基于竞争内源性RNA网络探讨槲皮素在肺腺癌中的作用靶点

目的:利用从肺腺癌（LUAD）数据集中筛选的差异表达基因（DEGs）、差异表达lncRNA（DElncRNA）及其上游miRNA,构建LUAD的竞争内源性RNA网络（ceRNA）,探索槲皮素可能的作用靶点。方法:从基因表达综合数据库（GEO）及肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）中检索并筛选LUAD基因及lncRNA表达数据集,对差异表达基因（DEGs）进行富集和功能注释。使用在线数据库预测miRNA及lncRNA,建立ceRNA调控网络,并通过网络药理学分析槲皮素的药物靶点。结果:构建了AURKA与上游hsa-miR-363-3p及AP000553.1、LINC00858、AL354707.1的ceRNA调控网络,槲皮素与5DOS对接良好。结论:AP000553.1、LINC00858、AL354707.1与hsa-miR-363-3p竞争性调控AURKA,进一步影响LUAD预后,槲皮素可作用于AURKA。     

不同基因作为竞争性内源RNA参与膀胱癌调控的研究进展

竞争性内源RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）是一种新的转录后RNA相互调控机制,越来越多的研究发现长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）、环状RNA（circular RNA,circRNA）和假基因（pseudogenes）可以与微小RNA（microRNA,miRNA）竞争,影响靶RNA的稳定性或翻译,从而调控基因表达。近年来,不同基因作为ceRNA参与膀胱癌调控的研究已引起学者的广泛关注。为此,本文综述了lncRNA、circRNA和假基因作为ceRNA在膀胱癌中作用的研究进展,以及不同基因作为ceRNA调控膀胱癌的信号转导通路。从ceRNA分类的角度综述各类ceRNA在膀胱癌发生发展过程中的研究进展。     

长链非编码RNA ARHGAP5-AS1抑制乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭

目的：检测长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）ARHGAP5-AS1在乳腺癌组织及细胞中的表达,分析其表达与患者临床病理参数及预后的相关性,并初步探讨其对乳腺癌细胞体外增殖、迁移和侵袭的影响。方法：通过对TCGA数据库中乳腺癌相关数据集的生物信息学分析,筛选出在乳腺癌中低表达且与患者不良预后相关的lncRNA ARHGAP5-AS1,采用qPCR 方法在江南大学附属医院肿瘤科从 2010 年 4 月至 2016 年 10 月收集的乳腺癌组织中验证其表达。采用 χ2检验分析ARHGAP5-AS1表达与乳腺癌患者临床病理参数之间的关系,Kaplan-Meier生存分析构建生存曲线,比较高、低表达组的总生存期和无复发生存期。CCK-8 实验、划痕实验和 Transwell 实验分别检测 ARHGAP5-AS1 敲低对乳腺癌细胞MDA-MB-231和BT-549的增殖、迁移和侵袭的影响。结果：TCGA 数据库分析结果显示,ARHGAP5-AS1 在乳腺癌组织中的表达水平显著低于正常乳腺组织（P<0.01）,其低表达与较大肿瘤直径（T3）、远处转移（M1）、ER 和 PR 阴性以及较短的总生存期显著相关（均P<0.05）。乳腺癌组织中ARHGAP5-AS1表达水平显著低于癌旁组织（P<0.05）,其低表达与较大的肿瘤直径和淋巴结转移相关（均 P<0.05）。同样,ARHGAP5-AS1 在 6 株人乳腺癌细胞系（MDA-MB-231、BT-549、MDA-MB-468、MCF-7、HCC1937、Hs578T）中的表达水平也显著低于正常乳腺上皮细胞系（MCF-10A）（均P<0.05）。细胞功能实验显示,ARHGAP5-AS1敲低促进MDA-MB-231和BT-549细胞的增殖、迁移和侵袭（均P<0.05）。结论：ARHGAP5-AS1异常低表达可能通过促进乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭影响乳腺癌的发生发展。     

通过竞争性内源RNA调控网络筛查肝细胞癌预后相关分子

目的：通过构建肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs，ceRNA）调控网络，寻找与HCC发生发展及预后相关的分子。方法：从TCGA数据库下载HCC转录组数据，通过“Perl”语言处理转化得到mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱矩阵。通过“Edge R”包提取3种RNA的差异表达基因（differential expression genes，DGEs），其阈值为|log FC|>2.0 且P<0.01。通过数据库比对得到差异lncRNA-差异miRNA、差异miRNA-差异mRNA关系对，导入至Cytoscape 软件构建ceRNA调控网络图。整理3 种DGEs相关的生存数据，通过“Survival”包及Kaplan-Meier Plotter 分析软件进行生存分析，绘制DGEs的生存曲线，分析获取预后相关基因。结果：成功构建HCC的lncRNA相关ceRNA调控网络，通过该网络分析DGEs 间的相互作用和调控关系，获取3 条lncRNA-miRNA-mRNA 调控关系对，其中1 条调控通路（CCDC26-hsa-mir-141-EPHA2）符合ceRNA 理论。预后分析显示，14 个mRNA高表达组患者生存率低于低表达组，可作为HCC不良预后的生物标志物；1 个lncRNA（TSPEAR-AS1）和2 个mRNA（CPEB3 和PROK2）低表达组患者生存率低于高表达组（P<0.05 或P<0.01），可能是HCC的保护性基因。结论：通过HCC lncRNA 相关的ceRNA调控网络筛查到高表达的14 个mRNA可能为HCC不良预后相关分子，低表达的1 个lncRNA和2 个mRNA可能为HCC良好预后相关分子，研究结果为HCC治疗和预后测评提供了参考依据。     

ceRNA在肿瘤中的研究进展

竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)是一类能与miRNA结合位点（miRNA response element,MRE）结合从而抑制miRISC形成,并能进一步增加相应mRNA的表达来达到RNA间相互沟通及转录后调控基因表达的一类非编码RNA。ceRNA主要包括长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）、环状RNA（circular RNA,circRNA）、假基因、人工合成miRNA抑制剂及病毒miRNA抑制剂等。目前越来越多的研究表明ceRNA在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞增殖、凋亡、细胞周期、侵袭和转移等各种生物过程中发挥重要作用。本文从ceRNA分类、调控网络及ceRNA在不同肿瘤中的研究进展作一综述。     

GEO数据库分析环状RNA在乳腺癌组织中的表达

目的采用生物信息学方法探究环状RNA在乳腺癌侵袭转移中的作用。方法从GEO数据库中检索并下载乳腺癌组织的芯片数据,利用R软件对4对Luminal A型乳腺癌组织和4对三阴性乳腺癌组织进行差异分析,然后利用miRanda 软件和 RNAhybrid 软件对差异表达的环状RNA和miRNAs之间的相互作用进行预测。通过TCGA数据库分析环状RNA的亲本基因在乳腺癌组织中的表达。结果通过差异分析,发现共有27个环状RNA异常表达,其中6个环状RNA上调,21个环状RNA下调;通过软件预测构建了环状RNA／miRNAs相互作用网络;通过基因表达分析,hsa_circ_0000965、hsa_circ_0000523、hsa_circ_0044234、hsa_circ_0058451和hsa_circ_0091994可能正向调控其亲本基因的表达。结论在三阴性乳腺癌组织中的异常表达环状RNA将可能成为乳腺癌转移治疗的新靶点。     

非编码RNA在膀胱癌中的研究进展

膀胱癌是全世界最常见的癌症之一,虽然手术结合化疗和放疗在一定程度上改善了患者的预后,但大多数肌肉浸润性膀胱癌患者的预后仍然很差。而且,膀胱癌的确切机制和关键调节因子尚不清楚。最近的研究表明,一些非编码RNA在膀胱癌中表达失调,对膀胱癌的发生发展起着至关重要的作用。更重要的是,非编码RNA可作为膀胱癌的诊断和预后的生物标志物。本综述旨在总结近期的研究进展,这些研究表明了包括miRNA、lncRNA、circRNA在内的三类非编码RNA在膀胱癌中的调控机制,以及它们作为临床诊断或预后生物标志物的潜在作用。     

NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后判断中的价值

目的:阐明NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后评估中的价值.方法:利用Oncomine、TIMER、TCGA和Kaplan-Meier Plotter数据库获取乳腺癌患者NLRCs基因转录水平、生存预后指标和临床病理参数.结果:Oncomine数据库检索出15项研究涉及NLRCs基因在浸润性乳腺癌组织和正常乳腺组织中的...     

乳腺癌铜死亡相关lncRNA预后风险模型的构建

[目的]基于铜死亡相关lncRNA构建乳腺癌预后风险模型并探索其潜在的生物学意义。[方法]从TCGA数据库下载乳腺癌数据,利用R软件获取铜死亡相关lncRNA。用Cox回归及Lasso回归分析筛选铜死亡预后相关lncRNA,建立预后风险模型。运用Kaplan-Meier分析和ROC曲线对模型进行评估,并将此模型与临床病理特征进行整合,Cox回归分析寻找独立预后因素,建立列线图。对高低风险组之间差异基因进行基因本体（Gene Ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析、免疫功能分析,并探讨两组间TMB和突变基因的表达。[结果]单因素Cox回归分析显示19个铜死亡预后相关lncRNA,Lasso回归分析筛选出14个lncRNA,多因素Cox回归分析确定8个lncRNA (AL590434.1、AC105398.1、AL137847.1、AC004982.1、AC107993.1、MECOM-AS1、U73166.1、HECW2-AS1)用于构建预后风险模型。风险评分=（-1.4549...     

Emerging role of competing endogenous RNA and associated noncoding RNAs in thyroid cancer

Cancer of the thyroid is the most common endocrine malignancy. While treatment options are limited for individuals with medullary or anaplastic thyroid cancer, understanding the underlying mechanisms is vital to developing a successful thyroid cancer treatment strategy due to the tumor’s multistep carcinogenesis. Non-coding RNAs (ncRNAs) have been associated with thyroid cancer progression in several recent studies; however, the role of regulatory interactions among different types of ncRNAs in thyroid cancer remains unclear. Recently, competing endogenous RNA (ceRNA) has been discovered as a mechanism demonstrating regulatory interactions among non-coding RNAs, including pseudogenes, long non-coding RNAs (lnRNAs), circular RNAs (circRNAs), and microRNAs (miRNAs). It has been concluded from the literature that numerous ceRNA networks are deregulated during the development, invasion, and metastasis of thyroid cancer, as well as in epithelial-mesenchymal transition (EMT) and drug resistance. Further understanding of these deregulations is important to develop diagnostic procedures for early detection of thyroid cancer and promising therapeutic options for effective treatment. The purpose of this review is to highlight the emerging roles of some newly found ceRNA members in thyroid cancer and outline the current body of knowledge regarding ceRNA, lncRNA, pseudogenes, and miRNAs.     

Bioinformatics analysis of potential Key lncRNA-miRNA-mRNA molecules as prognostic markers and important ceRNA axes in gastric cancer

Gastric cancer (GC), the fifth most common malignancy worldwide, has an extremely poor prognosis at the advanced stage or the early stage if inadequately treated. Long noncoding RNAs (lncRNAs), microRNAs (miRNAs) and mRNAs all function as competing endogenous RNAs (ceRNAs) that target and regulate each other. Changes in their expression and their regulatory bioprocesses play important roles in GC. However, the roles of key RNAs and their regulatory networks remain unclear. In this study, RNA profiles were extracted from The Cancer Genome Atlas database, and R language was used to discover the differentially expressed (DE) lncRNAs, miRNAs and mRNAs in GC. Then, the DERNAs were paired by miRcode, miRDB, TargetScan and DIANA, and the ceRNA network was further constructed and visualized using Cytoscape. Moreover, a functional enrichment analysis was performed using Metascape. Afterward, the “survival” package was employed to identify candidate prognostic targets (DERNA-os) in the ceRNA network. Ultimately, the ceRNA network was analyzed to identify crucial lncRNA/miRNA/mRNA axes. Based on 374 gastric adenocarcinoma and gastric adenoma samples, 283 DEceRNAs (69 lncRNAs, 10 miRNAs, and 204 mRNAs) were identified. The 204 mRNAs were significantly enriched in some interesting functional clusters, such as the trans-synaptic signaling cluster and the protein digestion and absorption cluster. The ceRNA network consisted of 43 ceRNAs (13 lncRNAs, 2 miRNAs, and 28 mRNAs) that were related to prognosis. Among them, 2 lncRNAs (LNC00469 and {"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"AC010145.1","term_id":"5870989","term_text":"AC010145.1"}}AC010145.1) and 1 mRNA (PRRT4) were potential new biomarkers. In addition, according to the lncRNA/miRNA/mRNA regulatory relationships among the 43 ceRNAs, we identified four axes that might play important roles in the progression of GC and investigated the potential mechanism of the most promising axis (POU6F2-AS2/hsa-mir-137/OPCML) in promoting the proliferation and invasiveness of GC.     

EZH2在乳腺癌中的差异表达及临床意义

目的:利用整合生物信息学手段分析EZH2（enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit）基因在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法:在肿瘤基因组计划数据库（The Cancer Genome Atlas,TCGA）中下载乳腺癌与正常乳腺组织的基因表达谱数据,进一步利用Ualcan数据库和人类蛋白质图谱（The Human Protein Atlas）数据库数据分析EZH2基因在乳腺癌中的mRNA及蛋白表达水平。利用Ualcan数据库分析EZH2基因的甲基化水平并筛选其共表达基因;对EZH2及其共表达基因进行GO（Gene Ontology）富集分析和KEGG通路分析以明确EZH2的共表达基因参与的生物学过程和相关通路;使用Kaplan-Meier生存分析法分析乳腺癌患者的总生存期、无病生存期、无远处转移生存期及后进展生存期与EZH2基因表达水平的关系并绘制生存曲线。结果:与正常乳腺组织相比,EZH2在乳腺癌组织中的mRNA及蛋白表达量明显升高。而EZH2的甲基化程度在乳腺癌组织与正常乳腺组织中则差异不明显。同时,EZH2的表达水平与年龄、乳腺癌分期及乳腺癌分子分型等因素密切相关。EZH2及其共表达基因主要参与了核碱基的调节、细胞周期调控、染色体分离、DNA复制、DNA修复等生物学过程,并参与了细胞周期、DNA 复制、M/G1期转化、M期、有丝分裂前中期、ATM通路等生物学通路。此外,EZH2基因表达水平高的乳腺癌患者的总生存期、无病生存期、无远处转移生存期及后进展生存期均明显低于EZH2基因低表达的患者。结论:EZH2在乳腺癌组织中高表达并且与患者不良预后密切相关。同时,EZH2的表达水平与乳腺癌的发生、发展密切相关。EZH2在乳腺癌诊断、靶向治疗及预后分析中具有重要的临床意义。