应用基因芯片研究肝细胞癌组织差异基因表达谱

目的：应用基因芯片技术研究原发性肝细胞癌组织中的差异基因表达谱改变，以寻找肝细胞癌相关基因。方法：抽提正常肝组织和肝癌组织中的mRNA来制备探针，经杂交、洗涤后，通过计算机扫描分析正常肝组织和肝癌组织基因表达谱的差异情况。结果：在10000个候选基因中，筛选出102条差异表达基因，表达上调的有42条，表达下调的有60条。未知基因12条。结论：基于DNA微阵矩技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肝癌发生发展相关的基因。     

应用基因芯片对人肝纤维化相关基因的筛查

目的:筛查肝纤维化组织相关基因,探讨肝纤维化发生机制.方法:抽提肝纤维化组织和正常肝组织总RNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机扫描分析肝纤维化组织和正常肝组织基因表达谱的差异情况,并用实时荧光定量PCR技术对其中部分差异基因的表达水平变化进行验证.结果: 筛选出差异表达的基因68个,其中肝纤维化组织中表达上调的基因35个,表达下调的基因33个,这些基因按照功能可以分为调控细胞信号转导、DNA损伤与修复、转录调控因子、代谢相关基因以及未知功能基因.与正常肝组织比较,肝纤维化组织中C/EBPβ mRNA表达下调(22.02±4.82 vs 59.13±8.21,P<0.01),MMP-14 mRNA表达上调(257.33±26.58 vs 21.65±4.37,P<0.01),结果与基因芯片一致.结论:多种基因参与肝纤维化的形成过程,肝纤维化组织与正常肝组织之间存在有明显的基因表达差异.     

应用基因芯片技术筛选肝硬化相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝硬化相关基因群表达中的作用.方法:按TRIzol法抽提肝硬化及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖18 400个转录本,代表14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较二种组织基因表达谱差异.结果:2例肝硬化组织与正常肝脏组织相比,有1424条基因(9.82%)共同表达差异,其中共同上调基因980条和共同下调基因444条.对1424条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与肝硬化的发病机制存在相关性.结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出肝硬化表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识肝硬化的发病机制.     

基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用

目的：探讨基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌组织和癌旁正常组织基因表达谱差异的可行性。方法应用Agilent公司生产的包含27958条DNA的基因芯片检测4例胰腺癌患者胰腺癌组织和癌旁正常组织的基因表达谱,筛选差异表达基因,并用半定量RT-PCR法检测差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3表达情况。结果共筛选出46条基因表达谱差异基因,其中26条表达上调、20条表达下调。差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3的表达情况与基因表达谱芯片检测结果一致。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌组织差异表达相关基因,为胰腺癌分子标志物研究提供了可靠依据。     

肝癌发生过程中的差异基因表达

目的:应用寡核苷酸芯片研究正常肝脏、慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌的基因表达谱,筛选肝癌相关基因.方法:分别对正常肝组织及肝炎、肝硬化和肝癌组织进行总RNA抽提并纯化,反转录得到cDNA,生物素标记cRNA探针,分别与含有19378个已知基因的寡核苷酸芯片进行杂交,Gene Scanner 3000激光系统扫描,GenePix Pro3.0分析软件读取处理杂交信号.结果:在慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌组织中,筛选出共同差异表达基因81个,其中持续上调表达基因53个,持续下调表达基因数28个.结论:寡核苷酸基因表达谱芯片能够快速筛选出肝癌相关基因,有多种基因共同参与肝癌发生的整个过程.     

基因芯片在肝细胞癌相关基因筛选中的初步研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌相关基因群表达中的作用。方法采用美国Affymetrix公司的U133A2．0基因表达谱芯片，按一步法抽提肝细胞癌及正常肝脏组织总RNA，分离纯化两种组织的mRNA；经逆转录合成掺人生物素标记的cDNA合成探针，与芯片杂交和严格洗片后，用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像，分析肝细胞癌及正常肝组织中差异表达的基因。结果在18400条基因中，肝细胞癌组织与正常肝脏组织间有2756条（14．98％）存在差异表达的基因，其中上调基因1772条和下调基因984条，对2756条差异表达基因作了初步功能分类，这些基因与肝细胞癌的发病机制存在相关性。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群，对其进一步研究有助于认识肝细胞癌的发病机制。     

移植雄性骨髓的雌性小鼠肝组织肝再生相关基因的信号通路

目的:探讨骨髓形成肝细胞的分子机制.方法:采用移植♂骨髓的♀小鼠模型,♀Balb/c小鼠随机分为模型组和正常对照组,选用小鼠基因表达谱寡核苷酸芯片,利用反转录酶合成掺有荧光标记的cDNA探针,将探针与基因表达谱芯片杂交观察小鼠肝组织基因表达谱的变化,筛选样本之间杂交信号比值有差异表达的基因.采用生物信息学方法分析模型组中小鼠肝组织再生相关基因的信号通路变化规律.结果:♀小鼠在移植♂骨髓6 mo后肝组织的基因表达谱显著不同,对照组相对于正常组的差异表达基因有865条,已知功能基因有447条,其中上调基因92条,下调基因355条.与肝再生相关基因信号通路涉及HGF,TGF-β,Focal Adhesion,JAK-Stat,VEGF等信号通路,他们相关基因的上调表达促进肝细胞的增殖分化.TGF-β信号通路中相关基因下调,抑制信号通路的激活,减弱肝再生的负性作用,利于肝细胞的增殖分化.结论:♀小鼠移植♂骨髓后的肝组织基因表达谱显著变化,有可能通过其肝再生相关基因的信号通路激活或抑制调节肝再生.     

微阵列预测分析法筛选乙型肝炎肝硬化发生的风险基因

目的采用基因芯片技术筛选预测乙型肝炎肝硬化发生的风险基因。方法收集2008年4月-2010年12月于上海交通大学附属第一人民医院就诊的慢性乙型肝炎(CHB)患者40例,建立蕊片筛选风险基因队列(分为5组:S0、S1、S2、S3、S4;每组8例),肝活组织病理学检查确定肝纤维化分期(以Scheuer病理评分为标准),另留取临床资料和肝组织样本。采用人Affymetrix基因芯片技术检测CHB患者肝组织的基因表达谱,微阵列显著分析(SAM)和微阵列预测分析(PAM)筛选预测肝硬化发生的风险基因组。实时定量PCR验证风险基因mRNA在肝组织中的表达情况。分类资料采用χ2检验进行比较;符合正态分布的连续变量比较采用t检验和单因素方差分析,进一步两两比较采用SNK-q检验;不满足正态分布的采用Mann-Whitney U秩和检验。结果Affymetrix基因芯片共筛选出1674个差异表达基因,差异基因聚类分析显示肝纤维化分期不同,组间的基因表达也存在差异,从而提示基因表达谱与组织纤维化分期存在较好的一致性。以4种不同的分类法分析,SAM筛选出87个显著基因,进而采用PAM筛选出14个"高风险"基因。实时定量PCR验证得出6个风险基因(CD24、CXCL6、EHF、ITGBL1、LUM和SOX9)在各组间的(S0、S1~S3和S4)的表达差异存在统计学意义(P0.05),其在S1~S3组和S4组中的表达较S0组均显著上调(P值均0.05)。结论基因芯片分析方法筛选并验证出的6个高风险基因有助于预测CHB患者有无肝硬化发生的可能性,可以作为预测乙型肝炎肝硬化发生的诊断基因。     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌(HCC)相关基因群表达中的作用。方法:TRIzol法抽提2例HCC及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA;逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖了18400个转录本,代表了14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较2种组织基因表达谱差异。结果:2例HCC组织与正常肝脏组织相比,有2756条基因(19.01%)共同表达差异,其中共同上调基因1772条和共同下调基因984条,对2756条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与HCC的发病机制存在相关性。结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出HCC表达异常的相关基因群,有助于认识肝癌的发病机制。     

基因表达谱芯片技术筛选HBV DNA多聚酶RNase H反式调节基因

目的:应用基因表达谱芯片(基因芯片)技术,检测乙型肝炎病毒DNA聚合酶RNase H结构域蛋白(HBV DNA P-RNase H, RNase H)的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明RNase H对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能.方法:以常规的分子生物学技术构建真核表达载体pcDNA 3.1(-)-RNase H,以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA 3.1(-)的HepG2细胞进行cDNA芯片分析.结果:RNase H表达质粒转染的细胞有222条差异表达基因,其中113条基因表达水平上调,109条基因表达水平下调.结论:应用基因芯片成功筛选了RNase H转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明RNase H的反式激活作用及免疫调节机制提供了新的依据.     

应用基因芯片技术筛选大鼠再生肝中差异表达基因

目的应用基因芯片技术筛选大鼠再生肝中差异表达基因,为探讨急性肝功能衰竭的发病机制提供基础。方法雄性SD大鼠行95％肝部分切除术,用含1176个基因的大鼠尼龙膜微阵列筛选大鼠再生肝组织中差异表达的基因。RT—PCR随机验证若干差异表达基因在微阵列中的表达。结果再生肝组织有138个基因明显较对照组织表达高,它们主要是生长因子基因、核受体基因、核糖体蛋白基因、应急反应蛋白基因、细胞周期调节基因、神经递质基因等;下调基因共50个,主要为代谢酶基因、激素受体基因及表面抗原基因等。结论cDNA微阵列技术有助于研究急性肝功能衰竭的发病机制,并提供诊断和治疗的潜在靶点。     

Modulation of GdCl3 and Angelica sinensis polysaccharides on differentially expressed genes in liver of hepatic immunological injury mice by cDNA microarray

AIM: To study the modulating effect of GdCl(3) and Angelica Sinensis polysaccharides (ASP) on differentially expressed genes in liver of hepatic immunological mice by cDNA microarray. METHODS: Hepatic immunological injury was induced by lipopolysaccharide (LPS ip, 0.2 mg/kg(-1)) in bacillus calmetteguerin (BCG ip, 1 mg/kg(-1)) primed mice; A single dose of 20 mg/kg(-1) GdCl(3) was simultaneously pretreated and 30 mg/kg(-1) ASP (ig, qdX7 d) was administrated when the BCG+LPS was primed. The mice were sacrificed at the end of the 7(th) day after ip LPS for 6 h and the liver was removed quickly. The PCR products of 512 genes were spotted onto a chemical material-coated glass plate in array. The DNAs were fixed to the glass plate after series of treatments. The total RNAs were isolated from the liver tissue, and were purified to mRNAs by Oligotex. Both mRNAs from the normal liver tissue and the liver tissue from the mice with hepatic immunological injury or that pretreated with GdCl(3) or ASP were reversely transcribed to cDNAs with the incorporation of fluorescent dUTP to prepare the hybridization probes. The mixed probes were hybridized to the cDNA microarray. After high-stringent washing, the cDNA microarray was scanned for fluorescent signals and showed differences between the two tissues. RESULTS: Among the 512 target genes, 18 differed in liver tissue of hepatic immunological injury mice, and 6 differed in those pretreated by ASP, 7 differed in those pretreated by GdCl(3). CONCLUSION: cDNA microarray technique is effective in screening the differentially expressed genes between two different kinds of tissue. Further analysis of those obtained genes will be helpful to understand the molecular mechanism of hepatic immunological injury and to study the intervention of drug. Both ASP and GdCl(3) can decrease the number of the differentially expressed genes in liver tissue of mice with hepatic immunological injury.     

Differential expression genes analyzed by cDNA array in the regulation of rat hepatic fibrogenesis.

PURPOSE: To analyze the gene expression pattern in rat hepatic fibrogenesis and further assess the role of some key genes during the pathological process. METHODS: Hepatic fibrosis was induced by intraperitoneal injection of dimethylnitrosamine or carbon tetrachloride (CCl(4)) injection subcutaneously in rats, and identification of the hepatic fibrosis related genes with cDNA microarray was performed. After some key genes up-regulated during the development of hepatic fibrosis were screened and confirmed, their effects on the function of the activated rat hepatic stellate cells (HSC) were assessed using the small interfering RNA (siRNA) technique. RESULTS: Using an Atlas rat cDNA array, a number of differentially expressed genes in fibrotic liver tissues were identified compared with non-diseased control. A total of 15 genes predominantly associated with the mitogen-activated protein kinase (MAPK) signal transduction pathway were upregulated in the fibrotic liver. Immunohistochemical study revealed that the expressions of both extracellular signal-regulated kinases (ERK) and ribosomal protein S6 kinase (RSK), two of the key genes in the MAPK pathway, were remarkably induced, which was closely correlated to that of collagen types I and III during the development of hepatic fibrosis. Transfection of siRNA targeting ERK1 mRNA (siERK1) into HSC led to a 66% and 72% reduction of ERK1 mRNA and protein expression, respectively. Furthermore, siERK1 exerted the inhibition of the proliferation of HSC, accompanied by the induction of HSC apoptosis and reduction of collagen types I and III. In addition, siERK1 abolished the effect of platelet-derived growth factor-BB on the proliferation of HSC. CONCLUSIONS: The present study provided strong evidence for the participation of the MAPK pathway in the pathogenesis of hepatic fibrosis. Selective targeting of ERK1 inhibitors to HSC might present as a novel strategy for the treatment of hepatic fibrosis.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.