长沙市2009年甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性分析

2009年4月21日,美国疾病预防控制中心(CDC)检出2名儿童感染新甲型H1N1流感病毒~[1],该病毒属于正黏病毒科(orthomyxoviridae),甲型流感病毒属(influenza virus A),单股负链RNA病毒,由大小不等的8个独立片段组成,共编码11种蛋白,主要通过飞沫或气溶胶经呼吸道传播,极易造成流行.     

四川省甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的 了解四川省甲型H1N1流感病毒的抗原性和血凝素(HA)基因的变异情况.方法 对四川省2009-2011年分离的流感病毒采用单项血凝抑制试验鉴定毒株型别,在此基础上选取分离自中国内地首发甲型H1N1流感病例、首起甲型H1N1流感疫情、甲型H1N1流感死亡病例以及哨点医院流感样病例标本的甲型H1N1流感病毒株共计11株,进行HA基因核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特征分析.结果 与中国代表株A/四川/SWL1/2009(H1N1)相比,2009-2011年四川省甲型H1N1流感毒株单项血凝抑制效价均无4倍以上差异,与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比,HA氨基酸具有高度同源性(96.6％ ～99.4％).结论 四川省甲型H1N1流感病毒的HA基因特性和抗原性没有发生明显变异.     

2017年云南省流感病毒监测及甲型H1N1流感病毒血凝素基因特征分析

目的 了解2017年云南省流感病毒的流行情况和甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）基因分子特征。方法 对2017年云南省流感监测哨点医院采集的21 672份标本使用real - time RT - PCR方法检测流感病毒,核酸阳性标本使用MDCK细胞进行病毒分离,采用血凝素凝集试验及抑制试验进行病毒抗原性分析。选取12株抗原性变异较大的甲型H1N1流感毒株进行基因测序,使用MEGA软件分析其HA基因特征。结果 2017年共检出流感核酸阳性标本2 372份,分离出流感毒株1 180株,全年共有2个流行高峰,H3亚型和甲型H1N1亚型交替成为优势株,BY亚型和BV亚型共同流行。毒株分离高峰与ILI%高峰基本一致。甲型H1N1流感病毒ＨＡ基因无明显变异,疫苗株仍具有保护作用。结论 继续加强监测力度,提高监测敏感性并做到及时预警,控制流感流行风险。     

福州市2010年甲型H1N1流感病毒分离株血凝素基因分子进化分析

目的 了解福州市2010年甲型H1N1流感病毒HA基因的突变和分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增流感病毒A/Fuzhou/2/2010(H1N1)血凝素HA基因,测定核苷酸序列,用Clus-talX 1.83软件进行序列比对,用Bi0edit软件的ClustaW程序进行序列同源性分析,用Mega 5.0软件以邻位...     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

内蒙古2009年甲型H1N1流感病原与血清学监测结果分析

目的:分析2009年内蒙古甲型H1N1流感流行特点和健康人群感染状况,为进一步应对流感大流行提供科学依据。方法:采用RT-PCR、Real-time PCR法进行核酸检测,阳性样本进行鸡胚病毒分离培养。人群血清采用血凝(HA)和血凝抑制(HI)试验进行人群抗体检测。结果:全区各网络实验室共检测标本7663份,核酸阳性1543份,阳性率为20.14%。其中季节性H1N1阳性68份,H3N2阳性158份,甲型H1N1阳性957份,B型阳性164份,甲型流感阳性但无法分亚型的192份,混合4份;对本实验室检出的阳性标本509份进一步进行病毒分离培养,结果获得阳性毒株162株,阳性分离率为31.83%。采用血凝(HA)和血凝抑制试验(HI)对分离毒株型别鉴定,结果甲型H1N1份155份,占阳性毒株的96.91%;HI方法检测人群标本472份,抗体阳性95份,阳性率20.13%。结论:内蒙古地区2009年7月以后流行的流感优势株为甲型H1N1流感病毒,高峰出现在10月、11月;人群血清抗体检测表明人群抗体阳性率普遍偏低,学生的抗体水平相对较高。     

珠海市2008年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征分析

目的了解2008年珠海地区流行的H1N1亚型流感病毒血凝素重链区HA1基因特征。方法按照时间不同选取7株2008年珠海市分离到的H1N1亚型流感毒株,选取的毒株进行血凝素HA1片段序列测定并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析。结果H1N1亚型流感毒株为珠海市2008年的优势株,与该年WHO推荐疫苗株比较有多个氨基酸发生了替换,造成抗原性发生一定的变化。结论2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年珠海市H1N1亚型流感预防效果并不理想,导致2008年珠海市H1N1亚型的流行强度增加。     

南昌市2009年甲型H1N1流感疫情流行病学分析

[目的]分析2009年南昌市甲型H1N1流感流行病学特征,为控制甲型H1N1流感提供科学依据。[方法]收集整理南昌市2009年全市各级各类医疗机构报告的甲型H1N1流感报告卡信息及RT-PCR实验室检测结果,应用描述性方法进行流行病学分析。[结果]甲型H1N1流感为2009年新增报告病种,共报病例838例,报告发病率17.85/10万,报告重症病例48例,其中死亡6例,死亡率0.13/10万,病死率0.72%。甲型H1N1病例中男性509例,女性329例,男女性别比为1.54︰1。全市9个县区均有甲型H1N1流感报告。自6月开始出现病例,以11月报告病例数较多,占全年病例的57.3%。病例以学生发病为主,占全部病例的77.6%。共检测101份样本,阳性率为38.6%。[结论]甲型H1N1流感的发生有明显的年龄、性别、季节和地区差异。要重点加强各类学校、学生甲型H1N1流感防控工作,以防止聚集性疫情的发生。     

安徽省早期甲型H1N1流感病毒的血凝素基因序列分析

目的检测、分析安徽省甲型H1N1流感早期病例的病毒血凝素（HA）基因的序列特征。方法RT-PCR方法扩增我省早期流感样病例的病毒核酸并对其HA基因序列进行分析比对。结果我省早期甲型H1N1流感病例的病毒HA基因与2009年全球流行的甲型H1N1流感病毒高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧洲和亚洲分离的A/H1N1猪流感和A/H1N1禽流感亲缘关系较远。结论我省早期流行的甲型H1N1流感毒株HA基因可能由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能并不敏感。     

2009年洛阳市甲型H1N1流感监测资料分析

[目的]了解洛阳市甲型H1N1流感流行特征,为制定下一步的防控工作措施提供科学依据。[方法]对洛阳市2009年甲型H1N1流感监测系统数据进行描述性分析。[结果]2009年累计报告甲型H1N1流感病例200例,报告发病率为3.11/10万,其中重症病例12例,死亡2例。病例分布在全市14个县,城区发病率、农村发病率分别为2.02/10万和3.77/10万。200例中,8月占36.18%、9月占24.62%;学生占90.50%。流感哨点监测显示2009年流感流行呈混合型,在356株流感阳性标本中,甲型H1N1流感病毒核酸阳性165份(占46.35%),季节性H3流感44份(占12.36%),B型流感47份(占13.20%)。[结论]2009年洛阳市甲型H1N1流感病例以学生居多,农村高于城市,应强化各种监测系统的综合利用。     

亳州市2013年甲型H1N1流感病毒基因分析

目的分析亳州市2013年一所学校流感暴发疫情甲型H1N1流感病毒基因及抗原变异情况。方法从132名具有流感症状的学生当中随机采集10份标本,用Realtime RT-PCR方法鉴定甲型H1N1流感病毒,对阳性标本接种MDCK细胞,分离流感病毒,并对甲型H1N1流感病毒株进行血凝素（HA）作基因测序,分析基因及氨基酸位点变异情况。结果 10份标本中Realtime RT-PCR鉴定有8份为甲型H1N1流感病毒核酸阳性,病毒分离培养6份阳性,并对其进行基因测序,HA基因与疫苗株同源性为98.4%,HA基因氨基酸变异分析显示,有多个位点发生变异。结论此次暴发的甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国及其他国家的甲型H1N1流感病毒具有较高的同源性,HA基因氨基酸序列发生变异情况,需密切关注甲型H1N1的流行状况。     

青海省流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测青海省2007～2008年度季节性流感病毒型与亚型分布,了解2007～2008年度部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集监测哨点医院流感样病例的鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2007～2008年度部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况.结果 2007～2008年度在哨点医院送检标本中共分离到144株流感病毒,其中124株为A/H3N2,B型20株,型与亚型有明显分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,青海省6株分离株与2008、2009年部分省份分离株及江西同期分离株接近,与WHO 2008～2009年度疫苗推荐株相近.结论 WHO推荐的2006～2007年度疫苗株A/Hiroshima/52/2005滞后于在我省流行的流感病毒毒株.     

1999-2012年浙江省乙型流行性感冒病毒血凝素与三个内部基因的变异分析

目的 探讨乙型流行性感冒病毒(简称乙型流感病毒)分离株血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)、基质蛋白(matrix protein,M)和非结构蛋白(nonstructural protein,NS)基因的分子变异特征.方法 选取浙江省1999-2012年乙型流感病毒分离代表株31株,进行HA重链区(HA1)、NP、M和NS基因测序,并构建基因进化树,估算此4个基因的核苷酸进化速率并分析其氨基酸变异位点.结果 31株乙型流感病毒分离株在HA1基因进化树上分别处于Victoria系和Yamagata系两大分支,分别以B/Victoria/2/87和B/Yamagata/16/88为代表.2010年之后Victoria系分离株的NP基因与Yamagata系毒株高度同源,处于同一进化分支.估算HA1 、NP、M和NS基因的核苷酸年进化速率分别为2.29×10-3、1.39×10-3、1.78×10-3、1.30×10-3/位点.Victoria系分离株HA1氨基酸重要变异位点主要包括K48E、L58P 、N75K 、K80R、K129N/S、N165K、S172P、S197N/D和A202V,Yamagata系分离株HA1的变异位点包括R48K、S150I、N166Y、N203S、G230D和D233N.2010年之后的Victoria系分离株NP氨基酸序列与Yamagata系毒株类似,与之前的毒株存在4个特征性氨基酸位点的变异,分别为A60D、L233V、N513S和V534I.结论 1999-2012年浙江省乙型流感病毒分离株发生明显变异,表面抗原基因HA1进化速度快于内部基因,基因重配和基因突变是病毒发生变异的主要机制.     

2005年-2009年大连市季节性甲型H1N1流感病毒HA基因序列分析

目的:分析大连市2005年-2009年流感病毒H1N1亚型血凝素抗原性及其基因变异情况,为流感防治提供技术支持。方法:采集流感样病例的鼻咽拭子标本,用MDCK细胞进行流感病毒的病原分离,采用红细胞凝集实验测定病毒的滴度,用血凝抑制试验和RT-PCR进行流感病毒型别鉴定,通过RT-PCR扩增血凝素HA片段的基因,电泳、纯化后进行基因序列测定,利用生物信息学进行序列分析。结果:2005年-2009年共分离到季节性甲型H1N1流感病毒39株,其中28株进行了测序。与当年的疫苗株相比,2005年、2006年、2007年和2008年分离株的HA1区分别发生了11个、9个、15、15个突变。结论:在近几个年度的流行季节中,该地区有H1N1亚型流感的存在。该地H1N1流感病毒分离株有多处氨基酸发生替换,氨基酸的替换导致毒株的抗原性发生了漂移。     

2009年北京市甲型H1N1流行性感冒轻重症患者病毒全基因组特性分析

目的 了解北京市甲型H1N1流行性感冒(简称流感)轻症与重症患者流感病毒的全基因组特性.方法 选取北京市甲型H1N1流感检测网络实验室于2009年6-12月在北京市定点医院采集的流感病例咽拭子标本作为研究对象,共21份,包括重症病例标本10份(其中有4份标本来源于死亡病例),轻症病例标本11份.由咽拭子标本中提取病毒核酸,设计基因组全长扩增引物,病毒核酸逆转录后进行PCR,对PCR产物测序,通过序列分析软件,分析病毒各基因进化和氨基酸变异情况.结果 2009年北京市流行的甲型H1N1流感病毒8个基因节段与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)相比,核苷酸同源性高达99％以上,未发生较大变异,其中,血凝素蛋白(HA)、神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)基因的遗传距离相对较长,分别为0.0050,0.0040,0.0040; HA基因的P83S、I321V,NA基因的N248D,多聚酶(PA)基因的P224S,NP基因的V100I、L122Q变异在所有样本中均发生.重症病例的HA、NA、NP、PA、多聚酶(PB2)、非结构蛋白(NS)基因具有明显基因进化聚集性;HA基因的S128P和S203T、PA基因的R269K和D547E、PB2基因的T588I、NS基因的I123V变异主要发生在重症病例中,分别有6、9、6、7、9、6例;其中HA基因的S203T、PA基因的R269K及D547E变异与重症病例的相关性具有统计学意义(P＜0.05).HA基冈变异主要分布在Ca与Cb抗原决定簇上,NA基因上无耐药突变,膜蛋白(M2)基因均发生耐药性突变,其余毒力相关基因未见突变.结论 2009年北京市甲型H1N1流感病毒与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)同源性较高,发现与重症及死亡病例相关的突变位点,未发现毒力基因突变.     

2018 - 2019年云南省昭通市A型流感病毒基因特征分析

目的 分析2018 - 2019年云南省昭通市新甲型H1N1、H3N2亚型流感病毒流行情况及基因进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 收集2018年1月 - 2019年10月昭通地区哨点医院流感样病例咽拭子标本2 863份进行real - time RT–PCR检测,用狗肾传代细胞( Madin - Darby canine kidney cell,MDCK)对核酸阳性样本进行病毒分离,分离得到的流感毒株采用血凝抑制实验进行鉴定分型。最终选取43株新甲型H1N1亚型流感毒株,及15株H3N2亚型毒株进行全基因组测序,使用MEGA 5.2软件进行序列分析。结果 系统发生分析表明95.35%(41 / 43)昭通新甲型H1N1分离株属于6B.1A支系, 93.33%(14/15)H3N2分离株属于3C.2a1b支系。与参考株A／California／07／2009相比,新甲H1N1分离株HA蛋白有7处抗原位点和1处受体结合位点发生变异,H3N2分离株有5处抗原位点和4处受体结合位点发生变异。结论 2018 - 2019年昭通地区流行的新甲型H1N1和H3N2亚型流感病毒毒株与WHO推荐的当年北半球的疫苗组分匹配,但H3N2亚型与WHO推荐的2019 - 2020年H3亚型疫苗株发生偏离,需加强监测。     

宁夏H3N2流感病毒血凝素基因分子特征分析

目的 了解2014-2020年宁夏H3N2流感病毒血凝素(Haemagglutimin,HA)基因变异情况,为宁夏的流感防控提供科学依据.方法 选取2014-2020年宁夏分离的30株H3N2流感毒株,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析.结果 与疫苗株A/Te...     

广州地区2009年乙型流感病毒血凝素基因特征分析

根据抗原性和基因特异性的差异,乙型流感病毒可分为B/Victoria/2/87系(Victoria系)和B/Yamagata/16/88系(Yamagata系)[1].血凝素(HA)基因与该病毒的进化趋势相关[2],HA的抗原变异主要发生在HA1区域[3],该区域4个主要的抗原表位[120-loop(HA1 116-137)、150-loop(HA1141-150)、160-loop(HA1 162～167)和190-helix(HA1194-202)]如发生变化,往往引起变异相关病毒株进化方向的改变[4].为了解2009年乙型流感病毒进化情况,本研究分析了HA1基因特点.     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。