应用抑制性消减杂交技术筛选脂肪细胞分化相关基因

目的:利用脂肪分化细胞模型筛选与脂肪细胞分化相关的差异性表达基因。方法:采用抑制性消减杂交技术,以诱导分化后的人前体脂肪细胞系SW872总RNA为Tester,诱导分化前的人前体脂肪细胞系SW872为Driver,将消减杂交获得的DNA片段与pGM-T载体连接,构建cDNA文库后,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆。将获得的阳性克隆插入片段进行测序分析,并与GenBank数据库进行同源性分析,获得差异性表达基因。结果:扩增消减cDNA文库获得135个白色克隆,随机挑选64个进行测序,共获得34个阳性克隆基因。结论:本研究成功构建了脂肪细胞分化差异性表达基因的消减cDNA文库,筛选出了与脂肪细胞分化相关的差异表达基因。     

家族性急性髓系白血病差异表达基因的筛选与鉴定

目的分离家族性急性髓系白血病患者骨髓中差异表达的基因,在基因水平上探讨急性白血病发生发展的分子机制。方法应用Super SMART和抑制性消减杂交（SSH）技术,构建家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;应用差异筛选技术进行差异表达片段的筛选与鉴定;测序结果进行BLAST同源性比对分析。结果成功构建了家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;克隆、筛选并鉴定了17条基因片段,与已知基因同源,11条为未知基因片段。结论SSH技术是筛选差异表达基因的有效方法;获得多个与细胞增殖和分化相关的已知基因;获得11条新基因EST片段,并被GenBank收录。     

应用抑制消减杂交技术筛选颞叶癫痫的相关基因

目的 构建颞叶癫痫大鼠海马组织差异表达基因的消减cDNA 文库,筛选颞叶癫痫的差异基因。方法 采用抑制消减杂交方法,以正常大鼠和癫痫大鼠的海马组织作为对比材料,分离组织中差异表达基因的cDNA 片段,将其与T载体进行T/A连接构建文库,将连接产物转化大肠杆菌进行文库扩增后,随机挑取100个白色克隆,用菌落PCR法筛选差异基因克隆,并进行测序分析。结果 获得14个在癫痫大鼠海马组织中有差异表达,并与大鼠的已知基因片段高度同源的基因。 结论 抑制消减杂交技术是一种高效的筛选差异表达基因的方法,颞叶癫痫大鼠海马组织中存在许多差异表达基因,为深入研究癫痫发病的分子机制提供重要线索。     

抑制性消减杂交筛选与克隆果蝇七氟烷敏感性相关基因

目的 采用抑制性消减杂交(SSH)方法筛选与克隆果蝇七氟烷敏感性相关的基因,以进一步研究吸人麻醉药的作用机制.方法 以对七氟烷敏感和耐药的果蝇品系为研究模型,以野生型黑腹果蝇作为对照,应用SSH方法筛选与吸人麻醉药七氟烷敏感性相关的候选基因.结果 筛选到的差异片段中,在敏感品系中高调的有77个.低调的有56个;在耐药品系中高调的有58个,低调的有52个;在敏感品系中高调而耐药品系中低调的有4个.经过与果蝇基因库比对,确定了其中大部分基因的功能,发现这些基因均非位于Y染色体上;与吸入麻醉药敏感性相关的基因大部分位于第2号染色体上.结论 本实验结果与先前有的学者用遗传学方法定位所得结果基本一致,七氟烷麻醉相关基因定位于2号染色体上,为常染色体显性遗传,并且果蝇对吸入麻醉药的敏感性在雌性与雄性间无差异,为进一步研究吸人麻醉药的作用机制提供了新的思路和方法.     

应用抑制性消减杂交技术分析涎腺腺样囊性癌转移相关基因

目的：克隆涎腺腺样囊性癌转移相关的基因。方法：应用mRNA抑制性消减杂交技术，研究涎腺腺样囊性癌高、低转移细胞系基因表达上的差异。结果：以高转移细胞ACC-M为测试子，低转移细胞ACC-2为驱赶子，获得高表达的基因序列有7个，均为已知序列同源基因。其中XAGE-1b基因为肿瘤睾丸抗原家族中的一个重要基因。结论：与ACC-2相比ACC-M中部分基因的高表达与涎腺腺样囊性癌高转移特性的获得有关，此结果为进一步探索腺样囊性癌肿瘤转移分子机理以及肿瘤转移控制和基因治疗提供了重要的依据。     

用抑制性消减杂交方法筛选人肾癌相关基因

目的 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌差异表达基因文库并进行差异表达基因筛选.方法 以肾癌细胞株RLC-310和肾近曲小管细胞株HK-2互为实验组和对照组,提取mRNA,应用抑制性消减杂交技术进行正反两向消减杂交,获得人肾癌细胞差异表达基因文库,结合反向Northern斑点印迹杂交,筛选差异基因克隆,并进行测序分析.结果 正向和反向文库共包含1200多个阳性克隆,经斑点杂交筛选后,对213个差异克隆进行测序并经BLAST分析,得到144个差异表达基因,与肾癌相关的高表达基因67个,低表达基因77个,其中新EST 14个,未知功能基因21个;对测序基因进行聚类分析发现与细胞生长、黏附、凋亡等肿瘤细胞生物学行为相关.结论 该文库质量可靠,所筛选出的差异基因和新的基因为进一步筛选肾癌特异性相关基因,绘制肾癌差异基因表达谱,最终阐明肾癌发生、发展、转移机制提供了实验材料和研究靶点.     

应用抑制消减杂交克隆支气管哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因

目的 探讨嗜酸细胞在支气管哮喘发病中的分子机制。方法 提取1名哮喘发作病人嗜酸细胞总RNA为实验子,治疗后作为对照的嗜酸细胞的RNA为驱动子。检测子、驱动子的总RNA由SMART cDNA合成方法合成双链cDNA,进而由抑制消减杂交方法获得消减杂交产物。消减杂交产物克隆到T载体建立消减文库,对部分克隆进行杂交筛选及序列比对。结果 消减杂交文库挑取400个克隆进行PCR扩增,阳性率约为80%。部分阳性克隆经2轮杂交筛选及序列对比后获得6个差异片段,涉及与编码炎症介质、细胞信号传导、能量代谢和细胞凋亡相关的基因。结论 抑制消减杂交技术有效地克隆了支气管哮喘发作期和缓解期嗜酸细胞差异表达的基因,为阐明嗜酸细胞在支气管哮喘发病中的分子机制奠定了良好的基础,并为临床防治支气管哮喘、寻找新的药物和方法提供了依据。     

抑制性消减杂交技术检测骨髓CD34+细胞基因差异表达

目的 检测、比较骨髓和动员外周血2种来源不同的CD34+细胞基因表达的差异。方法 从一健康供者分别获取骨髓和动员外周血,分离出CD34+细胞,利用抑制性消减杂交技术检测、比较该2种来源不同的CD34+细胞的基因表达差异。结果在骨髓CD34+细胞中共有21个基因高表达,主要涉及2类:（1）与细胞周期S期、G2期和M期转化相关的基因;（2）C/EBP（CCAAT/增强子结合蛋白）转录因子家族。结论骨髓和外周血CD34+细胞在基因表达上具有明显的不同,大部分骨髓CD34+细胞处于S期、G2期和M明,提示骨髓CD34+细胞比外周血CD34+增殖活跃。     

Identification of differentially expressed genes in anagen dermal papilla by suppression subtractive hybridization

Background We constructed a cDNA subtractive library of dermal papilla cells (DPCs) in anagen with suppression subtractive hybridization (SSH) technique and clone differentially expressed genes related to DPCs in anagen. Methods Total mRNA was isolated from DPCs of anagen and telogen follicles. Moreover, singlestrand (ss) and double-strand (ds) cDNAs were synthesized in turn using SMART PCR cDNA synthesis technology, ds cDNAs then were digested with Rsa I and divided into two groups, and ligated to the specific adaptor 1 and adaptor 2R, respectively. After cDNAs were hybridized with each other twice and underwent two rounds of nested PCR. PCR products were ligated with arms of T/A plasmid vectors to set up the subtractive library. Selected clones were demonstrated by reverse Northern blot and sequenced. The acquired sequence data were aligned against the Genbank nucleotide database. Results cDNA subtractive library of DPCs in anagen follicles was set up successfully with high subtractive efficiency, Thirty-five genes were identified in this study with 22 known functional genesand 13 unknown functional genes. Conclusions All results confirm the effectiveness and sensitivity of SSH in detecting differentially expressed genes from a small amount of clinical samples. Information about such alterations in gene expression could be useful for elucidating the genetic events in hair follicle growth regulation.     

应用抑制性消减杂交筛选志贺菌基因转移耐多药相关基因

目的:应用抑制性消减杂交技术初步筛选志贺菌基因转移耐多药相关基因。方法:以志贺菌基因转移耐多药株DNA为检测子,以其敏感株DNA为驱赶子,构建DNA消减文库,采用PCR鉴定及斑点杂交进行筛选,并随机挑取阳性克隆测序,所得结果在GenBank中进行同源性比较和分析。结果:成功构建了志贺菌基因转移耐多药株的特异性DNA消减杂交文库。选取部分阳性克隆进行杂交筛选,其中5个测序成功,与GenBank数据库进行初步比对,3个可能为新基因,2个为已知基因(Tn3926转座子部分的转座酶基因及23SrRNA核糖体核糖核酸)。结论:成功构建了志贺菌基因转移耐多药株的特异性DNA消减杂交文库并获得了其耐多药相关基因,提示转座子介导的耐药机制可能在志贺菌基因转移耐多药中起重要作用。     

应用抑制消减杂交克隆支气管哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因

目的 探讨嗜酸细胞在支气管哮喘发病中的分子机制。方法 提取1名哮喘发作病人嗜酸细胞总RNA为实验子，治疗后作为对照的嗜酸细胞的RNA为驱动子。检测子、驱动子的总RNA由SMART cDNA合成方法合成双链cDNA，进而由抑制消减杂交方法获得消减杂交产物。消减杂交产物克隆到T载体建立消减文库，对部分克隆进行杂交筛选及序列比对。结果 消减杂交文库挑取400个克隆进行PCR扩增，阳性率约为80％。部分阳性克隆经2轮杂交筛选及序列对比后获得6个差异片段，涉及与编码炎症介质、细胞信号传导、能量代谢和细胞凋亡相关的基因。结论 抑制消减杂交技术有效地克隆了支气管哮喘发作期和缓解期嗜酸细胞差异表达的基因，为阐明嗜酸细胞在支气管哮喘发病中的分子机制奠定了良好的基础，并为临床防治支气管哮喘、寻找新的药物和方法提供了依据。     

抑制性消减杂交技术检测骨髓CD34^＋细胞基因差异表达

目的 检测、比较骨髓和动员外周血2种来源不同的CD34^ 细胞基因表达的差异。方法 从-健康供者分别获取骨髓和动员外周血，分离出CD34^ 细胞，利用抑制性消减杂交技术检测。比较该2种来源不同的CD34^ 细胞基因表达差异。结果 在骨髓CD34^ 细胞中共有21个基因高表达。主要涉及2类：（1）与细胞周期S期，G2期和M期转化相关的基因；（2）C/EBP（CCAAT/增强子结合蛋白）转录因子家族。结论 骨髓和外周血CD34 细胞在基因表达上具有明显的不同，大部分骨髓CD34^ 细胞处于S期，G2期和M期，提示骨髓CD34^ 细胞比外周血CD34^ 增殖活跃。     

幽门螺杆菌对甲硝唑耐药相关基因片段的筛选及克隆分析

目的:筛选幽门螺杆菌(Hp)对甲硝唑耐药相关基因片段。方法:以5株临床分离的耐药株作为被检菌,1株敏感株作为参考菌,采用抑制差减杂交技术进行基因组差异研究,获取Hp对甲硝唑耐药相关的基因片段,并以斑点杂交方法对所获的基因片段进行了杂交鉴定。结果:在获得的差减阳性克隆中,经斑点杂交筛选后共有37个基因片段的拷贝数在耐药和敏感菌株中存在差异(2倍以上),而其中17个片段其拷贝数存在明显差异(3倍以上)。对以上17个差异片段进行单向测序,根据最高同源性比对结果,分别代表二肽ABC载体渗透酶(dppB)、二肽ABC载体结合蛋白(dppA)等10个基因的同源基因片段在耐药株中存在高拷贝数。结论:所获得的10个差异基因片段可能与幽门螺杆菌对甲硝唑耐药相关。     

大剂量辐射诱导IEC-6细胞差异表达基因消减cDNA文库的构建

目的克隆和鉴定大剂量辐射前后大鼠空肠上皮细胞IEC-6差异表达基因,为探索肠上皮细胞辐射损伤修复的分子机制提供线索.方法IEC-6细胞经35Gyγ射线照射后由抑制性消减杂交(SSH)方法和T/A克隆技术进行差异表达基因消减cDNA文库的构建,用反向Northerm杂交法对库中的EST序列进行筛选,挑取阳性克隆测序,和GenBank比对后挑选有限克隆进行正向Northerm杂交进行验证.结果扩增消减杂交cDNA文库得到约2 000个克隆,随机选取96个白色克隆进行PCR扩增,用反向Northern杂交法对库中的EST片段进行筛选得到15个阳性克隆,代表12个基因的转录产物,部分基因功能已经明确,涉及细胞骨架、细胞应激、细胞周期、信号转导等多方面,另外还获得一新的cDNA序列.结论SSH法建立了IEC-6细胞差异表达基因消减cDNA文库,一次获得多条差异显示EsT片段,基因种类涉及细胞骨架,细胞应激、细胞周期、信号转导等多方面,这些基因可能在肠上皮细胞的辐射损伤反应中起重要作用.     

利用抑制性消减杂交技术筛选大鼠哮喘相关基因

目的:利用哮喘大鼠模型筛选与哮喘发病相关的差异性表达基因.方法:采用抑制性消减杂交技术,以哮喘大鼠肺组织总RNA为检验子,对照大鼠肺组织总RNA为驱赶子,将消减杂交获得的DNA片断与pGEM-T Easy Vector连接,构建cDNA文库后,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆.将获得的阳性克隆插入片段进行测序分析,测序结果与GenBank数据库中cDNA和EST序列进行相似性比对,获得差异性表达基因的信息.结果:扩增消减cDNA文库获得300余个白色克隆,随即挑选36个测序,除去重复序列,结果中含有已知的基因4 个,ESTs 2个及与任何序列无同源性的新基因片段3个.结论:成功构建了哮喘大鼠肺脏差异性表达基因的正向消减cDNA文库,筛选出数个与哮喘相关的差异表达基因.     

应用抑制消减杂交和斑点印迹杂交对膀胱癌差异表达基因的研究

目的：研究膀胱移行细胞癌和正常膀胱黏膜的差异表达基因。方法：应用抑制消减杂交技术(Suppression subtractive hybridization SSH)构建人膀胱移行细胞癌和正常粘膜差异表达的cDNA消减文库，进一步利用斑点印迹杂交(Dot blot)从中筛选出TCC差异表达的基因，随机选取部分克隆进行测序，结果在GenBank中作同源性对比分析。结果：成功构建了具有高消减效率的人TCC的cDNA消减文库，从文库的376个阳性克隆中随机选取100个克隆扩增、筛选后得到89条200～900bp的差异表达基因片段，测序后发现5条未知新基因片段和41种已知基因。结论：利用SSJ和Dot blot研究膀胱癌差异表达基因，为大批量筛选和克隆其差异表达的基因提供了行之有效的方法，也为研究基因功能和TCC的发生机制奠定了基础。     

应用抑制消减杂交技术构建肝癌差异表达基因消减cDNA文库

目的 构建肝癌及癌旁肝细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法 采用新近建立的抑制消减杂交方法,以肝癌组织及癌旁肝组织作为对比材料,分离肝癌组织中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用电穿孔法转化大肠杆菌进行文库扩半后,随机挑取100个白色克隆及菌落PCR进行鉴定。结果 扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,95％的克隆中均有100－600bp的插入片段,这些片段可能是肝癌差异表达基因的cDNA片段。结论 用SSH法及T／A克隆技术成功构建了肝癌与癌旁肝组织差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选,克隆肝癌差异表达的新基因奠定了基础。     

减式杂交筛检大肠癌负相关基因的研究

目的在分子水平寻找与人大肠癌的发生发展相关的新的因素。方法采用减式杂交技术筛选大肠癌下调基因。结果共获得４６个在正常肠粘膜中表达、而在大肠癌中低表达或不表达的克隆。其中２个（ＳＮＣ６和ＳＮＣ１９）已被ＮＣＢＩ作为新基因录入，编号分别为Ｕ１７７１４（ＳＮＣ６）和Ｕ２０４２８（ＳＮＣ１９）。其中ＳＮＣ６已完成全序列测定，为２９３２ｂｐ，推测其为编码２７１个氨基酸的蛋白，分子量为３００００。与蛋白数据库比较，最高同源性仅３０％，染色体定位于２２ｑ１３。ＲＮＡｄｏｔｂｌｏｔ显示：ＳＮＣ６的表达在大肠癌中低于在相应的正常肠粘膜中，在乳癌中亦有此现象。ＮｏｒｔｈｅｒｎＢｌｏｔ发现其在肝、肺、前列腺、睾丸、卵巢及Ｋ５６２细胞中的表达高于其它组织。结论ＳＮＣ６可作为新的大肠癌负相关基因加以研究、利用。     

应用抑制消减杂交技术构建哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库

目的构建哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法采用新近建立的抑制消减杂交方法,哮喘治疗前后的嗜酸细胞为试验和对比材料,分离哮喘病人嗜酸细胞中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用氯化钙转化法转化大肠杆菌进行文库扩增和蓝白斑筛选,随机挑取100个白色克隆用菌落PCR进行鉴定。结果扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,90％的克隆中均有200～600bp的插入片段,这些片段可能是哮喘嗜酸细胞差异表达基因的cDNA片段。结论用SSH法及T／A克隆技术成功构建了哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选、克隆哮喘病人嗜酸细胞差异表达的新基因奠定了基础。     

Screening and cloning of differentially expressed genes in placentas from pa-tients of pregnancy-induced hypertension by suppression subtractive hybridization

Suppresssion subtractive hybridization (SSH) was preformed to compare gene expression profiles of PIH pa-tients and normal pregnancy placentas. The subtraetive eDNA library of PIH placenta was set up and sereedned. Differ-ential cDNAs were cloned, and sequenced by T 7 primer methodology. One hundred and three differential eDNAs were isolated by SSH. Sequencing and BLAST analysis showed 90 inserts shared more than 95% homolog with sequences in the GenBank/EMBL database. We identified 36 putative genes including pregnancy-specific glycoprotein gene( BC005924), serine protease inhibitor gene ( BC012868 ), VEGFR-1 gene ( AF063657) etc.