HLA-B新等位基因B*9536和B*4612的测序分析和确认

目的 研究人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA_B*9536和B*4612的分子机制.方法 采用Invitrogen抽提试剂盒抽提标本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增样本HLA-B基因第2～4外显子,对PCR产物直接进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,经HLA Blast验证均为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EU081878和EU081879),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9536和HLA-B*4612.HLA-B*9536第2～4外显子序列与最接近的B*1505相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第544位G→A改变,导致第158位氨基酸Ala→Thr;HLA-B*4612第2～4外显子序列与最接近的B*4601相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第363位G→C,导致第97位氨基酸Arg→Ser.结论 在同一标本中发现两个新的HLA-B等位基因,并被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名.     

HLA-A*3101、B*4001、B*5801、DRB1*1602等位基因与遵义地区汉族肾综合征出血热发病的相关性研究

目的 探讨HLA-A*31、B*40、B*58、DRB1*16位点基因多态性与遵义地区汉族肾综合征出血热(HFRS)的关联性.方法 采用群体研究方法,应用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)技术对100例HFRS患者(患者组)和100例健康对照者(健康对照组)进行HLA-A*31、B*40、B*58、DRB1*16基因亚型分型,比较基因频率(GF),并计算其相对危险度(RR).结果 HFRS患者组HLA-A*3101、B*5801、DRB1*1602的基因频率均较对照组明显增高(RR=13.825,x2=4.296,P=0.038;RR=2.614,x2=6.133,P=0.013;RR=8.523,x2=8.865,P=0.003),差异有统计学意义(P均＜0.05);患者组HLA-B*4001的基因频率较对照组明显降低(RR=0.414,x2=6.640,P=0.010),差异有统计学意义(P＜0.05).结论 遵义地区汉族人群中,HLA-A*3101、B*5801、DRB1*1602等位基因与HFRS呈正相关,HLA-B*4001等位基因与HFRS呈负相关.     

Genomic full-length analysis of the B*08:79 allele suggests exon shuffling involving the B*08:01:01 and B*07:06 alleles

B*08:79 is composed by partial B*08:01:01 and B*07:06 sequences because of a possible recombination event within intron 2.     

HLA新等位基因B*5618的序列分析

目的识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法、聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-sequence specific primer,PCR-SSP)方法以及基因测序分型(sequence-based typing,SBT)技术,发现1个与HLA-B*5610等位基因相近的未知等位基因。以基因特异性引物单独扩增B*56基因并对第2、3、4外显子进行双向测序,序列经BLAST验证并分析该基因与B*5610基因的核苷酸序列差异。结果该基因为新的等位基因,其序列已被GenBank接受(编号为EF016753)。新等位基因与最接近的B*5610相比,在第3外显子上有4个核苷酸的不同,即第379位C→G(密码子127CTG→GTG,氨基酸127Leu→Val);第412位A→G(密码子138AAC→GAC,氨基酸138Asn→Asp);第419位T→C、第420位A→C(密码子140TTA→TCC,氨基酸140Leu→Ser)。结论该等位基因为新的HLA-B等位基因,2006年9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5618。     

新的HLA-B等位基因B*5522的测序分析

人类白细胞抗原(HLA)在造血干细胞移植和器官移植中发挥重要作用.HLA系统是目前所知最具多态性的系统,现已命名的HLA等位基因超过2941个,并且仍不断在发现新的等位基因.本文在检测造血干细胞捐献者样本中发现一例新的HLA-B等位基因,已被世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会于2006年4月正式命名为HLA-B*5522,现将结果报告如下.     

HLA-B allele frequencies in Côte d'Ivoire defined by direct DNA sequencing: identification of HLA-B*1405, B*4410, and B*5302

Direct automated DNA sequencing was used to analyze exons 2 and 3 of HLA-B alleles present in forty-four unrelated individuals residing in the village of Adiopodoume, C?te d'Ivoire (Ivory Coast). Of the 23 HLA-B alleles observed, the most frequently detected allele was HLA-B*5301 (22.7%), which is believed to confer resistance to severe Plasmodium falciparum malaria. B*4501 (9.1%), B*1503 (8.0%), B*0705 (5.7%), B*1510 (5.7%) and B*3501 (5.7%) occurred frequently in the population. A second allele of B53 was identified; B*5302 contains a single amino acid variation at residue 171 (Y-->H). Two additional novel alleles, B* 1405 (a single amino acid variant of B*1402) and B*4410 (a five amino acid variant of B*4403) were characterized.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B*4446

目的鉴定中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-序列特异性引物及PCR-序列特异性寡核苷酸探针技术进行HLA分型。发现1个与HLA-B*44相关的未知基因,使用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的B*4409基因序列的差异。结果新基因第3外显子区域序列与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*4409基因序列相比有3个碱基发生替代。第538位碱基由G→C,第539位碱基A→T以及第540位碱基C→G,使编码产物180位氨基酸由天冬氨酸变成亮氨酸。结论发现一个新的HLA-B等位基因,于2005年9月由WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4446。     

HLA新等位基因B*5827核苷酸序列的分析

目的 确认人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因B*5827并分析其核苷酸序列.方法 用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针对1份HLA分型反应异常的血样进行基因分型,并用基因克隆测序技术正反向测定DNA序列.结果 测序结果显示HLA-B位点有1个与已知HLA等位基因序列均不同的新等位基因,该等位基因与HLA-B*5820序列同源性最高.但在第3外显子存在8个碱基的差异,分别为nt 290(G＞C)、nt 346(T＞A)、nt 390(A＞C)、nt 404(G＞C)、nt 413(C＞G)、nt 471(A＞G)、nt 486(A＞G)和nt 487(C＞A).碱基的不同导致了氨基酸不同nt 97(ser＞arg)、nt115(phe＞tyr)、nt 130(ser＞arg)、nt 157(thr＞ala)和nt 162(thr＞glu),其中nt 404和nt 413是同义突变.结论 该等位基因为HLA新等位基因,基因序列已提交至GenBank数据库,提交号为GU071234,于2010年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5827.

Abstract：

Objective To investigate the molecular basis for a novel human leukocyte antigen(HLA)allele B * 5827. Methods DNA from the proband was analyzed by polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide (PCR-SSO) typing. The amplified product was sequenced bidirectionally. Results Abnormal HLA-B locus was observed and its nucleotide sequence was different from the known HLA-B allele sequences, with highest homology to HLA-B * 5820 allele. It differs from HLA-B * 5820 by 8 nucleotide substitutions in exon 3, i. e. , nt 290 (G＞C), nt 346 (T＞A), nt 390 (A＞C), nt 404 (G＞C),nt 413 (C＞G), nt 471 (A＞G), nt 486 (A＞G) and nt 487 (C＞A), resulting in an amino acid change from ser＞arg at nt 97, phe＞tyr at nt 115, ser＞arg at nt 130, thr＞ala at nt 157 and thr＞glu at nt 162.Nucleotide differences of nt 404(G＞C) and nt 413(C＞G) did not change amino acid. Conclusion The sequences of the novel allele have been submitted to GenBank (access No. GU071234). A novel HLA class Ⅰ allele B * 5827 has been officially assigned by the WHO HLA Nomenclature Committee in Jan 2010.     

HLA-B新的等位基因B*5136的确认和分析

目的研究HLA-B新的等位基因B＊5136的分子机理。方法先证者为浙江省脐带血造血干细胞捐献者。盐析法抽提样本DNA，常规PCR反应扩增先证者HLA-B基因第2～4外显子的编码序列，PCR产物经TOPO试剂盒克隆转染到质粒载体中，分离其两个等位基因，对所得的克隆用第2、3、4外显子引物进行双向测序分析。结果先证者HLA-B基因经TOPO克隆后得到两个等位基因，一个为HLA-B＊4601，另一个经BLAST HLA验证为新的等位基因，其序列已递交GenBank（AY601729，AY610730，AY601731）。新的等位基因与最接近的B＊5108等位基因比较，在第3外显子上有4个核苷酸的差异：第527位T→A，导致第177位氨基酸Val→Glu；第583位C→T，导致第195位氨基酸His→Tyr；在第559位C→A和第560位T→C，导致第187位氨基酸Leu→Thr。结论该脐血捐献者的HLA-B为新的等位基因，被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA→B＊5136。     

HLA-B*51 and B*15 alleles confer predisposition to Behçet's disease in Moroccan patients

HLA class I polymorphism in Moroccan patients with Beh?et's disease has not been investigated so far. In this study, HLA-B* phenotype frequencies were analyzed in 86 unrelated Moroccan patients (45 males, 41 females) and 111 ethnically matched healthy controls. The predisposing effect of the B*51 was confirmed (30.2% in patients and 15.3% in controls, OR = 2.39, 95% CI [1.2-4.8], p = 0.015). It was mostly observed in males with young age at disease onset (OR= 5.5 [1.9-15.9], p = 0.002 compared to controls). The Moroccan BD group also presented a previously unknown association with HLA-B*15 (25.6% of patients versus 11.7% of controls, OR = 2.59 [1.2-5.5], p = 0.014), both in females and in males with late-onset of the disease. Altogether, the B*15 and/or B*51 alleles were expressed in 55.8% of patients compared to 27% of controls (OR = 3.4 [1.9-6.2], p < 10-4, Pc = 0.003). Our data indicate HLA-B effects on BD pathogenesis should be considered separately for men and women.     

Survivin-2B诱导人乳腺癌细胞凋亡的初步研究*

 目的：探讨存活蛋白2B (survivin-2B)在诱导肿瘤细胞凋亡中的分子机制。方法：将survivin-2B基因插入真核表达载体pCDNA3.1,得到重组载体pCDNA3.1-survivin-2B。将空载体pCDNA3.1及重组载体pCDNA3.1-survivin-2B分别转染人乳腺癌细胞株MCF7,转染后48 h,用annexin V/7-AAD染色法分析细胞凋亡情况,利用碘化丙啶染色法分析转染对细胞周期的影响;同时提取总RNA并反转录成cDNA,进行多重聚合酶链反应。利用GeXP多基因表达分析系统检测21个与肿瘤相关基因的表达情况。结果：过表达survivin-2B基因导致MCF7细胞凋亡与细胞周期阻滞,并引起8个基因表达上调,2个基因表达下调。变化最大的为醛脱氢酶4家族成员A1（ALDH4A1）,表达下降48%;变化最小的为胞质分裂调控蛋白1（PRC1）,上调1.08倍。结论：Survivin-2B能够诱导细胞凋亡与细胞周期G2/M期阻滞,并引起部分肿瘤相关基因的表达变化。     

序列分析及确认HLA新等位基因B*55:46

背景：近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。 目的：探索中国人的人类白细胞抗原新等位基因。 方法：应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术,对1名27岁男性汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。 结果与结论：PCR-序列特异性寡核苷酸探针结果显示该样本HLA-B基因座反应格局出现异常提示;基因测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列最相近的等位基因B*55:02:01的差异只是在第3外显子发生了nt 412 A→G一个核苷酸替代,导致第138位密码子由AAC→GAC,相应的编码的天冬酰胺改变为天冬氨酸。将其序列提交国际基因数据库及IMGT/HLA 数据库,证实该HLA等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-B*55:46 (HM989018)。     

一例新的HLA-B等位基因B*5614的核苷酸序列分析

目的 研究HLA新的等位基因HLA-B*5614的分子基础。方法 样本DNA抽提采用盐析法，利用PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第2～4外显子，PCR产物直接经TOPO转染克隆到质粒载体中分离其等位基因，对所得克隆进行第2～4外显子双向测序分析。应用序列特异性引物PCR方法证实测序所发现的突变。结果 先证者样本克隆测序得到两个等位基因，其中1个等位基因为B*1502，另一个经BLAST验证为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank(AY601726，AY601727，AY601728)。与最接近的B*5608等位基因序列相比，新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷酸不同，即第277位G→C，导致第93位氨基酸Cly→Arg。结论 该等位基因为新的HLA-B等位基因，被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5614。     

新等位基因人类白细胞抗原B*4609的发现和确认

目的 鉴定一个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*4609.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现反应格局异常的可疑新等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序分型结果一个为B*151101,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*460101基因序列相比,在第3外显子区域中527位碱基发生A→T突变,导致176位编码氨基酸由谷氨酸(GAG)变成缬氨酸(GTG).结论 样本中含有HLA-B新等位基因序列.该序列申报后,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4609.     

氟处理AZ31B生物可降解镁合金材料的细胞相容性*

背景：镁及镁合金作为新型可降解植入材料,具有优异的生物相容性和综合力学性能,但是由于镁及镁合金较差的耐蚀性能,影响到其在临床上的应用。表面氟化处理的AZ31B镁合金是否具有良好的生物相容性尚不清楚。 目的：以诱导的人骨髓间充质干细胞作为检测细胞,评价不同表面氟处理的镁合金材料的细胞相容性。 方法：以诱导的人骨髓间充质干细胞作为检测细胞,取未经氟处理及不同氟处理时间的镁合金材料浸提液进行体外细胞相容性实验,评价不同氟处理的镁合金AZ31B材料的生物相容性。 结果与结论：经氟处理镁合金AZ31B材料与未经氟处理镁合金AZ31B材料相比能显著提高细胞存活率,细胞毒性分级1级,对细胞生长基本无毒性作用。提示经氟处理镁     

Development and characterization of Thy*IκBα-SI transgenic mice

We developed and characterized a new transgenic model where NF-κB activity is inhibited only in mature neurons. Transgenic mouse strain Thy*IκBα-SI was created using transdominant super inhibitor NF-κB (IκBα-SI), which is a multimutant form of IκBα inhibitory protein cloned into specifi c neutral Thy-1.2 cassette. Detailed molecular analysis showed that the transgene and its product (IκBα-SI protein) are expressed in the nervous system of transgenic mice. In situ hybridization showed that Thy*IκBα-SI in the nervous system is expressed exclusively in neurons. The developed model provides wide opportunities for studying functional role of NF-κB in mature neurons in the central and peripheral nervous system in vivo.     

人类白细胞抗原新等位基因B*54:09的序列分析

目的 鉴定1名中国人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法对先证者进行HLA基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析该基因序列并与同源性最高的HLA等位基因比较序列差异.结果 PCR-SSOP基因分型显示先证者HLA-B位点反应格局异常,疑为HLA新等位基因.基因克隆后测序结果显示,其中1个等位基因为B*59:01,另一个等位基因序列与所有已知HLA等位基因不同,与同源性最高的HLA-B* 54:06基因序列相比,在第3外显子有6个核苷酸不同(nt486G→C、nt527A→T、nt538T→C、nt539G→T、nt559 C→A和nt560 T→C),导致了3个氨基酸改变,152位氨基酸由Glu→Val,156位氨基酸Trp→Leu和163位氨基酸Leu→Thr.结论 该等位基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 54:09.     

HLA-B新等位基因B*9534的测序分析及其单链扩增技术的建立

目的 分析HLA-B新等位基因HLA-B*9534的核苷酸序列,并建立HLA-B * 9534单链扩增技术.方法 采用商品化快速抽提试剂盒抽提标本基因组DNA,采用PCR技术扩增先证者HLA-B基因的第1～8外显子序列,PCR产物经双酶切后直接测序分析第2、3、4外显子.应用序列特异性引物PCR建立HLA-B*9534单链扩增技术,获得HLA-B*9534等位基因的单链产物,并对单链产物进行第2、3、4外显子测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,直接测序结果经软件分析显示与最接近的HLA-B*1518和B*4601组合存在1个碱基不匹配,即第593位A/G杂合.单链扩增技术将先证者等位基因分离后,测序得到两个等位基因为HLA-B*4601和HLA-B*9534.与最接近的HLA-B*1518的第2～4外显子序列相比,HLA-B*9534仅在第3外显子存在一个碱基的不同,即第593位A→G的改变,导致第174位氨基酸天冬酰胺改变为丝氨酸,该等位基因序列已递交GenBank(EU046491),并经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9534.结论 发现一个新的HLA-B*9534等位基因,建立的HLA-B*9534单链扩增技术是可行的.     

人类白细胞抗原新等位基因B*07:110的序列分析及确认

背景：近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。 目的：采用序列分析确认1例中国人的人类白细胞抗原新等位基因。 方法：应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术进行样本的人类白细胞抗原基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。 结果与结论：聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针结果显示,该样本人类白细胞抗原B基因座反应格局出现异常;基因测序结果表明,其B基因座第2外显子序列与所有已知人类白细胞抗原B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列同源性最高的等位基因B*07:01:02的差异是在第2外显子发生了nt 226和nt 228两个A->G核苷酸取代,导致第76位密码子由ATA->GTG,相应的导致氨基酸由异亮氨酸(I)改变为缬氨酸(V)。将其序列提交国际基因数据库(GenBank)及IMGT/HLA数据库,证实该新人类白细胞抗原等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原B*07:110 (HM989017)。中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞;骨髓干细胞;造血干细胞;脂肪干细胞;肿瘤干细胞;胚胎干细胞;脐带脐血干细胞;干细胞诱导;干细胞分化;组织工程全文链接：