用温度调控高效液相色谱探索基因组单核苷酸多态性的 …

目的 优化并评估一种新的探索基因组单核苷酸多态（ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＳＮＰ）的温度调控高效液相色谱技术。方法 从洗脱方式、洗脱温度、检测器流通池规格、适应片段大小、检测灵敏度等方面，探讨适合探索基因组ＳＮＰ的温度调控高效液相色谱技术参数及实用价值。结果 找到在普通高效液相色谱仪上检测ＳＮＰ的具有普遍意义的色谱条件。ｄＮＴＰ、ＰＣＲ引物峰与被检测ＰＣＲ产物峰     

温度调控高效液相色谱探索人类基因组变异的进展

温度调控高效液相色谱法是探索人类基因组ＤＮＡ序列变异的新手段。温度调控高效液相色谱法通过比较异源双链与同源双链，而非逐个样本直接测序，可以敏感而准确地发现ＤＮＡ变异。唯发现的变异需进一步测序鉴定。对于旨在发现新突变或新多态性的课题。该方法可以明显减少测序工作量，而对于检出稀少的变异型，可明显降低所需成本。通过自动化操作，更能显著加快获取数据的速度，本文介绍温度调控高效液相色谱法的原理与命名、技术的     

变性高效液相色谱与直接测序法在单核苷酸多态性检测中的应用比较

目的 了解变性高效液相色谱（denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)方法,在人类基因组单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP)检测中的灵敏度和精确度。方法 应用DHPLC方法检测了41份样本,并与直接测序法相比较。结果 在41个样本的检测中,DHPLC的检出率达到了100%,在大规模样本的杂合子筛检中,检测的错误率几乎为0。结论 DHPLC技术是一项可用于未知SNP的检测,尤其是在人群中大规模筛查已知SNP的有效手段。     

变性高效液相色谱在分子生物学中的应用

变性高效液相色谱法 (DHPLC)是在高效液相色谱法的基础上发展起来的一种新方法。它因使用的温度不同而有不同的应用价值 :在非变性温度下进行双链DNA分离 ,在部分变性温度下进行基因突变、单核苷酸多态性和甲基化测定 ,在完全变性温度下对寡核苷酸进行质控和纯化等。由于该技术具有快速、经济、准确和自动化程度高等特点 ,目前已经成为分子生物学常用技术之一。     

变性高效液相色谱法检测中国汉族人SCN1A外显子16T1067A基因多态性

目的 建立检测SCN1A外显子16 T1067A单核苷酸多态性(SNP)的变性高效液相色谱(DHPLC)方法,并检测中国汉族人SCN1A外显子16 T1067A基因多态性.方法 设计针对SCN1A编码区引物,应用DHPLC技术检测其序列多态性,并检测127例中国汉族人SCN1A外显子16 T1067A基凶多态性.结果 127例汉族人中,SCNIA T1067A AA、AG、GG表型频率分别为0.8031、0.1969、0,SCNIA T1067A A、SCN1A T1067A G基因频率分别为0.9016、0.0984.结论 DHPLC简便、快速、准确.适合于大规模的人群调查.SCN1A外显子16 T1067A基因多态性在不同种族间分布存在着明显的差异.     

筛查未知SNPs的变性高效液相色谱（DHPLC）技术

本介绍了DHPLC技术的基本原理,主要应用领域,实验技术特点和操作的注意事项。指出DHPLC是快速,准确,高效筛查基因未知SNPs的工具,优于测序等分子生物学方法,在功能基因组学,分子流行病学等领域有广泛应用前景。     

变性高效液相色谱技术检测PAI-1基因多点突变与冠心病相关分析

目的 检测纤溶酶原激活物抑制剂-1(plasminogen activator inhibitor-1；PAI-I)基因编码区多态性，并探讨其与冠心病的关系。方法 使用变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography，DHPLC)技术和DNA序列测定方法检测了93例冠心病(coronary artery disease，CAD)患者和123名正常对照者的基因组DNA。结果 在PAI-1基因第2外显子中发现了两个单核苷酸多态性位点(G43A和G49A)均为鸟嘌呤(G)→腺嘌呤(A)突变，引起肽链上第15位丙氨酸变成苏氨酸(Alal 5Thr)和第17位的缬氨酸变成异亮氨酸(Vall7Ile)，在所有对象中只发现了杂合型和纯合野生基因型携带者。分别分析了两个位点基因型与冠心病和PAI-1基因水平的关系。与冠心病组比较，对照组中具有更多的杂合基因型携带者，但差异无显著性。其不同基因型与PAI-1抗原水平没有明显相关性。结论 用DHPLC技术检测了PAI-1基因两个多态性位点。此多态性与冠心病发病没有相关性。     

冠状动脉粥样硬化性心脏病患者脂蛋白酯酶基因的单核苷酸多态性的初步研究

目的　探讨脂蛋白酯酶基因 (lipoprotein lipase,L PL)单核苷酸多态性 (single nucleotidepolymorphisms,SNP)与冠状动脉粥样硬化性心脏病 (简称冠心病 )的关系。方法　利用聚合酶链反应扩增110名健康人和 10 2例冠心病患者 L PL 基因第 6外显子和第 6内含子的片段 ,采用温度调控高效液相色谱技术对扩增的片段进行了筛查 ,对筛查到的杂合片段进行序列测定 ,并与正常序列进行对照分析。结果　在L PL 基因第 6内含子中发现了 3个尚未报道的 SNP(42 12 t/ c、45 0 9t/ c、45 76 a/ c)。它们的频率在被检测的冠心病患者和健康人群中存在差异 ,其中 42 12 t/ c、45 76 a/ c两组间差异显著 (P<0 .0 5 )。结论　补充了 L PL基因 SNPs的数据库信息。L PL基因 SNPs的研究可能对冠心病等复杂疾病机理的认识有重要价值     

人类基因组的单核苷酸多态性及其医学应用

１引言人类基因组计划已经取得了显著的进展,约占整个基因组６．３％的ＤＮＡ序列已被测定,已鉴定的基因７４８４个,约１万条人类基因的序列已被克隆。人类基因组全序列测定预计可以提前在２００３年完成［１］。人类基因组是一个十分稳定的体系,不同的民族、群体和个...     

人类基因组DNA单核苷酸多态性的检测方法

单核苷酸多态性 (SNP)作为新的遗传标记对基因定位及相关疾病的研究意义重大。本文对近年来 9种SNP检测方法的原理、应用及优缺点 ,包括基于 FRET原理的 Taqman法和分子灯塔法 ;基于分子杂交技术的寡核苷酸连接分析、等位基因特异性寡核苷酸探针杂交法、动态等位基因特异性杂交法及 DNA芯片法 ;及质谱法、变性-高压液相色谱法和单个碱基延伸标记法进行综述     

应用变性高效液相色谱技术检测parkin基因突变

目的应用变性高效液相色谱技术(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)检测早发性帕金森综合征(early-onset parkinsonism,EOP)致病基因parkin突变。方法散发EOP患者82例,提取外周血细胞DNA,通过PCR扩增parkin基因的12个外显子,应用DHPLC进行变异筛查,峰形异常者进行DNA测序以明确序列变异的种类和位置。结果以100名健康者为正常对照,在82例EOP患者中检测出3种突变,均为点突变,内含子区突变包括IVS1-39G→T和IVS9 18C→T;编码区突变为T1422C,导致所编码的441位氨基酸由半胱氨酸变为精氨酸(Cys441Arg)。结论在散发EOP患者中发现3个杂合型点突变,探讨应用DHPLC在EOP患者中开展parkin基因诊断的可行性。     

应用变性高效液相色谱技术检测汉族人Ⅰ型多囊肾致病基因突变

目的通过采用变性高效液相色谱（denaturing high-pedormanee liquid chromatogtraphy，DHPLC）技术检测汉族人常染色体显性多囊肾病（autosomal dominant polycystic kidney disease，ADPKD）Ⅰ型致病基因PKD1的突变，建立更为快速、敏感的突变筛查系统。方法以来源于19个ADPKD家系的67名成员血样标本的基因组DNA为模板，通过长链PCR和巢式PCR联合扩增的方法扩增PKD1全编码区，然后采用DHPLC方法进行初步筛查，将存在异常色谱图的扩增产物经核苷酸测序，确定突变的具体位点和类型，并与以往采用单链构象多态性（single strand conformation polymorphism，SSCP）方法检测出的突变结果相比较。结果共检测出14个致病突变，包括10个错义突变、1个插入突变、1个缺失突变、2个无义突变，其中12个突变位点与之前SSCP的检测结果相同，另新发现nt32819G→A和nt37137T→C两个突变位点，突变检出率为73．7％。结论DHPLC方法可以作为更为有效筛查汉族人ADPKD PKD1突变位点的检测途径。     

引物延伸变性高效液相色谱产前诊断β-地中海贫血

目的建立针对中国人常见β-地中海贫血(β-地贫)基因型的产前诊断新方法。方法PCR扩增的靶序列,经引物延伸,得到中国人β-地贫5个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱可鉴定被检样本的基因型。结果盲法分析显示,36个家系108例样品的引物延伸变性高效液相色谱与反向点杂交(reversedotblot,RDB)检测结果符合率为100%。其中6例RDB诊断为上述5个常见突变以外的突变。该法的突变检出率为94.4%(102/108),对产前诊断家庭的诊断率为97.2%(35/36)。结论该法是一种准确、高效的β-地贫突变分析方法,可用于β-地贫的产前诊断。     

Denaturing high-performance liquid chromatography: A review

Denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) compares two or more chromosomes as a mixture of denatured and reannealed PCR amplicons, revealing the presence of a mutation by the differential retention of homo- and heteroduplex DNA on reversed-phase chromatography supports under partial denaturation. Temperature determines sensitivity, and its optimum can be predicted by computation. Single-nucleotide substitutions, deletions, and insertions have been detected successfully by on-line UV or fluorescence monitoring within 2-3 minutes in unpurified amplicons as large as 1.5 Kb. Sensitivity and specificity of DHPLC consistently exceed 96%. These features and its low cost make DHPLC one of the most powerful tools for the re-sequencing of the human and other genomes. Aside from its application to the mutational analysis of candidate genes, DHPLC has proven instrumental in elucidating human evolution and in the mapping of genes. Employing completely denaturing conditions, the utility of DHPLC has been extended to the genotyping of known polymorphisms by utilizing the ability of poly(styrene-divinylbenzene) to resolve single-stranded DNA molecules of identical size that differ in a single base. Under completely denaturing conditions, it is thus possible to resolve all possible base substitutions with the single exception of C-->G transversions. Improvements in throughput became feasible with the recent introduction of monolithic poly(styrene-divinylbenzene) capillaries that lend themselves to the fabrication of arrays connected to a multi-color laser induced fluorescence scanner or a mass spectrometer.     

FKBP6基因278C/A单核苷酸多态性与原发无精症相关研究

目的对FKBP6基因第3、4外显子进行突变和多态性筛查,研究第3外显子278C/A位点及第2内含子C/T位点(rs7797242)在无精症患者和正常男性中的多态性,初步探讨与原发无精症的相关性。方法采用变性高效液相色谱和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对第3、4外显子进行突变和多态性筛查,对177例无精症患者和231名正常男性的278C/A和C/T(rs7797242)多态性进行基因分型。结果278C和278A等位基因频率符合Hardy-Weinberg平衡。无精症患者278A显著低于正常对照,差异有统计学意义(P<0.05)。C/T多态性在两组中均未检出,第3、4外显子未筛查到新的变异。结论278A等位基因可能与原发无精症相关。C/T(rs7797242)及370G/A,430G/C,467T/C,468G/A在中国人群中非常罕见。