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1.
目的基于网络药理学,构建澳洲茄碱抗肿瘤的"靶点-通路"网络,探讨澳洲茄碱抗肿瘤的作用机制。方法通过TCMSP及Pharm Mapper收集澳洲茄碱潜在靶点,OMIM及Genecards数据库收集肿瘤疾病靶点,将澳洲茄碱潜在靶点与肿瘤疾病靶点交集,获得澳洲茄碱-肿瘤共同靶点。运用String数据库结合Cytoscape 3.7.2绘制澳洲茄碱-肿瘤共同靶点的蛋白相互作用网络图(PPI),筛选核心靶点。最后,基于R3.6.0软件用Bioconductor生物信息软件包,对澳洲茄碱-肿瘤共同靶点进行进行GO功能与KEGG通路富集分析。结果澳洲茄碱-肿瘤共同靶点79个,核心基因3个:IGF1R、MAP2K1、CHEK1。通路分析显示澳洲茄碱参与多条肿瘤相关通路的调控,主要涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Ras信号通路等经典肿瘤信号通路。结论澳洲茄碱调控多个靶点,同一个靶点参与多个生物学过程和信号通路,澳洲茄碱可能通过多靶点、多通路发挥抗肿瘤作用。  相似文献   

2.
目的:利用网络药理学和分子对接技术探讨西洋参茎叶三醇组皂苷(PQTS)在缺血性脑卒中(IS)发生发展过程中潜在的作用机制。方法:整合Swiss Target Prediction、中医药百科全书(ETCM)、 SEA Search Server和DisGeNET等数据库获取PQTS作用于IS的潜在靶点。利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建潜在作用靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过拓扑网络分析得到PQTS作用于IS的核心靶点。通过DAVID在线分析网站进行潜在作用靶点的基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,获取相关信号通路。应用Cytoscape 3.9.1软件构建PQTS-靶点-信号通路网络,进行拓扑网络分析,筛选PQTS潜在主要活性成分。通过AutoDock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果:得到PQTS作用IS的潜在作用靶点122个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡调控、细胞内信号传导过程和细胞对外源性物质的调控等生物学过程,KEGG富集分析涉及白细胞介素信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白...  相似文献   

3.
目的 基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的活性成分、潜在靶点及可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Uniprot数据库检索并筛选得到“当归-鸡血藤”药对主要活性成分及其作用靶标。通过Drugbank、Genecards及OMIM数据库收集肾性贫血相关靶标,对肾性贫血药物靶标和相关基因取交集,运用STRING数据库构建蛋白质互作(PPI)网络图,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-活性成分-靶点”网络模型。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析并可视化,并用Autodock_vina和Pymol软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果 获得“当归-鸡血藤”药对中24个活性成分,相关潜在靶点140个,肾性贫血相关靶点992个,交集靶点44个;其主要作用于MAPK1、TP53、TNF、CASP3等多个靶标,涉及包括HIF-1、PI3K/Akt、TNF在内的99条信号通路发挥治疗肾性贫血作用。分子对接结果显示木犀草素与TP53、STAT3等关键靶点有较好的结合能力。结论 从网络药理学的角度对“当归...  相似文献   

4.
目的 运用网络药理学方法探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大泻心汤中单味药的活性成分及其靶点。利用疗效药靶数据库(TTD)、DisGeNET数据库查找肺癌相关靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件确定该复方治疗肺癌的关键靶标,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,同时构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络构建图。使用DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并使用Omicshare Tools进行可视化。结果 大泻心汤共筛选获得164个活性成分,与肺癌疾病靶点交集出154个共同靶点,通过筛选共同靶点得到27个关键靶点,主要为信号转导和转录活化因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)及肿瘤抑制基因TP53等。GO功能分析显示与细胞氧化应激反应、核受体、转录因子调节等有关;KEGG信号通路富集分析得到173条信号通路,主要涉及乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、小细胞...  相似文献   

5.
《海南医学院学报》2020,(4):262-269
目的:"淫羊藿-肉苁蓉"药对是治疗乳腺癌骨转移常用补肾类药物,具有良好的临床疗效,但药理学机制尚未完全阐明,本研究应用网络药理学和生物信息学技术探讨"淫羊藿-肉苁蓉"药对治疗乳腺癌骨转移的作用机制。方法:利用TCMSP、TCM Database@Taiwan和TCMID等数据库筛选药物主要有效成分,利用Swiss Target Prediction和STITCH数据库检索淫羊藿和肉苁蓉潜在作用靶点,通过Genecards、OMIN和Drugbank数据库检索乳腺癌骨转移疾病基因,并将药物作用靶点和疾病基因进行映射,进行GO和KEGG信号通路分析,采用Cytoscape3.6.0软件构建"药物-成分-靶点-信号通路"的可视化网络,筛选出核心基因。结果:研究发现淫羊藿和肉苁蓉的主要有效成分有30种,潜在治疗靶点涉及544个基因,其中101个基因是淫羊藿和肉苁蓉治疗乳腺癌骨转移的潜在靶点;通过GO和KEGG通路分析发现作用机制涉及抗肿瘤、促进成骨细胞分化、诱导破骨细胞凋亡和调节骨微环境,如细胞凋亡、破骨细胞分化、PI3K-AKT、HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等。在蛋白互作网络分析中发现TP53、VEGFA、AKT1、EGFR、SRC、CCND1、MAPK3、ESR1可能是治疗乳腺癌骨转移的关键基因。结论:该研究通过网络药理学构建"药物-成分-靶向-信号通路"的网络,发现"淫羊藿-肉苁蓉"药对治疗乳腺癌骨转移作用机制涉及多靶点、多通路,有利于指导临床用药。  相似文献   

6.
目的运用网络药理学研究大柴胡汤治疗2型糖尿病的作用机制。方法通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)筛选大柴胡汤主要化学成分和靶点,通过Gene Cards获得2型糖尿病相关靶点基因,将药物靶点基因和疾病靶点映射而得到大柴胡汤治疗2型糖尿病的预测靶点。利用Cytoscape 3.6.0软件构建中药化合物-靶点网络与蛋白互作网络(PPI)。利用DAVID 6.8数据库进行交集基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果大柴胡汤治疗2型糖尿病有效成分98个,相关靶点260个,关键靶点35个。GO分析包括生物学进程625个,细胞组分71个和分子功能129个。KEGG通路富集分析包括134条信号通路,主要与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路、细胞凋亡信号通路等密切相关。结论大柴胡汤主要通过作用于炎症反应、胰岛素抵抗、胰岛β细胞凋亡、血管增生等多方面治疗2型糖尿病。  相似文献   

7.
【目的】基于网络药理学探讨大黄治疗慢性肾衰竭的作用机制。【方法】通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索大黄化学成分,通过SwissTargetPrediction数据库得到大黄的预测靶点,通过GeneCards数据库获取慢性肾衰竭相关靶点。将大黄的预测靶点与慢性肾衰竭相关靶点进行映射,得到大黄治疗慢性肾衰竭的预测靶点。通过Cytoscape 3.6.0软件,生成大黄治疗慢性肾衰竭的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,再在DAVID网站进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。【结果】大黄活性化合物有16种,筛选出大黄可能与慢性肾衰竭相关的靶点93个,关键靶点共30个,包括SRC、ESR1、CSNK2A1、FYN、STAT3、MAPK1、EGFR、SMAD3、STAT1、MAPK3、AKT1等。通过KEGG通路分析得到122条通路,结合文献检索,筛选出治疗慢性肾衰竭的可能通路为20条,主要通路包含磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)—苏氨酸激酶(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Foxo信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路、Wnt信号路、Hippo信号通路、转化生长因子β(TGF-β)信号通路等。【结论】大黄通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性肾衰竭,其机制主要与调控肾纤维化相关通路有关。  相似文献   

8.
目的运用网络药理学预测银翘散治疗上呼吸道感染(upper respiratory tract infection,URTI)的潜在靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选银翘散中的有效活性成分及相关靶点,采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索URTI疾病相关靶点,继而获取银翘散和URTI的交集靶点,结合STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,应用Cytoscape软件实现“成分-疾病-靶点”网络的可视化,并通过DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其可能的作用机制。结果 银翘散共有150个活性成分和117个“药物-疾病”共同靶点,主要活性成分包括了连翘脂、木犀草素、槲皮素、山柰酚、连翘醇、豆甾醇等,关键靶点主要涉及IL-6、TP53、MAPK1、APP、VEGFA、TNF等基因。靶点富集分析结果表明,GO功能相关条目479个,主要涉及炎症、应激反应、免疫应答、信号传导等方面;KEGG相关通路121条,主要涉及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路和PI3K/Akt信号通路等。结论 银翘散主要作用于IL-6、TP53、MAPK1、TNF等核心靶点,通过抗炎、抗病毒和调节免疫等相关通路来发挥治疗上呼吸道感染的作用。  相似文献   

9.
目的 通过对“温升三阴,肃金秘阳法”的网络药理学分析,探讨此治法在治疗肝细胞癌的潜在抗肿瘤靶点及作用机制,为后续实验研究提供有针对性的指导。方法 利用TCMSP数据库对“温升三阴,肃金秘阳法”下对应中药所含化学成分进行筛选并预测其作用靶点。通过Gene Cards数据库、OMIM数据库获得肝细胞癌的相关靶点,然后利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-疾病-靶标关系网络。利用R语言,获得两者的交集靶点蛋白并通过STRING平台进行蛋白质互作网络分析。对关键靶点及相关有效化学成分做分子对接验证。利用DIVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 “温升三阴,肃金秘阳法”治疗肝细胞癌的关键成分涉及到槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇;关键靶基因主要有PTGS2、STAT3、HSP90AA1、AKT1等,主要生物学过程有信号转导、氧化还原过程、药物反应、凋亡过程、炎症反应等;作用机制与PI3K/Akt信号通路、TNF信号通路、乙型肝炎信号通路、MAPK信号通路有关。结论 “温升三阴,肃金秘阳法”对肝细胞癌的治疗作用可能是多靶点、多途径、多层次的,并且可以推测槲皮素和山柰酚可能是其中比较重要的2个有效成分。PTGS2、STAT3、AKT可能是主要的作用靶点。PI3K/Akt信号通路、TNF信号通路可能是本方发挥作用比较重要的两条信号通路。  相似文献   

10.
目的 探讨补气养血通络组方治疗硼替佐米诱导的周围神经病变的潜在作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台,筛选出补气养血通络组方中黄芪、桂枝、白芍、生姜、大枣、鸡血藤、路路通、丹参的有效活性成分,并通过GeneCards数据库和OMIM数据库获取硼替佐米诱导的周围神经病变(bortezomibinduced peripheral neuropathy,BIPN)的相关靶点基因,两者取交集得到药物潜在作用靶点基因。运用Cytoscape-3.8.0构建中药—活性成分—靶点—疾病网络关系。利用STRING数据库构建蛋白互作网络图,依托R 4.1.2进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。通过分子对接技术,对重要靶点及有效成分进行分析。结果 共筛选出药物活性成分139种。药物潜在作用靶点基因255个,BIPN相关靶点基因815个,两者取交集获得共同靶点97个,其中前10位基因为TP53、AKT1、MAPK14、FOS、RELA、MYC、STAT3、CTNNB1、ESR1、MAPK1。KEGG通路富集分析主要涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、NF-κB信号通路等与治疗...  相似文献   

11.
目的:通过网络药理学方法,以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示,为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法:在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点,在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因;在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点;使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点;在String数据库中进行蛋白相互作用(PPI)数据分析,在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析;使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析,使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果:泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点,与胃溃疡有109个交集靶点,获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论:泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点,以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路,发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用,对胃溃疡起到治疗目的。  相似文献   

12.
目的 从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测...  相似文献   

13.
目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...  相似文献   

14.
目的 构建苦黄注射液活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能和通路进行分析,探讨苦黄注射液保肝退黄的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)及相关文献挖掘获取苦黄注射液中苦参、大黄、茵陈、柴胡、大青叶的主要活性成分。利用GeneCard数据库(http://www.genecards.org/)和在线人类孟德尔遗传数据系统(OMIM,http://www.omim.org/)预测和筛选苦黄注射液活性成分对应靶点中与肝炎和黄疸疾病相关靶点。用Cytoscape 3.6.1软件构建活性成分-作用靶点网络,用蛋白质相互作用数据库(STRING,http://string-db.org/)和Cytoscape 3.6.1软件绘制蛋白相互作用网络,用生物学信息注释数据库(DAVID,https://david.ncifcrf.gov/)对靶点进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 筛选得到苦黄注射液活性成分16个,共获得85个作用靶点。网络分析结果表明,苦黄注射液主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激应答的生物过程。靶点通路分析结果显示,苦黄注射液保肝作用的靶点主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Toll样受体、p53、神经营养因子等信号通路。结论 苦黄注射液保肝退黄作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节MAPK、Toll样受体、p53、神经营养因子等相关通路发挥作用。  相似文献   

15.
目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。  相似文献   

16.
[目的]基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的潜在作用机制.[方法]应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选穿心莲的潜在活性化学物质,借助GeneCards数据库、OMIM数据库平台筛选治疗癌症的作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性化学物质-疾病-作用靶点"网络图,借助String数据库平台构建...  相似文献   

17.
目的采用网络药理学方法探讨膜肾协定方治疗特发性膜性肾病(IMN)的分子机制。 方法应用BATMAN-TCM、TCMSP、TCMID、Swiss Target Prediction、CNKI等数据库收集膜肾协定方相关成分及靶点。应用GeneCards数据库和CTD数据库筛选IMN的靶点;通过在线Venn获得复方-疾病的共同靶点。使用STRING数据库在线预测共同靶点的相互作用,并使用R studio的cluster Profiler包对所筛选靶点进行GO和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件绘制膜肾协定方成分调节的网络图。 结果发现膜肾协定方中34个成分,通过作用于PIK3CB、MAPK14、MAPK8、MAPK11等靶点,经Hepatitis B、AGE-RAGE信号通路、cAMP信号通路、FoxO信号通路等177条通路参与调节细胞凋亡、脂质代谢、氧化应激等进程来治疗特发性膜性肾病。 结论膜肾协定方通过多成分作用多靶点,调节多条信号通路发挥对特发性膜性肾病的治疗作用。  相似文献   

18.
目的 采用网络药理学探讨益黄散治疗小儿慢性腹泻的分子作用机制,为临床用药提供依据.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘益黄散药物有效成分,导入PubChem、SwissTargetPrediction数据库预测有效成分潜在靶点;在GeneCards数据库中检索小儿慢性腹泻靶点,将有效成分靶点与疾病...  相似文献   

19.
目的 采用生物信息学方法对特发性非肝硬化门静脉高压症(idiopathic non-cirrhotic portal hypertension,INCPH)的基因芯片数据进行分析,获取疾病发生发展的关键基因和信号通路,预测治疗INCPH的潜在中药。方法 从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)数据库下载关于INCPH的基因芯片数据集GSE77627,利用R语言对数据进行标准化并筛选INCPH的差异基因(differential genes,DEGs),并利用Metascape数据库对所有DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,并通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络;同时,利用CytoHubba插件筛选Degree值排名前15的DEGs作为关键基因。随后将关键基因与医学本体信息检索平台互相映射,以P<0.05为标准筛选治疗INCPH的潜在中药,并从TCMSP数据库中筛选潜在中药有效成分,导入Cytoscape软件构建中药相关网络图,并预测关键作用靶点。结果 共获得1880个DEGs,其中表达上调的基因有1061个,表达下调的基因有819个。利用STRING数据库以及Cytoscape环境下的cytoHubba插件分析DEGs,筛选Dgree值排名15位的基因作为关键基因,分别是RPS27A、CDC42、EIF4E、MAPK1、PIK3R1、RPS6、RPS9、RPS8、RPL15、RPL27A、RPL24、RPL27、RPL26、RPL12和MAPK14。GO、KEGG分析显示DEGs主要参与配子生成、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等信号通路。结论 筛选得到干预INCPH的潜在中药为人参、丹参、黄芪等,可能成为INCPH治疗的潜在分子药物来源。  相似文献   

20.
目的:通过网络药理学及动物实验研究骨碎补-金银花治疗糖尿病足的作用机制。方法:通过TCMSP网站获取骨碎补-金银花的药物成分及作用靶点,将靶点通过uniprot统一基因名称;通过GeneCards查询糖尿病足的疾病靶点,利用venny 2.1获取交集靶点。将交集靶点导入STRING进行分析并使用Cytoscape构建PPI网络图。将交集靶点导入Metascape分析GO富集和KEGG富集。并通过Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络图。依据Degree分别筛选PPI中前4位基因靶点,并通过动物实验验证骨碎补-金银花干预糖尿病足大鼠动物模型后血清中靶蛋白表达差异。结果:骨碎补-金银花32个有效成分调节148个疾病靶点治疗糖尿病足,其中甾醇、豆甾醇、木樨草素、山奈酚等是核心成分,JUN、TP53、蛋白激酶B(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)3是至关重要的靶点。基因功能注释分析结果显示,与氧化应激、膜筏、膜微区、质膜筏、激酶结合、蛋白激酶结合等相关。KEGG分析结果提示骨碎补-金银花主要参与MAPK、PI3K/Akt等信号通路。动物实验证实糖尿病足大鼠血清JUN、TP5...  相似文献   

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