基于网络药理学探讨温肾宣痹方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨温肾宣痹方治疗膝骨关节炎的作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得温肾宣痹方的相关活性成分以及靶点,从GeneCards数据库、人类基因及遗传疾病在线目录(OMIM)数据库获取与膝骨关节炎相关的靶点,两者的交集即为温肾宣痹方-膝骨关节炎疾病交集靶点;筛选核心靶点基因,使...     

基于网络药理学研究大川芎方治疗偏头痛的作用机制

目的 研究大川芎方治疗偏头痛的分子作用机制。方法 结合文献挖掘、分子对接和网络分析研究大川芎方中化合物群与偏头痛相关靶蛋白的相互作用。结果 分子对接发现大川芎中有38个活性成分,且大部分具有较好的口服生物利用度和良好的脑内暴露量,进一步网络分析发现senkyunolide M,riligustilide,levistolide A,chuanxiongterpene等16个化合物为其主要活性成分,可通过与CGRP、p38、TNF-α、iGluR5、NOS等18个靶蛋白作用,抑制神经源性炎症和神经递质的产生,降低源自三叉神经的感受器对伤害性信息的超敏化,并对抗皮层扩布性抑制,从而发挥治疗偏头痛的作用。结论 通过网络分析明确了大川芎方治疗偏头痛的分子作用机制,诠释了其科学内涵,有助于推动后续相应制剂的药效物质基础研究和分子机制实验研究。      

基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于网络药理学的健脾消积方治疗肝癌的作用机制研究

目的:运用网络药理学的方法探讨健脾消积方治疗肝癌的作用机制.方法:利用TCMSP数据库搜集健脾消积方的成分和靶点,OncoDB.HCC数据库和Livercome数据库收集肝癌的靶点,将共有靶点导入String数据库做蛋白质相互作用(PPI)网络分析,采用Cytoscape制作"化合物—靶点"网络图和"成分—关键靶点—通...     

基于网络药理学研究黑豆方主要药物治疗湿疹的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究黑豆方主要药物治疗湿疹的作用机制.方法 通过相关网络数据库(中药系统药理学数据库与分析平台、药物靶标数据库、GeneCards、在线人类孟德尔遗传综合数据库)获得药物成分及对应靶点、疾病相关基因,通过软件构建网络关系并进行相关的生物信息学分析,探究黑豆方主要药物(黑豆、马齿苋、地骨皮、黄柏、...     

基于网络药理学研究肾衰方治疗CKD心肌损伤的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法,预测肾衰方慢性肾病(chronic kidney disease, CKD)心肌损伤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库、Herb本草组鉴数据库(http://herb.ac.cn/)和SWISS Target prediction数据库筛选活性成分靶点信息,然后通过Uniprot数据库筛选出人类靶点和规范基因名;使用Cytoscape 3.7.2软件作药物-有效成分-靶点网络图;选用GeneCards数据库收集疾病相关靶点;利用Venny 2.1建立“肾衰方”抗CKD心肌损伤的基因靶点数据库;利用String数据库构建主要成分靶点互作网络并筛选关键靶点;然后导入Cytoscape 3.7.2软件进行拓扑分析和构建PPI网络图,最后用DAVID平台进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)通路富集分析(P<0.05)和Gene Ontology(GO)生物学功能注释。结果 经过筛选,肾衰方活性化合物为252个;肾衰方与CKD心肌损伤共同靶点649个,其中AKT1、TNF、MAPK3、...     

基于网络药理学的黄芪抗心力衰竭作用机制

目的 基于网络药理学研究黄芪抗心力衰竭的作用机制。方法 采用活性成分筛选与靶点预测技术,结合生物信息学手段,预测黄芪抗心力衰竭的潜在作用靶点,并进行信号通路分析,从而探讨其治疗心力衰竭的分子机制。结果 在TCMSP数据中搜索筛选得到20个相应黄芪化学成分,同时利用靶点预测技术共筛选出相关靶点121个。同时在疾病基因数据库检索得到10 962个与心力衰竭发生、发展有关的已知靶点基因,利用string数据库和Cytoscape软件中的网络拓扑分析共筛选获取关键靶点8个。GO富集分析显示,黄芪可通过参与细胞能量代谢、血管内环境变化、神经活性配受体作用、激素活性等10个生物功能的PI3K/AKT、p38丝裂原活化蛋白激酶(p38MAPK)和MAPK/NF-κB等10条关键信号通路发挥抗心力衰竭的作用。结论 中药黄芪抗心力衰竭的作用具有多成分、多靶点、协同作用的特点。     

基于网络药理学慈丹胶囊抗肝癌作用机制研究

目的 构建慈丹胶囊活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能以及通路进行分析,探讨慈丹胶囊抗肝癌作用机制。方法 通过TCMSP数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)挖掘获取慈丹胶囊中丹参、当归、黄芪、莪术、鸦胆子、马钱子、冰片、牛黄、山慈菇的主要活性成分。利用GeneCard数据库(http://www.genecards.org/)和OMIM数据库 (Online Mendelian Inheritance in Man,http://www.omim.org/)预测和筛选慈丹胶囊活性成分对应靶点中与肝细胞癌相关靶点。采用Cytoscape构建活性成分-作用靶点网络,采用String数据库(http://string-db.org/)和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络。采用DAVID数据库(The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery,https://david.ncifcrf.gov/)对靶点进行GO (Gene ontology) 及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes )通路分析。结果 筛选得到慈丹胶囊活性成分24个,共得100个作用靶点。网络分析结果表明,慈丹胶囊主要涉及细胞过程、生物调控、代谢过程、对化学刺激反应等生物过程。靶点通路分析结果显示,慈丹胶囊抗肝癌作用的靶点主要涉及TNF、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。结论 慈丹胶囊抗肝癌作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节TNF、PI3K-Akt、MAPK等相关通路发挥作用。     

补肾强骨方治疗多发性骨髓瘤临床观察

目的观察补肾强骨方对多发性骨髓瘤(MM)巨噬细胞移动抑制因子(MIF)的骨髓影响及临床疗效,为临床推广应用提供依据。方法选择符合纳入标准的多发性骨髓瘤患者30例,随机分为2组,治疗组用补肾强骨方联合VAD化疗方案,对照组用沙利度胺联合VAD化疗方案,观察治疗前后患者血浆MIF水平、血红蛋白、血清M蛋白、骨髓浆细胞比例、血清钙、血β2微球蛋白(β2-MG)、乳酸脱氢酶(LDH)、C-反应蛋白(CRP)指标变化,并统计临床疗效,分析不良反应。结果治疗组、对照组治疗前后血浆MIF水平、血红蛋白、M蛋白、骨髓浆细胞比例、CRP比较,具有统计学意义,P0.01;血β2-MG比较,具有统计学意义,P0.05;血钙、血LDH比较,无统计学意义,P0.05。治疗组总有效率达86.66%,对照组总有效率达80%,经Ridit统计分析,无明显差异,P0.05。治疗过程中便秘、嗜睡、浮肿、外周神经病变的2组比较,有统计学意义,P0.05。结论补肾强骨方治疗MM疗效与沙利度胺相似,可以降低血浆MIF水平,提升血红蛋白,降低M蛋白、浆细胞比例、血β2-MG、CRP,且不良反应明显减少。表明补肾强骨方对MM治疗具有一定优势,可抑制MM血浆MIF的高表达、抑制血管新生。     

基于网络药理学的荔枝核抗肝纤维化作用机制研究

目的 运用网络药理学探讨荔枝核抗肝纤维化的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索荔枝核的有效活性成分,采用Perl软件对荔枝核有效成分的作用靶点进行预测。通过GeneCards?和OMIM?数据库获取肝纤维化相关靶点,将其与荔枝核有效成分的作用靶点取交集,得到荔枝核-肝纤维化靶点。利用CytoScape软件构建“中药-活性成分-基因靶点-疾病”网络。针对荔枝核-肝纤维化靶点,构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心基因,同时进行功能富集分析和通路富集分析。结果 (1)筛选得到8个荔枝核有效活性成分、87个有效活性成分的作用靶点、6 899个肝纤维化相关靶点,通过取交集得到79个荔枝核-肝纤维化靶点。(2)“中药-活性成分-基因靶点-疾病”网络提示荔枝核主要通过6种有效活性成分(甘露醇、β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、表儿茶素、槲皮素)作用于荔枝核-肝纤维化靶点发挥作用。(3)PPI网络共筛选出的30个核心基因。(4)荔枝核-肝纤维化靶点共参与101个生物学过程,涉及74条信号通路。结论 荔枝核可能通过甘露醇、β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、表儿茶素、槲皮素等有效活性成分,...     

基于网络药理学的续断抗骨质疏松分子作用机制研究

目的：基于网络药理学探讨续断治疗骨质疏松症（osteoporosis,OP）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）,以药代动力学特征为标准获取续断的活性成分,并预测相关活性成分的作用靶点;与GeneCards和DisGeNET数据库获取的骨质疏松疾病靶点映射,筛选续断治疗OP的潜在靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建中药?活性成分?疾病?靶标调控网络和潜在靶点间的蛋白互作网络。同时通过Enrichr在线工具进行潜在靶点的GO分析以及KEGG通路富集分析。最后通过AutoDock Vina软件将续断活性成分与重要的靶蛋白进行分子对接验证。结果：共获得续断活性化合物8个,根据靶点预测技术预测出相关靶点53个,与疾病靶点映射得续断?OP疾病交集靶点14个。富集分析显示续断可通过多条主流信号通路及细胞代谢过程调控OP的发生发展。分子对接实验证实续断的活性成分和靶标之间具有良好的结合能力。结论：续断除了通过直接作用骨代谢相关途径,还参与调控上下游多条信号通路,从而干预OP的进展。     

麦门冬汤抗肺纤维化作用机制的网络药理学研究

目的:采用网络药理学方法探讨麦门冬汤治疗肺纤维化的潜在作用机制.方法:通过中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中医药百科全书数据库(ETCM)获取麦门冬汤的化学成分和潜在作用靶点;通过治疗靶点数据库(TTD)、人类的非线性孟德尔遗传数据库(OMIM)、DRUGBANK数据库获取肺纤维化相关的作用靶...     

基于网络药理学探讨清肠化湿方治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨清肠化湿方治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用靶点与信号通路,从而解释其治疗湿热型UC的分子作用机制.方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选清肠化湿方的潜在活性成分(OB≥30％,DL≥0.18)及作用靶点.利用Cytoscape软件,通过TCMS...     

基于网络药理学的左金丸治疗胃癌作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨左金丸治疗胃癌的作用机制。方法利用TCMSP数据库获得左金丸所含中药的化学成分及对应作用靶点基因,检索GeneCards和OMIM数据库获得疾病胃癌相关靶点基因,然后取两者的交集,得到左金丸作用于胃癌的预测靶基因;利用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸化合物-作用靶点-疾病三者相互关系网络,采用STRING数据库对左金丸作用于胃癌的预测靶基因进行蛋白互作网络分析,利用Cytoscape3.7.1软件的插件cytohubba筛选出关键靶基因,并利用ONCOMINE数据库分析关键靶基因在胃癌中的表达情况;利用在线工具DAVID进行GO功能富集分析并利用Cytoscape3.7.1软件的ClueGO插件进行KEGG通路富集分析。结果共筛选出左金丸作用于胃癌的预测靶基因68个,关键靶基因15个,这些关键基因在ONCOMINE数据库的胃癌样本和正常样本中的表达存在显著性差异。GO功能富集分析显示,左金丸作用于胃癌的预测靶基因主要涉及对有机物质的反应、细胞凋亡的负调控、细胞程序性死亡的负调控等生物过程;KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、p53信号通路、VEGF信号通路等。结论本研究初步揭示了左金丸治疗胃癌的主要作用靶点及多靶点、多维调控、协同作用、整体调节的作用机制,可为后续进一步深入研究其作用机制提供参考。     

基于网络药理学的宫外孕Ⅰ号方治疗异位妊娠的作用机制研究

目的 利用网络药理学方法研究宫外孕Ⅰ号方对异位妊娠治疗靶点的作用.方法 基于中药系统药理学数据库和分析平台,同时参考中国知网、维普、万方网站2015年1月至2020年1月有关文献中已知宫外孕Ⅰ号方有效活性成分,最终筛选出该方的活性成分.获取所有中药成分以后,以口服生物利用度及类药性作为筛选条件,将上述活性成分通过Uni...     

基于网络药理学熟地黄治疗帕金森病的作用机制研究

目的基于网络药理学探讨熟地黄治疗帕金森病的作用机制。方法在中药系统药理学数据库与分析平台筛选熟地黄的有效成分,通过UniProt数据库筛选中药作用靶点。在GeneCards数据库和OMIM数据库中检索帕金森病的疾病靶点。将帕金森病相关靶点和熟地黄作用靶点取交集,得到中药-疾病靶点,并绘制韦恩图。构建中药-成分-疾病-靶点调控网络,并建立中药-疾病靶点蛋白相互作用网络、筛选核心基因。对核心靶点进行生物功能和通路分析。结果共获得有效活性成分2个(β-谷甾醇和豆甾醇)和中药靶点26个。获得帕金森病相关靶点7 058个,取交集后得到19个中药-疾病靶点。中药-有效成分-疾病-靶点调控网络显示熟地黄主要通过豆甾醇作用于19个帕金森病的疾病靶点。熟地黄治疗帕金森病的核心基因可能为MAOA、ADRA1B、ADRA1A、MAOB、SLC6A2等。核心靶点涉及65条生物过程,主要包括G蛋白偶联胺受体活性、肾上腺素能受体活性、儿茶酚胺结合、G蛋白偶联神经递质受体活性、神经递质受体活性、乙酰胆碱受体活性、G蛋白偶联、5-羟色胺受体活性等。核心靶点共涉及27条通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用通路、钙信...     

基于网络药理学的清胰化积方治疗胰腺癌的作用机制研究

目的：通过网络药理学研究预测清胰化积方(QYHJ)主要成分作用的靶点,探讨其MAPK信号通路治疗胰腺癌上皮间质化转移的作用机制并选取AMPK信号通路进行动物模型验证。方法：采用BATMAN-TCM数据库查找QYHJ中的主要有效单体及其靶基因,并对QYHJ治疗组与对照组裸鼠肿瘤组织基因测序筛选胰腺癌表达差异基因,经Venn分析筛选靶标基因并对靶标基因KEGG通路分析,构建功能成分治疗胰腺癌的调控机制网络图。结果：共获得QYHJ潜在的7个有效成分,预测成分作用靶标共963个;胰腺癌小鼠肿瘤组织(QYHJ实验组Vs对照组)基因测序得到6039个差异基因。经Venn分析,筛选248个共靶标基因。KEGG通路富集分析发现QYHJ 治疗胰腺癌的作用机制可能与MAPK,FoxO,cAMP,cGMP-PKG等信号通路有关。进一步通过动物模型验证,QYHJ治疗组相比于对照组,MAP2K1(MEK1),MAPK3(ERK),MAP2K3(MKK3)和MAPK13(p38)表达抑制,RNA测序表明MAPK 信号通路参与主要调节,验证了网络药理学的部分预测结果。结论：QYHJ治疗胰腺癌的作用机制与AMPK信号通路有关,MAP2K1(MEK1)、MAPK3(ERK)、MAP2K3(MKK3)和MAPK13(p38)可作为QYHJ治疗胰腺癌过程中的潜在预后因子。     

基于网络药理学方法研究东北桤木的抗弓形虫作用机制

[目的]基于网络药理学方法探讨东北桤木的抗弓形虫作用机制.[方法]检索PubChem数据库获得东北桤木中的化合物分子结构(以smiles格式存储),在Digenet、GeneCards和Drugbank数据中进行筛选得到抗弓形虫的靶点;通过建立药物靶基因与疾病靶点venny图寻找共同基因靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物成分-靶标-疾病网络图,采用网络分析仪分析东北桤木的主要活性成分.[结果]东北桤木中的黄酮类成分与弓形虫多个靶点相关;AKT1、EGFR、JUN、STAT3及TLR4等是蛋白质相互作用网络中的关键靶标;与弓形虫相关的通路有NF-κB、Toll样受体及JAK-STAT信号传导等.[结论]东北桤木的多个活性成分可通过多靶点、多通路起到抗弓形虫作用.     

基于网络药理学研究龙藤通络方治疗化疗致周围神经病变的作用机制

目的 运用网络药理学探讨龙藤通络方治疗化疗致周围神经病变(Chemotherapy-induced Peripheral Neuropathy,CIPN)的作用机制.方法 运用TCMSP和UniProt数据库获取药物的活性成分和作用靶点,借助人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、T...