CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

免疫检查点抑制剂治疗晚期原发性肝癌的研究进展

原发性肝癌(HCC)是一种常见的消化道肿瘤,恶性程度较高,发病率也逐年升高,且HCC发病隐匿,患者就诊时常已进展至晚期.同时,晚期HCC患者5年生存率较低,可选择的治疗方式有限.免疫检查点抑制剂的研发为HCC的治疗提供了一种新思路,免疫检查点抑制剂通过调节人体的免疫系统,恢复机体对肿瘤细胞的特异性免疫应答反应,避免肿瘤...     

LOXL2基因与结直肠癌临床预后及免疫浸润相关性分析

目的 探讨赖氨酰氧化酶样蛋白2(LOXL2)在结直肠癌中的表达水平及临床预后意义,并结合免疫浸润初步探究其机制。方法 应用生物信息学和免疫组织化学染色方法评估LOXL2在结直肠癌中的表达情况及其预后潜能,并分析LOXL2与结直肠癌免疫浸润水平的关系。结果 与正常结直肠组织比较,LOXL2在结直肠癌中表达上调,且LOXL2高表达与结直肠癌患者较差的总生存期相关(P<0.05)。LOXL2与结直肠癌中巨噬细胞的浸润水平及其细胞标志物关系密切。结论 LOXL2与结直肠癌临床预后及免疫浸润水平相关。     

TIMP1基因表达与结直肠癌预后及免疫浸润相关性研究

目的 探索组织金属蛋白酶抑制剂1（TIMP1）基因表达与结直肠癌预后及免疫浸润的相关性。方法 使用癌症基因组图谱（TCGA）数据库RNA表达数据分析TIMP1基因表达水平与结直肠癌患者临床病理特征的相关性,并分析TIMP1在结直肠癌和正常组织中的表达。采用Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析TIMP1与预后的相关性。采用基因集合富集分析（GSEA）和单样本基因集富集分析（ssGSEA）研究TIMP1的富集通路和功能,并进行免疫细胞浸润的关联分析。结果 TIMP1在结直肠癌中高表达,并和结直肠癌患者的预后不良有关,ECM通路、MAPK通路及免疫相关通路等可能是TIMP1调控的关键通路。同时,TIMP1在结直肠癌中的表达与免疫浸润水平有关。结论 TIMP1可作为结直肠癌的潜在治疗靶点和预后生物标志物。     

STON1基因与胃腺癌免疫浸润的相关性研究

目的 探讨STON1对胃腺癌(STAD)患者的预后及其与免疫浸润之间的联系。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得RNA测序数据,分析STON1表达,并进行功能富集、免疫浸润、免疫检查点探索、临床基线数据分析和生存分析。应用Cox回归分析确定独立的预后因素,并开发列线图模型,使用C指数及校准图来评价模型;通过HPA数据库进行免疫组织化学验证。结果 STON1 mRNA在STAD中显著下调,功能富集分析显示STON1与免疫反应相关,且大多数免疫细胞和免疫检查点与STON1表达呈正相关。Cox回归显示,STON1是STAD患者的独立预后因素(HR=2.063,95%CI=1.306～3.260,P=0.002),且STON1的升高与STAD的病理分期、TNM分期和远处转移相关;此外,生存分析表明STON1高表达是STAD患者总生存率差的原因,免疫组织化学染色显示,STON1表达水平在胃癌组织高于正常组织,在正常组织中未检测到。结论 STAD中STON1的高表达可能与肿瘤进展和不良生存相关;STON1可能作为一种刺激因子来诱导肿瘤免疫系统的激活,为STAD治疗提供潜在的免疫治疗靶点。     

加权基因共表达网络分析联合免疫浸润分析筛选肝癌关键基因

目的：通过生物信息学方法筛选肝细胞癌中免疫细胞浸润相关的关键基因,为肝癌免疫治疗提供新的思路。方法：从GEO数据库中下载GSE15765肝癌组织的基因表达数据,应用ImmuCellAI数据库对下载的肝癌表达数据进行免疫浸润分析,得到各个肝癌组织中的免疫细胞的浸润评分;在R语言中使用WGCNA包对肝癌表达数据构建加权基因共表达网络,筛选与免疫细胞浸润相关的共表达网络基因模块,挑选相关模块中的枢纽基因(hub gene)。利用Metascape数据库对枢纽基因进行功能富集分析。STRING数据库联合Cytoscape软件用于获取连结度最高的前10个基因,并通过Kaplan-Meier Plotter网站绘制关键基因在肝癌患者中的生存曲线图。结果：R中使用WGCNA分析GEO下载的70例肝细胞癌数据,共得到10个基因模块。分析ImmuCellAI得到的免疫浸润评分与各个基因模块的相关性,并绘制热图;其中,褐色模块和肝癌组织巨噬细胞浸润有着较高的相关性(P<0.001,cor=0.79),筛选模块内免疫相关的枢纽基因共得到72个。功能富集分析显示枢纽基因主要涉及白细胞激活、淋巴细胞激活、...     

DNA损伤和修复在肝癌中的研究进展

人体细胞中DNA损伤后会引起细胞一系列反应,主要包括损伤信号的传导、损伤与修复、诱导细胞死亡等.肝癌的发生正是由于这些诱因同时作用于损伤修复系统的某个环节,使DNA损伤不能修复或不能正确修复,从而使肝细胞发生恶性转化,最后导致肝癌的发生.因此,损伤DNA的累积则成为肝癌发生的重要分子机制,对其深入研究将会为肝癌的治疗奠定基础.该文通过查阅相关文献,综述近年来DNA损伤和修复在肝癌中的研究进展.     

SNHG20在肝细胞癌中的预后价值及其与免疫浸润的相关性

目的 研究长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因20(SNHG20)在肝癌中的表达、预后价值及其与免疫浸润的相关性。方法 使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库肝癌数据评估SNHG20在肝细胞癌中的作用。用R语言研究SNHG20在肝癌组织中的表达。通过生存分析,评估SNHG20表达对肝癌患者生存的影响。使用单因素和多因素Cox回归模型对肝癌患者的多个临床特征与生存率进行比较。采用基因集富集分析(GSEA)进一步探究SNHG20参与肝癌发生的信号通路。结果 SNHG20表达增高与T分期(P=0.036)、病理分期(P=0.028)、组织学分级(P<0.001)、肿瘤状态(P=0.006)和血管侵犯(P=0.029)有相关性。此外,多因素分析显示SNHG20是影响肝癌患者预后的独立危险因素。此外,肝癌组织中细胞毒性细胞、树突状细胞、中性粒细胞和自然杀伤细胞(NK)的浸润水平与SNHG20的表达呈正相关。GSEA发现KEGG DNA复制、KEGG细胞周期和KEGG Wnt信号通路在SNHG20高表达表型中显著富集,而KEGG胰岛素信号通路在SNHG20低表达表型中明显富集。结论 SNHG2...     

间变性胶质细胞瘤中免疫浸润核心基因ZAP70与患者预后的相关性研究

摘要:目的 探索间变性胶质细胞瘤中有预后价值的免疫浸润相关基因。方法 下载 TCGA(TheCancerGenomeAtlas)数据库中转录组数据,量化间变性胶质细胞瘤样本的免疫浸润情况,并分为低、中、高免疫浸润组,进而对组间的差异基因进行分析,筛选出预后相关的核心基因ZAP70。研究ZAP70表达量与间变性胶质细胞瘤患者生存时间以及临床特征的关系,利用免疫组织化学染色验证ZAP70在临床间变性胶质细胞瘤样本中的表达量与患者预后的关系。通过GSEA(GeneSetEnrichmentAnalysis)富集分析了解ZAP70在间变性胶质细胞瘤中的相关功能通路。结果 TCGA 数据库中236例间变性胶质细胞瘤样本被分为低、中、高3个免疫浸润组,低免疫浸润组的预后最佳,中免疫浸润组次之,高免疫浸润组的预后最差。差异分析与单因素 Cox回归分析筛选出 ZAP70为间变性胶质细胞瘤免疫浸润相关的核心基因。K-M 生存曲线显示,ZAP70高表达间变性胶质细胞瘤患者生存时间显著少于ZAP70低表达患者(P<0.05)。高表达ZAP70与多种不良的临床特征相关。61例临床间变性胶质细胞瘤样本的免疫组化染色分析验证了高表达 ZAP70预后不佳的趋势。GSEA 富集分析结果显示高表达 ZAP70与耐药、细胞粘附、细胞外基质反应及恶性通路激活相关。在肿瘤免疫方面,ZAP70与白细胞迁移及固有免疫缺失相关。结论 ZAP70有望成为间变性胶质细胞瘤患者中预后不佳亚群的诊断标记物及有效治疗靶点。     

基于TCGA数据库探索POLA2基因在肝癌中的表达及其与预后的相关性

目的 探索DNA聚合酶α亚基B（POLA2）在肝癌中的表达,分析POLA2表达与肝癌患者临床病理特征和预后的关系。方法 利用肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库和qRT-PCR技术分析POLA2在肝癌组织及肝癌细胞中的表达水平,利用人类蛋白表达图谱（HPA）数据库评估POLA2蛋白在肝癌组织中的表达水平;应用ROC曲线评估POLA2对肝癌诊断的敏感性,采用Logistic回归分析POLA2表达与肝癌临床病理特征的相关性,通过Kaplan-Meier法、单及多因素Cox回归模型分析POLA2的表达与肝癌患者预后的关系。并进一步寻找TCGA数据库中POLA2共表达基因,进行基因本体（GO）生物功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。同时通过肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析POLA2与肝癌免疫浸润的相关性。结果 POLA2在肝癌组织和肝癌细胞中呈显著高表达（均P<0.05）,ROC曲线下面积为0.954。POLA2表达与肝癌TNM分期、组织学分级和临床分期均密切相关（均P<0.01）,单及多变量Cox分析表明高表达的POLA2可作为肝细胞癌（HCC）的独立生物学标志物。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,POLA2基因可能参与保持解旋酶活性和DNA依赖的ATP酶活性,主要富集于细胞周期、DNA复制和范可尼贫血通路。TIMER数据库分析显示POLA2与免疫浸润细胞（Th2细胞、B细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞）具有显著正相关（均P<0.01）。结论 POLA2表达与肝癌患者预后及免疫浸润具有相关性,可作为肝癌诊断及预后评估的重要生物学靶标。     

CMTM6基因作为免疫浸润相关的泛癌预后生物标志物

目的:CMTM基因是人类趋化因子样基因超家族的新成员.已有研究表示CMTM6在不同的肿瘤中发挥着不同的作用.本研究旨在探讨CMTM6在泛癌中的预后,并研究CMTM6表达与免疫浸润的关系.方法:在本研究中,我们在TIMER、PrognoScan、Kaplan-Meier Plotter等多个数据库中,研究了CMTM6在泛...     

免疫检查点相关基因预测结肠癌患者预后及其免疫状态

目的 免疫检查点基因是调控结肠癌患者免疫应答的关键机制,并对结肠癌患者的预后、治疗具有潜在的临床应用价值,然而目前尚无基于免疫检查点基因的预后模型来预测结肠癌患者的预后和免疫状态。方法 从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)公共数据库获取并整理结肠癌患者的基因表达谱数据及其对应的临床信息,鉴定差异表达的免疫检查点基因。采用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox回归分析构建免疫检查点基因相关的TCGA结肠癌患者预后模型。应用GEO结肠癌患者队列(GSE143985)进行验证。KaplanMeier曲线和受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线用于评估模型预测准确性。Spearman相关性分析观察预后模型与免疫细胞浸润情况。单因素和多因素回归分析免疫检查点风险基因及临床指标,并基于多因素回归结果构建临床列线图。结果 在正常和结...     

淋巴管浸润与乳腺癌预后相关性研究

目的 探讨乳腺癌组织中淋巴管浸润与乳腺癌预后的相关性.方法 乳腺浸润性癌(浸润性小叶癌除外)患者280例,根据乳腺癌组织中淋巴管浸润情况分为淋巴管浸润组与无淋巴管浸润组,分析淋巴管浸润情况与乳腺癌患者不同临床、病理特点及其预后相关性.结果 淋巴管浸润组淋巴结转移、肿瘤＞2 cm及病理分级Ⅱ和Ⅲ级(87.5％、67.2％、59.4％)均高于无淋巴管浸润组(39.8％、50.0％、45.4％),差异均有统计学意义(均P＜0.05).淋巴管浸润组患者术后5年生存率及无瘤生存率均较无淋巴管浸润组患者差,差异均有统计学意义(Log Rank=12.25,P=0.0005;LogRank=15.20,P=0.0001).结论 淋巴管浸润与乳腺癌多种临床病理特点有相关性,乳腺癌组织中淋巴管有浸润患者预后差.     

原发性肝癌红细胞与淋巴细胞免疫功能相关性研究

我们检测了近年来所收治的原发性肝癌患者红细胞免疫与淋巴细胞免疫功能的相关性,目的在于为检测肝癌患者免疫功能状态提供简便有效的方法,并为判断愈后机体状况提供参考依据。1．材料与方法1．1检测对象：肝癌组：经临床诊断及病理学检查确诊为原发性肝癌者18例,其中男11例,女7例．年龄25岁－60岁。痊愈组：原发性肝癌患者经手术及城常规化疗后存活达6月以上者,且经B超、CT等证实无明显复发者7例,其中男4例,女3例,年龄25岁－55岁。对照组：健康献血员20例,男女各半,年龄20岁－43岁。1．2方法：红细胞免疫功能测定：取抗凝血1滴…     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

 目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白（matrix gamma linolenic acid protein,MGP）基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法 通过The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Genotype-Tissue Expression（GTEx）数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource（TIMER）网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果 与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+ T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关（P < 0.05）。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关（P < 0.05）。结论 在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白(matrix gamma linolenic acid protein,MGP)基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系.方法 通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)和Genotype-Tissue Expression...     

细胞凋亡相关基因CD44在甲状腺癌组织中的表达及其与肿瘤侵袭和免疫细胞浸润关系的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因（ARGs）透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌（THCA）组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因（DEGs）表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者工作特征（ROC）曲线对THCA组织与癌旁组织进行鉴别;采用基因本体功能注释（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因集富集分析（GSEA）对DEGs进行功能及通路富集分析;采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络,通过Cytoscape软件进行可视化;采用TIMER数据库分析THCA组织中CD44 mRNA表达和TILs浸润丰度之间的相关性;使用R语言分析CD44蛋白表达与免疫检查点的关系。选取110例THCA患者标本,采用免疫组织化学SABC法检测THCA组织及相对应的癌旁组织中CD44蛋白表达情况。结果：TCGA数据库分析,与癌旁组织比较,THCA组织中CD44 ...     

原发性肝癌患者浸润淋巴细胞及其功能状态与预后的关系

目的评价浸润淋巴细胞（ＴＩＬ）对原发性肝癌患者预后的影响。方法应用真彩色图像分析、免疫组织化学、３Ｈ－ＴｄＲ掺入试验和乳酸脱氢酶释放测定等方法，检测新鲜手术标本ＴＩＬ细胞的组织密度、活化增殖和细胞毒功能，并进行临床随访。结果按癌灶内ＴＩＬ浸润程度本组患者分为无浸润、低度浸润和大量浸润三类。肿瘤临床类型不同，ＴＩＬ浸润程度亦各异；无ＴＩＬ浸润组患者，术后生存时间较有浸润组短，术后肝癌复发率也高于后者。新鲜分离的ＴＩＬ细胞的活化增殖和杀伤活性均低于自体淋巴细胞（ＰＢＬ），激活后对自体肝癌细胞产生高效杀伤作用。结论原发性肝癌患者ＴＩＬ细胞与预后有关，但在癌灶内其活化增殖和杀伤功能受到损伤或被抑制     

SMAD7、SMAD9与肺腺癌患者预后及免疫浸润的相关性分析

目的 本研究旨在探讨SMAD7、SMAD9在肺腺癌中的预后价值及其与免疫浸润的相关性。方法 借助GEPIA数据库预测SMAD家族成员在肺腺癌组织与癌旁组织中的表达水平,筛选差异表达的成员作为关键基因纳入研究。分析关键基因对肺腺癌患者预后的影响,GEPIA与TIMER数据库分析关键基因与免疫浸润的相关性。收集108例手术切除的肺腺癌患者组织,使用qRT-PCR验证关键基因在组织内的表达水平。分析关键基因对患者5年生存率的影响及影响生存率的独立预测因素。结果 GEPIA数据库预测结果显示,相对于正常组织样本,SMAD7、SMAD9在癌组织样本中的表达降低(P均<0.05)。GEPIA数据库预测结果显示SMAD7、SMAD9低表达水平患者总生存率低于SMAD7、SMAD9高表达水平患者(P均<0.05)。TIMER网站预测结果显示SMAD7与B细胞、CD4⁺ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞水平均呈正相关(P均<0.05),SMAD9与B细胞、CD4⁺ T细胞、巨噬细胞水平呈正相关(P均<0.05)。GEPIA网站显...     

利用数据库信息分析NAMPT与肝癌的病理特征和免疫浸润的关联性

目的 分析烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)在肝细胞癌(HCC)中的表达,并研究其与肝癌患者病理特征及免疫浸润的关系。方法 利用TIMER数据库获得NAMPT在HCC中的表达数据。通过UALCAN数据库分析NAMPT表达与血清甲胎蛋白(AFP)之间的相关性。从TCGA-LIHC中下载肝癌转录组RNA-Seq数据,提取NAMPT和免疫相关分子mRNA表达量。利用估计算法和单样本基因集富集分析(ssGSEA),评估NAMPT高低表达组间免疫成分、基质成分的数量和免疫细胞浸润丰度及计算免疫相关分子表达有无差异;分析NAMPT表达与免疫细胞浸润的关联性。结果 TIMER数据库显示,NAMPT mRNA在HCC中的表达低于癌旁组织(P<0.05)。UALCAN数据库检测发现,NAMPT表达和血清AFP呈负向低度相关(r=-0.464,P<0.05)。基质细胞占比、免疫细胞占比和肿瘤细胞纯度在NAMPT高低表达组间存在统计学差异(P<0.05)。ssGSEA分析发现,20种免疫细胞在NAMPT高表达组中的浸润程度高于NAMPT低表达组(P<0.05)。免疫相关分子NKG2D...