部维吾尔族宫颈鳞癌microRNA研究

背景与目的：宫颈癌是新疆地区尤其是新疆南部维吾尔族高发肿瘤,发病机制尚不清楚。微小RNA(microRNA,miRNA)是一类具有重要调控作用的非编码小分子RNA,其表达及功能失调与肿瘤的发生、发展密切相关。本研究筛选并初步研究新疆南部维吾尔族宫颈鳞癌差异表达的miRNA,预测并分析靶基因功能。方法：采用miRNA微阵列芯片技术对5例人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)16阳性的新疆南部维吾尔族宫颈鳞癌进行miRNA筛选,应用实时定量RT-PCR方法对筛选出差异表达的miRNA进行初步验证,并检测及分析在83例宫颈癌中的表达结果,应用targetscan、miRwalk、miRanda及Pictar四种软件预测其靶基因。结果：新疆南部维吾尔族HPV16阳性宫颈鳞癌差异表达基因18个,对差异表达显著的miRNA-138和miRNA-720进行了初步验证并预测靶基因,预测两者共同的靶基因是EZH2;与40例正常对照相比,miRNA-138、miRNA-720在83例宫颈鳞癌组织中均表达下调(P<0.05);下调的miRNA-138、miRNA-720与淋巴结转移、脉管浸润有关(P<0.05),但与年龄、宫颈壁累及范围及HPV16感染无明显关系(P>0.05);miRNA-720与临床分期、肿瘤体积有关(P<0.05)。结论：miRNA-138、miRNA-720在新疆南部维吾尔族宫颈鳞癌组织中均表达下调,两者共同的靶基因是EZH2,可能与宫颈癌的侵润和转移有关。     

胃癌转移相关miRNA的差异表达谱及miR-218的生物学分析

目的 探讨胃癌转移相关微小RNA（miRNA）的差异表达情况并进行miR-218的生物学分析。方法 采用实时荧光定量PCR（qPCR）及miRNA芯片法检测低转移潜能的胃癌细胞亚系（SGC7901-NM、MKN28-NM）与高转移潜能的胃癌细胞亚系（SGC7901-M、MKN28-M）间miRNA的差异表达。提取不同转移潜能胃癌细胞系和10例胃癌冰冻组织及相应的转移淋巴结中的总RNA,利用qPCR检测miR-218在不同细胞及组织中的表达情况。结果 对不同转移潜能的胃癌细胞亚系进行芯片检测发现,与SGC7901-NM细胞比较,SGC7901-M 细胞有47个分子表达下调,15个分子表达上调。与MKN28-NM细胞比较,MKN28-M细胞有41个分子表达下调,83个分子表达上调。在SGC7901-M及MKN28-M细胞中,34个分子表达均出现下降,11个分子表达均出现上升。对不同转移潜能的胃癌细胞亚系以及人永生化正常胃黏膜细胞系GES进行检测可以发现,4种不同转移潜能的胃癌细胞亚系中miR-218的表达均低于正常胃黏膜细胞系GES,差异有统计学意义（P＜0.05）,且在高转移潜能胃癌细胞亚系中miR-218的表达均低于低转移潜能胃癌细胞系,差异有统计学意义（P＜0.05）。胃癌转移淋巴结中miR-218的表达水平为0.23±0.02,低于胃癌原发灶的1.09±0.05,差异有统计学意义（P＜0.05）。结论 胃癌转移相关miRNA会出现差异表达情况,高转移潜能胃癌细胞中的miR-218表达水平上调可能与胃癌转移存在一定关系。     

Human papillomavirus type 16 reduces the expression of microRNA-218 in cervical carcinoma cells

Human papillomaviruses (HPVs) are involved in the pathogenesis of cancer of the cervix (CaCx). MicroRNA (miRNA) expression analysis using Ambion (Austin, TX, USA) arrays showed that three miRNAs were overexpressed and 24 underexpressed in cervical cell lines containing integrated HPV-16 DNA compared to the normal cervix. Furthermore, nine miRNAs were overexpressed and one underexpressed in integrated HPV-16 cell lines compared to the HPV-negative CaCx cell line C-33A. Based on microarray and/or quantitative real-time PCR and northern blot analyses, microRNA-218 (miR-218) was specifically underexpressed in HPV-positive cell lines, cervical lesions and cancer tissues containing HPV-16 DNA compared to both C-33A and the normal cervix. Expression of the E6 oncogene of high-risk HPV-16, but not that of low-risk HPV-6, reduced miR-218 expression, and conversely, RNA interference of E6/E7 oncogenes in an HPV-16-positive cell line increased miR-218 expression. We also demonstrate that the epithelial cell-specific marker LAMB3 is a target of miR-218. We also show that LAMB3 expression is increased in the presence of the HPV-16 E6 oncogene and this effect is mediated through miR-218. These findings may contribute to a better understanding of the molecular mechanisms involved in cervical carcinogenesis.     

Roles of MiR-101 and its Target Gene Cox-2 in Early Diagnosis of Cervical Cancer in Uygur Women

Aims: Early diagnosis is important for cervical cancer treatment. This study aimed to characteriz themicroRNA profile and target gene protein levels of cervical cancers in Uygur women for application in earlydiagnosis. Methods: The profiles of miRNA in cervical cancer and chronic cervicitis were analyzed withmiRNAmicroarray V4.0. The expression of miR-101 was detected by real-time PCR and locked nucleotideacid in situ hybridization (LNA-ISH). Cox-2 protein levels were assessed by immunohistochemistry. Results:The microarray identified a set of 12 miRNAs significantly decreased in cervical cancer in comparison to thecontrol group. Quantitative RT-PCR analysis showed miR-101 to be significantly downregulated in cancer tissues(p<0.05) while LNA-ISH showed miR-101 positive rates of 80% (20/25) and 8% (5/25) (p<0.05) in the controland cervical cancer groups. Cox-2 positive rates of cervical cancer and control groups were 84% (21/25) and8% (2/25) (p<0.05). Conclusions: Use of down-regulation of miR-101 and up-regulation of Cox-2 as markersmay play a role in early diagnosis of cervical cancer in Uygur women.     

Microarray-based analysis: identification of hypoxia-regulated microRNAs in retinoblastoma cells

Hypoxia is an essential feature of retinoblastoma and contributes to poor prognosis and resistance to conventional therapy. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs involved in a wide variety of biological processes, including cell differentiation, proliferation, death and metabolism. However, the relationship between hypoxia and the expression of miRNAs in retinoblastoma is not well understood. In this study, we aimed to analyze the pattern of miRNA expression in a retinoblastoma cell line under hypoxic conditions and to identify the miRNAs regulated by hypoxia, as well as their possible functions. miRNA expression profiling in retinoblastoma cells (HXO-RB44) under normal and hypoxic conditions was assessed by microarray techniques. The differentially expressed miRNAs were subjected to bioinformatic analyses to predict and categorise the key miRNAs and their target genes. A quantitative real-time RT-PCR approach was used to validate their expression. A Cell Counting kit was used to evaluate the functional significance of miR-181b in RB cell proliferation. There were 46 miRNAs that changed expression more than 2-fold in response to hypoxia (34 up-regulated and 12 down-regulated). We identified a cluster of miRNAs that includes miR-181b, miR-125a-3p, miR-30c-2, miR-497 and miR-491-3p as hypoxia-regulated miRNAs (HRMs) in retinoblastoma cells, of which miR-181b was the most typically differentially expressed miRNA under hypoxic conditions. Functionally, these HRMs are involved in apoptosis, cell adhesion, cell proliferation and mRNA processing, all processes that associate closely with the hypoxia response of cancer cells. Additionally, we found that administration of miR-181b inhibitor can suppress proliferation of retinoblastoma cells. These findings provide the first evidence that miRNAs play an important role in the hypoxia response of retinoblastoma cells. MiR-181b, the most typically up-regulated miRNA may aid in future clinical intervention of retinoblastoma.     

miRNA标志物在诊断云南省宣威地区早期非吸烟女性肺癌中的价值

目的初步探索与肿瘤发生相关的miRNA是否可以作为早期诊断云南省宣威地区非吸烟女性肺癌的小分子标志物。方法（1）应用miRNA微阵列芯片分析技术,检测37例宣威地区非吸烟女性肺癌患者和32例非宣威地区非吸烟女性肺癌患者癌组织中的miRNA表达谱,应用实时荧光定量PCR(Q-PCR)对生物芯片分析结果进行验证。（2）实时荧光定量PCR检测16例宣威地区Ⅰ期非吸烟女性肺癌患者和宣威肺癌高发区14例良性病变女性血清中miRNA表达水平。用受试者特征曲线（ROC）来评价血清中miRNA作为诊断宣威地区早期非吸烟女性肺癌患者的敏感度和特异性。结果发现与相邻对应非癌肺组织相比癌组织中有31个miRNA表达存在差异,癌组织中表达差异最显著的miRNA通过实时荧光定量PCR证实。其中miR-21、miR-10a、miR-494、miR-22、miR-141及miR-200b在两组癌组织中的表达水平差异有统计学意义（P<0.05）,且均在16例宣威地区Ⅰ期非吸烟女性肺癌患者和14例良性病变女性血清中稳定表达,其中miR-494、miR-22和miR-200b在两血清中的表达量显著不同（P<0.01）。用其作为分子标志物筛查早期肺癌患者,其敏感度和特异性为85.26%和94.45%。结论从表达的稳定性、敏感度和特异性上看,miR-494、miR-22和miR-200b可作为早期诊断宣威地区非吸烟女性肺癌患者有潜力的小分子标志物。     

大鼠腹部手术应激后血清miRNA表达谱的差异分析

目的:应用miRNA芯片技术建立大鼠腹部手术应激后血清miRNA差异表达谱,从中发现与早期手术创伤后应激相关的miRNAs。方法:建立大鼠部分肝切除手术模型。检测手术前后大鼠血清中ALT、AST和CRP浓度水平及肝脏病理改变,评估腹部创伤后大鼠应激情况。采用miRNA表达谱芯片筛选手术前后大鼠血清中差异表达的miRNAs,并采用实时荧光定量RT-PCR(real-time RT-PCR)进行验证。采用生物信息学软件(MiRand和TargetScan)预测候选miRNA的靶基因。结果:血清miRNA表达谱出现明显改变,24个miRNAs在2/3部分肝切除术（PH）后24h大鼠血清中表达明显升高,特别是miR-9,其在2/3PH术后24h大鼠血清中的表达水平为术前的50多倍,real-time RT-PCR检测miR-9的结果与芯片结果相符。通过生物信息学预测,CDH1、E-cadherin、MTHFD2、PDYN、MCPIP1、BCL2L11、CMA1、Map3k1等可能是miR-9的靶基因。结论:腹部手术创伤后,大鼠血清表达谱发生明显变化,提示miRNA可能参与调控创伤后应激反应。