血浆载脂蛋白B基因3''端可变数目串联重复序列的结构研究

目的研究载脂蛋白B（apollpoprotein B，apoB）基因apoB 3’端可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeats，VNTR）多态性与序列结构。方法应用聚合酶链反应结合琼脂糖凝胶电泳技术检测了522名随机抽取的体检人员apoB基因3’VNTR多态性，选取26个样本的PCR产物进行DNA序列测定。结果分离出16个等位基因即高变单元（hypervariable element，HVE），其中杂合子多于纯合子，最大的等位基因是HVE58，最小的是HVE24；HVE34频率最高40．4％，其次是HVE32，占34．7％。对26名60个等位基因进行的DNA核苷酸测序中，发现一个等位基因异构体（Y-A=ATAATTAAATATTT），4个结构模式。结论中国人与欧美人群在apoB基因3’VNTR等位基因频率分布上存在明显差异，在等位基因异构体与结构模式上也存在不同。     

载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复序列（TTTA）n遗传多态性研究

采用聚合酶链反应－－变性凝胶高压电泳结合银染技术及基因序列方法,确认载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复（TTTA)n基因型,研究中国汉族人载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复序列（TTTA)n遗传多态性特征。结果：汉族人群中,共检出载脂蛋白B四核苷酸串联重复序列（TTTA）n有3种等位基因和6种基因型。基因型为12．8／12．8,12．8／13．8,12．8／14．8,13．8／13．8,13．8／14．8,14．8／14．8,其频率分别为0．005,0．089,0．010,0．816,0．075,0．005;等位基因为12．8,13．8和14．8,其频率分别是0．055,0．898和0．047,与美国高加索人相应的频率比较,两者的差异具有显著性（P＜0．01）;结果说明：载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复（TTTA）n具有遗传多态性和种族特异性。     

c-Ha-ras基因3′端可变串联重复序列位点遗传多态性与葡萄胎的恶变关系

目的 探讨遗传标记物c-Ha-ras基因3’端可变串联重复序列(variable numbers of tandem repeats，VNTR)在妊娠滋养细胞疾病中的变化，以了解DNA来源与葡萄胎恶变的关系。方法 用扩增片段长度多态性-聚丙烯酰胺凝咬电泳方法对c-Ha-ras基因3’端VNTR位点进行分析，将患者病变组织与其父母的DNA扩增结果进行对照，以判定病变组织DNA的来源。结果 在15组病例中，仅有2例葡萄胎组织的DNA扩增片段全部来自父方；既来自父方又来自母方者有13例，其中2例来自父母双方的比例是一样的，11例来自父方的比例大于来自母方的比例。结论 DNA来自父母亲双方的，且来自父方的比例大于来自母方比例的葡萄胎组织易于发生恶变。     

湖南地区汉族人多巴胺D4受体基因48 bp可变数目串联重复多态性分布

目的 了解湖南地区汉族人群多巴胺D4受体（dopamine D4 receptor，DRD4）基因48 bp可变数目串联重复（variable number tandem repeat,VNTR）多态性基因型及等位基因的频率分布。方法 随机抽取湖南地区304名汉族健康正常人，采用聚合酶链反应、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染技术检测基因型和等位基因的频率。结果 （1）湖南汉族人群DRD4基因48 bp VNTR多态性共检测出7种等位基因、12种基因型。最常见的等位基因是5等位基因（DRD4＊5），频率为70．6％。（2）湖南汉族人群DRD4基因48 bp VNTR多态性各等位基因频率与中国上海、北京、四川地区人群存在明显的差异。（3）湖南汉族人群DRD4基因48 bp VNTR多态性各等位基因频率与日本、美国、墨西哥、意大利人群也存在明显差异。结论 DRD4基因48 bp VNTR多态性分布存在不同程度的地区差异和种族差异。     

相同多态性位点对结核分枝杆菌北京家族菌株多位点可变数目串联重复序列基因型构成的影响

目的 探讨多态性相同的位点对北京家族结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)基因分型的影响,为合理选择分型位点提供科学依据.方法 分别选取9个及12个位点,构成4组MIRU-VNTR位点组合,其中,9位点组成的两个组合中,分别有两个不同位点(MIRU40/MIRU16)多态性一致,其余为相同位点;12位点的两个组合则分别包括另外两个多态性相同的位点(MIRU39/MIRU31).进行聚类分析,比较含有相同多态性的不同位点组合的分辨能力、成簇能力以及基因型特点.结果 9位点两个组合都将菌株分为三群,其中,Ⅲ群菌株仅有1株相同,分别占组合1、2的2.0％和1.6％.12位点组合也将菌株分为三群,第Ⅱ群菌株组成差异非常明显,完全没有相同的菌株.结论 多态性相同的位点对北京家族菌株MIRU-VNTR基因分型影响较大.在选择MIRU-VNTR分型位点时,应不仅仅检验位点的分辨能力和对成簇的影响,还应考虑有相同/相近多态性的位点对基因型构成的影响.     

我国汉族人群α1基因数目可变串联重复序列分布特征的研究

目的：研究我国汉族人群免疫球蛋白α1基因中3个数目可变串联重复序列(VNTR)多态性分布特征，及其与已报道的高加索人群相比较的特点。 方法: 从现存数据库中寻找α1基因内的3个VNTR位点，即α1基因3’端的hs1,2增强子内的VNTR1、其上游6 Kb 的VNTR2和位于α1基因第5外显子的E5VNTR。 提取201例广东汉族人基因组DNA，PCR分别扩增含上述3个VNTR位点片段，2%－3％凝胶电泳分带鉴定基因型，并以测序证实。 结果: 与高加索人群比较我国汉族人群α1基因 VNTR1多态性分布特征表现为：C（3次重复）等位基因频率明显升高（10.0% vs 1.0%）， A（1次重复）等位基因频率偏低（30.3% vs 36.1%-39.4%）, 差异显著（χ2=72.85，P＜0.01）。 基因型BB占37.8％， AB占32.3％，AA占12％，BC占11.4％, AC占4.5％, CC占2.0％， BC、AC基因型分布频率显著高于高加索人群，而AB型分布频率显著低于高加索人群（χ2=73.77，P＜0.01）。另外两个数据库中报道的VNTR位点（VNTR 2及E5VNTR）在我们所测人群中呈均一分布,PCR产物长度分别为136 bp(VNTR 2)和535 bp(E5VNTR)。 结论: 我国汉族人群α1基因 VNTR多态性分布与基因组数据库中基于高加索人群的资料不尽相同，其中Iα1 hs1,2 VNTR1多态性不同于高加索人群，突出表现为C等位基因频率及BC、AC基因型频率显著高于高加索人群。而VNTR2和E5VNTR在被检人群中未见多态性。本研究弥补了现存数据库中缺乏我国汉族人群相应数据的不足, 同时为以α1基因为候选基因找寻疾病基因的研究提供了可靠的数据。     

成都汉族群体五个短串联重复序列基因频率及其种属特异性研究

目的对成都汉族群体5个短串联重复序列（short tandem repeat，STR）基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究，探讨其在法医学中的应用价值。方法用PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色方法，对100名成都汉族无血缘关系健康个体的5个STR基因座的等位基因频率及其种属特异性进行研究。结果D18S979、D11S2014、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中等位基因个数分别为6、5、5、7、6；基因型个数分别为12、11、13、19、14；基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。通过种属特异性分析发现5个STR基因座中，猴在D18S979、D11S2014和D1S1667基因座均检测出扩增产物，但未在人类基因座分型区内；D18S979位点人类分型区内可检测到牛、狗、鳝鱼有扩增产物，猪、鸭、鼠、兔有微弱扩增产物；D18S548位点人类分型区内只检测到牛有微弱扩增产物；D1S1667位点人类分型区内检测到狗、羊、鳝鱼有扩增产物；GATA164F07位点人类分型区内只检测到狗有微弱扩增产物；泥鳅、鸡、豚鼠在5个基因座均未检测到扩增产物。结论5个短串联重复序列中D18S979、D18S548、D1S1667和GATA164F07在成都汉族群体中具有较好的遗传多态性，D11S2014、D18S548和GATA164F07具有较好的种属特异性，在法医学个人识别和亲子鉴定中有应用价值。     

载脂蛋白B基因可变数目串联重复序列多态性及其与冠心病关联的研究

应用聚合酶链反应研究了１０３例冠心病人和１００例正常人ａｐｏＢ基因３＇端可变数目串联重复序列的多态性。在２０３例受检者中共检出１２种等位基因（３＇β２９─５１）。其中以３＇β３７等位基因最为常见，其次为３＇β３９。等位基因分布的主要形式与来自不同种族的报告基本相似，但等位基因相对频率分布有种族差异。冠心病组中串联重复拷贝数目≥３９的等位基因（３＇ＶＮＴＲ─Ｂ）频率明显高于正常对照组（Ｐ＜０．００１）。同样，冠心病组中３＇β４３以上的等位基因也较正常对照组明显增多（Ｐ＜０．０１）。此外，３＇ＶＮＴＲ－Ｂ等位基因还与血浆ＴＣ、ＬＤＬ─Ｃ水平升高，ＨＤＬ─Ｃ水平降低有关。提示，ａｐｏＢ基因ＶＮＴＲ多态性可能在一定程度上参与冠心病的发生和发展过程。     

可变串联重复序列的高度多态性用于骨髓移植植入验证

采用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）扩增可变串联重复序列（ｖａｒｉｂａｌｅｎｕｍｂｅｒｔａｎｄｅｍｒｅｐｅａｔ，ＶＮＴＲ）的３３．６位点，加地高辛标记的位点特异性寡核苷酸探针杂交的方法，制作出ＰＣＲ－ＤＮＡ片段长度图像，它具有良好的个体特异性，遗传稳定性和同一性，灵敏度达０．５％。运用该方法成功地对１例慢性粒细胞性白血病患者进行了骨髓移植后的植入验证。     

原发性肝癌中YNZ22串联重复序列的杂合性丢失现象

ＹＮＺ２２位于１７染色体短臂的１区３带（１７ｐ１３），含有以７０个碱基对为单位的重复序列。作者用多聚酶链反应的方法扩增了ＹＮＺ２２基因中可变（数目）串联重复序列的片段，计算其等位基因频率、多态信息量值，并将结果与国外的有关资料作比较。同时应用该可变（数目）串联重复序列片段，对原发性肝细胞癌的杂合性丢失进行了检测。     

广东汉族人群21号染色体4个短串联重复序列多态性

目的调查广东地区汉族人群4个短串联重复序列D21S1433、D21S1442、D21S1444、D21S2051的多态性分布。方法采用荧光定量PCR（quantitative fluorescence PCR，QF-PCR）技术，对广东地区200份无亲缘关系样本进行等位基因分型，计算4个短串联重复序列的基因频率、基因型频率，等位基因杂合度，期望杂合性、多态信息含量和非父排除率。结果D21S1433、D21S1442、D21S1444、D21S2051分别检出9、10、9、5个等位基因，等位基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。D21S1433和D21S1442的杂合度较高，分别为0．818和0．820，D21S2051的杂合度最低，为0.261。结论D21S1433、D21S1442、D21S1444具有较高的杂合度和多态信息量，作为遗传标记较为理想；D21S2051杂合度较低，不能作为遗传标记物。     

成都汉族群体六个短串联重复序列基因频率及其种属特异性研究

目的对成都汉族群体6个短串联重复序列等位基因频率及其种属特异性进行研究,探讨其在法医学中的应用价值。方法用PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色技术,对110名成都汉族无血缘关系健康个体的6个短串联重复序列等位基因频率及其种属特异性进行研究。结果D4S2366、D4S2367、D6S474、D6S1281、D2S1396和D20S601在成都汉族群体中等位基因个数分别为7、7、6、7、5、7;观察杂合度分别为0.802、0.708、0.770、0.627、0.542、0.672;个人识别率分别为0.887、0.828、0.849、0.848、0.794、0.865;非父排除率0.602、0.441、0.544、0.325、0.227、0.386。通过种属特异性的评价发现6个短串联重复序列与其他种属间存在较大差异。结论6个短串联重复序列在成都汉族群体中具有较好的遗传多态性及种属特异性,在法医学研究中具有应用价值。     

华北地区汉族群体15个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的调查华北地区汉族人群15个短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)基因座遗传多态性分布和群体遗传学数据。方法应用毛细管电泳技术和五色荧光复合扩增的方法,检测597名汉族无关个体的15个STR基因座基因型。结果15个STR基因座的基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,所检测的15个STR遗传标记均具有高度多态性,杂合度均超过0.62,15个基因座的个体识别力在0.802~0.967之间,非父排除率在0.320~0·697之间,匹配概率在0.033~0.198之间。15个基因座的累积个体识别能力为0.999999以上,累积非父排除率为0.99999571,累积匹配概率为8.93×10-18。结论联合检测15个基因座可为亲缘鉴定和个体识别提供可靠的法医学证据,这15个STR基因座适用于中国人群的法医物证学检验。     

三个短串联重复序列位点的等位基因遗传变异研究

目的 探讨短串联重复序列（short tandem repeats,STRs）遗传变异的方式及机理。方法 用银染方法对3个STR位点（FGA、D12S391、D11S554)共19个发生突变的家系父、母、子的DNA样本进行SRT基因分型，将需测序的等位基因条带从凝胶上切下，再进行PCR扩增，产物经纯化作为测序模板，采用循环测序法测序。结果 19个家系中有18个家系子代新产生的等位基因变异表现为一个重复单位的增加或减少（表现为一个重复单位增加的有8个家系，减少的有7个家系，不确定的有3个家系），只有1个家系表现为2个重复单位的减少，子代新产生的等位基因来自父亲的有13个家系，来自母亲的有3个家系，不能确定的有3个家系，来自父与母的比较约为4：1。3个STR位点等位基因突变都出现在长的、连续的四核苷酸重复区（FGA的“CTTT”区、D12S391的“AGAT”区、D11S554的“AAAG”区）。结论 FGA、D12S391和D11S5543个STR位点的等位基因突变主要表现为一个重复单位的增加或减少占95％，其次是两个重复单位的变化，没有碱基的插入或缺失，突变主要来自父亲，在这3个STR位点中的长的、连续的四核苷酸重复区可能是等位基因突变的敏感点。     

短串联重复序列的研究及应用

STR是当前应用最广泛的DNA遗传标记，本综述对STR的特点、发展历史、筛选和检测、在各学科的应用、存在的问题以及发展前景作了系统的阐述。     

X染色体上六个短串联重复序列基因座遗传多态性研究

目的研究陕西西安汉族人群6个位于X染色体上的短串联重复序列：DXS7130、DXS1214、DXS6799、DXS6804、DXS7424和DXS7133等位基因及基因型频率分布。方法随机抽取陕西西安汉族118名女性和90名男性无关个体静脉血，提取DNA，PCR扩增，变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，银染检测结果。结果在6个基因座中，DXS7130、DXS6799、DXS6804、DXS7424和DXS7133分别检出9个、6个、6个、7个和7个等位基因；SY别检出21、14、15、17和12种基因型；基因频率分别分布在0．0112～0．4101、0．0160～0．4840、0．0050～0．3713、0．0053—0．3632和0．0059～0．5235之间，DXS1214检出8个等位基因，基因频率分布在0．0104～0．3161之间；此6个位点女性的基因型频率分布均符合Hardy—Weinberg平衡。结论此6个X染色体短串联重复序列位点有较高的个体识别率，在个体识别和女孩的亲权鉴定中有应用价值，对疾病相关研究有实际意义。     

一种新的沙门氏菌成簇重复序列的预测方法

目的建立一个新的、直观的鉴定和显示细菌基因组成簇重复序列的方法,了解沙门氏菌基因组成簇重复序列的组成特征。方法直接将细菌的基因组用滑动窗口法切割成重叠片段,每一个片段自体比对,利用Pip Maker生成共线性图。通过共线性图特征识别成簇重复序列区。结果用所设计方案-成簇重复序列预测器(CRpred)对鼠伤寒沙门氏菌LT2菌株基因组进行扫描,总共鉴定出151个成簇重复区。特征分析表明,这些成簇重复区包含低拷贝简单串联重复、高拷贝简单串联重复、间隔串联重复、反向回文重复和反向间隔重复等5种类型。此外,沙门氏菌基因组中有9个复杂重复区域无法使用上述模式进行归类。结论提出了一个新的、简便直观的基因组成簇重复序列的鉴定方法,为搜寻成簇的、规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)、数目可变串联重复序列(VNTR)以及其他重复序列相关研究提供支持。     

聚合酶链反应法扩增大鼠肾素基因第一内含子中串联重复序列

哺乳类细胞基因组中存在可变的串联重复序列(Variable number of tandem repe-at,VNTR),在不少情况下,因其串联的重复序列数目不同而形成的长度差异与某些疾病的发生发展具有一定的关联。我们在研究大鼠肾素基因第一内含子中一个串联重复序列长度的改变与发生高血压的关系时,首次     

广州地区汉族群体15个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的:调查广州地区汉族人群15个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因座遗传多态性分布。方法:应用荧光标记多重PCR方法和毛细管电泳技术,检测156名汉族无关个体的15个STR基因座基因型。结果:15个STR基因座的基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,15个STR遗传标记均具有高度多态性,杂合度均超过0.64,15个基因座的个体识别力在0.816～0.966之间,非父排除率在0.343～0.725之间,匹配概率在0.038～0.184之间。15个基因座的累积个体识别能力为0.999 999以上,累积非父排除率为0.999 75,累积匹配概率为8.84×10-18。结论:该15个STR基因座具有高度多态性,可用于移植术后供者植入状态的监测。     

湖北土家族群体15个短串联重复序列基因座遗传多态性

目的 调查湖北地区土家族人群15个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因座遗传多态性分布和群体遗传学数据,比较分析湖北土家族与重庆土家族等位基因的分布频率.方法 采用毛细管电泳技术和五色荧光复合扩增的方法,对湖北土家族333名无关个体的15个STR基因座进行基因分型.结果 共检出151个等位基因,多于重庆土家族的等位基因检出数(141个),其频率分布在0.002～0.498之间.经Statistical genetics软件分析,各基因座的群体基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).15个STR基因座的杂合度在0.652～0.867之间,个体识别力在0.802～0.971之间,累积个体识别力大于0.9 999 999;非父排除率在0.357～0.730之间,累积非父排除率为0.9 999 997;多态信息含量在0.57～0.87之间.结论 建立了湖北土家族人群的STR基因座的群体资料,为土家族人群的群体遗传学研究、法医个人识别、亲子鉴定提供了基础数据;湖北土家族与重庆土家族亲缘关系相近,等位基因频率差异无统计学意义(P＞0.05),但在等位基因检出数及部分基因分布频率上仍存在差异.