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1.
目的建立多重PCR HCV RNA基因分型的方法,并应用于临床诊断。方法采用型特异性引物建立单管逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和双管引物特异性套式聚合酶链反应(nested-PCR)检测技术,分别对72例HCV RNA阳性的标本,设计HCV的C区特异性引物,采用Trizol提取RNA进行单管巢式PCR分型,1a、1b、2a、2b和3a在一管内扩增。结果统计结果表明,我国丙型肝炎流行主要以1b(Ⅱ)和2a(Ⅲ)2种基因型为主,但有部分1a、2b、3a的HCV感染者检出,其中1a占1.4%(1/72),1b占68.1%(49/72),2a占13.9%(10/72),3a占1.4%(1/72),1b/2a型混合占11.1%(8/72),未分出型或其他型者为4.2%(3/72)。结论本文建立的方法具有良好的特异性和敏感性,省时、省力,方便检测,可同时区分5种HCV基因型;我国北方地区发现有1a和3a基因型感染病例。  相似文献   

2.
目的运用直接测序法和丙型肝炎病毒(HCV)基因分型试剂盒两种方法,诊断HCV基因型并比对它们的结果,以评价HCV基因分型试剂盒的临床使用效果。方法选取购买的2套商业HCV基因型血清盘和收集的45份HCV核糖核酸(RNA)阳性临床样本,用巢式聚合酶链反应(PCR)扩增HCV CORE区、NS5B区,对扩增的序列进行测序以确定基因型别;再通过HCV基因分型试剂盒检测样本以确定基因型,对所得结果进行统计分析。结果 HCV NS5B区、CORE区检测商业HCV基因型血清盘,分别检测出16例(16/19)、15例(15/19);对于HCV基因分型试剂盒检测中国常见的五种型别1b、2a、3a、3b、6a的样本,HCV基因分型试剂盒的准确性为7/7。45份HCV RNA阳性的临床样本中,所检测出的基因型有1a(4份)、1b(6份)、2a(5份)、3a(5份)、3b(14份)、6a(7份)、6n(4份),测序法结果属于五种亚型(1b、2a、3a、3b、6a)的有37份标本,试剂盒检测的结果与测序法一致的有29份,8份标本未检出,一致率为29/37。五种亚型以外的8份标本,测序法与试剂盒检测结果均不一致。结论通过此次对比结果可以看出,所用HCV基因分型试剂盒能够准确检测出国内常见的基因型,并且该方法操作简便,检测时间短,具有较大的临床应用价值。  相似文献   

3.
目的 探讨丙型肝炎病毒1b型(HCV-1b)NS5A区基因的复杂性与干扰素α(IFN-α)治疗效果之间的关系。方法 以13例接受IFN-α治疗的HCV-1b感染患者为研究对象,治疗前血清提取的RNA采用逆转录套式PCR(RT-nested-PCR)扩增HCVNS5A区基因,PCR产物纯化后与T载体连接并克隆入大肠杆菌,随机挑选30个阳性克隆菌落,每一克隆菌落再进行PCR扩增,30个克隆的PCR产物的同一聚丙烯酰胺凝胶上采用单链构象多态性分析(SSCP)分析和异源性双体分析(HD)筛选HCVNS5A区克隆型,克隆型的多少反映HCVNS5A区基因的复杂程度。结果 完全应答组平均6.3种克隆型;部分应答组平均8.6种克隆型;无应答组平均15.8种克隆型。结论 HCVNS5A区基因的复杂程度与IFN-α的治疗效果呈负相关。  相似文献   

4.
秦兆习  丛旭  蒋栋  哈明昊  魏来 《肝脏》2005,10(4):265-267
目的获得全长中国大陆1b型丙型肝炎病毒(HCV)3'非编码区(3'UTR)cDNA,并分析一级结构的变异,为进一步研究其在HCV复制、翻译中的调控机制和开发新的抗HCV药物奠定基础.方法利用逆转录套式聚合酶链反应(RT-PCR)限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)初步筛选出1例1b型HCV感染者,采用半套式RT-PCR法扩增出约400bp的cDNA片段,克隆测序.结果获得的全长1b型HCV 3'端序列,由高变区、Poly(u)区、Poly(u/c)区及98碱基区4部分组成;首次发现终止密码子突变由TGA突变为TGG,可导致NS5B的翻译不能及时终止.结论半套式RT-PCR法可有效获得病毒基因组的全长末端序列;首次报道终止密码子突变导致NS5B区延长,3'UTR缩短.该发现对了解HCV的复制和翻译机制可能有一定的理论和实践意义.  相似文献   

5.
目的获得全长中国大陆1b型丙型肝炎病毒(HCV)3′非编码区(3′UTR)cDNA,并分析一级结构的变异,为进一步研究其在HCV复制、翻译中的调控机制和开发新的抗HCV药物奠定基础。方法利用逆转录套式聚合酶链反应(RT-PCR)限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)初步筛选出1例1b型HCV感染者,采用半套式RT-PCR法扩增出约400bp的cDNA片段,克隆测序。结果获得的全长1b型HCV3′端序列,由高变区、Poly(u)区、Poly(u/c)区及98碱基区4部分组成;首次发现终止密码子突变由TGA突变为TGG,可导致NS5B的翻译不能及时终止。结论半套式RT-PCR法可有效获得病毒基因组的全长末端序列;首次报道终止密码子突变导致NS5B区延长,3′UTR缩短。该发现对了解HCV的复制和翻译机制可能有一定的理论和实践意义。  相似文献   

6.
目的 应用反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)可视化检测丙型肝炎病毒(HCV)1b和2a基因型,为RT-LAMP技术应用于现场或基层医院提供初步探索经验。方法 首先,收集临床阳性样本并用荧光定量PCR分型检测,把样本基本分为1型和非1型。然后分别根据HCV 1b和2a基因型设计RT-LAMP引物并优化反应条件,通过互换模板实验验证这2套引物的特异性,并通过检测稀释的模板以验证引物的灵敏度。同时用钙黄绿素进行产物显色,使HCV分型检测可视化。最后用RT-LAMP方法检测临床样本,并计算阳性率,应用配对卡方检验比较RT-LAMP和荧光定量PCR的统计学差异。结果 优化好的RT-LAMP体系的特异性好,对HCV 1b型的检测灵敏度为103 IU/mL,2a型的检测灵敏度为104 IU/mL。另外,利用钙黄绿素进行产物检测的效果和电泳结果相当。通过对临床样本分型检测,HCV 1b型样本的RT-LAMP检测结果和荧光定量PCR差异无统计学意义(P>0.05),HCV 2a型样本的RT-LAMP检测结果和荧光定量PCR差异有统计学意义(P<0.05),但是未检出的样本中有2例为HCV 2b型。结论 RT-LAMP对HCV的可视化分型检测具有较好的特异性和灵敏度,操作简便,具有在现场或基层医院的应用前景。  相似文献   

7.
目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS。结果NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M。经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结果为3b亚型。病毒氨基酸序列里含有12个RAS,分别是NS3区域的Y56H、Q80K、Q80R、A156G,NS5A区域的M28G、Q/A30G、Q/A30K、L31F、L31M、Y93H,以及NS5B区域的S282T和V321A,其中位于NS5A区域的Q/A30K和L31M属于高丰度RAS(99.16%和98.37%),其余10个RAS丰度较低(<0.5%)。结论NGS用于HCV 3b亚型的全长序列检测和基因分型,最终鉴定出基线RAS,对于HCV 3b的流行病学研究和DAA治疗方案的制订有重要意义。  相似文献   

8.
目的观察国人HCV1b型基因结构NS5A区核苷酸、氨基酸的变异情况,并探讨其与IFNα疗效的相关性.方法用PCR法扩增22例丙肝患者血清中HCV病毒NS5A区部分基因片断,并用直接测序法测序.与HCV-J株及HCV-河北株比较核苷酸及氨基酸同源性,并进一步推导出氨基酸2209~2248位的序列,根据IFNα疗效分析国人HCV1b是否存在IFN敏感决定区.结果在22例丙肝患者中,HCVNS5A区核苷酸序列比较保守,与HCV-J及HCV-河北株(HCV-HB)相比有很高的同源性,且无显著差异,推导的氨基酸序列2209~2248极少有变异.核苷酸变异大多为同义突变,18例患者经IFNα治疗,仅4例有效.疗效与氨基酸变异无明确相关.结论国人HCV1b型核苷酸及氨基酸序列高度保守,目前并未证实该区存在IFN敏感决定区.  相似文献   

9.
目的:探讨限制性显示(restrictuion display,RD)技术在制备丙型肝炎病毒(HCV)分型芯片探针的可行性。方法:用限制性内切酶Sau3A I消化HCV1a、1b、2a亚型全长cDNA,所得的限制性内切酶片段与通用接头相连,通过10个选择性引物进行分组PCR,使得各片段得以扩增并分布于10个亚组中,经聚丙烯酰胺电泳(PAGE)结合银染法进行分离。切胶回收后作3次PCR,得到较纯净的HCV cDNA限制性片段。对这些片段做分子克隆,并测序鉴定。结果:由HCV 3个亚型1a、2a、1b的全长cDNA得到66个大小相对均一(200~900bp)的限制性片段,平均每个亚型约22个。测序结果表明,属于HCV基因,可以作为HCV分型芯片的探针。结论:RD技术能快速收集大量长度适宜、大小均一的病毒基因片段,适合于分型诊断基因芯片探针的收集。  相似文献   

10.
丙型肝炎病毒NS3基因酵母表达载体构建及表达   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 为探讨丙型肝炎病毒 (HCV)非结构蛋白NS3的功能 ,在真核生物酵母细胞中表达HCVNS3基因。方法 用聚合酶链反应 (PCR)的方法以HCV全长质粒pBRTM/HCV 1为模板扩增HCVNS3基因 ,克隆到 pGEM T载体中 ,双酶切后回收连接到酵母表达质粒 pGBKT7中表达。提取酵母蛋白质 ,进行十二烷基磺酸钠 聚丙烯酰胺凝胶电泳 (SDS PAGE)和Western免疫印迹分析。结果 成功构建HCVNS3基因酵母表达载体 ,Western免疫印迹显示了HCVNS3在酵母细胞中表达。表达产物在胞内存在 ,相对分子质量为 70 0 0 0。结论 HCVNS3蛋白在酵母中表达成功。  相似文献   

11.
目的:分析 HCV 核心蛋白(Core)和非结构蛋白(NS)5B 区直接测序的敏感性和准确性。方法收集慢性丙型肝炎患者血清51份,采用反转录 PCR 对 Core 和 NS5B 区分别扩增,产物直接测序,构建进化树进行基因分型。结果51份样本中,Core 区扩增阳性49份,占96.1%。共检出5种基因亚型:1b 为61.2%(30/49),2a 为20.4%(10/49),2b 为2.0%(1/49),3a 为4.1%(2/49),6a 为12.2%(6/49)。NS5B 区扩增阳性45份,占88.2%。1b、2a、2b、3a、6a 分别占62.2%(28/45)、20.0%(9/45)、2.2%(1/45)、4.4%(2/45)和11.1%(5/45)。结论与 NS5B 区相比,Core 区引物设计容易,扩增效率和分型成功率较高,可作为 HCV 基因型流行病学调查和临床研究的优先选择。  相似文献   

12.
目的对大理地区HIV感染合并丙型肝炎患者进行丙型肝炎病毒(HCV)基因分型研究。方法采集患者血液,提取RNA,采用HCV特异性引物进行巢式RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果在大理州人民医院共采集疑似丙型肝炎病人血清13份,HCV核酸检测4份(24~27号)阳性。序列分析显示4株病毒之间核苷酸同源性在80.4%~95.8%之间;24号与1b型HCV核苷酸同源性在98.6%以上,而其他基因型病毒核苷酸同源性在90.2%以下;25、27号与3b型HCV核苷酸同源性在92.1%~98.6%之间,而与其他基因型核苷酸同源性均在87.4%以下;26号与3a型HCV核苷酸同源性在94.4%~94.9%之间,而与其他基因型病毒核苷酸同源性在84.6%以下。遗传进化分析显示25、27号病例为3bHCV感染,26号病例为3aHCV感染,24号为1bHCV感染。结论大理地区HIV感染人群中存在HCV基因1和基因3两个基因型,3a、3b和1b3个基因亚型HCV感染。  相似文献   

13.
丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因1的克隆化研究   总被引:5,自引:5,他引:5  
目的 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆丙型肝炎病毒非结构蛋白3(NS3)反式激活新型靶基因,进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCVNS3蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-NS3转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT—PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被NS3蛋白反式激活,故命名为NS3TP1,已在GenBank中注册,注册号为AYll6969。NS3评1基因的编码序列全长为1932个核昔酸(nt),编码产物由眺个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白,HCVNS3反式激活作用的新靶基因的发现,为进一步研究HCVNS3蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。  相似文献   

14.
目的 利用核心基因(core)、非结构基因5B(NS5B)序列与线性探针技术(LiPA)研究广东地区慢性丙型肝炎患者HCV的基因型分布,探讨LiPA基因分型的准确性.方法 分别采用core和NS5B片段序列和INNO-LiPA 2.0对广东地区110例慢性丙型肝炎患者进行基因分型.使用SPSS 10.0统计软件对数据进行分析,两样本间的比较采用x2检验.结果 110份HCV样本中有97份扩增到core区段序列,62份扩增到NS5B区段序列,同时扩增到core、NS5B序列的样本有57份.core与NS5B序列的分型结果一致,102份标本被分为1b、2a、3a、3b、6a 5个亚型,分别占61.8%、9.8%、3.9%、3.9%和20.6%.在基因型水平,除6型外,其他基因型均能通过INNO-LiPA2.0正确分型;在亚型水平,除1b和3b型,其他亚型未能被准确区分,其中81.5%的6a型被错分为1b型.结论 6a型已成为广东地区慢性丙型肝炎患者中第二大基因型,LiPA技术是否能准确区分6a型与1b型,有待进一步研究.  相似文献   

15.
目的 通过对抗病毒治疗前HIV/HCV合并感染者和HCV单纯感染者HCV NS3/4A蛋白酶、NS5A抑制剂相关耐药位点进行检测,探讨上述患者天然耐药变异的差异。方法 收集2016年1月—2020年1月在广州医科大学附属市八医院住院或门诊就诊的246例HIV/HCV合并感染者和HCV单纯感染者的血清标本,使用Illumina二代测序平台进行测序,比较已在中国获批准的NS3/4A蛋白酶、NS5A抑制剂相关耐药变异在两组患者的差异,纳入分析的药物包括阿舒瑞韦/达拉他韦(ASV/DCV,基因1b型),艾尔巴韦/格拉瑞韦(EBR/GZR,基因1b型)和格卡瑞韦/哌仑他韦(GLE/PIB,泛基因型)。符合正态分布的计量资料两组间比较采用t检验,不符合正态分布的计量资料两组间比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料两组间比较采用χ2检验或Fisher精确检验。结果 本研究纳入的246例患者的血清样本中,239例(97.2%)成功进行PCR扩增并测序,包括102例HIV/HCV合并感染者和137例HCV单纯感染者。对ASV/DCV和EBR/GZR相关耐药变异分析结果提...  相似文献   

16.
目的检测四川省丙型肝炎患者HCV基因分型及HCV NS5A耐药突变位点的分布特征。方法收集2017年-2018年在四川省人民医院确诊的来自四川省的丙型肝炎患者160例,采集外周静脉血标本,使用Sanger测序法鉴定每一样本的HCV基因型及其亚型和HCV NS5A的基因序列。结果 160例丙型肝炎患者共测出1、2、3、6四种基因型和1b、2a、3a、3b、6a、6n六种基因亚型,其中以1b亚型检出率最高,占86.25%(138/160),其次为3b、6a亚型,均各占3.75%(6/160),余下6n型占2.50%(4/160),2a、3a型均各占1.875%(3/160)。在HCV 1b亚型丙型肝炎患者在中,HCV NS5A基因耐药突变检出率为18.84%(26/138),其中以Y93H耐药突变率较高,占17.39%(24/138),其次L31M耐药突变率为1.45%(2/138)。结论分析四川省丙型肝炎患者HCV基因型及HCV NS5A耐药突变位点的分布特点,可为该地区丙型肝炎患者基因型分布及耐药性研究和个体化抗病毒治疗提供指导依据。  相似文献   

17.
丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因11的克隆化研究   总被引:7,自引:3,他引:4  
目的 为了探索丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因,我们应用基因芯片技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系H叩G2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV—H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的pBRTN-3011质粒DNA作为模板,进行多聚酶链反应(PCR)扩增,获得的HCVNS5A编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定,构建真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5A。以pcDNA3.1(-)-NS5A转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术,结合生物信息学技术(bioinformatics),克隆HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5A,经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以PCDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2后提取总RNA,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS5A反式激活的新型靶基因,命名为NS5AWll,新基因的编码基因序列全长为1257个核苷酸(nt),编码产物由418个氨基酸残基(aa)。结论 HCVNS5A是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白。基因芯片技术是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因,这一发现,为阐明HCVNS5A蛋白的反式激活作用及其机制,开辟了新的研究方向。  相似文献   

18.
目的:建立一种以丙型肝炎病毒(HCV)干扰素敏感决定区(ISDR)特异性引物为基础的聚合酶链反应(PCR)方法,对HCVISDR进行序列测定.方法:根据GenBank中6株HCV全序列核苷酸序列,设计共同的外引物及三组ISDR型特异性内引物.建立了HCVISDRPCR检测方法,对27例HCV基因型1b的慢性丙型肝炎患者血清HCVRNA进行测定,并对PCR阳性标本的产物进行多位点分析.结果:A组PCR结果阳性率为37%(10/27),A-B组为30%(8/27),A-C组为4%(1/27),A-B-C组为22%(6/27),三组均阳性者有5例为使用IFN治疗6-12mo后定性PCR检测HCVRNA转阴,停药3mo后PCR检测HCVRNA结果仍为阴性.结论:以ISDR特异性引物为基础的PCR法可靠、简便,可用于丙型病毒性肝炎患者对HCV进行敏感决定区的测定,用于以NS5A-ISDR突变数量来预测HCV基因型1b感染的患者对IFN的持续应答.  相似文献   

19.
丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因6的克隆化研究   总被引:5,自引:1,他引:5  
目的 丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)是一种具有显著反式激活作用的病毒蛋白质。为了探索HCVNS3病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因,我们应用微矩阵(microarray)技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系HepG2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的PBRTM-3011质粒DNA作为模板,进行多聚酶链反应(PCR)扩增,获得的HCVNS3编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定,构建真核表达载体PcDNA3.1(-)-NS3。以pcDNA3.1(-)-NS3转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术,结合生物信息学技术(bioinformatics),克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体PcDNA3.1(-)-NS3,经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以PcDNA3.1(-)-NS3转染HepG2后提取总RNA,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS3反式激活的新型靶基因,命名为NS3TP6,新基因的编码基因序列全长为414个核苷酸(nt),编码产物由138个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白。微矩阵技术是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCVNS3反式激活作用的新的靶基因,并成功克隆其中的NS3TP6,为阐明HcvNs3蛋白的反式激活作用及其机制,开辟了新的研究方向。  相似文献   

20.
丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因2的克隆化研究   总被引:6,自引:2,他引:4  
目的 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术(bioinformcs)筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)反式激活新型靶基因,进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCVNS3蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-NS3转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCvNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被NS3蛋白反式激活,故命名为NS3TP2,在GenBank中注册,注册号为AYll6970。NS3TP2基因的编码序列全长为1299个核苷酸(nt),编码产物由432个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白,而抑制性消减杂交(SSH)是一种鉴定、分离组织细胞中选择性表达基因的技术。通过这种技术,发现了HCVNS3反式激活作用的新的靶基因,这一发现,为进一步研究HCVNS3蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。  相似文献   

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