基于Oncomine和GEO数据库分析RCAN1基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:探讨钙调磷酸酶调节因子1(regulator of calcineurin 1,RCAN1)基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关RCAN1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对RCAN1在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。结果:Oncomine数据库中共收集了454项不同类型RCAN1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中RCAN1表达有统计学差异的结果有64项,其中RCAN1表达增高的有20项,表达降低的有44项。涉及到乳腺癌的研究数据集共有13项。乳腺癌中高表达的研究有0项、低表达的有13项。共有6项研究,9个乳腺癌分型数据集涉及RCAN1在乳腺癌组织和正常组织中的表达,包括2 508例样本。在数据库中综合比较9项研究成果,发现与正常组织相比,RCAN1在乳腺癌中的表达量低于正常组织（P<0.05）。不仅如此,通过挖掘GEO数据库,发现低表达RCAN1的患者总体死亡率较高,高表达RCAN1的患者预后较好（P<0.05）。结论:通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示RCAN1的mRNA水平在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌预后相关,有望成为抗乳腺癌靶向治疗药物的重要靶点。     

基于Oncomine数据库荟萃分析COL1A2在胃癌患者中的表达及其临床意义

目的:通过对Oncomine数据库进行挖掘，分析Ⅰ型胶原α2链（collagen type1 alpha2，COL1A2）基因在胃癌中的表达及其临床意义。方法:收集Oncomine数据库中COL1A2基因在胃癌组织中的表达信息，并进行荟萃分析。利用Kaplan Meier-Plotter进行患者生存周期分析。使用基于TCGA数据集的UALCAN在线数据库对COL1A2在胃癌患者中的表达及预后进行验证。结果:Oncomine数据库中共收集了有关COL1A2表达在348项不同肿瘤中的研究结果，其中关于COL1A2表达有统计学差异的研究结果有102个。有9项研究显示COL1A2在胃癌组织与正常组织中的表达有差异，包括478个样本，荟萃分析发现，与正常胃组织相比，COL1A2在胃癌组织中高表达，差异有统计学意义 (P＜0.001)。生存分析显示COL1A2表达量与胃癌患者总体生存率存在相关性，高表达COL1A2的患者总体生存期较低表达者缩短 (P＜0.001)。亚组分析发现，高表达COL1A2的肠型胃癌患者的总体生存期较低表达者缩短（P＜0.001）。TCGA数据集验证显示COL1A2在胃癌组织中的表达量与预后相关。结论：COL1A2基因在胃癌中高表达，且其表达水平与胃癌患者总体生存相关。COL1A2是与胃癌预后相关的生物标志物，有望成为胃癌精准治疗的靶点。     

基于Oncomine数据库分析PD-L1基因在头颈部癌中的表达及预后

目的:研究程序性死亡因子配体1(programmed death factor 1,PD-L1/CD274)在头颈部癌中的表达情况,并分析其与临床病理特征及预后的相关性。方法:挖掘Oncomine数据库中关于PD-L1基因在头颈部癌中的相关数据,进行PD-L1表达量与头颈部癌临床生物学特性的相关分析,并利用数据库中生存数据进行生存分析。结果:Oncom-ine数据库中有关PD-L1基因癌组织/正常组织表达量的分析共176项,其中高表达的癌种共4项,低表达2项;在头颈部癌组织中,显著高表达1项。Meta分析显示,PD-L1在头颈部癌中呈现高表达,显著高于正常组织。在人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)阳性的HNC患者中PD-L1的表达显著高于HPV阴性HNC患者(0.38 vs 0.16,P=0.018),有远处转移的患者显著高于无转移者(1.36 vs 0.55,P=0.004)。生存分析显示PD-L1表达量与生存期无显著相关。结论:PD-L1在头颈部癌中表达水平高,与人乳头瘤病毒状态及肿瘤转移相关,与生存期不相关。     

基于Oncomine数据库分析CXCL5在胰腺癌组织中的表达及临床意义

目的: 通过挖掘Oncomine数据库,分析趋化因子CXCL5(Chemokine C-X-C motif ligand 5)在胰腺癌组织中的表达及探索其对胰腺癌患者预后的影响。方法:挖掘Oncomine数据库中CXCL5基因在胰腺癌组织中的表达信息,并进行meta分析。利用Kaplan Meier-Plotter在线分析工具进行生存分析。结果:通过挖掘Oncomine数据库,共有392项关于CXCL5在癌组织与正常组织表达的研究。其中关于胰腺癌的研究有7项,包含286样本,对该7项研究进行meta分析显示与正常胰腺组织相比,CXCL5在胰腺癌组织中显著高表达,差异具有统计学意义 (P=0.012)。Kaplan Meier生存分析显示CXCL5表达量的高低与胰腺癌患者预后存在显著相关性,高表达CXCL5组总生存显著低于低表达组(P＜0.001)。亚组分析显示,按性别：低表达组生存长于高表达组,女性、男性均有显著差异,P值分别为：0.012、0.0029;按肿瘤分期：I、II期胰腺癌患者中低表达组生存显著长于高表达组,P值分别为： 0.0038、0.019;III、IV期未见显著差异;按恶性程度：1、2级低表达组生存显著长于高表达组,P值分别为：0.0014、0.01, 3、4级未见显著差异。结论：CXCL5基因在胰腺癌组织中高表达,其表达水平与胰腺癌患者总体生存相关。CXCL5可能系胰腺癌治疗潜在靶点,进一步关于CXCL5分子机制等研究可能为胰腺癌治疗提供新思路。     

HMGA1基因小分子RNAi对卵巢癌转移抑制的实验研究

目的：探讨高迁移率蛋白家族A1（high mobility group A1,HMGA1）基因小分子干扰RNA对卵巢癌转移抑制的机理。方法：RT—PCR一步法检测3种不同的卵巢癌细胞株中HMGA1、E钙黏蛋白mRNA的表达水平;设计并合成HMGA1 siRNA,转染H08910PM细胞：半定量RT—PCR分析法观察HMGA1 siRNA转染对E钙黏蛋白mRNA表达的逆转作用,及对卵巢癌细胞株体外侵袭、运动的抑制作用。结果：RT—PCR半定量分析结果显示：OVCAR-3细胞中HMGA1 mRNA表达量相对较低（0．64±0．13）,而E-钙黏蛋白mRNA仅在OVCAR-3细胞中有表达;H08910PM细胞稳定转染HMGA1 siRNA后,转染组、对照组HMGA1 mRNA表达水平分别为0．16±0．08、0．47±0．11（P〈0．01）,E钙黏蛋白mRNA表达水平分别为0．38±0．07、0．09±0.05（P〈0．01）;体外运动实验显示,跨膜细胞数转染组明显低于对照组（P〈0．05）;重组细胞基底膜侵袭实验显示,穿透基底膜细胞数转染组明显低于对照组（P〈0．01）。结论：HMGA1基因与卵巢癌转移密切相关,HMGA1基因siRNA可上调卵巢癌细胞中E钙黏蛋白的表达,抑制卵巢癌细胞的运动和侵袭,为卵巢癌转移的基因治疗提供新的靶点。     

基于Oncomine和LinkedOmics数据库分析PCMT1基因在乳腺癌中的表达水平及临床意义

目的:探究PCMT1基因在乳腺癌中的表达水平及临床意义。方法:检索Oncomine和LinkedOmics数据库中有关PCMT1的信息,并对所获取的数据资料进行二次分析。结果:在Oncomine数据库中,有关PCMT1基因在不同类型肿瘤中的研究结果共搜集了197项,其中有12个数据集涉及PCMT1在乳腺癌和正常组织中的表达,共包括1018例标本。在数据库中综合比较这12个数据集,发现与正常组织相比,PCMT1在乳腺癌组织中的表达量高于正常组织(P<0.05)。此外,通过挖掘LinkedOmics数据库,发现高表达PCMT1的乳腺癌患者总体死亡率较高,而低表达PCMT1的乳腺癌患者预后较好(P<0.05)。结论:PCMT1基因在乳腺癌组织中表达升高,并与乳腺癌患者预后相关,有望成为潜在的治疗靶点。     

HMGA1基因小分子RNAi对卵巢癌转移抑制的实验研究

目的:探讨高迁移率蛋白家族A1(high mobility group A1,HMGA1)基因小分子干扰RNA对卵巢癌转移抑制的机理.方法:RT-PCR一步法检测3种不同的卵巢癌细胞株中HMGA1、E钙黏蛋白mRNA的表达水平;设计并合成HMGA1 siRNA,转染HO8910PM细胞:半定量RT-PCR分析法观察HMGA1 siRNA转染对E钙黏蛋白mRNA表达的逆转作用,及对卵巢癌细胞株体外侵袭、运动的抑制作用.结果:RT-PCR半定量分析结果显示:OVCAR-3细胞中HMGA1 mRNA表达量相对较低(0.64±0.13),而E-钙黏蛋白mRNA仅在OVCAR-3细胞中有表达;HO8910PM细胞稳定转染HMGA1 siRNA后,转染组、对照组HMGA1 mRNA表达水平分别为0.16±0.08、0.47±0.11(P＜0.01),E 钙黏蛋白mRNA表达水平分别 为0.38±0.07、0.09±0.05(P＜0.01);体外运动实验显示,跨膜细胞数转染组明显低于对照组(P＜0.05);重组细胞基底膜侵袭实验显示,穿透基底膜细胞数转染组明显低于对照组(P＜0.01).结论:HMGA1基因与卵巢癌转移密切相关,HMGA1 基因siRNA 可上调卵巢癌细胞中E钙黏蛋白的表达,抑制卵巢癌细胞的运动和侵袭,为卵巢癌转移的基因治疗提供新的靶点.     

HMGA1在卵巢上皮性癌组织中的表达及临床意义

[目的1探讨高迁移率族蛋白A1（HMGAl）在卵巢上皮性癌中的表达及其临床茬义。[方法]应用RT—PCR技术和免疫组化法检测38例卵巢上皮性癌组织中及44例正伴卵巢组织中HMGAlmRNA和蛋白的表达情况。[结果]HMGAImRNA和蛋自在卵巢上咸性癌组织中的阳性表达率均明显高于正常卵巢组织（P〈0．01）。HMGAI蛋白在组织学分纫G3癌组织中的阳性表达率高于在G1、G2级（P〈0．05）,在有淋巴结转移、脉管浸润的癌组够中的阳性表达率高于无淋巴结转移、脉管浸润的癌组织（P〈0．05）。[结论]HMGAl在卯葬癌组织中呈高表达．高水平HMGA1表达与肿瘤组织学分级、淋巴结转移、脉管浸润等一署列导致较差预后的临床病理因素相关．提示HMGA1的表达不仅有助于卵巢癌的诊断,也有助于预后的判断。     

ALDH5A1在卵巢癌中的表达及其对细胞侵袭特性和预后的影响

目的探讨醛脱氢酶5A1(ALDH5A1)在卵巢癌组织中的表达、临床意义及其影响卵巢癌细胞侵袭转移的作用和分子机制。方法首先基于GEO数据库比较ALDH5A1在卵巢癌转移组织和原发灶的表达差异。然后通过转染小干扰RNA(siRNA)方式建立ALDH5A1表达下调的卵巢癌细胞株SKOV3,划痕实验和Transwell侵袭实验检测细胞迁移侵袭能力的变化。cBioPortal数据库描绘了ALDH5A1在卵巢癌细胞株和卵巢癌患者中的共表达基因谱。最后运用TCGA和GEO数据库分析ALDH5A1表达水平与卵巢癌预后的相关性,HPA数据库再次确认卵巢癌患者中ALDH5A1和MMPs的相对表达水平。结果相比于卵巢癌原发灶,转移组织中的ALDH5A1表达下调。细胞实验结果显示下调ALDH5A1表达可促进卵巢癌细胞株迁移和侵袭。富集分析发现ALDH5A1的共表达基因在细胞外基质(ECM)组织通路中显著富集,进一步通过数据库转录组数据验证ECM组织通路中发挥重要作用的基质金属蛋白酶(MMP)表达与ALDH5A1表达水平呈负相关,提示ALDH5A1可能通过ECM组织通路影响卵巢癌的转移和侵袭能力。生存分析结果提示ALDH5A1低表达的卵巢癌患者预后更差。结论ALDH5A1表达下调可能促进卵巢癌侵袭转移,且与预后不良相关。     

基于Oncomine数据库分析SNRPB基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:研究小核糖体核蛋白B（small nuclear ribonucleoprotein polypeptides B and B1,SNRPB)在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:运用Oncomine数据库搜索乳腺癌与SNRPB基因相关的数据,通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析SNRPB基因与乳腺癌患者预后的关系。结果:Oncomine数据库中SNRPB基因癌组织／正常组织表达量分析结果共有414个,在癌组织中显著高表达109个,低表达3个。其中13个分析结果显示SNRPB在乳腺癌组织(包括6个侵袭性乳腺癌分析结果)中显著高表达,低表达的分析结果为1个。运用Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示,高表达SNRPB的乳腺癌患者其总体生存率（OS）、无复发生存率（PFS）、无远处转移生存率（DMFS）显著低于低表达SNRPB的乳腺癌患者(P＜0.05)。结论:SNRPB基因在乳腺癌中高表达,可以作为有效的生物标志物预测乳腺癌患者转移的发生及判断预后,可为乳腺癌的靶向治疗提供依据。     

慢病毒介导ＲＮＡ干扰抑制脑胶质瘤细胞ＨＭＧＡ１表达对洛铂化疗敏感性的影响

目的：建立逆转录病毒介导入高迁移率族蛋白组Ａ１（ＨＭＧＡ１）基因ＲＮＡ干扰体外表达体系,并观察洛铂对脑胶质瘤细胞株ＳＨＧ-４４化疗敏感性的影响。方法：制备ＨＭＧＡ１ｓｉＲＮＡ慢病毒载体,ＰＣＲ筛选阳性克隆,测序鉴定;转染脑胶质瘤细胞株ＳＨＧ-４４后,ＲＴ-ＰＣＲ检测其对细胞ＨＭＧＡ１基因表达的影响;ＭＴＴ和克隆集落实验检测洛铂对阳性组和阴性组细胞生长、增殖的影响。结果：ＰＣＲ和测序证实,成功构建ＨＭＧＡ１ｓｉＲＮＡ的慢病毒载体;ＲＴ-ＰＣＲ证实阳性组细胞存在ＨＭＧＡ１基因表达下调;分别用不同浓度的洛铂处理两组细胞２４ｈ后,ＭＴＴ法和克隆集落实验显示阳性组细胞生长抑制率较阴性组细胞明显降低。结论：ＨＭＧＡ１ｓｉＲＮＡ能特异性下调脑胶质瘤细胞ＳＨＧ-４４中ＨＭＧＡ１的表达并抑制了其对洛铂的敏感性。     

miR-4465 通过靶向下调HMGA1的表达抑制肝细胞癌Hep3B细胞的恶性生物学行为

目的：探讨miR-4465 靶向高迁移率族蛋白A1（HMGA1）对肝细胞癌 Hep3B 细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。方法：收集2020 年5 月至2021 年9 月在皖南医学院第一附属医院确诊为肝细胞癌患者的16 对癌组织和癌旁组织样本,采用qPCR 分析miR-4465 在肝细胞癌组织和Hep3B、Huh7细胞中的表达情况,双荧光素酶报告基因实验验证miR-4465 与HMGA1的调控关系。按转染物的不同将 Hep3B 细胞分为 mimics-NC 组 、miR-4465-mimics 组、inhibitor-NC 组、miR-4465 inhibitor组、si-NC 组、si-HMGA1 组;另外分组转染mimics-NC+pcDNA-NC、miR-4465 mimics+pcDNA-NC 和miR-4465 mimics+pcDNA-HMGA1进行回复实验。采用qPCR和WB法检测各组细胞中HMGA1 mRNA和蛋白水平的变化,CCK-8法检测各组细胞增殖能力的变化,划痕实验检测各组细胞迁移能力的变化,Transwell 实验检测各组细胞侵袭能力的变化。结果：miR-4465 在肝细胞癌组织和细胞中的表达水平显著低于癌旁组织和正常肝细胞（P<0.05或P<0.001）。转染48 h后,过表达miR-4465 的Hep3B细胞增殖、迁移和侵袭能力均显著下降（P<0.05、P<0.01或P<0.001）;敲低miR-4465 后细胞的增殖、迁移和侵袭能力均明显升高（P<0.05、 P<0.01或P<0.001）。双荧光素酶报告实验验证了HMGA1-3''UTR 与miR-4465 的靶向结合关系,miR-4465 可以靶向下调HMGA1 mRNA 和蛋白质的表达（均P<0.01）。过表达HMGA1 能部分逆转过表达 miR-4465 对细胞增殖、迁移、侵袭的抑制作用及HMGA1 表达的抑制作用（均P<0.05）。结论：miR-4465 通过靶向下调HMGA1 在肝细胞癌Hep3B 细胞中的表达,从而抑制Hep3B细胞的恶性生物学行为。     

FN1在胃癌组织和细胞中的表达及意义

目的:研究纤维连接蛋白1（fibronectin-1,FN1）在胃癌组织和细胞中的表达,探讨其与预后的关系。方法:利用Oncomine数据库挖掘FN1在胃癌组织中的表达;实时荧光定量聚合酶链反应检测FN1在人胃癌细胞系中的表达;利用Kaplan-Meier Plotter分析FN1表达水平与胃癌预后的关系。结果:Oncomine 数据库分析FN1在多种肿瘤组织中表达增加,与胃正常组织相比,FN1在胃癌组织中表达增加,并具有统计学差异（P=1.41E-5)。FN1 mRNA在人胃癌细胞系SGC7901中表达水平增高,在胃癌组织中FN1蛋白表达增加。KM Plotter数据库分析结果显示FN1表达量与胃癌患者总体生存率存在相关性,即高表达FN1的患者总体生存率较差。结论:FN1在胃癌组织和细胞中的表达高于正常组织和细胞,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。     

沉默HMGB1 基因对裸鼠人上皮性卵巢癌移植瘤生长的抑制作用

目的：探讨高迁移率族蛋白B1（high mobility group box 1,HMGB1）基因对裸鼠人上皮性卵巢癌移植瘤生长的影响。方法：选取对数生长期的人上皮性卵巢癌细胞株SKOV3 细胞建立裸鼠人上皮性卵巢癌移植瘤模型,将造模成功的裸鼠随机分成对照组和HMGB1-siRNA 组,分别在接种细胞后第7、9、11、14、16 天于荷瘤鼠腋下注射等量的生理盐水和HMGB1-siRNA。3 周后颈椎脱臼法处死裸鼠、分离肿瘤组织,测量肿瘤的体积并绘制肿瘤生长曲线,以Tunel 染色法检测移植瘤细胞的凋亡情况,Western blotting 检测移植瘤组织中HMGB1、STAT3、p-STAT3 的表达水平,免疫组化染色技术检测移植瘤组织中VEGF-A的表达和微血管形成情况。结果：与对照组相比,HMGB1-siRNA组的肿瘤体积增长速度减缓,第21 天起HMGB1-siRNA组的肿瘤体积显著小于对照组（P<0.05）;HMGB1-siRNA 成功敲降了移植瘤组织细胞中HMGB1 mRNA的表达,移植瘤组织中HMGB1-siRNA组的细胞凋亡率较对照组显著升高[ （34±8）% vs（6±2）%,P=0.04],HMGB1 和p-STAT3 表达显著降低（P<0.05）,VEGF-A表达和微血管数均显著低于对照组（均P<0.05）。结论：敲降HMGB1 基因可能通过抑制HMGB1/STAT3 信号通路降低VEGF-A的表达和微血管形成,从而促进肿瘤组织细胞凋亡和减缓移植瘤生长。     

基于公共数据库分析NAT2基因在结肠癌组织中的表达及其与预后的相关性

目的:探讨N-乙酰化转移酶2（NAT2）基因在结肠癌组织中的表达及其与预后的相关性。方法:下载公共数据库中（Oncomine和TCGA）有关NAT2基因表达的数据集,利用在线平台进行数据挖掘,然后对NAT2在结肠癌中的作用进行荟萃分析。结果:Oncomine中检索到涉及NAT2基因的研究包含结肠癌446例和正常组织200例,TCGA中检索到涉及NAT2基因的研究包含结肠癌286例和正常组织41例。与正常结肠组织相比,在结肠癌中NAT2 mRNA的表达量显著降低（P＜0.01）。另外,免疫组化结果表明NAT2 在正常组织中呈较强或中等表达,而在结肠癌组织中则表达较弱或呈阴性。通过分析结肠癌患者的生存信息发现,NAT2基因低表达患者有着更高的死亡率,而高表达NAT2的患者则预后较好（P＜0.05）。结论:在结肠癌中,NAT2基因和蛋白均呈现低表达,并与结肠癌预后相关,有望发展为结肠癌新的诊断和治疗靶点。     

LINC00519通过miR-876-3p/HMGA1轴调控胃癌细胞的增殖、凋亡、迁移和侵袭

目的:探讨长基因间非编码RNA 00519(long intergene non-coding RNA 00519,LINC00519)调控miR-876-3p/高迁移率家族蛋白A1(high mobility group protein A1,HMGA1)轴在胃癌HGC-27细胞的增殖、凋亡、迁移和侵袭中的作用.方法...