黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的网络药理学

目的 使用网络药理学的方法研究黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的机制。方法 在药物靶点预测平台Swiss Target Prediction上预测黄芪甲苷的靶点,借助人类基因数据库（GeneCards）,药物靶标数据库（TTD）,中医药研究综合数据库（TCMID）及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索缺血性脑卒中疾病的靶点;将化合物靶点与疾病靶点作交集得到黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的潜在靶点。使用蛋白质相互作用平台（STRING）构建蛋白相互作用（PPI）网络,并通过网络拓扑分析筛选核心靶点。在生物学信息注释数据库（DAVID）中对交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。最后进行分子对接验证,进一步明确黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的核心靶点。结果 黄芪甲苷与缺血性脑卒中的靶点取交集后获得44个共同靶点,PPI网络拓扑分析发现蛋白激酶B1（Akt1）,肾素（REN）,表皮生长因子受体（EGFR）,血管内皮生长因子A（VEGFA）,非受体酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）是黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的核心靶点。KEGG通路富集分析结果显示,黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的通路涉及神经活性配体-受体相互作用通路,环磷酸鸟苷（cGMP）/cGMP依赖的蛋白激酶（PKG）信号通路、钙信号通路、小分子G蛋白（Rap1）信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路等。结论 黄芪甲苷可能通过作用于Akt1,REN,EGFR,VEGFA,SRC等靶点促进血管生成及抑制血小板活性进而改善脑血流量,又可以抑制脑部缺血组织细胞的凋亡及炎症反应等减轻神经功能的损伤,最终产生治疗缺血性脑卒中的效果。该研究结果为深入探究黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的作用机制提供了思路和引导方向。     

基于网络药理学及Akt1/mTOR自噬通路探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿的作用机制＊

目的 通过网络药理分析及相关的动物实验探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿（Diabetic nephropathy proteinuria，DNP）的作用机制。方法 利用TCMSP数据平台筛选出黄芪中的有效成分和相关靶标，使用GeneCards、OMIM网站数据库在线搜索出DNP的疾病相关靶标，取疾病和药物相同靶标交集，再利用Cytoscape 3.8.2构建药物-效应成分-疾病-靶标相互作用网络，进行拓扑学分析；从Uniprot数据库中获取靶点蛋白的基因名称，利用STRING在线数据库进行靶点蛋白与蛋白互作（Protein-protein interaction，PPI）网络分析；再进行GO功能分析和KEGG通路功能富集分析，推断黄芪减少DNP的机制是否和Akt1/mTOR自噬通路相关，再利用黄芪干预糖尿病肾病动物模型探讨其作用机制是否和预测的一致。结果 黄芪中20种核心化合物有作用靶点174个，DNP相关靶标有1862个，交集靶标有98个，关键效应分子有10个。PPI图显示黄芪发挥效应的目标蛋白主要是AKT1、VEGFA、IL6、CASP3、MAPK1、JUN等。GO分析黄芪药效主要与细胞因子受体结合及其活性、核受体活性、转录因子活性等有关，KEGG分析表明黄芪药效基础主要作用与糖尿病并发症中AGE-RAGE、MAPK、PI3K-Akt等信号通路有关。动物实验显示黄芪能明显改善糖尿病肾病的大鼠的肾功能，尤其改善蛋白尿指标，通过上调足细胞Nephrin蛋白保护了肾小球滤过屏障，减少了蛋白尿的产生（P < 0.05），同时下调了Akt1、总mTOR及其mRNA表达（P < 0.05），从而增强了肾足细胞的自噬活性，也起到减少DNP的作用。结论 网络药理分析显示黄芪可能通过多靶点效应发挥减少DNP作用，潜在的分子机制和Akt1/mTOR自噬通路有关，再经过实验研究说明Akt1/mTOR自噬通路是黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿作用机制之一。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于网络药理学与细胞实验的三白汤治疗皮肤色素沉着机制探究与初证＊

目的 探究并验证三白汤治疗皮肤色素沉着的作用机制。方法 通过TCMSP、TCMID以及BATMAN-TCM数据库收集三白汤化学成分和作用靶点，通过检索GeneCards、DisGeNET数据库获得皮肤色素沉着的疾病靶点。取两靶点集的交集，进而保留相关化学成分，应用Cytoscape建立化学成分-潜在靶点网络。将交集靶点导入STRING数据库，得到交集靶点的相互作用网络。采用CytoHubba、DAVID和Kobas对交集靶点的相互作用网络进行拓扑分析、GO和KEGG富集分析。利用AutoDock 4.2对关键靶点进行分子对接研究。基于B16-F10黑色素瘤细胞，构建抗黑色素模型，验证分子对接结果。结果 筛选获得三白汤活性成分29个、潜在作用靶点23个。拓扑分析得到酪氨酸酶、雌激素受体1、孕激素受体等8个关键靶点，主要参与涉及男性性腺发育、对雌二醇的反应等GO富集分析所示的生命过程。KEGG通路分析得到123条主要信号通路，主要涉及黑色素合成、雌激素信号通路、酪氨酸代谢等。分子对接结果显示，三白汤化学成分与潜在靶点具有较好的结合活性。细胞实验表明，三白汤中代表性成分的抗黑色素活性顺序与分子对接结果一致。结论 三白汤通过其中芍药内酯苷、β-谷甾醇、α-香树精等有效成分，作用于连环蛋白β1（catenin beta 1，CTNNB1）、酪氨酸酶（tyrosinase，TYR）等靶点，调节黑色素合成、酪氨酸代谢等信号通路，最终减少黑色素合成以治疗色素沉着。     

基于网络药理学-分子对接探讨黄芪生脉散对糖尿病的作用机制＊

目的 本研究利用网络药理学、分子对接技术，探索黄芪生脉散治疗糖尿病的潜在作用机制，并结合体外细胞实验对相关信号通路进行初步验证。方法 查阅多个数据库和结合文献筛选黄芪生脉散的有效成分和对应靶点及糖尿病相关靶点，通过DAVID数据库进行疾病预测以及治疗机制预测，将黄芪生脉散有效成分与成分靶点构建黄芪生脉散的成分-靶点网络。此外，选取成分-靶点网络中度值较大的15个关键靶点和FDR值排名前10的疾病构建黄芪生脉散治疗疾病-靶点网络。再进一步使用AutoDock vina软件对黄芪生脉散的有效成分和糖尿病关键靶点进行分子对接。最后利用HepG2细胞胰岛素抵抗（IR）模型对黄芪生脉散提取物的石油醚部位、乙酸乙酯部位、正丁醇部位进行降血糖活性验证，并通过Western-blotting实验探究其石油醚部位对PI3K-Akt信号通路的影响。结果 共挖掘到黄芪生脉散54个有效成分，411个潜在成分靶点及279个糖尿病相关靶点。此外，预测到黄芪生脉散治疗疾病182种，其中2型糖尿病（T2DM）与靶点关联性最强（degree值=12），由此推测黄芪生脉散可能在治疗糖尿病方面具有显著作用。另外，PPI网络中degree > 20的靶点有AKT1、PIK3CA、PIK3R1和VEGFA等，推测这些靶点可能为黄芪生脉散治疗糖尿病的关键靶点。同时，分子对接结果显示黄芪生脉散8个有效成分（degree值≥15）与糖尿病关键靶点有较强的结合能力，并且KEGG富集分析发现与糖尿病相关的主要调控通路为PI3K-Akt信号通路。体外细胞实验发现，黄芪生脉散提取物可浓度依赖性的增加HepG2细胞胰岛素抵抗模型对葡萄糖的摄取，比阳性药盐酸二甲双胍的药效更强。Western-blotting实验结果表明，黄芪生脉散石油醚部位可显著改善HepG2细胞IR模型Akt、GSK3β蛋白表达水平的异常升高以及p-Akt和p-GSK3β的异常降低（与IR组相比P<0.05）。结论 黄芪生脉散的活性成分可能通过作用于INSR、AKT1、PIK3CA等多个糖尿病相关靶点，调节PI3K-Akt信号通路，降低胰岛素抵抗从而发挥对糖尿病的治疗作用。     

基于网络药理学及实验验证探讨薰衣草对皮肤光损伤的防护作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测薰衣草防护皮肤光损伤的活性成分及作用机制，并通过动物实验进一步验证可能的信号通路。方法 通过SwissTargetPrediction，PharmMapper数据库和查阅文献获取薰衣草的活性成分及潜在作用靶点；通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、DrugBank和DisGeNET数据库获取皮肤光损伤相关靶点；筛选获得两者的共同靶标后，采用STRING分析靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，利用Cytoscape 3.8.2软件中“CytoNCA”插件对该PPI网络做拓扑分析和核心靶点筛选，使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，选取薰衣草中的活性成分和信号通路上的蛋白通过AutoDock vina 1.1.2软件进行分子对接验证；最后通过UVB辐照小鼠背部裸露皮肤建立光损伤模型，肉眼观察小鼠的皮肤状态，采用苏木素-伊红（HE）和苦味酸-酸性品红法（VG）染色观察小鼠皮肤组织病理学改变，采用蛋白免疫印迹法（Western blot）检测小鼠皮肤组织中蛋白的表达水平，进一步验证关键的信号通路。结果 该研究共筛选出薰衣草活性成分6个，潜在靶点526个，预测疾病相关靶点2 688个，药物-疾病交集靶点258个，PPI网络筛选出核心靶点16个，KEGG通路分析筛选了113条相关信号通路，其中磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）通路、核转录因子-κB（NF-κB）信号通路可能在薰衣草防护皮肤光损伤中起关键作用，分子对接结果显示，活性成分和信号通路上的蛋白对接良好。动物实验结果表明，薰衣草总黄酮能够明显改善小鼠皮肤外观状态和组织病理学，并显著降低磷酸化（p）-PI3K、p-Akt、B细胞淋巴瘤（Bcl）-2蛋白的相对表达水平（P<0.05、P<0.01），明显升高Bcl-2相关X蛋白（Bax）的相对表达量（P<0.05）。结论 该结果表明，薰衣草抗皮肤光损伤具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点，为后续深入研究薰衣草抗皮肤光损伤的复杂机制提供依据。     

基于网络药理学探析黄精抗骨质疏松的机制及验证

目的 基于网络药理学及分子对接方法分析黄精抗骨质疏松（OP）的潜在机制，并通过实验进行验证。方法 利用中药系统药理学数据库（TCMSP）2.3进行条件检索，获取黄精的活性成分及其对应作用靶点，并在疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）7.0获取骨质疏松的治疗靶标，两者交集即为黄精抗骨质疏松的潜在靶基因。并用Cytoscape 3.7.1构建“黄精-活性成分-潜在靶点”网络，借助STRING数据库11.0进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析，构建PPI网络。此外，采用Metascape数据库3.5分析其参与的基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。选取黄精重要活性成分与靶点通过AutoDock Vina 1.1.2 进行分子对接验证，最后借助小鼠胚胎成骨细胞前体细胞（MC3T3-E1）观察β-谷甾醇对成骨分化的影响。结果 黄精活性成分有12个，其作用靶点与骨质疏松治疗靶点相映射得到潜在靶点32个。Cytoscape 3.7.1拓扑分析得到黄芩素、β-谷甾醇等6个主要成分，蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、JUN原癌基因（JUN）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、原癌基因c-FOS（FOS）等关键靶点。GO和KEGG富集分析中，共获得995个GO条目，涉及活性氧调节，生长调节等181条信号通路。分子对接显示黄精中核心成分与各自的靶点表现出良好的对接活性。细胞实验结果显示β-谷甾醇在2.5，5 μmol·L^-1浓度时具有显著促进成骨分化的作用。结论 黄精可通过调节炎症、氧化应激、凋亡、代谢等作用，发挥治疗骨质疏松的效果，其中β-谷甾醇可促进MC3T3-E1细胞成骨分化。     

基于HPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学方法探讨栀子治疗缺血性脑中风的潜在药效物质及作用机制

目的 结合高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法（HPLC-Q-TOF-MS/MS）和网络药理学方法预测栀子治疗脑缺血的作用靶点及潜在的作用机制,为深入揭示栀子治疗脑缺血的药效物质及作用机制奠定基础。方法 根据色谱峰保留时间、精确相对分子质量、二级质谱裂解碎片等质谱信息,并结合文献数据,对栀子化学成分进行鉴定。通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库和SwissTargetPrediction数据库预测栀子活性成分的潜在靶点;通过在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）,GeneCards数据库,京都基因与基因组百科全书（KEGG）等数据库筛选栀子预防或治疗脑缺血相关的靶标。利用DAVID 6.8对潜在靶点进行基因本体（GO）注释和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape 3.6.0软件构建“活性成分-靶点-通路”网络,并通过Discovery Studio 2016软件对栀子的关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 从栀子中鉴定了40个成分,包括环烯醚萜类、二萜色素类、有机酸类、单萜类等;根据活性成分预测出208个潜在的作用靶点,检索到560个与脑缺血相关的疾病靶点,将成分靶点与疾病靶点相映射得到交集靶点59个,包括肿瘤坏死因子（TNF）,半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）和CASP8等;涉及通路包括TNF信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等。分子对接结果表明栀子苷可与靶点前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）,TNF和细胞核转录因子-κB p65（RELA）发生相互作用,西红花苷Ⅰ可与白细胞介素-2（IL-2）发生相互作用。结论 栀子的活性成分栀子苷、西红花苷Ⅰ等可能通过上调RELA,IL-2蛋白的表达,下调TNF,CASP8,CASP3,基质金属蛋白酶2（MMP2）蛋白的表达,调控TNF,PI3K/Akt,HIF-1等信号通路,发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用预防或治疗脑缺血性疾病。     

基于网络药理学及分子对接的败酱草治疗炎性肠病机制研究＊

目的 基于网络药理学与分子对接的方法研究败酱草（Patrinia scabiosaefolia Fisch）治疗炎性肠病（Inflammatory bowel disease，IBD）作用机制。方法 败酱草活性成分来源于TCMSP数据，同时结合PharmMapper数据库获得成分靶点。基于CooLGeN、NCBI、Genecards数据库来获取炎性肠病相关靶点，使用jvenn在线分析工具获得交集靶点。采用Cytoscape3.6.1分析软件与结合STRING数据库对交集靶点进行PPI蛋白互作网络分析，使用ClueGO插件进行GO、KEGG富集分析，同时将度值前5靶点进行分子对接。结果 败酱草治疗炎性肠病潜在活性成分16个，交集靶点有82个，主要涉及了细胞迁移、脂多糖反应、炎症反应等44种生物学功能，NF-κB、IL-17、TNF等33条信号通路与炎性肠病的相关。分子对接显示，败酱草的活性成分与靶点均有较好的结合，蒙花苷、灰绿曲霉酰胺、西托糖苷、黄草乌碱丙、异荭草素与阳性对照药柳氮磺砒啶的打分值大小比较接近。结论 本研究初步发现败酱草中治疗炎性肠病的潜在活性成分，为其深入研究或药物开发提供理论参考依据。     

基于网络药理学与GEO生信统计的瘀血痹抗类风湿性关节炎的活性成分及作用机制研究

目的 基于网络药理学与基因表达综合（Gene Expression Omnibus,GEO）数据库挖掘初步揭示瘀血痹胶囊发挥抗类风湿性关节炎（RA）的潜在活性成分及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、GeneCards数据库筛选出瘀血痹胶囊活性化学成分、作用靶点及RA靶点,采用STRING 11.0数据库对其交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建,采用Bioconductor数据库进行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;通过GEO数据库下载基因芯片数据（GSE55457）,经过基因探针富集分析（GSEA）筛选出差异表达基因,联用分子对接对差异基因与排名靠前的活性化合物进行虚拟验证。结果 筛选出瘀血痹胶囊128个有效成分和85个与RA的交集靶点,其中度值排名靠前的化合物有槲皮素、木犀草素和山柰酚等。GO功能富集结果显示,RA靶点参与生物过程、分子功能、细胞组分的多种调控过程。KEGG通路富集结果显示,炎性因子和受体信号通路可能为瘀血痹胶囊对RA发挥作用的主要通路。差异表达基因与交集靶点交集有白细胞介素-6（IL-6）、DNA修复酶1（PARP1）、核转录因子-κB激酶亚基β抑制剂（IKBKB）、雄激素受体（AR）、半胱氨酸蛋白酶-3（CASP3）、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、多不饱和脂肪酸5-脂氧合酶（ALOX5）等。分子对接结果显示,β-谷甾醇、鞣花酸、7-O-甲基异鼠李糖醇、木犀草素、槲皮素、异鼠李素、山柰酚、β-胡萝卜素等与差异性基因对接活性较好。结论 瘀血痹胶囊中的β-谷甾醇、木犀草素、槲皮素等核心化合物可能是通过作用于IL-6、PARP1、IKBKB、AR、CASP3等靶点对RA起治疗作用,为瘀血痹胶囊后续深入研究及临床应用提供了数据支持。     

基于网络药理学和文献筛选分析宣白承气汤治疗重型COVID-19的作用机制＊

目的 基于网络药理学、文献筛选及分子对接探讨宣白承气汤治疗重型COVID-19的主要活性成分、作用靶点和相关通路，明确其潜在作用机制。方法 利用TCMSP、PubChem和Swiss Target Prediction数据库筛选宣白承气汤的活性成分和作用靶点，从GeneCards数据库获取与重型COVID-19发生、发展相关的基因，将两者取交集得到药物治疗的潜在靶标，并利用已发表的宣白承气汤治疗重症肺炎的文献，找出有效检测指标，与各靶标取交集后，找出最有可能起作用的关键靶标。运用Cytoscape软件构建活性成分靶标作用网络，并STRING数据库构建蛋白互做网络，并筛选出核心靶标；运用R软件对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用SYBYL软件将主要的活性成分与与SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 宣白承气汤的亚油酸乙酯、亚麻酸乙酯等46个活性成分可能通过PI3K/Akt通路、HIF1通路、Ras信号通路等140条通路作用于以IL6（白介素6）为核心的108个靶点发挥其治疗作用。分子对接结果显示：杏仁中的丁二酸二异辛酯、大黄中的β-胡萝卜素氧化物和瓜蒌中的亚油酸乙酯与与SARS-CoV-23CL水解酶、ACE3等具有较好的结合性。结论 网络药理学、文献筛选及分子对接均表明宣白承气汤可用于重型COVID-19的治疗。宣白承气汤所含的活性成分可能通过抗炎、抗病毒、调节免疫、抗凝等作用，对重型COVID-19引发的炎症、免疫损伤、凝血异常等具有潜在的预防与治疗作用。     

基于网络药理学和实验验证的二仙汤调治焦虑障碍的分子机制

目的 基于网络药理学方法预测二仙汤治疗焦虑障碍的潜在分子机制，并借助母婴分离结合束缚应激动物模型进行疗效及机制验证。方法 利用中医药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）和成分靶点预测数据库（SwissTargetPrediction）获取二仙汤的活性成分及作用靶点；通过基因数据库（GeneCards）、疗效药靶数据库（TTD）、在线人类孟德尔遗传病数据库（OMIM）和药物数据库（DrugBank）等获取焦虑障碍相关靶点，与药物靶点取交集获得药物-疾病交集靶点；利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图，并基于拓扑参数分析筛选核心靶点；通过Metascape平台对交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用母婴分离结合束缚应激建立焦虑小鼠模型，在第21天（PD21）离乳至第97天（PD97）束缚完成期间给予二仙汤药混饲料干预。通过开放旷场实验、高架O迷宫实验评估小鼠焦虑状态。酶联免疫吸附测定法（ELISA）检测小鼠血浆皮质酮（CORT）含量；蛋白免疫印迹法（Western blot）、实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测小鼠海马蛋白激酶B（Akt1）、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）、脑源性神经营养因子（BDNF）、突触后致密物-95（PSD95）及突触素（synaptophysin）的表达水平。结果 共获得二仙汤活性成分97种，作用靶点227个，焦虑障碍相关靶点3 863个，药物-疾病交集靶点161个，其中Akt1、白细胞介素-1β（IL-1β）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、mTOR等核心靶点可能与焦虑障碍密切相关。KEGG通路分析结果显示二仙汤治疗焦虑障碍主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）及神经活性配体-受体相互作用等信号通路。动物实验结果显示，与模型组比较，二仙汤可显著增加小鼠中央区活动时间及穿越次数、开放臂停留时间及穿越次数、明显上调p-Akt1、p-mTOR、BDNF、PSD95、Syp的表达水平（P<0.05，P<0.01）。结论 二仙汤调治焦虑障碍具有多靶点-多通路的作用特点，其机制可能与二仙汤通过影响Akt1、mTOR、IL-1β、IL-6、TNF等核心靶点及调控PI3K/Akt、MAPK及神经活性配体-受体相互作用等信号通路，改善神经炎症与突触可塑性有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨升陷汤治疗重症肌无力的作用机制

目的 通过计算机网络药理学及分子对接技术，预测升陷汤治疗重症肌无力的药效基础和核心靶点并通过动物实验进一步验证已明确其作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选升陷汤的活性成分和潜在靶点，利用GeneCards等数据库筛选疾病相关的靶点；将药物与疾病靶点互相映射取交集；结合STRING数据库和Cytoscape 3.8.2对交集靶点分别进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；运用Cytoscape 3.8.2软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图；运用AutoDock和PyMOL软件对中药的关键活性成分与Hub gene进行分子对接验证，最后采用Rα97-116肽段主动免疫造模法，成功构建实验性自身免疫性重症肌无力（EAMG）大鼠模型后将分子对接验证得到的核心靶点进行动物实验验证。结果 共获得655个疾病靶点，118个药物活性成分，21个药物与疾病交集靶点，3个Hub gene；GO富集发现主要涉及活性氧代谢过程的调节、蛋白质转运的正调控、建立蛋白定位的正调控等生物功能；经过KEGG通路富集分析，其主要涉及Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、T细胞受体等信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与Akt1结合能最低且稳定，并通过氨基酸残基LYS-30发生相互作用。蛋白免疫印迹法（Western blot）分析结果显示，升陷汤能显著抑制EAMG大鼠脾脏内磷酸化（p）-Akt蛋白的表达。结论 该研究初步揭示了升陷汤治疗MG的药理机制可能是主要化学成分通过调节关键核心蛋白Akt的表达，进而可能参与并影响PI3K/Akt等信号通路来实现的，为进一步深入研究奠定了理论基础及实验依据。     

三黄泻心汤保护大鼠应激性胃溃疡的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接及动物实验探讨探讨三黄泻心汤（SHXXT）保护大鼠应激性胃溃疡（SGU）的分子作用机制。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）、在线中医药生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）及Swiss Target Prediction 数据库搜集和筛选SHXXT中活性成分及相应靶点;从在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、药物靶标数据库（TTD）、GeneCards数据库及PharmGKB数据库中筛选SGU相关靶点;通过Cytoscape 3.9.1软件构建中药-活性成分-靶点（H-C-T）网络;通过蛋白质相互作用平台（STRING）数据库对药物和疾病交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;通过生物学信息注释数据库（DAVID）进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;采用AutodockVina 1.2.2分子对接软件对活性成分与关键靶点进行验证,并通过动物实验进一步验证实验结果。结果 筛选获得55种活性成分,预测得到SHXXT保护SGU的潜在靶基因255个,PPI分析表明蛋白激酶B（Akt）、第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酶（PTEN）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-1β（IL-1β）、环氧合酶-2（COX-2）为SHXXT保护SGU的核心靶点,GO和KEGG分析显示SHXXT可能通过调节磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路和炎症进程等多种生物过程影响SGU过程。分子对接结果显示,活性成分和关键靶点均有良好的结合能力。动物实验表明,与空白组比较,模型组大鼠溃疡指数（UI）显著升高（P<0.01）,血清中TNF-α、IL-1β水平显著升高（P<0.01）,胃黏膜组织中PTEN的磷酸化水平显著下调（P<0.01）,PI3K、核转录因子-κB（NF-κB）、Akt的磷酸化水平显著上调（P<0.01）。与模型组比较,给药组大鼠UI显著降低（P<0.01）,血清中TNF-α、IL-1β水平显著降低（P<0.01）,胃黏膜组织中PTEN的磷酸化水平显著上调（P<0.05）,PI3K、Akt、NF-κB的磷酸化水平明显下调（P<0.05）。结论 应用网络药理学预测、分子对接模拟及动物实验验证等方法证实SHXXT调控PI3K/Akt/NF-κB信号通路调节大鼠炎症反应,进而保护SGU大鼠胃黏膜。     

基于网络药理学的丹参治疗哮喘作用机制初探

目的 运用网络药理学方法探讨丹参治疗哮喘的作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取丹参活性成分及潜在靶点;应用OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集哮喘靶点,利用R语言获得丹参治疗哮喘的作用靶点,依据STRING 11.0数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;在Metascape平台进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）分析,运用Cytoscape 3.5.1软件构建丹参治疗哮喘的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,采用MOE 2019软件对重要化合物进行分子对接验证。结果 筛选得到丹参治疗哮喘的59个化学成分、108个靶点及20条关键通路。其中,隐丹参酮主要通过肿瘤坏死因子（TNF）、Toll样受体4（TLR4）等蛋白抑制核转录因子-κB（NF-κB）通路,减轻哮喘气道炎症;丹参酮Ⅱ_A主要通过核转录因子-κB抑制剂α（NFKBIA）等减弱TNF-α和NF-κB表达,抑制NF-κB通路,减轻炎症损伤;木犀草素主要通过蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）和信号传导与转录激活因子3（STAT3）等介导磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）-Akt和Janus激酶-信号转导子与转录激活因子（JAK-STAT）通路,通过缓解气道炎症、改善气道重塑和免疫调节治疗哮喘。分子对接显示,三者与疾病靶点生物亲和力高。结论 丹参可以通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗哮喘的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学和实验验证探索荆防合剂治疗甲型H1N1流感的作用机制

目的 预测荆防合剂治疗甲型H1N1流感的潜在靶点及作用机制，以期为荆防合剂临床应用提供参考依据。方法 通过中药系统药理学分析平台数据库（TCMSP）、SwissTargetPrediction、TargetNet数据库筛选荆防合剂抗甲型H1N1流感的活性成分及作用靶点，通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、DisGeNet数据库获取甲型H1N1流感靶点并统一使用UniProt KB数据库进行标准化，借助Venny 2.1.0在线平台获取两者交集靶点；采用Cytoscape 3.2.1软件建立“药物-成分-靶点”网络图并进行拓扑学属性分析；将交集靶点上传至STRING 11.5数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）关系网络，并在Metascape平台中进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。最后通过Autodock vina软件将度值靠前的活性成分和关键核心靶点进行对接验证，并用PyMOL软件进行可视化分析。采用BALB/C雌鼠进行实验验证，苏木素-伊红（HE）染色观察肺组织病变情况，酶联免疫吸附测定法（ELISA）检测肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-10（IL-10）、白细胞介素-17（IL-17）因子水平，实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）和蛋白免疫印迹法（Western blot）检测各组动物肺组织mRNA和蛋白表达水平。结果 荆防合剂中共有活性成分144个，获得靶点基因421个，甲型H1N1流感靶点2 956个，两者交集靶点199个，拓扑学分析显示，荆防合剂治疗甲型流感的核心成分为槲皮素、木犀草素和山柰酚，核心靶点为人前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、雌激素受体1（ESR1）、诱导型一氧化氮合酶2（iNOS2）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）、环氧合酶-1（PTGS1）等。GO富集分析中生物学过程（BP）得到697个条目（P<0.01），分子功能（MF）得到59个条目（P<0.01），细胞组成（CC）得到21个条目（P<0.01）。KEGG富集分析中共得到132条信号通路（P<0.01）如磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路等，大多与调节免疫性炎症有关。分子对接结果显示，荆防合剂的活性成分与核心靶点的结合能均<-5.0 kcal·mol^-1，证明其具有较好的结合活性。HE染色显示给药组动物肺组织明显改善，Real-time PCR和Western blot显示荆防合剂可降低肺组织中PI3K和Akt的表达水平。结论 荆防合剂可通过多成分、多靶点、多通路发挥抗甲型流感病毒的作用，其中的活性成分槲皮素、木犀草素和山柰酚可能通过作用于PTGS2、ESR1、iNOS2、PPARG、PTGS1等靶点，进而对PI3K/Akt、MAPK等信号通路产生炎性控制及免疫调节作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

基于网络药理学及大鼠体内实验的方法探讨麻黄细辛附子汤干预偏头痛的作用机制

目的 研究麻黄细辛附子汤（MXFT）干预偏头痛的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SiwssTargetPrediction等数据库筛选MXFT活性成分及活性成分、偏头痛的相关靶点；运用STRING 11.5平台对药物和疾病的交集靶点建立潜在蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图；采用Metascape数据库对潜在交集靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；利用Cytoscape 3.7.1做MXFT成分-靶点-通路网络图，筛选度值较高的核心靶点；最后通过分子对接方法验证核心靶点与其映射成分的结合强度，将对接结果较好的核心靶点进行动物体内实验验证。选用SD大鼠48只，除空白组外，其余大鼠皮下注射硝酸甘油制备偏头痛大鼠模型，成模大鼠随机分为模型组、西药组、MXFT高、中、低剂量组。西药组给予佐米曲普坦片，治疗组给予MXFT高、中、低剂量干预。成模后隔日1次观测各组大鼠行为学及疼痛阈值变化。酶联免疫吸附测定试验（ELISA）检测血浆中降钙素基因相关肽（CGRP）、大鼠细胞外信号调节激酶2（ERK2）、c-fos原癌基因蛋白（FOS）水平。免疫组化技术、蛋白免疫印迹法（Western blot）检测SD大鼠三叉神经细胞外信号调节蛋白激酶1/2（ERK1/2，又称MAPK1/3）、蛋白激酶B1（Akt1）、蛋白激酶Cα（PRKCA）水平。结果 网络药理学分析显示，MXFT治疗偏头痛的核心靶点为MAPK1、MAPK3、Akt1、PRKCA等；主要通路为神经活性配体/受体相互作用信号通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等；分子对接结果表明，MAPK1、MAPK3、Akt1、PRKCA、PRKCB、PRKCG与其映射成分具有较好的结合能力。动物实验结果显示，与空白组比较，模型组大鼠挠头次数显著增加（P<0.01），疼痛阈值显著降低（P<0.01）；与模型组比较，各给药组大鼠挠头次数显著减少（P<0.01），疼痛阈值显著提高（P<0.01）。与空白组比较，模型组大鼠血浆中CGRP、ERK2、FOS蛋白水平明显增高（P<0.05，P<0.01），三叉神经节中Akt1、ERK1/2、PRKCA蛋白水平明显增高（P<0.05，P<0.01）。与模型组比较，各给药组血浆中CGRP、ERK2、FOS蛋白水平，三叉神经节中Akt1、ERK1/2、PRKCA蛋白水平明显降低（P<0.05，P<0.01）。结论 MXFT抗偏头痛具有多成分-多靶点-多通路的特点，其作用机制可能与抑制血管扩张、减少炎症因子释放、抑制神经元过度活跃等多途径发挥作用。     

基于网络药理学的升陷汤治疗心力衰竭的作用机制研究＊

目的 基于网络药理学方法探讨升陷汤治疗心力衰竭（heart failure，HF）的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、TCM-MESH、化学专业数据库、ETCM平台筛选出升陷汤的活性成分，利用TCMSP靶点预测模型预测活性成分的潜在靶点；利用Genecards、OMIM、Disgenet、DigSee数据库检索心力衰竭的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建，并提取交集网络以获得升陷汤治疗心力衰竭的关键靶点；利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 得到药效成分60个、药物靶点156个、心力衰竭靶点1387个，最终获得关键靶点197个、KEGG通路157条。升陷汤治疗心力衰竭主要成分为槲皮素、山奈酚、黄芪多糖、黄芪甲苷等，关键靶点为TP53、ESR1、FN1、UBC、TNF-α，关键的生物学进程和通路可能包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TLR信号通路、HIF-1α信号通路、FoxO信号通路、细胞周期信号通路等。结论 本研究初步揭示了升陷汤多成分、多靶点、多途径治疗心力衰竭的机制，为升陷汤的临床开发利用提供了依据。