2007-2008年吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因序列分析

目的了解2007-2008年间吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因的演变特征。方法采用MD-CK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果①2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为98.9%～100%,与同期WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比有10～14个氨基酸位点发生变化,并且在122位增加了一个糖基化位点;②长春市11月与12月分离的病毒株在进化树上处于不同的两个侧枝;③在同一流行高峰吉林省8个市州分离的流感病毒株在进化树上形成不同的两簇。结论2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比已经发生一定变化;不同时间及市州流行的病毒株也有差异。     

无锡地区2007～2010年H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子变异研究

[目的]了解2007～2010无锡地区H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素基因变异情况. [方法]选取2007～2010年哨点医院的H3N2亚型流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录聚合酶链武反应扩增后测序,测定序列用生物软件进行比较. [结果]对2007～2010年无锡地区分离的42株H3N2流感病毒的HA基因进行分析,核苷酸序列的进化树呈斜长型,进化的路径表现为一主要的进化主干向上发展. [结论]无锡地区2007 ～2010年H3N2亚型流感病毒有部分毒株已发生氨基酸的替换及基因特性的改变.     

天津市2007-2010年流感监测及H3亚型毒株HA1基因特性分析

目的 了解2007-2010年天津市流感流行特点及季节性流感H3N2亚型HA1基因变异特性.方法 采用MDCK细胞培养法分离流感病毒,选取14株H3亚型流感毒株进行RT-PCR扩增HA1片段,产物纯化后进行核苷酸序列测定,测定结果与WHO全球流感疫苗株序列进行同源比对,绘制种系发生树.结果 采集咽拭子标本4220份,分...     

2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒HA1基因特性研究

目的了解2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒流行情况及血凝素基因变异特征。方法 按时间先后顺序随机选择2007-2009年流感病原学监测中分离到的H3N2亚型毒株8株,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定并推导其氨基酸序列进行基因特性分析。结果H3N2亚型流感病毒在2007年为优势株,2008-2009年相对H1N1亚型流感病毒为弱势株;2007年分离株与该年疫苗株（A/Wisconsin/67/2005）比较,变异位点主要为G50E、S138A、K140I、R142G、N144D和L157S,抗原性发生了漂移;2008年分离株与2008-2009年疫苗株（A/Brisbane/10/2007）比较,变异位点主要为R142G、L157S;2009年分离株与该年疫苗株比较,变异位点主要为L157S、K173Q,2008-2009年分离株与该年疫苗株比较未发生明显变异。结论郴州市2007年H3N2亚型流感病毒HA1发生了明显变异,H3N2流感病毒较活跃,当年生产的疫苗预防效果较差;2008-2009年H3N2亚型流感病毒HA1与该年度疫苗株相比未发生明显变异,人群对其建立较好的免疫屏障,这是郴州市2008-2009年H3N2亚型流感病毒活动水平较低的主要原因。     

2003—2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变特征

目的了解近几年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变概况。方法选取2003—2008年河北省分离的25株H3N2亚型流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录一聚合酶链反应扩增,产物纯化测序,测定的序列用生物信息软件分析。结果每个流行期分离的毒株都较当年的疫苗株或前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。2003—2008年不同流行期分离株在3、140、142、144、145、158、159、189、192、193、198、204、225、226和227位点氨基酸发生了变化,多数的改变发生在抗原决定簇A、B及RBS。进化树分析显示,每个流行期分离株均与前一年的毒株或当年疫苗株出现了不同程度的变化,不断出现新的进化分支,同一流行期分离株基本呈现集中分布。结论2003—2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因不断发生变异,密切关注其变异对防控流感流行有重要意义。     

2003-2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变特征

目的了解近几年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变概况。方法选取2003-2008年河北省分离的25株H3N2亚型流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录-聚合酶链反应扩增,产物纯化测序,测定的序列用生物信息软件分析。结果每个流行期分离的毒株都较当年的疫苗株或前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。2003-2008年不同流行期分离株在3、140、142、144、145、158、159、189、192、193、198、204、225、226和227位点氨基酸发生了变化,多数的改变发生在抗原决定簇A、B及RBS。进化树分析显示,每个流行期分离株均与前一年的毒株或当年疫苗株出现了不同程度的变化,不断出现新的进化分支,同一流行期分离株基本呈现集中分布。结论2003-2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因不断发生变异,密切关注其变异对防控流感流行有重要意义。     

2018-2019年广西A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性.方法 对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1) pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析.结果 抗原分析的199毒株中有196株与疫苗株A/Michigan/45/2015类似,占98.49％.广西15株毒株的HA基因核苷酸序列与疫苗株A/Michigan/45/2015的同源性为97.83％～98.50％,氨基酸同源性为98.19％～99.10％.与疫苗株相比,广西15株毒株HA基因均存在S74R、S164T和I295V 3个氨基酸位点变异.广西毒株与疫苗株HA1的糖基化位点预测结果一致.系统进化显示广西毒株与疫苗株的HA基因均属于6B.1分支.结论 2018-2019年广西流行的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015组分匹配良好.     

2012 - 2013 年长春地区甲 3( H3N2) 亚型流感病毒 HA1 基因序列分析

目的了解2012—2013年长春地区流感病毒优势流行甲3（H3N2）亚型流感病毒HA1基因序列的特性。方法采用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录和聚合酶链式反应（RT—PCR）,扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序,用Mega5．10软件中NeighborJoining方法进行基因种系发生树分析。结果（1）2012—2013年吉林省长春地区流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为95．8％-100．0％,2012年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2011—2012年疫苗株A／perth／16／2009相比有15个氨基酸发生了变异;2013年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2012—2013年疫苗株A／Victoria／361／2011相比有13个氨基酸发生了变异。（2）2012年2—3月分离的毒株与2012年11月-2013年3月分离的毒株在进化树上处于两个不同的侧枝上。结论2012—2013年长春地区流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A／peah／16／2009、A／Victoria／361／2011相比HA1基因已经发生了一定的变化,不同时间流行的病毒株也有差异。     

成都市2009年流感病毒H3N2亚型血凝素基因分析

[目的]了解某市流行的H3N2流感病毒分子生物学特征、进化情况,及其血凝素基因与猪流感病毒血凝素基因的关系。[方法]对该市分离的2009年H3N2亚型流感病毒40株血凝素基因进行逆转录-聚合酶链(RT-PCR)扩增,然后测序,分析该市流感病毒H3N2亚型的核酸序列和氨基酸序列,与2009年疫苗推荐株及四川省猪流感病毒基因序列比对分析。[结果]该市2009年流感病毒H3N2亚型的流行株,与2009年的疫苗株比较,碱基同源性为99.5%,抗原性有一定的差异,但不是重组变异病毒,其流行强度有限。与A/swine//Sichuan/1/2006(H3N2)比较,同源性为94.4%,说明人源流感病毒A/H3N2与猪源流感病毒A/H3N2具有一定的同源性,但抗原决定簇区和受体结合位点具有差异,在种间互相流行的可能性较低。[结论]该市流感A/H3N2流行株虽然有一定的变异,但没有大流行的预警提示出现。长期监测具有必要性。     

河北省2005～2006年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征研究

[目的]研究2005～2006年河北省分离的H1N1型流感病毒毒株HA1基因特性。阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。[方法]用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。[结果]2005～2006年在河北省流行的H1N1型流感病毒HA1基因核苷酸和氨基酸序列与同时期的H1N1亚型疫苗株A/NewCaledonia/20/1999相比已发生较大变异,核苷酸同源性为97.0%～98.1%,氨基酸同源性为97.9%～98.7%,有5～7个氨基酸发生了替换,但均不在抗原表位。种系进化结果显示A/河北南市/37/2005与A/河北新市/56/2005和A/河北新市/129/2006位于2个小分支,均距A/NewCaledonia/20/1999较远,A/河北南市/37/2005与A/NewYork/221/2003有较近的亲缘关系。[结论]H1N1型流感病毒HA1基因已发生明显变异,但对抗原性改变意义不大;近几年H1N1持续低流行使人群易感性得以积累是今年H1N1型流感流行的主要原因;2005～2006年河北省同时流行着至少2支种系发生距离较远的H1N1型流感病毒。     

2013-2017年河南省H3N2亚型流感病毒流行特征分析

目的 分析河南省2013-2017年H3N2亚型流感病毒流行特征,为流感防控策略的制定提供依据。方法 采集河南省22家流感监测哨点医院的流感样病例(Influenza like illness,ILI)咽拭子标本,进行荧光定量PCR检测和病毒分离,对H3N2亚型流感病毒检测阳性标本进行统计分析。结果 河南省2013-2017年共检测62 307例ILI病例标本,其中H3N2亚型流感病毒核酸检测阳性4 791例,四个监测年度H3N2亚型阳性占流感总阳性的率分别为14.9%、95.68%、12.36%、76.57%,男女发病率差异无统计学意义;有三个监测年度不同年龄组的H3N2感染率差异有统计学意义;H3N2亚型流感病毒感染人群职业分布以散居儿童(24.73%-35.41%)、托幼儿童(21.94%-30.17%)、学生(16.77%-27.66%)检出人数最多;各个监测年度各市核酸阳性率和病毒分离率不同;H3N2病毒分离株以低血凝滴度(1〖DK〗∶16)二代细胞分离毒株为主(62.33%)。结论 2河南省H3N2亚型流感病毒呈年度周期性流行,是近些年流感流行的的主要型别,儿童和学生是H3N2亚型流感防控的重点人群,且该病毒在细胞中不易培养,呈低滴度高代数特点,应加强病毒分离工作。     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

广州市2019年H3N2流感病毒分子流行特征分析

目的 对广州市2019年不同来源的H3N2流感病毒进行基因测序,分析H3N2流感病毒的进化变异特点。方法 对广州市2019年门诊监测、暴发疫情、住院重症病例等不同标本来源的H3N2流感病毒进行分离并对其血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因进行测序,运用DNA Star 7.1、Mega 6.0软件分析病毒的变异和进化特点。结果 2019年广州市H3N2流感表现为流行期Ⅰ（2019年1-8月）和流行期Ⅱ（2019年11-12月）2个流行高峰。男性和女性的H3N2流感病毒阳性率分别为13.46%（703/5 221）和11.50%（510/4 435）,差异有统计学意义（χ²=8.43,P=0.00）。10~20岁年龄组H3N2流感病毒阳性率最高（25.18%,665/2 641）,各年龄组阳性率差异有统计学意义。测序发现,不同标本来源的毒株高度同源,亲缘关系相近,属于3C.2a.1分支。根据流行时间和进化特点,进一步划分为Group 1~3共3个小进化分支,Group 1分支流行于流行期Ⅰ、Group 3分支流行于流行期Ⅱ,Group 2分支为2个流行期过度的进化分支,流行期Ⅱ的病毒由流行期Ⅰ的病毒进化而来,且不同分支存在基因重组的现象。在疫苗选择压力下,Group 1~3分支逐渐出现HA抗原位点突变,导致新的抗原漂移。HA抗原位点变异主要发生A和B区,Group 1分支和Group 3分支受体结合位点变异发生在前壁和后壁,Group 2~3分支在HA抗原位点A区缺失2个糖基化位点。结论 2019年广州市H3N2流感病毒的遗传变异包括位点突变和基因重组。在疫苗免疫压力下H3N2流感病毒发生快速的进化变异,抗原位点变异逐渐累积,进而出现新的抗原漂移。应对H3N2流感病毒分子流行特点进行持续监测。     

浙江省1 998年H3N2流感流行的溯源研究

目的 对1998年浙江省的H3N2流感流行进行溯源研究.方法 采用RT-PCR扩增浙江省1998年3株H3N2流感流行代表株的全基因组序列,并与GenBank上1995-1998年世界其他地区H3N2流感流行株进行比较;同时,采用交叉血凝抑制实验,计算各毒株间的抗原比.结果 HA基因进化树表明,1998年浙江省H3N2优势流行株A/Zhejiang/11/98、A/Zhejiang/18/98与1995-1996年世界各地以及1997年我国大陆的H3N2流行株间存在显著差异,在进化树上虽与A/Sydney/5/97同属一簇,但和美国纽约以及中国香港1997年后期流行株更为接近.在HA1、NA和MP基因上,A/Zhejiang/18/98与香港1997年后期流行株同源性最高,而在PA、HA和NS基因上,与纽约流行株的遗传距离也小于A/Sydney/5/97.A/Zhejiang/18/98与香港或纽约株在HA1区仅存在1～3个位点的氨基酸残基不同,而与A/Sydney/5/97存在7个位点的氨基酸残基差异,其中3个位点于抗原决定簇区.各毒株间的交叉血凝抑制实验表明A/Zhejiang/18/98与A/Sydney/5/97的抗原比已达2.0,提示二者在抗原性上存在一定差异.此外,1997-1998年H3N2各地流感流行的起始时间序列,也显示了该次流感传播的可能途径.结论 浙江省1998年H3N2流感的流行很可能是由1997年底H3N2新型流感变异株经纽约和香港输入中国大陆所导致.     

宁夏H3N2流感病毒血凝素基因分子特征分析

目的 了解2014-2020年宁夏H3N2流感病毒血凝素(Haemagglutimin,HA)基因变异情况,为宁夏的流感防控提供科学依据.方法 选取2014-2020年宁夏分离的30株H3N2流感毒株,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析.结果 与疫苗株A/Te...     

Antigenic sites of H1N1 influenza virus hemagglutinin revealed by natural isolates and inhibition assays

The antigenic sites of hemagglutinin (HA) are crucial for understanding antigenic drift and vaccine strain selection for influenza viruses. In 1982, 32 epitope residues (called laboratory epitope residues) were proposed for antigenic sites of H1N1 HA based on the monoclonal antibody-selected variants. Interestingly, these laboratory epitope residues only cover 28% (23/83) mutation positions for 9 H1N1 vaccine strain comparisons (from 1977 to 2009). Here, we propose the entropy and likelihood ratio to model amino acid diversity and antigenic variant score for inferring 41 H1N1 HA epitope residues (called natural epitope residues) with statistically significant scores according to 1572 HA sequences and 197 pairs of HA sequences with hemagglutination inhibition (HI) assays of natural isolates. By combining both natural and laboratory epitope residues, we identified 62 (11 overlapped) residues clustered into five antigenic sites (i.e., A-E) which are highly correlated to the antigenic sites of H3N2 HA. Our method recognizes sites A, B and C as critical sites for escaping from neutralizing antibodies in H1N1 virus. Experimental results show that the accuracies of our models are 81.2% and 82.2% using 41 and 62 epitope residues, respectively, for predicting antigenic variants on 197 paring HA sequences. In addition, our model can detect the emergence of epidemic strains and reflect the genetic diversity and antigenic variant between the vaccine and circulating strains. Finally, our model is theoretically consistent with the evolution rates of H3N2 and H1N1 viruses and is often consistent to WHO vaccine strain selections. We believe that our models and the inferred antigenic sites of HA are useful for understanding the antigenic drift and evolution of influenza A H1N1 virus.     

石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的:了解石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒流行情况,研究2009年分离H3N2亚型流感病毒株血凝素重链(HA1)的基因特性及变异情况。方法:用MDCK细胞分离流感病毒,采用血抑实验分型鉴定。随机选取24株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取、逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因序列测定,之后用DNAStar软件的MegAlign功能进行序列比对和分析。结果:经MegAlign将24株毒株与WHO疫苗推荐株A/Wisconsin/67/200(07～08)、A/Bris-bane/10/2007(08～10)进行比对,发现与同年疫苗株同源性较高,为98.2%～98.6%,仅有个别位点出现氨基酸替换。结论:2009年石家庄市H3N2亚型流感毒株HA1区与同年疫苗株基因序列符合率较高,尚未形成一个新的变异株。     

无锡地区H3N2流感病毒流行情况实验室分析

目的 了解无锡地区H3N2流感病毒血凝素基因变异情况和人群中HI抗体水平,分析H3N2流感病毒流行情况.方法 选取2007～2010年哨点医院的H3N2流感病毒进行基因序列比对;选择2008年9月～2009年5月健康体检人群及流感监测哨点医院就诊病例血清140份,2010年9月～2011年1月血清98份进行人群中HI抗体分析.结果 对无锡地区分离的42株H3N2流感病毒的HA基因进行分析,核苷酸序列同源性为98.1％～99.6％,病毒之间的核苷酸序列同源性差异较小.2008年9月～2009年5月人群中H3N2 H1抗体阳性率为86.40％、保护率为84.30％、GMT为1∶58.56,2010年9月～2011年1月人群中为100.00％、100.00％、1∶78.88,两者之间HI抗体阳性率、保护率和GMT差异有统计学意义(P均=0.000).结论 根据对无锡地区2007 ～2011年H3N2亚型流感病毒监测、基因进化分析和人群中抗体保护检测情况分析,推测近期H3N2流感病毒不会有较大流行.     

2010-2013年中山市流感病毒(H3N2)血凝素基因特征分析

目的研究中山市2010-2013年流行的H3N2亚型流感病毒的血凝素基因特征,分析其基因变异情况。方法选取2010-2013年中山市流行的H3N2亚型流感病毒6株,用MDCK细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA基因并测定序列,利用BLASTn对序列进行相似性检索,分析其与疫苗株,不同年份、区域流行株的进化变异情况。结果共分离鉴定到6株H3N2亚型流感病毒,其中2株为2010年流行株,2株为2012年流行株,2株为2013年流行株。各年流行株与其他国家或地区当年大部分流行株在一个分支上,其进化距离随着进化时间变长而变远。2012年流行株相对2010年流行株在HA1区发生12个氨基酸位点变异,有3个位于B、C区。2013年流行株相对2012年流行株发生4个氨基酸位点变异,有2个位于A区。2012年、2013年流行株相对于疫苗株分别发生6、8个氨基酸位点变异,分别有2、4个位于A、B、C区。受体结合位点未发生变异。结论中山市H3N2亚型流感病毒流行株在年度之间存在一定变异程度,进化距离随着进化时间变长而变远,相对于疫苗株也存在一定程度上的变异。