脉冲场凝胶电泳分子分型追溯霍乱传染源研究

目的了解湖南省2005年霍乱疫情分离菌株与常规监测的外环境和水产品中霍乱弧菌分离株之间的遗传相关性，追溯传染源，为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法采用PCR检测霍乱菌毒力基因，以脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行菌株的分子分型。结果所有菌株均具有CT基因，20株菌的PFGE为1个型。结论20株霍乱弧菌均是产毒株，具有致病性；湖南省从甲鱼中分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌分型的带型一致，分子流行病学分析提示甲鱼可能是湖南省近年霍乱疫情主要传染来源之一。     

深圳市甲型副伤寒PulseNet数据库的建立与应用

目的建立深圳市甲型副伤寒PulseNet数据库,用于甲型副伤寒的实时监测和分子流行病学调查。方法采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术,对深圳市2002-2007年散发和爆发的243株甲型副伤寒沙门菌的染色体DNA进行酶切电泳,用BioNumerics软件对PFGE分型图谱电子化数据分析,建立分子分型数据库。结果深圳市甲型副伤寒菌株各年间差异较小,用Xba酶切仅呈现6种PFGE图谱。同一起甲副暴发的临床分离株具有相同的PFGE图谱。各区和各年代的分离株都存在有相同的PFGE带型。结论深圳市甲型副伤寒沙门菌变异较小,呈长期流行趋势,甲型副伤寒PulseNet数据库的初步建立,对直观地分析各起疫情之间的相互关系,对疫情的控制和传染来源的追踪具有重要意义。     

应用脉冲场凝胶电泳技术对宋内氏志贺菌引起食物中毒的研究

目的运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对一起细菌性痢疾暴发分离株进行分析,了解分离株之间的遗传相关性,追溯传染源。方法对该起食物中毒中分离出的62株宋内氏志贺菌,用XbaI酶切进行PFGE分子分型,结果用BioNumerics软件UPGMA方法进行聚类分析,观察引起食物中毒的菌株是否为同源株。结果64株测试菌用XbaI酶切后产生7个PFGE带型,其中从病人分离45株和生肉分离1株带型完全相同,占分析菌株的70.31%。且流行病学资料显示有相关性,推测此食物为感染的主要来源之一;另外有病人分离11株带型完全相同,占分析菌株的17.19%,可能为感染的第二来源。结论食用未加工熟的猪肉菜肴是引发此次细菌性痢疾暴发的主要来源。     

一起副溶血性弧菌食物中毒的病原学检测与分析

目的 调查一起家庭婚宴中发生的食物中毒事件,运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对所分离的菌株进行同源性分析,为溯源提供依据.方法 调查分析该起事件的流行病学特点,采集患者和食品从业人员肛拭样本及剩余食品和环节样本,采用传统细菌检测的方法进行常规鉴定和血清分型后,对所分离菌株进行PFGE分子分型,用BioNumerics软件对PFGE分型图谱进行聚类分析.结果 本次事件报告确诊发病人数为28例,共检出12株副溶血性弧菌,其中从患者肛拭样本中分离出10株,剩余食品样本中检出2株,血清型均为O4∶K8,菌株经PFGE分子分型和聚类分析得到3种带型,3型之间只有2～4条电泳条带的差异,具有高度相似性.结论 此起食物中毒事件由PFGE型别副溶血性弧菌污染食物引起.     

产超广谱β内酰胺酶大肠杆菌的脉冲场凝胶电泳分型研究

目的 改进并运用基因分型方法,研究临床所分离到的产超广谱β内酰胺酶(EsBLs)大肠杆菌的分子流行病学。方法 应用EsBLs表型确证试验检测产EsBLs的大肠杆菌,分析病历资料以确定医院感染,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析电泳图谱经数据转化后进行聚类分析,以确定菌株间的亲缘关系。结果 在重症监护病房分离到的3株产EsBLs的医院感染大肠杆菌,其PFGE条带相似性达95％以上,提示为流行相关克隆。其他相似性系数在50％上的菌株由于不同条带均超过6条,因而,被认为无流行相关性。结论 PFGE是一种用于产EsBLs的医院感染大肠杆菌分子流行病学研究的准确、可靠、重复性好的基因分型方法。     

贵阳市甲型副伤寒沙门菌脉冲电场凝胶电泳分型分析

目的了解贵阳市甲型副伤寒沙门菌的分子流行病学特征,分析菌株的相似性,为追踪传染来源、查找传播途径提供线索。方法用脉冲电场凝胶电泳(pulsed field gelelectrophoresis,PFGE)方法进行分型。结果根据细菌染色体DNA的SpeI酶切图谱,将贵阳地区146株甲型副伤寒沙门菌分成10个PFGE带型,1型32株占21.9%,2型73株占50.0%,3型13株占8.9%,4型7株占4.8%,5型14株占9.6%,6型、7型、8型和9型各1株,各占0.7%,10型3株占2.7%,各型之间的相似性在98.1%～72.0%。暴发株24株被分为5个PFGE带型,1型占54.2%,带菌者1株为1型。各年菌株的PFGE带型不尽相同,1型和2型为常年流行带型。高流行区县的甲型副伤寒菌株被分为9个PFGE带型。结论贵阳地区甲型副伤寒沙门菌流行复杂以2型和1型为优势流行带型,提示存在同一克隆群的菌株广泛传播。该研究进一步证实PFGE是一种发现或预警暴发的可行服务手段。     

食物中毒中分离的副溶血性弧菌的分子分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术研究深圳市罗湖区2005-2007年食物中毒事件中分离获得的49株副溶血性弧菌的分子流行情况。方法样品采用荧光PCR与传统分离培养同时检测,对分离获得的副溶血性弧菌阳性菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE),BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果 49株副溶血性弧菌中,有12株不能分型,其余36株副溶血性弧菌分离株大致可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个群,相同血清型的菌株其PFGE型大致相同,同一起食物中毒的菌株间有较高的相关性。结论罗湖区副溶血性弧菌食物中毒存在流行克隆株,PFGE分子分型技术在食物中毒追踪溯源方面有重要提示性作用。     

佛山市副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征

目的了解佛山市副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征,为副溶血弧菌感染暴发的早期预警、分子流行病学调查及溯源提供准确的实验室数据。方法选取监测食品、食物中毒、散发病例来源的副溶血弧菌,采用血清学、药物敏感性试验、多重PCR检测毒力基因和PFGE分子分型等方法,分析不同来源的副溶血弧菌病原学特征以及分子分型方面的异同。结果 151株菌株中,监测食品分离株血清型分布呈现多样性,无优势菌株;食物中毒分离株和散发病例分离株的优势血清型为O3∶K6。监测食品、食物中毒和散发病例分离株对氨苄西林和磺胺嘧啶都有较高的耐药率,多重耐药情况比较严重。监测食品分离株99.18%(121/122)为tdh-trh-菌株,1株tdh+trh+菌株;食物中毒分离株中tdh+trh-菌株占69.23%(9/13),30.77%(4/13)tdh-trh-菌株;散发病例分离株均为tdh+trh-菌株。151株菌株共获得134个不同的PFGE带型,监测食品分离株的PFGE呈现遗传多样性,无优势带型,并且与散发及食物中毒患者分离株的PFGE带型不同。食物中毒与散发病例分离株带型相对比较集中。结论佛山市不同来源的副溶血弧菌血清型、毒力基因和遗传特征复杂多样,菌株多重耐药形势严峻,需要加强菌株型别变异及耐药监测。     

脉冲场电泳进行E.coli O157的分型

E.coli O157是一种新型的致病性大肠杆菌,其感染已成为世界性卫生问题。药敏、质粒图谱分析、多位点酶电泳和噬菌体分型[1]等被用于E.coliO157的分型,以确定不同菌株之间的关联性,用于传染源的追踪和传播途径的探讨。但这些方法在一定情况下使用,尚不能有效地用于所有暴发流行事件的调查。脉冲场冲泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)是80年代初建立的一种基因分析技术,已成功地用于一些病原体的分子流行病学调查[2]。我们对药敏、质粒图谱、PFGE用于E.coli O157分型的分子流行病学研究进行初步探讨。材料和方法菌株E.coli O157产毒株(933 w/o,VT+)、非产毒株(882364,VT-)由中预防医学科学院提供,4株E.coli O157 VT+菌从上海地区牛肉中分离(SH3、SH4、SH7、SH9)。     

一起应用PFGE的鲍曼不动杆菌医院感染溯源调查

目的准确识别鲍曼不动杆菌引起的医院感染暴发,确定暴发来源并采取有效控制措施。方法对一起医院感染暴发中两个科室短期内分离到的6株鲍曼不动杆菌进行药敏测定及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果ICU病房3名患者痰标本分离株为泛耐药菌,对测定的19种抗生素均耐受,PFGE带型一致,提示ICU存在感染暴发;呼吸内科2名患者痰标本分离株为多重耐药菌,药敏结果相同,PFGE带型不相同;ICU病人气管插管内壁分离株的药敏结果和PFGE带型与其他菌株均不相同。结论 PFGE技术成功运用于鲍曼不动杆菌医院感染暴发识别及溯源,医院积极采取消毒隔离措施,避免了暴发扩散。     

Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Gansu province of China

Background  Mycobacterial interspersed repetitive units-variable number tandem repeat (MIRU-VNTR) and Beijing family typing based on detecting the deletion of RD105 sequence are two common genotyping methods used to study the molecular epidemiologic characteristics of Mycobacterium (M.) tuberculosis. We collected 218 strains of M. tuberculosis between 2004 and 2006 in the Linxia Hui Autonomous Prefecture of Gansu province in Northwest China.

Methods  MIRU-VNTR analysis and Beijing family typing based on detecting the deletion of RD105 sequence were used to type the 218 strains, and their typing power was evaluated to look for practical and efficient genotyping methods suitable for the region.

Results  The MIRU typing yielded 115 distinct genotypes, including 98 unique isolates and 17 different clusters containing 120 isolates (55.05%); the cluster rate was 47.25%. By detecting the deletion of RD105 sequence, 188 of 218 (86.23%) isolates belonged to Beijing family. Combination of Beijing family typing and MIRU typing yielded 118 distinct patterns, including 101 unique isolates and 17 clusters containing 117 isolates (54.13%). The largest cluster contained 58 strains with MIRU genotype of 223325173533 which contained 50 strains belonging to Beijing family and 8 strains belonging to non-Beijing family.

Conclusions  The Beijing family strains occupied a large proportion and the Beijing family MIRU genotype 223325173533 is a dominant strain in Linxia of Gansu. Combining detecting the deletion of RD105 and MIRU typing together provides a simple, fast, and effective method which is low in cost and might be practical and suitable for M. tuberculosis genotyping in China.

     

2011年广州市脑膜炎奈瑟菌分离株的分子特征分析

目的对2011年广州市分离的6株脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,N.meningitidis)进行分子特征分析。方法提取菌株基因组DNA,通过DNA序列测定分析外膜蛋白(outer membranes proteins,OMPs)编码基因porA、fetA可变区型别;通过多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST),采用Splits Tree在线软件分析进化关系,研究其分子特征。结果 6株菌株的OMPs编码基因porA、fetA可变区型别均不相同;MLST分型显示其分属5个不同的序列型(Sequence Type,ST),其中2株B群菌株序列型为ST-5615,1株C群菌株序列型为ST-5542,1株血清不能分群菌株序列型为ST-2146,分离自健康带菌者和密切接触者的2株W135群菌株的序列型不同,其中密切接触者为高致病性的ST-11型,而健康带菌者为新发现的ST-9133型。结论广州市N.meningitidis的基因型具有多样性特点,本研究为完善我市N.meningitidis分型数据、研发新疫苗及免疫规划措施的制订提供参考。     

RAPD技术在肠炎沙门氏菌同源性分析中的应用

目的 研究2004年广州市3起肠炎沙门氏菌食源性疾病分离的20株菌株和来源于从业人员健康体检的18株肠炎沙门氏菌的分子特征,为肠炎沙门氏菌食源性疾病的流行病学溯源和疫情控制提供有效手段。方法 采用随机引物扩增多态性DNA分析（randomly amplified polymorphic DNA analysis,RAPD）对38株肠炎沙门氏菌进行分子分型,结合SPSS软件构建以上菌株的带型关系系统树状图,对菌株进行基因多态性分析。结果 38株肠炎沙门氏菌的RAPD结果经聚类分析可分为3个聚类群,分属3个不同的克隆。结论 RAPD技术可用于肠炎沙门氏菌食源性疾病的流行病学调查和溯源。     

汕头地区医院感染多重耐药铜绿假单胞菌的基因型特征分析

目的 了解汕头地区ICU和非ICU医院感染多重耐药铜绿假单胞菌分离株的基因型特征.方法 收集汕头地区两家三级甲等医院的医院感染铜绿假单胞菌菌株,对这些菌株的耐药性和基因型进行分析.采用纸片扩散法进行药敏试验,脉冲场凝胶电泳法对多重耐药菌株进行基因分型,电泳结果 用Bionumerics V4.0软件进行聚类分析.结果 ...     

Molecular Typing of Leptospira interrogans Strains Isolated from Rattus tanezumi in Guizhou Province, Southwest of China

ObjectiveTo identify and type three leptospires isolated from Rattus tanezumi in Guizhou Province by using three molecular techniques (PFGE, MLVA, and MLST), reveal the molecular characteristic of causative agents of local leptospirosis and evaluate these three molecular methods based on their detection resolution and efficiency.MethodsThree Leptospira strains were isolated from the kidney of Rattus tanezumi and cultured with EMJH medium. PFGE, MLVA, and MLST assays were applied to type the three strains isolated from Rattus tanezumi in Guizhou Province.ResultsPFGE, MLVA, and MLST typing showed that the three leptospiral isolates matched with leptospiral serogroup Icterohaemorrhagiae serovar Lai. The findings of the genotyping methods were consistent. MLVA and MLST defined genotypes, whereas PFGE allowed the recognition of additional subgroups within the genotypes, and the findings of molecular typing were also consistent with those of traditional techniques.ConclusionThree leptospiral isolates from Guizhou Province matched with leptospiral serogroup Icterohaemorrhagiae serovar Lai, and PFGE, MLVA, and MLST, as reliable molecular techniques for identifying and typing of Leptospira interrogans, would contribute to the active surveillance, outbreak investigation and source tracking for leptospirosis in Guizhou Province.     

临床分离阴沟肠杆菌中新型氨基糖苷类乙酰转移酶基因的检测

目的 了解临床分离阴沟肠杆菌中新型氨基糖苷类乙酰转移酶基因[aac(6')-Ib-cr基因]的分布.方法 PCR检测aac(6')-Ib-cr基因并将阳性扩增产物进行测序分析;纸片扩散法测定aac(6')-Ib-cr基因阳性菌株对13种抗菌药物的敏感性;改良三维试验检测高产AmpC酶和ESBLs; ERIC-PCR法进行aac(6')-Ib-cr基因阳性菌株同源性检测.结果 81株阴沟肠杆菌中,3株aac(6')-Ib-cr基因阳性(3.7%); aac(6')-Ib-cr基因阳性菌株对氟喹诺酮类,氨基糖苷类,氯霉素,氨苄西林,头孢西丁,第2、3代头孢菌素等显示多重耐药2株产ESBLs和AmpC,1株产ESBLs;ERIC-PCR电泳图谱型显示,3株aac(6')-Ib-cr基因阳性细菌均不属于同一型别.结论 临床分离阴沟肠杆菌中存在aac(6')-Ib-cr基因阳性菌株,为多重耐药、非克隆传播菌株,临床应加强检测和监测.     

广东省茂名市副溶血弧菌涉水产品分离株病原学特征

目的 了解茂名市涉水产品中副溶血弧菌分离株的病原学特征。方法 对茂名市食品安全风险监测中分离到的副溶血弧菌进行血清分型、抗生素敏感性实验、毒力基因检测、脉冲场凝胶电泳( PFGE) 分子分型和多位点序列分型（MLST）。结果 2017—2018年共分离到涉水产品中副溶血弧菌分离株44株,O型共分7个血清型,无明显优势血清型。44株分离株除对氨苄西林和头孢唑林表现出高度的耐药性外,对其它抗生素均敏感,未发现有分离株携带tdh和trh基因。44株分离株分成44种不同的PFGE带型,MLST分型发现有30个新的ST型,呈现一定的遗传多样性。结论 广东省茂名市涉水产品中副溶血弧菌分离株血清型别多样,对大部分的抗生素敏感,均未发现携带tdh和trh 基因,且呈现一定的遗传多态性,需要继续加大监测的力度和范围。     

扩增片段长度多态性技术对淋球菌的基因分型

目的：评价扩增片段长度多态性技术(AFLP)分析对淋球菌分离株进行基因分型的能力。方法：26株淋球菌分离株基因以EcoRI和MesⅠ酶切及AFLP分析。结果：同一地区的淋球菌分离株之间存在相当大的DNA多态性。结论：AFLP是鉴别淋球菌临床分离株有用而敏感的分子技术，有助于了解菌株来源、菌株间的克隆相关性及抗生素耐药性的传播。     

鲍曼不动杆菌中耐消毒剂基因qacEΔ1-sul1和Ⅰ类整合酶的携带情况调查

目的：调查分析我院临床分离的鲍曼不动杆菌菌株中耐药基因的分布情况及部分多重耐药株的流行病学特点。方法收集2016年1~6月我院院内分离的150株鲍曼不动杆菌,MIC法测定其对抗生素的敏感性;将对三类以上抗生素耐药的菌株定义为多重耐药菌,运用PCR法检测qacEΔ1-sul1和intI 1基因在所分离菌株中的分布,并用PFGE法对其中多重耐药鲍曼不动杆菌进行分子分型。结果鲍曼不动杆菌敏感率排行前三的药物为妥布霉素(50.0%)、庆大霉素(44.2%)和亚胺培南(42.4%);84株多重耐药鲍曼不动杆菌中排行前三的药物为美罗培南(33.3%)、头孢哌酮(33.3%)和左氧氟沙星(13.1%);qacEΔ1-sul1和intI 1在鲍曼不动杆菌中的携带率为46.2%(85/150)和58.0%(88/150);在多重耐药鲍曼不动杆菌中的携带率为59.5%(49/84)和83.4%(70/84)。多重耐药鲍曼不动杆菌经PFGE分型可分为14个克隆,其中A克隆最多见,在ICU、呼吸科和急诊病房均存在集中流行,神经内科和老年科以C克隆多见,其余均为散在流行。结论 qacEΔ1-sul1和intI 1在鲍曼不动杆菌中的携带率很高,在多重耐药株中更高,说明I类整合子是鲍曼不动杆菌产生耐药的原因之一,研发新的消毒剂以消除鲍曼不动杆菌在院内的流行迫在眉睫,此外同一克隆株在同一病区的集中流行和在病区间的交叉流行提示应采取进一步的感染控制和隔离措施。     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌同源性分析及耐药性研究

目的对临床分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行耐药情况和分子流行病学监测,探讨院内MRSA的流行趋势。方法收集我院2009年1月~2011年6月临床标本分离的MRSA菌株60株;采用Microscan WalkAway 40进行菌株鉴定,同时对所有金黄色葡萄球菌进行药物敏感性分析;采用脉冲场凝胶电泳技术对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌进行分子分型。结果共收集60株MRSA菌株,其中17株被认为是可疑社区获得(CAMRSA),43株被认为是医院获得(HA-MRSA)。所有菌株均对万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺、呋喃妥因和奎奴普丁/达福普汀敏感,未出现耐药菌株。CA-MRSA与HA-MRSA对左旋氧氟沙星和利福平的敏感性有明显差异。临床分离的MRSA菌株PFGE分型较为分散,共分为13种型别,每种型别的菌株数分别为2~6株不等,未出现大范围的院内流行克隆。结论本院收集的临床分离的MRSA菌株多重耐药性严重,其中CA-MRSA相对HAMRSA敏感性稍高。所有金黄色葡萄球菌未出现糖肽类抗菌药物耐药。MRSA菌株未出现大范围的院内流行株,但仍应加强院内感染流行控制。