人类白细胞抗原新等位基因DRB11*15402的发现及确认

背景：目前国内骨髓库主要采用分辨率较高的聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法，该方法在提高分辨率的同时，使部分隐藏新基因的标本的检测结果表现为摸棱两可，对该可疑标本进行确认最简便的方法是DNA测序HLA分型检测。 目的：应用DNA测序方法确认HLA—DRB1位点1个新等位基因。 设计、时间及地点：常规初检于2005-11在河南血液中心中国骨髓库河南分库HLA组织配型实验室完成，测序实验于2006-04在美国海军骨髓库HLA实验室完成。 材料：中国造血干细胞捐献者初检结果可疑为新基因的重采血样5mL。 方法：采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型流式微珠杂交技术对中华造血干细胞捐献者进行HLA中低分型检测，对可疑为新等位基因的样本进行DNA测序分析，通过EBI（http：／／www．ebi．ac．uk／）和NCBI（http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／）将测序结果与已知的人类白细胞抗原（human leukoyte antigen，HLA）等位基因序列进行比较分析，以确认是否为新的基因序列。 主要观察指标：测序结果与已知HLA等位基因序列的比较分析。 结果：样本HLA—DRB1位点中低分型结果的初检、复检反应格局与分析软件数据库中HLA—DRB1等位基因的模板谱型均不匹配。样本DRB1＊11XX第2外显子序列与所有已知等位基因序列均不一致，与DRB1＊110401的同源性高达9970，外显子2区域中的308位碱基发生了C〉A碱基替代，并导致了相应氨基酸丙氨酸〉谷氨酸的改变。 结论：该等位基因为HLA-DRB1：11组中的1个新等位基因，2006-07被WHO的HLA因子命名委员会正式命名为HLA—DRB1＊115402。     

新等位基因HLA-B*4060的认定

应用PCR—SSO基因分型技术发现可能的HLA新等位基因，对PCR产物进行测序及克隆测序，确认与最同源HLA等位基因序列的差异。发现一个样本的HLA—B位点结果异常，其核苷酸序列与已知所有HLA—B位点等位基因序列均不一致，与同源性最高的等位基因B＊400102在第三外显子区域有7个碱基的差异。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因，于2005年7月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊4060。     

新等位基因HLA-DRB1＊1462的核苷酸序列分析

本研究验证一个新的HLA等位基因DRB1＊1462的核苷酸序列。应用MR-SSO和MR-SSP基因分型技术对HLA分型,对怀疑是HLA新等位基因进行DNA测序。结果发现,该序列与已知的所有HLA-DRB1等位基因序列不一致,与HLA—DRB1＊140101的序列差异仅表现在第2外显子区域中256位碱基发生了G-〉A的替换,导致相应的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸。结论：该基因是HLA-DRB1位点的一个新等位基因,已经被WHOHLA命名委员会于2006年1月30日正式命名为HLA-DRB1女1462。     

新等位基因 HLA-B*40: 162 测序分析及确认简

本研究旨在识别并确认中国人群中HLA-B位点的一个新等位基因.应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因利用组序列特异性引物（GSSP）及单链测序基因分型技术进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者差异.结果发现,有1个样本的HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的B＊40：06：01的差异表现在第2外显子272位碱基由C＞T,导致第67位密码子由丝氨酸变为苯丙氨酸.结论：确认该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已经被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊ 40：162.     

DNA序列分析鉴定HLA-DRB1~*新等位基因DRB1~*1449

目的鉴定HLADRB1位点新等位基因。方法应用基因克隆和DNA测序技术对1例受检样本HLADRB1基因第2外显子(Exon2)作核苷酸序列分析,与已知等位基因序列比对并作血清学分型。结果基因组DNA和DNA克隆的测序结果一致;DRB1Exon2的核苷酸序列与已知等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLADRB11432相比,存在4处碱基的改变;以Exon2的第1位碱基为记数起点,核苷酸71位C→>G,196位G→>A,244位T→>G和245位上G→>T,引起相应编码氨基酸28位上天门冬氨酸(Asp)→>谷氨酸(Glu),70位上精氨酸(Arg)→>谷氨酸盐(Gln),86位上缬氨酸(Val)→>氨基乙酸(Gly)。血清学分型结果表明新等位基因血清学特异性为DR14。结论被检标本HLADRB位点存在新等位基因,2005年2月WHOHLA命名委员会正式将其命名为HLADRB11449。     

HLA新等位基因HLA-B~＊5145的确认

背景：作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能。目的：发现和认定1个HLA新等位基因。方法：采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列。结果与结论：PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A＊02XX,A＊33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1＊1202,DRB1＊1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B＊44XX,B＊53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂（Dynal,PCR-SSO）分型方法进行分析,也显示无法判定的结果。等位基因HLA-B＊5145是HLA-B＊5106的变异体,该基因和B＊5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N（天冬酰胺,Asn）→D（天冬氨酸,Asp）,346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y（酪氨酸,Tyr）→S（丝氨酸,Ser）,362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K（赖氨酸,Lys）的变化。该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B＊5145。     

基因测序鉴定新等位基因A＊33：03：14

目的：鉴定一个广东省结直肠癌患者人群中发现的 HLA 新等位基因并检测分析其核苷酸序列。方法采用 Qiagen 试剂盒提取样本 DNA,聚合酶链式反应-直接测序分型技术（PCR-SBT）获得 HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1的核苷酸序列及 HLA 高分辨率分型结果,并分析其与 HLA-A＊33：03：01基因序列的异同。结果发现1个与 HLA-A＊33：03：01核苷酸序列高度相似的新等位基因,与已知 HLA-A＊33：03：01相比,该等位基因在外显子3的碱基位置492出现 T→A 点突变,密码子位置149由 GCT→GCA,所对应编码的氨基酸均为丙氨酸,为同义突变。结论基因测序结果表明该基因序列为新的 HLA 等位基因,已提交 GeneBank,并于2013年2月被世界卫生组织 HLA 因子命名委员会正式命名为 HLA-A＊33：03：14。Genbank 注册号为 HWS10017874。     

由HLA-B位点SSP的异常格局发现HLA-C位点新等位基因

目的鉴定HLA-C位点的新等位基因。方法采用PCR-SSP进行HLA低分辨分型,引用DNA亚克隆加DNA序列分析,鉴定HLA-C位点的新等位基因。结果 PCR-SSP常规进行临床患者的HLA基因分型,发现1名患者B位点反应格局异常,但序列分析表明B位点2个等位基因无异常。进一步分析出现在B位点SSP异常反应格局中的额外特异性扩增片段,其碱基序列同源于C位点基因序列。测序分析发现该病例C位点存在1个新等位基因,比对分析表明新等位基因序列与Cw*031101相比较,第97位碱基由T→G,第105位由T→C,相应编码的第9位氨基酸由酪氨酸(Y)→天门冬氨酸(D)。但相应编码第11位氨基酸的无变化。结论 DNA测序表明被测标本含有HLA-C新等位基因,被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-Cw*0339。     

基因测序鉴定新等位基因HLA-A*11:01:37

目的 鉴定1个中国汉族人群中发现的HLA-A新等位基因.方法 应用双链亢接测序分型技术对中华骨髓库志愿捐献者进行常规HLA高分辨分型,发现1份样本HLA-A位点有1个碱基错配,采用单链DNA测序进行新等位基因鉴定.结果 确认1个等位基因序列未曾报道过,与同源性最高的HLA-A*11:01:01相比,该等位基因393位碱基由G变为A,导致107位密码子由GGG变为GGA,编码氨基酸未改变,仍为甘氨酸(Gly).结论 鉴定了1个新的HLA-A等位基因,2012年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*11:01:37,Genbank注册号为JN209962.     

首例HLA-B新等位基因HLA-B＊15：124的核苷酸序列分析

本研究探讨人类白细胞抗原（human leukocyte antigen,HLA）新等位基因HLA-B＊15：124的核苷酸序列及其分子机制。采用商用试剂盒抽提标本基因组DNA,利用HLA-B组特异性引物PCR扩增先证者HLA-B基因的第2,3和4外显子,经酶法纯化扩增产物后进行第2,3和4外显子双向测序分析。结果表明：先证者标本组特异性引物扩增测序得到2个等位基因,其中1个等位基因为B＊40：03,另1个为新发现的等位基因,与最接近的B＊15：52等位基因序列相比,新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同,第499位A→T和第512位G→T,这导致氨基酸第143位Thr→Ser和第147位Trp→Leu。结论：新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同。该等位基因序列已递交GenBank（EF187276）,并作为1个首次发现的HLA-B位点的等位基因,已经被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊15：124。     

陕西地区10165例造血干细胞捐献者HLA-A／B／DRBl座位罕见等位基因确认与分析

本研究分析陕西地区2009-2012年度10165例造血干细胞捐献者HLA-A／B／DRBl分型中罕见等位基因的检出状况。应用PCR-SBT方法对10165陕西地区造血干细胞捐献者的HLA-A／B／DRBl进行分型。结果发现,在48例捐献者中确认罕见等位基因40种,其中在15个捐献者中确认的10种等住基因虽不包含在中华骨髓库的常见及确认等位基因表（common allelesandwelldoeumemedalleles,CWD）中,但已包含在美国免疫遗传协会的常见及确认的等位基因表中,分别是：A＊02：04、B＊07：10、B＊27：09、B＊35：11、B＊44：29、DRB1＊03：04、DRB1＊08：18、DRB1＊13：05、DRB1＊13：14、DRB1＊14：11,检出2例以上的罕见等位基因包括A＊68：24、B＊35：11、B＊44：29、DRB1＊03：04、DRB1＊08：18、DRB1＊13：05。本实验室从2005-2012年发现并被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会命名的共21例新的HIA等位基因中,有些在多个实验室的多个个体被确认,现已有HLA-A＊02：90、HLA-B＊48：14、HLA-DRB1＊01：14被列入中华骨髓库的确认及常见等位基因表。结论：在实际工作中,对于发现的新等位基因要及时上报,对确认的罕见等位基因要记录统计,保证中华骨髓库HLA基因人群分布不断累积和多态性完整,给修正中国CWD表提供依据。在参照常见及确认等位基因表进行实验分析时,对于模棱两可样本含有已确认过的罕见等位基因时要慎重取舍,以避免错检或漏检发生,保证患者尤其是携带罕见等位基因的患者最大可能的找到匹配的供者。     

DNA序列分析鉴定HLA-B新等位基因HLA-B~*4816

目的鉴定1个HLA-B位点新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术发现可能的HLA-B位点新等位基因,对PCR产物进行序列分析,确认与最同源的HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*4801在第2外显子区域有1个碱基的差异:第187位碱基由A>T,这一突变使密码子63由GAG>GTG,导致编码的氨基酸由Glu>Val。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,2006年7月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4816。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。     

新等位基因HLA-B^＊5812的认定

应用流式反向PCR-SSO和PCR-SSP基因分型技术发现可能的HLA新等位基因,对PCR产物进行HLA基因分型、DNA序列分析及克隆测序。发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*5801的差异在于第2外显子区域中的第69位碱基发生了G→T的替换,即"GCA→TCA",结果改变了第24位密码子编码的氨基酸,即"丙氨酸→丝氨酸"。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,已于2006年4月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5812。     

中国汉族群体中异基因造血干细胞移植前人类白细胞抗原的高分辨分型

目的：通过对异基因造血干细胞移植无关供受者对的人类白细胞抗原A．B．DRB1基因的序列分析，探讨中国汉族群体中异基因造血干细胞移植前人类白细胞抗原高分辨分型的必要性。方法：实验于2000—08／2004—03在深圳市血液中心完成。供者和受者114对的血样分别来源中华骨髓库和各移植医院，供者和受者均签署知情同意书。采用聚合酶链式反应-测序分型技术对114对中国汉族无关供受者间的人类白细胞抗原-A，B，DRB1等位基因进行序列分析，观察中国汉族无关供受者对间等位基因水平的配合率、各等位基因家族的配对分布和错配分布规律。某些位点的模棱两可结果，则通过相应位点的高分辨聚合酶链式反应-序列特异性引物分型试剂进行分离并确认最后结果。结果：①高分辨与低分辨分型结果比较：114对无关供受者对中，110对人类白细胞抗原-A，B，DRB1的聚合酶链式反应-测序分型结果与低分辨（等位基因星号后两位数）DNA分型结果相吻合，4对聚合酶链式反应．测序分型结果与低分辨结果不相符。②供受者间人类白细胞抗原-A，B，DRB1高分辨配对分类结果：39％的中国汉族供受者对完全配合，但61％的供受者间存在至少一个等位基因的错配。③供受者间人类白细胞抗原-A，B，DRB1等位基因家族配对分布结果：3个座位的错配率分别为A（23％），B（10％），DRB1（17％）；A和DRB1座位的错配比较集中，A座位仅见于A＊02，A＊11和A＊24家族，DRB1座位见于DRB1＊04，DRB1＊08，DRB1＊12，DRB1＊14和DRB1＊15家族；而B座位的错配则比较分散，比较高的是B＊35，B＊48，B＊61和B＊62。④供受者间人类白细胞抗原-A，B，DRB1错配等位基因组合结果：3个座位的错配等位基因组合呈现较高的多样性，比较常见的几种组合为A＊0201／0207，A＊1101／1102．A＊0201／0206，A＊0203／0207，B＊4002／4006，DRB1＊1201／1202和DRB1＊1501／1502。结论：中国汉族异基因造血干细胞移植无关供受者对的人类白细胞抗原等位基因配合率低且其分布具有一定规律和特殊性，在移植前有必要对无关供受者对进行人类白细胞抗原高分辨分型。     

新的HLA-B*4061等位基因的核苷酸序列分析

本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B＊4061的分子基础。采用盐析法抽提样本DNA，利用PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子，PCR产物直接经TOPO克隆到质粒载体中得到单链，对所得克隆进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。应用PCR-SSP方法证实测序所发现的突变。结果表明：先证者样本克隆测序得到2个等位基因，其中1个等位基因为B＋4601，另1个经blast验证其为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ089628，DQ089629，DQ089630）。与最接近的B＊400101等位基因序列相比，新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷酸不同，即第272位C→A，导致第67位氨基酸Ser→Tyr。结论：HLA-B＊4061等位基因为新的HLA-B等位基因，已荣获世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名。     

HLA新等位基因HLA-B*35:155的确认

目的发现和认定一个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因。方法应用多聚酶链式反应—基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)进行HLA常规分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B*35:03:01,51:01:01在112位有一个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对于B*35、B*51的序列特异性SSSP引物测序,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果测序结果表明该等位基因与其同源性最高的等位基因B*35:03:01的差异是在第2外显子112位的C>T,其突变导致密码子CGG>TGG,结果造成B*35:03:01氨基酸序列中14位的精氨酸(R)变为色氨酸(W)。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:155。     

新等位基因HLA-A~*11:97与HLA-B~*44:127的确认

背景:近几年来,随着分子生物学的发展及人类白细胞抗原分型技术的提高,人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。目的:识别并确认两个新的人类白细胞抗原等位基因。方法:应用PCR-SBT、GSSP及单链测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行人类白细胞抗原A,B,DRB1位点进行基因分型,对新等位基因进行DNA测序并与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对。结果与结论:两个样本各有一个位点与目前已知的相应人类白细胞抗原A、B等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*11:01:01的差异表现在第2外显子区域中的193G>T,194C>T,导致第41位密码子由丙氨酸变为亮氨酸,样本2与其同源性最高的B*44:02比较差异表现在第2外显子区域中第320位碱基由G>A,导致编码的第83位密码子由精氨酸变为组氨酸。说明两个样本分别为人类白细胞抗原A和B位点的新等位基因,并已被WHO人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原A*11:97和B*44:127。     

HLA-B无效等位基因B*5408N的核苷酸序列分析

本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B＊5408N的分子基础。采用商用抽提试剂盒抽提样本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第2-4外显子,对PCR扩增产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果表明：先证者样本测序得到两个等位基因,其中一个等位基因为HLA-B＊1527,另一个经blast验证其为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank（DQ295998,DQ295999,DQ296000）。与最接近的HLA-B＊5401等位基因序列相比,新的等位基因仅在第3外显子上有1个核苷酸不同,即第553位G→T,这导致第161位氨基酸Glu（GAG）→终止密码（TAG）,蛋白质的翻译提前终止。血清学方法未能检出HLA-B54抗原。结论：该等位基因为HLA-B无效表达等位基因,已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊5408N。     

HLA-A新等位基因A*01∶01∶51的DNA序列分析

目的 分析HLA-A*01∶01∶51新等位基因的序列.方法 应用SBT基因分型技术,通过位点特异性PCR扩增和组特异性PCR扩增,对扩增产物进行HLA-A基因的第2、3、4外显子双向测序,将测序结果与数据库进行比对,确认突变的位置.结果 组特异性引物扩增结果显示A位点有2个等位基因,其中1个为A*02∶07∶01,另1个为新等位基因.经BLAST分析,新等位基因与HLA-A* 01∶01∶01∶01序列仅在第4外显子上有1个碱基不同,即第762位C→T,254位氨基酸CTC→CTT,氨基酸没有改变,仍为亮氨酸.新等位基因序列已递交Genebank(JX629459).结论 该HLA-A新等位基因于2012年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为A*01∶01∶51.