基于网络药理学和分子对接探究黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，并结合分子对接技术探讨黄连、厚朴配伍治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、OMIM及DisGeNET数据库，筛选黄连、厚朴的主要活性成分、作用靶点及溃疡性结肠炎的作用靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件，构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图，借助String数据库平台构建靶点蛋白互作网络。通过DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集以及KEGG信号通路富集分析，并通过Discovery Studio软件对药物活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证，进一步采用TNBS诱导UC大鼠模型观察血清以及结肠组织中细胞因子的表达，对网络药理学预测结果进行实验验证。结果 黄连共筛选潜在活性成分的作用靶点179个，厚朴共筛选潜在活性成分的作用靶点53个，疾病作用靶点有851个，获得共同基因71个，黄连配伍厚朴及疾病共同的作用靶点8个，分别为NOS2、SLC6A4、CHEK1、PPARG、PTGS1、PTGS2、ESR1、HSP90AA1。GO和KEGG富集分析综合结果显示黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、缺氧诱导因子1（HIF-1）等信号通路有关。分子对接结果表明，小檗碱、厚朴酚和和厚朴酚与溃疡性结肠炎的NOS2、PTGS2、HSP90AA1等靶点对接吻合度较好。实验验证结果显示，与模型组相比，黄连厚朴配伍组血清TNF-α含量显著下降（P < 0.01）、TGF-β含量显著升高（P < 0.01），同时，其结肠组织中COX2蛋白表达阳性细胞数量明显下降。结论 本研究初步揭示了黄连配伍厚朴多成分、多靶点、多途径治疗溃疡性结肠炎的潜在机制，为进一步机制研究指明了方面，为溃疡性结肠炎临床干预提供了新的可能。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学和分子对接探究芍药汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术,研究芍药汤治疗溃疡性结肠炎（UC）的物质基础及其可能的作用机制。方法 利用TCMIP和TCMSP数据库挖掘芍药汤潜在活性成分及其药物靶点,通过GeneCard和OMIM数据库筛选疾病靶点。将药物靶点与疾病靶点匹配所得交集靶点导入String构建PPI网络,借助Cyto NCA插件筛选关键靶点,将关键靶点与对应成分联系起来绘制网络图,筛选关键成分;对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。利用SYBYL-X 2.0软件对关键成分和关键靶点进行分子对接。体内复制大鼠UC模型,芍药汤干预后,观察疾病活动指数,评估结肠病理损伤,ELISA检测肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素4（IL-4）、趋化因子受体4（CXCR4）的水平。结果 芍药汤的潜在活性成分共有424个,关键成分包括槲皮素、棕榈酸、儿茶素、原花青素等;其治疗UC的关键靶点41个,靶点主要涉及转录的正调控、凋亡过程的负调控、信号转导等生物学过程,通过TNF、缺氧诱导因子1（HIF-1）、癌症途径、Toll样受体（TLR）、PI3K-Akt等信号通路发挥治疗UC的作用。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。体内实验验证,芍药汤可改善结肠病理损伤,下调TNF-α和CXCR4,上调IL-4表达。结论 芍药汤治疗UC具有“多组分-多靶点-多通路”的作用特点,该研究为进一步深入研究其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学的升陷汤治疗心力衰竭的作用机制研究＊

目的 基于网络药理学方法探讨升陷汤治疗心力衰竭（heart failure，HF）的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、TCM-MESH、化学专业数据库、ETCM平台筛选出升陷汤的活性成分，利用TCMSP靶点预测模型预测活性成分的潜在靶点；利用Genecards、OMIM、Disgenet、DigSee数据库检索心力衰竭的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建，并提取交集网络以获得升陷汤治疗心力衰竭的关键靶点；利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 得到药效成分60个、药物靶点156个、心力衰竭靶点1387个，最终获得关键靶点197个、KEGG通路157条。升陷汤治疗心力衰竭主要成分为槲皮素、山奈酚、黄芪多糖、黄芪甲苷等，关键靶点为TP53、ESR1、FN1、UBC、TNF-α，关键的生物学进程和通路可能包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TLR信号通路、HIF-1α信号通路、FoxO信号通路、细胞周期信号通路等。结论 本研究初步揭示了升陷汤多成分、多靶点、多途径治疗心力衰竭的机制，为升陷汤的临床开发利用提供了依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨经典名方泻白散治疗肺炎的潜在作用机制＊

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨经典名方泻白散治疗肺炎潜在作用机制。方法 通过检索TCMSP、BATMAN-TCM数据库获取泻白散活性成分及作用靶点，通过DisGeNET、Gene Cards数据库获取肺炎的相关靶点，筛选得到泻白散治疗肺炎的活性成分及作用靶点，采用Cytoscape 3.6.0构建药物-成分-靶点-疾病作用网络。利用STRING数据库和Cytoscape 3.6.0软件构建泻白散治疗肺炎靶点间蛋白质-蛋白质互作关系（PPI）网络并筛选得到关键靶点及其PPI网络。利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体（gene ontology，GO）富集分析与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路分析。最后利用AutoDock工具对泻白散成分和靶点进行分子对接。结果 本研究通过构建药物-靶点-疾病网络，发现泻白散中74个活性成分可以作用于与肺炎相关的53个靶点，其中槲皮素、血根碱、山柰酚、β-谷甾醇等成分是潜在药效成分。利用拓扑学筛选得到关键靶点9个，包括白细胞介素8（IL8）、白细胞介素6（IL6）、白细胞介素1β（IL1B）、肿瘤坏死因子（TNF）等；GO分析获得90个条目，泻白散治疗肺炎可能涉及炎症反应、免疫应答、细胞因子活性等过程，KEGG分析获得41个条目，炎症性肠病、百日咳等通路可能是泻白散治疗肺炎的潜在通路，分子对接结果显示方中主要活性成分槲皮素、血根碱、山奈酚、β-谷甾醇等与核心靶点IL8， IL6， IL4和TNF等均能实现自发结合。结论 中医经典名方泻白散中槲皮素、血根碱、山奈酚等活性成分可能通过炎症性肠病、百日咳等通路实现对肺炎的防治。     

基于网络药理学与细胞实验的三白汤治疗皮肤色素沉着机制探究与初证＊

目的 探究并验证三白汤治疗皮肤色素沉着的作用机制。方法 通过TCMSP、TCMID以及BATMAN-TCM数据库收集三白汤化学成分和作用靶点，通过检索GeneCards、DisGeNET数据库获得皮肤色素沉着的疾病靶点。取两靶点集的交集，进而保留相关化学成分，应用Cytoscape建立化学成分-潜在靶点网络。将交集靶点导入STRING数据库，得到交集靶点的相互作用网络。采用CytoHubba、DAVID和Kobas对交集靶点的相互作用网络进行拓扑分析、GO和KEGG富集分析。利用AutoDock 4.2对关键靶点进行分子对接研究。基于B16-F10黑色素瘤细胞，构建抗黑色素模型，验证分子对接结果。结果 筛选获得三白汤活性成分29个、潜在作用靶点23个。拓扑分析得到酪氨酸酶、雌激素受体1、孕激素受体等8个关键靶点，主要参与涉及男性性腺发育、对雌二醇的反应等GO富集分析所示的生命过程。KEGG通路分析得到123条主要信号通路，主要涉及黑色素合成、雌激素信号通路、酪氨酸代谢等。分子对接结果显示，三白汤化学成分与潜在靶点具有较好的结合活性。细胞实验表明，三白汤中代表性成分的抗黑色素活性顺序与分子对接结果一致。结论 三白汤通过其中芍药内酯苷、β-谷甾醇、α-香树精等有效成分，作用于连环蛋白β1（catenin beta 1，CTNNB1）、酪氨酸酶（tyrosinase，TYR）等靶点，调节黑色素合成、酪氨酸代谢等信号通路，最终减少黑色素合成以治疗色素沉着。     

基于网络药理学探析黄精抗骨质疏松的机制及验证

目的 基于网络药理学及分子对接方法分析黄精抗骨质疏松（OP）的潜在机制，并通过实验进行验证。方法 利用中药系统药理学数据库（TCMSP）2.3进行条件检索，获取黄精的活性成分及其对应作用靶点，并在疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）7.0获取骨质疏松的治疗靶标，两者交集即为黄精抗骨质疏松的潜在靶基因。并用Cytoscape 3.7.1构建“黄精-活性成分-潜在靶点”网络，借助STRING数据库11.0进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析，构建PPI网络。此外，采用Metascape数据库3.5分析其参与的基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。选取黄精重要活性成分与靶点通过AutoDock Vina 1.1.2 进行分子对接验证，最后借助小鼠胚胎成骨细胞前体细胞（MC3T3-E1）观察β-谷甾醇对成骨分化的影响。结果 黄精活性成分有12个，其作用靶点与骨质疏松治疗靶点相映射得到潜在靶点32个。Cytoscape 3.7.1拓扑分析得到黄芩素、β-谷甾醇等6个主要成分，蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、JUN原癌基因（JUN）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、原癌基因c-FOS（FOS）等关键靶点。GO和KEGG富集分析中，共获得995个GO条目，涉及活性氧调节，生长调节等181条信号通路。分子对接显示黄精中核心成分与各自的靶点表现出良好的对接活性。细胞实验结果显示β-谷甾醇在2.5，5 μmol·L^-1浓度时具有显著促进成骨分化的作用。结论 黄精可通过调节炎症、氧化应激、凋亡、代谢等作用，发挥治疗骨质疏松的效果，其中β-谷甾醇可促进MC3T3-E1细胞成骨分化。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于液质联用技术研究锦红汤的化学成分及潜在靶点蛋白的预测＊

目的 中药复方锦红汤由蒲公英［Taraxacum mongolicum Hand.-Mazz .（Taraxacum）］、大黄［Rheum officinale Baill. （Rhei Rhizome）］、大血藤［Sargentodoxa cuneata（Oliv.）Rehd. et Wils. （Sargentodoxaceae）］三味中药组成，具有清热解毒、活血消痈的功效，临床上对感染性炎症方面的疾病具有显著治疗作用。本研究旨在揭示复方锦红汤中关键的药效物质基础和作用机制。方法 首先基于液质联用的方法鉴定锦红汤及复方内各单味药的化学成分，进行初步分析。然后通过TCMSP数据库、STRING和Cytoscape平台对主要活性成分潜在作用的靶基因进行筛选和预测，最后运用AutoDockVina和PyMol软件对锦红汤中的关键活性成分与靶点蛋白质相互作用中的核心蛋白进行分子对接验证，并最终生成分子对接模型图。采用Zorbax Eclipse C₁₈色谱柱（2.1 mm × 100 mm，1.8 μm）；以0.1%甲酸水溶液（A）和纯乙腈（B）为流动相，梯度洗脱；采用正、负离子同时检测模式整理数据并结合相关文献报道对锦红汤中成分进行初步分析。结果 共分离与鉴定出锦红汤中43个化合物，其中来自大黄的化学成分最多。主要成分类型包括羧酸类、苯类和黄酮类化合物为主。并进一步发现锦红汤治疗疾病的靶点主要与调节免疫、细胞增殖和凋亡以及炎症相关。结论 液质联用的方法可以准确、快速鉴定出锦红汤中主要化学成分，预测出主要活性成分可能作用的靶基因，预测其互相干预使锦红汤发挥其药理作用。本实验也为锦红汤治疗疾病提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探究槐花散治疗溃疡性结肠炎的作用机制＊

目的 该研究采用网络药理学和分子对接的研究方法结合体内实验探讨槐花散治疗溃疡性结肠炎（ulcerative colitis， UC）的主要化合物和靶点，并分析其作用机制。方法 利用多个数据库筛选药物活性成分、药物靶点和UC疾病基因，并进行拓扑分析，构建“化合物-药物靶点-疾病基因”关系网络。利用DAVID在线分析工具对候选靶点进行基因本体（Gene ontology， GO）功能和生物通路（KEGG）富集分析。通过SYBYL X2.0软件进行分子对接，获取总评分、共识评分和结合位点。利用硫酸葡聚糖钠盐（dextran sodium sulfate，DSS）建立UC小鼠模型，槐花散干预后，评估疾病活动指数和结肠病理，RT-qPCR检测白介素6（IL-6）、白介素17（IL-17）mRNA表达水平，Western Blot检测IL-6、IL-17蛋白表达水平。结果 槐花散中有20个化合物对应375个靶点对121个UC疾病基因产生影响。对72个关键靶点作GO功能分析筛选得303个GO条目，其中生物过程相关的条目223条，细胞组成相关的条目25条，分子功能相关的条目55条。KEGG富集分析筛选得到88条通路。分子对接结果显示关键靶点与对应的化合物有较好的结合活性。体内实验显示，槐花散可以改善UC小鼠DAI评分，下调IL-6、IL-17的表达，减轻结肠组织病理损伤。结论 槐花散治疗UC具有多成分、多靶点、多通路的特点，为槐花散治疗UC的进一步研究提供了理论依据。