脑胶质瘤患者LMO-1和LMO-4基因表达水平的改变及其意义

目的探讨脑胶质瘤患者脑组织中LMO-1和LMO-4基因表达水平的改变及其意义。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应（real-time PCR）检测46例脑胶质瘤手术患者脑组织及19例正常脑组织标本中LMO1和LMO4的表达水平,分析LMO1、LMO4与病理分级之间的关系。结果脑胶质瘤患者脑组织中LMO-1表达高于正常对照组（P〈0.05）;LMO1在不同分级的胶质瘤中表达并不相同,在Ⅲ、Ⅳ级中的相对表达量显著高于Ⅰ、Ⅱ级（P〈0.01）;LMO1表达水平与胶质瘤分级正相关,差异具有显著性意义（P〈0.05）。在多形性胶质母细胞瘤患者脑组织中,LMO-4的表达明显高于其它级别胶质瘤和正常对照组（P〈0.05）。结论脑胶质瘤患者肿瘤组织中LMO-1和LMO-4表达增高,可能参与了胶质瘤的发生、发展过程。     

SH3GL2基因在人脑胶质瘤中表达的研究

目的研究SH3GL2基因的表达改变与人脑胶质瘤之间的相关性。方法选择42例人脑胶质瘤和26例正常人脑组织标本,应用荧光定量PCR和Western blot方法检测标本中SH3GL2基因mRNA和蛋白的表达情况。结果与正常脑组织标本相比,SH3GL2基因在人脑胶质瘤组织标本中的mRNA和蛋白的表达存在明显下调,结果具有统计学差异(0.05)。结论SH3GL2基因的表达改变与人脑胶质瘤相关,是一个新的候选的肿瘤抑制基因。P     

脾气虚证患者基因差异表达研究

目的：研究慢性胃炎脾气虚证的特征性基因差异表达谱。方法:慢性胃炎脾气虚证患者及健康志愿者各选4例，镜下取胃黏膜组织，提取总RNA，一一配对制作基因芯片，采用荧光比值、生物信息学、双侧t检验等方法比较分析；实时荧光定量PCR检测相关基因。结果:差异表达基因54条，72.2%下调；其中与营养物质代谢和免疫调节相关差异表达基因45条， 71.1%下调；差异基因中有4条基因P＜0.05，为显著差异表达基因；实时定量PCR检测差异基因5条，4条与芯片结果一致。结论:慢性胃炎脾气虚证具有特征性的基因差异表达图谱，主要表现为与营养物质代谢及免疫调节相关基因呈下调趋势。     

目的基因NCAM1在人神经管缺陷中的差异表达的研究

目的探究NCAM1在人类神经管畸形胚胎中的作用机制。方法提取NTDs组以及同周对照组胚胎脑组织，应用人类基因组U133Plus2．0芯片杂交，比较得出差异表达谱。所有差异表达基因按照功能分类。检测目的基因NCAM1的差异表达，并应用半定量RT—PCR方法以及免疫组化验证其mRNA及蛋白的改变。结果芯片显示出NTDs较正常对照组基因谱有较大的差异改变，总共检测到22209条基因的改变，其中2倍以上增高表达的74条，2倍以上降低表达的387条，分属于物质代谢、基因表达调控、信号转导、凋亡等途径。NCAM1呈21．8倍高表达。RT—PCR以及免疫组化也验证其mRNA及蛋白呈现高表达结果（P〈0．01）。结论人类神经管畸形是不同阶段发展的复杂事件，作为细胞表面粘附分子的NCAM1在神经管畸形的发生发展过程中起了重要的作用。     

常染色体显性多囊肾组织差异表达基因的初步研究

目的应用基因芯片技术及最新公共数据库，筛选常染色体显性多囊肾组织中差异表达的基因，对其进行功能分类，并对其中1条基因利用原位杂交技术进行验证。方法将代表8398条人类基因的PCR产物制成基因芯片。将等量的多囊肾组织和正常肾组织mRNA分别用Cy5、Cy3荧光标记，逆转录合成cDNA探针，混合后与上述基因芯片杂交。扫描杂交信号荧光强度，找出差异表达基因，对获得的基因进行分子生物信息学分析。并对其中的上调表达基因IGF1 mRNA进行原位杂交，验证基因芯片结果的准确性。结果（1）在进入研究的8398条基因中，共发现357条差异表达基因。94条基因在多囊肾组织中低表达，263条基因高表达；（2）上调表达基因主要属于原癌基因，细胞骨架蛋白和运动相关蛋白，凋亡相关蛋白，细胞信号和传递蛋白，细胞因子；下调表达基因主要属于抑癌基因，DNA结合、转录和转录因子，细胞信号和传递蛋白，参与代谢的基因；（3）IGF1 mRNA原位杂交结果与芯片结果一致。结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选差异表达基因；多囊肾病的发生、发展中存在着多种不同功能基因表达调控的改变。     

胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用(英文)

目的：研究胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的构建及其在检测胰腺癌基因表达谱方面的应用。方法：有目的地筛选胰腺癌相关基因，采用合成后点样的方法将合成的寡核苷酸探针点于同型双功能偶联剂（APS-PDC）包被的基片上，制成寡核苷酸基因芯片。Trizol法抽提组织总RNA，并用Qiagen Rneasy kit 进一步纯化。在cDNA第1链合成过程中，通过反转录酶将CyDye标记核苷酸直接渗入到cDNA中制备荧光探针，其中用Cy3-dCTP标记胰腺癌组织，Cy5-dCTP标记正常胰腺组织。将荧光标记探针定量后与芯片杂交16-18 h。用Agilent 扫描仪进行扫描，Imagene3.0软件（Biodiscovery,Inc.）图像分析，计算2种荧光Cy3 与Cy5信号强度的比值。挑选差异基因CDC25B和TUSC3进行荧光定量PUR（Sybrgreen方法）验证，以B-actin基因为内参照基因，PCR产物的定量方法采用比较Ct法。结果：芯片杂交扫描图像信号清晰，具有较低的整体背景和较高的信噪比，各阳性质控点信号均匀一致，阴性质控点和空白点信号低。与正常组织相比，胰腺癌组织中差异表达基因24条，占全部基因的25.5%，其中上调基因17条（占18.1%），下调基因7条（占7.4%）。荧光定量PCR验证，CDC25B和TUSC3基因在胰腺癌中的表达分别为上调和下调，其表达趋势与芯片实验的结果一致。结论：制备的胰腺癌相关基因芯片，可同时、并行检测多种胰腺癌相关基因的表达改变，具有一定的特异性和灵敏性。胰腺癌组织与正常胰腺组织相比，基因表达谱具有明显的差异，为进一步研究胰腺癌的发病机理和早期诊断提供了有用的信息。     

脑胶质瘤中PTEN基因表达的实时定量PCR研究

目的:探讨PTEN基因在胶质瘤中的表达及意义,以及与预后的关系.方法:采用荧光实时定量PCR技术检测44例人脑胶质瘤组织及其19例邻近正常脑组织、7例良性脑肿瘤中的PTEN mRNA及内参GAPDH的表达水平.结果:高分化组(29例)PTEN基因的表达明显高于低分化组(15例)(P＜0.05)这两组分别与良性脑肿瘤组(7例)相比,均有显著差异(P＜0.05).19例胶质瘤与邻近正常脑组织有显著差异(P＜0.000).高分化组和底分化组之间在1年或3年存活率的比较中,存在明显差异(P＜0.05).结论:PTEN基因在胶质瘤的发生及发展中起重要作用,脑胶质瘤中PTEN基因的表达与胶质瘤的恶性程度及预后相关.     

大鼠ARDS基因表达谱中信号传导基因的表达

 目的 对大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)基因表达谱中的信号传导基因进行研究与分析。方法 从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经反转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析。随机选择3个差异表达基因 ,用荧光定量RT- PCR验证。结果 在ARDS大鼠肺组织中,信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个,涉及到的相关信号通路11个。结论 大鼠ARDS基因表达谱中涉及到许多信号传导基因和通路的差异表达。     

基因表达谱芯片筛选局灶性脑缺血大鼠脑相关基因的研究

目的:应用基因芯片技术研究局灶性脑缺血大鼠脑组织与假手术组大鼠脑组织基因表达谱的差异,探索局灶性脑缺血的发病机制。方法:将4096种大鼠基因PCR产物用CartesianPixsys7500点样仪按微矩阵排列制成基因芯片;按一步法抽提脑局灶性缺血大鼠脑组织与假手术组大鼠脑组织的总RNA;将等量的脑局灶性缺血大鼠脑组织与假手术组大鼠脑组织RNA分别逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,混合后与上述基因芯片杂交。用AxonGenepix4000B扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenepixPro4.0软件进行数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异。结果:局灶性脑缺血大鼠与假手术组大鼠脑组织基因表达谱分析,发现211个差异表达基因,其中12个基因低表达,199个基因高表达。结论:本研究从脑局灶性缺血大鼠脑组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与局灶性脑缺血后脑损伤的发生及发展过程,从而为局灶性脑缺血的诊治提供新思路。     

慢性胃炎脾气虚证与脾胃湿热证的差异表达基因比较

目的：比较慢性胃炎脾气虚证与脾胃湿热证患者差异表达基因。方法:分别提取慢性胃炎脾气虚和脾胃湿热患者胃黏膜组织RNA各4例，逆转录荧光探针标记后杂交制作BiostarH-140 s基因芯片。采用荧光值ratio、生物信息学、t检验等方法分析结果，实时荧光定量PCR检测部分相关基因。结果:获得差异表达基因245条，主要为营养物质消化吸收运输、物质能量合成代谢、细胞周期增殖分化、免疫反应等相关基因；有显著意义的差异表达基因77条；实时定量PCR检测10条基因，6条与芯片结果一致。结论:慢性胃炎脾气虚和脾胃湿热2个证型基因表达存在明显差异，提示中医的临床辨证分型与基因差异表达有一定关系。     

Downregulation of major histocompatibility complex antigens in invading glioma cells: stealth invasion of the brain

Invasion into surrounding brain tissue is a fundamental feature of gliomas and the major reason for treatment failure. The process of brain invasion in gliomas is not well understood. Differences in gene expression and/or gene products between invading and noninvading glioma cells may identify potential targets for new therapies. To look for genes associated with glioma invasion, we first employed Affymetrix microarray Genechip technology to identify genes differentially expressed in migrating glioma cells in vitro and in invading glioma cells in vivo using laser capture microdissection. We observed upregulation of a variety of genes, previously reported to be linked to glioma cell migration and invasion. Remarkably, major histocompatiblity complex (MHC) class I and II genes were significantly downregulated in migrating cells in vitro and in invading cells in vivo. Decreased MHC expression was confirmed in migrating glioma cells in vitro using RT-PCR and in invading glioma cells in vivo by immunohistochemical staining of human and murine glioblastomas for beta2 microglobulin, a marker of MHC class I protein expression. To the best of our knowledge, this report is the first to describe the downregulation of MHC class I and II antigens in migrating and invading glioma cells, in vitro and in vivo, respectively. These results suggest that the very process of tumor invasion is associated with decreased expression of MHC antigens allowing glioma cells to invade the surrounding brain in a 'stealth'-like manner.     

Differential mRNA expression profiling of oral squamous cell carcinoma by high-throughput RNA sequencing

Differentially expressed genes are thought to regulate the development and progression of oral squamous cell carcinomas (OSCC). The purpose of this study was to screen differentially expressed mRNAs in OSCC and matched paraneoplastic normal tissues, and to explore the intrinsic mechanism of OSCC development and progression. We obtained the differentially expressed mRNA expression profiles in 10 pairs of fresh-frozen OSCC tissue specimens and matched paraneoplastic normal tissue specimens by high-throughput RNA sequencing. By using Gene Ontology enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analyses, the functional significance of the differentially expressed genes were analyzed. We identified 1,120 significantly up-regulated mRNAs and 178 significantly down-regulated mRNAs in OSCC, compared to normal tissue. The differentially expressed mRNAs were involved in 20 biological processes and 68 signal pathways. Compared to adjacent normal tissue, the expression of MAGEA11 was up-regulated; TCHH was down-regulated. These findings were verified by real-time PCR. These differentially expressed mRNAs may function as oncogenes or tumor suppressors in the development and progression of OSCC. This study provides novel insights into OSCC. However, further work is needed to determine if these differentially expressed mRNAs have potential roles as diagnostic biomarkers and candidate therapeutic targets for OSCC.     

ClC-3在人胶质瘤中的表达及分布

目的探讨ClC-3在人脑胶质瘤中的表达及其生物学意义。方法应用免疫组织化学染色技术检测24例人胶质瘤以及4例脑转移癌手术标本中ClC-3蛋白的表达;RT-PCR检测ClC-3蛋白表达阳性的手术标本中其mRNA表达。结果4例正常脑组织ClC-3蛋白的表达为阴性;而蛋白表达阳性的19例胶质瘤及4例脑转移癌中,ClC-3主要位于瘤细胞和微血管内皮细胞的胞浆或胞膜上。蛋白表达阳性的手术标本中16例胶质瘤和4例脑转移癌检测到ClC-3mRNA的表达。少突胶质细胞瘤Ⅲ级中ClC-3的mRNA和蛋白表达明显高于其Ⅱ级。结论ClC-3在人胶质瘤及脑转移癌组织中普遍表达,并且可能与少突胶质细胞瘤病理分级相关。     

ClC-3在人胶质瘤中的表达及分布

目的：探讨ClC-3在人脑胶质瘤中的表达及其生物学意义。 方法： 应用免疫组织化学染色技术检测24例人胶质瘤以及4例脑转移癌手术标本中ClC-3蛋白的表达；RT-PCR检测ClC-3蛋白表达阳性的手术标本中其mRNA表达。 结果： 4例正常脑组织ClC-3蛋白的表达为阴性；而蛋白表达阳性的19例胶质瘤及4例脑转移癌中，ClC-3主要位于瘤细胞和微血管内皮细胞的胞浆或胞膜上。蛋白表达阳性的手术标本中16例胶质瘤和4例脑转移癌检测到ClC-3 mRNA的表达。少突胶质细胞瘤Ⅲ级中ClC-3的mRNA和蛋白表达明显高于其Ⅱ级。 结论： ClC-3在人胶质瘤及脑转移癌组织中普遍表达，并且可能与少突胶质细胞瘤病理分级相关。     

脑胶质瘤中β-catenin和细胞周期素D1表达的意义

目的:研究β-catenin与Cyclin D1蛋白在脑胶质瘤的表达及其意义.方法:应用免疫组织化学SABC法检测49例脑胶质瘤组织和5例正常脑组织中β-catenin和Cyclin D1的蛋白表达.男30例, 女19例, 年龄12～75岁, 平均42.56岁.结果:在正常脑组织和脑胶质瘤中, β-catenin蛋白阳性的比例分别为2/5和38/49(P<0.01), Cyclin D1蛋白阳性的比例分别为1/5和42/49(P<0.01);比较β-catenin和Cyclin D1在脑组织、低级别脑胶质瘤和高级别脑胶质瘤中的光密度值, 发现发现各组之间均存在着统计学差异(P<0.05或P<0.01);β-catenin的过度表达与Cyclin D1的过度表达显著相关(r=0.6395, P<0 05).结论:脑胶质瘤细胞β-catenin与Cyclin D1表达增强, 可能参与胶质瘤的发生.     

富亮氨酸重复超家族成员与脑瘤的研究进展

富亮氨酸重复（LRR）超家族成员已达4 000多种,它们在进化上保守、功能多样。许多研究表明,LRR蛋白在神经系统的发育及正常功能的维持中扮演重要角色,与脑瘤的发生发展亦存在一定的联系。LGI1,LRRC4主要分布于正常脑组织,与脑胶质瘤的恶性程度密切相关,随着胶质瘤恶性程度的增高,其表达逐渐下调甚至缺失。Slitrk,Slit及GAC1等亦参与了脑瘤的发生发展。     

人脑胶质瘤中肝癌衍生生长因子及细胞周期素D1的表达及意义

目的探讨肝癌衍生生长因子（hepatoma—derived growth factor,HDGF）与细胞周期素D1（cyclin D1）在人脑胶质瘤中的表达及意义。方法采用免疫组织化学法检测9例脑外伤内减压切除的正常脑组织和55例不同级别脑胶质瘤组织中HDGF和cyclin D1的表达强度。结果在55例胶质瘤组织中,HDGF及eyclin D1的表达阳性率分别为74．5％（41／55）和63．6％（35／55）,显著高于正常对照脑组织中的表达水平（3／9和2／9,P=0．008和P=0．024）。胶质瘤组织恶性程度越高,HDGF及cyclin D1表达越强（P=0．006和P〈0．001）。胶质瘤组织中HDGF与cyclin D1的表达水平呈正相关性（r=0．728,P〈0．001）。结论HDGF与cyclin D1蛋白在脑胶质瘤的发生发展中起重要作用。     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

应用基因芯片技术研究Graves病 (GD )和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达。分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将GD组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因。GD组和正常对照组之间共筛选出 80条差异表达基因 ,其中表达增加的基因有 31条 (2 0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 (0 5倍以下 )。基因表达谱芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感、高通量等特性。通过筛选所得差异基因提示GD的发病涉及细胞因子、受体信号转导等多个方面 ,为进一步阐明GD的发病机制提供新线索。