乙型脑炎病毒微滴式数字 PCR检测方法的建立及初步应用

目的 建立微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,用于乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)的核酸检测。方法 设计特异性扩增JEV的引物探针并优化条件建立ddPCR检测方法,检测其他病毒核酸,观察有无交叉反应判断其特异性。用实时荧光定量PCR(qPCR)与ddPCR法分别对梯度稀释后JEV体外转录核酸进行检测以评价方法的敏感性;用不同浓度的病毒核酸进行独立重复实验以评价方法的重复性;用乙型脑炎IgM抗体阳性标本评价临床标本,健康人血清用于阴性验证。结果 本法检测与其他病毒核酸无交叉反应;RT-qPCR和RT-ddPCR方法对JEV的最低检出限分别为10⁰和10^-1,对应分别为6.73 copies/μL和0.75 copies/μL;各浓度检测拷贝数变异系数均在2.0%以下,检出率为100.0%;12份乙型脑炎IgM抗体阳性标本中检出7份阳性(58.3%),健康人血清的阴性率为100.0%。结论 本研究建立的RT-ddPCR检测JEV方法有较好的特异性、敏感性、重复性和临床标本适应性,可作为乙型脑炎病...     

含胍盐灭活保存管在2019新型冠状病毒实时荧光PCR检测中的应用

目的探讨含胍盐病毒灭活保存管对提高2019新型冠状病毒核酸检测安全性和准确性的作用。 方法以2020年2月广州市妇女儿童医疗中心4例确诊患儿的10份经本院新型冠状病毒核酸检测结果为阳性的标本作为研究对象,分别使用含胍盐灭活保存管和某品牌病原运送管的保存液洗脱后分装,在室温条件下分别放置12 h、24 h和48 h,然后转至-80℃冰箱保存至检测。比较两组样本qPCR结果,并进行统计学分析。 结果同样病毒量放入两种不同的取材管处理,立即进行qPCR,含胍盐的灭活管核酸检出量更高。在病毒高载量标本中,两种取材管在不同时间段的检测结果相关性较高,灭活保存管的CT值更小,室温放置24 h后,结果差异均具有统计学意义（P<0.05）;在病毒载量中等的标本中,两种取材的测量结果差异不具有统计学意义（P>0.05）,但测量结果均随时间变化而变化,病毒灭活保存管组扩增曲线更早出现,CT值更小;当检测病毒低载量样本时,两组扩增结果有较大的差异（24 h后P<0.01）,灭活保存管在放置时间24 h内均能检测出阳性结果,而病原运送管结果不稳定,仅在较短放置时间内能够检测出阳性结果。灭活保存管组的检出率要比病原运送管组的高,三个基因靶点检测的重复性更好,显示具有更强的病毒核酸的保存能力。 结论在冠状病毒核酸检测采样时,使用含胍盐的病毒灭活保存取材管,一方面可以在取材后立即灭活病毒,大大降低实验室暴露感染的危险,并能实现样本的室温保存和运输,减低转运成本,利于基层单位的送检,另一方面,能维持病毒核酸的稳定性,使低拷贝数的病毒更容易被检出,减少假阴性,对保证新型冠状病毒核酸检测的准确性有积极意义。     

新型冠状病毒实验室核酸检测方法及实践

目的研究新型冠状病毒(2019-nCoV)实验室核酸检测的原理方法,探讨实时荧光定量PCR方法在新型冠状病毒实验室检测中的价值与实验室注意事项。方法采用实时荧光定量PCR方法检测2020年1月23日-2020年2月2日就诊于解放军总医院海南医院发热门诊的患者以及筛查的湖北旅居者的咽拭子,采用实时荧光定量PCR的方法检测新型冠状病毒开放读码框1ab(ORF1ab)、核壳蛋白(N)基因。结果共检测的3 824例标本中,阳性病例35例,阳性率0.91%。结论疫情期间对发热门诊患者及湖北旅居者进行2019-nCoV核酸筛查是非常有必要的,实时荧光定量PCR是一种检测2019-nCoV科学可靠的方法,能快速准确地检测待检标本中的2019-nCoV核酸,对监测和控制疫情有重要意义。     

实时荧光定量PCR检测特殊人群中HCV-RNA的研究

[目的]探讨HCV在特殊人群中的流行和干扰素治疗效果对HCV-RNA含量的影响。[方法]收集223份抗-HCV阳性血清并跟踪观察和用荧光定量实时荧光定量PCR法检测HCV-RNA的含量。[结果]在141份抗-HCV阳性血清中,58份实时荧光定量PCR阳性,阳性符合率为41.13%,在86份有输血史患者中39份实时荧光定量PCR阳性,阳性率为45.35%,17份有家族遗传史患者中11份实时荧光定量PCR阳性符合率为64.70%。在38例不明原因感染者中有8份实时荧光定量PCR阳性,阳性率为21.05%（χ^2=16.21Р=0.000）。58例实时荧光定量PCR阳性的病人经治疗两年后,39份有输血史患者,转阴24例,转阴率61.53%。11份有家族遗传史患者中6例转阴,转阴率54.54%。在8例不明原因感染者中有5例转阴,转阴率62.24%。[结论]不同的传染途径在RNA的含量和治疗的预后有差异。     

乙型脑炎病毒微滴式数字PCR检测方法的建立

目的 建立乙型脑炎病毒微滴式数字PCR (droplet digital PCR,ddPCR)检测方法.方法 根据乙型脑炎病毒基因的NS3序列设计特异性引物和TaqMan探针,用于ddPCR和实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR).优化ddPCR的退火温度、引物和探针浓度后,比较ddPCR和qPCR灵敏度和重复性,并用多种虫媒病毒进行特异性验证.结果 该方法特异性良好,灵敏度可以达到16.1 copies/μL,重复性良好.结论 本研究建立的ddRT-PCR能够高度敏感地检测乙型脑炎病毒核酸,将该方法用于临床乙型脑炎病毒感染的检测,可提高检测的准确性.     

实时荧光定量PCR在流感病毒核酸检测中的应用

目的探讨实时荧光定量PCR在流感病毒核酸检测中的应用效果。方法选取2009年9月—2013年12月在我州采集的流感样病例咽拭子2489件进行分析,采用实时荧光定量PCR对流感病毒核酸进行检测,观察检测阳性率和阳性样本的类型,以分析流感的流行趋势。结果 2009年9月—2013年12月共检出流感病毒核酸阳性676件,检测阳性率为27.16%;其中甲型H1N1病毒472件,占69.82%;季节性甲3亚型病毒126件,占7.54%;季节性甲1型病毒21件,占3.11%;乙型病毒6件,占0.89%;各类型流感病毒发生率之间差异具有统计学意义（P〈0.05）。每年6-9月甲型H1N1病毒流感呈上升趋势,在10-11月达到高峰期;6-9月以季节性甲3亚型病毒为主要流行病株,10-11月甲型H1N1病毒成为主要流行病株。结论实时荧光定量PCR是一种科学有效的检测方法,可对流感病毒核酸进行快速、准确的检测,分析流感病毒的流行规律,有效预防突发公共卫生事件的发生。     

一种通用型肠道病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及应用

目的 建立一种肠道病毒通用型微滴式数字PCR（ddPCR）的定量检测方法,以实现肠道病毒的量化检测。方法 利用肠道病毒标准品对ddPCR反应中的探针浓度、退火温度进行优化,并确定ddPCR的检测范围。利用已优化好的反应条件对28份临床样本进行病毒载量检测。结果 本研究确定ddPCR的最佳探针浓度为0.4 μmol/L,退火温度为51.0 ℃,核酸检测范围为3.02~3.59×10⁶ copies/μL,检出限为3.02 copies/μL。ddPCR方法线性相关系数为0.993 8,呈良好的线性关系。结论 本研究建立基于ddPCR肠道通用型的定量方法,可有效地对临床样本中不同血清型的肠道病毒临床样本进行拷贝数定量分析,为临床研究病毒载量的测定提供一种技术。     

实时荧光定量RT-PCR对新型冠状病毒3种不同生物学样本检出率的比较

目的用实时荧光定量RT-PCR(Real-time RT-PCR)方法对新型冠状病毒肺炎患者的鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液标本进行病毒核酸检测,并比较其检出率。方法采用成都市公共卫生临床医疗中心确诊的处于病程前期的新型冠状病毒患者的鼻咽试子样本(242份)、粪便样本(78份)、痰液标本(230份),其中包括同一时间采集患者的两种不同生物学样本(55份)和同一时间采集患者三种不同生物学样本(44份),均应用Real-time RT-PCR方法对病毒核酸进行检测,比较3种标本单独和联检的阳性检出率。结果鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液样本中SARS-CoV-2核酸阳性检出率分别为32.64%、39.74%和68.26%,差异有统计学意义(P<0.05)。三种样本类型联合检测的总阳性率(95.45%)大于两种样本联合。结论本研究中三种生物学样本单独检测阳性率以痰液检出率最高,粪便样本次之,鼻咽拭子样本最低,三种样本联合检测将大大提高COVID-19的检出率,为COVID-19实验室检测样本的选择和提高核酸检出率提供参考。     

实时荧光定量PCR检测胃癌组织Twist基因的结果分析

目的分析实时荧光定量PCR检测胃癌组织Twist基因的临床意义。方法用实时荧光定量PCR的方法检测正常胃黏膜、胃癌原发灶、胃癌转移灶组织中TwistmRNA的表达含量。并以Twist基因和18stRNA含量的比值作为评价Twist表达水平的指标,组间进行配对t检验。结果Twist／18stRNA（10g比值）正常组为0．139±0．003;原发组为0．304±0．046;转移组为0．654±0．015。原发性胃癌组织及转移组织中Twist基因表达水平与正常胃黏膜组织比较,差异有统计学意义（P〈0．05）;转移组与原发组比较,差异有统计学意义（P〈0．05）。结论Twist基因在正常胃黏膜组织中表达量较低,在胃癌及其转移组织中表达水平较高,而且Twist基因的表达水平与胃癌转移程度存在一定相关性。可以辅助诊断和观察胃癌术后疗效。     

荧光实时定量PCR法检测流感病毒核酸的质控效果分析

目的:探究流感病毒核酸检测中采用荧光实时定量PCR法的质控效果分析.方法:于2017年3月～2018年3月,选取本院收治的流感病例576例,全部患者都借助实时荧光定量P C R法检测流感病毒核酸,并对阳性率与阳性样本类型进行检测与总结.结果:全部病例576例经流感病毒核酸检测有136例呈阳性,阳性率23.61％;所有阳...     

某再生资源利用企业3人溺亡事故调查

正2015年7月,某再生资源利用企业1名作业人员进入反应池内收集移除填料时不慎坠入池中,另2名作业人员在现场情况不明的条件下盲目施救,造成3人相继昏迷,经送医院抢救无效死亡。现报告如下。1事故经过2015年7月29日上午8时许,某再生资源利用企业分管生产副总经理上班后先打开了给车间内各反应池通风的罗茨阀,并打开各反应池内的通风开关。随后分派4人清理2个好     

胶体金法与荧光免疫层析法检测新型冠状病毒特异性IgM和IgG的比较分析

目的 对胶体金法与荧光免疫层析法检测新型冠状病毒(简称新冠病毒)特异性IgM和IgG的结果进行比较分析,探讨抗体产生规律及特征.方法 用胶体金法和荧光免疫层析法两种方法对28例新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)患者87份血液样本和对照组42份血液样本(经核酸检测排除感染新冠病毒)同时检测新冠病毒特异性IgM和IgG,并对...     

新型冠状病毒感染者核酸和抗体检测结果分析

目的了解新型冠状病毒(novel coronavirus 2019,2019-nCoV)感染者不同时期、不同类型标本中病毒核酸和抗体的检测情况,为完善新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)诊疗和防控方案提供科学依据.方法2020年2月26-27曰采集娄底市71例新冠肺炎确诊病例和25例无症状感染者的粪便、血液和咽拭子,应用R...     

数字PCR和荧光定量PCR诊断急性期布鲁菌病的灵敏度比较初步研究

目的　建立用于布鲁菌检测的数字PCR技术,初步用小样本开展研究,比较数字PCR和荧光定量PCR的灵敏度差异,验证数字PCR作为急性期布鲁菌病诊断技术的可行性。方法　选取符合我国急性期布鲁菌病诊断标准的20例患者的血清标本,分别用数字PCR和荧光定量PCR技术进行检测,初步比较2者在急性期布鲁菌病诊断中的灵敏度差异,并分析差异原因。结果　20例急性期布鲁菌病患者血清样本中,数字PCR检测阳性20例,荧光定量PCR检测阳性0例。结论　初步证实在急性期布鲁菌病患者血清标本检测中,数字PCR检测灵敏度高于荧光定量PCR,有良好的临床应用前景,但也存在一定局限性,尚须进一步扩大样本完成实验诊断技术临床研究,并进行多实验室验证。     

腺病毒荧光定量PCR快速检测方法建立

目的 建立腺病毒双链嵌合荧光染色(SYBR Green)实时定量PCR快速检测方法,用于腺病毒感染的早期诊断及病毒核酸定量分析.方法 建立并优化SYBR Green荧光定量PCR反应体系和反应条件,评价该方法的特异性、灵敏度和重复性,同时进行熔解益线分析,构建定量分析模型,并对84份临床样本进行检测.结果 该方法与其他呼吸道病毒无交叉反应,检测灵敏度10~2拷贝/μL,熔解曲线显示单一的峰,熔解温度为(84.9±0.1)℃,临床样本检测阳性率达30.95%.结论 建立了快速、敏感、特异的腺病毒SYSR Green荧光定量PCR检测方法,适用于腺病毒的早期快速诊断.     

实时荧光定量PCR快速鉴定短乳杆菌

目的:建立鉴定短乳杆菌的实时荧光定量PCR法。方法:根据GanBank登录的乳酸杆菌序列,以gyrB基因为靶目标设计引物和探针,对啤酒中分离到的6株乳酸杆菌进行实验,并对其中一个短乳杆菌样本作定量检测。结果:实时荧光定量PCR对短乳杆菌可产生特异扩增信号,对其他乳酸杆菌无响应。标准曲线的相关系数为0.97739,测得短乳杆菌样本浓度为15635拷贝/m l。结论:实时荧光定量PCR是一种快速、特异、灵敏检测短乳杆菌的方法。     

结核分枝杆菌荧光定量PCR检测方法建立

目的 探讨结核分枝杆菌实时定量检测方法并进行评价.方法针对结核杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)16S rDNA基因设计引物,应用SYBR Green I建立荧光定量PCR( FQ-PCR)反应体系;提取Mtb基因组DNA,PCR扩增16S rDNA片段,构建重组质粒pMD-TB16S;检测11份肺结核患者痰标本;以甲型链球菌、大肠杆菌等基因组DNA作对照,检验方法特异性,对同一份Mtb DNA模板进行批内和批间检测,计算变异系数(CV).结果靶向Mtb 16S rDNA基因引物能够特异扩增Mtb 16S rDNA基因,对照组细菌基因未见扩增,灵敏度为(Mtb基因组DNA) 1.2 pg/μL,即(38.9 +3.54)拷贝/μL的16S rDNA基因,批内和批间Ct值变异系数分别为0.27％和1.26％.结论以16S rDNA为靶基因的FQ-PCR技术,能够对Mtb进行快速、敏感而特异的定量检测.     

ELISA法与胶体金法在检测新型冠状病毒血清抗体中的应用探讨

目的 探讨酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法与胶体金法检测新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)血清抗体的诊断价值。方法 选取湖南省新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎,COVID-19)确诊病例88例作为病例组,51例核酸检测阴性者作为对照组。采集研究对象血标本,采用ELISA法和胶体金法对所采集标本进行抗体检测,比较两种方法检出率差异;以核酸检测结果作为金标准,评估ELISA法和胶体金法的检验效能。结果 本研究结果显示,ELISA法和胶体金法检测2019-nCoV IgM 检出率均为20.97%,2019-nCoV IgG检出率分别为 43.55%、35.48%。不同采样时间ELISA法和胶体金法检测2019-nCoVIgM 检出率差异无统计学意义(均P>0.05)。发病-采样时间间隔≤7 d时,两种检测方法对2019-nCoV IgG检测结果差异有统计学意义(χ²=5.55,P=0.02),ELISA检出率(26.47%)高于胶体金法(5.71%)。通过对比不同发病-采样间隔发现,无论是ELISA法还是胶体金法,在一定时间内,间隔时间越长,2019-nCoV IgM和IgG检出率越高。以核酸检测结果为金标准,检测 IgG和IgM时,ELISA法和胶体金法的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值差异均无统计学意义。结论 ELISA法与胶体金法检验效能相当,两者特异度高,但灵敏度上都存在局限性,不建议用于筛查,可以作为确诊的补充诊断手段或应用于聚集性疫情溯源。     

实时荧光定量PCR技术在疫情和食物中毒检测中的应用

实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）技术是一种日益成熟的生物体核酸检测技术,由于其具有快速、特异、敏感、定量、安全、操作简便等特点,在医学诊断、卫生防疫等领域中得到广泛的应用。目前,针对常见疫情和食物中毒中的病源微生物,已设计和开发了相应的特异性引物及探针,可以对这些微生物进行快速检测,从而提高了政府及相关部门应对和解决突发公共卫生事件的能力。     

基于AllGlo探针的双重实时荧光定量PCR法检测高危型人乳头瘤病毒HPV16/18

目的建立基于AllGlo探针的双重实时荧光定量PCR检测高危型人乳头瘤病毒HPV16/18的方法。方法针对HPV16/18病毒基因组保守序列,设计引物和AllGlo探针,建立双重荧光定量PCR检测方法,评价其敏感性、特异性和稳定性,并与传统HC2方法比较。结果成功建立了双重实时荧光定量PCR检测HPV16/18的方法,检测限均为10copies/μL,敏感性和特异性均为100%。应用该方法检测160份宫颈肿瘤患者样本,与传统HC2法结果一致性为100%。结论该研究建立的快速、准确、可同时检测HPV16/18的双重实时荧光定量PCR法,具有较高的敏感性、特异性和稳定性,操作简单,可用于HPV16/18的临床筛查和诊断。