基于GEO 数据库筛选慢性胰腺炎恶变过程中关键miRNA 和ceRNA 网络构建

目的 筛选慢性胰腺炎（chronic pancreatitis, CP）进展到胰腺癌（pancreatic cancer, PC）过程中发挥潜在作用的 miRNA及其调控网络。方法 从 GEO数据库中下载芯片数据 GSE24279和 GSE25820,筛选出在 CP和 PC中差异表达的 miRNA（differential expression miRNA,DEM）。预测 DEM的靶基因和长链非编码 RNA（long non-coding RNA）,随后进行靶基因富集分析,构建蛋白互作网络（protein-protein interaction, PPI）并筛选出枢纽基因和具有特殊生物学功能的模块,通过综合分析 DEM,枢纽基因和 LncRNA的表达和预后,基于竞争性内源 RNA（competing endogenous RNAs, ceRNA）的理论,构建 miRNA的调控网络。结果 筛选出 16个 DEM,其靶基因参与共生过程,细胞器组织的正调控,细胞质的核周区域和双链 RNA结合。从 PPI网络中,筛选出 17个枢纽基因和 3个模块。综合分析后,将 hsa-miR-221-3p,hsa-miR-222-3p,hsa-miR-210-3p及 RNPS1,MGRN1作为 CP进展为 PC中关键节点。 41个 LncRNA结合关键 DEM,其中 MIAT,DANT2,TTN-AS1,PAXIP1-AS2和 LINC00473具有预后价值。综合以上结果,构建出包含 3个 DEM,2个基因和 5个 LncRNA的 ceRNA调控网络。结论 研究采用的整合分析方法有助于揭示 CP恶变的机制,构建的 LncRNA-miRNA-基因调控网络,为预测和治疗由 CP进展为 PC的患者提供了新的生物学靶点。     

基于生物信息学方法对胰腺癌血浆差异miRNA和基因表达的分析研究

目的采用生物信息学方法进一步筛选和验证胰腺癌血浆标志物,为明确其分子机制提供依据。方法通过关键词"胰腺癌、血浆、mi RNA"进行检索,搜集文献,并下载原始数据,进行生物信息学分析,寻找具有特异性的血浆mi RNA标志物,预测其靶基因,进行通路富集和互作分析,通过文献数据和数据库进行关键基因的验证,分析其差异表达谱及其与胰腺癌预后的关系。结果通过对GSE59856和GSE124158进行差异mi RNA的筛选,最后筛选得出mi R-12 2-5p。通过对mi R-12 2-5p预测得到了517个靶基因,并对靶基因作GO/KEGG富集分析。进一步对靶基因做蛋白互作图,并通过相关文献的查询与筛查,筛选出UBA52、ADAM10、CBL、VAMP3这4个关键基因。根据TCGA表达谱及文献数据论证,与健康人相比,胰腺癌患者高表达UBA52、ADAM10、CBL、VAMP3。VAMP3、ADAM10基因低表达的胰腺癌患者总体生存率更高(P0.05)。结论采用生物信息学方法对胰腺癌患者血浆差异mi RNA进行分析,筛选出的mi R-12 2-5p具有作为胰腺癌诊断标志物的潜力。mi R-12 2-5p作用的关键靶基因VAMP3、ADAM10与胰腺癌的预后密切相关。     

LncRNA HOTAIR通过靶基因miR-20a-5p调控淋巴瘤细胞增殖、侵袭、迁移的分子机制研究

目的：探讨lnc RNA HOTAIR通过靶基因mi R-20a-5p对淋巴瘤细胞增殖、侵袭和迁移的影响及其分子机制研究。方法：合成HOTAIR si RNA和si RNA NC质粒后，分别转染淋巴瘤Raji细胞，RT-q PCR检测HOTAIR的m RNA表达，分别通过CCK-8实验、Transwell和细胞划痕愈合实验检测Raji细胞的增殖、侵袭和迁移情况。mi Rcode软件预测lnc RNA HOTAIR的靶基因，并通过双荧光素酶实验分析HOTAIR与靶基因的关系。合成mi R-20a-5p inhibitor和inhibitor NC后，瞬时转染Raji细胞，RT-q PCR检测mi R-20a-5p表达，分析下调mi R-20a-5p对Raji细胞的增殖、侵袭和迁移的影响。用lnc RNA HOTAIR过表达质粒和mi R-20a-5p模拟物同时转染Raji细胞，分析Raji细胞的增殖、侵袭和迁移能力。过表达或下调mi R-20a-5p后，分析JAK/STAT3信号通路相关蛋白的表达。结果：转染HOTAIR si RNA后Raji细胞中HOTAIR表达降低（P<0.0...     

基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络构建筛选老年胶质母细胞瘤相关lncRNAs

目的:识别老年胶质母细胞瘤患者相关lncRNA(Long non-coding RNA,长链非编码RNA)。方法:从TCGA数据库下载TCGA-GBM RNA-seq、miRNA-seq、clinical数据。将样本按照年龄大于70岁和小于70岁进行分组。利用edgeR软件进行lncRNA、miRNA、mRNA的差异表达分析。利用miRanda软件分别预测miRNA的mRNA靶基因以及miRNA的lncRNA靶基因。针对筛选出的差异lncRNA和差异mRNA,进行表达相关性分析。根据lncRNA-mRNA相关性分析以及miRNA靶基因分析结果,构建ceRNA网络。结果:根据本文的筛选条件共筛选得到48个lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。结论:筛选得到7个lncRNA及48个ceRNA网络可作为老年胶质母细胞瘤患者的生物学标志物进行研究。     

MicroRNA-4521基因在非小细胞肺癌中的表达分析研究

目的:初步探索非小细胞肺癌中差异表达microRNA,并对其靶基因进行预测及相关生物信息学分析。方法:通过mirExtra2.0数据库筛选非小细胞肺癌中差异表达microRNA,采用miRDB、miRWalk和TargetScan7三个数据库预测候选分子靶基因,并利用Metascapes数据库对预测靶基因进行功能注释、KEGG通路富集以及蛋白质网络互作分析。结果:非小细胞肺癌组织及对照组织表达谱中共筛选出634个差异microRNA,依据fold change比值及文献筛选microRNA-4521为候选基因。通过靶基因预测软件共获得235个潜在靶基因,其功能主要富集在细胞增殖和分裂及中心碳代谢信号通路等方面;蛋白质网络互作分析显示主要集中在非小细胞肺癌及中心碳代谢过程中。结论:筛选目标microRNA-4521在非小细胞肺癌中显著高表达,并可能通过参与中心碳代谢信号通路的调控从而影响非小细胞肺癌的发生发展。     

miRNAs在慢性阻塞性肺疾病中的研究进展

微小RNAs(micro RNAs,mi RNAs)是一种非编码小分子单链RNAs,其通过与靶m RNA完全或部分结合,从而在转录后水平调控基因的表达。近年来,诸多研究显示mi RNAs与慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonar y disease,COPD)的发生发展密切相关。本文就mi RNAs与烟草烟雾、肺气肿、炎症的关系进行综述,并侧重阐述mi RNAs参与调控COPD作用机制及其临床应用前景。     

基于代谢相关基因的多发性骨髓瘤预后模型的构建

目的：筛选多发性骨髓瘤（MM）患者代谢相关基因预后生物标志物，构建MM患者代谢基因生存预后模型。方法：检索MM患者相关的组学数据库。选择具有完整临床信息的病例和健康对照组数据进行分析。从HPA与MMRF数据库收集整理MM患者与健康对照骨髓组织二代测序数据与临床信息。利用Perl语言从分子签名数据库（MSig DB）提取代谢相关通路基因集。利用差异分析、单因素Cox风险回归分析和LASSO回归分析筛选MM代谢相关预后生物标志物并构建风险预后模型及列线图，利用风险曲线与生存曲线验证模型分组效果。利用基因集富集分析（GSEA）研究高、低风险组之间生物学通路富集的差异。利用多因素Cox风险回归分析验证风险评分的独立预后预测能力。结果：共筛选获取8个与MM患者生存预后显著相关的m RNA(P<0.01)，作为分子标签可将MM患者分为高风险组与低风险组。生存曲线与风险曲线显示低风险组患者的总生存期显著优于高风险组（P<0.001）。GSEA富集分析表明，基础代谢相关通路、细胞分化和细胞周期等信号通路在高风险组中显著富集，核糖体与N-聚糖生物合成等相关通路则更多的在低风险组中富集。多因素...     

基于TCGA数据库筛选微小RNA（miRNA）用于原发性乳腺癌早期诊断的生物信息学分析

目的　基于肿瘤基因图谱（the cancer genome atlas,TCGA）数据库筛选微小RNA（miRNA）用于原发性乳腺癌的早期诊断。方法　从TCGA上下载原发性乳腺癌miRNA表达数据,将癌症组与正常组比较获得差异表达miRNA。用miRwalk2.0软件分析差异miRNA的靶基因。在c-Bioportal数据库中筛选出原发性乳腺癌突变发生率大于5%的突变基因。分析差异miRNA作用的靶基因与乳腺癌高频突变基因之间的关系,得到备选miRNA,将备选miRNA与乳腺癌前20 名差异表达的miRNA求交集,得到目标miRNA,将目标miRNA做受试者工作曲线（ROC曲线）分析。结果　TCGA数据包含原发性乳腺癌组织1 075例,正常对照乳腺组织95例,共有1 870条miRNA的表达数据。共得到差异表达显著miRNA 129个（P＜0.05）,其中乳腺癌组织中表达升高至3倍以上的miRNA 90个,下调至1/3的miRNA 39个,预测到相对应18 413个靶基因,筛选出原发性乳腺癌突变基因12个。18 413个靶基因中包含12个高频基因,此12个基因是差异miRNA的靶基因同时也是高频基因,故将此12个基因对应的63个miRNA作为备选miRNA。将备选miRNA与乳腺癌前20 名差异表达的miRNA求交集得到目标miRNA 6个:hsa-mir-4732,hsa-miR-486,hsa-miR-592,hsa-miR-449b,hsa-miR-187和hsa-miR-196a,将这 6个miRNA构建ROC曲线（P＜0.05）,预测其作为肿瘤标志物的诊断能力。结论　基于TCGA数据库的生物信息学方法可简便而可靠地筛选目标miRNA进行后续研究,有较高的参考价值。     

基于生物信息数据探索CCNB1、CCNB2和CDK1在肺腺癌中的作用

目的 利用生物信息数据探索细胞周期蛋白B1(cyclin B1, CCNB1)、细胞周期蛋白B2(cyclin B2,CCNB2)和细胞周期蛋白依赖性激酶1(cyclin dependent kinase 1, CDK1)在肺腺癌中的作用。方法 首先从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）下载2个数据集的RNA高通量测序表达量数据,采用DESeq2软件鉴定差异表达基因,基于差异表达基因的结果进行后续分析：构建蛋白互作网络,选出其中最有意义的模块,这些模块中包括的基因即为核心基因;用来自其他数据库的RNA高通量测序数据验证核心基因的表达情况,验证其是否为差异表达基因;对经验证确定为差异表达基因的核心基因行生存曲线分析,筛选对肺腺癌生存期有显著影响的核心基因;分析这些核心基因在肺腺癌不同时期的表达情况。然后用KOBAS数据库对筛选出的核心基因行京都基因和基因组数据库通路富集分析,用muTarget工具将筛选出的核心基因表达量与肺腺癌基因突变状态进行关联,基于GDSC数据库的药物信息,探索这些核心基因在肺腺癌治疗中的潜在价值。最后通过人类蛋白质图谱数据...     

miR-126在心血管疾病中的研究进展

微小核糖核酸(mi RNAs)是真核生物中一类内源性的非编码RNA,通过和靶基因m RNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解m RNA或阻碍其翻译,具有组织特异性和时序性,参与细胞生长、发育、增殖、分化等多个生命过程。mi RNA-126是一种内皮特异性mi RNA,在人类的心脏和内皮系统中高度表达。研究表明,mi RNA-126参与心血管疾病发生、发展的多个过程,对诊断疾病和评价预后起着重要的作用,本文将对mi RNA-126在动脉粥样硬化、冠心病、心力衰竭、糖尿病等疾病中的研究进展进行综述。