珠海市2008年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征分析

目的了解2008年珠海地区流行的H1N1亚型流感病毒血凝素重链区HA1基因特征。方法按照时间不同选取7株2008年珠海市分离到的H1N1亚型流感毒株,选取的毒株进行血凝素HA1片段序列测定并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析。结果H1N1亚型流感毒株为珠海市2008年的优势株,与该年WHO推荐疫苗株比较有多个氨基酸发生了替换,造成抗原性发生一定的变化。结论2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年珠海市H1N1亚型流感预防效果并不理想,导致2008年珠海市H1N1亚型的流行强度增加。     

2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒HA1基因特性研究

目的了解2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒流行情况及血凝素基因变异特征。方法 按时间先后顺序随机选择2007-2009年流感病原学监测中分离到的H3N2亚型毒株8株,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定并推导其氨基酸序列进行基因特性分析。结果H3N2亚型流感病毒在2007年为优势株,2008-2009年相对H1N1亚型流感病毒为弱势株;2007年分离株与该年疫苗株（A/Wisconsin/67/2005）比较,变异位点主要为G50E、S138A、K140I、R142G、N144D和L157S,抗原性发生了漂移;2008年分离株与2008-2009年疫苗株（A/Brisbane/10/2007）比较,变异位点主要为R142G、L157S;2009年分离株与该年疫苗株比较,变异位点主要为L157S、K173Q,2008-2009年分离株与该年疫苗株比较未发生明显变异。结论郴州市2007年H3N2亚型流感病毒HA1发生了明显变异,H3N2流感病毒较活跃,当年生产的疫苗预防效果较差;2008-2009年H3N2亚型流感病毒HA1与该年度疫苗株相比未发生明显变异,人群对其建立较好的免疫屏障,这是郴州市2008-2009年H3N2亚型流感病毒活动水平较低的主要原因。     

2005-2009年大连市流感病毒血凝素基因遗传特性分析

目的分析大连市2005-2009年流感病毒血凝素(HA)基因变异情况。方法采用MDCK细胞分离培养季节流感H1N1亚型28株;H3N2亚型9株;B型(Yamagata系)24株,采用RT-PCR法分节段扩增各毒株血凝素基因,并进一步对各片段进行核苷酸和氨基酸序列测定分析。结果 2005-2009年,大连市分离到的甲型H1N1病毒变异较大,其中2009年分离的一株H1N1亚型毒株A/liaoningxigang/136/2009(H1)与该年WHO推荐的疫苗株相比,抗原决定簇B区上有4个位点发生了突变,属于新的变种。2005、2007年分离的H3N2流感病毒株,与疫苗株相比序列同源性较高,并未发生大的变异;2007-2008年流行的B型Yamagata系病毒与疫苗株B/Shanghai/361/02相比,有7个氨基酸位点发生改变,其中两个位于抗原决定簇,并于196位增加一个糖基化位点。结论各年度WHO推荐的疫苗株与流行株之间匹配性不完全一致,每年由于核苷酸序列的变化而引起了不同程度的抗原性漂移。     

2008—2009年沈阳市部分季节性流感病毒H1N1亚型HA1基因特点

目的了解沈阳市2008—2009年流行性感冒(流感)流行季节H1N1亚型的HA1基因变异特征。方法利用沈阳市流感病毒H1N1亚型分离株,采用一步RT-PCR(反转录PCR)方法扩增HA1基因,测序,推到氨基酸序列,构建种系进化树。结果 2008—2009年共采集流感样病例咽拭子样本177份,共分离到流感病毒29株,分离率为16.4%。其中H1N1亚型21株。测定了10株H1N1亚型流感病毒分离株的HA1序列,与WHO推荐疫苗株A/B risbane/59/2007比对,同源性为94.2%~97.0%,氨基酸位点99、202、208、211、230发生了突变。结论沈阳市2008—2009年流感病毒发生了一定的变异,造成了该流行季节的H1N1亚型流感病毒流行。     

青海省流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测青海省2007～2008年度季节性流感病毒型与亚型分布,了解2007～2008年度部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集监测哨点医院流感样病例的鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2007～2008年度部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况.结果 2007～2008年度在哨点医院送检标本中共分离到144株流感病毒,其中124株为A/H3N2,B型20株,型与亚型有明显分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,青海省6株分离株与2008、2009年部分省份分离株及江西同期分离株接近,与WHO 2008～2009年度疫苗推荐株相近.结论 WHO推荐的2006～2007年度疫苗株A/Hiroshima/52/2005滞后于在我省流行的流感病毒毒株.     

流感病毒泰山分离株H1N1亚型血凝素HA1基因特征分析

目的分析泰安市2005—2008年流感病毒H1N1亚型的基因特征及抗原变异情况,为流感防治提供技术支持。方法采集流感样病例的鼻咽拭子标本,用MDCK细胞进行流感病毒的病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒的滴度,用血凝抑制实验和RT—PCR进行流感病毒型别鉴定,通过RT—PCR扩增血凝素HA1片段的基因,电泳、纯化后进行基因序列测定,利用生物信息学进行序列分析。结果2005-2008年共检测咽拭子样本615份,分离出流感病毒121株,其中H1N1亚型4株。对分离的甲型H1N1毒株HA1基因进行分析,有3株病毒序列在多个氨基酸位点上发生变异,其中2007、2008年分离株和2005年分离株相比,各发生了5个和8个突变;2005、2007和2008年分离株分别与当年度的疫苗株相比,各发生了8个、11个和8个突变。和国际标准株、本年度的疫苗株A／Brisbane／59／2007（H1N1）比较,3株流感病毒共计有22个位点发生了变异。结论在近几个年度的流行季节中,该地区有H1N1亚型流感的存在。该地H1N1流感病毒分离株有多处氨基酸发生替换,氨基酸的替换导致毒株的抗原性发生了漂移。     

2005年-2009年大连市季节性甲型H1N1流感病毒HA基因序列分析

目的:分析大连市2005年-2009年流感病毒H1N1亚型血凝素抗原性及其基因变异情况,为流感防治提供技术支持。方法:采集流感样病例的鼻咽拭子标本,用MDCK细胞进行流感病毒的病原分离,采用红细胞凝集实验测定病毒的滴度,用血凝抑制试验和RT-PCR进行流感病毒型别鉴定,通过RT-PCR扩增血凝素HA片段的基因,电泳、纯化后进行基因序列测定,利用生物信息学进行序列分析。结果:2005年-2009年共分离到季节性甲型H1N1流感病毒39株,其中28株进行了测序。与当年的疫苗株相比,2005年、2006年、2007年和2008年分离株的HA1区分别发生了11个、9个、15、15个突变。结论:在近几个年度的流行季节中,该地区有H1N1亚型流感的存在。该地H1N1流感病毒分离株有多处氨基酸发生替换,氨基酸的替换导致毒株的抗原性发生了漂移。     

铜川市2013-2015年A型流感病毒HA基因特性研究

目的 应用生物信息学数据库和工具,了解2013-2014年铜川市A型H1N1和2013-2015年A型H3N2流感病毒血凝素(HA)基因特性及其抗原变异情况。 方法 收集铜川市哨点医院流感样病例标本,采用MDCK细胞分离流感病毒。用RT-PCR对部分A型H1N1、H3N2流感病毒进行HA基因序列扩增和纯化,序列测定,并用MEGA软件构建种系发生树分析。 结果 2013-2015年铜川市流感核酸检测标本共2 333份,流感阳性476份,阳性率20.40%。4株A型H1N1亚型流感病毒与WHO推荐A/California/07/2009(H1N1)疫苗株氨基酸序列比对,共发生11次氨基酸突变,其中3个氨基酸位点突变发生在抗原决定簇。3株A型H3N2亚型与WHO推荐的北半球2013-2014年A/Victoria/361/2011(H3N2)疫苗株比对共有9个氨基酸位点发生了突变,其中3个氨基酸位点发生在抗原决定簇;与WHO推荐的北半球2014-2015年A/Texas/50/2012(H3N2)疫苗株比对共有10个氨基酸位点发生了突变,有5个氨基酸位点发生在抗原决定簇。 结论 2013-2015年铜川市流行的A型H1N1、H3N2亚型流感病毒氨基酸发生突变导致抗原漂移。     

2008-2012年江西省甲型H3N2流感病毒HA1基因特征及与疫苗株差异分析

目的掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析。结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4%~99.1%、96.6%~98.4%、97.2%~98.4%、96.2%~97.2%和96.6%~98.1%;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4~5个的氨基酸替换。结论2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差。     

石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的:了解石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒流行情况,研究2009年分离H3N2亚型流感病毒株血凝素重链(HA1)的基因特性及变异情况。方法:用MDCK细胞分离流感病毒,采用血抑实验分型鉴定。随机选取24株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取、逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因序列测定,之后用DNAStar软件的MegAlign功能进行序列比对和分析。结果:经MegAlign将24株毒株与WHO疫苗推荐株A/Wisconsin/67/200(07～08)、A/Bris-bane/10/2007(08～10)进行比对,发现与同年疫苗株同源性较高,为98.2%～98.6%,仅有个别位点出现氨基酸替换。结论:2009年石家庄市H3N2亚型流感毒株HA1区与同年疫苗株基因序列符合率较高,尚未形成一个新的变异株。     

2010-2013年中山市流感病毒(H3N2)血凝素基因特征分析

目的研究中山市2010-2013年流行的H3N2亚型流感病毒的血凝素基因特征,分析其基因变异情况。方法选取2010-2013年中山市流行的H3N2亚型流感病毒6株,用MDCK细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA基因并测定序列,利用BLASTn对序列进行相似性检索,分析其与疫苗株,不同年份、区域流行株的进化变异情况。结果共分离鉴定到6株H3N2亚型流感病毒,其中2株为2010年流行株,2株为2012年流行株,2株为2013年流行株。各年流行株与其他国家或地区当年大部分流行株在一个分支上,其进化距离随着进化时间变长而变远。2012年流行株相对2010年流行株在HA1区发生12个氨基酸位点变异,有3个位于B、C区。2013年流行株相对2012年流行株发生4个氨基酸位点变异,有2个位于A区。2012年、2013年流行株相对于疫苗株分别发生6、8个氨基酸位点变异,分别有2、4个位于A、B、C区。受体结合位点未发生变异。结论中山市H3N2亚型流感病毒流行株在年度之间存在一定变异程度,进化距离随着进化时间变长而变远,相对于疫苗株也存在一定程度上的变异。     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

湖南省2007-2008年A/H3N2亚型流感病毒血凝素基因特性研究

目的了解2007-2008年湖南省流感病毒优势流行毒株A(H3N2)亚型的基因变异特征。方法取病原学监测中分离到的29株A(H3N2)亚型流感病毒毒株,对其血凝素基因进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),扩增产物纯化后测序;测序结果与WHO全球流感疫苗株序列进行同源比对,绘制种系发生树。结果2007年的分离株与2007-2008年北半球疫苗株A/Wisconsin/67/05比较,变异位点主要为G50E,S138A,K140I,R142G以及N144D。2008年分离株与北半球疫苗株A/Wisconsin/67/05比较,变异位点主要为G50E,S138A,K140I,L157S;而与2008-2009年北半球疫苗株A/Brisbane/10/07比较显示,变异位点主要为K140I,L157S。结论湖南省2007-2008年A(H3N2)亚型流感流行毒株的HA1基因发生了变异,可能是导致其流行的重要原因。     

2007-2008年吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因序列分析

目的了解2007-2008年间吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因的演变特征。方法采用MD-CK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果①2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为98.9%～100%,与同期WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比有10～14个氨基酸位点发生变化,并且在122位增加了一个糖基化位点;②长春市11月与12月分离的病毒株在进化树上处于不同的两个侧枝;③在同一流行高峰吉林省8个市州分离的流感病毒株在进化树上形成不同的两簇。结论2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比已经发生一定变化;不同时间及市州流行的病毒株也有差异。     

广东省2003年甲3型流行性感冒病毒血凝素重链区基因的特征

目的了解广东省2003年甲型流行性感冒(流感)病毒的抗原变异情况和血凝素重链区(HA1)基因的特征.方法对广东省流感分子流行病学资料进行分析.结果全年分离到481株甲型流感病毒,全部是H3N2亚型,其抗原性与疫苗株甲/马拿马/2007/99(H3N2)有所不同,类似于疫苗变异株甲/福建/411/02(H3N2).在HA1区氨基酸序列上,与疫苗株甲/巴拿马/2007/99(H3N2)存在25～30个氨基酸的差异,同源性为92.1%.抗原决定族A、B、D、E区以及受体结合部的左侧臂和前臂均发生氨基酸替换,并在144位增加了1个糖基化位点.结论广东省2003年甲3型流感活动比2002年进一步加强,与疫苗株相比,病毒基因发生突变,抗原性发生了漂移.     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

浙江省1998--2009年H3N2亚型流感流行株基因组全序列分析

目的 从基因组全序列分析探讨浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒的基因变异与流感流行的关系.方法 选择浙江省1998-2009年流感流行期间分离到的H3N2亚型流感病毒流行代表株19株,采用RT-PCR方法扩增其8个基因片段后进行序列测定,并与近十余年间使用的疫苗株序列进行比较.结果 H3N2亚型流感流行株HA和NA基因的氨基酸变异率最高,分别为13.98%和10.00%;其他6个内部基因所表达的蛋白中,除NP、M2和NS1(氨基酸变异率分别为6.43%、6.19%和3.48%)外,其他蛋白的氨基酸变异均＜3.00%;在H3N2亚型流感存在较大范围流行的年份,除HA和NA基因外,流感病毒其他6个内部基因也会发生不同程度的变异.此外,在以往一些年份中,WHO推荐的H3N2流感病毒疫苗株与浙江省同期流行株之间,在许多基因上存在着滞后现象.结论 在加强对H3N2亚型流感毒株表面HA与NA基因监测的同时,也应注意到其他内部基因的变异,为新一轮流感流行株的出现提供重要的预警信息.     

郴州市2007年流感病原学监测及A/H3N2亚型血凝素基因特性研究

目的对郴州市2007年流行性感冒的病原学监测结果进行分析,了解流感病毒优势流行毒株A(H3N2)亚型的基因变异特征。方法采用流感样病例(ILI)的咽拭子标本用狗肾细胞(MDCK)进行病毒分离培养,采用血凝(HA)及血凝抑制(HI)方法进行流感病毒初筛及分型鉴定;取病原学监测中分离到的4株A(H3N2)亚型毒株,对其血凝素基因进行逆转录-聚合酶链反应,扩增产物纯化后测序,测序结果与WHO全球流感疫苗序列进行同源比对。结果共检测4所哨点医院ILI咽拭子标本1435份,分离到流感病毒277株;阳性率19.30%,其中A(H3N2)亚型毒株156株。2007年分离株与北半球疫苗株A/Wisconsin/67/05比较,发生了变异。结论 A(H3N2)亚型流感病毒为郴州市2007年优势毒株,A(H3N2)亚型流感流行株的HA1基因发生了变异,可能是导致其流行的重要原因。     

2007～2008年流感监测季北京地区H3N2亚型流感病毒抗原性与HA1基因特性分析

目的:了解2007~2008年流感监测季北京地区分离的H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素基因变异情况。方法:选取2007~2008年流感监测季中分离的首株H3N2亚型毒株及其后不同时间、不同地点共9株毒株,通过单向血凝抑制试验进行抗原性分析;测定血凝素基因的HA1区核苷酸序列并推导出其氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果:与我国代表株A/江西/东湖/312/2006本身的血凝抑制效价相比,9株病毒中3株有4倍及以上差异。HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,有部分毒株的氨基酸发生下述替换:3 L→F、53 D→N、57 Q→H、157 L→S、158 K→R、171 N→K、173 K→N、182 V→I、194P→L、261 R→Q、272 A→V、291 N→D、299 K→R;其中53、157、158、171、173、194位氨基酸位于抗原决定簇。结论:北京地区2007~2008年流感监测季分离的H3N2亚型流感病毒有部分毒株已发生抗原性及基因特性的改变。     

四川省2006～2007年度甲3亚型流行性感冒病毒抗原性和基因特性分析

目的 了解四川省甲3亚型流行性感冒(流感)病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)的抗原性和基因变异情况,比较四川省2006～2007年度甲3亚型流感病毒流行株与世界卫生组织(WHO)推荐的2006～2007年度北半球甲3亚型流感疫苗株甲/威斯康星/67/2005(H3N2)HA1区的基因差异,为评价流感疫苗免疫效果提供依据.方法 采集四川省流感监测哨点医院和疑似流感疫情的流感样病例咽拭子,用狗肾传代细胞进行病毒分离.选取来自不同时间、地点,且经血凝抑制(Hemagglutination Inhibition,HI)试验鉴定为甲3亚型的流感病毒分离株进行单向HI试验;提取病毒核酸,进行逆转录-聚合酶链反应扩增HA基因的HA1区,对扩增产物进行序列测定并推导出氨基酸序列;将分离株的序列与甲/威斯康星/67/2005(H3N2)的HA1区序列进行比较,并进行基因进化特征分析.结果 单向HI试验表明,2006～2007年度四川省甲3亚型流感毒的抗原性与中国甲3型流感标准株(甲/云南/1145/2005和甲/江西东湖/312/2006)相比,HI效价均无≥4倍的差异.核苷酸和氨基酸序列分析结果表明,核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为99.59%和99.47%,仅有4～6个氨基酸位点发生了替换,涉及2个抗原决定簇.结论 四川省2006～2007年度甲3亚型流感病毒的抗原性和基因特性未发生明显变异.