分子分型方法在结核病流行病学研究中的应用

结核杆菌基因分型是近年来结核病（TB）研究的热点,已广泛应用于TB流行病学研究的各个领域,包括证实可疑的TB爆发、研究TB传播动力学、证实或发现实验室交叉污染、区分复燃与外源性再感染、研究耐药菌株的传播等方面.本文就分子分型技术在TB流行病学中的应用进行综述.     

霍乱弧菌毒力相关基因检测分析

目的:对霍乱弧菌临床及外环境分离株进行毒力相关基因检测,以了解其毒力相关基因的携带情况.方法:采用PCR方法对霍乱弧菌进行6种毒力相关基因的检测.结果:所有检测的霍乱弧菌rtxA均为阳性,具有3种毒力基因型.结论:毒力相关基因检测能反映不同类型菌株间的分子特征,对于霍乱的分子流行病学研究及预防控制具有重要意义.     

分子分型方法在结核病流行病学研究中的应用

结核杆菌基因分型是近年来结核病(TB)研究的热点,已广泛应用于TB流行病学研究的各个领域,包括证实可疑的TB爆发、研究TB传播动力学、证实或发现实验室交叉污染、区分复燃与外源性再感染、研究耐药菌株的传播等方面。本文就分子分型技术在TB流行病学中的应用进行综述。     

对应分析在分子流行病学基因分型中的应用

目的为了进一步了解分子流行病学基因分型及不同的生物表型之间的关系.方法运用对应分析方法对微生物4种不同的耐药生物表型及3种不同的基因分型进行分析.结果通过对应分析得到R型及Q型因子的载荷矩阵,并在二维图形中显示出表型与基因分型之间的相互关系,发现了不同的基因分型有相对应的表型.结论对应分析是主成分分析和因子分析的进一步扩展,可以在低维度空间直观体现行变量与列变量的关系,能够在分子流行病学基因分型研究中运用.     

TaqMan荧光定量PCR技术快速检测霍乱弧菌方法的建立

目的：建立特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量PCR方法用于快速检测霍乱弧菌。方法：根据GenBank上的霍乱毒素（cholera toxin，CT）基因序列，在其保守区域设计特异性引物与TaqMan探针，并对荧光定量PCR体系与反应条件进行优化，同时验证方法的特异性、敏感性和重复性。结果：本方法对霍乱弧菌的检测具有高度特异性，与副溶血性弧菌、沙门菌、志贺菌、变形杆菌、大肠埃希菌、蜡样芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌等均无交叉反应；检测灵敏度达10cfu／ml；反应体系具有很高的稳定性；整个操作过程仅需2h。结论：本研究建立的TaqMan荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速．适用于霍乱弧菌的日常监测和爆发疫情的应急诊断。     

结核杆菌基因分型方法及其应用

近几年来，随着基因分子生物学技术在结核杆菌研究中的广泛应用，人们不仅可以从基因水平进行快速检测，还能够利用基因的分型技术区分不同的菌株，本文就结核杆菌的基因分型方法及其应用的研究进展作了一综述。     

结核杆菌基因分型方法及其应用

近几年来,随着基因分子生物学技术在结核杆菌研究中的广泛应用,人们不仅可以从基因水平进行快速检测,还能够利用基因分型技术区分不同的菌株。本文就结核杆菌的基因分型方法及其应用的研究进展作一综述。     

O139群霍乱弧菌16S rRNA基因分型分析

[目的]研究北京市O139群霍乱弧菌的分子生物学特征。[方法]对北京市1998～2000年的30株O139群霍乱弧菌进行PCR霍乱肠毒素（CT）基因检测,以16SrRNA为探针对菌株DNA进行Southern杂交后对图谱进行核糖体基因（RT）分型分析。[结果]对30株霍乱弧菌RT图谱进行分析,共存在5种16SrRNA核糖体基因型,其中CT阳性的O139群霍乱弧菌为RT1型,CT阴性的O139群霍乱弧菌为RT2-RT5型。[结论]北京市不同年份的O139群霍乱弧菌CT阳性菌株核糖体基因型较为单一,CT阴性菌株基因型具有明显的多样性。提示北京市O139群霍乱弧菌CT阳性菌株和CT阴性菌株遗传发生上相距较远。     

实时荧光定量PCR检测0139群霍乱弧菌研究

目的:利用荧光定量PCR技术,建立一种快速、准确、特异检测0139群霍乱弧菌的定量方法.方法:选取0139群霍乱弧菌糖基转移酶基因(LPSgt)作为检测的靶基因,设计引物和TaqMan探针,探针的两端均进行荧光标记.对PcR扩增体系进行优化,进一步评价实时荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度、重复性后,对收集的临床样本进行鉴定.结果:本文所建立的实时荧光定量PCR方法可准确、特异的检测和鉴定0139群霍乱弧菌,其他菌株均无阳性结果产生;该方法的灵敏度可达到10 cfu/ml;定量检测的批间和批内的变异系数均小于5%;对85例临床样本进行评价,结果获得9例0139群霍乱弧菌阳性,与常规培养法结果完全一致.结论:本文建立的检测0139群霍乱弧菌实时荧光定量PCR方法快速、准确,结果可靠,实用性强,可对结果进行定量分析,为0139群霍乱弧菌的实验室诊断和现场流行病学调查提供了较好的分析手段.     

细菌分子生物学分型技术及其应用评价

随着对细菌感染研究的日益深入 ,传统的细菌鉴定技术已不能很好地满足医院感染的诊断和流行病学调查的需要 ,从型、亚型、株甚至分子水平上去认识细菌变得愈来愈重要了 ,近年来分子生物学的理论和技术在细菌感染诊断中的渗透和广泛应用使得细菌鉴定、耐药基因的检测、分子流行病学的调查变得更加准确、简洁和快速。现将常用的基因分型技术的方法介绍如下。1　方法原理1·1　染色体ＤＮＡ的脉冲场凝胶电泳　从 1984年Ｓｃｈｗａｒｔｚ和Ｃａｎｔｏｒ首先报道了用脉冲场凝胶电脉分离酵母染色体获得成功以来 ,ＰＦＧＥ以其重复性好 ,分辨力强而…     

表型和分子分型技术在霍乱弧菌研究中的应用

目的分析1999～2005年广州地区O1群和O139群霍乱弧菌代表菌株的致病基因型和PFGE型别,确定霍乱菌株的分子流行病学特征和同源性,研究本地霍乱弧菌的分子特性。方法采用多重PCR方法检测霍乱弧菌的4种致病相关基因,采用限制性内切酶Not I,以脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,采用分型处理软件BioNumerics Version对PFGE图谱做聚类分析。结果本地霍乱弧菌代表株中存在3种致病基因型(A、B、C型),病例分离的霍乱弧菌多为A型基因,而环境分离的霍乱弧菌则多为C型和B型。总共96株霍乱弧菌分为60个不同的PFGE型,带型范围:8 kb-650 kb。相同或相近的PFGE型(相差1～3条带)存在于多次霍乱暴发疫情分离株中、环境分离霍乱与临床株之间、输入病例与本地病例分离霍乱弧菌间,不同的PFGE克隆型(4～6带及以上)的流行病学联系也较远。结论将致病基因分型、PFGE型与流行病学资料结合,揭示了本地霍乱菌株从受污染的珠江水及水产品传递给人并引起霍乱暴发、散发的特征,提示开展霍乱菌株PFGE分子分型监测及加强地区间合作的必要性和急迫性。     

分子生物学技术在霍乱流行病学中的应用

霍乱分子流行病学主要研究手段包括生物（群）体间遗传距离的计算、蛋白质研究、酶学方法和核酸分析方法。其中核酸分析方法是应用最早最广泛的技术手段之一，常用的有质粒DNA图谱和染色体DNA酶切图谱，分子杂交技术，PCR技术等。本文就国内外分子生物学技术在霍乱流行病学中的研究进展概述如下，供同行们参考。1用于传染来源分析用分子生物学和流行病学相结合的方法追朔霍乱传染来源，是霍乱防治研究取得重大进展的标志。1982年Kaper等根据霍乱毒素（CT）与大肠杆菌不耐热肠毒素（LT）有70％～80％同源性，用LT基因片段制成探针，将…     

结核分枝杆菌流行病学研究中基因分型的方法

限制性片段长度多态性(IS6110-RFLP)是结核分枝杆菌(MTB)基因分型的金标准,该方法分辨力高,但操作非常复杂和结果分析困难,因而出现了多种PCR基础的替代方法,如混合接头PCR、间隔区寡聚核苷酸分型(spoligotyping)、随机扩增多态性DNA(RAPD)和数目可变的串联重复序列和结核分枝杆菌散在分布重复单位(VNTR-MIRU)等。但除近来出现的MIRU-VNTR方法外,分辨力均不够强,上述两种或多种PCR方法联合可获得高的分辨力。     

结核分枝杆菌流行病学研究中基因分型的方法

限制性片段长度多态性 (IS6110-RFLP)是结核分枝杆菌(MTB)基因分型的金标准,该方法分辨力高,但操作非常复杂和结果分析困难,因而出现了多种PCR 基础的替代方法,如混合接头PCR、间隔区寡聚核苷酸分型(spoligotyping)、随机扩增多态性DNA( RAPD)和数目可变的串联重复序列和结核分枝杆菌散在分布重复单位(VNTR-MIRU)等.但除近来出现的 MIRU-VNTR 方法外,分辨力均不够强,上述两种或多种 PCR 方法联合可获得高的分辨力.     

青海省2004年人间鼠疫分离株基因分型及流行病学意义

目的探讨鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因分型在鼠疫暴发中的流行病学意义.方法根据已经证实的23个差异区段设计引物,对2004年青海省人间鼠疫流行期间分离到的13株鼠疫菌进行PCR扩增.结果13株鼠疫菌可分为4个基因组型,即Genomovar 8、10、15和16.其中囊谦的8株菌全部为Genomovar 10;乌兰的2株菌分别为Genomovar 8和15;祁连、曲麻莱、称多的3株鼠疫菌的基因组型均为Genomovar 16.结论鼠疫菌基因分型是鼠疫疫情暴发流行病学调查的有力工具.     

广西埃尔托霍乱的地理流行病学研究及其应用

课题来源:广西壮族自治区卫生厅计划课题(编号:9321)研究起至时间:1993年5月～1999年12月成果登记号:200155052项目负责人:董柏青完成单位:广西壮族自治区卫生防疫站(现广西疾病预防控制中心)协作单位:广西北海市卫生防疫站和广西桂林市卫生防疫站等45个单位主要完成人员:董柏青,唐振柱,林玫,李翠云,张理亭,廖和壮,陈发钦,王鸣柳,黄文波,陈娜萦等获得情况:2001年首届中华医学科技二等奖,2001年广西科学技术进步二等奖内容提要:运用地理环境学、数理统计学、霍乱病原学和描述性流行病学系统、全面阐明广西39年霍乱流行的地区分布特征、流行规…     

MIRU基因分型技术在结核病分子流行病学中的研究进展

<正>结核病是严重危害人类健康的传染病,全球有近30%的人口感染结核分枝杆菌。结核病具有潜伏感染的特点,传统的流行病学方法不能有效地揭示其传播规律。随着分子生物学研究的发展,分子生物学与流行病学相结合的分子流行病学应运而生,广     

军团菌分子分型方法在流行病学调查中的应用

军团病主要由嗜肺军团菌引起.在军团病暴发流行时,进行分离株的种型鉴定以及环境和患者样本分离株之间的关联性分析,对于追查传染源、准确诊断军团病、预防和控制军团菌感染有重要意义.由于传统的细菌培养和血清分型鉴定已不能满足流行病学调查研究的需要,分子分型技术的应用成为相关研究热点.文章对目前军团菌的几种常用分子分型技术(SBT、AFLP、PFGE、Ribotyping、脂肪酸分型)的原理、特点、分辨能力、重复性及应用情况作了综述.     

细菌基因分型技术及其在医院感染中的应用

近年来 ,分子生物学的理论和技术在实验诊断中的渗透和广泛应用 ,使得细菌鉴定、耐药基因的检测、分子流行病学的调查变得更加准确、简洁和快速。各种细菌基因分型技术逐渐成为临床上监测和鉴定细菌的主要手段[1,2 ] ,它在判定医院感染的暴发、确定感染的病原菌、寻找感染源以及识别一些特殊的致病菌等有着重要的作用 ,本研究对这些基因分型技术的方法及其在医院感染监测中的应用作简要综述。1　基因分型方法1 1　质粒分析 (plasmidanalysis) 　这是最早的细菌基因分型技术 ,主要应用于流行病学调查[3 ] 。其方法是提取细菌中的质粒 ,并经琼…