基于生物信息学的结肠癌核心基因筛选及验证

目的:利用生物信息学方法筛选结肠癌核心基因,并通过体外实验进行验证,挖掘潜在的结肠癌分子标志物.方法:从GEO数据库下载GSE23878、GSE37182和GSE74602数据集,应用R语言筛选结肠癌和癌旁组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs进行GO...     

基于GEO数据库研究结肠癌的生物标志物

目的:通过生物信息学筛选出结肠癌中的关键基因,为结肠癌分子生物研究及早期诊断相关生物标志物筛选提供理论依据。方法:从GEO数据库中选择编号为GSE10950、GSE74602和GSE110224的基因芯片,利用R语言下载评估芯片质量,对样本进行规范化处理并筛选出差异基因(DEG),通过TCGA下载结肠癌的表达数据,验证DEG的准确性,通过DAVID在线网站对DEG进行GO分析和KEGG富集分析,通过STRING在线网站得到DEG的蛋白互作网络,利用Cytoscape软件筛选出枢纽基因(hub基因),Oncomine数据库从基因层面验证hub基因的表达,cBioPortal数据库分析hub基因在结肠癌中的突变情况,最后通过UALCAN及TCGA数据库评估hub基因在结肠癌诊断方面的价值。结果:通过GEO数据库共筛选出结肠癌132个DEG,经TCGA数据库验证后最终得到131个DEG,其中表达下调DEG 78个,表达上调DEG 53个,通过STRING、Cytoscape筛选出10个hub基因,选取排名靠前的DTL等4个hub基因进一步分析,最终证明了DTL、CCNA2、BUB1、KIF23基因在结肠癌中的高表达并可能作为早期诊断结肠癌的标志物。结论:通过生物信息学分析研究筛选出结肠癌的关键基因,并证明蛋白编码基因DTL、CCNA2、BUB1、KIF23有可能作为早期诊断结肠癌的生物标志物。     

5-氟尿嘧啶介导氧化应激治疗结肠癌的关键基因筛选

目的 探究5-氟尿嘧啶(5-FU)介导氧化应激治疗结肠癌的关键基因。方法 从GSE193865和GSE164742数据集中筛选5-FU介导氧化应激治疗结肠癌的共同差异基因(DEGs),并对共同DEGs进行功能富集,构建PPI网络筛选关键基因。基于TCGA数据集和GSE164742数据集,分析关键基因在结肠癌中的表达、相关性及其与预后的关系。利用分子对接实验验证5-FU对关键基因的靶向作用。结果 筛选出29个共同DEGs;这29个基因在功能上与P53信号通路、细胞周期等6条信号通路和有丝分裂细胞周期过程、微管等10项功能有关。PPI网络分析筛选得到7个关键基因(AURKA、CDCA8、CCNB1、KIF14、SPAG5、BUB1B和KIF20A);这7个关键基因均在结肠癌中高表达,且5-FU可显著抑制结肠癌细胞中这7个关键基因的高表达(均P<0.05);在TCGA和GSE193865数据集中这7个关键基因的表达之间均具有较好的相关性(r>0.6,均P<0.05)。这7个关键基因的高表达与结肠癌患者总体生存不良密切相关(Logrank P<0.05)。5-FU与这7...     

基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物

目的 基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物。方法 利用基因表达汇编数据库下载结肠癌芯片数据集GSE25070和GSE115313,获取结肠癌组织样本43例、正常结肠组织样本44例,筛选出两个芯片数据集的共同差异基因。构建共同差异基因的蛋白互作网络,采用基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析功能和通路。从癌症基因组图谱数据库获取结肠癌组织样本454例,利用R软件对共同差异基因表达水平与结肠癌患者预后的关系作整体分析,筛选出可能的结肠癌预后相关生物标志物。绘制Kaplan-Meier生存曲线比较各个基因高、低表达组患者生存率,采用单因素Cox回归分析结肠癌患者预后的影响因素,以验证结肠癌预后相关生物标志物。结果 筛选得到共同差异基因19个,包括表达上调基因2个、表达下调基因17个;主要存在于肾素分泌和胰腺分泌通路;涉及的生物过程有蛋白质三聚体,细胞成分有细胞外泌体、质膜的整合成分和膜的锚定成分等,分子功能有细胞内钙激活氯离子通道活性、氯离子通道活性。CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。结论 CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。     

基于细胞色素P450通路的前列腺癌差异关键基因的筛选与验证

目的:研究细胞色素P450与前列腺癌的相关性,通过生物信息挖掘发现细胞色素P450通路与前列腺癌发生发展相关的重要节点.方法:基于3套(GSE46602、GSE32571、GSE70768)前列腺癌数据集筛选差异表达基因,比较关键基因在前列腺癌和正常组织的差异,再结合蛋白表达及病理评分筛选出与前列腺癌发生发展相关联的3...     

肝细胞癌相关差异表达基因和药物预测的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法筛选肝细胞癌(HCC)相关差异表达基因(DEGs)及潜在治疗药物.方法 从GEO数据库中选取GSE45436、GSE84402、GSE62232和GSE101685,使用R软件分析得到DEGs.随后对DEGs进行GO和KEGG分析,并构建PPI网络、筛选核心基因.最后进行生存分析和筛选潜在治疗药...     

未分化型甲状腺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:运用生物信息学方法筛选未分化型甲状腺癌(ATC)的关键基因及其信号通路,探讨其致癌机制.方法:从GEO数据库下载GSE85457、GSE65144和GSE53072基因芯片.利用GEO2R分析工具筛选出ATC的差异表达基因,通过韦恩图分析工具获得共同差异表达基因.利用DAVID数据库和STRING分析工具对共同差...     

基于WGCNA联合LASSO筛选宫颈癌预后枢纽基因

目的 运用生物信息学方法筛选宫颈癌预后相关的分子标志物,为宫颈癌的预后预测提供依据。方法 从GEO、TCGA和GTEx数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应的临床数据。在GSE9750和GSE52903数据集中,通过WGCNA和LASSO两种方法联合筛选宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选与预后相关的枢纽基因。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中比较预后相关的枢纽基因在宫颈癌和正常宫颈组织中的表达情况,并在HPA数据库中验证其蛋白水平的表达。利用ssGSEA分析宫颈癌肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)中免疫细胞浸润情况,探究预后相关的枢纽基因与免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达的相关性。结果 WGCNA和LASSO两种方法共筛选出7个宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选得到3个预后相关的枢纽基因MCM2、APOD和RAD54L。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中,与正常宫颈组织比较,MCM2和RAD54L在宫颈癌组织中表达上调,而APOD则表达下调,与HPA数据库中免疫组化结果基本一致。3个预后相关的枢纽基因与免疫细胞和免疫检查点的表达有相关性。结论MCM2、APOD和RAD54L基因可能是与宫颈癌预后相关的分子标志物,与TME中免疫浸润相关。     

葡萄籽提取物抑制乳腺癌细胞生长的实验研究

目的:探讨葡萄籽提取物(grape seed extact,GSE)抑制乳腺癌细胞生长的分子机制。方法:利用四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测GSE对乳腺癌细胞的抑制作用,并筛选合适的GSE实验浓度;流式细胞术检测GSE对乳腺癌细胞内活性氧(ROS)产生的影响;半定量RT-PCR法检测肿瘤细胞中肿瘤相关基因Bcl-2和Bax表达的水平。结果:GSE抑制乳腺癌细胞的生长,作用具有剂量依赖性(P<0.01),IC₅₀为100μg/ml;GSE降低肿瘤细胞内ROS的产生;GSE能减少乳腺癌细胞中Bcl-2基因的表达,对Bax基因无影响,其Bcl-2/Bax值显著降低(P<0.01)。结论:GSE抑制乳腺癌细胞生长,可能是通过降低ROS的产生,减少相关基因Bcl-2的表达水平,进而降低Bcl-2/Bax值而实现的。     

乙型肝炎、丙型肝炎病毒相关性肝癌基因差异表达的生物信息学分析

目的:筛选乙型肝炎病毒(HBV)与丙型肝炎病毒(HCV)相关性肝癌的差异表达基因,探讨其基因功能富集的差异,促进对HBV、HCV相关性肝癌致病机理的了解。方法:从公共基因芯片数据库中下载数据集GSE44074,利用在线软件GEO2R筛选HBV相关性肝癌与HCV相关性肝癌间的差异表达基因,利用DAVID数据库、基因集富集分析(GSEA)方法等分析预测HBV、HCV相关性肝癌的基因功能富集的差异。结果:利用数据集GSE44074共筛选出34个差异表达基因(矫正后P<0.05)。HBV相关肝癌样本中高表达的基因与多细胞组织加工和生物学过程负向调控有关。HCV相关肝癌组中线粒体呼吸链、细胞器膜蛋白及线粒体膜功能等基因功能集存在显著上调。结论:HBV、HCV相关性肝癌样本间存在多个差异表达基因及差异基因功能富集。     

抗精子抗体和抗子宫内膜抗体与不孕及流产的关系

目的　探讨抗精子抗体（ＡｓＡｂ）与抗子宫内膜抗体（ＥＭＡｂ）在不孕、流产中的作用及二者关系,进一步 揭示不孕、流产的病因。方法　采用酶联免疫吸附试验（ＥＬＩＳＡ）同时检测３４５例不孕、流产妇女血清中的ＡｓＡｂ与 ＥＭＡｂ,按ＡｓＡｂ检测结果分阳性组和阴性组,比较两组ＥＭＡｂ阳性率的差异。结果　原发不孕及自然流产妇女中, ＡｓＡｂ（－）组ＥＭＡｂ阳性率高达１６．６７％和１９．５１％,而ＡｓＡｂ（＋）组ＥＭＡｂ阳性率高达４３．６４％和４２．８６％,显著高于 ＡｓＡｂ（－）组（Ｐ＜０．０１,Ｐ＜０．０５）。继发不孕妇女中ＡｓＡｂ（－）组ＥＭＡｂ阳性率为１８．１８％,ＡｓＡｂ（＋）组ＥＭＡｂ阳性率 为３２．２％,二者无显著性差异（０．０１＞Ｐ＞０．０５）。结论原发不孕及自然流产妇女中因个体免疫反应差异使某些 人易对体内、外物质发生免疫反应而产生抗体,从而导致不孕或流产。     

亚硝基脲类和亚硝基硫脲类的理化性质及致突变能力

本题选择N,N′-二甲基亚硝基脲(DMNU),N,N′-二乙基亚硝基脲(DENU),及其类似物N,N′-二甲基亚硝基硫脲(DMNTU)、N,N′-二乙基亚硝基硫脲(DENTU)为代表,测定了这些化合物的水解反应速度、脂溶性(HPLC的logk′值)、水解产物和致突变能力。证明了硫脲的脂溶性大于脲的脂溶性。DMNTU对TA100菌株的致突变能力最强,其它较弱。     

气血与足月妊娠分娩关系的探讨

论述足月妊娠分娩的发动和维持依靠气的推动、温煦、气化、固摄功能和血的营养、濡润功能。顺利分娩既要气血充足，还要气顺血和。临床研究结果表明调补气血，是促进产程，预防难产的重要手段。实验研究结果阐明调补气血中药加强产力、促进产程主要是从改善产妇全身情况，提高机体抗应激、抗疲劳、耐缺氧能力，即所谓使产妇气血充足调和，充分发挥气血在分娩过程中的生理作用。     

水疗联合抚触对新生儿的生长发育、黄疸及睡眠的影响

目的探讨新生儿游泳联合抚触对新生儿的生长发育、黄疸及睡眠的影响。方法将经阴道顺产分娩的正常新生儿100例随机分为两组，观察组（水疗联合抚触组）50例，对照组（单纯沫浴组）50例。①测定两组10日、28日的体重、身长、上臂围；②观察记录胎便转黄时间，测定皿清胆红素；③记录24h睡眠时间。结果两组新生儿10日、28日体重、身长、上臂同增长有显著差异（P〈0．05），两组新生儿5日时，胎便转黄时间及黄疸指数比较均有显著性差异（P〈0．01），两组睡眠时间比较有统计学意义（P〈0．05），两组并发症比较无统计学意义（P〉0．05）。结论新生儿水疗联合抚触可促进新生儿的生长发育，能加速胎粪的早排出，减轻生理性黄疸程度，有效地降低新生儿高胆红素血症的发病率，提高睡眠质量。