登革2型病毒04株基因组全序列的测定

目的 对我国登革２型病毒０４株（Ｄ２－０４）基因组进行全序测定及分析，为了解其基因组织结构与生物功能的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法 根据登革２型国际标准株ＮＧＣ的序列，设计１３对重叠引物，通过ＲＴ－ＰＸＣＲ扩增同Ｄ２－０４株不同的ｃＤＮＡ片段，分别克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体，转化受体菌ＤＨ５α，挑取阳性克隆进行ＰＣＲ、酶切鉴定及序列测定。结果 Ｄ２－０４株的基因组全长１０７２３个碱基，     

登革2型43株病毒包膜蛋白E基因的聚酶链反应扩增

以我国登革２型４３株病毒ＲＮＡ为模板，采用逆转录－聚合酶链反应技术扩增Ｅ基因片段。拟扩增的Ｅ基因片段始于登革病毒编码序列５＇端有１个ＥｃｏＲＩ位点。建立了扩增大片段的实验条件并制备出了大于１２００ｂｐ以上的片段。     

登革2型病毒NGC株E基因扩增和部分序列分析

目的 体外扩增、克隆登革2型病毒（NGC株）包膜糖蛋白E基因约1．5kb的基因片段,并对目的基因片段进行部分碱基序列测定和分析。方法 采用逆转录聚合酶链反应扩增出E目的基因片段,经限制性内切酶Kpn1/Xbal酶切后用低熔点琼脂糖挖块回收法回收纯化,插入真核表达载体pcDNA3的多克隆位点,构建重组体pcDNA3-E,转化大肠杆菌DH5a,通过对目的基因片段的部分碱基序列测定鉴定克隆的正确性,并分析其氨基酸变异。结果 从登革2型病毒（NGC株）中扩增出约1．5kb的DNA片段,目的基因片段的部分测序与参考序列的同源性为96．53％,7个氨基酸发生变异,4个变异氨基酸与登革2型病毒Jamaica株相应位置的氨基酸相同。结论 体外成功扩增并克隆DV2（NGC株）全长E基因片段,其序列变异及与其他毒株的同源性研究为登革病毒致病机理和疫苗的研究提供材料。     

登革2型43株病毒包膜蛋白E基因的聚合酶链反应扩增

以我国登革２型４３株病毒ＲＮＡ为模板，采用逆转录－聚合酶链反应技术（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增Ｅ基因片段。拟扩增的Ｅ基因片段始于登革病毒编码序列５＇端的１０３６ｂｐ，止于３＇端的２３０４ｂｐ，其间含有１个ＨｉｎｄⅢ酶切位点，３＇端有１个ＳｍａⅠ位点，５＇端有１个ＥｃｏＲⅠ位点。建立了扩增大片段的实验条件并制备出了大于１２００ｂｐ以上的片段。该片段与标准分子量对比为１２９２ｂｐ左右，经ＨｉｎｄⅢ酶切，出现７８１ｂｐ和５１１ｂｐ２个片段，用Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔ和光敏生物素标记核酸探针证实制备出的１２９２ｂｐ片段为Ｅ基因片段，此片段可直接用于克隆表达。     

登革2型病毒ZS01/01株病毒样颗粒免疫原性研究

目的 研究登革2型病毒（Dengue virus type 2,DENV-2）病毒样颗粒（virus-Like particles,VLPs）的免疫原性.方法 利用已构建的DENV-2 ZS01/01株病毒样颗粒的表达质粒转染293T细胞,对分泌型VLPs进行大量培养并通过蔗糖密度梯度离心法对其进行纯化.纯化的VLPs经Western Blot及透射电镜观察等方法鉴定后免疫BALB/c小鼠.利用ELISA及中和试验等方法对体液免疫反应进行检测,ELISPOT法测定细胞免疫水平.结果 登革2型病毒样颗粒表达质粒转染哺乳动物细胞所得上清经蔗糖密度梯度离心后,电镜下可观察到类似于天然登革病毒的大小在45～55nm之间的病毒样颗粒.体液及细胞免疫检测结果显示登革2型VLPs可以刺激小鼠产生较高水平的登革E蛋白特异性抗体及一定水平的中和抗体,免疫小鼠脾淋巴细胞经体外刺激后IFN-γ水平显著升高.结论 登革2型病毒病毒样颗粒免疫BALB/c小鼠后可引起一定水平的细胞免疫及体液免疫反应,该研究结果为四价登革病毒样颗粒疫苗的研制奠定了基础.     

广东登革3型病毒株的分离培养和鉴定

目的对2009年发生于广东地区的3例家庭聚集性登革热患者血清进行登革病毒的鉴定和病毒株的培养分离。方法用胶体金法检测患者血清中登革病毒特异性IgM、IgG抗体;C6／36细胞培养患者血清中登革病毒;RT—PCR扩增C．PrM基因序列的片段以检测患者血清中登革病毒RNA,PCR产物经序列测定后进行生物信息学分析。结果3例患者血清学检测均为登革病毒特异性IgM阳性、IgG阴性;特异性RT—PCR产物长约290bp,经琼脂糖电泳和测序分析,证实3例患者血清中均存在登革3型病毒;从1例患者血清中培养分离到了登革病毒株,经RT—PCR和测序证实为登革3型病毒。结论2009年发生于广东地区的3例登革热患者经病毒培养和分子生物学鉴定,证实均为登革3型病毒感染。     

庚型肝炎病毒5‘非编码区基因分析及基因型的初步划分

为了分析我国庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）的基因结构特点，对２名个体供血者、２例慢性肝炎患者及２例肝硬化患者的血清标本进行了庚型肝炎病毒基因组５’非编码区２７７个核苷酸的基因扩增、分子克隆和序列分析，并利用基因分析软件处理结果。结果表明，分离出的６株ＨＧＶ５’非编码区基因序列（Ｇ００１～Ｇ００６）之间同源性在９６．２％以上。而与国外报道的３株ＨＧＶ序列比较同源性在８６．９％～９１．６％。通过对６株ＨＧＶ（Ｇ００１～Ｇ００６）及国外报道的３株ＨＧＶ基因序列变异性的比较，将ＨＧＶ基因型初步划分为不同的３个组。结果提示我国ＨＧＶ株５’非编码区序列有较高的同源性，而与国外报道的有较大差异，但不同毒株在此区域均可能形成稳定而相似的二级结构模式。     

登革2型病毒广东流行株结构蛋白基因序列测定及分析

目的 对广东省90年代以来流行的3株登革2型病毒(DEN2)的结构蛋白基因序列测定及分析，了解流行株之间的相互关系、变异及基因型：方法 应用RT-PCR技术扩增广东省不同年份流行的3株DEN2型病毒的结构蛋白基因(C、PrM、E基因)。分别克隆到pMD18T载体，转化JM109宿主菌，挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定。结果 3株DEN2病毒结构蛋白基因序列长度均为2325bv，编码775个氨基酸。三者核苷酸(氨基酸)的同源性分别是：GD06／93与GD19／2001为96％(97％)、GD06／93与GD08／98为94％(97％)、GD08／98与GD19／2001为92％(94％)。其在相关毒力位点E383～385处均为GLU—PRO-GLY、E126处均为GLU。3株DEN2与国际参考株比较表明：GD06／93与GD19／2001和澳大利亚TSV01株共享序列非常接近，核苷酸(氨基酸)的同源性为98％(98％)；GD08／98与泰国株ThNH-P28／93核苷酸(氨基酸)同源性为98％(98％)。此3株DEN2二级结构与对乳鼠不致病的04株比较，主要差别位于其393～400氨基酸处，本室分离的3株对乳鼠致病毒株为EEEEHHHH，而04株为EEEE----；337～343处本室分离的3株对乳鼠致病毒株为HH-------HHHHH，而04株为--------HHHHE-，恰好位于Dengue病毒E基因的Ⅲ区：结论 GD06／93、GD19／2001与TSV01亲缘关系较近，属同一基因型。GD08／98与ThNH—P28／93共享序列非常接近，属同一基因型。3株DEN2病毒在E蛋白Ⅲ区结构有一定变异，可能与毒力有关。     

5株SARS-CoV部分基因序列比较分析

目的　分析SARS CoV部分结构区的基因序列 ,了解其变异程度。方法　采用套式PCR法扩增各结构区基因 ,对阳性PCR产物进行克隆和测序 ,并对序列进行分析。结果　完成了LC1株病毒的M、N、E和S基因的扩增和克隆 ,对LC2、LC3、LC4和LC5株病毒的M区基因进行了扩增和克隆。序列分析显示各结构基因的核苷酸序列与已报道的 18株序列的同源性在 99%以上。结论SARS CoV的基因序列较保守 ,有利于PCR诊断试剂和预防用疫苗的研制。     

庚型肝炎病毒NS5区基因序列测定和分析

目的为了研究哈尔滨市庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）非结构（ＮＳ５）区基因结构特征。方法对阳性标本进行了庚型肝炎病毒ＮＳ５区１８６核苷酸的基因扩增、分子克隆和序列分析，并利用基因分析软件处理结果。结果分离出的２株ＨＧＶＮＳ５区基因序列之间同源性为９５２％，而与国外报道的３株ＨＧＶ序列比较同源性在８４４％～９２４％，变异较大。结论提示ＨＧＶ有不同的基因型，这有待于对各区基因序列进行全面检测，综合判断之后才能确定。分离出的阳性株为从１９８４年肝炎患者血中分离，肯定了我市在８０年代就有庚型肝炎病毒感染存在     

深圳市首例本地登革热3型病例的病原学检测与分析

目的对2016年深圳市报告的首例本地疑似登革热病例查明病因.分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征.方法对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和荧光RT-PCR方法分别检测登革病毒抗体、NS1抗原和病毒核酸,并用C6/36细胞分离登革病毒.采用RT-PCR方法扩增病毒PrM/M-E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革毒株进行同源性比较和进化树分析.结果从患者血清标本中检测到登革病毒IgM抗体、NS1抗原和登革3型病毒核酸,并成功分离到登革3型病毒,将其命名为DENV3-SZ1648.深圳市登革3型病毒分离株SZ1648与登革3型国际标准株H87株、国内外流行株80-2、GWL-25株在PrM/M-E基因上核苷酸同源性分别为92.0％、91.8％和90.3％,而与登革1、2、4型国际标准株HAWAII、NGC、H241同源性分别为68.7％、64.2％和63.2％.进化树显示SZ1648株与2007年印度尼西亚分离株MKS-0098亲缘关系最近,在进化树的同一分支上,和85-159株(Indonedia 1985)、2167株(Tahiti 1989)、29472株(Fiji1992)等同属基因Ⅰ亚型.患者发病前1个月在深圳居住,无输血史、无外出史.结论从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该本地病例是由登革3型病毒引起,这也是深圳市首次报道存在本地登革3型病毒的疫情,该毒株最有可能来源于印度尼西亚.     

丙型肝炎病毒1b型NS5 A区基因结构变异与α干扰？…

目的 观察丙型肝炎患者丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）１ｂ型基因组部分ＮＳ５ Ａ区核苷酸,氨基酸的变异情况并探讨其与α干扰素疗效的相关性。方法 患者干扰素治疗前,中,后留血标本,用聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增ＨＣＶ病毒ＮＳ５ Ａ区部分基因片段并用直接测序法测序。与ＨＣＶ－Ｊ株及ＨＣＶ－河北株（ＨＣＶ－ＨＢ）比较核苷酸及氨基酸序列的同源性,根据α干扰素疗效分析ＨＣＶ１ｂ是否存在干扰素敏感决定区。     

丙型肝炎病毒非结构基因5b的变异及与干扰素治疗的关系

以聚合酶链反应直接序列分析方法测定了４例无症状慢性丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）感染者，与９例接受干扰素治疗的慢性丙型肝炎患者血清中ＨＣＶ非结构基因５ｂ（ＮＳ５ｂ）ｃＤＮＡ的序列。发现，与已发表的Ⅱ／１ｂ型ＨＣＶ序列相比，无症状慢性ＨＣＶ感染者的ＨＣＶ在核苷酸水平的同源性高于干扰素治疗有效的慢性丙型肝炎患者（９５．６５％±２．６１％比９４．３５％±２．２９％），后者又高于干扰素治疗无效的慢性丙型肝炎患者（９２．７０％±１．９０％）。还发现在干扰素治疗后，治疗无效者血清中ＨＣＶＮＳ５ｂｃＤＮＡ序列发生明显变化，在所测定的３８０个核苷酸中有９～４８个发生碱基替换，从而导致所编码的氨基酸中有６～２０个发生突变。结果提示，ＨＣＶＮＳ５ｂ基因变异与病情及干扰素治疗有一定关系。变异较大者常出现明显的临床表现，且干扰素治疗可能趋势于失败。