2006年无锡地区春季暴发流感疫情监测分析

目的了解无锡市流感流行动态,探索暴发和流行规律,为流感防治提供科学依据。方法开展流感监测和疫情流行病学调查,网络实验室用MDCK细胞进行流感病毒分离,用血凝抑制实验对病毒株进行分型鉴定。结果2006年春季本市共报告局部暴发流感疫情11起,流感样病例193例,对7起疫情采集鼻咽拭子标本43份,分离流感病毒26份,分离阳性率为60.47%(26/43),均为乙型流感病毒株(Victoria系)。结论无锡市2006年春季流感暴发主要发生在中小学校,暴发时间集中在2006年的2月中旬至4月中旬,引起流感暴发的毒株为Victoria系乙型流感病毒。     

江苏省某中学一起乙型流感暴发疫情的调查

2006年春季经病原学证实发生在江苏省某中学的一起乙型流感暴发疫情,通过对该起疫情的流行病学调查,不同分离毒株在局部的演变分析,阐明该起乙型流感暴发疫情的病原和流行特征。1.材料与方法:标本均为发病3 d内未用药物治疗的首诊乙型流感患者咽拭子,乙型流感毒株均来自国家流感中心。毒株分离与鉴定按文献[1]操作,采用犬肾细胞对标本进行病毒分离,用微量血凝抑制实验(HI)进行病毒型的鉴     

内蒙古自治区近两年乙型流感病毒暴发疫情结果分析

目的：了解近两年来内蒙古自治区由乙型流感病毒引起的暴发疫情的病毒分离情况和病毒抗原性的变异情况及种系分布。方法：采用鸡胚、狗肾传代细胞（MDCK）培养分离流感病毒,经血清学鉴定后提取病毒RNA,经聚合酶链式反应扩增目的基因后进行乙型流感病毒的NS1基因序列测定。结果：2006年1月～2007年4月由爆发疫情共分离到乙型流感病毒55株,血清学鉴定结果除1株为Victoria系毒株以外,其余54株均为Yamagata种系。在时间的分布上2006年全部为Yamagata,而2007年为Victoria系毒株出现。非结构蛋白（NS1）基因片段的核苷酸序列测定结果,两个系列的毒株都有一些小的变异,但Yamagata系的毒株变异更明显些。结论：近两年内蒙古自治区人群中流行的乙型流感病毒已发生抗原漂移,因此加强流感病毒病原学监测,对于防止流感疫情暴发具有重要意义。     

2003年广东省流感病毒的流行概况及特征

目的了解2003年广东省流感病毒的流行特点和抗原变异情况。方法根据广东地区流感监测资料进行分析；用交叉血凝抑制试验检测病毒的抗原性；用逆转录-聚合酶链反应扩增病毒HA1基因，纯化产物进行核苷酸序列测定。将序列和Genebank中相关序列进行比较，用MegAlign软件绘制种系发生树。结果全年分离到510株流感病毒，其中H3N2亚型流感481株，占92．4％；乙型流感29株，占7．6％。实验室证实流感爆发52起，其中50起暴发是由H3N2亚型流感病毒引起，2起暴发是由乙型流感病毒引起。H3N2亚型流感病毒抗原性和疫苗侏A／Panama／2007／99（H3N2）有所不同。类似干A／Fujian／411／02（H3N2）。在HAl区氨基酸序列上，和疫苗株A／Panama／2007／99（H3N2）同源性为92．1％，存在有25个氨基酸差异。28株乙型流感病毒属于Victoria系，抗原性类似疫苗侏B／HongKong／330／01，1株乙型病毒属于Yamagata系，抗原性不同干B／sichuan／379／99。结论2003年广东省流感活动比2002年要强；同时流行着甲型（H3N2）和2个谱系的乙型流感病毒，H3N2亚型毒侏是优势侏，抗原性发生了漂移。     

云南省2004年流感流行情况分析

目的了解2004年云南省流感流行情况及病毒的变异情况。方法定期采集流感样病人标本以及从暴发疫情中采集标本,利用MDCK细胞从标本中分离病毒,对分离病毒利用血清学方法进行抗原性分析;对病毒的HA1基因进行序列测定,用DNAstat软件进行基因种系发生树分析病毒的遗传变异情况。结果2004年云南省共分离到甲3亚型流感病毒50株,乙型流感病毒56株,没有分离到甲1亚型流感病毒。62%的甲3亚型流感病毒与A/福建/411/2002(H3N2)的血凝效价有4倍或以上差别;2004年4月份以后分离的甲3亚型流感病毒HA1区氨基酸序列上与A/福建/411/2002(H3N2)相比第145位K>N,159位Y>F,189位S>N,226位V>I发生氨基酸替换。5.8%的Yamagata系毒株与B/上海/361/2002血凝效价有4倍或以上的差别,HA1区氨基酸序列与B/上海/361/2002比较,第36、40、129、131、179、232、255位发生了氨基酸替换。10.8%的Victoria系毒株与B/浙江/2/2002有4倍或以上的差别。与B/浙江/2/2001比较第121,126,197位发生了替换。结论2004年云南省流行甲3亚型流感毒株和乙型流感毒株,并且它们的抗原性和基因特性发生了变异。     

2003年湖南省疑似流感暴发疫情分析

目的　了解湖南省流感暴发流行及毒株变异情况。方法　对疑似流感暴发疫情进行现场调查分析和流感样病例咽拭子标本病毒分离与鉴定。结果　 2 0 0 3年湖南省报告疑似流感暴发疫情 35起 ,波及 11个市 (州 )、2 8个县 (市、区 ) ,报告流感样病例 36 77例 ,平均罹患率为 10 95 % ;采集其中流感样病例标本 192份 ,分离出流感病毒 37株 ,病毒阳性分离率为 19 2 7% ;分离的毒株中 ,A(H3N2 )亚型 34株 ,B型 3株。结论　湖南省局部地区存在流感的暴发流行 ,流行优势毒株为A(H3N2 )亚型 ,未发现流行毒株变异情况。     

中国2000～2001年流行性感冒流行概况

目的：了解中国2000－2001年流行性感冒（流感）流行及抗原性变异情况。方法：鸡胚传代病毒用于抗原分析；病毒液提取RNA进行逆转录－聚合酶链反应（RT－CR），扩增产物纯化后测序。然后用MegAlign(Version1.03）和Editseq（Version3．69）软件进行基因种系发生树分析。结果：2001年流行的H1N1亚型病毒血凝素蛋白重链（H1N1）相比，在抗原决定簇D区的190位发生了氨基酸替换；基因种系发生树表明2001年的H1N1亚型流感病毒存在基因特性不同的两系病病毒株，国内人群中仍然同时流行着两种抗原性明显不同的B型流感病毒（Yamagata系和Victoria系），Yamagata系病毒占大多数，Version系的HA1区基因与B／山东／7／97毒株相比，其197和199位氨基酸发生了替换。B型的基因种系发生树也证实Version系病毒株的抗原性改变。2000年分离的H3N2亚型流感病毒的HA1区氨基酸序列与A／悉尼／5／97（H3N2）间有7－8个氨基酸的差异；2001年分离的H3N2病毒株与2000年的病毒株相比，又有83、186、202、222位发生了氨基酸替换，表明H3N2亚型病毒株间的抗原性发生了较明显的变异。结论：2000－2001年中国流感的流行情况较为平静；H3N2亚型的抗原性发生了变异，H1N1亚型和B型病毒的抗原性虽没有发生明显的变异，但它们均同时流行着两系抗原性不同的毒株。     

2006年广州市145起流感样病例暴发疫情分析

目的了解广州市流感样病例暴发流行及毒株变异情况,分析流行特征以及所采取的防制措施,为控制暴发提供科学依据。方法对流感样病例暴发疫情进行现场调查分析,采集流感样病例咽拭子标本进行病毒分离与鉴定。结果2006年广州市报告疑似流感暴发疫情145起,波及全市12个区县,报告流感样病例5 350例,罹患率介于0.40%～16.97%。疫情主要发生在3-4月,共发生126起,占总数的86.90%,全部暴发疫情均发生在学校。进行标本采集的124起疫情中72起分离出流感病毒,其中BV型51起,H1N1型13起,未分型8起。结论广州市局部地区存在流感的暴发流行,流行优势毒株为BV型,未发现流行毒株变异情况;针对目前流行特点,应加强学校流感监测。     

浙江省2006年乙型流感病毒的分子变异和抗原特性研究

2006年浙江省乙型流感的流行强度明显较往年增强,为明确2006年浙江省乙型流感病毒流行株的分子进化特征,分析其发生暴发的原因,我们对当年从各地市分离的乙型流感病毒进行了抗原及基因特征分析,并与2005年分离毒株进行比较.     

珠海市2011年连续发生5起乙型流感疫情的病毒HA1基因分析

目的分析珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感毒株HA1基因特性,阐述流感暴发的原因。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR扩增病毒HA基因并测定核苷酸序列,用ClustalX和MEGA4.1分析结果。结果珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感病毒属Victoria系,与2011年流感监测分离株2011C-IN-0056-7相比,没有核苷酸的丢失和插入,没有糖基化位点的改变,核苷酸同源性在97.3%以上,氨基酸有1~3个位点发生了变异,属于同一变异株。与2010-2011年北半球乙型流感疫苗株B/Brisbane/60/2008相比较,核苷酸同源性在98.5%以上,氨基酸有1~4个位点发生变异,也属于同一变异株。结论引起本市流感连续暴发疫情的原因可能是本地流行株抗原漂移所致,与疫苗株B/Brisbane/60/2008核苷酸和氨基酸同源性都很高,吻合性较好,如果能够在儿童中普遍接种,应该能够起到很好的预防作用。     

浙江省1999--2010年乙型流感病毒血凝素 和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析1999-2010年浙江省乙型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征.方法 采集浙江省流感暴发疫情和哨点监测医院的流感样患者呼吸道标本,荧光定量RT-PCR快速检测和病毒分离,选取乙型流感病毒分离代表株进行HA和NA基因测序,采用生物信息学软件分析变异和进化.结果 共分析浙江省乙型流感病毒分离株34株,其中Victoria系20株,Yamagata系14株;1999-2010年间Victoria系毒株的HA1基因变异率4.5%,Yamagata系毒株为3.4%;2004年后分离的Victoria系毒株均为基因重配株,HA属于Victoria 系,而NA属于Yamagata系;2010年新型甲型HINI流感流行高峰过后,浙江省仍以乙型流感病毒流行为主,分离株与2009-2010年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008接近,与往年乙型流感毒株相比HA和NA发生多个氨基酸位点变异.结论 1999-2010年浙江省乙型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制.

Abstract：

Objective To Characterize the genetic diversity of hemagglutinin(HA)and neuraminidase(NA)of influenza B viruses isolated in Zhejiang province during 1999-2010.Methods Respiratory specimens were collected from patients with flu-like syndrome during the influenza outbreaks or from the hospitals which carrying out influenza surveillance project in Zhejiang province.Samples were detected by real-time RT-PCR and isolated for influenza virus.HA1 and NA genes of influenza B virus isolates were amplified and sequenced.Phylogenetic comparison and genetic diversity analysis were performed using the bioinformation software.Results A total of 34 influenza B viruses were evolved in this study including Victoria-like and Yamagata-like strains according to the results of the HI test.The mutation rate of Victoria-like HA1 gene was 4.5% and Yamagata-like HA1 gene was 3.4%,respectively.The Victoria-like influenza B isolates had appeared to be all re-assortants having a Victoria lincage HA and Yamagata lineage NA since 2004.The predominant type of influenza virus isolates in 2010 was also influenza B virus after the H1N1 flu pandemic in Zhejiang province.The isolated strains were antigenicaily and genetically similar to B/Brisbane/60/2008--the vaccine strain proposed for 2009-2010.Many difierences of HA1 and NA amino acids existed in the current isolates when compared to previous influenza B strains.Conclusion Significant diversity was generated among influcnza B virus isolated from 1999 to 2010 in Zhejiang province.Genetic re-assortment and antigenic drift seemed the main evolutionary mechanism on influenza B virus.     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。     

河北省2004～2008年乙型流行性感冒病毒监测与血凝素蛋白基因序列分析

目的了解河北省2004～2008年乙型流行性感冒（流感）病毒抗原性的变异及种系分布。方法采用狗肾传代细胞分离流感病毒,经血清学鉴定后提取病毒核糖核酸,经逆转录一聚合酶链反应扩增目的基因后,进行乙型流感病毒的血凝素重链（Heamagglutiningl HA1）基因片段的核苷酸序列测定。结果2004年10月～2008年3月,共分离到乙型流感病毒131株,其中48株为维多利亚（Victoria）系,83株为山形（Yamagata）系。2004～2005年流行期为Yamagata系毒株,2005～2006年流行期为Victoria系毒株,2006～2008年2个流行期都有Yamagata和Victoria系的毒株出现。HA2基因片段核苷酸序列测定结果显示,两个系列的毒株都有小的变异,但Yamagata系毒株变异更明显。2008年分离到的Yamagata系乙型流感病毒与2005年毒株相比已经有8个氨基酸被替代,同源性只有97．4％～98．0％。结论2004～2008年Victoria系乙型流感病毒的抗原性未发生明显的变异,但Yamagata系乙型流感病毒的基因发生变异,使抗原性发生漂移,是2007～2008年流行期引起乙型流感爆发的主要因素。     

乙型流感病毒的RT-PCR-SSCP法初筛分类

目的应用单链构象多态性（SSCP）对乙型流感病毒血凝素重链区（HA1）基因抗原决定簇集中区进行突变筛选，了解2001～2004年天津地区流行株HA1基因的变异特性。方法病毒培养液提取RNA后RT—PCR扩增HA1基因易发生变异308bp片段，经SSCP分类，选取各类代表株PCR产物纯化后进行核苷酸序列测定，用DNASTAR软件分析。结果天津地区近几年分离的乙型流感病毒根据SSCP电泳图谱不同分为5类。Victoria系易变区抗原表位有6个位点氨基酸不同于B／Hongkong／330／2001，Yamagata系易变区抗原表位有3个位点氨基酸不同于B／Beijing／76／98，有10个位点不同于B／Sichuan／379／99。Yamagata系与Victoria系相比缺失第163位氨基酸天冬酰胺（N）。O相与D相毒株间未发现氨基酸有差异。结论RCR-SSCP方法可作为初步筛查流感病毒代表株的方法。近几年天津地区乙型流感病毒两大谱系交替流行，且抗原性进一步发生漂移，Yarnagata系毒株为B／Beijing/76／98类似株。     

一起由H3N2流感病毒引起的局部流感暴发的病原学研究

目的 对一起流感局部暴发的病原体进行分离并鉴定，研究其变异情况，为流感的预防和控制提供依据。方法 用MDCK细胞对病人的咽拭标本进行分离培养，并对分离到的流感病毒HAl基因核苷酸序列进行测定及抗原分析。还检测了患者的血清抗体水平。结果在22份病人的咽拭标本中，分离到3株H3N2亚型流感病毒，患者恢复期血清抗体水平较急性期抗体水平升高4倍。将其中1株的HAl基因测序，与国际代表株进行比较，并与国际代表株进行交叉血抑试验，表明分离到的流感病毒发生抗原漂移。结论这种变异具有流行病学意义，造成甲3亚型流感病毒在湛江地区的局部暴发。     

浙江省与日本A3型流行性感冒病毒株的血凝特性及HA1序列比较

目的：比较近年来在浙江省与日本流行的A3（H3N2）型流流行性感冒（流感）毒株的血凝特征与血凝素重链（HA1）区域的序列差异,方法：对浙江省不同性状的流感代表进行了抗原性分析,并与日本同期毒株作了血凝特性及HA1区域的氨基酸序列比较分析,结果：近年在浙江流行的A3型流行株,其抗原性已发生较大变异,其中绝大部分是对鸡红细胞缺乏凝集特性的O相毒株,它与A／武汉／359／95株二者在HA1区域的氨基酸同源性仅为94．82％,存在较大差异,这些O相毒株可以通过在MDCK细胞上的传代而转变为D相毒株,日本的同期毒株,其情况也相似,结论：A3型流感病毒在HA1区域发生的变异,是近年来引起浙江省流感流行的主要因素。     

2014 - 2015年盐城地区乙型流感病毒Yamagata系HA1基因变异分析

目的 研究盐城市2014 - 2015年流感监测中分离的乙型Yamagata系流感病毒血凝素HA1区的基因特性,揭示HA1基因的变异与流行的关系。方法 将盐城市2014 - 2015年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例标本进行核酸、病毒分离检测,选取2014-2015年各5株乙型Yamagata系毒株,采用一步法RT-PCR方法扩增HA1基因,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 抽取的10株乙型流感病毒的HA1基因与WHO 推荐的疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,3个位点氨基酸替换具有普遍性,其中N116K位于抗原决定簇;与B/Massachusetts/2/2012相比,11个位点氨基酸替换具有普遍性,4个位点位于抗原决定簇。绘制的种系发生树显示,B/JSYC/1530/2014与B/Massachusetts/2/2012亲缘关系较近,其他9株与B/Wisconsin/1/2010 亲缘关系较近。 结论 2014 - 2015年盐城地区流行的乙型Yamagata系流感病毒的HA1基因特性正逐渐发生变异,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,加强流感病原学监测工作对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义。     

2015-2017年盐城市乙型流感病毒HA1、NA基因分子特征

  目的   对盐城市2015-2017年流行的乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因进行分子进化特征研究。   方法   将盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例咽拭子标本进行核酸、病毒分离检测定型, 对选取的18株乙型流感病毒分离株采用一步法RT-PCR方法扩增其HA1基因和NA基因, 扩增产物经纯化测序, 采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸以及分子进化层面对毒株进行分子特征分析。   结果   盐城市2015-2017年分离的乙型流感病毒HA1基因和NA基因聚类的分支关系基本一致, 2015年Yamagata系毒株位于Yamagata Clade 3分支, 属Phuket/3073类毒株; 2016-2017年Victoria系毒株分布于Victoria Clade 1A分支, 属Brisbane/60类毒株。Yamagata系所有毒株在190-helix抗原表位均发生了D196N位点的变异; Victoria系毒株共涉及2个抗原表位, 120-loop抗原表位的117、129位点, 190-helix抗原表位的197、199位点。盐城株未发生系内、系间重配。18株分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。   结论   2015年Yamagata系毒株与疫苗株B/Phuket/3073/2013匹配性较好。2016-2017年Victoria系毒株HA1和NA抗原基因变异位点在积累, 这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移, 降低与流感疫苗株的匹配度, 减弱流感疫苗的保护作用。     

1998-2009年浙江省H3N2亚型流行性感冒病毒全序列变异的研究

目的 比较1998-2009年浙江省H3N2亚型流行性感冒(简称流感)流行株HA基因进化与全基因进化状况的一致性,并探讨全基因组序列上可能存在的潜在抗原区域.方法 选择浙江省CDC流感实验室于1998-2009年流感疫情中分离保存的H3N2亚型流感流行代表株19株,采用RT-PCR法进行全基因组序列扩增,并将这些毒株与10株同期H3N2亚型流感疫苗株进行全序列及HA1基因的系统进化比较;通过氨基酸替换比较、熵值计算及正向选择位点的筛选,确定各基因上的氨基酸易变位点.结果 H3N2亚型流感病毒的全序列长度为4466个氨基酸,其中有137个氨基酸位点发生稳定变异.在HA基因上第144和158位氨基酸分别经历了4次和3次替换,NA基因的第93、143、307、370、372位氨基酸和NP基因的第450位氨基酸经历了2次替换,且HA基因和NA基因上分别有29%(12/41)和77%(24/31)的变异位点位于已知抗原决定簇之外的区域.氨基酸位点熵值分析显示,HA基因非抗原决定簇的3、225、361位,NA基因非抗原决定簇的93、143、147、150、372位,PB1基因的113、576、586位,PA基因的101、256、382、421、437位,NP基因的377、450位,M1基因的218位及M2基因的31位氨基酸均为易变位点.结论 浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒在HA和NA已知抗原决定簇之外的区域与部分内部基因上,可能存在着一些尚未被发现或者新形成的抗原位点.与HA基因的系统进化比较,全序列能更为全面地反映出流感流行株之间的亲缘关系与进化规律.

Abstract：

Objective To analyze the consistency of evolution condition between HA gene and the whole genome of influenza virus subtype A/H3N2 strains isolated in Zhejiang province from 1998 to 2009,and to study the potential antigenic region on the whole genome.Methods The sequences of whole genome of 19 Zhejiang influenza virus isolates circulated from 1998 to 2009,which conserved by influenza laboratory of Zhejiang Provincial Centre for Disease Prevention and Control,were amplified using RT-PCR assays.The obtained sequences were used to conduct phylogenetic analysis with 10 contemporaneous vaccine strains.Three methods,including comparison of the amino acid substitutions,calculation of the entropy value and the filtering of positive selection sites,were used to confirm the mutable sites on each gene.Results The whole genome of influenza virus subtype A/H3N2 was 4466 amino acids in length,with 137 stable mutations.The 144,158 aa of HA gene mutate four and three times respectively; 93,143,307,370,372 aa of NA gene and 450 aa of NP gene mutate twice,and there were 29%(12/41) and 77%(24/31) mutations of HA and NA genes occurred on the non-epitope regions respectively.Analysis of the entropy value suggest that many amino acid sites on the non-epitope regions were prone to mutation,including 3,225,361 aa of HA gene; 93,143,147,150,372 aa of NA gene; 113,576,586 aa of PB1 gene; 101,256,382,421,437 aa of PA; 377,450 aa of NP gene; 218 aa of M1 gene and 31 aa of M2 gene.Conclusion Based on the whole genome of influenza virus subtype A/H3N2 strains isolated in Zhejiang province in 1998 to 2009,there may be several unknown or new antigen sites existing on the non-epitope regions of HA and NA genes and parts of internal genes.The phylogenetic tree constructed based on the complete sequence was more comprehensive than on the HA gene to reflect the genetic relationship and law of evolution among the influenza virus strains.