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相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 203 毫秒
1.
目的 通过生物信息学分析高低峰值骨量人群生物标志物的差异,并验证其在骨质疏松症中的诊疗价值。方法 从GEO数据库获取高低峰值骨量人群基因表达数据集(GSE7158),利用R语言进行基因差异表达分析,然后进行差异基因GO功能注释和KEGG通路富集分析。利用STRING数据库获取差异基因蛋白互作网络,利用Cytoscape中的CytoHubba插件及R语言筛选得到关键基因及关键基因互作网络。最后,验证关键基因在骨质疏松症中的表达及诊疗价值。结果 共筛选得到高低峰值骨量人群差异表达基因182个,包括73个下调和109个上调基因。KEGG通路分析中破骨细胞分化通路、PI3K-AKT信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路和铁死亡信号通路值得关注。PPI网络分析得到11个关键基因:MCM7、BUB3、RBBP7、GNG2、FSHR、PCNA、CCR5、CDK16、SRSF7、NPM1和CPSF6;进一步验证分析发现CCR5、CDK16、RBBP7和SRSF7和骨质疏松症密切相关。结论 研究发现CCR5、CDK16、RBBP7和SRSF7可能与骨质疏松症的发病密切相关,可能成为早期筛选骨质疏松症高风险人群的生物标志物,对骨质疏松症的防治发挥重要作用,为后续进一步实验研究及临床治疗提供了有效依据。  相似文献   

2.
目的:探索颈椎后纵韧带骨化症(OPLL)肥胖相关基因及其功能特征。方法:从高通量基因表达(GEO)数据库中下载颈椎OPLL相关的转录组数据集GSE69787,与Gene数据库中肥胖相关基因进行筛选,获得颈椎OPLL肥胖相关差异表达基因(DEGs)。使用DAVID软件和R软件对肥胖相关DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,应用Cytoscape软件将数据可视化,并通过cytoHubba工具包计算得到中心基因。采用实时定量PCR(qRT-PCR)检测中心基因在颈椎后纵韧带组织中的表达水平。结果:通过GSE69787数据集与肥胖相关基因筛选得到24个颈椎OPLL肥胖相关DEGs,构建并计算这24个肥胖相关DEGs的蛋白质相互作用网络,最终筛选出10个中心基因。GO/KEGG富集分析结果显示这10个肥胖相关DEGs主要富集于蛋白激酶B信号通路及其调控、骨化、炎症反应调控、骨矿化及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等生物学过程和生物信号通路。最后通过qRT-PCR验证发现LEP、IGF2、IL18、BMP2和LOX在颈椎OPLL组韧带组织中高表达(P...  相似文献   

3.
目的基于生物信息学探讨骨质疏松症与2型糖尿病的关系。方法通过五大疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、KEGG数据库)和分析平台(DAVID数据库)对骨质疏松症和2型糖尿病的相关基因进行分析筛选,并对筛选结果进行基因富集分析以及KEGG通路分析。结果通过五大疾病数据库及相关文献筛选分别选出与骨质疏松症和2型糖尿病相关基因336个和316个,并将数据导入DAVID数据库进行基因富集分析以及KEGG通路分析,结果骨质疏松症与2型糖尿病相关通路集中在PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、AMPK信号通路、Rap1信号通路、Jak-STAT信号通路、Ras信号通路、NF-kappa B信号通路、T细胞信号通路、TNF信号通路、VEGF信号通路、脂肪细胞因子信号通路、fc-εri信号通路。结论骨质疏松症与2型糖尿病均是涵盖众多差异表达基因的复杂代谢性疾病,两种疾病均存在庞大的基因表达网络,涉及众多信号通路。从通路分析结果中可以看出,两种疾病复杂基因网络背景下依然存在一些高度重合的差异基因表达,所涉及的信号通路能够同时对两种疾病产生调控作用,这提示两种疾病分子机制存在密切关联,并可能是药物同时干预两种疾病的靶点所在。  相似文献   

4.
目的揭示参与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)生理病理过程的核心基因,并预测可能与之相互作用的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE57273,应用GEO2R和Morpheus分析软件获得差异基因(differentially expressed genes,DEGs),并通过DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)进行功能富集分析。应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络计算DEGs的各个连接度并分析网络集簇模块。由CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA。结果本研究共获得841个DEGs,其功能主要富集于基因表达过程,细胞大分子生物合成过程等。蛋白相互作用网络共包含523个节点与2 026条连线。本研究列出了前3个集簇模块,同时筛选出10个核心基因:HSP90AA1、EP300、SMARCA2、RANBP2、ASH1L、EIF4E、PTEN、CNOT6L、RPL7、KRAS,并预测出37个miRNA可与其中7个核心基因靶向性相互作用。结论核心基因与其相互作用的miRNA的发现可能有助于了解PMOP的病理机制,或为药物的开发提供治疗靶点。同时,通过对核心基因富集功能的鉴定为PMOP建立新的科学假说提供依据。  相似文献   

5.
目的:通过生物信息学分析骨性关节炎(OA)软骨下骨改变过程中的潜在生物标志物及相关通路。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE51588数据集,鉴定差异表达基因(DEGs)并进行富集分析。构建蛋白互作网络(PPI),模块分析并筛选Hub基因。预测Hub基因的靶向MicroRNAs(miRNAs),鉴定关键miRNA...  相似文献   

6.
目的 探讨分析骨质疏松患者基因多态性与椎间盘退变的相关性研究。方法 通过GEO数据库获取骨质疏松症(osteoporosis, OP)与椎间盘退变(intervertebral disc degenerative, IDD)的基因表达谱数据,分析两者的差异基因并取交集,再利用Cytoscape软件构建PPI网络,根据度值筛选出关键基因,并分析其与OP和IDD之间的关系。最后利用DAVID数据库分析关键基因在OP和IDD发生发展过程中的主要生物功能和信号通路。结果 在OP与IDD的发生发展中共有205个交集基因,其中UBC、YWHAZ、TP53、CUL3、NTRK1、BRCA1、Mcm2、ESR1为关键基因。GO功能分析与KEGG富集分析结果显示,与OP和IDD的发生发展过程密切相关的生物学过程主要涉及蛋白质-DNA复合物组合、蛋白质-DNA复合物亚基组织、蛋白质去泛素化、蛋白质小分子修饰、染色体组织的调控等,主要涉及PI3K/Akt信号通路、泛素介导的蛋白质水解、线粒体自噬、影响细胞周期及凋亡相关通路、神经营养素信号通路、甲状腺激素信号通路等。结论 OP与IDD之...  相似文献   

7.
王晨峰  卢旭华 《脊柱外科杂志》2022,20(5):322-326,333
目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变(IDD)相关的差异表达基因(DEG),寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编(GEO)数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征(ROC)曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。  相似文献   

8.
目的基于生物信息学探讨骨质疏松症与肌少症的关系。方法通过7个大型疾病数据库(CTD、Disgenet、TTD、OMIM、GeneC ards、Drugbank、KEGG数据库)对骨质疏松症和肌少症的相关基因进行分析筛选,并对筛选结果进行基因GO富集分析以及KEGG通路分析,利用STRING网站对骨质疏松症与肌少症共同靶点基因进行蛋白互作网络分析,并进行基因富集分析和KEGG通路分析。结果通过疾病数据库筛选分别选出与骨质疏松症和肌少症相关基因1 782个、429个。通过基因富集分析和KEGG通路分析,骨质疏松症与肌少症相关通路集中在PI3K-Akt、Longevity调控、FoxO、AGE-RAGE、HIF-1、AMPK、JAK-STAT、MAPK、Insulin、TNF以及Apoptosis过程。结论骨质疏松症与肌少症均为复杂代谢性疾病,涵盖众多差异表达基因,但两种疾病发病过程中依然存在一些高度重合的差异基因表达,其可同时对两种疾病进行调控作用。这提示骨质疏松症与肌少症之间发病机制存在密切关联,共同靶点基因可作为同时干预两种疾病的治疗目标。  相似文献   

9.
目的借助生物信息学理论方法探索骨质疏松症与溃疡性结肠炎之间的共病联系。方法从GEO数据库检索获取骨质疏松症与溃疡性结肠炎基因芯片数据,筛选出差异miRNA,通过取交集的方式获取联系两疾病的共病miRNA;使用miRWalk2.0数据库预测共病miRNA的靶标基因,STRING V11进行靶标基因的蛋白互作分析,Cytoscape构建靶标基因蛋白互作网络;使用KOBAS3.0进行miRNA靶标基因的基因本体论与信号通路富集分析。结果从GEO数据库检索获得骨质疏松症miRNA芯片GSE93883与溃疡性结肠炎miRNA芯片GSE63806,取交集后获得1个共病联系miRNA,在miRWalk2.0预测获得26个靶标基因;靶标基因间构成复杂蛋白互作网络,并从中发现3个子网络;靶标基因主要富集于调控细胞增殖分化活动、嘌呤代谢、咖啡因代谢等生物学过程及相关信号通路。结论骨质疏松症与溃疡性结肠炎存在共同miRNA,共病miRNA可能通过调控靶标基因及其参与的下游信号通路与生物学过程联系骨质疏松症与溃疡性结肠炎,共病miRNA的发现可能有助于理解上述疾病之间的内在联系,成为新的疾病治疗靶点。  相似文献   

10.
目的运用网络药理学筛选骨碎补有效成分治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路。方法首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、疾病及相应的靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病共同靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶点基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松症的18个有效成分和98个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、Th17细胞分化信号通路等有关,且白介素-6基因、JUN基因、丝裂原活化蛋白激酶-1基因和表皮细胞生长因子基因可能起着关键性作用。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药现代化研究提供了思路。  相似文献   

11.
目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。  相似文献   

12.
目的:本研究旨在发现影响前列腺癌根治性切除术后复发的潜在基因,为预测前列腺癌患者预后的方法提供新的可能. 方法:从基因芯片公共数据库(GEO)下载GSE25136微阵列数据集,包括39例复发性前列腺癌和40例非复发性前列腺癌样本.利用Limma包识别差异表达基因,利用Pheatmap包进行表达层次聚类分析筛选差异表达基...  相似文献   

13.
目的 通过基因差异表达谱及加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建并分析骨质疏松症相关的miRNA-mRNA调控网络,全面阐释骨质疏松症的发病机制。方法 首先在GEO数据库中获取微阵列数据集,进行差异分析及WGCNA分析,获取差异miRNA和临床相关性最高的模块基因,并取交集。预测潜在上游转录因子及下游靶基因。同时,获取差异表达mRNA并与预测靶基因取交集得到关键miRNA目标靶基因,进行目标靶基因GO和KEGG通路富集分析。通过String获取目标靶基因PPI关系文件,然后通过Cytoscape构建并分析miRNA-mRNA网络。结果 共得到6个与骨质疏松症疾病相关的关键miRNA,其中2个差异性上调、4个差异性下调,其主要转录因子为SP4、LHX3、NFIC、MYC和VSX2。通过将预测得到的关键miRNA靶基因和差异表达mRNA取交集,获得目标靶基因52个。GO和KEGG富集分析显示目标靶基因涉及多个生物学进程及通路,其中趋化因子信号通路、P53信号通路值得关注。结论 骨质疏松症miRNA-mRNA表达是通过多途径、多靶点进行调控的,hsa-mir-4500、CDKN1A、MAP2K7组成其核心调控网络。本研究为深入探讨骨质疏松症的分子机制提供了新的思路,发现了新的潜在靶点,对阐明其发病机制及防治药物的开发具有重要的指导意义。  相似文献   

14.
目的探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI网络信息,导入Cytoscape3.6构建网络图,再用CytoHubba插件中的MCC和Degree算法筛选并获得关键基因;用David对关键基因进行GO生物功能和KEGG通路富集分析,使用Omicshare绘制高级气泡图,通过KEGG数据库找出重要通路并标记关键基因。结果金匮肾气丸活性成分47种,对应196个作用靶标,与骨质疏松症疾病基因有145个交集靶标,筛选得到30个关键基因。GO富集分析结果表明,生物途径主要有药物反应、转录正调控和DNA模板化、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;分子功能主要有酶、相同蛋白、蛋白等的结合;细胞组分为核浆、胞浆、细胞核等。关键基因则主要富集在TNF、MAPK、PI3K-Akt及其他重要信号通路上。结论金匮肾气丸中的槲皮素、豆甾淳、β-谷...  相似文献   

15.
目的基于生信数据挖掘探究肾阴虚型绝经后骨质疏松症的病理机制及熟地黄的治疗靶点。方法通过GEO数据库挖掘阴虚型绝经后骨质疏松症患者差异表达基因,运用GeneCards及OMIM数据库预测骨质疏松症相关基因,采用R软件对阴虚靶点与骨质疏松靶点映射匹配。借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建。分子对接预测熟地黄治疗阴虚型骨质疏松症的靶点。采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过分析得到差异表达基因1 272个,骨质疏松症靶点662个,阴虚型骨质疏松症相关靶点45个,主要涉及细胞凋亡调节、雌激素应答、骨骼肌系统发育等生物过程,并由PI3K-Akt、Wnt信号通路、MAPK信号通路、卵巢类固醇生成等信号通路调节。熟地2种有效成分能够作用于核心蛋白IGF1、VEGFA等。结论熟地黄可能靶向IGF1、VEGFA等核心蛋白,通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路调节细胞凋亡及雌激素应答过程,从而实现防治阴虚型骨质疏松症的疗效。  相似文献   

16.
目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。  相似文献   

17.
目的从公共数据库获取数据,筛选差异表达基因,旨在发现胃癌潜在的靶点基因并揭示其生物学特征。 方法基因表达谱(GSE29272、GSE54129、GSE13911、GSE79973、GSE19826)从GEO数据库获得;差异表达基因通过GEO2R筛选出,韦恩图绘制出5个基因表达谱的交集,从而得出共同差异表达基因;使用DAVID数据库进行共同差异表达基因的KEGG通路分析和GO富集分析;共同差异表达基因通过STRING数据库获取其蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络图并用Cytoscape软件进行可视化,同时通过Cytoscape软件中的插件CytoHubba筛选胃癌靶点基因;靶点基因在GEPIA数据库和UALCAN数据库中进一步验证其表达及生存分析;CMap数据库预测其潜在的靶向小分子化合物。 结果韦恩图筛选出105个共同差异表达基因,其中包括57个下调基因和48个上调基因;经DAVID数据库中的KEGG通路分析和GO富集分析显示,这些上调基因主要与细胞外基质组织、细胞黏附、局灶性黏附、PI3K-Akt信号传导途径、细胞外基质-受体相互作用相关。通过Cytoscape软件筛选出8个靶点基因:BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1;在GEPIA数据库和UALCAN数据库验证后,确认了这8个关键基因与胃癌发生发展有关。生存分析显示,COL4A1(P=0.029,HR=1.4)和COL5A2(P=0.009 5,HR=1.5)的高表达与生存能力降低有关。CMap数据库分析显示吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能逆转胃癌的状态。 结论BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1可能被用作改善胃癌诊断和免疫疗法生物标志物的潜在靶标,吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能成为治疗胃癌的小分子化合物,这些分析结果为胃癌的病因研究提供了新的方向,也为深入探究其发病机制提供了理论基础。  相似文献   

18.
目的 利用生物信息学分析类风湿关节炎(RA)与骨质疏松症(OP)的关系。方法 通过Genecards、OMIM、TTD等数据库查找RA和OP的疾病基因,对两组疾病的基因取交集,将共同基因导入STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络图,使用R软件筛选出PPI网络中的关键基因,利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 通过检索数据库筛选出RA相关基因5 388个、OP相关基因4 587个,取交集后获得共同靶点基因1 899个,PPI网络图显示IL-6、INS、AKT1、TNF、TP53、VEGFA、EGFR等为RA与OP的共同关键基因,GO富集主要与受体配体活性、细胞因子受体结合、囊泡、T细胞活化、肽分泌的调节等相关,KEGG信号通路包括PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、破骨细胞分化、细胞凋亡、Th17细胞分化等。结论 所获得RA与OP的共同关键基因和涉及的信号通路,有助于理解两者在疾病过程中的相关性,为药物的研发提供理论参考。  相似文献   

19.
目的运用网络药理学探究独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分,并通过筛选分析阐述独活-桑寄生治疗骨质疏松症的生物学基础。方法中药独活、桑寄生的活性成分及靶标通过中药数据库TCMSP、BATMAN检索出,骨质疏松症的预测靶点通过疾病靶点数据库Gene Cards检索出,将药物和疾病靶点进行映射,利用网络可视化软件Cytoscape3.6.0整理并筛选出核心成分及有效靶点,再将有效靶点通过Omic Share云平台进行GO富集分析、David6.8数据库进行KEGG通路富集分析。结果独活和桑寄生活性成分根据筛选条件得到核心成分共3个,分别为槲皮素、蛇床子素和补骨脂素;核心靶点24个,包括PTGS2、PTGS1、ESR1、ADRB2等;获得2 509条GO生物过程,包括对含氧化合物的反应、对有机物的反应、细胞对化学刺激的反应等; 193条分子功能,包括对酶结合、同一蛋白结合、信号受体结合等; 113条细胞组成,包括膜筏、膜微区、膜区等;获得KEGG信号通路12条,肿瘤坏死因子信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等为治疗骨质疏松症关键通路。结论独活和桑寄生配伍的多成分、多靶点、多通路通过抗炎和抗氧化的作用,从而治疗骨质疏松症,为中药复方治疗疾病的作用机制提供科学依据。  相似文献   

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