脂多糖诱导的小鼠腹腔巨噬细胞基因表达谱分析

目的　利用基因芯片技术分析脂多糖 (LPS)活化的小鼠腹腔巨噬细胞基因表达谱 ,以更全面地了解LPS诱导的巨噬细胞反应。方法　以未刺激的和用 1mg/LLPS刺激的小鼠腹腔巨噬细胞制备3 3 P标记的cDNA探针 ,分别与含有 1176个已知基因的小鼠cDNA芯片杂交。结果　活化组和未刺激组间的 2倍差异表达基因为 118个 ,3倍差异表达基因为 6 9个 ,其中 4 4个上调 ,2 5个下调。转录因子、细胞内信号调节蛋白、炎症细胞因子和细胞凋亡相关基因的转录发生明显的调节变化。结论提供了LPS活化的巨噬细胞综合基因表达信息 ,并筛选出一些新的可能与LPS活化相关的基因。     

家族聚集性慢性乙型病毒性肝炎患者PBMC免疫相关的基因表达谱

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术,研究家族聚集性HBV感染者外周血单个核细胞(PBMC)免疫相关基因的表达谱。方法:在一聚集性HBV感染家族中,选取患者5例和患者的正常配偶4例,提取PBMC中的RNA,与涵盖2.2万个EST的寡核苷酸表达谱基因芯片U133A2.0杂交,通过Affymetrix扫描仪和DNT分析软件比较患病组与对照组PBMC免疫相关基因的的表达谱,获得基因的相对表达比值。结果:在2.2万个EST中,初筛出24个免疫相关差异表达基因,7个基因表达上调,17个表达下调。上调的主要是与适应性免疫相关的基因,下调的主要是与固有免疫相关的基因。结论:宿主感染HBV后,可改变其免疫基因表达,固有免疫功能的障碍可能是HBV感染慢性化的主要原因。     

先兆子痫胎盘的基因表达谱研究

目的： 利用cDNA芯片分析先兆子痫胎盘中基因表达的变化情况,寻找新的先兆子痫相关基因。方法: 建立含12 000个与代谢、凋亡、细胞黏附、信号转导、转录因子等有关基因的cDNA表达谱芯片,将先兆子痫及正常胎盘mRNA与cDNA芯片进行杂交,得到先兆子痫的基因表达谱;对部分差异表达基因进行Northern验证。结果: 在4例先兆子痫胎盘组织中发现均有差异表达的基因44个,其中表达上调有30个,表达下调有14个,Northern杂交鉴定的结果与芯片结果相符合。结论: 重度妊娠高血压疾病的基因表达谱存在明显差异,差异的基因可能涉及信号转导、细胞代谢、炎性细胞因子等方面,这些基因可能与妊娠高血压病的发病相关。     

遗传性P77PMC癫痫大鼠海马基因表达谱的研究

目的利用cDNA表达阵列构建遗传性癫痫大鼠海马基因表达谱,寻找其中的差异表达基因,为从分子水平探讨癫痫的发病机理打下基础。方法采用32P-α-dATP逆转录标记探针与cDNA阵列杂交,构建P77PMC大鼠和Wistar大鼠海马基因表达谱,用图象分析仪分析两者基因表达谱差异。结果在P77PMC大鼠海马中共发现有15个差异表达基因,其中12个基因表达上调,3个基因表达下调。并用逆转录-聚合酶链反应进一步证实了结果的可靠性。结论P77PMC大鼠与正常Wistar大鼠海马中存在多个差异表达基因,这些差异表达的基因可能在癫痫的发生中具有重要作用。     

食管癌及癌旁组织中基因表达的初步研究

目的　了解食管癌的基因表达概况,寻找在食管癌及癌旁组织中差异表达基因。方法　以癌及癌旁组织ｐｏｌｙ Ａ＋ Ｒ Ｎ Ａ 反转录合成的ｃ Ｄ Ｎ Ａ 为探针,与 Ａｔｌａｓ 微点阵表达分析膜进行差异杂交。结果放射自显影结果显示在所分析的５８８ 种已知基因中,ｃｄｃ２５ Ｂ、 Ｍ Ｍ Ｐ、 Ｍ Ｅ Ｔ 等６１ 个在食管癌组织中表达上调,ｃｙｔｏｋｅｒａｔｉｎ ４ 、 Ｂ Ａ Ｄ、 Ｉ Ｌ１ Ｒ Ｅ Ｃ Ｅ Ｐ Ｔ Ｏ Ｒ Ａ Ｎ Ｔ Ａ Ｇ Ｏ Ｎ Ｉ Ｓ Ｔ、 Ｉ Ｌ６ 等２２ 个表达下调,参与细胞增殖、凋亡、分化和转移调控的多种基因的表达水平发生了明显改变。结论　这些基因的表达改变组成了一个食管癌特异的基因表达谱,首次为食管癌细胞的恶性表型提供了分子遗传学参考数据,一些与肿瘤发生相关的差异表达基因为发展生物标记物或肿瘤早期诊断和治疗提供了线索。 Ａｔｌａｓ 微点阵表达分析滤膜的差异杂交为初步了解某一组织或细胞的表达状况提供了一个较好的方法。     

慢性心力衰竭患者与正常人外周血单核细胞基因的表达差异

目的应用cDNA芯片技术研究慢性心力衰竭（CHF）患者和正常对照组外周血单核细胞（PBMC）基因表达差异。方法抽提PBMC总RNA并纯化mRNA,反转录合成单链、双链cDNA后,体外转录合成cRNA。分别用cy3-dCTP和cy5-dCTP标记cRNA。将基因芯片和杂交探针变性后杂交、洗涤,并分析cy3、cy5两种荧光信号的强度和比值。结果CHF患者和正常对照组比较,共有123个表达差异相关基因,其中有102个表达上调,21个表达下调。涉及黏附分子、热休克蛋白、信号传导、细胞周期、凋亡等。结论CHF与正常人PBMC基因表达存在显著差异。进一步深入研究这些基因在CHF发生发展中的作用,对推动CHF发生的分子机制及防治研究可能有重要意义。     

胃癌癌变相关基因表达的cDNA微阵列研究

目的 建立胃癌基因表达谱,筛选胃癌相关基因。方法 用含10000个已知基因和7000个ESTs(expressed sequence tags)的cDNA微阵列分析胃癌和癌旁正常胃黏膜基因表达谱的变化,半定量RT-PCR研究差异表达基因与胃癌的关系。结果 二倍以上的差异表达基因359个,其中在胃癌组织中表达上调271个,表达下调88个;二倍以上的差异表达ESTs 28个,其中在胃癌组织中表达上调24个,下调4个。RT-PCR进一步证实碳酸酐酶Ⅱ在胃癌组织中存在表达下调,胰岛素样生长因子结合蛋白4在胃癌组织中存在表达上调。结论 发现碳酸酐酶Ⅱ、胰岛素样生长因子结合蛋白4可能与胃癌发生有关,为进一步寻找和克隆胃癌相关基因提供了重要的研究线索。     

膀胱移行细胞癌免疫相关基因的研究

目的 探讨人膀胱移行细胞癌组织中免疫功能相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与免疫功能相关的差异表达的基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与免疫功能相关的基因有17个，明显上调基因8个，明显下调基因9个。结论膀胱肿瘤的发生、发展与多种免疫功能相关基因的异常表达有关。     

妊娠高血压综合征患者胎盘组织细胞分化相关基因表达的变化

目的观察妊娠高血压综合征患者胎盘组织细胞分化相关基因表达的变化。方法选择重度妊高征患者为研究对象,共6例,正常妊娠者5例作为对照组,取足月孕产妇胎盘组织,Trizol法抽提胎盘组织总：RNA并纯化mRNA;应用cDNA阵列细胞分化相关基因表达芯片检测妊高征患者和正常妊娠者胎盘组织中与细胞分化相关的1818个基因表达的变化,通过扫描仪对杂交结束后的膜进行扫描和图像分析,并对差异基因进行分类归纳。结果在1818条细胞分化相关基因中,妊高征患者胎盘组织与正常妊娠者胎盘组织之间存在差异表达基因,有61个基因发生表达变化,60个为已知基因,1个为：EST片段,包括上调基因55个,下调基因6个,表达上调的基因中,肾上腺髓质素(adrenomedulin,ADM)、肝细胞生长因子(hepatocyte growth factor,HGF)、促。肾上腺皮质激素释放激素(corticotropin releasing hormone,CRH)及其结合蛋白(corticotropin releasing hormone—binding protein,CRH—BP)等基因对妊高征的发生可能有较重要的作用。结论妊高征发病的分子机制可能与细胞分化相关基因表达水平改变有关。     

mRNA差异显示技术对环境诱发系统性红斑狼疮基因表达谱改变的研究

目的 比较环境因素诱发系统性红斑狼疮患者(SLE)与健康人外周血单个核细胞基因表达水平的差异.方法 选择5例无家族发病案例的SLE患者与5例健康人外周血单个核细胞,提取总RNA进行扩增、Cy3染色后,与Agilcnt 4X44K人全基因组芯片杂交,筛选差异表达基因进行基因实体(GO)分析和信息通路(pathway)分析.以qRT-PCR验证芯片结果.结果 5例SLE患者共同有2435个相对于健康人的差异基因表达(判断值=2.0).GO分析结果表明,生物过程中差异表达基因占32.08%(512/1596),其他比例较高的有细胞过程、生物调控、细胞代谢等;分子功能中差异表达基因占34.09%(544/1596),其较高比例依次为结合、催化活性、传感活性和转录调节活性;细胞组分方面差异表达基因33.83%(540/1596),主要涉及细胞与细胞部分两方面,其次为细胞器.Pathway分析显示免疫系统信号及B细胞受体通道中各有12个基因的表达发生了差异性改变,而T细胞受体、表皮生长因子受体1、IL-12介导的信号等通道均有10个基因表达明显差异.分析发现SLE患者在炎性反应与自身免疫相关基因方面有45个基因发生明显改变,其中11个上调,34个下调;细胞外基质和黏附分子方面有5个相关基因改变其中5个上调,1个下凋.qRT-PCR结果与芯片结果比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 5例无家族发病案例的SLE患者与健康人外周血单个核细胞基因表达水平存在明显的差异.     

应用微阵列初步分析髓母细胞瘤的基因表达谱

目的　应用微阵列技术研究髓母细胞瘤的分子发病机理。方法　收集新鲜髓母细胞瘤 4例及正常脑组织 1份的组织标本 ,提取总 RNA,逆转录成 32 P标记的 c DNA探针 ,与 Atlas人肿瘤芯片杂交 ,通过放射自显影获得基因谱 ,应用 Atlas Image TM1.0 1a分析。结果　与正常脑组织相比 ,髓母细胞瘤下调基因 6个 ,上调基因 35个 ;逆转录 -聚合酶链反应技术验证结果与芯片检测结果相符。除少数基因外 ,大部分基因的表达趋势与肿瘤生物学特性相符。结论　髓母细胞瘤是与星形细胞起源胶质瘤具有不同分子发病机理的多基因病变 ,不同基因之间可能存在复杂的相互作用和联系 ,值得进一步研究。     

肝癌相关基因差异表达分析

为了研究肝癌发生和发展的分子机理，用cDNA Microarray技术比较肝癌(HCC)和癌旁组织（nonHCC)基因差异表达情况，并选择4个差异表达基因用RT－PCR验证。在1176个肿瘤相关基因中，491个在HCC中表达，345个在nonHCC中表达。HCC中表达上调的基因172个，表达下调的基因89个，RT－PCR结果与cDNA Microarray的结果基本一致。差异表达最多的基因是与细胞信号传导和细胞分裂相关的基因。肝癌中生长因子及其受体相关基因表达上调，Ras-Raf-MAPK信号传导途径活化，与细胞周期相关基因的异常表达加速了细胞分裂进程。所有这些变化与肝癌的发生和发展密切相关。     

脾气虚证患者基因差异表达研究

目的：研究慢性胃炎脾气虚证的特征性基因差异表达谱。方法:慢性胃炎脾气虚证患者及健康志愿者各选4例，镜下取胃黏膜组织，提取总RNA，一一配对制作基因芯片，采用荧光比值、生物信息学、双侧t检验等方法比较分析；实时荧光定量PCR检测相关基因。结果:差异表达基因54条，72.2%下调；其中与营养物质代谢和免疫调节相关差异表达基因45条， 71.1%下调；差异基因中有4条基因P＜0.05，为显著差异表达基因；实时定量PCR检测差异基因5条，4条与芯片结果一致。结论:慢性胃炎脾气虚证具有特征性的基因差异表达图谱，主要表现为与营养物质代谢及免疫调节相关基因呈下调趋势。     

重型乙型肝炎与无症状HBsAg携带者免疫相关基因表达差异的研究

目的：应用基因芯片研究重型乙型肝炎（FHB）与无症状HBsAg携带者（ASC）外周血单个核细胞（PBMC）免疫相关基因表达差异，方法：应用含8192条人cDNA的微阵列芯片和来自外周血单个核细胞标记的cDNA，分析了10例重型乙肝和10例无症状HBsAg携带者基因表达谱。通过应用GenePix4000扫描仪和ImaGene3.0分析软件比较Cy5标记的FHB来源cDNA与Cy3标记的ASC来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果：在8192个基因中，初筛出21个（0．25％）表达差异2倍以上的免疫相关基因。结论：在乙型肝炎病毒（HBV）感染机体致慢性重型肝炎过程中，全面改变了宿主细胞内免疫相关基因表达，这些差异表达基因可能与慢性重型肝炎的发生有关。     

慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞基因表达谱的研究

目的 分析慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞差异表达基因，探索慢性乙型肝炎形成的分子机制。方法 应用含14000条人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单个核细胞的标记cDNA，分析了10例慢性乙型肝炎患者和10例健康人基因表达谱。通过应用GenePix 4000B扫描仪和ImaGene3．0分析软件比较cy5标记的慢性乙型肝炎来源cDNA与Cy3标记的健康人来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果 在分析的14000条基因中，差异表达的基因有92条，占0．66％。其中51条基因表达水平显著上调，41条基因表达水平显著下调。这些差异表达的基因主要为细胞信号转导，细胞周期和代谢，凋亡及炎症相关类基因。结论 在乙型肝炎病毒致慢性乙型肝炎过程中，涉及到了众多基因的差异表达，为进一步阐明慢性乙型肝炎形成的分子机制提供基础。     

Autoimmunity gene expression portrait: specific signature that intersects or differentiates between multiple sclerosis and systemic lupus erythematosus

Autoimmune diseases are either tissue-specific like multiple sclerosis (MS) or multisystemic like systemic lupus erythematosus (SLE), although clinically both exhibit common features. To gain insight into the properties of the genes involved in each disease we have investigated the gene expression signature of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) in MS and SLE in comparison to healthy subjects. Total RNA was purified, hybridized to Genechip array and analysed in 36 subjects (13 relapsing-remitting MS patients, five SLE patients and 18 age-matched healthy subjects that served as controls). Additional blood samples from 15 relapsing-remitting MS patients, 8 SLE patients and 10 healthy subjects were used for confirmation of microarray gene expression findings by ELISA and RT-PCR. MS and SLE patients demonstrated a common gene expression autoimmune signature of 541 genes which differentiated them from healthy subjects. The autoimmune signature included genes that encode proteins involved in apoptosis, cell cycle, inflammation and regulation of matrix metalloproteinase pathways. Specifically, decreased TIMP1 gene expression in the autoimmunity signature suggests increased MMP activity in target tissues as a result of the lack of feedback mechanism. An additional different disease specific signature identified the gene expression pattern for MS (1031 genes), mainly associated with over-expression of adhesion molecules and down-expression of heat shock proteins; the SLE specific signature (1146 genes) mainly involved DNA damage/repair pathways that result in production of nuclear autoantibodies. These results provide insights into the genetic pathways underlying autoimmune diseases, and identify specific disease-associated signatures that may enable targetted disease-related specific therapies to be developed.