天津市秋冬季腹泻患儿星状病毒调查

目的了解天津市秋冬季腹泻患儿的星状病毒感染情况及其分型特点。方法采用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)技术,于2014年9月—2015年2月收集天津市儿童医院住院部1 127例疑似病毒性腹泻的婴幼儿粪便样品中的星状病毒核酸进行检测,并将部分阳性株的PCR产物进行测序,采用序列分析软件分析测序结果,推断其毒株型别,同时收集患儿的临床资料进行综合分析。结果 1 127份腹泻粪便样品中,星状病毒RT-PCR阳性99份,检出率为8.78%。感染星状病毒的患儿多为1岁以下,患儿年龄中位数为3.00月龄,且1月检出率最高。99例阳性星状病毒患儿中,有52例与其他病毒混合感染,混合感染率为4.61%,其中以诺如病毒合并星状病毒最常见。26份PCR阳性产物送往测序,经Genbank Blast及系统进化树分析,所有星状病毒均为人类星状病毒1型。结论星状病毒是天津市秋冬季婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,本次调查期间星状病毒以人类星状病毒1型毒株流行为主,此外存在一定比例的混合感染。     

广西首次在门诊成人腹泻病例中发现星状病毒感染

目的 研究广两地区门诊成人腹泻病例中星状病毒的感染状况和型别分布.方法 2007年2月至2008年3月期间,收集广西南宁市某医院门诊成人腹泻患者粪便标本346份,应用RT一半巢式PCR检测星状病毒,对阳性标本进行测序验证和型别鉴定.结果 在检测的346份粪便标本中,RT-PCR检出6份阳性,经测序证实均为星状病毒,检出率为1.73%(6/346).病例全部集中在冬春季;发病年龄以17～29岁为主.6株毒株中有4株为HAstV-4型,占66.7%,另2株为HAstV-1型,占33.3%.结论 首次证实广西地区成人腹泻病例中存在星状病毒感染,流行型别主要是HAstV-4和HAstV-1型.     

南宁市散发性腹泻病例中星状病毒的检测分析

目的研究南宁市散发性腹泻病人中,星状病毒的感染情况以及基因特征。方法 2007年2月～2008年3月,收集南宁市某医院门诊腹泻患者粪便标本346份。选择针对星状病毒核糖核酸聚合酶[Ribonucleic Acid(RNA)-dependent RNA Polymerase,RdRp]基因的两对半引物,应用半巢式聚合酶链反应(Heminested Polymerase Chain Reaction,HPCR)扩增目的片段,纯化后连接至克隆载体,测定核苷酸序列。应用ClusterW进行序列同源性比对,用MEGA3.1按照邻接法构建系统进化树。结果在检测的346份粪便标本中,HPCR检出6份阳性,经进化树分析证实它们均为人星状病毒,检出率为1.73%。6株病毒RdRp基因的氨基酸序列呈高度保守。结论南宁市散发性腹泻病例中存在星状病毒感染。     

天津市婴幼儿病毒性腹泻诺如病毒检测

目的研究天津市秋冬季婴幼儿腹泻患儿中诺如病毒感染的流行情况及其基因型别。方法 2008年10-12月收集天津市儿童医院住院部310例疑似病毒性腹泻的婴幼儿粪便标本,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测粪便中诺如病毒核酸,并将部分阳性株的PCR产物进行测序,采用序列分析软件分析测序结果 ,推断其毒株型别。结果 310份腹泻标本中,诺如病毒RT-PCR阳性37份(GII型37份,GI型0例),检出率为11.94%;23份PCR产物送往测序,经Genebank Blast及系统进化树分析,所有诺如病毒均为诺如病毒基因组Ⅱ型,其中GII-4/2006b占95.65%(22/23),GII-3占4.35%(1/23);感染诺如病毒的患儿多为1岁以下,且11月份检出率最高。结论诺如病毒是天津市秋冬季婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,2008年诺如病毒以GII-4/2006b型毒株流行为主。     

2013年南宁市某医院2岁以下腹泻患儿诺如病毒和人星状病毒感染分析

目的 了解南宁市2岁以下腹泻患儿诺如病毒(NoV)和人星状病毒(HAstV)的感染情况.方法 收集2013年南宁市某医院儿科门诊2岁以下腹泻患儿粪便标本,采用实时荧光PCR法进行NoV和HAstV检测.结果 201份粪便标本中NoV和HAstV检出率分别为11.4％ (23/201)和3.0％ (6/201),两种病毒混合感染率为1.0％ (2/201),NoV检出率在8～10月出现高峰,50％的HAstV阳性病例分布在1～3月.结论 NoV和HAstV均为南宁市2岁以下腹泻患儿的重要病原,其中NoV检出率与先前研究相比明显下降,HAstV检出率则处于较低水平,推测本地区婴幼儿NoV感染高峰期可能为夏秋季节,HAstV感染则可能多发于冬春季节.     

2011-2013年成都地区腹泻患儿鼻病毒监测资料分析

目的了解2011-2013年成都地区腹泻患儿中鼻病毒(Human Rhinovirus,HRV)检出率、型别分布以及VP4/VP2基因特征。方法应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对2011年1月-2013年12月从693例腹泻患儿病例粪便标本提取的病毒核酸进行HRV-5’NCR筛检,筛检阳性标本扩增HRV-VP4/VP2基因并对阳性扩增产物测序,通过序列的比对分析鉴定病毒型别及同源性。结果 693份腹泻患儿粪便标本中HRV核酸检出率为9.24%(64/693)。获得VP4/VP2有效序列31条,HRV-A型18例,HRV-B型4例,HRV-C型9例。结论成都地区腹泻患儿粪便样本中鼻病毒检出率较高,不同基因型均有检出并且以HRV-A亚型为主。     

天津市病毒性腹泻婴幼儿诺如病毒感染调查

为调查天津市秋冬季婴幼儿腹泻患儿中诺如病毒(Norovirus,No Vs)的感染情况,收集2009年10—12月天津市儿童医院住院部的319例疑似病毒性腹泻婴幼儿的粪便标本,采用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)检测Nov的衣壳蛋白基因后,将部分阳性PCR产物测序,通过Genbank的Blast比对和系统发育树分析,推断各毒株型别。结果显示,在319件标本中,Nov的PCR阳性标本60件(GⅡ型59件,GⅠ型1例),检出率为18.81%。将24件PCR阳性产物测序和分析,1株为No V GⅠ型;23株为Nov GⅡ型,且GⅡ-4/2006b有15株,GⅡ-3有2株。感染Nov的患儿多为2岁以下且无性别差异。提示Nov是天津市秋冬季婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,且2009年仍以GⅡ-4/2006b型毒株流行为主。     

中国七个地区1998-2005年急性腹泻住院患儿中星状病毒感染研究

目的 研究中国5岁以下腹泻住院患儿中星状病毒感染的流行病学特点，确定流行毒株血清型。方法 选择国内7个地区收集5岁以下腹泻住院患儿粪便标本，应用酶联免疫或PCR方法检测星状病毒，对星状病毒阳性标本应用RT-PCR方法分型并经测序确证。结果 1998—2005年在7个地区的调查点共收集1668份急性腹泻粪便标本，检测出星状病毒阳性标本91份，平均检出率为5．5％；病例全年均有发生，发病高峰主要集中在10月份到次年1月份；95％患儿年龄在2岁以下，其中以9～11月龄儿童发病最多，检出率为7．4％，12～17月龄、6～8月龄、0～6月龄儿童的检出率依次为6．1％、5．6％、5．6％。确定型别的49份标本中45份为HAstV-1型，1例为HAstV-3型，2例为HAstV-5型，1例为HAstV-8型。结论 星状病毒是中国婴幼儿病毒性腹泻的重要病原之一，流行毒株以1型为主，同时存在多个型别的散在流行。     

一起诺如病毒所致急性胃肠炎的病原学调查

目的确定天津市一起水源性急性胃肠炎暴发的致病原。方法采集病例粪便标本,饮用深井水标本,采用荧光定量(Real-time PCR)检测病毒核酸,包括轮状病毒、杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒,阳性标本进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增及测序分析。对粪便标本进行常见肠道致病菌的检测。结果采集粪便标本33份,检出诺如病毒GⅠ型阳性5份(15.2%),诺如病毒GⅡ型阳性12份(36.4%),诺如病毒GⅠ型、GⅡ型均阳性3份(9.1%)。经测序分析1株GⅠ型为GⅠ/14基因型;4株GⅡ型中,2株为GⅡ/8型,1株为GⅡ/6型,1株为GⅡ/2基因型。轮状病毒(A,B,C组)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒和肠道致病菌检测均为阴性。3份饮水标本中轮状病毒(A,B,C组)、诺如病毒(GⅠ型,GⅡ型)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒检测均为阴性,常见肠道致病菌检测结果均为阴性。结论本次水源性急性胃肠炎暴发系由诺如病毒GⅠ型/Ⅱ型混合感染引起。     

2010-2011年苏州地区腹泻婴幼儿感染人博卡病毒的分子特征研究

目的 明确苏州地区腹泻婴幼儿博卡病毒感染情况、病毒主要基因型别及其流行病学特征。方法 收集2010-2011年苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻患儿粪便标本832例(份),采用荧光定量PCR方法检测粪便中博卡病毒DNA,并对部分阳性标本测序明确病毒基因型。结果832份粪便标本检出博卡病毒阳性5l份,阳性率为6.1%。7~9月为博卡病毒感染高峰；96%的患儿为<2岁,其中7～12月龄为高发年龄段；男性患儿多于女性；36例合并其他腹泻病毒感染。对35份博卡病毒阳性标本进行测序,其中28份为HBoV-I型,5份为HBoV-2型,2份型别未确定,未发现HBoV-3型及HBoV-4型。结论苏州地区婴幼儿腹泻标本中博卡病毒以HBoV-1型为主,I司时存在HBoV-2型感染。     

哈尔滨市腹泻患者星状病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解黑龙江省哈尔滨市腹泻患者人星状病毒(HAstV)感染情况,并分析其分子流行病学特征。方法 2017年1月-2018年12月共采集340份哨点医院腹泻病人的粪便标本,采用Real-time PCR进行HAstV检测,对HAstV阳性标本采用RT-PCR方法扩增ORF2区,对PCR产物测序并进行系统进化分析。结果 HAstV阳性检出率为6.18％(21/340),男性阳性检出率为8.52%(15/176),女性阳性检出率为3.66%(6/164),差异无统计学意义(χ2=3.466,P=0.063)。HAstV感染阳性的患者年龄主要集中在2岁以下年龄组及3~5岁年龄组,检出率分别为10.71%(18/168)、10.53%(2/19);季节高峰在2月,检出率为18.18％(2/11)。对阳性标本进行测序,获得16株序列,系统进化分析结果显示,11株HAstV-1,且均为1a型;4株HAstV-5型;1株HAstV-4c型。结论 HAstV是哈尔滨市病毒性腹泻的重要病原之一,且存在多种基因型,HAstV-1型是主要流行株。HAstV-1a型及HAstV-4c型是在黑龙江省哈尔滨市首次发现及报道的型别。     

Complete genome sequencing of a recombinant strain between human astrovirus antigen types 2 and 8 isolated from South Korea

Human astroviruses (HAstVs) occur worldwide and are known to the causative agents of diarrhea in infants and elderly patients with immune dysfunction. This study aimed to identify recombinant HAstV strains and characterize rare genotypes. The full-length genome of a recombinant HAstV strain isolated from the stool sample of a patient with acute gastroenteritis from South Korea was amplified using three pairs of previously designed primers and seven newly designed primers. The recombinant HAstV was 6757-bp long and contained three sequential open reading frames (ORFs), designated as ORF1a (2781 bp), ORF1b (1548 bp), and ORF2 (2349 bp). Our findings suggested that a recombination event had occurred between ORF1b and ORF2 of the isolated strain, with a recombination breakpoint at 4081 bp. To our knowledge, this is the first study to reveal the complete nucleotide sequence of a recombinant HAstV strain from South Korea. Our study findings might be useful for identifying other recombinant HAstV strains and for developing vaccines against this pathogenic virus.     

Lineage diversification and recombination in type-4 human astroviruses

Human astroviruses (HAstVs) are important enteric pathogens and can be classified genetically and antigenically into eight types. During surveillance of HAstVs in Italy, type-4 HAstVs were detected only sporadically and found to cluster into two distinct genetic groups. Upon sequence analysis of the 3′ end of the polymerase gene (ORF1b) and of the full-length ORF2, the 2008 type-4 HAstV strains were characterised as a novel ORF2 genetic lineage, designated as 4c. The 2008 type-4 HAstVs also shared the ORF1b gene with similar HAstV-4c strains detected globally, thus displaying a conserved ORF1b/ORF2 asset. By interrogation of the databases, this novel lineage 4c accounted for 60.8% of the type-4 strains identified worldwide and the vast majority of recent type-4 HAstVs. The 2002 type-4 HAstVs displayed a type-4b ORF2, whereas in the ORF1b they resembled type-1 HAstVs. This inconsistency suggests a possible recombinant origin, with the RNA switch taking place upstream the ORF1b/ORF2 junction region. Also, recombination likely played a role in the diversification of the ORF2 of the three type-4 lineages. Multi-target analysis is required for appropriate characterisation and identification of recombinant HAstVs.     

Recombination analysis based on the HAstV-2 and HAstV-4 complete genomes

Complete genome sequences of previously unstudied human astrovirus subgenotypes – HAstV-2a and HAstV-2c – and two isolates of a rare genotype HAstV-4 have been determined. These isolates were recovered from fecal samples of young children hospitalized with acute intestinal infections in Novosibirsk (Russia). Three of the four sequenced isolates (HAstV-2a, HAstV-2c, and HAstV-4) are recombinants. It has been shown that all known HAstV-2 genomes have emerged via recombination; the HAstV-1 and HAstV-4 genotypes contain both recombinant and non-recombinant isolates; and all HAstV-3, HAstV-5, and HAstV-6 whole-genome sequences display no reliable signs of recombination. The average mutation accumulation rate has been determined based on an extended ORF2 fragment and amounts to 1.0 × 10⁻³ substitutions per site per year. The evolutionary chronology of current HAstV genotypes has been reconstructed.     

小双节病毒在成都地区腹泻婴幼儿中流行情况分析

摘要:目的　了解小双节病毒在成都市腹泻婴幼儿中的感染情况。方法　收集成都市儿童医院、成都市第三人民医院2010年7-12月腹泻婴幼儿（≤5岁）粪便样本428份,用实时荧光RT-PCR方法检测小双节病毒,同时检测轮状病毒、诺如病毒、札如病毒、人星状病毒和肠道腺病毒。结果　检出小双节病毒感染36份,检出率为8.41%（36/428）。其中Ⅰ型9份、Ⅱ型25份、Ⅰ和Ⅱ型共同感染2份,检出率分别为2.10%（9/428）、5.84%（25/428）和0.47%（2/428）。小双节病毒与其他腹泻病毒合并感染共31份。调查期间小双节病毒检出高峰为8、9月,主要感染2岁以下婴幼儿。结论　小双节病毒是引起成都市婴幼儿腹泻的病原之一,以小双节病毒Ⅱ型为主,2岁以下婴幼儿是其高发人群,8、9月为其下半年高发季节。     

Changing pattern of prevalence and genetic diversity of rotavirus,norovirus, astrovirus,and bocavirus associated with childhood diarrhea in Asian Russia, 2009–2012

This hospital-based surveillance study was carried out in Novosibirsk, Asian Russia from September 2009 to December 2012. Stool samples from 5486 children with diarrhea and from 339 healthy controls were screened for rotavirus, norovirus, astrovirus, and bocavirus by RT-PCR. At least one enteric virus was found in 2075 (37.8%) cases with diarrhea and 8 (2.4%) controls. In the diarrhea cases, rotavirus was the most commonly detected virus (24.9%), followed by norovirus (13.4%), astrovirus (2.8%) and bocavirus (1.1%). Mixed viral infections were identified in 4.3% cases. The prevalence of enteric viruses varied every season. Rotavirus infection was distributed in a typical seasonal pattern with a significant annual increase from November to May, while infections caused by other viruses showed no apparent seasonality. The most common rotavirus was G4P[8] (56%), followed by G1P[8] (20.1%), G3P[8] (5.5%), G9P[8], G2P[4] (each 1.3%), six unusual (1.2%), and five mixed strains (0.5%). Norovirus GII.3 (66.5%) was predominant, followed by GII.4 (27.3%), GII.6 (3.7%), GII.1 (1.6%), and four rare genotypes (totally, 0.9%). Re-infection with noroviruses of different genotypes was observed in four children. The classic human astrovirus belonged to HAstV-1 (82%), HAstV-5 (8%), HAstV-4 (4.7%), HAstV-3 (4%) and HAstV-2 (1.3%). Consecutive episodes of HAstV-1 and HAstV-4 infections were detected in one child with an 8-month interval. Bocavirus strains were genotyped as HBoV2 (56.5%), HBoV1 (38.7%), HBoV4 (3.2%) and HBoV3 (1.6%). In the controls, norovirus strains belonged to GII.4 (n = 4), GII.1, GII.3, and GII.6, and HBoV2 strain were detected. Most of the detected virus isolates were characterized by a partial sequencing of the genomes. The genotype distribution of most common enteric viruses found in the Asian part of Russia did not differ considerably from their distribution in European Russia in 2009–2012.     

海岛地区腹泻病例中诺如病毒基因序列分析

目的了解海岛地区病毒性腹泻病原中诺如病毒的流行状况,对优势流行株进行基因序列分析。方法对舟山市监测医院疑似病毒性腹泻粪便样本经酶联免疫吸附法(ELISA)筛选轮状病毒,对阴性样本采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增诺如病毒RNA聚合酶与主要衣壳蛋白基因,PCR扩增产物进行测序反应,序列结果与GenBank已公布的序列进行比对,测其同源性;并绘制成系统发生树进行进化分析。结果在35份诺如病毒扩增阳性样本中挑选病毒载量最高的Hu/Zhejiang/9/2006/CHN株进行测序,并与Hunter株、Farming Hill株等进行比对并绘制系统发生树。Hu/Zhejiang/9/2006/CHN株属于诺如病毒GⅡ-4群,与Hunter株和Lanzhou株形成的分支较接近,RNA聚合酶有部分序列与这2株完全相同。结论舟山市(海岛地区)病毒性腹泻病原中存在诺如GⅡ-4群,采用GDD基序分析有利于更好地发现新的变异株的存在,为病毒性腹泻的病原学和基因学研究提供依据。     

Genetic heterogeneity and recombination in type-3 human astroviruses

Human astroviruses (HAstVs) are important enteric pathogens and can be classified genetically and antigenically into eight types. During molecular surveillance for HAstVs in Italy, sequence analysis of the diagnostic region C (about 400 nucleotide in length), located on the capsid (ORF2) gene, identified a novel type-3 strain. Upon sequencing of the full-length ORF2, the type-3 HAstV strain was characterized as a novel ORF2 genetic lineage, designated as 3c. By converse, in the ORF1b the virus was more similar to type-1 HAstVs, rather than to type-3 strains, suggesting a recombination nature, with the crossover site being mapped to the ORF1b/ORF2 junction region. Region C sequences of similar type-3 HAstV identified from European and extra-European countries were retrieved in the databases, suggesting the global distribution of this novel type-3 lineage.     

自贡市2007-2010年鼠伤寒沙门菌感染的脉冲场凝胶电泳分析

目的 回顾性分析自贡市2007-2010年分离到的沙门菌菌株,评估分子分型技术在食源性传染病暴发识别和处置中的价值。 方法 对自贡市2007-2010年从食品和腹泻患者中分离的沙门菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)实验,用 BioNumerics软件分析菌株之间的相似度。 结果 55株沙门菌中,来源于2007-2008年的10个腹泻患者粪便和2008年的15个皮蛋中的25株鼠伤寒沙门菌菌株PFGE带型相似度为100%,均为P9带型。 结论 感染鼠伤寒沙门菌的皮蛋是导致自贡市2007-2008年10名患者腹泻暴发的污染源,为快速准确识别食源性疾病暴发并及时溯源、控制,应在食品安全监测中普及PFGE等分子分型技术。