中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

遗传性多发性骨软骨瘤致病基因EXT1和EXT2的多态性研究

【目的】研究EXT1与EXT2基因在我国南方正常人及致病性突变已明确的遗传性多发性骨软骨瘤病人中的多态性。【方法】 选取50例中国南方健康汉族个体及13例致病突变已明确的遗传性多发性骨软骨瘤病人,提取基因组DNA,对包含5’UTR区、编码区、外显子-内含子交界区及3’UTR区的PCR产物进行直接测序。 鉴定基因内的遗传变异,并将结果和国际数据库中的数据进行对比。【结果】 在所有研究对象中共发现15个不同的EXT1基因的单核苷酸多态性(SNPs)：3个在编码区,为同义突变,11个在内含子区,1个在3’UTR区;其中有3个SNPs为数据库未报道的新发现多态位点。22个EXT2基因的SNPs：3个在编码区,也为同义突变,16个在内含子区,3个在3’UTR区;其中有7个SNPs为本研究新发现多态位点。【结论】 中国南方汉族人与遗传性多发性骨软骨瘤病人EXT1和EXT2基因的多态性与dbSNP数据库登记资料不完全一致,某些SNPs可能存在种族差异。本研究不仅有利于了解EXT1和EXT2基因结构,也为其多态性与致病性突变的鉴定提供了依据。     

上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性的研究

目的:研究上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性及其分布特征,并与国外数据库进行比较。方法:随机选取190例上海地区汉族个体,对IL-17B基因启动子、外显子及临近的内含子区的PCR产物直接测序,检测基因内SNPs。所得结果与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的SNP数据库(dbSNP)进行比较。结果:在所有研究对象中共发现6个SNPs,主要位于非编码区;6个均为替换型SNPs,其中1个为三态替换型SNP。有5个SNP在dbSNP数据库中已报导,但有11个数据库已报导的SNPs,在本次研究中未能证实。结论:中国汉族人群IL-17B基因多态性的分布与dbSNP数据库中的资料存在差异,为在汉族人群中研究IL-17B基因相关疾病提供可靠数据。     

华东地区汉族人群HB-1基因多态性的研究

目的:检测华东地区汉族人群HB-1基因的多态性,并与国外数据库进行比较。方法:采用直接测序法检测188例华东地区汉族正常个体全血标本中HB-1基因启动子、全部2个外显子及邻近的内含子区的多态性变化,所得结果与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的SNP数据库(dbSNP)进行比较。结果:在188例正常样本中共发现6个SNPs,5个位于启动子,一个位于编码区,在dbSNP数据库中均已报道,但有6个数据库已报道的SNPs在本次研究中未能证实。结论:华东地区汉族人群HB-1基因多态性的分布与dbSNP数据库中的资料存在差异,为在华东地区汉族人群中研究HB-1基因相关疾病提供可靠数据。     

中国北方汉族人VISA基因相关位点单核苷酸多态性分析

目的〓〖HTK〗分析中国北方汉族正常人群VISA基因相关位点单核苷酸多态性(SNP)的分布特征。〖HTW〗方法〓〖HTK〗用DNA序列测定技术分析100例正常人VISA 基因上下游侧翼序列、外显子及外显子/内含子连接区的核苷酸序列。用核酸序列分析软件与Genbank的VISA基因序列比对，分析SNP的基因型、等位基因分布特点，并与高加索人种比较。〖HTW〗结果〓〖HTK〗发现8个SNP，其中5个为已知的SNP,新发现3个；NCBI数据库中有报道而本研究人群中未出现的SNP位点有6个。中国北方汉族正常人群与高加索人VISA基因多个相关位点基因型及等位基因分布有差异(P＜0.05)。〖HTW〗结论〓〖HTK〗本研究结果对了解中国北方正常人群VISA 基因多态性分布特征有一定的参考价值。     

中国汉族人群BSG基因SNPs发掘与连锁不平衡分析

目的：探讨健康中国汉族人群中basigin（BSG）基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）发生情况。方法：随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定BSG基因位点的单倍型标~SNPs（haplotype tag SNPs,htSNPs）;中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果：共发现19个SNPs,其中包括2个新发现的SNPs;所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域,确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论：首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘,确定了其9个单倍型标签SNPs,为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。     

维生素D受体基因多态性与骨质疏松症

【目的】了解广州地区汉族人群中维生素D受体 (VDR)基因型的分布 ,探讨VDR基因多态性与骨质疏松症的关系。【方法】应用PCR RFLP等技术 ,对广州地区汉族人群中VDR基因型的分布及其与骨质疏松症的易感性进行分析。【结果】VDR基因多态性在人群中的分布有种族差异 ,广州地区汉族人群中‘B、A、t’等位基因的出现频率较低 ,原发性骨质疏松组及 2型糖尿病并骨质疏松组中‘A’等位基因在股骨与高骨密度相关。【结论】本研究人群中VDR基因型尚不能作为预测骨质疏松发生的危险性指标     

用Taqman MGB探针研究中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性

 【目的】了解中国人群肿瘤坏死因子α（the tumour necrosis factor α，TNF-α）基因启动子区多态性。【方法】 随机选取20名深圳地区汉族健康体检者，采用两对引物PCR扩增TNF-α基因启动子区（-1389nt～＋125nt），对PCR产物进行序列分析，寻找单核苷酸多态性位点（single nueleofide polymorphisms，SNPs）。采用Taqman MGB探针建立了-857nt（C／T）位点的实时定量PCR（thereal-time PCR）分型方法，并对中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体共l108份样本进行了基因分型。【结果】在启动子区（-1322nt～＋67at），发现6个SNP位点，即-885（A／G）、-863（C／A）、-646（G／A）、-648（G/A）、-568（G／C）和-857（C/T），其中位点-646nt（G→A）为新发现SNP。-885、-648及-568nt位点碱基虽然与Genbank不同，但测序的20个个体基因分型相同。中国人群-857nt（C／T）位点基因型频率分别为0．79（CC），0．19（CT）和0．02（TT），中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体间无显著性差异。中国人群-857T等位基因频率为0．116，与文献报道的韩国人群相同，但比日本人群低。【结论】中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性可能较保守。采用Taqman MGB探针实时定量PCR技术对SNPs进行基因分型简便、快速及准确，易于自动化，为大规模的疾病相关性研究提供了有效的工具。     

用Taqman MGB探针研究中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性

【目的】了解中国人群肿瘤坏死因子α（the tumour necrosis factor α，TNF-α）基因启动子区多态性。【方法】 随机选取20名深圳地区汉族健康体检者，采用两对引物PCR扩增TNF-α基因启动子区（-1389nt～＋125nt），对PCR产物进行序列分析，寻找单核苷酸多态性位点（single nueleofide polymorphisms，SNPs）。采用Taqman MGB探针建立了-857nt（C／T）位点的实时定量PCR（thereal-time PCR）分型方法，并对中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体共l108份样本进行了基因分型。【结果】在启动子区（-1322nt～＋67at），发现6个SNP位点，即-885（A／G）、-863（C／A）、-646（G／A）、-648（G/A）、-568（G／C）和-857（C/T），其中位点-646nt（G→A）为新发现SNP。-885、-648及-568nt位点碱基虽然与Genbank不同，但测序的20个个体基因分型相同。中国人群-857nt（C／T）位点基因型频率分别为0．79（CC），0．19（CT）和0．02（TT），中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体间无显著性差异。中国人群-857T等位基因频率为0．116，与文献报道的韩国人群相同，但比日本人群低。【结论】中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性可能较保守。采用Taqman MGB探针实时定量PCR技术对SNPs进行基因分型简便、快速及准确，易于自动化，为大规模的疾病相关性研究提供了有效的工具。     

IL-22RA1基因多态性与系统性红斑狼疮发病相关性的研究

目的 探讨白细胞介素22受体A1(IL-22RA1)外显子基因多态性与中国北方汉族人群系统性红斑狼疮(SLE)及狼疮肾炎(LN)发病的相关性.方法 利用基因测序、聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)电泳技术对中国北方汉族人群IL-22RA1基因单核苷酸多态性(SNP)进行筛选,通过比较基因型在SLE病例组与健康对照组中的分布,进而研究IL- 22RA1与SLE/LN的相关性.结果 在IL-22RA1基因第7外显子处存在1个有义SNP位点,该位点存在3种基因型,即C/C型、C/G型和G/G型.各型在SLE病例组和健康对照组中的分布差异无统计学意义.结论 IL-22RA1外显子基因有义SNP与中国北方汉族人群SLE的易感性可能无相关性.