基于网络药理学和分子对接验证技术探讨贯叶金丝桃抗阿尔茨海默病的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接技术研究贯叶金丝桃治疗阿尔茨海默病（Alzheimers disease,AD）的潜在作用机制。方法 在TCMSP及TCM Database@Taiwan数据库查找贯叶金丝桃的化学成分并进行活性成分筛选;利用化源网、PubChem、SwissTargetPrediction及ChEMBL数据库获取活性成分的作用靶点,检索GeneCards、OMIM、DrugBank和DisGeNET数据库,结合文献检索获取AD的疾病靶点。取两者交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。采用Metascape平台对靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析,通过Cytoscape 3.10.0软件构建“化合物-靶点-通路”网络并进行拓扑学分析,并采用AutoDock Vina 1.1.2进行分子对接验证。结果 贯叶金丝桃防治痴呆的关键化合物是贯叶金丝桃素金、丝桃素及金丝桃苷等,其对应的关键靶点为APP、PIK3R1、PIK3CA、AKT1、EGFR、GSK3B等,分子对接验证结果显示其主要活性成分与核心靶点均具备潜在活性。所涉及的主要分子过程及通路为激酶活性的正调控、神经活性配体-受体相互作用及激酶活性调节等,关键通路为AD通路和PI3K-Akt信号通路。结论 贯叶金丝桃治疗AD的机制可能与减少β-淀粉样蛋白的产生及tau蛋白形成,调节神经炎症相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨中药丹参治疗股骨头坏死的作用机制

目的　利用网络药理学和分子对接探讨中药丹参治疗股骨头坏死（ONFH）的作用机制。方法　通过中药 系统药理学数据库和分析平台TCMSP筛选丹参有效活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、NCBI和DisGeNET数据 库收集ONFH疾病靶点。利用jevnn获取丹参与ONFH交集靶点,并进行GO和KEGG富集分析,利用Cytoscape软件绘出 “成分-靶点-疾病”的网络图,最后对药物核心成分与交集靶点进行分子对接验证。结果　筛选出丹参与ONFH的交集 靶点有 74 个,包括EZH2、CYP19A1、EGFR、PTPN6、OPRM1 等。丹参抗ONFH核心成分有 19 个,包括木犀草素、紫丹 参素C、异丹参酮II、丹参酮IIA等;存在潜在调控通路共 237 个,主要为AGE/RAGE、流体剪切应力、动脉粥样硬化、TNF 等信号通路。分子对接显示丹参酮IIA、木犀草素与EZH2 之间有结合活性,丹参酮IIA、木犀草素与EGFR之间有强烈的 结合活性。结论　丹参可以通过多个成分、多个靶点途径发挥治疗ONFH的作用,主要与促血管内皮增殖、影响骨细胞分 化及调节血流动力学等机制有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药复方黄连汤治疗胰腺癌的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究黄连汤治疗胰腺癌药效成分的可能靶点,为其临床应用及科研提供理论依据。方法 根据类药性及口服生物利用度,通过中药系统药理学数据库分析平台、GeneCards和OMIM数据库,筛选黄连汤治疗胰腺癌的有效活性成分预测作用靶标;采用Cytoscape 3.8.0绘制出黄连汤活性成分-胰腺癌作用靶标网络;应用STRING数据库制作靶标相互作用网络并筛选出网络核心基因;应用 KEGG 和 GO 富集分析药物与胰腺癌病变的信号通路;采用AutoDockTools和Vina软件进行分子对接。结果 本研究共筛选出药物相关靶点879个,其中黄连287个,干姜54个,艾叶236个,乌梅302个。筛选到网络核心基因16个,分别为EGFR、MYC、HIF1A、MAPK1、FOS、JUN、MAPK8、TP53、CCND1、CDKN1A、ESR1、RB1、PPARA、RELA、NR3C1、AKT1;GO生物过程包括对脂多糖的反应、对活性氧的反应、对氧化应激的反应、对营养水平的反应、对异源生物刺激的反应等;KEGG通路富集分析主要涉及丙型肝炎、胰腺癌、乙肝、膀胱癌、AGE-RAGE信号通路、前列腺癌等;分子对接发现槲皮素与TP53、CCND1和CDKN1A基因具有较好的结合性;利用CCK8法检测不同浓度黄连汤对Panc-1细胞的毒性作用,验证黄连汤对Panc-1细胞的抑制作用。结论 本研究体现了中药复方黄连汤多成分、多靶点及多途径的作用特点, 为黄连汤治疗胰腺癌作用机制提供新思路和新靶点。     

痛风汤作用机制的网络药理学和分子对接探讨

目的 基于网络药理学和分子对接方法,探究痛风汤治疗痛风的可能作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国中药整合数据库(TCMID)、Similarity Ensemble Approach数据库(SEA),检索并收集痛风汤的活性成分及其对应的靶点.通过人类基因组注释数据库(Genecards...     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草治疗银屑病的作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接探索紫草治疗银屑病的作用机制.方法 通过TCMSP、Pub-Chem及Swiss Targe Prediction数据库和Gene Cards、OMIM数据库筛选紫草活性成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络,筛选紫草治疗银屑病的活性成分及靶点;基于R软件进...     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨真武汤治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接方法探讨真武汤治疗慢性肾衰竭( CRF)的作用机制.方法:采用TCMSP数据库筛选真武汤中有效成分及靶点,并将靶点导入Uniprot数据库匹配基因名.利用OMIM、Drugbank、Genecards、CTD数据库筛选CRF靶点并与真武汤靶点取交集.将交集靶点导入STRING数据库进行PP...     

基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接探究六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制.方法:运用中药网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出六味中药的主要成分,通过SwissTargetPrediction、SEA和PharmMapper共同预测化合物的靶点,运用Cy-toscape构建成分-靶点网络.通过DisGeNET、T-HO...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨中药治疗脑卒中作用机制的研究进展

脑卒中又称"中风",是一种急性的脑血管疾病,包括缺血性和出血性卒中,其高发病率、高致残率的特点严重危害人类健康.中医药学是中华民族的瑰宝,几千年来在脑卒中治疗中积累了丰富的临床经验,由于缺乏对作用机制的科学阐释,影响了中药在脑卒中治疗中的应用.因此,基于网络药理学及分子对接技术探讨中药与脑卒中的关系具有重要的临床意义....     

基于网络药理学和分子对接研究金银花-黄芪药对治疗骨髓炎的分子机制

目的 运用网络药理学与分子对接的方法探索金银花-黄芪药对治疗骨髓炎可能的作用机制,为临床用药提供科学依据.方法 在TCMSP平台内检索金银花、黄芪的生物活性成分并进行筛选,同时在蛋白质数据库和相关基因数据库中检索骨髓炎的潜在靶点,构建Venny图寻找共同靶点;运用Cytoscape软件构建"药物成分-靶点-疾病"复杂网...     

解郁方治疗脑卒中后抑郁的网络药理学和分子对接研究

摘要：目的：基于网络药理学与分子对接技术,探究解郁方治疗卒中后抑郁（Post stroke Depression,PSD）的作用机制。方法:挖掘TCMSP和BATMAN-TCM筛选解郁方有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、TTD、OMIM、PharmGKB、Drugbank数据库获取治疗PSD的相关靶点,两者交集得到药物-疾病交集靶点,在String12.0数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction,PPI）,通过Cytoscape3.9.1筛选出核心成分与靶点。利用R语言对核心基因进行GO及KEGG通路富集分析;通过AutoDock vina1.5.6分子对接,并利用Pymol 2.5进行可视化。结果：解郁方活性核心成分为汉黄芩素、甘草查尔酮A、木犀草素等,核心靶点为TP53、MYC、STAT3、MAPK1、MAPK3、AKT1、ESR1、BCL2、FOS、HSP90AA1、CDKN1A,主要通路为PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果分析显示,木犀草素与MAPK1、汉黄芩素与TP53结合最为稳定。结论：解郁方能够治疗PSD,其作用机制可能通过MAPK1、TP53、STAT3核心靶点调控PI3K-Akt信号通路,进而抑制体内炎症反应与氧化应激反应,改善神经功能有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨六神胶囊治疗COVID-19的物质基础及作用机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻六神胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础和分子机制。方法 借助常用的网络药理学数据库检索六神胶囊中雄黄、人工牛黄、冰片、蟾酥和麝香等的有效活性成分和作用靶点。通过UniProt数据库查询靶点对应的基因,Cytoscape 3.6.1软件构建中药-有效活性成分-有效靶点网络,通过Metascape平台进行GO富集分析、KEGG和Reactome信号通路分析,将中药有效活性成分-有效靶点网络中排名前20的单体与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）以及SARS-CoV-2 RNA依赖性RNA聚合酶（RNA dependent RNA polymerase, RdRp）进行分子对接。结果 中药-有效活性成分-有效靶点网络包含药材5个、化合物132个、靶点2 082个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、PLA2G1B、PTGS1等。GO功能富集分析得到GO条目495个（P<0.05）,其中生物过程（BP）条目287个,细胞组成（CC）条目96个,分子功能（MF）条目112个。KEGG通路富集筛选得到107条信号通路（P<0.05）,主要涉及免疫和炎症通路,细胞生长、代谢、凋亡相关通路,癌症通路,神经活性配体-受体相互作用等。Reactome通路富集筛选得到85条信号通路（P<0.05）,主要涉及G蛋白偶联、白细胞介素信号、受体酪氨酸激酶信号、神经系统、基因转录等通路。分子对接结果显示六神胶囊中麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等核心活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶、ACE2以及SARS-CoV-2 RdRp的亲和力与临床推荐化学药相似。结论 六神胶囊中的活性成分麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等可能通过与ACE2结合并作用于PTGS2、ESR1、PLA2G1B和PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而起到抑制SARS-CoV-2的作用。      

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术,研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病（Alzheimer's disease,AD）的潜在药效物质基础和作用机制,为其临床应用提供理论依据。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库检索八珍益智方8味组方药材化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库查询AD的相关靶点;利用R语言3.6.3得到药物和疾病的交集靶点;借助String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接。结果 八珍益智方共收集到200个化学成分和226个靶点,Cytoscape 3.7.2软件筛选出包括AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3等37个核心靶点,槲皮素、山柰酚、柚皮苷、豆甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等15个核心化合物。GO富集分析得到1 331个条目（P<0.05）,KEGG通路富集得到相关通路65条（P<0.05）。分子对接结果显示15个核心化合物和AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3具有较好的亲和力。结论 八珍益智方治疗AD的通路主要涉及癌症的途径、MAPK信号通路、前列腺癌、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等,研究结果为八珍益智方治疗AD作用机制的进一步阐明提供了指引。      

基于网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制*

目的 应用网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 TCMSP数据库中检索葛根芩连汤的活性成分及靶点。收集DrugBank、DisGeNET、TTD数据库中溃疡性结肠炎疾病靶点。应用Pubchem、Chem3D、PyMOL进行对接配体的构建,Autodock对受体蛋白处理,利用命令符（CMD vina）进行分子对接。应用DAVID进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 葛根芩连汤作用于溃疡性结肠炎114个核心靶点,其中 MAPK3、MAPK1、STAT3、FOS、MAPK14等蛋白是重要作用靶点。橡黄素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素、黄芩素、甘草查尔酮A等是葛根芩连汤的主要活性成分,其可能作用于Cancer、PI3K-Akt、TNF、HIF-1、MAPK、Toll-like receptor、FoxO、Ras等信号通路,从而发挥抗炎、抗氧化损伤、控制细胞凋亡、抑制免疫、延缓肿瘤进展等作用。结论 葛根芩连汤可能通过多成分、多靶点网络作用于溃疡性结肠炎发挥抗炎、抗氧化损伤、延缓肿瘤进展等作用。     

基于分子对接及网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制

目的:基于分子对接与网络药理学的方法,探讨附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制。方法:第一,通过TCMSP数据库、Drug Bank数据库和Pharm Mapper平台对附子理中汤所含化学活性成分进行筛选并获取其作用靶点,再利用GAD数据库、OMIM数据库、CTD数据库获得胃癌的相关靶点;第二,利用Draw Ven Diagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.5.1软件构建出蛋白互作图;第三,通过DAVID分析工具和KOBAS3.0软件对搜集到的靶点蛋白从生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组分(cellular component,CC)三方面进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析;第四,利用PDB数据库、Systems Dock Web Site数据库集进行受体-配体的分子对接,并分析docking scores,验证附子理中汤治疗晚期胃癌的临床疗效。结果:从TCMSP数据库筛选出附子理中汤的147种化学成分,预测到4 791个靶点,通过CTD、OMIM筛选出28 006个与胃癌相关的靶点,韦恩图显示346个潜在靶标。结论:附子理中汤可能通过细胞基质黏附、端粒酶活性的阳性调节、脂肪酸生物合成等生物过程而发挥作用,其主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism(2-氧羧酸代谢)信号通路和Propanoate metabolism(丙酸盐代谢)信号通路等分子通路等,分子对接结果表明STAT3对接分数最高,说明与附子理中汤有较好的结合性。     

基于网络药理学与分子对接探讨大陷胸汤治疗急性胰腺炎的作用机制

[目的]基于网络药理学与分子对接方法探讨大陷胸汤治疗急性胰腺炎（acute pancreatitis,AP）的药理作用机制。[方法]为获取大陷胸汤的主要化学成分，在中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform,TCMSP）数据库、中医药百科全书（Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM）数据库、化学专业数据库进行检索并筛选潜在有效化合物，通过Swiss Target Prediction数据库对潜在有效成分进行靶点预测；使用人类基因数据库（Human Gene Database,GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）、DisGeNet数据库、DrugBank数据库获取疾病目标靶点；结合STRING平台获取蛋白互作网络，并对关键靶点蛋白进行网络拓扑学指标分析；运用Metascape数据平台对成分与靶点参与的生物过程及通路进行分析，获取富...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨白术治疗溃疡性结肠炎的潜在分子机制

[目的]通过网络药理学方法探讨白术治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的潜在分子生物学机制。[方法]从中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database,TCMSP)等数据库及Pubmed文献数据库中检索并获取与白术相关的活性成分及潜在作用靶点,构建白术活性成分-潜在靶点网络;通过DisGeNET、药物靶标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、GeneCards数据库筛选与UC相关的靶点,利用Venny 2.1软件绘制韦恩图并获取药物及疾病共有靶点;通过Cytoscape软件BisoGenet插件分析得到蛋白互作网络及核心靶点,进一步对核心靶点进行网络拓扑分析,利用DAVID数据库对核心靶点进行富集分析,获得白术治疗UC的潜在基因本体(gene ontology,GO)生物进程及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路。[结果]通过SwissADME数据库,评价各分子结构是否满足Lipinski、Ghose等类药规则,筛选得到白术活性成分11种,白术活性成分主要有白术内酯Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、木犀草素、芹菜素等。由TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库筛选出白术活性成分的潜在作用靶点144个,DisGeNET、TTD、GeneCards数据库筛选获得UC相关靶点147个。根据度值(degree)筛选得出白术治疗UC的核心靶点58个,主要涉及p53蛋白、神经生长因子受体酪氨酸激酶A(tyrosine kinase A,TrkA)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、微小染色体维持蛋白2(microchromosomal maintenance protein 2,MCM2)等。设定错误发生率(false discovery rate,FDR)≤0.05,通过GO生物进程富集分析确定了30个条目,主要包括基因沉默调控、端粒组织、DNA复制依赖性核小体组装、rDNA染色质沉默等。KEGG通路富集结果显示白术治疗UC的潜在通路共48条,主要涉及癌症中的转录失调通路、癌症通路、前列腺癌通路、细胞周期通路等。分子对接结果显示,白术活性成分木犀草素、芹菜素与多个疾病核心靶点蛋白存在潜在结合位点。[结论]白术治疗UC是多成分、多靶点、多途径共同作用的结果,本研究结果为白术的临床应用以及UC相关疾病的基础及临床研究提供了科学依据,同时为新药的研发及应用提供了新思路。