NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后判断中的价值

目的:阐明NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后评估中的价值.方法:利用Oncomine、TIMER、TCGA和Kaplan-Meier Plotter数据库获取乳腺癌患者NLRCs基因转录水平、生存预后指标和临床病理参数.结果:Oncomine数据库检索出15项研究涉及NLRCs基因在浸润性乳腺癌组织和正常乳腺组织中的...     

基于Oncomine数据库分析Pygopus2基因在乳腺癌组织中的表达及其临床意义

目的 探讨Pygopus2（PYGO2）基因在乳腺癌组织中的表达及临床意义。方法 收集Oncomine数据库中关于PYGO2的信息,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析PYGO2与乳腺癌患者预后的关系。结果 Oncomine数据库中共收集了45项研究（包括3 730个样本）涉及PYGO2在乳腺癌组织和正常组织中表达的比较。与正常组织相比,PYGO2在乳腺癌组织中高表达（P<0.05）。PYGO2高表达组乳腺癌患者的总体生存率（HR=0.69,95%CI：0.51~0.95,P=0.021）、无复发生存率（HR=0.60,95%CI：0.51~0.70,P<0.001）以及无远处转移生存率（HR=0.61,95%CI：0.43~0.87,P=0.005）均优于低表达组。结论 PYGO2在乳腺癌组织中高表达,且与乳腺癌患者不良预后有关,可能是评估乳腺癌患者预后的潜在生物标志物。     

FN1在胃癌组织和细胞中的表达及意义

目的:研究纤维连接蛋白1（fibronectin-1,FN1）在胃癌组织和细胞中的表达,探讨其与预后的关系。方法:利用Oncomine数据库挖掘FN1在胃癌组织中的表达;实时荧光定量聚合酶链反应检测FN1在人胃癌细胞系中的表达;利用Kaplan-Meier Plotter分析FN1表达水平与胃癌预后的关系。结果:Oncomine 数据库分析FN1在多种肿瘤组织中表达增加,与胃正常组织相比,FN1在胃癌组织中表达增加,并具有统计学差异（P=1.41E-5)。FN1 mRNA在人胃癌细胞系SGC7901中表达水平增高,在胃癌组织中FN1蛋白表达增加。KM Plotter数据库分析结果显示FN1表达量与胃癌患者总体生存率存在相关性,即高表达FN1的患者总体生存率较差。结论:FN1在胃癌组织和细胞中的表达高于正常组织和细胞,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。     

NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后判断中的价值

目的：阐明NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后评估中的价值。方法：利用Oncomine、TIMER、TCGA和Kaplan-Meier Plotter数据库获取乳腺癌患者NLRCs基因转录水平、生存预后指标和临床病理参数。结果：Oncomine数据库检索出15项研究涉及NLRCs基因在浸润性乳腺癌组织和正常乳腺组织中的表达，发现NLRC2/3/4/5在乳腺癌组织中呈高表达（P < 0.05）。然而，TIMER数据库显示只有NLRC3基因高表达能显著改善浸润性乳腺癌患者的预后（P < 0.05）。在TCGA数据集中，NLRC3表达与T分期（P = 0.011）和肿瘤分级（P = 0.040）有关，而与性别、年龄、淋巴结受累程度和范围以及远处转移均无关（P > 0.05）。进一步研究发现，分子型为基底细胞样（basal-like）型的NLRC3高表达组患者无复发生存期（recurrence-free survival，RFS）和总生存期（overall survival，OS）均显著延长。结论：NLRC3可能是浸润性乳腺癌（特别是basal-like分型）重要抑癌因子，它有望成为潜在的乳腺癌治疗新靶点和预后判断的指标。     

公共数据库分析RACGAP1在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:探讨Rac GTP酶活性蛋白-1（RACGAP1）基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中有关RACGAP1信息，对所获取的数据资料进行二次分析，对其在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。通过GOBO数据库分析该基因在乳腺癌亚型中的表达情况。利用 Kaplan-Meier Plotters数据库进行患者的生存周期分析。结果:Oncomine数据库中共收集了349项不同类型的研究结果，其中关于RACGAP1表达差异有统计学意义的研究共有74项，RACGAP1表达增高的有69项，表达降低的有5项。共有3项研究，10个数据集涉及RACGAP1在乳腺癌组织和正常组织中的表达，包括2 776个样本。综合比较3项研究成果，发现RACGAP1在乳腺癌中的表达量高于正常组(P<0.05)。此外，通过GOBO数据库分析发现RACGAP1表达水平在激素受体（HR）敏感亚型、三阴性（TN）和HER-2亚型间有统计学差异（P<0.05）。不仅如此，RACGAP1表达量与乳腺癌患者总体生存率存在相关性，高表达者总体生存率较差，低表达者预后较好。结论:RACGAP1在乳腺癌组织中呈现高表达，且与乳腺癌预后有关，可为乳腺癌的药物开发和预后预测提供一定的理论依据。     

EGR1在乳腺癌组织中的表达及临床意义

目的:探究早期生长反应基因1（early growth response 1,EGR1）在乳腺癌组织中的表达及临床意义。方法:下载并提取TCGA数据库中EGR1的表达数据;购买乳腺癌组织芯片（HBreD090CS01）,并采用免疫组织化学法检测EGR1在乳腺癌中的表达;利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析EGR1在乳腺癌中的预后价值;利用TIMER数据库分析乳腺癌中EGR1表达与免疫细胞浸润的关系。结果:相较于癌旁组织,EGR1 mRNA在乳腺癌中的表达显著下调（P＜0.001）;EGR1蛋白在45例乳腺癌组织中有18例呈低表达,27例呈高表达,在45例癌旁组织中有9例呈低表达,36例呈高表达,差异具有统计学意义（P=0.038）;EGR1表达与乳腺癌分化程度相关（P=0.003）,与患者年龄、肿瘤大小、N分期、临床分期等无关（P＞0.05）;EGR1低表达的乳腺癌患者,其无复发生存率显著低于EGR1高表达的患者（P＜0.001）,但EGR1表达与乳腺癌患者的总生存率无明显相关性（P＞0.05）;乳腺癌组织中EGR1表达与B细胞浸润水平呈负相关（P＜0.001）,与CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润水平呈正相关（P＜0.001）。结论:EGR1在乳腺癌组织中的表达较癌旁组织低,且与肿瘤分化程度、预后及免疫浸润有关,有望成为乳腺癌预后评估的分子标志物及治疗的潜在靶点。     

基于数据库挖掘分析SLC12A8在乳腺癌组织中的表达及与细胞耐药的关系

目的:探讨SLC12A8在乳腺癌组织中的表达及临床意义,并分析其在乳腺癌耐药细胞中的表达。方法:利用Oncomine数据库分析SLC12A8在乳腺癌组织中mRNA表达情况,利用HPA数据库分析SLC12A8在乳腺癌组织中蛋白表达情况,采用Kaplan-Meier法分析SLC12A8表达水平与乳腺癌患者总生存期、无复发生存期和无远处转移生存期的关系。利用GEO数据库分析乳腺癌耐药细胞中SLC12A8的表达,进一步利用cBioPortal数据库分析乳腺癌耐药细胞中与SLC12A8共表达基因。结果:与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中SLC12A8 mRNA具有高表达(P＜0.000 1)且其蛋白表达水平也较高。通过生存分析发现低表达SLC12A8基因的乳腺癌患者总生存期（OS）、无复发生存期（RFS）和无远处转移生存期（DMFS）明显长于高表达者,高表达患者的预后更差(P＜0.01)。乳腺癌耐阿霉素细胞MCF7/ADR中SLC12A8 mRNA表达高于非耐药细胞MCF7(P＜0.05),SLC12A8表达与MCF/ADR中表达降低的GREB1、PDZK1、GFRA1基因呈负相关,且这三个基因与乳腺癌耐药密切相关。结论:SLC12A8基因在乳腺癌组织中呈现高表达,其表达水平与乳腺癌患者预后呈负相关,该基因可能通过与GREB1、PDZK1、GFRA1相互作用参与乳腺癌耐药过程。     

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与 PTGIS 基因有关的蛋白,并通过 STRING 绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS 基因的表达显著低于膀胱正常组织（P＜0.05）。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS 基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好（P＜0.05）。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。     

LncRNA AK126698在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

目的:检测LncRNA AK126698在非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）组织中的表达,探讨其与临床病理特征及预后的相关性。方法:收集2012年12月至2014年12月156例我院胸外科接受手术切除的NSCLC患者癌组织及相对应的癌旁正常组织（距癌组织>5 cm）。采用qRT-PCR检测NSCLC癌组织及相对应的癌旁正常组织中AK126698相对表达水平;分析AK126698表达与临床病理特征间的关系;Kaplan-Meier生存曲线分析预后生存情况,Cox比例风险回归模型分析不良预后。检索Oncomine 和TCGA数据库挖掘有关AK126698在不同NSCLC芯片中的信息数据进行二次分析,探究AK126698在NSCLC中的表达及与预后的关系。结果:NSCLC癌组织中AK126698相对表达量低于癌旁正常组织（P＜0.01）。AK126698表达水平与临床分期和肿瘤最大直径显著相关（P＜0.05）。AK126698高表达组患者术后5年总生存率高于低表达组（Log-rank χ2=9.031,P=0.003）。淋巴结转移、临床分期、组织分化程度和AK126698表达水平是影响NSCLC患者预后不良的独立危险因素（P＜0.05）。检索Oncomine数据库中共有7项研究包含821个样本涉及比较AK126698在NSCLC癌组织和正常组织中的表达。与正常组织相比,AK126698在NSCLC中显著低表达（P＜0.05）,AK126698低表达患者总体生存时间较短,预后较差（P=0.014）。结论:NSCLC组织中LncRNA AK126698显著低表达,与临床分期和肿瘤最大直径显著相关,是影响NSCLC患者预后不良的独立危险因素,有望成为评估NSCLC患者预后的预测因子。     

EGR3 mRNA在乳腺癌组织中的表达及临床意义的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法分析早期生长反应因子3（early growth response 3,EGR3）在乳腺癌组织中的转录水平表达及其临床意义。方法:利用GEPIA数据库比较EGR3 mRNA在癌旁组织及乳腺癌组织中的表达差异;利用Linked Omics数据库比较不同分子分型及临床分期的乳腺癌组织中EGR3 mRNA的表达量,以明确EGR3 mRNA在乳腺癌中表达的临床意义;利用GEPIA数据库评价EGR3 mRNA表达对乳腺癌患者预后的影响,并采用Kaplan-Meier Plotter数据库的大规模验证队列对EGR3 mRNA的预后价值进行验证;最后利用Linked Omics数据库探索EGR3的共相关基因,将相关性最高的前50个基因生成在线热图。结果:在TCGA数据库及匹配了GTEx癌旁组织表达谱的两组队列中,EGR3 mRNA在乳腺癌组织中的表达量显著低于癌旁组织;在更高的T分期、M分期及临床TNM分期的乳腺癌组织中,EGR3 mRNA的表达量明显下调;此外,ER阴性、PR阴性的乳腺癌组织中,EGR3 mRNA的表达量也显著下调;通过分析GEPIA和Kaplan-Meier Plotter数据库的预后信息,表明EGR3 mRNA的低表达与更差的乳腺癌预后密切相关;最后,EGR3共表达基因分析结果分别显示了正、负相关性最高的前50个基因,初步探讨EGR3参与乳腺癌进程的潜在分子机制。结论:EGR3 mRNA在乳腺癌组织中低表达,且初步显示与乳腺癌的发生、发展及预后存在一定相关性,可以作为乳腺癌诊断、预后预测的潜在标志物。     

基于Oncomine和LinkedOmics数据库分析PCMT1基因在乳腺癌中的表达水平及临床意义

目的:探究PCMT1基因在乳腺癌中的表达水平及临床意义。方法:检索Oncomine和LinkedOmics数据库中有关PCMT1的信息,并对所获取的数据资料进行二次分析。结果:在Oncomine数据库中,有关PCMT1基因在不同类型肿瘤中的研究结果共搜集了197项,其中有12个数据集涉及PCMT1在乳腺癌和正常组织中的表达,共包括1018例标本。在数据库中综合比较这12个数据集,发现与正常组织相比,PCMT1在乳腺癌组织中的表达量高于正常组织(P<0.05)。此外,通过挖掘LinkedOmics数据库,发现高表达PCMT1的乳腺癌患者总体死亡率较高,而低表达PCMT1的乳腺癌患者预后较好(P<0.05)。结论:PCMT1基因在乳腺癌组织中表达升高,并与乳腺癌患者预后相关,有望成为潜在的治疗靶点。     

基于Oncomine和GEO数据库分析RCAN1基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:探讨钙调磷酸酶调节因子1(regulator of calcineurin 1,RCAN1)基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关RCAN1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对RCAN1在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。结果:Oncomine数据库中共收集了454项不同类型RCAN1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中RCAN1表达有统计学差异的结果有64项,其中RCAN1表达增高的有20项,表达降低的有44项。涉及到乳腺癌的研究数据集共有13项。乳腺癌中高表达的研究有0项、低表达的有13项。共有6项研究,9个乳腺癌分型数据集涉及RCAN1在乳腺癌组织和正常组织中的表达,包括2 508例样本。在数据库中综合比较9项研究成果,发现与正常组织相比,RCAN1在乳腺癌中的表达量低于正常组织（P<0.05）。不仅如此,通过挖掘GEO数据库,发现低表达RCAN1的患者总体死亡率较高,高表达RCAN1的患者预后较好（P<0.05）。结论:通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示RCAN1的mRNA水平在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌预后相关,有望成为抗乳腺癌靶向治疗药物的重要靶点。     

基于公共数据库分析NAT2基因在结肠癌组织中的表达及其与预后的相关性

目的:探讨N-乙酰化转移酶2（NAT2）基因在结肠癌组织中的表达及其与预后的相关性。方法:下载公共数据库中（Oncomine和TCGA）有关NAT2基因表达的数据集,利用在线平台进行数据挖掘,然后对NAT2在结肠癌中的作用进行荟萃分析。结果:Oncomine中检索到涉及NAT2基因的研究包含结肠癌446例和正常组织200例,TCGA中检索到涉及NAT2基因的研究包含结肠癌286例和正常组织41例。与正常结肠组织相比,在结肠癌中NAT2 mRNA的表达量显著降低（P＜0.01）。另外,免疫组化结果表明NAT2 在正常组织中呈较强或中等表达,而在结肠癌组织中则表达较弱或呈阴性。通过分析结肠癌患者的生存信息发现,NAT2基因低表达患者有着更高的死亡率,而高表达NAT2的患者则预后较好（P＜0.05）。结论:在结肠癌中,NAT2基因和蛋白均呈现低表达,并与结肠癌预后相关,有望发展为结肠癌新的诊断和治疗靶点。     

基于Oncomine和Kaplan-Meier Plotter数据库分析GPX2在非小细胞肺癌组织中的表达和临床意义

目的:探讨谷胱甘肽过氧化物酶2（glutathione peroxidase 2,GPX2）在非小细胞肺癌组织中的表达及预后意义。方法:基于Oncomine和Kaplan-Meier Plotter数据库,收集关于GPX2表达的相关数据集,深入挖掘GPX2在非小细胞肺癌组织与正常组织中的差异表达情况。采用Kaplan-Meier法进行预后分析,并绘制生存曲线。此外,通过单/多因素COX回归进一步评估GPX2在不同临床特征中的预后评估价值。结果:与正常组织相比,GPX2在非小细胞肺癌组织中高表达（P＜0.001）。 GPX2高表达非小细胞肺癌患者的总体生存率（HR=1.42,95%CI:1.25~1.61,P=5.6E-08）和肺腺癌患者的总体生存率（HR=1.35,95%CI:1.07~1.71,P=0.011）均差于低表达组。但GPX2表达水平对鳞癌患者预后无显著影响（HR=1.06,95%CI:0.84~1.35,P=0.61）。此外,本研究也发现GPX2的表达对同一临床特征（如男性、临床分期、吸烟/不吸烟、经化疗方式治疗）的患者的预后有预测评估价值。多因素分析结果显示临床分期和GPX2的表达是非小细胞肺癌患者预后的独立影响因素。结论:检测非小细胞肺癌组织中GPX2的表达有助于患者预后评估。     

SQLE在乳腺癌中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法分析角鲨烯环氧化酶（squalene epoxidase,SQLE）在乳腺癌中的表达情况及其临床意义。方法:挖掘Oncomine和GEPIA数据库中 SQLE在乳腺癌和正常乳腺组织中的表达情况,分析CCLE数据库中 SQLE在乳腺癌细胞系中的表达水平,同时利用HPA和UALCAN数据库分析 SQLE蛋白在正常和乳腺癌组织中的表达水平,并利用免疫组化方法通过临床样本进一步验证SQLE蛋白的表达情况。最后用K-M plotter数据库和GEPIA数据库分析 SQLE表达与预后的关系。结果:Oncomine和GEPIA数据分析显示 SQLE基因在乳腺癌组织中高表达,CCLE数据分析表明 SQLE在乳腺癌细胞系中显著高表达,HPA数据库免疫组化结果和UALCAN数据库结果以及临床样本免疫组化结果均显示乳腺癌组织 SQLE蛋白相对于正常乳腺组织高表达;Kapan-Meier Plotter和GEPIA数据库分析显示高表达SQLE的乳腺癌预后不良。结论:SQLE在乳腺癌组织和细胞中均高表达,其可能是乳腺癌中潜在的促癌基因,有望成为乳腺癌治疗的新靶标。     

基于Oncomine和GEO数据库荟萃分析HMGA1在卵巢癌中的表达及其与预后的相关性

目的:探讨HMGA1在卵巢癌中的表达及其临床意义。方法:对Oncomine和GEO数据库进行检索有关HMGA1的相关信息,并对所获取的信息进行二次分析,并荟萃分析HMGA1在卵巢癌表达中的作用,最后利用GEO数据库中的Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析。结果:Oncomine数据库中共收集了449项不同类型的关于HMGA1的研究结果,在肿瘤组织与正常对照组中表达差异具有统计学意义的研究结果共54项,其中HMGA1高表达有48项,低表达有6项。进一步分析发现卵巢癌中HMGA1高表达有8项,低表达0项。这8项研究涉及HMGA1 在卵巢癌组织和正常卵巢组织中的表达,共计355例样本。通过对这8项数据集进行比较分析,发现在卵巢癌组织中HMGA1的表达量较正常卵巢组织显著升高(P<0.05)。通过进一步挖掘GEO 数据库进行Kaplan-Meier分析,我们发现卵巢癌患者HMGA1 的表达水平与卵巢癌和卵巢子宫内膜样腺癌的总生存率(OS)无显著相关性(P>0．05)。结论:我们通过对Oncomine以及GEO基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,提出HMGA1在卵巢癌组织中高表达,但HMGA1表达量与卵巢癌预后无显著相关性。