应用基因芯片分析妇科恶性肿瘤的基因表达

目的应用基因微矩阵芯片研究妇科恶性肿瘤相关基因表达.方法分别提取癌组织和正常对照组织mRNA,经反转录分别用Cy3-dCTP和Cy5-dCTP荧光标记cDNA,获得两组探针,混合后与基因芯片H40s(基因点数为4096点)杂交,经严格洗片后用GenePix4000B扫描仪进行扫描,获得荧光信号图像,用图像处理软件:GenePix Pro3.0对图像进行处理,获得两种组织中差异表达的基因信息.结果在4种癌组织中同时出现表达差异的基因有35条,占0.85%.其中4种癌组织中都下调表达的基因6条,没有均上调表达的基因,在前3种癌组织中都上调表达而在乳腺癌中却下调表达的基因12条,在前3种癌组织中都下调表达而在乳腺癌中却上调表达的基因12条,其它5条.结论 1.肿瘤的发生过程比我们已了解的要复杂的多,它是多种基因表达失衡的结果.每种肿瘤的每个患病个体其肿瘤的发生和发展都具有自己一系列独特的基因表达谱,即使是同一肿瘤的不同个体之间,基因表达谱可能差异也很大.2.子宫颈癌、乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌这四种癌组织中具有相同表达行为的基因只有6个,它们是:AB023136(编码人类蛋白 KIAA0919)、AF080158(丝氨酸、苏氨酸K激酶基因)、S79522(蛋白质合成延长因子EF-1基因)、NM_000984(核糖体蛋白基因)、M32110(细胞增殖核抗原蛋白P120基因)、NM_000978(核糖体蛋白RPL23)基因,并且均下调表达.3. 子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌基因表达谱的一致性较高,而与乳腺癌基因表达谱的差异很大,说明3种内生殖器肿瘤发生的机理与乳腺癌的发病机理可能完全不同,有12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中上调表达而在乳腺癌中下调表达;同时另外12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中下调表达而在乳腺癌中上调表达.4.基因芯片是筛查妇科恶性肿瘤相关基因表达的有力工具.     

人退变椎间盘组织的基因表达谱

目的：研究人类退变椎间盘的基因表达谱，分析人退变椎间盘基因表达水平的变化。方法：按条件优化的一步法抽提人退变及正常椎间盘组织的总RNA各3例，分别用cy3，cy5荧光标记，获得2组椎间盘cDNA的探针，与含有4096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片杂交，扫描芯片荧光信号图像，对所获得的基因进行生物信息学分析。结果：在4096条基因中，有差异表达的基因706条，358条基因表达量明显下降，298条基因表达量明显上升。在有差异表达的基因中，细胞凋亡相关类蛋白8条，其中上皮细胞膜蛋白(EMP-1)基因的表达上调明显。结论：退变椎间盘的基因表达发生变化，细胞凋亡增加可能是椎间盘退变发生和发展的因素之一。     

低剪应力作用下内皮细胞的基因差异表达及雌激素的干预作用

用含4096点的eDNA芯片研究单纯低剪应力（4．20dyne／cm^2，2h）作用下或生理浓度17β-雌二醇孵育48h后再经相同条件的低剪应力作用后内皮细胞基因的差异表达。结果发现：与未行剪应力处理的对照组相比，单纯低剪应力组共有108条基因（53条基因表达增加，55条基因表达下降）出现差异表达，约占芯片上基因总数的2．6％。其中抑癌基因、与脂质代谢的有关基因明显上调，而与应激反应、细胞的代谢的有关基因的表达则明显降低。先用雌激素孵育再行低剪应力处理的内皮细胞与未经任何处理的对照组比较，共有384条基因（226条基因表达增加，158条基因表达下降）出现差异表达，约占芯片基因总数的9．4％。在表达上调的基因中其转录产物涉及PGI2合成、单核／巨噬细胞的吞噬作用等；在表达下调的基因中其转录产物涉及纤维蛋白原的降解、原癌基因产物的生成等。     

限制片段差异显示聚合酶链反应建立人类疾病表达谱的研究

目的 用限制片段差异显示聚合酶链反应(restriclion fragment differential display-polymerase chain reaction，RFDD-PCR)技术建立基因表达谱，分析比较人类疾病表达谱差异的可行性。方法 采集乳腺癌根治术患者的乳腺癌组织、乳腺癌转移淋巴结及正常乳腺组织，用RFDD-PCR技术平行操作，获得3种组织全部转录物组片段。然后以7％尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行表达差异基因片段的分离、显示，结合http：//www．Qbiogene．com／display／数据库资料，进行生物信息学分析，初步筛选各组织问有表达差异的基因。结果 建立了乳腺癌组织、乳腺癌转移淋巴结及正常乳腺组织的基因表达谱，获得基因片段5407个，其中在癌组织和正常组织问有表达差异的片段为1491个，癌组织与转移淋巴结问的差异片段有1176个，而转移淋巴结与正常组织问的差异片段为1462个，分别占表达数的40．9％，33．9％，39．6％。这些差异片段涉及细胞增殖分化，信号转导，炎性反应，肿瘤转移等多方面功能。结论RFDD-PCR技术可以检测出大量表达基因，并同时比较3种或3种以上样本的表达差异，适用于人类疾病差异表达谱分析，筛选出疾病的候选基因。同时，还有可能找到新基因或新表达序列标签。     

先天性小耳畸形相关差异表达基因的初步研究

目的研究先天性小耳畸形的基因表达谱并验证差异表达基因。方法以我科收治的单侧先天性小耳畸形患者为研究对象,同一患者的残耳软骨组织为实验组,正常侧耳软骨组织为对照组。通过Agilent Arraystar Human Lnc RNA Microarray V3.0研究残耳和正常侧耳软骨组织基因表达谱的差异。通过实时定量PCR方法验证差异表达基因。结果先天性小耳畸形软骨组织中差异表达基因共553条,其中表达上调的基因120条(如FGFR2基因上调2.64倍),表达下调的基因433条(如ZNF44基因和Wdr82基因分别下调2.00倍和3.65倍)。这些差异表达基因涉及胚胎发育、肢体形成、骨骼发育及信号转导等生物学事件。q PCR结果显示,与对照组相比,实验组软骨组织中FGFR2(t=4.588,P0.01)基因表达上调,而ZNF44(t=5.398,P0.01)和Wdr82(t=5.519,P0.01)基因表达下调。与基因表达谱芯片结果一致。结论筛选了先天性小耳畸形的差异表达基因,FGFR2、ZNF44和Wdr82基因表达变化可能与先天性小耳畸形发病有关。     

胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用(英文)

目的：研究胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的构建及其在检测胰腺癌基因表达谱方面的应用。方法：有目的地筛选胰腺癌相关基因，采用合成后点样的方法将合成的寡核苷酸探针点于同型双功能偶联剂（APS-PDC）包被的基片上，制成寡核苷酸基因芯片。Trizol法抽提组织总RNA，并用Qiagen Rneasy kit 进一步纯化。在cDNA第1链合成过程中，通过反转录酶将CyDye标记核苷酸直接渗入到cDNA中制备荧光探针，其中用Cy3-dCTP标记胰腺癌组织，Cy5-dCTP标记正常胰腺组织。将荧光标记探针定量后与芯片杂交16-18 h。用Agilent 扫描仪进行扫描，Imagene3.0软件（Biodiscovery,Inc.）图像分析，计算2种荧光Cy3 与Cy5信号强度的比值。挑选差异基因CDC25B和TUSC3进行荧光定量PUR（Sybrgreen方法）验证，以B-actin基因为内参照基因，PCR产物的定量方法采用比较Ct法。结果：芯片杂交扫描图像信号清晰，具有较低的整体背景和较高的信噪比，各阳性质控点信号均匀一致，阴性质控点和空白点信号低。与正常组织相比，胰腺癌组织中差异表达基因24条，占全部基因的25.5%，其中上调基因17条（占18.1%），下调基因7条（占7.4%）。荧光定量PCR验证，CDC25B和TUSC3基因在胰腺癌中的表达分别为上调和下调，其表达趋势与芯片实验的结果一致。结论：制备的胰腺癌相关基因芯片，可同时、并行检测多种胰腺癌相关基因的表达改变，具有一定的特异性和灵敏性。胰腺癌组织与正常胰腺组织相比，基因表达谱具有明显的差异，为进一步研究胰腺癌的发病机理和早期诊断提供了有用的信息。     

糖尿病大鼠视网膜基因表达谱差异的初步分析

目的 建立大鼠正常视网膜和糖尿病8周视网膜基因表达谱，比较两者差异，初步分析糖尿病视网膜病变的相关基因。方法 通过限制片段差异显示 PCR（ restriction fragments differential display-PCR，RFDD-PCR）获得正常大鼠视网膜及8周糖尿病大鼠视网膜组织转录组片段。应用Fraent Analysis等软件，对差异片段进行生物信息学分析，初步确定糖尿病视网膜病变相关基因／表达序列标签（ expression sequence tag, Ksr）。结果 获得有意义的片段共3639个，有差异的片段840个，占表达数的23．08％。其中包括5个视觉传导相关基因，13个兴奋性神经递质受体基因和3个抑制性神经递质受体基因。糖尿病8周大鼠视网膜Rhodopsin kinase,β-arrestin,Phosducin, rod photoreceptor cGMP-gated channel 和 Rpe65的表达下调，离子型谷氨酸受体iGluR1-4下调，代谢性谷氨酸受体及γ-氨基丁酸受体各亚型则普遍上调，而甘氨酸受体表达无变化。结论 糖尿病8周大鼠神经视网膜已受到累及，其基因表达模式的改变，可能与糖尿病早期视功能损害有关。     

基因芯片筛选成釉细胞瘤差异表达基因的研究

目的： 用生物芯片技术筛选成釉细胞瘤相关基因。方法: 分别从人成釉细胞瘤和16周人类胚胎的牙胚组织中提取总RNA并纯化为mRNA，2种组织的mRNA分别逆转录合成有荧光分子标记的探针，然后与含有14 000种人类基因的芯片进行杂交，杂交信号用ScanArray4000 Standard Biochip Scanning System扫描仪扫描，结果用芯片图像分析软件（Genepix Pro3.0）进行分析。结果: 经过杂交筛选并与人类胚胎牙胚组织比较，从14 000个基因中筛选出差异表达基因722个，占5.0%，大于2倍的上调基因有240个（33.0%），其中有92个基因表达超过3倍；下调基因482个(67.0%)。结论: 运用基因表达谱芯片可以初步筛选出成釉细胞瘤相关基因。     

基因芯片筛选HepG2与HepG2.2.15细胞中的差异表达基因

目的 探讨HepG2细胞及HepG2.2.15细胞中差异表达的基因并对其基因表达谱进行生物学信息分析.方法 用Trizol一步法提取HepG2细胞及HepG2.2.15细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与基因芯片杂交;采用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为2倍的标准来确定差异表达基因.结果 在54614个基因表达谱的筛选中,发现有4462个基因表达水平显著上调,2592个基因表达水平显著下调.结论 HBV基因组及其表达产物对于肝细胞基因表达谱有显著影响,可能参与了肝癌的发生发展.     

利用基因芯片筛查大肠癌肿瘤相关基因

目的探讨大肠癌肿瘤相关基因的差异表达。方法采用含有8064个人类靶基因的基因表达谱芯片筛选大肠癌组织同正常大肠黏膜的差异表达基因,并用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对其中4条差异表达基因加以验证。结果大肠癌差异表达基因有1807条,发现上调表达的基因有936条,下调表达的基因有871条,其中癌基因及抑癌基因共57条。这57条基因中,36条基因表达上调．21条基因表达下调。结论大肠癌的发生发展与多个原癌基因及抑癌基因的差异表达有关。     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

应用基因芯片技术研究Graves病 (GD )和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达。分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将GD组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因。GD组和正常对照组之间共筛选出 80条差异表达基因 ,其中表达增加的基因有 31条 (2 0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 (0 5倍以下 )。基因表达谱芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感、高通量等特性。通过筛选所得差异基因提示GD的发病涉及细胞因子、受体信号转导等多个方面 ,为进一步阐明GD的发病机制提供新线索。     

常染色体显性多囊肾组织差异表达基因的初步研究

目的应用基因芯片技术及最新公共数据库，筛选常染色体显性多囊肾组织中差异表达的基因，对其进行功能分类，并对其中1条基因利用原位杂交技术进行验证。方法将代表8398条人类基因的PCR产物制成基因芯片。将等量的多囊肾组织和正常肾组织mRNA分别用Cy5、Cy3荧光标记，逆转录合成cDNA探针，混合后与上述基因芯片杂交。扫描杂交信号荧光强度，找出差异表达基因，对获得的基因进行分子生物信息学分析。并对其中的上调表达基因IGF1 mRNA进行原位杂交，验证基因芯片结果的准确性。结果（1）在进入研究的8398条基因中，共发现357条差异表达基因。94条基因在多囊肾组织中低表达，263条基因高表达；（2）上调表达基因主要属于原癌基因，细胞骨架蛋白和运动相关蛋白，凋亡相关蛋白，细胞信号和传递蛋白，细胞因子；下调表达基因主要属于抑癌基因，DNA结合、转录和转录因子，细胞信号和传递蛋白，参与代谢的基因；（3）IGF1 mRNA原位杂交结果与芯片结果一致。结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选差异表达基因；多囊肾病的发生、发展中存在着多种不同功能基因表达调控的改变。     

低剪应力作用下内皮细胞的基因差异表达

用含 4 0 96点的 c DNA芯片高通量、大范围、高效率地研究人脐静脉内皮细胞受剪应力 (4.2 0 dyne/cm2 ,2 h)作用后基因的表达情况 ,以期了解低剪应力短时间作用对脐静脉内皮细胞基因表达的影响。结果显示 :低剪应力作用内皮细胞后与未行剪应力处理的对照组比较 ,共有 10 8条基因 (5 3条基因表达增加 ,5 5条基因表达下降 )出现差异表达 ,约占芯片上基因总数的 0 .0 2 6 %。其中抑癌基因、与脂质代谢的有关基因明显上调 ,而与应激反应、细胞代谢的有关基因的表达则明显降低。本实验为寻找内皮细胞剪应力诱导表达的新基因提供了新的思路。     

慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞基因表达谱的研究

目的 分析慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞差异表达基因，探索慢性乙型肝炎形成的分子机制。方法 应用含14000条人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单个核细胞的标记cDNA，分析了10例慢性乙型肝炎患者和10例健康人基因表达谱。通过应用GenePix 4000B扫描仪和ImaGene3．0分析软件比较cy5标记的慢性乙型肝炎来源cDNA与Cy3标记的健康人来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果 在分析的14000条基因中，差异表达的基因有92条，占0．66％。其中51条基因表达水平显著上调，41条基因表达水平显著下调。这些差异表达的基因主要为细胞信号转导，细胞周期和代谢，凋亡及炎症相关类基因。结论 在乙型肝炎病毒致慢性乙型肝炎过程中，涉及到了众多基因的差异表达，为进一步阐明慢性乙型肝炎形成的分子机制提供基础。     

先兆子痫胎盘的基因表达谱研究

目的： 利用cDNA芯片分析先兆子痫胎盘中基因表达的变化情况,寻找新的先兆子痫相关基因。方法: 建立含12 000个与代谢、凋亡、细胞黏附、信号转导、转录因子等有关基因的cDNA表达谱芯片,将先兆子痫及正常胎盘mRNA与cDNA芯片进行杂交,得到先兆子痫的基因表达谱;对部分差异表达基因进行Northern验证。结果: 在4例先兆子痫胎盘组织中发现均有差异表达的基因44个,其中表达上调有30个,表达下调有14个,Northern杂交鉴定的结果与芯片结果相符合。结论: 重度妊娠高血压疾病的基因表达谱存在明显差异,差异的基因可能涉及信号转导、细胞代谢、炎性细胞因子等方面,这些基因可能与妊娠高血压病的发病相关。     

Lovastatin对肝癌HepG2细胞作用后基因差异表达的初步研究

目的： 用cDNA芯片观察lovastatin作用前后HepG2细胞的差异表达基因。 方法： 20 μmol/L的lovastatin作用于HepG2细胞18 h，各提取实验组与对照组细胞总RNA，用cDNA直接标记法制备探针，进行杂交，杂交信号经扫描后，用软件分析基因表达情况。应用RT-PCR验证部分差异表达基因。 结果： Lovastatin作用后表达上调的基因有30个，表达下调的基因有11个，涉及信号转导、肿瘤免疫、细胞周期等方面，RT-PCR结果符合基因芯片结果。 结论： 用基因芯片筛选出的lovastatin作用后的肝癌细胞差异表达基因为深入研究他汀类药物的抗肿瘤机制提供重要的理论依据。     

应用基因芯片筛选人肝癌、肝硬化及正常肝组织中差异表达的基因

目的探讨肝细胞癌、肝硬化及正常肝组织中差异表达的基因并对其进行生物学信息分析。方法用Trizol一步法提取肝癌组织、肝硬化组织及正常肝组织的总RNA。并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/cy5)标记的cDNA探针,与含有4096个基因的芯片杂交;用Gene Pix Pro3.0图像分析软件分析肝硬化组织与正常肝组织,肝癌组织与正常肝组织的基因表达情况。结果与肝癌关系密切的基因有141条,许多与细胞周期和信号转导方面有关,如MCM7、YWHAH等。其中23条与在肝硬化组织中的表达趋势相同。与正常肝组织比较,有2条基因在癌组织中下调而在肝硬化组织中上调,均属于金属硫蛋白基因家族成员。结论在肝癌的发生、发展中,抑癌基因的失活、代谢相关酶类基因活性的异常及促使细胞进入增殖周期的相关基因的活化等因素发挥了重要的作用。系统的研究这些基因将有望发现新的早期诊断指标,为建立个体化治疗方案和预后评估系统提供帮助。